################################################### ### chunk number 1: loadlib ################################################### library("Biobase") ################################################### ### chunk number 2: showexSet ################################################### data(exSet) exSet ################################################### ### chunk number 3: exploringclass ################################################### class(exSet) slotNames(exSet) exSet$cov1 exSet[1,] exSet[,1] ################################################### ### chunk number 4: envEx ################################################### e1 = new.env(hash=TRUE) e1$a = rnorm(10) e1$b = runif(20) ls(e1) xx = as.list(e1) names(xx) rm(a, envir=e1) ################################################### ### chunk number 5: knn ################################################### library("class") apropos("knn") ################################################### ### chunk number 6: knnE1 ################################################### exprsExSet = exprs(exSet) classExSet = exSet$cov2 esub = exSet[,-1] pred1 = knn(t(exprs(esub)), exprs(exSet)[,1], esub$type) classExSet[1] ################################################### ### chunk number 7: GOexample ################################################### library("GO") library("hgu95av2") affyGO = as.list(hgu95av2GO) #find the MF terms affyMF = lapply(affyGO, function(x) { onts = sapply(x, function(z) z$Ontology) if( is.null(unlist(onts)) || is.na(unlist(onts)) ) NA else unique(names(onts)[onts=="MF"]) }) ################################################### ### chunk number 8: aprop ################################################### apropos(mean) find(mean) ################################################### ### chunk number 9: helpsearch eval=FALSE ################################################### ## help.search("mean") ################################################### ### chunk number 10: libPath ################################################### .libPaths() ################################################### ### chunk number 11: Q1Data ################################################### x1 <- exprs(exSet)["31340_at",] x2 <- exprs(exSet)["31653_at",] x <- c(x1, x2) y <- as.factor(c(rep(hgu95av2SYMBOL$"31340_at", length(x1)), rep(hgu95av2SYMBOL$"31653_at", length(x1)))) ################################################### ### chunk number 12: fig1 ################################################### plot(x, y, ylim=c(0.5, 2.5), axes=FALSE) box() axis(1) axis(2, at=sort(as.numeric(unique(y))), labels=levels(y)) ################################################### ### chunk number 13: chroms ################################################### whCHR = unlist(mget(geneNames(exSet), hgu95av2CHR)) chrGenes <- table(whCHR) chrGenes ################################################### ### chunk number 14: Q2 Data ################################################### mean.8 <- rep(0, length(chrGenes) - 7) for (i in 1:length(mean.8)) mean.8[i] <- mean(chrGenes[i:(i+7)]) ################################################### ### chunk number 15: fig2 ################################################### mp <- barplot(chrGenes, density=10, xlab="Chromosomes", ylab="Number of Genes", col=1) lines(mp[8:length(chrGenes)], mean.8, lty=1, lwd=2, col=2) points(mp[8:length(chrGenes)], mean.8, pch=16, col=2) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### sessionInfo()