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bioconductor.org

Bioconductor is an open source and open development software project
for the analysis and comprehension of genomic data.

Sections

AffyQuality.R

################################################### ### chunk number 1: simpleaffy ###################################################

library("simpleaffy") library("affydata") data("Dilution")

Dilution

################################################### ### chunk number 2: qc ###################################################

qcStats = qc(Dilution)

qcStats

################################################### ### chunk number 3: qcplot ################################################### plot(qcStats)

################################################### ### chunk number 4: rnadeg ################################################### rnaDeg = AffyRNAdeg(Dilution)

################################################### ### chunk number 5: rnadeg ###################################################

plotAffyRNAdeg(rnaDeg, lwd=2)

################################################### ### chunk number 6: affyPLM ################################################### library("affyPLM") dataPLM = fitPLM(Dilution)

################################################### ### chunk number 7: NUSE ################################################### boxplot(dataPLM, ylim = c(0.95, 1.5), outline = FALSE, col="lightblue", main="NUSE", las=3)

################################################### ### chunk number 8: RLE ################################################### Mbox(dataPLM, ylim = c(-1, 1), col="lightblue", whisklty=0, staplelty=0, main="RLE", las=3)

################################################### ### chunk number 9: affyQAReport eval=FALSE ################################################### ## ## library("affyQCReport") ## library("affydata") ## data(Dilution) ## rep1 = affyQAReport(Dilution) ## openQAReport(rep1)

################################################### ### chunk number 10: ################################################### sessionInfo()

News
2009-10-26

BioC 2.5, consisting of 352 packages and designed to work with R 2.10.z, was released today.

2009-01-07

R, the open source platform used by Bioconductor, featured in a series of articles in the New York Times.