################################################### ### chunk number 1: ################################################### options(width=40) ################################################### ### chunk number 2: eval=FALSE ################################################### ## require(GenomeGraphs) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### require(GenomeGraphs) args(gdPlot) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### lst <- list(makeBaseTrack(1:100, rnorm(100)), makeGenomeAxis()) gdPlot(lst) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### gdPlot(list("mouse" = makeBaseTrack(1:100, rnorm(100), dp = DisplayPars(type = 'h', lwd = 3, color = c("blue", "green"))), "base" = makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### showDisplayOptions("BaseTrack") showDisplayOptions("GenericArray") ################################################### ### chunk number 7: ################################################### mart <- useMart("ensembl", "scerevisiae_gene_ensembl") data("seqDataEx") head(seqDataEx$david) gdPlot(makeGeneRegion(1e4, 5e4, chr = "IV", strand = "+", biomart = mart), 1e4, 5e4) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### array <- as.data.frame(seqDataEx$david) lst <- lapply(c("+", "-"), function(s) { a <- as.matrix(subset(array, strand == ifelse(s == "+", 1, -1))) c(makeGenericArray(a[,"expr", drop = FALSE], a[,"location"]), makeGeneRegion(start = min(array[,"location"]), end = max(array[,"location"]), chr = "IV", strand = s, biomart = mart, dp = DisplayPars(plotId=TRUE, idRotation = 0, cex = .5, idColor = "black"))) }) gdPlot(yeastLst <- c(unlist(lst), makeGenomeAxis())) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### hMart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl") gdPlot(makeTranscript("ENSG00000168309", biomart = hMart)) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### data("unrData", package = "GenomeGraphs") class(unrData) head(unrPositions, 2) exon <- makeExonArray(intensity = unrData, probeStart = unrPositions[,3], probeEnd = unrPositions[,4], probeId = as.character(unrPositions[,1]), nProbes = unrNProbes, dp = DisplayPars(color = "blue", mapColor = "dodgerblue2"), displayProbesets = FALSE) geneModel <- makeGeneModel(start = unrPositions[,3], end = unrPositions[,4]) gdPlot(list(exon, geneModel)) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### ovlay <- makeRectangleOverlay(1301000, 1302000) gdPlot(yeastLst, overlays = ovlay) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### array <- array[array$strand == 1, ] anno <- yeastLst[[2]]@ens anno <- anno[anno$ensembl_gene_id == "YDR418W", c("exon_chrom_start", "exon_chrom_end")] foldChange <- paste("fold-change:", round(mean(split(array$expr, findInterval(array$location, as.numeric(anno)))[[2]]), 2)) ovlay <- makeRectangleOverlay(1301500, 1302500, region = c(1,2), dp = DisplayPars(alpha = .5)) tovlay <- makeTextOverlay(foldChange, 1303500, .75, region = c(1,1), dp = DisplayPars(color="black")) gdPlot(yeastLst, overlays = c(ovlay, tovlay)) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### require(tilingArray) Y <- yeastLst[[1]] s <- segment(Y@intensity, maxk = 500, maxseg = 20) bins <- findInterval(1:length(Y@intensity), s@breakpoints[[7]]) means <- tapply(Y@intensity, bins, mean) ranges <- do.call(rbind, tapply(Y@probeStart, bins, range)) Y@segmentation <- makeSegmentation(ranges[,1], ranges[,2], means) gdPlot(Y) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### S <- seq(1, 100, by = 20) E <- S + rpois(length(S), 10) anno <- makeAnnotationTrack(start = S, end = E, feature = "gene", dp = DisplayPars("gene" = "darkblue")) gdPlot(anno, minBase = 0, maxBase = 100) ################################################### ### chunk number 15: ################################################### anno <- read.csv("http://wiki.biostat.berkeley.edu/~bullard/aleatoria/yeast_anno_4.csv") data("seqDataEx") aTrack <- makeAnnotationTrack(start = anno$start[anno$feature == "CDS"], end = anno$end[anno$feature == "CDS"], feature = "CDS", ID = anno$name[anno$feature == "CDS"], dp = DisplayPars("CDS" = "blue", plotId = TRUE, idColor = "black", idRotation = 0)) bTrack <- makeBaseTrack(seqDataEx$conservation[,"location"], seqDataEx$conservation[,"score"], dp = DisplayPars(type = 'p', lwd = .2)) gdPlot(list(bTrack, aTrack), minBase = 1300000 - 1500, maxBase = 1307000 + 2500)