################################################### ### chunk number 1: options ################################################### options(width=50, digits=2) ################################################### ### chunk number 2: ALL ################################################### library("ALL") data("ALL") ################################################### ### chunk number 3: bcrabl ################################################### bcell = grep("^B", as.character(ALL$BT)) # B-cell ALL moltyp = which(as.character(ALL$mol.biol) %in% c("NEG", "BCR/ABL")) bcrneg = ALL[, intersect(bcell, moltyp)] bcrneg$mol.biol = factor(bcrneg$mol.biol) # drop unused levels ################################################### ### chunk number 4: bcrabl-result ################################################### dim(bcrneg) ################################################### ### chunk number 5: nsFilter ################################################### library("genefilter") bcrneg_filt = nsFilter(bcrneg, var.cutoff=0.5, require.GOBP=TRUE)$eset dim(bcrneg_filt) ################################################### ### chunk number 6: rowtttest ################################################### rtt <- rowttests(bcrneg_filt, "mol.biol") rttPrb <- rtt$p.value names(rttPrb) <- featureNames(bcrneg_filt) tThresh <- rttPrb < 0.05 ################################################### ### chunk number 7: GOselected ################################################### ids <- featureNames(bcrneg_filt) map <- hgu95av2ENTREZID universe <- unlist(mget(ids, map)) selected <- unlist(mget(ids[tThresh], map)) ################################################### ### chunk number 8: GOTERM ################################################### library(GO.db) GOTERM[["GO:0006468"]] ################################################### ### chunk number 9: tally eval=FALSE ################################################### ## res <- eapply(hgu95av2GO[names(universe)], function(elt) { ## any(sapply(elt, "[[", "GOID") == "GO:0006468") ## }) ## df <- data.frame(EntrezId=universe, ## Selected=universe %in% selected, ## InGO=unlist(res)) ## xtabs(~Selected+InGO, df) ################################################### ### chunk number 10: HyperFormulation ################################################### library(Category) library(GOstats) params = new("GOHyperGParams", geneIds=selected, universeGeneIds=universe, annotation=annotation(bcrneg_filt), ontology="BP", pvalueCutoff=0.001, conditional=FALSE, testDirection="over") (overRepresented = hyperGTest(params)) ################################################### ### chunk number 11: HyperInterpretation ################################################### head(summary(overRepresented), n=3) ################################################### ### chunk number 12: HyperReport eval=FALSE ################################################### ## fl <- tempfile() ## htmlReport(overRepresented, file=fl) ## browseURL(fl)