################################################### ### chunk number 1: loadlibs ################################################### library("RbcBook1") library("Rgraphviz") library("RBGL") library("graph") library("RColorBrewer") library("geneplotter") library("GOstats") library("GO") histcolor <- brewer.pal(7, "Pastel1")[5] twocolors <- c(brewer.pal(11,"RdYlGn")[7], brewer.pal(11,"RdYlBu")[7]) sixcolors <- brewer.pal(6, "Dark2") hundredcolors <- colorRampPalette( c(brewer.pal(9, "Pastel1"), brewer.pal(8, "Pastel2")))(100) graphVizAttrs <- getDefaultAttrs() graphVizAttrs$node$fillcolor <- twocolors[1] ################################################### ### chunk number 2: sgraph ################################################### myNodes <- c('s', 'p', 'q', 'r') myEdges <- list(s=list(edges=c('p', 'q')), p=list(edges=c('p', 'q')), q=list(edges=c('p', 'r')), r=list(edges=c('s'))) g <- new('graphNEL', nodes=myNodes, edgeL=myEdges, edgemode='directed') g ################################################### ### chunk number 3: sgraph ################################################### plot(g, attrs=graphVizAttrs) ################################################### ### chunk number 4: prepareSetOps ################################################### V <- letters[1:4] set.seed(4713) ug1 <- randomGraph(V, 1, .55) ug2 <- randomGraph(V, 1, .55) myPlot <- function(g, i, tit) { plot(g, nodeAttrs=makeNodeAttrs(g, fillcolor=sixcolors[i]), main=tit) } ################################################### ### chunk number 5: setOps1 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(ug1, 1, "ug1") ################################################### ### chunk number 6: setOps2 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(complement(ug1), 2, "complement(ug1)") ################################################### ### chunk number 7: setOps3 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(ug2, 3, "ug2") ################################################### ### chunk number 8: setOps4 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(complement(ug2), 4, "complement(ug2)") ################################################### ### chunk number 9: setOps5 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(intersection(ug1,ug2), 5, "intersection(ug1, ug2)") ################################################### ### chunk number 10: setOps6 ################################################### par(cex.main=2) myPlot(union(ug1,ug2), 6, "union(ug1, ug2)")