### R code from vignette source 'vignettes/ensemblVEP/inst/doc/ensemblVEP.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library(ensemblVEP)


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### code chunk number 2: man_page (eval = FALSE)
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## ?ensemblVEP
## ?VEPParam


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### code chunk number 3: default_VEPParam
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param <- VEPParam()
param
basic(param)


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### code chunk number 4: rtn_GRanges
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fl <- system.file("extdata", "gl_chr1.vcf", package="VariantAnnotation")
gr <- ensemblVEP(fl)


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### code chunk number 5: show_GRanges
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head(gr, 3)


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### code chunk number 6: structural_vcf
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fl <- system.file("extdata", "structural.vcf", package="VariantAnnotation")


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### code chunk number 7: set_vcf
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param <- VEPParam(output=c(vcf=TRUE))


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### code chunk number 8: set_format
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input(param)$format <- "vcf"


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### code chunk number 9: rtn_VCF
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vcf <- ensemblVEP(fl, param)


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### code chunk number 10: rtn_VCF
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info(vcf)$CSQ


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### code chunk number 11: parseCSQToGRanges
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csq <- parseCSQToGRanges(vcf)
head(csq, 3)


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### code chunk number 12: map_rownames
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splt <- splitAsList(csq, csq$VCFRowID)
names(splt) <- dimnames(vcf)[[1]] 
sapply(splt, length)


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### code chunk number 13: output_file_default
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input(param)$output_file


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### code chunk number 14: output_file_filename
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input(param)$output_file <- "/mypath/myfile"


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### code chunk number 15: ouput_slot
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## Write a vcf file to myfile.vcf:
myparam <- VEPParam(output=c(vcf=TRUE),
                    input=c(output_file="/path/myfile.vcf"))
## Write a gvf file to myfile.gvf:
myparam <- VEPParam(output=c(gvf=TRUE),
                    input=c(output_file="/path/myfile.gvf"))
## Write a tab delimited file to myfile.txt:
myparam <- VEPParam(input=c(output_file="/path/myfile.txt"))


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### code chunk number 16: samplefile
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fl <- system.file("extdata", "ex2.vcf", package="VariantAnnotation")


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### code chunk number 17: runtime1 (eval = FALSE)
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## param <- VEPParam(output=c(regulatory=TRUE))
## gr <- ensemblVEP(fl, param) 


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### code chunk number 18: runtime2 (eval = FALSE)
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## param <- VEPParam(input=c(format="vcf"),
##                   output=c(hgnc=TRUE, terms="so"))
## gr <- ensemblVEP(fl, param) 


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### code chunk number 19: runtime3 (eval = FALSE)
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## param <- VEPParam(filterqc=c(check_existing=TRUE, coding_only=TRUE),
##                   output=c(hgvs=TRUE))
## gr <- ensemblVEP(fl, param) 


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### code chunk number 20: sessionInfo
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sessionInfo()