### R code from vignette source 'ChIPComp.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: ChIPComp.Rnw:57-61 ################################################### library(ChIPComp) confs=makeConf(system.file("extdata", "conf.csv", package="ChIPComp")) conf=confs$conf design=confs$design ################################################### ### code chunk number 3: ChIPComp.Rnw:64-76 ################################################### conf=data.frame( SampleID=1:4, condition=c("Helas3","Helas3","K562","K562"), factor=c("H3k27ac","H3k27ac","H3k27ac","H3k27ac"), ipReads=system.file("extdata",c("Helas3.ip1.bed","Helas3.ip2.bed","K562.ip1.bed","K562.ip2.bed"),package="ChIPComp"), ctReads=system.file("extdata",c("Helas3.ct.bed","Helas3.ct.bed","K562.ct.bed","K562.ct.bed"),package="ChIPComp"), peaks=system.file("extdata",c("Helas3.peak.bed","Helas3.peak.bed","K562.peak.bed","K562.peak.bed"),package="ChIPComp") ) conf$condition=factor(conf$condition) conf$factor=factor(conf$factor) design=as.data.frame(lapply(conf[,c("condition","factor")],as.numeric))-1 design=as.data.frame(model.matrix(~condition,design)) ################################################### ### code chunk number 4: ChIPComp.Rnw:80-81 ################################################### countSet=makeCountSet(conf,design,filetype="bed", species="hg19",binsize=1000) ################################################### ### code chunk number 5: figureexample ################################################### plot(countSet) ################################################### ### code chunk number 6: ChIPComp.Rnw:91-93 ################################################### countSet=ChIPComp(countSet) print(countSet) ################################################### ### code chunk number 7: ChIPComp.Rnw:97-98 ################################################### data(seqData) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())