### R code from vignette source 'vignettes/DOSE/inst/doc/DOSE.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: options
###################################################
options(digits=3, width=80, prompt=" ", continue=" ")


###################################################
### code chunk number 2: DOSE.Rnw:107-109
###################################################
library(DOSE)
help(DOSE)


###################################################
### code chunk number 3: enrichment analysis
###################################################
data(geneList)
gene <- names(geneList)[geneList > 1 | geneList < 1]
x <- enrichDO(gene, pvalueCutoff=0.05)
head(summary(x))


###################################################
### code chunk number 4: barplot
###################################################
barplot(x)


###################################################
### code chunk number 5: GSEA analysis
###################################################
y <- gseaAnalyzer(geneList, setType="DO", nPerm=100, 
                  minGSSize=120, pvalueCutoff=0.05, 
                  pAdjustMethod="BH", verbose=FALSE)
res <- summary(y)
head(res)
topID <- res[1,1]
topID


###################################################
### code chunk number 6: gseaplot
###################################################
gseaplot(y, geneSetID = topID)


###################################################
### code chunk number 7: sessInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())