### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.Rnw:37-40 ################################################### options(width=60) options(continue=" ") set.seed(1234) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(RDRToolbox) ################################################### ### code chunk number 3: vignette.Rnw:68-69 (eval = FALSE) ################################################### ## swissData=SwissRoll(N = 1000, Plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: vignette.Rnw:88-91 ################################################### sim = generateData(samples=20, genes=1000, diffgenes=100, diffsamples=10) simData = sim[[1]] simLabels = sim[[2]] ################################################### ### code chunk number 5: vignette.Rnw:94-97 ################################################### sim = generateData(samples=20, genes=1000, diffgenes=100, cov1=0.2, cov2=0, blocksize=10) simData = sim[[1]] simLabels = sim[[2]] ################################################### ### code chunk number 6: vignette.Rnw:110-114 ################################################### simData_dim3_lle = LLE(data=simData, dim=3, k=10) head(simData_dim3_lle) simData_dim2_lle = LLE(data=simData, dim=2, k=5) head(simData_dim2_lle) ################################################### ### code chunk number 7: vignette.Rnw:122-124 ################################################### simData_dim2_IM = Isomap(data=simData, dims=2, k=10) head(simData_dim2_IM$dim2) ################################################### ### code chunk number 8: vignette.Rnw:128-129 ################################################### simData_dim1to10_IM = Isomap(data=simData, dims=1:10, k=10, plotResiduals=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: vignette.Rnw:133-134 (eval = FALSE) ################################################### ## Isomap(data=simData, dims=2, mod=TRUE, k=10) ################################################### ### code chunk number 10: vignette.Rnw:145-146 ################################################### plotDR(data=simData_dim2_lle, labels=simLabels) ################################################### ### code chunk number 11: vignette.Rnw:151-154 ################################################### samples = c(rep("class 1", 10), rep("class 2", 10)) #letters[1:20] labels = c("first component", "second component") plotDR(data=simData_dim2_lle, labels=simLabels, axesLabels=labels, text=samples) ################################################### ### code chunk number 12: vignette.Rnw:158-159 (eval = FALSE) ################################################### ## plotDR(data=simData_dim3_lle, labels=simLabels) ################################################### ### code chunk number 13: vignette.Rnw:174-176 ################################################### d = generateData(samples=20, genes=50, diffgenes=10, blocksize=5) DBIndex(data=d[[1]], labels=d[[2]]) ################################################### ### code chunk number 14: vignette.Rnw:179-180 ################################################### DBIndex(data=simData_dim2_lle, labels=simLabels) ################################################### ### code chunk number 15: vignette.Rnw:189-191 ################################################### library(golubEsets) data(Golub_Merge) ################################################### ### code chunk number 16: vignette.Rnw:195-199 ################################################### golubExprs = t(exprs(Golub_Merge)) labels = pData(Golub_Merge)$ALL.AML dim(golubExprs) show(labels) ################################################### ### code chunk number 17: vignette.Rnw:203-204 ################################################### Isomap(data=golubExprs, dims=1:10, plotResiduals=TRUE, k=5) ################################################### ### code chunk number 18: vignette.Rnw:209-211 ################################################### golubIsomap = Isomap(data=golubExprs, dims=2, k=5) golubLLE = LLE(data=golubExprs, dim=2, k=5) ################################################### ### code chunk number 19: vignette.Rnw:214-216 ################################################### DBIndex(data=golubIsomap$dim2, labels=labels) DBIndex(data=golubLLE, labels=labels) ################################################### ### code chunk number 20: plotGolubIsomap ################################################### plotDR(data=golubIsomap$dim2, labels=labels, axesLabels=c("", ""), legend=TRUE) title(main="Isomap") ################################################### ### code chunk number 21: plotGolubLLE ################################################### plotDR(data=golubLLE, labels=labels, axesLabels=c("", ""), legend=TRUE) title(main="LLE")