### R code from vignette source 'crlmmDownstream.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadData ################################################### library(oligoClasses) library(VanillaICE) library(crlmm) library(IRanges) library(foreach) ################################################### ### code chunk number 2: data ################################################### data(cnSetExample, package="crlmm") ################################################### ### code chunk number 3: parse_cnSet ################################################### se <- as(cnSetExample, "SnpArrayExperiment") ################################################### ### code chunk number 4: windowselection (eval = FALSE) ################################################### ## library(ArrayTV) ## i <- seq_len(ncol(se)) ## increms <- c(10,1000,100e3) ## wins <- c(100,10e3,1e6) ## res <- gcCorrect(lrr(se), ## increms=increms, ## maxwins=wins, ## returnOnlyTV=FALSE, ## verbose=TRUE, ## build="hg18", ## chr=chromosome(se), ## starts=start(se)) ## se2 <- se ## assays(se2)[["cn"]] <- res$correctedVals ################################################### ### code chunk number 5: loesscorrection ################################################### ## TODO: correct for GC bias by loess se2 <- se ################################################### ### code chunk number 6: hmm ################################################### res <- hmm2(se2) ################################################### ### code chunk number 7: crlmmDownstream.Rnw:116-117 ################################################### toLatex(sessionInfo())