### R code from vignette source 'MAplots.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPackage ################################################### library(affyPLM) options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: makeExpressionSet ################################################### require(affydata) data(Dilution) eset.Dilution <- rma(Dilution) ################################################### ### code chunk number 3: FirstUsageShow (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,2)) ## MAplot(eset.Dilution) ################################################### ### code chunk number 4: FirstUsageDo ################################################### png("MAplotFirstUse.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(2,2)) MAplot(eset.Dilution) dev.off() ################################################### ### code chunk number 5: smoothScatterShow (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,2)) ## MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter") ################################################### ### code chunk number 6: smoothScatterDo ################################################### ##bitmap("MAplotsmoothScatter.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300) png("MAplotsmoothScatter.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(2,2)) MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256) dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: RefUsageShow (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,2)) ## MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter",ref=1) ################################################### ### code chunk number 8: RefUsageDo ################################################### png("MAplotsmoothScatterRef.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(2,2)) MAplot(eset.Dilution,ref=1,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256) dev.off() ################################################### ### code chunk number 9: RefUsageWhichShow (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,1)) ## MAplot(eset.Dilution,which=c(2,4),ref=1,plot.method="smoothScatter") ################################################### ### code chunk number 10: RefUsageWhichShow ################################################### png("MAplotsmoothScatterWhich.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(2,1)) MAplot(eset.Dilution,which=c(2,4),ref=1,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256) dev.off() ################################################### ### code chunk number 11: SubsetUsageWhichShow (eval = FALSE) ################################################### ## par(mfrow=c(2,1)) ## MAplot(eset.Dilution,which=c(1,2),ref=c(1,2),plot.method="smoothScatter") ################################################### ### code chunk number 12: SubsetUsageWhichDo ################################################### png("MAplotsmoothScatterSubset.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(2,1)) MAplot(eset.Dilution,which=c(1,2),ref=c(1,2),plot.method="smoothScatter",nrpoints=256) dev.off() ################################################### ### code chunk number 13: SubsetUsageWithNames ################################################### MAplot(eset.Dilution,which=c("20A","20B"),ref=c("20A","20B"),plot.method="smoothScatter",nrpoints=256) ################################################### ### code chunk number 14: calcPA ################################################### PA.calls <- mas5calls(Dilution) Is.Present <- exprs(PA.calls) == "P" Number.Present <- apply(Is.Present,1,sum) ################################################### ### code chunk number 15: addShow (eval = FALSE) ################################################### ## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==4,],show.statistics=FALSE,which=1,pch=20,cex=0.4,ylim=c(-0.8,0.8),xlim=c(2,15),add.loess=FALSE) ## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==0,],plot.method="add",col="red",which=1,pch=20,cex=0.4,show.statistics=FALSE,add.loess=FALSE) ## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==3,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="green",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) ## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==2,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="blue",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) ## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==1,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="orange",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) ################################################### ### code chunk number 16: addDo ################################################### png("MAplotadd.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") par(mfrow=c(1,1)) MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==4,],show.statistics=FALSE,which=1,pch=20,cex=0.4,ylim=c(-0.8,0.8),xlim=c(2,15),add.loess=FALSE) MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==0,],plot.method="add",col="red",which=1,pch=20,cex=0.4,show.statistics=FALSE,add.loess=FALSE) MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==3,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="green",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==2,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="blue",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==1,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="orange",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 17: groupsShow (eval = FALSE) ################################################### ## MAplot(eset.Dilution,groups=c("Liver 20","Liver 20","Liver 10","Liver 10"),ref="Liver 10") ################################################### ### code chunk number 18: groupsDo ################################################### png("MAplotgroups.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in") MAplot(eset.Dilution,groups=c("Liver 20","Liver 20","Liver 10","Liver 10"),ref="Liver 10") dev.off() ################################################### ### code chunk number 19: MAplots.Rnw:257-259 ################################################### ## give ghostscript on Windows a few seconds to catch up Sys.sleep(10)