### R code from vignette source 'QualityAssess.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPackage ################################################### library(affyPLM) options(width=40) ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### require(affydata) data(Dilution) # an example dataset provided by the affydata package #FIXME:remove the next line Dilution = updateObject(Dilution) Pset <- fitPLM(Dilution) ################################################### ### code chunk number 3: weightsImageShow (eval = FALSE) ################################################### ## image(Pset,which=2) ################################################### ### code chunk number 4: weightsImageDo ################################################### png("Quality-weightimage1a.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2) dev.off() ################################################### ### code chunk number 5: weightscolorImageShow (eval = FALSE) ################################################### ## image(Pset,which=2,col=gray(0:25/25),add.legend=TRUE) ## image(Pset,which=2,col=gray(25:0/25),add.legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: weightscolorImageDo ################################################### png("Quality-weightimage2a.png",height=8,width=8,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2,col=gray(0:25/25),add.legend=T) dev.off() png("Quality-weightimage2b.png",height=8,width=8,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2,col=gray(25:0/25),add.legend=T) dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: residualImageShow (eval = FALSE) ################################################### ## image(Pset,which=2, type="resids") ## image(Pset,which=2, type="pos.resids") ## image(Pset,which=2, type="neg.resids") ## image(Pset,which=2, type="sign.resids") ################################################### ### code chunk number 8: residualImageDo ################################################### png("Quality-residualimages1.png",height=4,width=4,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2, type="resids") dev.off() png("Quality-residualimages2.png",height=4,width=4,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2, type="pos.resids") dev.off() png("Quality-residualimages3.png",height=4,width=4,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2, type="neg.resids") dev.off() png("Quality-residualimages4.png",height=4,width=4,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2, type="sign.resids") dev.off() ################################################### ### code chunk number 9: residualcolorImageShow (eval = FALSE) ################################################### ## image(Pset,which=2,type="resids",col=pseudoPalette(low="darkgreen",high="magenta",mid="lightgrey"),add.legend=TRUE) ## image(Pset,which=2,type="pos.resids",col=pseudoPalette(low="yellow",high="darkblue"),add.legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: residualcolorImageDo ################################################### png("Quality-residualimages5.png",height=8,width=8,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2,type="resids",col=pseudoPalette(low="darkgreen",high="magenta",mid="lightgrey"),add.legend=TRUE) dev.off() png("Quality-residualimages6.png",height=8,width=8,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) image(Pset,which=2,type="pos.resids",col=pseudoPalette(low="yellow",high="darkblue"),add.legend=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 11: RLEShow (eval = FALSE) ################################################### ## RLE(Pset,main="RLE for Dilution dataset") ################################################### ### code chunk number 12: RLEDo ################################################### png("Quality-RLE.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) RLE(Pset,main="RLE for Dilution dataset") dev.off() ################################################### ### code chunk number 13: rleStat ################################################### RLE(Pset,type="stats") ################################################### ### code chunk number 14: NUSEShow (eval = FALSE) ################################################### ## NUSE(Pset,main="NUSE for Dilution dataset") ################################################### ### code chunk number 15: NUSEDo ################################################### png("Quality-NUSE.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in") par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0)) NUSE(Pset,main="NUSE for Dilution dataset") dev.off() ################################################### ### code chunk number 16: nuseStat ################################################### NUSE(Pset,type="stats") ################################################### ### code chunk number 17: QualityAssess.Rnw:250-252 ################################################### ## give ghostscript on Windows a few seconds to catch up (UGLY HACK) Sys.sleep(10)