### R code from vignette source 'arrayMvout.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: dddd ################################################### library(arrayMvout) data(maqcQA) mm = ArrayOutliers(maqcQA[, 3:11], alpha=.01) mm ################################################### ### code chunk number 2: dde ################################################### data(itnQA) ii = ArrayOutliers(itnQA, alpha=.01) ii ################################################### ### code chunk number 3: lklk ################################################### plot(ii, choices=c(1,3)) ################################################### ### code chunk number 4: doapan (eval = FALSE) ################################################### ## library(arrayMvout) ## library(MAQCsubset) ## if (!exists("afxsub")) data(afxsub) ## sn = sampleNames(afxsub) ## if (nchar(sn)[1] > 6) { ## sn = substr(sn, 3, 8) ## sampleNames(afxsub) = sn ## } ################################################### ### code chunk number 5: lkda (eval = FALSE) ################################################### ## opar = par(no.readonly=TRUE) ## par(mar=c(10,5,5,5), las=2) ## boxplot(afxsub, main="MAQC subset", ## col=rep(c("green", "blue", "orange"), c(8,8,8))) ## par(opar) ################################################### ### code chunk number 6: lkadas (eval = FALSE) ################################################### ## #afxsubDEG = AffyRNAdeg(afxsub) ## #save(afxsubDEG, file="afxsubDEG.rda") ## library(arrayMvout) ## data(afxsubDEG) ## plotAffyRNAdeg(afxsubDEG, ## col=rep(c("green", "blue", "orange"),c(8,8,8))) ################################################### ### code chunk number 7: asdad (eval = FALSE) ################################################### ## #afxsubQC = qc(afxsub) ## #save(afxsubQC, file="afxsubQC.rda") ## data(afxsubQC) ## plot(afxsubQC) ################################################### ### code chunk number 8: splm (eval = FALSE) ################################################### ## library(affyPLM) ## #if (file.exists("splm.rda")) load("splm.rda") ## #if (!exists("splm")) splm = fitPLM(afxsub) ## splm = fitPLM(afxsub) ## #save(splm, file="splm.rda") ################################################### ### code chunk number 9: don (eval = FALSE) ################################################### ## png(file="doim.png") ## par(mar=c(7,5,5,5),mfrow=c(2,2),las=2) ## NUSE(splm, ylim=c(.85,1.3)) ## RLE(splm) ## image(splm, which=2, type="sign.resid") ## image(splm, which=5, type="sign.resid") ################################################### ### code chunk number 10: adadadadadad (eval = FALSE) ################################################### ## dev.off() ################################################### ### code chunk number 11: doao (eval = FALSE) ################################################### ## AO = ArrayOutliers(afxsub, alpha=0.05, qcOut=afxsubQC, ## plmOut=splm, degOut=afxsubDEG) ## nrow(AO[["outl"]]) ################################################### ### code chunk number 12: doaaa (eval = FALSE) ################################################### ## AO[[3]][1:2, ] ################################################### ### code chunk number 13: doz (eval = FALSE) ################################################### ## library(mdqc) ## mdq = mdqc( AO[[3]], robust="MVE" ) ## mdq ################################################### ### code chunk number 14: doada (eval = FALSE) ################################################### ## require(mvoutData) ## data(s12c) ################################################### ### code chunk number 15: aaadas (eval = FALSE) ################################################### ## image(s12c[,1]) ################################################### ### code chunk number 16: doaaaasdas (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c = ArrayOutliers(s12c, alpha=0.05) ################################################### ### code chunk number 17: lkres (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c[[1]] ################################################### ### code chunk number 18: lkaaa (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c[[4]] ################################################### ### code chunk number 19: doma (eval = FALSE) ################################################### ## mdqc(aos12c[[3]], robust="MVE") ################################################### ### code chunk number 20: DoSessionInfo ################################################### sessionInfo()