### R code from vignette source 'rtPCR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: specifyFiles ################################################### library(Biobase) library(lattice) library(RColorBrewer) library(ddCt) datadir <- function(x) system.file("extdata", x, package="ddCt") savedir <- function(x) file.path(tempdir(), x) file.names <- c(datadir("Experiment1.txt"),datadir("Experiment2.txt")) info <- datadir("sampleData.txt") warningFile <- savedir("warnings.txt") ################################################### ### code chunk number 2: readingData ################################################### name.reference.sample <- c("Sample1", "Sample2") name.reference.gene <- c("Gene2") ################################################### ### code chunk number 3: readData ################################################### library(Biobase) CtData <- SDMFrame(file.names) sampleInformation <- read.AnnotatedDataFrame(info,header=TRUE, row.names=NULL) ################################################### ### code chunk number 4: calculating ################################################### result <- ddCtExpression(CtData, calibrationSample=name.reference.sample, housekeepingGene=name.reference.gene, sampleInformation=sampleInformation, warningStream=warningFile) ################################################### ### code chunk number 5: showMAD ################################################### CtErr(result) ################################################### ### code chunk number 6: vis ################################################### br <- errBarchart(result) print(br) ################################################### ### code chunk number 7: write Tables ################################################### elistWrite(result,file=savedir("allValues.txt")) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)