### R code from vignette source 'ibh.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ibhExample ################################################### library(ibh) data(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId) geneList <- list(839226, 817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404) ibh(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId, geneList) ################################################### ### code chunk number 2: ibhBioGRIDExample1 ################################################### geneList <- list(839226, 817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404) ibhBioGRID(geneList, organism = "arabidopsis", idType = "EntrezId") ################################################### ### code chunk number 3: ibhBioGRIDExample2 ################################################### geneList <- list("YJR151C", "YBL032W", "YAL040C", "YBL072C", "YCL050C", "YCR009C") ibhBioGRID(geneList, organism = "yeast", idType = "UniqueId") ################################################### ### code chunk number 4: ibhForMultipleGeneListsExample ################################################### data(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId) listofGeneList <- list(list(839226, 817241, 824340, 832179, 818561, 831145, 838782, 826404), list(832018, 839226, 838824)) ibhForMultipleGeneLists(ArabidopsisBioGRIDInteractionEntrezId, listofGeneList) ################################################### ### code chunk number 5: ibhForMultipleGeneListsBioGRIDExample ################################################### listofGeneList <- list(list("YJR151C", "YBL032W", "YAL040C", "YBL072C", "YCL050C", "YCR009C"), list("YDR063W", "YDR074W", "YDR080W", "YDR247W", "YGR183C", "YHL033C"), list("YOL068C", "YOL015W", "YOL009C", "YOL004W", "YOR065W")) ibhForMultipleGeneListsBioGRID(listofGeneList, organism = "yeast", idType = "UniqueId") ################################################### ### code chunk number 6: ibhClusterEvalExample ################################################### require(yeastCC) require(stats) data(yeastCC) require(simpIntLists) data(YeastBioGRIDInteractionUniqueId) subset <- exprs(yeastCC)[1:50, ] d <- dist(subset, method = "euclidean") k <- kmeans(d, 3) ibhClusterEval(k$cluster, rownames(subset), YeastBioGRIDInteractionUniqueId) ################################################### ### code chunk number 7: ibhClusterEvalBioGRIDExample ################################################### ibhClusterEvalBioGRID(k$cluster, rownames(subset), organism = "yeast", idType = "UniqueId")