### R code from vignette source 'quick-start.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: read ################################################### library(rsbml) doc <- rsbml_read(system.file("sbml", "GlycolysisLayout.xml", package = "rsbml"), dom = FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: dom ################################################### dom <- rsbml_dom(doc) ################################################### ### code chunk number 3: ids ################################################### sapply(species(model(dom)), id) ################################################### ### code chunk number 4: graph ################################################### g <- rsbml_graph(doc) graph::nodes(g) ################################################### ### code chunk number 5: check ################################################### rsbml_check(doc) ################################################### ### code chunk number 6: problems ################################################### tryCatch(rsbml_read("non-existent-file.xml"), error = function(err) err$msg) ################################################### ### code chunk number 7: xml ################################################### xml <- rsbml_xml(doc)