### R code from vignette source 'BicARE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BicARE.Rnw:41-42 ################################################### require(BicARE) ################################################### ### code chunk number 2: BicARE.Rnw:47-49 ################################################### data(sample.bicData) sample.bicData ################################################### ### code chunk number 3: BicARE.Rnw:55-56 ################################################### residue(sample.bicData) ################################################### ### code chunk number 4: BicARE.Rnw:64-66 ################################################### set.seed(1) res.biclustering <- FLOC(sample.bicData, k=15, pGene=0.3, pSample=0.6, r=0.01, 10, 8, 200) ################################################### ### code chunk number 5: BicARE.Rnw:68-69 ################################################### res.biclustering ################################################### ### code chunk number 6: BicARE.Rnw:79-87 ################################################### init.genes <- matrix(data=0, nrow=352, ncol=5) init.samples <- matrix(data=0, nrow=26, ncol=5) init.genes[1:10,1] <- 1 init.genes[20:30,2] <- 1 init.genes[50:60,3] <- 1 init.samples[1:5,3] <- 1 init.samples[1:5,4] <- 1 init.samples[10:15,5] <- 1 ################################################### ### code chunk number 7: BicARE.Rnw:100-102 ################################################### bic <- bicluster(res.biclustering, 6, graph=FALSE) plot(bic) ################################################### ### code chunk number 8: BicARE.Rnw:111-113 ################################################### gsc <- GeneSetCollection(res.biclustering$ExpressionSet[1:50], setType=GOCollection()) res.bic2 <- testSet(res.biclustering, gsc) ################################################### ### code chunk number 9: BicARE.Rnw:122-123 ################################################### pData(sample.bicData) ################################################### ### code chunk number 10: BicARE.Rnw:126-127 ################################################### res.bic2 <- testAnnot(res.biclustering, annot=pData(sample.bicData), covariates=c("sex", "type"))