### R code from vignette source 'MiChip.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadLibary ################################################### library(MiChip) ################################################### ### code chunk number 2: defaultRawData ################################################### datadir <-system.file("extdata", package="MiChip") defaultRawData <- parseRawData(datadir) ################################################### ### code chunk number 3: noe ################################################### noEmptiesDataSet <- removeUnwantedRows(defaultRawData, c("Empty")) ################################################### ### code chunk number 4: humanDataSet ################################################### humanDataSet <- standardRemoveRows(defaultRawData) ################################################### ### code chunk number 5: flagCorrectDataSet ################################################### flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet) ################################################### ### code chunk number 6: flagCorrectedDataSet ################################################### flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet, intensityCutoff = 50) ################################################### ### code chunk number 7: summedData ################################################### summedData <- summarizeIntensitiesAsMedian(flagCorrectedDataSet,minSumlength = 0, madAdjust=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: plotIntensities ################################################### plotIntensitiesScatter(exprs(summedData), NULL, "MiChipDemX", "SummarizedScatter") ################################################### ### code chunk number 9: boxplotSummed ################################################### boxplotData(exprs(summedData), "MiChipDemX", "Summarized") ################################################### ### code chunk number 10: mednormedData ################################################### mednormedData <- normalizePerChipMedian(summedData) ################################################### ### code chunk number 11: outputAnnot ################################################### outputAnnotatedDataMatrix(mednormedData, "MiChipDemo", "medNormedIntensity", "exprs") ################################################### ### code chunk number 12: myNormedEset ################################################### datadir <-system.file("extdata", package="MiChip") myNormedEset <- workedExampleMedianNormalize("NormedDemo", intensityCutoff = 50,datadir)