### R code from vignette source 'PloGO2_with_WGNCA_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: wgcnainput ################################################### library(PloGO2) library(xtable) path <- system.file("files", package = "PloGO2") print(xtable(read.csv(file.path(path,"rice.csv"))[1:6,c(1:2,5:7)])) ################################################### ### code chunk number 2: wgcnaplots ################################################### source(file.path(system.file("script", package = "PloGO2"), "WGCNA_proteomics.R")) ################################################### ### code chunk number 3: wgcnaoutput ################################################### print(xtable(readWorkbook("ResultsWGCNA.xlsx", "red")[1:6,c(1:2,5:7,23:24)])) ################################################### ### code chunk number 4: wgcna2plogo2 ################################################### annot.folder <- genAnnotationFiles("ResultsWGCNA.xlsx", DB.name = file.path(path, "pathwayDB.csv")) res <- PloPathway(reference="AllData", filesPath=annot.folder, data.file.name = file.path(path, "Abundance_data.csv"), datafile.ignore.cols = 1)