### R code from vignette source 'SMAP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: SMAP.Rnw:53-54 ################################################### library(SMAP) ################################################### ### code chunk number 2: SMAP.Rnw:79-86 ################################################### data(GBM) obs <- SMAPObservations(value=as.numeric(GBM[,2]), chromosome=as.character(GBM[,3]), startPosition=as.numeric(GBM[,4]), endPosition=as.numeric(GBM[,5]), name="G24460", reporterId=as.character(GBM[,1])) ################################################### ### code chunk number 3: SMAP.Rnw:93-94 ################################################### plot(obs, ylab="ratio", ylim=c(0,2)) ################################################### ### code chunk number 4: SMAP.Rnw:100-103 ################################################### ids <- which(chromosome(obs) == "9") plot(obs[ids], ylab="ratio", ylim=c(0,2), main=paste(name(obs), "chromosome 9")) ################################################### ### code chunk number 5: SMAP.Rnw:136-141 ################################################### init.means <- c(0.4, 0.7, 1, 1.3, 1.6, 3) init.sds <- rep(0.1, 6) phi <- cbind(init.means, init.sds) hmm <- SMAPHMM(noStates=6, Phi=phi, initTrans=0.02) hmm ################################################### ### code chunk number 6: SMAP.Rnw:201-202 ################################################### profile <- smap(hmm, obs, verbose=2) ################################################### ### code chunk number 7: SMAP.Rnw:208-209 ################################################### Q(profile) ################################################### ### code chunk number 8: SMAP.Rnw:215-216 ################################################### Phi(HMM(profile)) ################################################### ### code chunk number 9: SMAP.Rnw:225-227 ################################################### ## Plot results of all data: plot(profile, ylab="ratio", ylim=c(0,2)) ################################################### ### code chunk number 10: SMAP.Rnw:231-235 ################################################### ## Plot chromosomes with aberrations: chrom.selection <- as.character(c(1, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 19, 20)) selection <- which(chromosome(obs) %in% chrom.selection) plot(profile[selection], ylab="ratio", ylim=c(0, 2)) ################################################### ### code chunk number 11: SMAP.Rnw:239-245 ################################################### ## Plot all chromosomes separately: par(mfrow=c(3, 3)) for (c in chrom.selection) { ids <- which(chromosome(obs) == c) plot(profile[ids], ylab="ratio", ylim=c(0, 2), main=c) }