### R code from vignette source 'miRNAtap.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: miRNAtap.Rnw:73-76 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install() ################################################### ### code chunk number 2: miRNAtap.Rnw:82-86 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("miRNAtap") ## BiocManager::install("miRNAtap.db") ################################################### ### code chunk number 3: miRNAtap.Rnw:101-105 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("topGO") ## BiocManager::install("org.Hs.eg.db") ################################################### ### code chunk number 4: miRNAtap.Rnw:110-113 ################################################### library(miRNAtap) library(topGO) library(org.Hs.eg.db) ################################################### ### code chunk number 5: miRNAtap.Rnw:119-122 ################################################### mir = 'miR-10b' predictions = getPredictedTargets(mir, species = 'hsa', method = 'geom', min_src = 2) ################################################### ### code chunk number 6: miRNAtap.Rnw:127-128 ################################################### head(predictions) ################################################### ### code chunk number 7: miRNAtap.Rnw:137-140 ################################################### predictions_min = getPredictedTargets(mir, species = 'hsa', method = 'min', min_src = 2) head(predictions_min) ################################################### ### code chunk number 8: miRNAtap.Rnw:149-151 ################################################### predictions_rat = getPredictedTargets(mir, species = 'rno', method = 'geom', min_src = 2) ################################################### ### code chunk number 9: miRNAtap.Rnw:158-166 ################################################### rankedGenes = predictions[,'rank_product'] selection = function(x) TRUE # we do not want to impose a cut off, instead we are using rank information allGO2genes = annFUN.org(whichOnto='BP', feasibleGenes = NULL, mapping="org.Hs.eg.db", ID = "entrez") GOdata = new('topGOdata', ontology = 'BP', allGenes = rankedGenes, annot = annFUN.GO2genes, GO2genes = allGO2genes, geneSel = selection, nodeSize=10) ################################################### ### code chunk number 10: miRNAtap.Rnw:172-174 ################################################### results.ks = runTest(GOdata, algorithm = "classic", statistic = "ks") results.ks ################################################### ### code chunk number 11: miRNAtap.Rnw:180-182 ################################################### allRes = GenTable(GOdata, KS = results.ks, orderBy = "KS", topNodes = 20) allRes[,c('GO.ID','Term','KS')] ################################################### ### code chunk number 12: miRNAtap.Rnw:193-194 ################################################### toLatex(sessionInfo())