### R code from vignette source 'roar.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadLibAndCreateRoarObject ################################################### library(roar) library(rtracklayer) library(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14) gtf <- system.file("examples", "apa.gtf", package="roar") # HNRNPC ko data bamTreatment <- RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_BAMFILES[seq(5,8)] # control (HeLa wt) bamControl <- RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_BAMFILES[seq(1,3)] rds <- RoarDatasetFromFiles(bamTreatment, bamControl, gtf) ################################################### ### code chunk number 2: countReads ################################################### rds <- countPrePost(rds, FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: computeRoars ################################################### rds <- computeRoars(rds) ################################################### ### code chunk number 4: computePvals ################################################### rds <- computePvals(rds) ################################################### ### code chunk number 5: getResults ################################################### results <- totalResults(rds) ################################################### ### code chunk number 6: getFilteredResults ################################################### results_filtered <- pvalueFilter(rds, fpkmCutoff=-Inf, pvalCutoff=0.05) nrow(results_filtered[results_filtered$nUnderCutoff==12,])