### R code from vignette source 'sampleClassifier.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: load_package ################################################### library("sampleClassifier") ls("package:sampleClassifier") ################################################### ### code chunk number 3: sampleClassifier.Rnw:171-174 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("sampleClassifier") ################################################### ### code chunk number 4: load_rnaseqdata ################################################### library(sampleClassifierData) data("se_rnaseq_refmat") rnaseq_refmat <- assay(se_rnaseq_refmat) ################################################### ### code chunk number 5: load_microdata_1 ################################################### library(sampleClassifierData) data("se_micro_refmat") micro_refmat <- assay(se_micro_refmat) dim(micro_refmat) ################################################### ### code chunk number 6: load_microdata_2 ################################################### data("se_micro_testmat") micro_testmat <- assay(se_micro_testmat) dim(micro_testmat) ################################################### ### code chunk number 7: options2 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 8: classify_microdata ################################################### res1.list <- classifyProfile(ref_matrix=micro_refmat, query_mat=micro_testmat, chip1="hgu133plus2",chip2="hgu133a", write2File=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: show_results_1 ################################################### lapply(res1.list,"[",c(1,2),,drop=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: sampleClassifier.Rnw:227-228 ################################################### names(res1.list) <- unlist(strsplit(names(res1.list),split= " : "))[seq(2,32,2)] ################################################### ### code chunk number 11: options3 ################################################### options(width=90) ################################################### ### code chunk number 12: heatmap ################################################### get.heatmap(res1.list) ################################################### ### code chunk number 13: classify_microdata_svm ################################################### res1.svm.df <- classifyProfile.svm(ref_matrix=micro_refmat, query_mat=micro_testmat, chip1="hgu133plus2",chip2="hgu133a") res1.svm.df ################################################### ### code chunk number 14: classify_rnaseq ################################################### library(sampleClassifierData) data("se_rnaseq_refmat") rnaseq_refmat <- assay(se_rnaseq_refmat) dim(rnaseq_refmat) ################################################### ### code chunk number 15: load_testrnaseq ################################################### data("se_rnaseq_testmat") rnaseq_testmat <- assay(se_rnaseq_testmat) dim(rnaseq_testmat) ################################################### ### code chunk number 16: options4 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 17: classify_rnaseq2 ################################################### res2.list <- classifyProfile.rnaseq(ref_matrix=rnaseq_refmat, query_mat=rnaseq_testmat, gene.ids.type="ensembl",write2File=FALSE) ################################################### ### code chunk number 18: show_results2 ################################################### lapply(res2.list,"[",c(1,2),,drop=FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: options3 ################################################### options(width=80) ################################################### ### code chunk number 20: heatmap2 ################################################### get.heatmap(res2.list) ################################################### ### code chunk number 21: show_results3 ################################################### res2.svm.df <- classifyProfile.rnaseq.svm(ref_matrix=rnaseq_refmat, query_mat=rnaseq_testmat, gene.ids.type="ensembl") res2.svm.df ################################################### ### code chunk number 22: show_results4 ################################################### misclas.inds <- which(as.character(res2.svm.df[,1])!=as.character(res2.svm.df[,2])) colnames(res2.svm.df) <- c("query_real_class","predicted_class_by_SVM") pred.classifyProfile.rnaseq <- as.character(unlist(lapply(res2.list[which(names(res2.list) %in% as.character(res2.svm.df[misclas.inds,1]))],"[",1,1,drop=TRUE))) comp.df <- cbind(res2.svm.df[misclas.inds,], predicted_by_classifyProfile.rnaseq=pred.classifyProfile.rnaseq) comp.df ################################################### ### code chunk number 23: sessionInfo ################################################### sessionInfo()