### R code from vignette source 'prostateCancerGrasso.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: prostateCancerGrasso.Rnw:17-18 (eval = FALSE) ################################################### ## library(GEOquery) ################################################### ### code chunk number 2: prostateCancerGrasso.Rnw:24-26 (eval = FALSE) ################################################### ## geoData <- getGEO("GSE35988") ## geoData ################################################### ### code chunk number 3: prostateCancerGrasso.Rnw:31-52 (eval = FALSE) ################################################### ## ## pd <- rbind(pData(geoData[[1]]),pData(geoData[[2]])) ## ## groups = NULL ## groups[grep('benign', pd$characteristics_ch2, perl=TRUE)] = "Benign" ## groups[grep('localized', pd$characteristics_ch2, perl=TRUE)] = "HormomeDependant" ## groups[grep('metastatic', pd$characteristics_ch2, perl=TRUE)] = "CastrateResistant" ## ## pd <- data.frame(geo_accession=pd$geo_accession, Sample.Name= pd$title,Group=groups) ## ## fd <- fData(geoData[[1]])[,c("ID","GENE","GENE_SYMBOL")] ## ## exp <- cbind(exprs(geoData[[1]]), exprs(geoData[[2]])) ## ## geoData <- geoData[[1]] ## exprs(geoData) <- exp ## pData(geoData) <- pd ## fData(geoData) <- fd ## ## grasso <- geoData ## save(grasso, file="data/grasso.rda",compress="xz")