lab1Basics.R
################################################### ### chunk number 1: wd ################################################### getwd()
################################################### ### chunk number 2: loadPacks ################################################### library(Biobase) library(tkWidgets) library(genefilter)
################################################### ### chunk number 3: exprSet ################################################### slotNames("exprSet")
################################################### ### chunk number 4: loadData ################################################### library(golubEsets) data(golubTrain) data(golubTest) data(golubMerge)
################################################### ### chunk number 5: golubTrain ################################################### class(golubTrain) slotNames(golubTrain) golubTrain
################################################### ### chunk number 6: phenoData1 ################################################### phenoTrain<-phenoData(golubTrain) class(phenoTrain) slotNames(phenoTrain) varLabels(phenoTrain) pData(phenoTrain)
################################################### ### chunk number 7: phenoData2 ################################################### table(phenoTrain$ALL.AML) table(golubTest$ALL.AML)
################################################### ### chunk number 8: subset ################################################### golubTrain[1:10,1:3]
################################################### ### chunk number 9: filter ################################################### fg <- kOverA(k=10, A=10000) flist <- filterfun(fg) ans <- genefilter(golubTrain, flist) sum(ans)