################################################### ### chunk number 1: init1 ################################################### remove(list=ls()) options(width=69) ################################################### ### chunk number 2: loadlib ################################################### library("Biobase") ################################################### ### chunk number 3: load1 ################################################### getwd() ## Do you need to setwd()? ls() load("ALLmat.rda") ls() ################################################### ### chunk number 4: loadPhenoDataframe ################################################### samples <- read.table("ALL-sample-info.txt", header=TRUE, check.names=FALSE) ################################################### ### chunk number 5: loadVarMeta ################################################### varInfo <- read.table("ALL-varMeta.txt", header=TRUE, colClasses="character") varInfo[c("sex", "cod", "mol.biol"), , drop=FALSE] ################################################### ### chunk number 6: AnnotatedDataFrame ################################################### pd <- new("AnnotatedDataFrame", data=samples, varMetadata=varInfo) ################################################### ### chunk number 7: ExpressionSetFinally ################################################### ALLSet <- new("ExpressionSet", exprs=ALLmat, phenoData=pd, annotation="hgu95av2") ################################################### ### chunk number 8: helpExpressionSet eval=FALSE ################################################### ## help("ExpressionSet-class") ## class ? ExpressionSet ################################################### ### chunk number 9: showExpressionSet ################################################### ALLSet ################################################### ### chunk number 10: usingDollar ################################################### ALLSet$sex[1:5] == "F" ALLSet$"t(9;22)"[1:5] ################################################### ### chunk number 11: featureNames ################################################### featureNames(ALLSet)[1:5] ################################################### ### chunk number 12: sampleNames ################################################### sampleNames(ALLSet)[1:5] varLabels(ALLSet) ################################################### ### chunk number 13: exprs ################################################### mat <- exprs(ALLSet) adf <- phenoData(ALLSet) ################################################### ### chunk number 14: first10 ################################################### vv <- ALLSet[1:5, 1:3] dim(vv) featureNames(vv) sampleNames(vv) ################################################### ### chunk number 15: males ################################################### males <- ALLSet[ , ALLSet$sex == "M"] ################################################### ### chunk number 16: bcell ################################################### anyB <- grep("^B", ALLSet$BT) bcell <- ALLSet[ , anyB] ################################################### ### chunk number 17: ################################################### toLatex(sessionInfo())