################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### options(width = 40) ################################################### ### chunk number 2: load-targets ################################################### library(rtracklayer) data(targets) ################################################### ### chunk number 3: create-iranges ################################################### targetRanges <- IRanges(targets$start, targets$end) ################################################### ### chunk number 4: create-track ################################################### targetTrack <- with(targets, GenomicData(targetRanges, target, strand = strand, chrom = chrom, genome = "hg18")) ################################################### ### chunk number 5: attribute-accessors ################################################### head(start(targetTrack)) ################################################### ### chunk number 6: sol1-strand-accessor ################################################### head(strand(targetTrack)) ################################################### ### chunk number 7: sol2-width-accessor ################################################### genome(targetTrack) ################################################### ### chunk number 8: access-column ################################################### head(targetTrack$target) ################################################### ### chunk number 9: sol3-reconstruct ################################################### data.frame(chrom = chrom(targetTrack), start = start(targetTrack), end = end(targetTrack), strand = strand(targetTrack)) ################################################### ### chunk number 10: subset-features ################################################### ## get the first 10 targets first10 <- targetTrack[1:10,] ## get pos strand targets posTargets <- targetTrack[strand(targetTrack)=="+",] ## get chromosome 1 features chr1Targets <- targetTrack[1] ################################################### ### chunk number 11: sol4-subset ################################################### chr2 <- targetTrack["2"] negChr2 <- chr2[strand(chr2) == "-",] ################################################### ### chunk number 12: export ################################################### export(targetTrack, "targets.bed") restoredTrack <- import("targets.bed") ## as character vector targetChar <- export(targetTrack, format = "gff1") ################################################### ### chunk number 13: sol5-export-gff ################################################### export(targetTrack, "targets.gff") ################################################### ### chunk number 14: sol6-import-gff ################################################### targetGff <- import("targets.gff", genome = "hg18") ################################################### ### chunk number 15: browserSession ################################################### session <- browserSession("UCSC") ################################################### ### chunk number 16: genomeBrowsers ################################################### genomeBrowsers() ################################################### ### chunk number 17: layTrack ################################################### track(session, "targets") <- targetTrack ## equivalently session$targets <- targetTrack ################################################### ### chunk number 18: sol7-load-track eval=FALSE ################################################### ## session$target100 <- targetTrack[1:100,] ################################################### ### chunk number 19: first-site-range ################################################### region <- range(targetTrack[1,]) ################################################### ### chunk number 20: first-site-zoom ################################################### region <- region * -10 ################################################### ### chunk number 21: browserView ################################################### view <- browserView(session, region) ################################################### ### chunk number 22: sleep ################################################### Sys.sleep(20) ################################################### ### chunk number 23: sol8-create-view ################################################### viewOut <- browserView(session, range(view) * -2) ################################################### ### chunk number 24: browseGenome ################################################### browseGenome(targetTrack, range = range(targetTrack[1,]) * -10) ################################################### ### chunk number 25: set-view-range ################################################### ## zoom in 2X range(view) <- range(view) * 2 ################################################### ### chunk number 26: sol9-view-second-site ################################################### range(view) <- range(targetTrack[2,]) * -5 ################################################### ### chunk number 27: visible ################################################### ## hide the Conservation track visible(view)["Conservation"] <- FALSE ################################################### ### chunk number 28: sol10-show-conservation ################################################### visible(view)["Ensembl Genes"] <- TRUE ################################################### ### chunk number 29: get-track-names ################################################### head(trackNames(session)) ################################################### ### chunk number 30: download-track ################################################### cons <- track(session, "Conservation") ## or specific region cons <- track(session, "Conservation", range(view) * 2) ## shortcut cons <- session$Conservation ################################################### ### chunk number 31: session-info ################################################### sessionInfo()