### R code from vignette source 'A23_AnnotationAndVisualization.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(digits=2) library(SequenceAnalysisData) library(org.Dm.eg.db) ################################################### ### code chunk number 2: select ################################################### library(org.Dm.eg.db) columns(org.Dm.eg.db) keytypes(org.Dm.eg.db) uniprotKeys <- head(keys(org.Dm.eg.db, keytype="UNIPROT")) cols <- c("SYMBOL", "PATH") select(org.Dm.eg.db, keys=uniprotKeys, columns=cols, keytype="UNIPROT") ################################################### ### code chunk number 3: select-kegg ################################################### kegg <- select(org.Dm.eg.db, "00310", c("UNIPROT", "SYMBOL"), "PATH") nrow(kegg) head(kegg, 3) ################################################### ### code chunk number 4: tt-to-eg ################################################### library(SequenceAnalysisData) library(edgeR) library(org.Dm.eg.db) data(lrTest) tt <- as.data.frame(topTags(lrTest)) ################################################### ### code chunk number 5: tt-to-eg2 ################################################### fbids <- rownames(tt) cols <- c("ENTREZID", "SYMBOL") anno <- select(org.Dm.eg.db, fbids, cols, "FLYBASE") ttanno <- merge(tt, anno, by.x=0, by.y="FLYBASE") dim(ttanno) head(ttanno, 3) ################################################### ### code chunk number 6: biomaRt1 (eval = FALSE) ################################################### ## library(biomaRt) ## head(listMarts(), 3) ## list the marts ## head(listDatasets(useMart("ensembl")), 3) ## mart datasets ## ensembl <- ## fully specified mart ## useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") ## ## head(listFilters(ensembl), 3) ## filters ## myFilter <- "chromosome_name" ## head(filterOptions(myFilter, ensembl), 3) ## return values ## myValues <- c("21", "22") ## head(listAttributes(ensembl), 3) ## attributes ## myAttributes <- c("ensembl_gene_id","chromosome_name") ## ## ## assemble and query the mart ## res <- getBM(attributes = myAttributes, filters = myFilter, ## values = myValues, mart = ensembl) ################################################### ### code chunk number 7: txdb ################################################### library(TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene) txdb <- TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene ################################################### ### code chunk number 8: de ################################################### library(SequenceAnalysisData) data(lrTest) fbids <- rownames(topTags(lrTest)) ################################################### ### code chunk number 9: flybase-tx-gn ################################################### txnm <- select(txdb, fbids, "TXNAME", "GENEID") nrow(txnm) head(txnm, 3) ################################################### ### code chunk number 10: cdsBy ################################################### txnm <- txnm[!is.na(txnm$TXNAME),,drop=FALSE] cds <- cdsBy(txdb, "tx", use.names=TRUE)[txnm$TXNAME] length(cds) cds[1] ################################################### ### code chunk number 11: BSgenome ################################################### library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) txx <- extractTranscriptsFromGenome(Dmelanogaster, cds) length(txx) head(txx, 3) head(translate(txx), 3) ################################################### ### code chunk number 12: Gviz ################################################### library(Gviz) data(cpgIslands) chr <- "chr7" genome <- "hg19" ################################################### ### code chunk number 13: AnnotationTrack ################################################### atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name="CpG") plotTracks(atrack) ################################################### ### code chunk number 14: GenomeAxisTrack ################################################### gtrack <- GenomeAxisTrack() plotTracks(list(gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 15: IdeogramTrack ################################################### itrack <- IdeogramTrack(genome=genome, chromosome=chr) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 16: GeneRegionTrack ################################################### data(geneModels) grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=genome, chromosome=chr, name="Gene Model") tracks <- list(itrack, gtrack, atrack, grtrack) plotTracks(tracks) ################################################### ### code chunk number 17: Gviz-zoom ################################################### plotTracks(tracks, from=2.5e7, to=2.8e7) ################################################### ### code chunk number 18: Gviz-sequence ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) strack <- SequenceTrack(Hsapiens, chromosome=chr) plotTracks(c(tracks, strack), from=26450430, to=26450490, cex=.8) ################################################### ### code chunk number 19: Gviz-data ################################################### ## some data lim <- c(26700000, 26900000) coords <- seq(lim[1], lim[2], 101) dat <- runif(length(coords) - 1, min=-10, max=10) ## DataTrack dtrack <- DataTrack(data=dat, start=coords[-length(coords)], end= coords[-1], chromosome=chr, genome=genome, name="Uniform Random") plotTracks(c(tracks, dtrack)) ################################################### ### code chunk number 20: Gviz-figure ################################################### pdf("GvizFigure.pdf") plotTracks(c(tracks, dtrack)) xx <- capture.output(dev.off()) ################################################### ### code chunk number 21: shiny-app ################################################### library(shiny) appDir <- system.file("shiny", "AnnotationTable", package="StatisticalComputing2013") ################################################### ### code chunk number 22: shiny-run (eval = FALSE) ################################################### ## runApp(appDir) ################################################### ### code chunk number 23: ui ################################################### noquote(readLines(file.path(appDir, "ui.R"))) ################################################### ### code chunk number 24: shiny-install (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("shiny")