### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.Rnw:38-40 ################################################### options(width=90) options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(Scale4C) ################################################### ### code chunk number 3: importBasic4CseqData ################################################### csvFile <- system.file("extdata", "liverData.csv", package="Scale4C") liverReads <- importBasic4CseqData(csvFile, viewpoint = 21160072, viewpointChromosome = "chr10", distance = 1000000) head(liverReads) ################################################### ### code chunk number 4: initialiseObject ################################################### liverData = Scale4C(rawData = liverReads, viewpoint = 21160072, viewpointChromosome = "chr10") liverData ################################################### ### code chunk number 5: addPointsOfInterest ################################################### poiFile <- system.file("extdata", "vp.txt", package="Scale4C") pointsOfInterest(liverData) <- addPointsOfInterest(liverData, read.csv(poiFile, sep = "\t", stringsAsFactor = FALSE)) head(pointsOfInterest(liverData)) ################################################### ### code chunk number 6: plotInflectionPoints01 ################################################### plotInflectionPoints(liverData, 2, fileName = "", plotIP = FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: plotInflectionPoints02 ################################################### plotInflectionPoints(liverData, 50, fileName = "", plotIP = FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: calculateScaleSpace ################################################### scaleSpace(liverData) = calculateScaleSpace(liverData, maxSQSigma = 10) head(t(assay(scaleSpace(liverData), 1))[,1:5]) ################################################### ### code chunk number 9: calculateFingerprintMap ################################################### liverData = calculateFingerprintMap(liverData, maxSQSigma = 10) singularities(liverData) = findSingularities(liverData, 1, guessViewpoint = FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: adaptSingularities ################################################### data(liverData) tail(singularities(liverData)) # add viewpoint singularity singularities(liverData) = c(singularities(liverData), GRanges("chr10", IRanges(39, 42), "*", "sqsigma" = 2000, "left" = 40, "right" = 41, "type" = "peak")) # correct singularity's coordinates tempSingularities = singularities(liverData) tempSingularities$left[30] = 235 tempSingularities$right[30] = 250 tempSingularities$type[30] = "peak" singularities(liverData) = tempSingularities tail(singularities(liverData)) ################################################### ### code chunk number 11: plotTesselation ################################################### # use pre-calculated example data with VP and correction data(liverDataVP) plotTesselation(liverDataVP, fileName = "") ################################################### ### code chunk number 12: outputScaleSpaceTree ################################################### head(outputScaleSpaceTree(liverDataVP, useLog = FALSE)) ################################################### ### code chunk number 13: sessionInfo ################################################### sessionInfo()