### R code from vignette source 'goTools.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: goTools.Rnw:81-83 ################################################### library("goTools", verbose=FALSE) data(probeID) ################################################### ### code chunk number 2: goTools.Rnw:90-93 ################################################### class(affylist) length(affylist) affylist[[1]][1:5] ################################################### ### code chunk number 3: goTools.Rnw:140-143 (eval = FALSE) ################################################### ## library(GO.db) ## subset=c(L1=list(affylist[[1]][1:5]),L2=list(affylist[[2]][1:5])) ## res <-ontoCompare(subset, probeType="hgu133a") ################################################### ### code chunk number 4: ontoPlotEg1 (eval = FALSE) ################################################### ## library(GO.db) ## subset=c(L1=list(affylist[[1]][1:5]),L2=list(affylist[[2]][1:5])) ## res <- ontoCompare(subset, probeType="hgu133a", plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: goTools.Rnw:194-195 ################################################### EndNodeList() ################################################### ### code chunk number 6: goTools.Rnw:207-208 (eval = FALSE) ################################################### ## MFendnode <- CustomEndNodeList("GO:0003674", rank=2) ################################################### ### code chunk number 7: goTools.Rnw:216-217 (eval = FALSE) ################################################### ## res <- ontoCompare(subset, probeType="hgu133a", endnode=MFendnode, goType="MF")