### R code from vignette source 'mgsa.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: set_width ################################################### options( width = 80 ) ################################################### ### code chunk number 2: loadex ################################################### library(mgsa) data("example") example_go example_o ################################################### ### code chunk number 3: fitex ################################################### set.seed(0) fit = mgsa(example_o, example_go) fit ################################################### ### code chunk number 4: plotex ################################################### plot(fit) ################################################### ### code chunk number 5: setsResults ################################################### res = setsResults(fit) subset(res, estimate > 0.5) ################################################### ### code chunk number 6: readGAF ################################################### readGAF( system.file( "example_files/gene_association_head.sgd", package="mgsa" ) ) ################################################### ### code chunk number 7: mgsa_custom_set ################################################### mgsa( c("A", "B"), list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) ) ################################################### ### code chunk number 8: mgsa_custom_set ################################################### myset = new( "MgsaSets", sets=list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) ) mgsa(c("A", "B"), myset) mgsa(c("B", "C"), myset)