### R code from vignette source 'prebs.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: prebs.Rnw:38-41 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("prebs") ################################################### ### code chunk number 2: prebs.Rnw:46-49 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("prebsdata") ################################################### ### code chunk number 3: prebs.Rnw:59-61 ################################################### library(prebs) library(prebsdata) ################################################### ### code chunk number 4: prebs.Rnw:68-79 ################################################### bam_file1 <- system.file(file.path("sample_bam_files", "input1.bam"), package="prebsdata") bam_file2 <- system.file(file.path("sample_bam_files", "input2.bam"), package="prebsdata") bam_files <- c(bam_file1, bam_file2) custom_cdf_mapping1 <- system.file(file.path("custom-cdf", "HGU133Plus2_Hs_ENSG_mapping.txt"), package="prebsdata") custom_cdf_mapping2 <- system.file(file.path("custom-cdf", "HGU133A2_Hs_ENSG_mapping.txt"), package="prebsdata") manufacturer_cdf_mapping <- system.file(file.path("manufacturer-cdf", "HGU133Plus2_mapping.txt"), package="prebsdata") ################################################### ### code chunk number 5: prebs.Rnw:124-125 (eval = FALSE) ################################################### ## write.table(exprs(prebs_values), file="prebs_values.txt", quote=FALSE) ################################################### ### code chunk number 6: prebs.Rnw:187-192 (eval = FALSE) ################################################### ## library("parallel") ## N_CORES = 2 ## CLUSTER <- makeCluster(N_CORES) ## prebs_values <- calc_prebs(bam_files, custom_cdf_mapping1, cluster=CLUSTER) ## stopCluster(CLUSTER) ################################################### ### code chunk number 7: prebs.Rnw:198-199 (eval = FALSE) ################################################### ## prebs_values <- calc_prebs(bam_files, custom_cdf_mapping2) ################################################### ### code chunk number 8: prebs.Rnw:208-210 ################################################### prebs_values <- calc_prebs(bam_files, manufacturer_cdf_mapping) head(exprs(prebs_values)) ################################################### ### code chunk number 9: prebs.Rnw:219-221 (eval = FALSE) ################################################### ## prebs_values <- calc_prebs(bam_files, manufacturer_cdf_mapping, ## cdf_name="hgu133plus2cdf") ################################################### ### code chunk number 10: prebs.Rnw:273-276 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("hgu133plus2cdf") ################################################### ### code chunk number 11: prebs.Rnw:284-287 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("hgu133plus2probe") ################################################### ### code chunk number 12: prebs.Rnw:290-293 ################################################### library("hgu133plus2probe") probes <- as.data.frame(hgu133plus2probe) head(probes) ################################################### ### code chunk number 13: prebs.Rnw:298-302 (eval = FALSE) ################################################### ## library("affy") ## probes <- probes[substr(probes$Probe.Set.Name,1,4) != "AFFX",] ## probes$Probe.ID <- xy2indices(probes$x, probes$y, cdf="hgu133plus2cdf") ## write.table(probes, file="probes.txt", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: prebs.Rnw:320-338 (eval = FALSE) ################################################### ## probe_mappings <- read.table("output_probe_mappings.map") ## ## colnames(probe_mappings) <- c("Probe.ID", "strand", ## "chr", "start", "seq", "match", "multiple") ## ## # bowtie reports 0-offset, but _mapping.txt files are 1-offset ## probe_mappings$start <- probe_mappings$start + 1 ## ## probes <- read.table("probes.txt", head=TRUE) ## ## probes <- merge(probes, probe_mappings) ## ## output_table <- data.frame(Probe.Set.Name=probes$Probe.Set.Name, ## Chr=probes$chr, Chr.Strand=probes$strand, Chr.From=probes$start, ## Probe.X=probes$x, Probe.Y=probes$y, Affy.Probe.Set.Name=probes$Probe.Set.Name) ## ## write.table(output_table, file="HGU133Plus2_mapping.txt", ## quote=FALSE, sep="\t", row.names=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### sessionInfo()