### R code from vignette source 'qpcrNorm.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlib ################################################### library(qpcrNorm) data(qpcrBatch.object) ################################################### ### code chunk number 2: demoS4 ################################################### slotNames(qpcrBatch.object) ################################################### ### code chunk number 3: normR ################################################### mynormRI.data <- normQpcrRankInvariant(qpcrBatch.object, 1) ################################################### ### code chunk number 4: normRgenes ################################################### mynormRI.data@normGenes ################################################### ### code chunk number 5: normQ ################################################### mynormQuant.data <- normQpcrQuantile(qpcrBatch.object) ################################################### ### code chunk number 6: normH ################################################### mynormHK.data <- normQpcrHouseKeepingGenes(qpcrBatch.object, c("Gpx4")) ################################################### ### code chunk number 7: normZ ################################################### mynormQuant.data <- normalize(qpcrBatch.object, "quantile") mynormHK.data <- normalize(qpcrBatch.object, "housekeepinggenes", c("Gpx4")) ################################################### ### code chunk number 8: qbox ################################################### boxplot(data.frame(mynormQuant.data@exprs), names=paste("Time", 1:13, sep=""), col="darkgreen", ylab="Ct Value") ################################################### ### code chunk number 9: normHist ################################################### par(mfrow=c(2,2)) xr <- range(c(qpcrBatch.object@exprs, mynormHK.data@exprs, mynormQuant.data@exprs, mynormRI.data@exprs)) hist(qpcrBatch.object@exprs, breaks=30, prob=T, col="steelblue", main="Raw Data", xlab="Ct value", xlim=xr) hist(mynormHK.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="orange", main="HK-Gene-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) hist(mynormQuant.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="gold", main="Quantile-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) hist(mynormRI.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="orchid4", main="Rank-Invariant-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) ################################################### ### code chunk number 10: cvCalc ################################################### cvVals <- c(calcCV(qpcrBatch.object), calcCV(mynormHK.data), calcCV(mynormQuant.data), calcCV(mynormRI.data)) ################################################### ### code chunk number 11: plotCV ################################################### barplot(cvVals*100, col=c("steelblue", "orange", "gold", "orchid4"), ylab="Average CV(%)", beside=TRUE, names=c("Raw", "HK", "Quantile", "Rank-Invariant")) text(c(.75, 1.9, 3.1, 4.3), rep(2,4), round(cvVals*100, 2)) ################################################### ### code chunk number 12: qpcrNorm.Rnw:214-215 ################################################### plotVarMean(mynormQuant.data, mynormHK.data, normTag1="Quantile", normTag2="HK-Gene")