### R code from vignette source 'trigger.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: import ################################################### library(trigger) data(yeast) names(yeast) #reduce data size for vignette run time set.seed(123) #select subset of 400 traits gidx = sort(sample(1:6216, size = 400)) yeast$exp = yeast$exp[gidx,] yeast$exp.pos = yeast$exp.pos[gidx,] #select subset of markers midx = sort(sample(1:3244, size = 500)) yeast$marker = yeast$marker[midx,] yeast$marker.pos = yeast$marker.pos[midx,] attach(yeast) dim(exp) ################################################### ### code chunk number 2: build ################################################### trig.obj <- trigger.build(marker=marker, exp=exp, marker.pos=marker.pos, exp.pos=exp.pos) trig.obj detach(yeast) ################################################### ### code chunk number 3: link ################################################### trig.obj = trigger.link(trig.obj, norm = TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: fig1 ################################################### plot(trig.obj, type = "link", cutoff = 1e-5) ################################################### ### code chunk number 5: trigger.Rnw:163-164 ################################################### plot(trig.obj, type = "link", cutoff = 1e-5) ################################################### ### code chunk number 6: mlink ################################################### trig.obj = trigger.loclink(trig.obj) trig.obj = trigger.mlink(trig.obj, B = 10, idx = NULL) ################################################### ### code chunk number 7: fig2 ################################################### plot(trig.obj, type = "mlink", qcut = 0.2, bin.size = 50000) ################################################### ### code chunk number 8: trigger.Rnw:191-192 ################################################### plot(trig.obj, type = "mlink", qcut = 0.2, bin.size = 50000) ################################################### ### code chunk number 9: eigenR2 ################################################### trig.obj = trigger.eigenR2(trig.obj, adjust = FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: fig3 ################################################### plot(trig.obj, type = "eigenR2") ################################################### ### code chunk number 11: trigger.Rnw:212-213 ################################################### plot(trig.obj, type = "eigenR2") ################################################### ### code chunk number 12: trigger.net ################################################### trig.obj = trigger.loclink(trig.obj, window.size = 10000) trig.prob = trigger.net(trig.obj, Bsec = 100, idx = NULL) dim(trig.prob) ################################################### ### code chunk number 13: detach ################################################### # Re-attach dataset to re-include all traits for analysis data(yeast); attach(yeast) dim(exp) trig.obj <- trigger.build(marker=marker, exp=exp, marker.pos=marker.pos, exp.pos=exp.pos) ################################################### ### code chunk number 14: export2cross ################################################### cross = trigger.export2cross(trig.obj, plotarg = FALSE, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: trait-trigger ################################################### causreg = trigger.trait(trig.obj, trait = "DSE1", cross = cross, addplot = TRUE, thr = 3) causreg