### R code from vignette source 'Fletcher2013a.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: Load gene expression datasets ################################################### library(Fletcher2013a) data(Exp1) data(Exp2) data(Exp3) ################################################### ### code chunk number 3: Run limma pipeline (eval = FALSE) ################################################### ## Fletcher2013pipeline.limma(Exp1) ## Fletcher2013pipeline.limma(Exp2) ## Fletcher2013pipeline.limma(Exp3) ################################################### ### code chunk number 4: Get DE gene lists ################################################### deExp1 <- Fletcher2013pipeline.deg(what="Exp1") deExp2 <- Fletcher2013pipeline.deg(what="Exp2") deExp3 <- Fletcher2013pipeline.deg(what="Exp3") ################################################### ### code chunk number 5: Run PCA analysis (eval = FALSE) ################################################### ## Fletcher2013pipeline.pca(Exp1) ## Fletcher2013pipeline.pca(Exp2) ## Fletcher2013pipeline.pca(Exp3) ################################################### ### code chunk number 6: Plot overlap among FGFR2 signatures (eval = FALSE) ################################################### ## library(VennDiagram) ## Fletcher2013pipeline.supp() ################################################### ### code chunk number 7: Plot overlap among FGFR2 signatures (eval = FALSE) ################################################### ## #note: in order to run this option, the source code for the R-package Vennerable ## #should be installed from the R-Forge repository (http://R-Forge.R-project.org) ## library(Vennerable) ## vv <- list(Exp1=deExp1$E2FGF10, Exp2=deExp2$E2AP20187, Exp3=deExp3$TetE2FGF10) ## plotVenn(Venn(vv), doWeights=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: Session information ################################################### print(sessionInfo(), locale=FALSE)