### R code from vignette source 'Iyer517.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Iyer517.Rnw:56-58 ################################################### library(Iyer517) data(Iyer517) ################################################### ### code chunk number 2: Iyer517.Rnw:61-62 ################################################### show(Iyer517) ################################################### ### code chunk number 3: Iyer517.Rnw:65-66 ################################################### exprs(Iyer517)[1:4,1:6] ################################################### ### code chunk number 4: Iyer517.Rnw:82-86 ################################################### chg <- seq(.1,8,.01) mycol <- rgb( chg/8, 1-chg/8, 0 ) CEX <- exprs(Iyer517) CEX[CEX>8] <- 8 ################################################### ### code chunk number 5: Iyer517.Rnw:89-92 ################################################### image(t(log10(CEX[517:1,1:13])),col=mycol,xlim=c(0,3),axes=FALSE, xlab="Hours post exposure to serum") axis(1,at=(1:13)/13,lab=c("0",".25",".5","1","2","4","6","8","12","16","20","24","u"),cex=.3) ################################################### ### code chunk number 6: Iyer517.Rnw:107-116 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) plot(apply((CEX[1:100,1:13]),2,mean),main="Cluster A", log="y", ylab="fold change", xlab="index in timing sequence") plot(apply((CEX[101:242,1:13]),2,mean),main="Cluster B", log="y", ylab="fold change", xlab="index in timing sequence") plot(apply((CEX[483:499,1:13]),2,mean),main="Cluster I", log="y", ylab="fold change", xlab="index in timing sequence") plot(apply((CEX[500:517,1:13]),2,mean),main="Cluster J", log="y", ylab="fold change", xlab="index in timing sequence") ################################################### ### code chunk number 7: Iyer517.Rnw:122-124 ################################################### data(IyerAnnotated) print(IyerAnnotated[1:5,])