### R code from vignette source 'beadarraySNP.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: R.hide ################################################### library(beadarraySNP) ################################################### ### code chunk number 2: Samplesheet ################################################### datadir <- system.file("testdata", package="beadarraySNP") readLines(paste(datadir,"4samples_opa4.csv",sep="/")) ################################################### ### code chunk number 3: Import ################################################### SNPdata <- read.SnpSetIllumina(paste(datadir,"4samples_opa4.csv",sep="/"),datadir) SNPdata ################################################### ### code chunk number 4: Phenodata ################################################### pd<-read.AnnotatedDataFrame(paste(datadir,"targets.txt",sep="/"),sep="\t") pData(SNPdata)<-cbind(pData(SNPdata),pData(pd)) ################################################### ### code chunk number 5: QC1 ################################################### qc<-calculateQCarray(SNPdata) data(QC.260) plotQC(QC.260,"greenMed") ################################################### ### code chunk number 6: QC2 ################################################### par(mfrow=c(2,2),mar=c(4,2,1,1)) reportSamplePanelQC(QC.260,by=8) SNPdata<-removeLowQualitySamples(SNPdata,1500,100,"OPA") ################################################### ### code chunk number 7: Normalization ################################################### SNPnrm<-normalizeBetweenAlleles.SNP(SNPdata) SNPnrm<-normalizeWithinArrays.SNP(SNPnrm,callscore=0.8,relative=TRUE,fixed=FALSE,quantilepersample=TRUE) SNPnrm<-normalizeLoci.SNP(SNPnrm,normalizeTo=2) ################################################### ### code chunk number 8: reporting ################################################### SNPnrm<-SNPnrm[featureData(SNPnrm)$CHR %in% c("4","16","17","18","19","20","X","Y"),] reportSamplesSmoothCopyNumber(SNPnrm,normalizedTo=2,smooth.lambda=4) ################################################### ### code chunk number 9: reporting2 ################################################### reportSamplesSmoothCopyNumber(SNPnrm, normalizedTo=2, paintCytobands =TRUE, smooth.lambda=4,organism="hsa",sexChromosomes=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: beadarraySNP.rnw:166-167 ################################################### toLatex(sessionInfo())