### R code from vignette source 'genoCN.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: genoCN.Rnw:15-16 ################################################### library(genoCN) ################################################### ### code chunk number 2: genoCN.Rnw:28-36 ################################################### data(snpData) data(snpInfo) dim(snpData) dim(snpInfo) snpData[1:2,] snpInfo[1:2,] ################################################### ### code chunk number 3: genoCN.Rnw:40-42 ################################################### plotCN(pos=snpInfo$Position, LRR=snpData$LRR, BAF=snpData$BAF, main = "simulated data on Chr22") ################################################### ### code chunk number 4: genoCN.Rnw:53-56 ################################################### Theta = genoCNV(snpInfo$Name, snpInfo$Chr, snpInfo$Position, snpData$LRR, snpData$BAF, snpInfo$PFB, sampleID="simu1", cnv.only=(snpInfo$PFB>1), outputSeg = TRUE, outputSNP = 1, outputTag = "simu1") ################################################### ### code chunk number 5: genoCN.Rnw:68-71 ################################################### seg = read.table("simu1_segment.txt", header=TRUE) seg ################################################### ### code chunk number 6: genoCN.Rnw:74-77 ################################################### snp = read.table("simu1_SNP.txt", header=TRUE) dim(snp) snp[1:2,] ################################################### ### code chunk number 7: genoCN.Rnw:81-83 ################################################### plotCN(pos=snpInfo$Position, LRR=snpData$LRR, BAF=snpData$BAF, main = "simulated data on Chr22", fileNames="simu1_segment.txt")