### R code from vignette source 'iASeqVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: iASeqVignette.Rnw:21-25 ################################################### library(iASeq) data(sampleASE) colnames(sampleASE_exprs) sampleASE_studyid ################################################### ### code chunk number 2: iASeqVignette.Rnw:31-32 ################################################### sampleASE_repid ################################################### ### code chunk number 3: iASeqVignette.Rnw:39-40 ################################################### sampleASE_refid ################################################### ### code chunk number 4: iASeqVignette.Rnw:46-48 ################################################### motif.fitted<-iASeqmotif(sampleASE_exprs,sampleASE_studyid,sampleASE_repid, sampleASE_refid,K=1:5,iter.max=5,tol=1e-3) ################################################### ### code chunk number 5: iASeqVignette.Rnw:53-58 ################################################### motif.fitted$bic plotBIC(motif.fitted) ################################################### ### code chunk number 6: iASeqVignette.Rnw:73-75 ################################################### plotMotif(motif.fitted$bestmotif,cutoff=0.9) ################################################### ### code chunk number 7: iASeqVignette.Rnw:83-86 ################################################### head(motif.fitted$bestmotif$p.post)