### R code from vignette source 'rRDP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: rRDP.Rnw:119-122 ################################################### options(width = 70, prompt="R> ", digits=4) ### for sampling set.seed(1234) ################################################### ### code chunk number 2: rRDP.Rnw:129-133 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## ## BiocManager::install("Biostrings") ################################################### ### code chunk number 3: rRDP.Rnw:138-140 (eval = FALSE) ################################################### ## BiocManager::install("rRDP") ## BiocManager::install("rRDPData") ################################################### ### code chunk number 4: rRDP.Rnw:151-152 (eval = FALSE) ################################################### ## Sys.setenv(JAVA_HOME = "C:\\Program Files\\Java\\jdk-20") ################################################### ### code chunk number 5: rRDP.Rnw:159-160 ################################################### citation("rRDP") ################################################### ### code chunk number 6: load_test ################################################### library(rRDP) seq <- readRNAStringSet(system.file("examples/RNA_example.fasta", package="rRDP")) seq ################################################### ### code chunk number 7: clean_id ################################################### annotation <- names(seq) names(seq) <- sapply(strsplit(names(seq), " "), "[", 1) seq ################################################### ### code chunk number 8: predict ################################################### pred <- predict(rdp(), seq) pred ################################################### ### code chunk number 9: rRDP.Rnw:203-204 ################################################### attr(pred, "confidence") ################################################### ### code chunk number 10: rRDP.Rnw:212-214 ################################################### actual <- decode_Greengenes(annotation) actual ################################################### ### code chunk number 11: accuracy ################################################### confusionTable(actual, pred, rank="genus") accuracy(actual, pred, rank="genus") ################################################### ### code chunk number 12: train ################################################### trainingSequences <- readDNAStringSet( system.file("examples/trainingSequences.fasta", package="rRDP")) trainingSequences ################################################### ### code chunk number 13: rRDP.Rnw:244-245 ################################################### sprintf(names(trainingSequences[1]), fmt="%.65s...") ################################################### ### code chunk number 14: custom ################################################### customRDP <- trainRDP(trainingSequences, dir = "myRDP") customRDP ################################################### ### code chunk number 15: predict_custom ################################################### testSequences <- readDNAStringSet( system.file("examples/testSequences.fasta", package="rRDP")) pred <- predict(customRDP, testSequences) pred ################################################### ### code chunk number 16: rRDP.Rnw:266-267 ################################################### customRDP <- rdp(dir = "myRDP") ################################################### ### code chunk number 17: rRDP.Rnw:272-273 ################################################### removeRDP(customRDP)