### R code from vignette source 'seq2pathwaypackage.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library("seq2pathway.data") library("seq2pathway") ################################################### ### code chunk number 2: shoefunction(runseq2pathway) ################################################### head(runseq2pathway, n=8) ################################################### ### code chunk number 3: Chipseq_Peak_demo ################################################### data(Chipseq_Peak_demo) class(Chipseq_Peak_demo) head(Chipseq_Peak_demo) ################################################### ### code chunk number 4: GRanges_demo ################################################### data(GRanges_demo) class(GRanges_demo) GRanges_demo[1:3,] ################################################### ### code chunk number 5: MsigDB_C5 ################################################### data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data") class(MsigDB_C5) ################################################### ### code chunk number 6: Chipseq_Peak_demo ################################################### data(Chipseq_Peak_demo) head(Chipseq_Peak_demo) ################################################### ### code chunk number 7: runseq2gene ################################################### Chipseq_anno <- runseq2gene( inputfile=Chipseq_Peak_demo, genome="hg19", adjacent=FALSE, SNP=FALSE, search_radius=1000, PromoterStop=FALSE,NearestTwoDirection=TRUE) class(Chipseq_anno) head(Chipseq_anno[[1]]) ################################################### ### code chunk number 8: MsigDB_C5 ################################################### ## give the previously defined gene-sets data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data") class(MsigDB_C5) ## load the gene-level measurements, here is an example of ChIP-seq scores data(dat_chip) head(dat_chip) ################################################### ### code chunk number 9: dat_gene2path_chip ################################################### data(dat_gene2path_chip,package="seq2pathway.data") names(dat_gene2path_chip) class(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2) names(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2) dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2$GO_BP[1:3,] class(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET) names(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET) colnames(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET$GO_BP) dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET$GO_BP[1:3,-2] ################################################### ### code chunk number 10: MsigDB_C5 ################################################### data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data") class(MsigDB_C5) ################################################### ### code chunk number 11: dat_chip ################################################### data(dat_chip) head(dat_chip) ################################################### ### code chunk number 12: FisherTest_GO_BP_MF_CC ################################################### data(dat_chip) head(dat_chip) ################################################### ### code chunk number 13: importseq2pathway ################################################### require(seq2pathway) ################################################### ### code chunk number 14: sessionInfo ################################################### sessionInfo();