### R code from vignette source 'unifiedWMWqPCR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: unifiedWMWqPCR.Rnw:140-145 ################################################### library('unifiedWMWqPCR') data(NBmat) dim(NBmat) table(NBgroups) max(NBmat) ################################################### ### code chunk number 2: unifiedWMWqPCR.Rnw:157-158 ################################################### uWMW.out <- uWMW(NBmat, groups = NBgroups) ################################################### ### code chunk number 3: unifiedWMWqPCR.Rnw:160-161 ################################################### uWMW.out ################################################### ### code chunk number 4: unifiedWMWqPCR.Rnw:165-170 ################################################### uWMW.out[1:3] uWMW.out[1:3,] names.tmp <- rownames(NBmat)[1:3] names.tmp uWMW.out[names.tmp] ################################################### ### code chunk number 5: unifiedWMWqPCR.Rnw:174-175 ################################################### uWMW.out ################################################### ### code chunk number 6: unifiedWMWqPCR.Rnw:181-185 ################################################### selection.miRNA <- c("hsa-mir-17-3p", "hsa-mir-17-5p", "hsa-mir-18a", "hsa-mir-18a#","hsa-mir-19a", "hsa-mir-19b", "hsa-mir-20a","hsa-mir-92", "hsa-mir-181a", "hsa-mir-181b") uWMW.out[selection.miRNA] ################################################### ### code chunk number 7: unifiedWMWqPCR.Rnw:188-191 ################################################### adj.pvalues <- p.adjust(uWMW.out@p.value, method = "BH") selection.id <- match(selection.miRNA, names(uWMW.out)) adj.pvalues[selection.id] ################################################### ### code chunk number 8: unifiedWMWqPCR.Rnw:195-197 ################################################### uWMW.out["hsa-mir-92"] adj.pvalues[match("hsa-mir-92", names(uWMW.out))] ################################################### ### code chunk number 9: unifiedWMWqPCR.Rnw:206-208 ################################################### housekeeping.miRNA <- rownames(NBmat)[1:2] housekeeping.miRNA ################################################### ### code chunk number 10: unifiedWMWqPCR.Rnw:211-213 ################################################### uWMW.out2 <- uWMW(NBmat, groups = NBgroups, housekeeping.names = housekeeping.miRNA) ################################################### ### code chunk number 11: unifiedWMWqPCR.Rnw:215-216 ################################################### uWMW.out2 ################################################### ### code chunk number 12: volcano ################################################### volcanoplot(uWMW.out, add.ref = c("both"), ref.x = c(-log(2),log(2)), ref.y = -log10(0.001)) ################################################### ### code chunk number 13: volcano ################################################### volcanoplot(uWMW.out, add.ref = c("both"), ref.x = c(-log(2),log(2)), ref.y = -log10(0.001)) ################################################### ### code chunk number 14: forest ################################################### x.label <- expression("estimated "*P(Y[MNA] < Y[MNSC])) forestplot(uWMW.out, estimate = "p", order = selection.id, xlab = x.label) ################################################### ### code chunk number 15: forest ################################################### x.label <- expression("estimated "*P(Y[MNA] < Y[MNSC])) forestplot(uWMW.out, estimate = "p", order = selection.id, xlab = x.label) ################################################### ### code chunk number 16: unifiedWMWqPCR.Rnw:271-273 ################################################### coef(uWMW.out)[1:3] vcov(uWMW.out)[1:3,1:3]