Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-01 10:05:05 -0700 (Wed, 01 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (125307)
2BiocGenerics (95322)
3IRanges (92171)
4Biobase (90237)
5AnnotationDbi (77706)
6zlibbioc (59111)
7limma (58313)
8Biostrings (54044)
9GenomicRanges (51248)
10annotate (46850)
11XVector (44203)
12genefilter (41698)
13Rsamtools (41681)
14biomaRt (39467)
15rtracklayer (37538)
16affy (36763)
17graph (36522)
18preprocessCore (35431)
19GenomicFeatures (35125)
20BSgenome (34531)
21GenomeInfoDb (33734)
22affyio (32315)
23geneplotter (26748)
24edgeR (26402)
25multtest (25631)
26RBGL (22759)
27DESeq (22091)
28Rgraphviz (20532)
29impute (20200)
30biovizBase (19230)
31GEOquery (18653)
32GenomicAlignments (18298)
33BiocParallel (17607)
34flowCore (17586)
35DESeq2 (17109)
36VariantAnnotation (16529)
37gcrma (16394)
38mzR (16152)
39xcms (15994)
40ShortRead (15508)
41qvalue (14577)
42vsn (13957)
43Gviz (13896)
44AnnotationForge (13261)
45GSEABase (13130)
46cummeRbund (12888)
47rhdf5 (12733)
48affyPLM (12519)
49Category (12028)
50GOstats (11436)
51siggenes (11015)
52simpleaffy (10955)
53ggbio (10812)
54affxparser (10006)
55marray (10001)
56oligoClasses (9840)
57DNAcopy (9706)
58oligo (9185)
59annaffy (9005)
60illuminaio (8950)
61minfi (8887)
62lumi (8407)
63DynDoc (7719)
64methylumi (7716)
65EBImage (7506)
66bumphunter (7444)
67topGO (7348)
68DEXSeq (7125)
69sva (6761)
70beadarray (6374)
71tkWidgets (6367)
72KEGGREST (6325)
73widgetTools (6325)
74KEGGgraph (6314)
75pcaMethods (6130)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655950
Aug/201436749681886
Sep/201447329760576
Oct/201400
All months2569068281457

A

a4 (2259)
a4Base (2357)
a4Classif (2223)
a4Core (2357)
a4Preproc (2381)
a4Reporting (2183)
ABarray (2157)
ABSSeq (963)
aCGH (2882)
ACME (2109)
ADaCGH2 (2001)
adSplit (2000)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10006)
affy (36763)
affycomp (3012)
AffyCompatible (2250)
affyContam (2028)
affycoretools (5104)
affydata (1)
AffyExpress (2262)
affyILM (1985)
affyio (32315)
affylmGUI (3162)
affyPara (1992)
affypdnn (2320)
affyPLM (12519)
affyQCReport (5911)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (1988)
AffyTiling (2121)
AGDEX (1895)
Agi4x44PreProcess (1520)
agilp (2241)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2400)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1671)
alsace (924)
altcdfenvs (2068)
ampliQueso (1606)
annaffy (9005)
AnnBuilder (30)
annmap (950)
annotate (46850)
annotation (272)
AnnotationDbi (77706)
AnnotationForge (13261)
AnnotationFuncs (2072)
AnnotationHub (3001)
annotationTools (2608)
anota (1997)
antiProfiles (1827)
apcluster (1)
apComplex (2127)
aroma.light (5040)
ArrayExpress (4429)
ArrayExpressHTS (1120)
arrayMagic (9)
arrayMvout (1933)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2592)
arrayQualityMetrics (4902)
arrays (477)
ArrayTools (2344)
ArrayTV (1661)
ARRmNormalization (1711)
ASEB (1783)
asmn (961)
ASSET (1499)
ASSIGN (909)
AtlasRDF (956)
attract (1892)

B

BAC (1820)
BADER (1750)
BAGS (1537)
ballgown (79)
BaseSpaceR (1725)
Basic4Cseq (1015)
BayesPeak (2826)
baySeq (4110)
bcellViper (3)
BCRANK (2166)
beadarray (6374)
beadarraySNP (2079)
BeadDataPackR (5766)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (1)
BEAT (931)
betr (1992)
bgafun (1930)
BGmix (1009)
bgx (1894)
BHC (2315)
BicARE (1909)
BiGGR (1621)
bigmemoryExtras (1059)
bioassayR (1817)
Biobase (90237)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1933)
BiocCheck (1241)
biocDatasets (33)
BiocGenerics (95322)
biocGraph (2084)
BiocInstaller (125307)
biocinstaller (2)
BiocParallel (17607)
BiocStyle (3442)
biocViews (2601)
bioDist (4388)
biomaRt (39467)
BioMVCClass (2110)
biomvRCNS (1595)
BioNet (3065)
BioSeqClass (1956)
Biostrings (54044)
biostrings (1)
biosvd (935)
biovizbase (1)
biovizBase (19230)
BiRewire (1586)
birta (1808)
BiSeq (2141)
BitSeq (2358)
blima (87)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2041)
BrainStars (1827)
bridge (1882)
BSgenome (34531)
bsseq (2309)
BufferedMatrix (1854)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1779)
bumphunter (7444)
BUS (1722)

C

CAFE (887)
CAGEr (1807)
CALIB (1726)
CAMERA (3060)
cancerclass (1719)
CancerMutationAnalysis (1804)
casper (1671)
Category (12028)
categoryCompare (1736)
ccrepe (928)
cellGrowth (1677)
cellhts (1)
cellHTS (1805)
cellHTS2 (2573)
CellNOptR (2021)
CexoR (1493)
CGEN (1794)
CGHbase (2297)
CGHcall (2169)
cghcall (1)
cghMCR (1801)
CGHnormaliter (1705)
CGHregions (1759)
ChAMP (2522)
charm (1977)
ChemmineOB (2095)
ChemmineR (3224)
chemminer (3)
chimera (2461)
chipenrich (1464)
ChIPpeakAnno (4640)
ChIPQC (1057)
ChIPseeker (1257)
chipseq (3748)
ChIPseqR (1912)
ChIPsim (1866)
ChIPXpress (873)
chopsticks (2008)
chroGPS (1644)
ChromHeatMap (1819)
cisPath (1617)
ClassifyR (8)
cleanUpdTSeq (1428)
cleaver (1715)
clippda (1635)
clipper (1801)
Clomial (861)
Clonality (1708)
clonotypeR (1409)
clst (1646)
clstutils (1610)
clusterProfiler (3204)
clusterprofiler (1)
clusterStab (1937)
CMA (2374)
cn.farms (1679)
cn.mops (2864)
cnanorm (1)
CNAnorm (1795)
CNEr (1020)
CNORdt (1573)
CNORfeeder (1548)
CNORfuzzy (1599)
CNORode (1627)
CNTools (1972)
cnvGSA (1642)
CNVrd2 (1456)
CNVtools (1850)
cnvtools (1)
cobindR (1443)
CoCiteStats (1797)
codelink (1753)
CoGAPS (453)
coGPS (1576)
COHCAP (1017)
COHCAPanno (3)
COMPASS (886)
compcodeR (1020)
compEpiTools (17)
CompGO (887)
ConsensusClusterPlus (2750)
convert (2915)
copa (1843)
COPDSexualDimorphism (837)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1826)
CopyNumber450k (881)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1582)
CorMut (1639)
coRNAi (1626)
CORREP (1692)
cosmiq (56)
cosmo (155)
cosmoGUI (189)
CoverageView (527)
cqn (2320)
CRImage (1944)
CRISPRseek (1031)
crlmm (3243)
CSAR (2080)
CSSP (1423)
ctc (4114)
cummeRbund (12888)
customProDB (1529)
cycle (1778)

D

dagLogo (1381)
dama (2)
daMA (1623)
DART (1636)
DASiR (1677)
DAVIDQuery (2231)
DBChIP (1773)
ddCt (2160)
ddgraph (1687)
DECIPHER (1839)
DeconRNASeq (1647)
DEDS (1701)
deepSNV (1795)
DEGraph (1896)
DEGreport (58)
DEGseq (3620)
deltaGseg (1479)
derfinder (4)
derfinderHelper (4)
derfinderPlot (4)
DESeq (22091)
DESeq2 (17109)
DEXSeq (7125)
dexus (1629)
DFP (1607)
DiffBind (3652)
diffGeneAnalysis (1841)
DirichletMultinomial (1847)
dks (1577)
DMRcate (961)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (856)
DNAcopy (9706)
DNaseR (1503)
domainsignatures (1747)
DOQTL (63)
DOSE (3460)
DriverNet (1611)
DrugVsDisease (1602)
DSS (1902)
DTA (1592)
dualKS (1141)
DupChecker (48)
dyebias (1632)
DynDoc (7719)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1793)
easyRNASeq (4385)
EBarrays (2233)
EBcoexpress (1738)
EBImage (7506)
EBSeq (3117)
ecolitk (1706)
EDASeq (2738)
edd (59)
EDDA (905)
edger (1)
edgeR (26402)
eiR (891)
eisa (2078)
ELBOW (859)
ensemblVEP (2239)
ENVISIONQuery (1638)
epigenomix (1546)
epivizr (1591)
eQTL (26)
erccdashboard (6)
ExiMiR (1710)
exomeCopy (2208)
exomePeak (1482)
exonmap (108)
explorase (1319)
ExpressionView (1690)
expressionview (1)
externalVector (307)

F

fabia (2106)
facopy.annot (5)
factDesign (1900)
farms (1833)
fastLiquidAssociation (840)
fastseg (1695)
fbat (32)
fdrame (1740)
ffpe (1603)
FGNet (1571)
flagme (1714)
flipflop (1370)
flowBeads (1410)
flowBin (893)
flowCL (852)
flowClean (61)
flowClust (2725)
flowCore (17586)
flowCyBar (857)
flowDensity (69)
flowFit (1390)
flowFlowJo (1777)
flowFP (1888)
flowMap (1451)
flowMatch (874)
flowMeans (2090)
flowMerge (1947)
flowPeaks (1703)
flowPhyto (1617)
flowPlots (1691)
flowQ (1309)
flowq (1)
flowQB (1557)
flowStats (3522)
flowTrans (1793)
flowType (1861)
flowUtils (2008)
flowViz (5314)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4418)
fmcsR (2129)
fOptions (1)
FourCSeq (6)
FRGEpistasis (850)
frma (2633)
frmaTools (1865)
FunciSNP (1817)

G

gaga (1779)
gage (4157)
gaggle (1633)
gaia (1617)
gaucho (845)
gCMAP (1679)
gCMAPWeb (1522)
gcrma (16394)
genArise (1609)
GENE.E (1804)
gene2pathway (231)
GeneAnswers (3700)
GeneExpressionSignature (1696)
genefilter (41698)
genefu (2161)
GeneGA (971)
GeneGroupAnalysis (278)
GeneMeta (2112)
GeneNetworkBuilder (1659)
GeneOverlap (940)
geneplotter (26748)
GeneR (75)
geneRecommender (1870)
GeneRegionScan (1622)
generegulation (95)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (883)
GeneSelectMMD (1642)
GeneSelector (1965)
GeneSpring (27)
geNetClassifier (1561)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1722)
GeneticsPed (1876)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1647)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3637)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (33734)
genomeIntervals (4349)
genomes (1894)
GenomicAlignments (18298)
GenomicFeatures (35125)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1004)
GenomicRanges (51248)
Genominator (2124)
genoset (2487)
GenoView (1)
GEOmetadb (2663)
GEOquery (18653)
GEOsubmission (1637)
GEWIST (1554)
gff3Plotter (3)
GGBase (3228)
ggbio (10812)
GGtools (2453)
girafe (1957)
GLAD (2402)
GlobalAncova (2056)
globaltest (3901)
gmapR (1066)
GOexpress (8)
gofunction (1)
GOFunction (1933)
goProfiles (2148)
goprofiles (2)
GOSemSim (4223)
gosemsim (1)
goseq (4453)
GOSim (1961)
GOstats (11436)
GOTHiC (910)
goTools (2313)
gpls (2396)
gprege (1558)
graph (36522)
GraphAlignment (1658)
GraphAT (1642)
graphite (2795)
GraphPAC (1481)
GRENITS (1734)
GSAR (72)
GSBenchMark (4)
GSCA (835)
GSEABase (13130)
GSEAlm (2234)
GSReg (18)
GSRI (1651)
GSVA (2401)
Gviz (13896)
gwascat (1830)
GWASTools (2913)

H

h5vc (1570)
hapFabia (1592)
Harshlight (1680)
HCsnip (1478)
HDTD (67)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6040)
HELP (1637)
HEM (1597)
hexbin (189)
hiAnnotator (77)
highthroughputassays (30)
HilbertVis (2959)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1513)
hiReadsProcessor (3)
HiTC (1743)
HMMcopy (1771)
hopach (2802)
hpar (1705)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2635)
HTSanalyzeR (2062)
HTSeqGenie (432)
htseqtools (2)
htSeqTools (1936)
HTSFilter (1760)
HybridMTest (1567)
hyperdraw (1799)
hypergraph (2337)

I

iASeq (1781)
iBBiG (1595)
ibh (1520)
iBMQ (1458)
Icens (3135)
iChip (1607)
iClusterPlus (3164)
idiogram (1686)
IdMappingAnalysis (1534)
IdMappingRetrieval (1570)
iFlow (276)
illuminaio (8950)
imageHTS (1736)
impute (20200)
INPower (815)
inSilicoDb (2318)
inSilicoMerging (2172)
intansv (1489)
interactiveDisplay (2146)
interactiveDisplayBase (61)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1566)
inversion (1)
iontree (1556)
iPAC (1621)
IPPD (1718)
IRanges (92171)
iranges (1)
iSeq (1599)
isobar (1918)
IsoGeneGUI (1628)
iSPlot (2)
ITALICS (1594)
iterativeBMA (1599)
iterativeBMAsurv (1619)

J

jmosaics (1489)
joda (1567)

K

KCsmart (1621)
kebabs (1)
KEGGgraph (6314)
keggorth (15)
keggorthology (1863)
KEGGprofile (1976)
KEGGREST (6325)
KEGGSOAP (582)

L

lapmix (1734)
LBE (1889)
les (1648)
limma (58313)
limmaGUI (2810)
LiquidAssociation (1620)
liquidassociation (1)
lmdme (1570)
LMGene (1912)
logicFS (2121)
logitt (1)
logitT (1665)
lol (1612)
LPE (2031)
LPEadj (1571)
lpNet (1540)
lumi (8407)
LVSmiRNA (1718)

M

M3D (17)
maanova (2324)
macat (1626)
maCorrPlot (1580)
maDB (529)
madb (1)
made4 (3932)
maigesPack (1598)
makecdfenv (3172)
makePlatformDesign (34)
MANOR (1609)
manta (1601)
MantelCorr (1592)
maPredictDSC (1384)
marray (10001)
maSigPro (2529)
maskBAD (1538)
MassArray (1727)
massiR (826)
MassSpecWavelet (2985)
matchBox (1550)
matchprobes (120)
MBASED (15)
MBCB (1644)
mBPCR (1577)
mcaGUI (1639)
MCRestimate (1818)
mdqc (1788)
MeasurementError.cor (1527)
MEDIPS (2372)
MEDME (1612)
MEIGOR (19)
MergeMaid (2286)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (893)
meshr (861)
messina (835)
metaArray (2199)
metabomxtr (6)
metagene (8)
metagenomeSeq (2233)
metahdep (1568)
metaMS (897)
metaMSdata (3)
metaSeq (1414)
metaseqR (841)
methVisual (1696)
methyAnalysis (2293)
MethylAid (64)
MethylMix (6)
methylMnM (1439)
methylPipe (48)
MethylSeekR (1664)
methylumi (7716)
Mfuzz (3481)
mfuzz (1)
mgsa (1780)
MiChip (1554)
microRNA (2377)
MIMOSA (847)
MineICA (1512)
minet (3588)
minfi (8887)
MinimumDistance (1545)
MiPP (1635)
MiRaGE (1564)
miRNApath (1881)
miRNAtap (6)
Mirsynergy (871)
missMethyl (36)
mitoODE (1276)
MLInterfaces (2791)
MLP (1646)
MLSeq (901)
MMDiff (1555)
mmnet (939)
MmPalateMiRNA (1670)
monocle (142)
MoPS (56)
mosaics (1886)
MotifDb (2793)
motifRG (1677)
motifStack (2600)
MotIV (2869)
MPFE (2)
mQTL.NMR (21)
MSGFplus (4)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1371)
msmsTests (1356)
MSnbase (3139)
msQC (55)
MSstats (1732)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1651)
MultiMed (16)
multiscan (1557)
multtest (25631)
MVCClass (1694)
mzID (1857)
mzR (16152)

N

NarrowPeaks (1613)
ncdfFlow (3804)
NCIgraph (1942)
neaGUI (1448)
nem (1686)
netbiov (22)
NetPathMiner (871)
netresponse (1607)
NetSAM (1460)
networkBMA (1546)
NGScopyData (4)
nnNorm (1582)
NOISeq (3010)
nondetects (841)
NormqPCR (1938)
npGSEA (868)
NTW (1564)
nucleR (1677)
nucler (1)
nudge (1560)
NuPoP (1613)

O

occugene (1637)
OCplus (1809)
oligo (9185)
oligoClasses (9840)
OLIN (1699)
OLINgui (1580)
omicade4 (1502)
OmicCircos (1892)
OncoSimulR (5)
oneChannelGUI (2397)
ontoCAT (1735)
ontoTools (47)
openCyto (1489)
oposSOM (35)
OrderedList (2417)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2940)
OSAT (1516)
OTUbase (1687)
OutlierD (1713)

P

PADOG (1563)
paircompviz (1369)
pairseqsim (7)
pamr (57)
PAnnBuilder (1727)
panp (1807)
PANR (1544)
PAPi (1514)
parody (2001)
pathifier (1377)
PathNet (1478)
pathRender (1734)
pathview (4912)
PatientGeneSets (69)
Pbase (26)
pcaGoPromoter (1902)
pcaMethods (6130)
pcot2 (1573)
PCpheno (1581)
pdInfoBuilder (2389)
pdmclass (1666)
PECA (960)
pepDat (4)
pepStat (6)
PGSEA (2228)
pgUtils (639)
phenoDist (1462)
phenoTest (1683)
PhenStat (886)
phyloseq (4380)
piano (2390)
pickgene (1570)
PICS (2305)
PING (1676)
pint (1644)
pkgDepTools (1887)
plateCore (1637)
plethy (1345)
plgem (1603)
plier (2914)
PLPE (1692)
plrs (1473)
plw (1551)
Polyfit (31)
ppiStats (1693)
prada (3204)
prebs (1503)
PREDA (1616)
predictionet (898)
preprocessCore (35431)
PROcess (2154)
procoil (1523)
ProCoNA (1385)
pRoloc (1554)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (42)
PROMISE (1603)
prot2D (1399)
proteinProfiles (1385)
proteoQC (21)
PSICQUIC (1548)
puma (1877)
pvac (1605)
pvca (1653)
Pviz (37)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1923)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1295)
QDNAseq (955)
qpcrNorm (1717)
qpgraph (2650)
qrqc (2005)
QUALIFIER (1312)
quantro (7)
quantsmooth (3296)
QuasR (3755)
qusage (1385)
qvalue (14577)

R

r3Cseq (1651)
R453Plus1Toolbox (1689)
rain (2)
rama (1724)
RamiGO (2108)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1514)
RankProd (3967)
Rariant (852)
RbcBook1 (1717)
RBGL (22759)
rbioinf (1)
RBioinf (1766)
rBiopaxParser (1677)
Rbowtie (3605)
rbsurv (1713)
Rcade (1522)
RCASPAR (1574)
Rchemcpp (1425)
RchyOptimyx (1670)
Rcpi (1420)
RCytoscape (3755)
RDAVIDWebService (2036)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (34)
Rdisop (1921)
RDRToolbox (1962)
ReactomePA (2439)
ReadqPCR (1989)
reb (1562)
RedeR (2170)
REDseq (1787)
RefNet (837)
RefNet.db (3)
RefPlus (1638)
Repitools (2828)
ReportingTools (5041)
ReQON (1587)
Resourcerer (1596)
rflowcyt (34)
rfPred (1349)
rGADEM (3229)
RGalaxy (1651)
Rgraphviz (20532)
RGSEA (54)
rhdf5 (12733)
rHVDM (1546)
riboSeq (48)
riboSeqR (3)
ringo (1)
Ringo (3272)
Rintact (17)
RIPSeeker (1710)
Risa (1610)
RLMM (1592)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1578)
RMAPPER (1528)
RMassBank (1639)
rMAT (993)
RmiR (1877)
RNAinteract (1583)
RNAither (1674)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1706)
RNASeqPower (1673)
Rnits (10)
roar (897)
ROC (4896)
Roleswitch (1361)
Rolexa (1728)
rols (1756)
ROntoTools (1575)
RPA (1814)
RpsiXML (1851)
rpx (952)
rqubic (1589)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1469)
rsamtools (3)
Rsamtools (41681)
rsbml (2054)
rSFFreader (883)
RSNPper (10)
Rsubread (2752)
RSVSim (1515)
rTANDEM (1788)
RTCA (1646)
RTN (1522)
RTools4TB (26)
RTopper (1603)
rtracklayer (37538)
Rtreemix (1606)
rTRM (1437)
rTRMui (1360)
Ruuid (64)
RUVnormalize (7)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (219)
RWebServices (376)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (2141)
safe (1858)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1622)
SAGx (1962)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1704)
sangerseqR (903)
SANTA (1436)
sapFinder (871)
savR (792)
SBMLR (1715)
SCAN.UPC (1971)
ScISI (1728)
scsR (805)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1718)
SemDist (6)
SemSim (22)
SeqArray (1600)
seqbias (1775)
seqCNA (1401)
SeqGSEA (2211)
seqLogo (5670)
Seqnames (31)
seqplots (15)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (42)
SeqVarTools (1409)
shinyMethyl (70)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1365)
ShortRead (15508)
sigaR (1614)
SigFuge (1379)
siggenes (11015)
sigPathway (2149)
SIM (1631)
SimBindProfiles (1304)
simpleaffy (10955)
simulatorAPMS (45)
sizepower (1976)
SJava (469)
SLGI (1624)
slgi (1)
SLqPCR (1962)
SMAP (1565)
SNAGEE (1407)
snapCGH (2075)
snm (1836)
SNPchip (3123)
snpMatrix (268)
SNPRelate (60)
snpStats (5437)
SomatiCA (1530)
SomaticSignatures (1044)
SpacePAC (1335)
spade (2172)
SpeCond (1646)
SPEM (1398)
SPIA (2954)
spikeLI (1532)
spkTools (1526)
splicegear (1584)
spliceR (1891)
spliceSites (1356)
SplicingGraphs (1563)
splots (2615)
spotSegmentation (1693)
SQUADD (1478)
SRAdb (3510)
sRAP (1559)
sscore (1532)
sSeq (1355)
ssize (1965)
SSPA (1767)
ssviz (56)
stam (6)
STAN (14)
staRank (1496)
Starr (1759)
stepNorm (1536)
stepwiseCM (1518)
Streamer (1752)
STRINGdb (1641)
StudentGWAS (5)
supraHex (1457)
survcomp (3357)
Sushi (1017)
sva (6761)
SwimR (1275)
switchBox (6)
synapter (1679)
systemPipeR (5)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1395)
TargetSearch (1679)
TCC (1956)
TDARACNE (1689)
TEQC (1764)
ternarynet (1497)
tfbstools (1)
TFBSTools (1805)
tigre (1661)
tilingArray (2310)
timecourse (2030)
TitanCNA (880)
tkWidgets (6367)
topGO (7348)
trackViewer (957)
tRanslatome (1473)
TransView (1593)
triform (1482)
trigger (1582)
trio (1580)
triplex (1525)
TSCAN (3)
tspair (1714)
TSSi (1598)
TurboNorm (1625)
tweeDEseq (1883)
twilight (2510)
typeinfo (1)
TypeInfo (1612)

U

UNDO (822)
unifiedWMWqPCR (832)
UniProt.ws (1964)

V

VanillaICE (1906)
VariantAnnotation (16529)
VariantFiltering (1006)
variants (156)
VariantTools (966)
vbmp (1962)
Vega (1576)
VegaMC (1588)
viper (837)
virtualArray (2188)
vsn (13957)
vtpnet (1380)

W

wateRmelon (3030)
wavClusteR (71)
waveTiling (1520)
weaver (2067)
webbioc (1660)
widgetTools (6325)

X

xcms (15994)
XDE (1595)
xmapbridge (1526)
xmapcore (243)
XML2R (2)
xps (2428)
xtable (1)
XVector (44203)

Y

yaqcaffy (1891)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (59111)