Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-01-30 05:50:25 -0800 (Fri, 30 Jan 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (154008)
2BiocGenerics (117340)
3IRanges (108190)
4Biobase (107453)
5AnnotationDbi (95393)
6zlibbioc (72760)
7limma (66998)
8Biostrings (64331)
9GenomeInfoDb (62172)
10GenomicRanges (61191)
11XVector (56449)
12annotate (55814)
13genefilter (49117)
14Rsamtools (48732)
15biomaRt (46343)
16rtracklayer (44499)
17graph (43851)
18GenomicFeatures (42099)
19affy (40865)
20preprocessCore (40499)
21BSgenome (38890)
22affyio (36103)
23geneplotter (32400)
24BiocParallel (31558)
25GenomicAlignments (31057)
26edgeR (30859)
27multtest (28813)
28S4Vectors (28463)
29RBGL (27357)
30GEOquery (24455)
31DESeq (24062)
32Rgraphviz (24048)
33DESeq2 (23655)
34impute (23300)
35biovizBase (22316)
36VariantAnnotation (21612)
37gcrma (17941)
38ShortRead (17266)
39rhdf5 (16722)
40Gviz (16427)
41qvalue (16313)
42GSEABase (15821)
43vsn (15571)
44AnnotationForge (14825)
45Category (14602)
46cummeRbund (14218)
47affyPLM (13920)
48GOstats (13405)
49siggenes (12581)
50ggbio (12250)
51simpleaffy (11675)
52illuminaio (11402)
53DNAcopy (11278)
54marray (10993)
55oligoClasses (10976)
56affxparser (10925)
57oligo (10255)
58minfi (9920)
59mzR (9879)
60annaffy (9704)
61flowCore (9497)
62topGO (9275)
63lumi (9254)
64xcms (9218)
65bumphunter (8901)
66methylumi (8676)
67EBImage (8591)
68DynDoc (8311)
69sva (8256)
70KEGGREST (8135)
71DEXSeq (7628)
72pcaMethods (7368)
73KEGGgraph (7340)
74widgetTools (7021)
75tkWidgets (6994)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015294161013971
All months2900799301953

A

a4 (2466)
a4Base (2614)
a4Classif (2446)
a4Core (2630)
a4Preproc (2645)
a4Reporting (2445)
ABarray (2343)
ABSSeq (1556)
acepack (1)
aCGH (3163)
ACME (2319)
ADaCGH2 (2220)
adSplit (2186)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10925)
affy (40865)
affycomp (3326)
AffyCompatible (2485)
affyContam (2270)
affycoretools (5891)
affydata (2)
AffyExpress (2471)
affyILM (2167)
affyio (36103)
affylmGUI (3413)
affyPara (2172)
affypdnn (2640)
affyPLM (13920)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6316)
AffyRNADegradation (2163)
AffyTiling (2290)
AGDEX (2094)
Agi4x44PreProcess (1123)
agilp (2508)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2686)
AIMS (27)
ALDEx2 (496)
AllelicImbalance (1913)
alsace (1458)
altcdfenvs (2239)
ampliQueso (1807)
AnalysisPageServer (11)
annaffy (9704)
AnnBuilder (33)
annmap (1060)
annotate (55814)
annotation (250)
AnnotationDbi (95393)
AnnotationForge (14825)
AnnotationFuncs (2278)
AnnotationHub (3329)
annotationTools (2904)
anota (2248)
antiProfiles (1990)
apcluster (1)
apComplex (2306)
applera (1)
aroma.light (5537)
ArrayExpress (4830)
ArrayExpressHTS (1320)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2104)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2810)
arrayQualityMetrics (5567)
arrays (404)
ArrayTools (2637)
ArrayTV (1898)
ARRmNormalization (1883)
ASEB (1985)
ASGSCA (471)
asmn (1479)
ASSET (1807)
ASSIGN (1434)
AtlasRDF (1481)
attract (2058)

B

BAC (2004)
BADER (1943)
BAGS (1769)
ballgown (641)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1937)
Basic4Cseq (1608)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3143)
baySeq (4699)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2329)
beadarray (6984)
beadarraySNP (2258)
BeadDataPackR (6346)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1443)
betr (2197)
bgafun (2102)
BGmix (1168)
bgx (2076)
BHC (2478)
BicARE (2108)
BiGGR (1874)
bigmemoryExtras (1229)
bioassayR (2131)
Biobase (107453)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2104)
BiocCheck (2015)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (117340)
biocGraph (2236)
BiocInstaller (154008)
biocinstaller (3)
BiocParallel (31558)
BiocStyle (4696)
biocViews (3119)
bioDist (4692)
biomaRt (46343)
BioMVCClass (2259)
biomvRCNS (1849)
BioNet (3424)
BioSeqClass (2131)
Biostrings (64331)
biosvd (1467)
biovizbase (1)
biovizBase (22316)
BiRewire (1836)
birta (1993)
BiSeq (2405)
bitops (1)
BitSeq (2545)
blima (550)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2304)
BrainStars (2014)
brew (1)
bridge (2034)
BridgeDbR (460)
BSgenome (38890)
bsseq (2754)
BufferedMatrix (2088)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (2023)
bumphunter (8901)
BUS (1915)

C

CAFE (1415)
CAGEr (2088)
CALIB (1920)
CAMERA (3569)
cancerclass (1910)
CancerMutationAnalysis (2009)
Cardinal (8)
casper (1899)
Category (14602)
categoryCompare (1942)
CausalR (1)
ccrepe (1399)
cellGrowth (1902)
cellhts (1)
cellHTS (1996)
cellHTS2 (2958)
CellNOptR (2312)
CexoR (1736)
CFAssay (444)
CGEN (2078)
CGHbase (2587)
CGHcall (2453)
cghcall (1)
cghMCR (2033)
CGHnormaliter (1916)
CGHregions (2004)
ChAMP (3049)
charm (2216)
checkmate (1)
ChemmineOB (2447)
ChemmineR (3711)
chemminer (3)
chimera (2912)
chipenrich (1722)
ChIPpeakAnno (6104)
ChIPQC (1632)
ChIPseeker (1957)
chipseq (4154)
ChIPseqR (2159)
ChIPsim (2112)
ChIPXpress (1045)
chopsticks (2161)
chroGPS (1855)
chromDraw (6)
ChromHeatMap (2029)
ChromoViz (1)
cisPath (1827)
ClassifyR (476)
cleanUpdTSeq (1623)
cleaver (2019)
clippda (1861)
clipper (2029)
Clomial (1330)
Clonality (1868)
clonotypeR (1627)
clst (1836)
clstutils (1780)
clusterProfiler (3632)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2091)
CMA (2565)
cn.farms (1864)
cn.mops (3247)
CNAnorm (1979)
CNEr (1613)
CNORdt (1801)
CNORfeeder (1732)
CNORfuzzy (1804)
CNORode (1848)
CNTools (2236)
cnvGSA (1848)
CNVrd2 (1680)
CNVtools (2049)
cnvtools (1)
cobindR (1637)
CoCiteStats (2005)
codelink (1947)
CODEX (5)
CoGAPS (783)
coGPS (1751)
COHCAP (1538)
colorspace (1)
coMET (10)
COMPASS (1376)
compcodeR (1537)
compEpiTools (474)
CompGO (1371)
ConsensusClusterPlus (3209)
convert (3172)
copa (2032)
COPDSexualDimorphism (1296)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2129)
CopyNumber450k (1374)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (459)
Cormotif (1788)
CorMut (1840)
coRNAi (1815)
CORREP (1878)
cosmiq (482)
cosmo (148)
cosmoGUI (180)
COSNet (420)
CoverageView (867)
cpvSNP (2)
cqn (2557)
CRImage (2094)
CRISPRseek (1556)
crlmm (3493)
CSAR (2295)
csaw (479)
CSSP (1635)
ctc (4451)
cummeRbund (14218)
cummerbund (1)
customProDB (1753)
cycle (1954)

D

dagLogo (1602)
dama (2)
daMA (1802)
DART (1794)
DASiR (1812)
DAVIDQuery (2437)
DBChIP (2008)
DBI (1)
ddCt (2344)
ddgraph (1871)
DECIPHER (2115)
DeconRNASeq (1833)
DEDS (1883)
deepSNV (2017)
DEGraph (2130)
DEGreport (485)
DEGseq (3875)
degseq (1)
deltaGseg (1649)
derfinder (514)
derfinderData (4)
derfinderHelper (510)
derfinderPlot (454)
DESeq (24062)
DESeq2 (23655)
DEXSeq (7628)
dexus (1800)
DFP (1809)
dichromat (1)
DiffBind (4085)
diffGeneAnalysis (1974)
digest (1)
DirichletMultinomial (2232)
dks (1752)
DMRcate (1498)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1328)
DNAcopy (11278)
DNaseR (1703)
domainsignatures (1952)
DOQTL (541)
DOSE (4028)
DriverNet (1772)
DrugVsDisease (1834)
DSS (2206)
DTA (1760)
dualKS (1536)
DupChecker (462)
dyebias (1835)
DynDoc (8311)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1986)
easyRNASeq (4531)
EBarrays (2577)
EBcoexpress (1878)
EBImage (8591)
EBSeq (3520)
EBSeqHMM (427)
ecolitk (1915)
EDASeq (3351)
edd (50)
EDDA (1417)
edger (1)
edgeR (30859)
eiR (1076)
eisa (2228)
ELBOW (1328)
EnrichmentBrowser (461)
ensemblVEP (2537)
ENVISIONQuery (1825)
epigenomix (1774)
epivizr (1956)
eQTL (34)
erccdashboard (476)
ExiMiR (1907)
exomeCopy (2485)
exomePeak (1752)
exonfindR (255)
exonmap (113)
explorase (1395)
ExpressionView (1862)
expressionview (1)
externalVector (278)

F

fabia (2415)
facopy (420)
facopy.annot (5)
factDesign (2096)
fail (1)
farms (2028)
fastLiquidAssociation (1160)
fastseg (1863)
fbat (34)
fdrame (1911)
FEM (450)
ffpe (1796)
FGNet (1887)
flagme (1912)
flipflop (1636)
flowBeads (1604)
flowBin (1333)
flowcatchR (441)
flowCHIC (434)
flowCL (1323)
flowClean (489)
flowClust (3002)
flowCore (9497)
flowCyBar (1305)
flowDensity (531)
flowFit (1624)
flowFlowJo (1983)
flowFP (2071)
flowMap (1660)
flowMatch (1338)
flowMeans (2315)
flowMerge (2164)
flowPeaks (1934)
flowPhyto (1783)
flowPlots (1885)
flowq (1)
flowQ (1512)
flowQB (1756)
FlowSOM (14)
flowStats (4152)
flowTrans (1993)
flowType (2055)
flowUtils (2247)
flowViz (5860)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5143)
fmcsR (2411)
focalCall (418)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (464)
FRGEpistasis (1281)
frma (2800)
frmaTools (2026)
FunciSNP (1979)

G

gaga (2009)
gage (4841)
gaggle (1821)
gaia (1779)
gaucho (1303)
gCMAP (1883)
gCMAPWeb (1697)
gcrma (17941)
gdsfmt (374)
geecc (411)
genArise (1814)
GENE.E (2061)
gene2pathway (212)
GeneAnswers (3984)
GeneExpressionSignature (1895)
genefilter (49117)
genefu (2389)
GeneGA (1126)
GeneGroupAnalysis (234)
GeneMeta (2367)
GeneNetworkBuilder (1871)
GeneOverlap (1402)
geneplotter (32400)
GeneR (70)
geneRecommender (2055)
GeneRegionScan (1790)
generegulation (93)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (1316)
GeneSelectMMD (1823)
GeneSelector (2157)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1790)
GeneticsBase (29)
GeneticsDesign (1893)
GeneticsPed (2053)
GeneTraffic (64)
GeneTS (4)
genoCN (1836)
genomation (21)
GenomeGraphs (3933)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (62172)
genomeIntervals (4704)
genomes (2091)
GenomicAlignments (31057)
GenomicFeatures (42099)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1562)
GenomicInteractions (435)
GenomicRanges (61191)
GenomicTuples (454)
Genominator (2346)
genoset (2742)
GenoView (413)
GEOmetadb (2941)
GEOquery (24455)
geoquery (1)
GEOsubmission (1824)
gespeR (6)
GEWIST (1706)
gff3Plotter (4)
GGBase (3410)
ggbio (12250)
GGtools (2625)
ggtree (19)
girafe (2158)
GLAD (2726)
GlobalAncova (2294)
globaltest (4443)
gmapR (1111)
GOexpress (483)
GOFunction (2146)
goProfiles (2431)
goprofiles (2)
GOSemSim (4971)
gosemsim (1)
goseq (5150)
GOSim (2235)
gostats (1)
GOstats (13405)
GOsummaries (538)
GOTHiC (1327)
goTools (2533)
gpls (2631)
gprege (1714)
gQTLBase (12)
gQTLstats (12)
graph (43851)
GraphAlignment (1838)
GraphAT (1822)
graphite (3255)
GraphPAC (1661)
GRENITS (1914)
GreyListChIP (2)
grndata (4)
groHMM (439)
GSAR (501)
GSBenchMark (4)
GSCA (1318)
gseabase (1)
GSEABase (15821)
GSEAlm (2416)
GSReg (426)
GSRI (1827)
GSVA (2662)
Gviz (16427)
gwascat (2148)
GWASTools (3297)

H

h5vc (1825)
hapFabia (1773)
Harshlight (1853)
HCsnip (1685)
HDTD (465)
Heatplus (6795)
HELP (1807)
HEM (1782)
hexbin (186)
hiAnnotator (482)
HIBAG (1)
highthroughputassays (25)
HilbertVis (3062)
HilbertVisGUI (1544)
hiReadsProcessor (417)
HiTC (1950)
Hmisc (1)
HMMcopy (1986)
hopach (3234)
hpar (1949)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2983)
HTSanalyzeR (2274)
HTSeqGenie (456)
htseqtools (2)
htSeqTools (2116)
HTSFilter (1973)
HybridMTest (1716)
hyperdraw (2065)
hypergraph (2626)

I

iASeq (1925)
iBBiG (1792)
ibh (1695)
iBMQ (1634)
Icens (3478)
iChip (1768)
iClusterPlus (4620)
IdeoViz (428)
idiogram (1859)
IdMappingAnalysis (1697)
IdMappingRetrieval (1731)
iFlow (211)
illuminaio (11402)
imageHTS (1926)
IMPCdata (395)
impute (23300)
INPower (1244)
inSilicoDb (2536)
inSilicoMerging (2424)
intansv (1706)
interactiveDisplay (3277)
interactiveDisplayBase (1385)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (11)
inveRsion (1712)
inversion (1)
iontree (1728)
iPAC (1784)
IPPD (1954)
IRanges (108190)
iranges (1)
iSeq (1789)
isobar (2203)
IsoGeneGUI (1807)
iSPlot (2)
ITALICS (1765)
iterativeBMA (1780)
iterativeBMAsurv (1771)
iterators (1)
IVAS (1)

J

jmosaics (1661)
joda (1741)

K

KCsmart (1791)
kebabs (487)
KEGGgraph (7340)
keggorth (19)
keggorthology (2061)
KEGGprofile (2287)
KEGGREST (8135)
KEGGSOAP (476)

L

labeling (1)
lapmix (1855)
latticeExtra (1)
LBE (2089)
les (1806)
limma (66998)
limmaGUI (3130)
LiquidAssociation (1818)
liquidassociation (1)
lmdme (1760)
LMGene (2045)
logicFS (2404)
logitt (1)
logitT (1812)
lol (1767)
LowMACAdb (4)
LPE (2199)
LPEadj (1761)
lpNet (1703)
lumi (9254)
LVSmiRNA (1903)

M

M3D (437)
maanova (2578)
macat (1805)
maCorrPlot (1742)
maDB (392)
madb (1)
made4 (4419)
maigesPack (1790)
MAIT (488)
makecdfenv (3517)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1799)
manta (1752)
MantelCorr (1781)
mAPKL (1)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1575)
marray (10993)
maSigPro (2801)
maskBAD (1704)
MassArray (1884)
massiR (1284)
MassSpecWavelet (3368)
matchBox (1720)
matchprobes (106)
MBAmethyl (402)
MBASED (443)
MBCB (1812)
mBPCR (1758)
mcaGUI (1781)
MCRestimate (1963)
mdgsa (10)
mdqc (1979)
MeasurementError.cor (1695)
MEDIPS (2594)
MEDME (1807)
MEIGOR (424)
MergeMaid (2467)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1490)
meshr (1330)
MeSHSim (8)
messina (1268)
metaArray (2411)
Metab (438)
metabomxtr (411)
metagene (436)
metagenomeSeq (2916)
metahdep (1736)
metaMS (1409)
metaMSdata (3)
metaSeq (1603)
metaseqR (1376)
methVisual (1869)
methyAnalysis (2516)
MethylAid (510)
MethylMix (432)
methylMnM (1631)
methylPipe (545)
MethylSeekR (1857)
methylumi (8676)
Mfuzz (3854)
mfuzz (1)
MGFM (406)
mgsa (1940)
MiChip (1736)
microRNA (2525)
MIMOSA (1307)
MineICA (1677)
minet (4314)
minfi (9920)
MinimumDistance (1727)
MiPP (1785)
MiRaGE (1751)
miRNApath (2056)
miRNAtap (431)
Mirsynergy (1316)
missMethyl (493)
mitoODE (1477)
MLInterfaces (3228)
MLP (1821)
MLSeq (1445)
MMDiff (1763)
mmnet (1390)
MmPalateMiRNA (1823)
monocle (721)
MoPS (450)
mosaics (2138)
MotifDb (3125)
motifRG (1848)
motifStack (2865)
MotIV (3156)
MPFE (389)
mQTL.NMR (429)
MSGFgui (461)
MSGFplus (472)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1587)
msmsTests (1555)
MSnbase (3759)
MSnID (474)
msQC (55)
MSstats (2036)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1841)
MultiMed (403)
multiscan (1727)
multtest (28813)
munsell (1)
MVCClass (1907)
mvGST (423)
mygene (541)
mzID (2536)
mzR (9879)

N

NarrowPeaks (1796)
ncdfFlow (4501)
NCIgraph (2184)
neaGUI (1690)
nem (1881)
netbenchmark (1)
netbiov (452)
nethet (6)
NetPathMiner (1342)
netresponse (1767)
NetSAM (1634)
networkBMA (1741)
NGScopy (408)
NGScopyData (4)
nnNorm (1753)
NOISeq (3546)
nondetects (1295)
NormqPCR (2209)
npGSEA (1330)
NTW (1711)
nucleR (1878)
nucler (1)
nudge (1705)
NuPoP (1773)

O

occugene (1776)
OCplus (1943)
oligo (10255)
oligoClasses (10976)
oligoclasses (1)
OLIN (1858)
OLINgui (1735)
omicade4 (1755)
OmicCircos (2299)
OncoSimulR (324)
oneChannelGUI (2645)
ontoCAT (1930)
ontoTools (45)
openCyto (1911)
oposSOM (518)
OrderedList (2752)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (5399)
OSAT (1690)
OTUbase (1901)
OutlierD (1866)

P

PAA (418)
PADOG (1760)
paircompviz (1567)
pairseqsim (4)
pamr (53)
PAnnBuilder (1924)
panp (1963)
PANR (1709)
PAPi (1701)
parglms (2)
parody (2282)
pathifier (1604)
PathNet (1693)
pathRender (1878)
pathview (5886)
PatientGeneSets (61)
paxtoolsr (472)
Pbase (440)
pcaGoPromoter (2058)
pcaMethods (7368)
pcot2 (1736)
PCpheno (1745)
pdInfoBuilder (2652)
pdmclass (1827)
PECA (1367)
pepDat (4)
pepStat (406)
pepXMLTab (393)
PGSEA (2431)
pgUtils (503)
phenoDist (1657)
phenoTest (1916)
PhenStat (1308)
phyloseq (5464)
piano (2732)
pickgene (1736)
PICS (2449)
PING (1825)
pint (1790)
pkgDepTools (2074)
plateCore (1820)
plethy (1567)
plgem (1774)
plier (3144)
PLPE (1844)
plrs (1654)
plw (1719)
plyr (1)
polyester (463)
Polyfit (437)
ppiStats (1853)
prada (3595)
prebs (1671)
PREDA (1763)
predictionet (1052)
preprocessCore (40499)
proBAMr (346)
PROcess (2396)
procoil (1688)
ProCoNA (1591)
pRoloc (1811)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (466)
PROMISE (1735)
PROPER (7)
prot2D (1627)
proteinProfiles (1557)
proteoQC (457)
PSEA (399)
PSICQUIC (1808)
puma (2097)
pvac (1767)
pvca (1858)
Pviz (447)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2141)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1481)
QDNAseq (1470)
qpcrNorm (1876)
qpgraph (2907)
qrqc (2159)
QUALIFIER (1658)
quantro (425)
quantsmooth (3743)
QuartPAC (5)
QuasR (4103)
qusage (1576)
qvalue (16313)

R

r3Cseq (1841)
R453Plus1Toolbox (1867)
rain (427)
rama (1962)
RamiGO (2357)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1701)
RankProd (4358)
Rariant (1276)
RbcBook1 (1893)
RBGL (27357)
rbioinf (1)
RBioinf (1912)
rBiopaxParser (1888)
Rbowtie (4066)
rbsurv (1838)
Rcade (1686)
RCASPAR (1707)
Rchemcpp (1585)
RchyOptimyx (1847)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2067)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4183)
RDAVIDWebService (2570)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (26)
Rdisop (2225)
RDRToolbox (2300)
ReactomePA (2761)
ReadqPCR (2265)
reb (1726)
RedeR (2365)
REDseq (1917)
RefNet (1269)
RefPlus (1794)
regionReport (418)
Repitools (3159)
ReportingTools (5978)
ReQON (1742)
Resourcerer (1438)
rflowcyt (36)
rfPred (1551)
rGADEM (3545)
RGalaxy (1833)
Rgraphviz (24048)
RGSEA (473)
rgsepd (6)
rhdf5 (16722)
rHVDM (1704)
riboSeq (48)
riboSeqR (424)
ringo (1)
Ringo (3648)
Rintact (26)
RIPSeeker (1877)
Risa (1771)
RLMM (1720)
RMAGEML (11)
rmagpie (1)
Rmagpie (1744)
RMAPPER (1383)
RMassBank (1845)
rMAT (1137)
RmiR (2072)
RNAinteract (1762)
RNAither (1841)
rnaither (1)
rnaseqGene (156)
rnaSeqMap (1942)
RNASeqPower (1933)
RnaSeqSampleSize (8)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads.hg19 (4)
Rnits (416)
roar (1317)
ROC (5483)
Roleswitch (1560)
Rolexa (1881)
rols (2020)
ROntoTools (1776)
RPA (1937)
RpsiXML (2019)
rpx (1559)
Rqc (430)
rqubic (1776)
rRDP (413)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1652)
rsamtools (3)
Rsamtools (48732)
rsbml (2297)
rSFFreader (1039)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3674)
RSVSim (1707)
rTANDEM (2121)
RTCA (1827)
RTN (1752)
RTools4TB (27)
RTopper (1751)
rtracklayer (44499)
Rtreemix (1761)
rTRM (1645)
rTRMui (1552)
Ruuid (62)
RUVnormalize (441)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (879)
RWebServices (375)

S

S4Vectors (28463)
safe (2095)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1767)
SAGx (2167)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1871)
sangerseqR (1685)
SANTA (1618)
sapFinder (1312)
saps (12)
savR (1218)
SBMLR (1846)
scales (1)
SCAN.UPC (2130)
ScISI (1912)
scsR (1234)
SeattleIntro2010 (4)
segmentSeq (1874)
SemDist (404)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1824)
seqbias (1954)
seqCNA (1606)
SeqGSEA (2503)
seqLogo (6491)
Seqnames (31)
seqPattern (5)
seqplots (491)
seqTools (432)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1607)
SGSeq (416)
shinyMethyl (550)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1600)
ShortRead (17266)
sidap (2)
sigaR (1796)
SigCheck (408)
SigFuge (1579)
siggenes (12581)
sigPathway (2341)
SIM (1792)
SimBindProfiles (1498)
simpleaffy (11675)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (403)
sincell (1)
sizepower (2102)
SJava (452)
SLGI (1781)
slgi (1)
SLqPCR (2088)
SMAP (1730)
SNAGEE (1568)
snapCGH (2314)
snm (2006)
SNPchip (3469)
snpMatrix (266)
SNPRelate (837)
snpStats (6065)
SomatiCA (1693)
SomaticSignatures (1580)
SpacePAC (1522)
spade (2381)
specL (417)
SpeCond (1784)
SPEM (1561)
SPIA (3295)
spikeLI (1675)
spkTools (1693)
splicegear (1767)
spliceR (2216)
spliceSites (1547)
SplicingGraphs (1736)
splots (3004)
spotSegmentation (1873)
SQUADD (1631)
SRAdb (4194)
sRAP (1792)
sscore (1686)
sSeq (1573)
ssize (2145)
SSPA (1901)
ssviz (458)
stam (10)
STAN (431)
staRank (1644)
Starr (1891)
STATegRa (427)
stepNorm (1706)
stepwiseCM (1667)
Streamer (1898)
STRINGdb (1977)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1786)
survcomp (3913)
Sushi (1648)
sva (8256)
SwimR (1453)
switchBox (403)
synapter (1934)
systemPipeR (598)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1598)
TargetSearch (1851)
TCC (2200)
TDARACNE (1851)
TEQC (1905)
ternarynet (1638)
tfbstools (1)
TFBSTools (2137)
tigre (1853)
tilingArray (2542)
timecourse (2247)
TitanCNA (1361)
tkWidgets (6994)
ToPASeq (434)
topGO (9275)
tracktables (410)
trackViewer (1431)
tRanslatome (1711)
TransView (1735)
triform (1632)
trigger (1740)
trio (1792)
triplex (1669)
TRONCO (7)
TSCAN (396)
tspair (1894)
TSSi (1740)
TurboNorm (1765)
tweeDEseq (2004)
twilight (2889)
typeinfo (1)
TypeInfo (1729)

U

UNDO (1275)
unifiedWMWqPCR (1280)
UniProt.ws (2270)

V

VanillaICE (2066)
VariantAnnotation (21612)
VariantFiltering (1526)
variants (160)
VariantTools (1017)
vbmp (2202)
Vega (1722)
VegaMC (1753)
viper (1320)
virtualArray (1980)
vsn (15571)
vtpnet (1566)

W

wateRmelon (3489)
wavClusteR (498)
waveTiling (1642)
weaver (2223)
webbioc (1821)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (7021)

X

xcms (9218)
XDE (1752)
xmapbridge (1699)
xmapcore (194)
XML (1)
xps (2593)
XVector (56449)

Y

yaqcaffy (2111)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (72760)