Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-07-26 08:37:41 -0700 (Tue, 26 Jul 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (25246)
2BiocGenerics (18012)
3IRanges (17994)
4S4Vectors (16269)
5Biobase (15050)
6AnnotationDbi (14132)
7zlibbioc (12197)
8GenomeInfoDb (11952)
9Biostrings (11483)
10GenomicRanges (10713)
11limma (10577)
12XVector (10253)
13BiocParallel (9086)
14rtracklayer (7870)
15annotate (7651)
16biomaRt (7479)
17Rsamtools (7376)
18genefilter (7365)
19GenomicFeatures (7183)
20GenomicAlignments (7123)
21graph (6485)
22preprocessCore (5686)
23SummarizedExperiment (5682)
24edgeR (5267)
25BSgenome (4979)
26DESeq2 (4881)
27geneplotter (4745)
28affy (4698)
29affyio (4337)
30Rgraphviz (3840)
31RBGL (3838)
32VariantAnnotation (3829)
33multtest (3690)
34impute (3105)
35DESeq (2966)
36GEOquery (2934)
37qvalue (2752)
38biovizBase (2729)
39Gviz (2593)
40rhdf5 (2460)
41GSEABase (2203)
42ShortRead (2136)
43AnnotationForge (1951)
44Category (1898)
45gcrma (1769)
46KEGGREST (1757)
47vsn (1733)
48GOstats (1712)
49illuminaio (1577)
50DNAcopy (1556)
51siggenes (1541)
52OrganismDbi (1528)
53ggbio (1514)
54cummeRbund (1507)
55topGO (1482)
56minfi (1459)
57sva (1425)
58AnnotationHub (1414)
59oligoClasses (1394)
60oligo (1393)
61EBImage (1363)
62affxparser (1297)
63bumphunter (1279)
64affyPLM (1269)
65interactiveDisplayBase (1260)
66pcaMethods (1221)
67marray (1153)
68KEGGgraph (1113)
69mzR (1072)
70lumi (1044)
71BiocStyle (1037)
72methylumi (997)
73simpleaffy (926)
74DEXSeq (925)
75DOSE (923)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (173)
a4Base (194)
a4Classif (168)
a4Core (201)
a4Preproc (199)
a4Reporting (173)
ABAData (1)
ABAEnrichment (79)
ABAFuncData (1)
ABarray (171)
ABSSeq (143)
acde (71)
acepack (0)
aCGH (256)
ACME (172)
ADaCGH2 (153)
adSplit (151)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1297)
affy (4698)
affycomp (232)
AffyCompatible (170)
affyContam (156)
affycoretools (455)
affydata (2)
AffyExpress (169)
affyILM (148)
affyio (4337)
affylmGUI (259)
affyPara (155)
affypdnn (198)
affyPLM (1269)
affyQCReport (427)
AffyRNADegradation (146)
AffyTiling (143)
AGDEX (138)
Agi4x44PreProcess (36)
agilp (232)
AgiMicroRna (196)
AIMS (189)
ALDEx2 (135)
AllelicImbalance (166)
alpineData (0)
alsace (124)
altcdfenvs (172)
AMOUNTAIN (0)
ampliQueso (125)
AnalysisPageServer (113)
AneuFinder (18)
AneuFinderData (1)
annaffy (683)
AnnBuilder (8)
annmap (101)
annotate (7651)
annotation (19)
AnnotationDbi (14132)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1951)
AnnotationFuncs (180)
AnnotationHub (1414)
AnnotationHubData (81)
Annotations (0)
annotationTools (221)
anota (155)
antiProfiles (129)
apcluster (0)
apComplex (177)
applera (4)
aroma.light (827)
ArrayExpress (497)
ArrayExpressHTS (79)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (144)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (182)
arrayQualityMetrics (509)
arrays (31)
ArrayTools (209)
ArrayTV (133)
ARRmNormalization (128)
ASAFE (0)
ASEB (144)
ASGSCA (121)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (18)
ASSET (135)
ASSIGN (131)
AtlasRDF (126)
attract (138)

B

BAC (145)
bacon (17)
BADER (131)
BadRegionFinder (16)
BAGS (129)
ballgown (281)
bamsignals (145)
base64enc (0)
BaseSpaceR (150)
Basic4Cseq (139)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (22)
BatchJobs (0)
BatchQC (21)
BayesPeak (217)
baySeq (498)
BBCAnalyzer (65)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (152)
beadarray (706)
beadarraySNP (168)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (636)
BeadExplorer (3)
BEAT (121)
BEclear (105)
betr (206)
bgafun (138)
BgeeDB (17)
BGmix (76)
bgx (149)
BHC (227)
BicARE (154)
BiGGR (131)
BigMatrix (0)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (75)
bim (3)
bioassayR (169)
Biobase (15050)
biobroom (88)
bioCancer (1)
BiocCaseStudies (151)
BiocCheck (275)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (18012)
biocGraph (206)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (25246)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9086)
BiocStyle (1037)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (425)
bioDist (371)
biodist (0)
biomaRt (7479)
biomformat (112)
BioMVCClass (140)
biomvRCNS (131)
BioNet (318)
BioQC (19)
BioSeqClass (149)
biosigner (17)
biostrings (0)
Biostrings (11483)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (120)
biovizBase (2729)
BiRewire (184)
birta (136)
birte (111)
BiSeq (257)
bitops (0)
BitSeq (334)
blima (118)
blimaTestingData (0)
BRAIN (190)
BrainStars (132)
brew (0)
bridge (146)
BridgeDbR (118)
BrowserViz (100)
BrowserVizDemo (83)
BSgenome (4979)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (370)
BubbleTree (130)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (155)
BufferedMatrixMethods (147)
bumphunter (1279)
BUS (134)
BuxcoR (0)

C

CAFE (116)
CAGEr (172)
CALIB (134)
CAMERA (364)
camera (0)
canceR (111)
cancerclass (125)
CancerMutationAnalysis (139)
CancerSubtypes (1)
CAnD (106)
caOmicsV (69)
Cardinal (140)
casper (132)
Category (1898)
categoryCompare (131)
CausalR (71)
ccdata (1)
ccmap (1)
ccrepe (130)
cellGrowth (136)
cellHTS (146)
cellHTS2 (262)
cellity (26)
CellMapper (1)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (181)
cellTree (19)
CexoR (124)
CFAssay (114)
CGEN (168)
CGHbase (272)
CGHcall (224)
cghMCR (211)
CGHnormaliter (136)
CGHregions (156)
cghregions (0)
ChAMP (302)
ChAMPdata (0)
charm (165)
checkmate (0)
ChemmineOB (189)
ChemmineR (380)
Chicago (23)
chimera (196)
ChIPComp (80)
chipenrich (135)
chipenrich.data (0)
ChIPpeakAnno (638)
ChIPQC (198)
ChIPseeker (426)
ChipSeq (0)
chipseq (432)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (219)
ChIPsim (201)
ChIPXpress (91)
chopsticks (164)
chroGPS (122)
chromDraw (101)
ChromHeatMap (141)
ChromoViz (5)
chromPlot (21)
chromstaR (1)
chromstaRData (2)
CHRONOS (15)
CINdex (15)
cisPath (139)
ClassifyR (137)
cleanUpdTSeq (121)
cleaver (189)
clippda (138)
clipper (177)
Clomial (118)
Clonality (128)
clonotypeR (125)
clst (131)
clstutils (123)
clustComp (17)
clusterExperiment (0)
clusterProfiler (872)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (17)
clusterStab (193)
CMA (199)
cn.farms (127)
cn.mops (277)
CNAnorm (155)
cnanorm (0)
CNEr (206)
CNORdt (135)
CNORfeeder (134)
CNORfuzzy (123)
CNORode (143)
CNPBayes (65)
CNTools (288)
cnvGSA (125)
CNVPanelizer (73)
CNVrd2 (127)
CNVtools (152)
cnvtools (0)
cobindR (118)
CoCiteStats (143)
codelink (148)
codetoolsBioC (0)
CODEX (140)
CoGAPS (117)
cogena (111)
coGPS (120)
COHCAP (149)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (125)
COMPASS (130)
compcodeR (137)
compEpiTools (133)
CompGO (130)
ComplexHeatmap (430)
CONFESS (13)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (485)
consensusSeekeR (18)
contiBAIT (17)
conumee (118)
convert (252)
copa (144)
COPDSexualDimorphism (11)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (225)
CopyNumber450k (131)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (134)
CoRegNet (126)
Cormotif (130)
CorMut (131)
coRNAi (128)
CORREP (136)
cosmiq (111)
cosmo (18)
cosmoGUI (18)
COSNet (112)
CountClust (19)
covEB (1)
CoverageView (114)
covRNA (2)
cpvSNP (101)
cqn (204)
CRImage (167)
CRISPRseek (163)
CrispRVariants (20)
crlmm (268)
crossmeta (2)
CSAR (215)
csaw (222)
CSSP (133)
ctc (373)
ctsGE (0)
cummeRbund (1507)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (158)
cycle (135)
cytofkit (139)
CytoML (0)

D

dada2 (29)
dagLogo (114)
daMA (130)
DAPAR (71)
DAPARdata (1)
DART (122)
DASiR (118)
DAVIDQuery (151)
davidquery (0)
DBChIP (153)
DBI (0)
dcGSA (18)
DChIPRep (69)
ddCt (197)
ddgraph (123)
DDiGGER (0)
debrowser (19)
DECIPHER (228)
DeconRNASeq (136)
DEDS (135)
DeepBlueR (0)
deepSNV (152)
DEFormats (22)
DEGraph (160)
DEGreport (114)
DEGseq (350)
deltaGseg (131)
DeMAND (71)
derfinder (158)
derfinderData (0)
derfinderHelper (147)
derfinderPlot (128)
deseq (0)
DESeq (2966)
DESeq2 (4881)
destiny (110)
DEXSeq (925)
dexus (132)
DFP (131)
dichromat (0)
DiffBind (516)
diffGeneAnalysis (135)
diffHic (138)
DiffLogo (65)
diffloop (15)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (103)
diggitdata (0)
Director (1)
DirichletMultinomial (234)
dks (121)
DMRcaller (109)
DMRcate (213)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (113)
DNABarcodes (70)
DNAcopy (1556)
DNaseR (18)
DNAshapeR (19)
domainsignatures (137)
doppelgangR (18)
DOQTL (140)
DOSE (923)
DRIMSeq (17)
DriverNet (135)
DrugVsDisease (135)
dSimer (1)
DSS (223)
DTA (121)
dualKS (126)
DupChecker (106)
dupRadar (60)
DvDdata (0)
dyebias (133)
DynDoc (776)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (158)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (359)
EBarrays (217)
EBcoexpress (135)
EBImage (1363)
EBSEA (18)
EBSeq (459)
EBSeqHMM (131)
ecolitk (134)
EDASeq (680)
edd (12)
EDDA (117)
edge (168)
edger (0)
edgeR (5267)
EfficientR (0)
EGAD (13)
EGSEA (20)
EGSEAdata (1)
eiR (83)
eisa (157)
ELBOW (111)
ELMER (93)
ELMER.data (0)
EMDomics (105)
EmpiricalBrownsMethod (26)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (119)
ENmix (113)
EnrichedHeatmap (74)
EnrichmentBrowser (196)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (778)
ensemblVEP (195)
ENVISIONQuery (124)
EpiCluster (7)
epigenomix (124)
epivizr (163)
epivizrData (21)
epivizrServer (22)
epivizrStandalone (17)
eQTL (3)
erccdashboard (155)
erma (84)
esetVis (1)
eudysbiome (60)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (19)
ExiMiR (133)
exomeCopy (235)
exomePeak (141)
exonfindR (0)
exonmap (15)
ExperimentHub (22)
ExperimentHubData (20)
explorase (114)
ExpressionAtlas (16)
expressionview (0)
ExpressionView (129)
exprExternal (2)
externalVector (16)

F

fabia (197)
facopy (115)
facopy.annot (0)
factDesign (153)
fail (0)
FamAgg (18)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (143)
fastLiquidAssociation (97)
fastseg (156)
fbat (8)
fCI (62)
fdrame (135)
FEM (129)
ffpe (135)
FGNet (175)
fgsea (1)
FindMyFriends (77)
FISHalyseR (98)
flagme (130)
Fletcher2013a (0)
flipflop (136)
flowAI (18)
flowBeads (116)
flowBin (116)
flowcatchR (113)
flowCHIC (110)
flowCL (114)
flowClean (114)
flowClust (286)
flowCore (830)
flowCyBar (115)
flowDensity (146)
flowFit (115)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (30)
flowFP (146)
flowMap (119)
flowMatch (112)
flowMeans (179)
flowMerge (158)
flowPeaks (137)
flowPhyto (24)
flowPlots (130)
flowq (0)
flowQ (141)
flowQB (119)
FlowRepositoryR (100)
FlowSOM (116)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (287)
flowTrack (1)
flowTrans (138)
flowType (148)
flowUtils (249)
flowViz (521)
flowVS (107)
flowWorkspace (418)
fmcsR (208)
focalCall (107)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (130)
FRGEpistasis (109)
frma (300)
frmaTools (159)
fucci (1)
FunChIP (1)
FunciSNP (147)
furrowSeg (1)

G

gaga (145)
gage (665)
gaggle (135)
gaia (124)
garfield (17)
gaucho (111)
gcatest (57)
gCMAP (151)
gCMAPWeb (119)
gcrma (1769)
gdsfmt (554)
geecc (103)
GEM (2)
genArise (129)
genbankr (17)
GENE.E (156)
gene2pathway (14)
GeneAnswers (207)
GeneBreak (59)
GeneExpressionSignature (134)
genefilter (7365)
genefu (240)
GeneGA (88)
GeneGeneInteR (0)
GeneGroupAnalysis (8)
GeneMeta (183)
GeneNetworkBuilder (135)
GeneOverlap (147)
geneplast (1)
geneplotter (4745)
GeneR (14)
geneRecommender (137)
GeneRegionScan (126)
generegulation (5)
GeneRfold (6)
geneRxCluster (108)
GeneSelectMMD (127)
GeneSelector (182)
GENESIS (119)
GeneSpring (13)
geNetClassifier (164)
GeneticsBase (6)
GeneticsDesign (155)
GeneticsPed (165)
GeneTraffic (12)
GeneTS (6)
genetw12 (0)
genoCN (129)
GenoGAM (14)
genomation (183)
genomationData (0)
GenomeBase (3)
GenomeGraphs (323)
GenomeInfoDb (11952)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (905)
genomes (169)
GenomicAlignments (7123)
GenomicFeatures (7183)
GenomicFiles (417)
GenomicInteractions (136)
GenomicRanges (10713)
GenomicTuples (114)
Genominator (154)
genoset (238)
genotypeeval (63)
GenoView (90)
genphen (18)
GenRank (16)
GenVisR (35)
GEOmetadb (293)
geoquery (0)
GEOquery (2934)
GEOsearch (65)
GEOsubmission (127)
geosubmission (0)
gespeR (100)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (115)
gff3Plotter (4)
GGBase (220)
ggbio (1514)
ggcyto (22)
GGtools (186)
ggtree (438)
girafe (206)
GLAD (267)
Glimma (23)
GlobalAncova (179)
globalSeq (18)
globaltest (466)
gmapR (101)
GMRP (16)
GOAL (1)
goCluster (2)
GOexpress (176)
GOFunction (152)
GoogleGenomics (111)
goProfiles (177)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (892)
goseq (618)
GOSim (157)
gostats (0)
GOstats (1712)
GOsummaries (149)
GOTHiC (139)
goTools (204)
gotools (0)
gpls (210)
gprege (119)
gQTLBase (182)
gQTLstats (172)
graph (6485)
GraphAlignment (129)
GraphAT (126)
graphite (430)
GraphPAC (131)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (129)
GreyListChIP (98)
grndata (0)
groHMM (124)
GSALightning (18)
GSAR (119)
GSBenchMark (0)
GSCA (112)
GSE64985 (1)
GSEABase (2203)
GSEAlm (220)
GSReg (103)
GSRI (129)
GSVA (302)
gtkWidgets (0)
gtrellis (101)
GUIDEseq (63)
Guitar (64)
Gviz (2593)
gwascat (206)
GWASTools (314)

H

h5vc (142)
hapFabia (118)
Harman (15)
HarmanData (1)
Harshlight (131)
harshlight (0)
HCsnip (116)
HDF5Array (16)
HDTD (102)
healthyFlowData (0)
Heatplus (690)
HELP (134)
HEM (131)
hexbin (25)
hiAnnotator (111)
HIBAG (115)
hierGWAS (59)
highthroughputassays (7)
HilbertCurve (65)
hilbertvis (0)
HilbertVis (431)
HilbertVisGUI (113)
hiReadsProcessor (100)
HiTC (173)
Hmisc (0)
HMMcopy (156)
hopach (284)
hpar (206)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (255)
HTSanalyzeR (192)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (78)
htseqtools (0)
htSeqTools (209)
HTSFilter (169)
HybridMTest (113)
hyperdraw (154)
hypergraph (225)

I

iASeq (121)
iBBiG (134)
ibh (119)
iBMQ (113)
iCARE (22)
Icens (326)
iCheck (65)
iChip (119)
iClusterPlus (138)
iCOBRA (17)
ideogram (0)
IdeoViz (124)
idiogram (127)
IdMappingAnalysis (116)
IdMappingRetrieval (120)
iFlow (7)
iGC (61)
IHW (41)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1577)
imageHTS (135)
Imetagene (62)
ImmuneSpaceR (14)
immunoClust (98)
IMPCdata (98)
ImpulseDE (0)
impute (3105)
InPAS (107)
INPower (105)
inSilicoDb (245)
inSilicoMerging (183)
insilicomerging (0)
INSPEcT (59)
intansv (128)
InteractionSet (26)
interactiveDisplay (341)
interactiveDisplayBase (1260)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (122)
IONiseR (73)
iontree (120)
iPAC (136)
IPPD (172)
iranges (0)
IRanges (17994)
iSeq (124)
iSNetwork (2)
isobar (199)
IsoGeneGUI (121)
ISoLDE (14)
isomiRs (15)
iSPlot (2)
ITALICS (125)
iterativeBMA (126)
iterativeBMAsurv (127)
iterators (0)
IVAS (96)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (112)
joda (120)
JunctionSeq (23)

K

KCsmart (123)
kebabs (151)
KEGGgraph (1113)
keggorth (6)
keggorthology (152)
KEGGprofile (207)
KEGGREST (1757)
KEGGSOAP (27)
KFAS (0)
kimod (18)

L

labeling (0)
lapmix (128)
latticeExtra (0)
LBE (164)
ldblock (59)
LEA (136)
LedPred (63)
les (133)
leukemiasEset (0)
lfa (169)
liftOver (11)
limma (10577)
limmaGUI (211)
Linnorm (14)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (129)
lmdme (125)
LMGene (148)
LOBSTAHS (1)
logicFS (219)
logitt (0)
logitT (122)
lol (125)
LOLA (78)
LowMACA (105)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (165)
LPEadj (135)
LPEseq (1)
lpNet (117)
lpsymphony (41)
lumi (1044)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (130)
lydata (1)
LymphoSeq (15)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (115)
M3DExampleData (0)
maanova (177)
macat (136)
maCorrPlot (126)
maDB (13)
made4 (360)
MADSEQ (1)
maftools (1)
MAGEML (0)
maigesPack (132)
MAIT (132)
makecdfenv (271)
makePlatformDesign (10)
MANOR (130)
manta (120)
MantelCorr (123)
mAPKL (99)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (112)
marray (1153)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (294)
maskBAD (117)
MassArray (134)
massiR (113)
MassSpecWavelet (305)
matchBox (113)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (96)
MBAmethyl (98)
MBASED (116)
MBCB (126)
mBPCR (126)
MBttest (15)
mcaGUI (120)
MCRestimate (129)
mdgsa (96)
mdqc (140)
MEAL (69)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (124)
MEDIPS (231)
MEDME (127)
MEIGOR (103)
MergeMaid (198)
Mergeomics (17)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (160)
meshr (148)
MeSHSim (96)
messina (103)
metaArray (191)
Metab (117)
metabomxtr (106)
metaCCA (18)
metagene (124)
metagenomeFeatures (62)
metagenomeSeq (514)
metahdep (126)
metaMS (128)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (117)
metaseqR (136)
metaX (75)
MetCirc (1)
MethPed (15)
MethTargetedNGS (99)
methVisual (134)
methyAnalysis (222)
MethylAid (123)
MethylAidData (1)
methylKit (0)
MethylMix (127)
methylMnM (113)
methylPipe (159)
MethylSeekR (132)
methylumi (997)
Mfuzz (482)
MGFM (100)
MGFR (0)
mgsa (142)
MiChip (124)
microrna (0)
microRNA (209)
MIMOSA (115)
MineICA (120)
minet (437)
minfi (1459)
MinimumDistance (121)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (128)
MiRaGE (120)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (61)
miRcompData (1)
mirIntegrator (66)
miRLAB (72)
miRNAmeConverter (16)
miRNApath (157)
miRNAtap (137)
Mirsynergy (109)
missMethyl (158)
mitoODE (105)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (326)
MLP (132)
MLSeq (134)
MMDiff (127)
MMDiff2 (15)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (4)
mmnet (128)
MmPalateMiRNA (127)
MODA (0)
mogsa (110)
monocle (263)
MoPS (100)
mosaics (156)
motifbreakR (76)
MotifDb (293)
motifRG (140)
motifStack (299)
MotIV (296)
MPFE (100)
mQTL.NMR (105)
msa (291)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (157)
MSGFplus (181)
MSIseqData (0)
msmsEDA (166)
msmsTests (166)
MSnbase (530)
MSnID (172)
msPurity (2)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (193)
mtbls2 (1)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (192)
MultiAssayExperiment (10)
multiClust (20)
MultiDataSet (16)
MultiMed (100)
multiscan (122)
multtest (3690)
munsell (0)
muscle (218)
MVCClass (130)
mvGST (100)
mygene (261)
myvariant (66)
mzID (439)
mzR (1072)

N

NanoStringDiff (64)
NanoStringQCPro (115)
NarrowPeaks (128)
ncdfFlow (336)
NCIgraph (163)
neaGUI (161)
nem (153)
netbenchmark (116)
netbiov (113)
NetCRG (1)
nethet (104)
NetPathMiner (128)
netprioR (2)
netresponse (133)
NetSAM (116)
networkBMA (135)
NGScopy (112)
NGScopyData (0)
nnNorm (124)
NOISeq (436)
nondetects (118)
normalize450K (15)
NormqPCR (201)
normr (1)
npGSEA (152)
NTW (115)
nucleoSim (16)
nucleR (137)
nudge (118)
NuPoP (121)

O

occugene (116)
OCplus (201)
odseq (15)
OGSA (60)
oligo (1393)
oligoClasses (1394)
OLIN (132)
OLINgui (126)
omicade4 (137)
OmicCircos (263)
OmicsMarkeR (106)
OncoScore (16)
OncoSimulR (103)
oneChannelGUI (170)
ontoCAT (142)
ontoTools (10)
openCyto (195)
OperaMate (61)
oposSOM (119)
oppar (13)
OrderedList (242)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1528)
OSAT (117)
Oscope (74)
OTUbase (132)
OutlierD (139)

P

PAA (132)
PADOG (125)
paircompviz (118)
pairseqsim (4)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (105)
PAnnBuilder (151)
panp (149)
PANR (124)
PanVizGenerator (17)
PAPi (128)
parglms (92)
parody (188)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (64)
pathifier (158)
PathNet (169)
PathNetData (0)
pathRender (127)
pathVar (59)
pathview (909)
PatientGeneSets (6)
paxtoolsr (175)
Pbase (119)
pbcmc (15)
pcaExplorer (22)
pcaGoPromoter (121)
pcaMethods (1221)
PCAN (14)
pcot2 (173)
PCpheno (133)
pdInfoBuilder (241)
pdmclass (138)
PECA (116)
pepDat (0)
pepStat (98)
pepXMLTab (117)
PGA (64)
PGSEA (267)
pgUtils (10)
phenoDist (113)
phenoTest (156)
PhenStat (107)
phyloseq (905)
piano (269)
pickgene (126)
PICS (213)
Pigengene (2)
PING (128)
pint (122)
pkgDepTools (153)
pkgdeptools (0)
plateCore (124)
plethy (112)
plgem (149)
plier (321)
PLPE (137)
plrs (114)
plw (122)
plyr (0)
pmm (93)
podkat (104)
polyester (145)
Polyfit (100)
ppiStats (146)
pqsfinder (14)
prada (313)
prebs (119)
prebsdata (0)
PREDA (119)
predictionet (62)
preprocessCore (5686)
Prize (59)
proBAMr (118)
PROcess (220)
procoil (131)
ProCoNA (123)
profileScoreDist (18)
pRoloc (221)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (126)
PROMISE (118)
PROPER (115)
Prostar (66)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (130)
proteinProfiles (116)
proteomics (9)
ProteomicsAnnotationHubData (54)
proteoQC (117)
ProtGenerics (802)
PSEA (104)
PSICQUIC (144)
psygenet2r (15)
PtH2O2lipids (1)
puma (203)
PureCN (16)
pvac (127)
pvca (148)
Pviz (122)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (203)
pwOmics (94)
pxr (0)

Q

qcmetrics (120)
QDNAseq (173)
qpcrNorm (134)
qpgraph (240)
qrqc (233)
qsea (1)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (129)
quantro (122)
quantsmooth (390)
QuartPAC (103)
QuasR (392)
QuaternaryProd (15)
QUBIC (16)
QUBICdata (1)
qusage (162)
qvalue (2752)

R

R3CPET (97)
r3Cseq (185)
R453Plus1Toolbox (130)
R4RNA (19)
rain (136)
rama (136)
ramigo (0)
RamiGO (188)
randPack (118)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (442)
RareVariantVis (63)
Rariant (109)
RbcBook1 (129)
rbcbook1 (0)
RBGL (3838)
RBioinf (126)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (167)
RBM (94)
Rbowtie (334)
rbsurv (128)
Rcade (121)
RCASPAR (129)
rcellminer (119)
rcellminerData (0)
rCGH (68)
Rchemcpp (139)
RchyOptimyx (129)
RColorBrewer (0)
Rcpi (141)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (62)
RCyjs (83)
RCytoscape (377)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (396)
Rdbi (11)
RdbiPgSQL (5)
rDGIdb (0)
rdisop (0)
Rdisop (194)
RDRToolbox (208)
ReactomePA (389)
ReadqPCR (209)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (125)
recoup (14)
RedeR (247)
REDseq (173)
RefNet (114)
RefNet.db (0)
RefPlus (128)
regioneR (386)
regionReport (119)
Repitools (296)
ReportingTools (596)
reposTools (4)
ReQON (117)
Resourcerer (24)
rfcdmin (2)
rflowcyt (10)
rfPred (107)
rGADEM (385)
RGalaxy (127)
RGraph2js (17)
Rgraphviz (3840)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (102)
RGSEA (125)
rgsepd (93)
rhdf5 (2460)
Rhtslib (193)
rHVDM (120)
RiboProfiling (68)
riboSeq (0)
riboSeqR (121)
RImmPort (17)
Ringo (333)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (158)
Risa (122)
RLMM (123)
RMAGEML (4)
Rmagpie (121)
RMAPPER (20)
RMassBank (136)
rMAT (97)
rmat (0)
RmiR (148)
rmir (0)
RNAinteract (121)
RNAither (134)
RNAprobR (99)
rnaseqcomp (67)
rnaseqGene (124)
rnaSeqMap (130)
RNASeqPower (187)
RnaSeqSampleSize (115)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (272)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (104)
roar (104)
ROC (622)
Roleswitch (119)
RoleswitchData (0)
Rolexa (123)
rols (203)
ROntoTools (138)
ropls (129)
ROTS (18)
RPA (133)
RpsiXML (155)
rpx (219)
Rqc (136)
rqubic (133)
rRDP (104)
rRDPData (0)
Rredland (3)
RRHO (122)
Rsamtools (7376)
rsbml (166)
rSFFreader (62)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (658)
RSVSim (131)
rTANDEM (191)
RTCA (131)
RTCGA (119)
RTCGAToolbox (119)
RTN (146)
RTools4TB (11)
RTopper (116)
rtracklayer (7870)
Rtreemix (124)
rTRM (119)
rTRMui (106)
Ruuid (14)
RUVcorr (102)
RUVnormalize (120)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (294)
RWebServices (40)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (16269)
safe (250)
SAGElyzer (5)
sagenhaft (122)
sagx (0)
SAGx (215)
SamSPECTRAL (141)
sangerseqR (217)
SANTA (126)
sapFinder (116)
saps (98)
savR (144)
sbgr (66)
SBMLR (139)
SC3 (25)
scales (0)
SCAN.UPC (181)
scater (36)
scde (44)
ScISI (147)
SCLCBam (0)
scran (30)
scRNAseq (1)
scsR (99)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (190)
SELEX (93)
SemDist (93)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (60)
seq2pathway (119)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (142)
seqbias (139)
seqCNA (117)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (260)
seqLogo (798)
Seqnames (0)
seqPattern (152)
seqplots (161)
seqTools (125)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (2)
sequencing (39)
SeqVarTools (125)
sevenbridges (16)
SGSeq (129)
shinyMethyl (146)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (126)
ShortRead (2136)
SICtools (32)
sidap (0)
sigaR (123)
SigCheck (112)
SigFuge (109)
siggenes (1541)
sights (1)
sigPathway (223)
sigsquared (92)
SIM (130)
SIMAT (91)
SimBindProfiles (104)
similaRpeak (94)
simpleaffy (926)
simpleSingleCell (0)
simulatorAPMS (13)
simulatorZ (103)
sincell (122)
SISPA (59)
sizepower (167)
SJava (42)
skewr (92)
SLGI (130)
SLqPCR (142)
SMAP (119)
SMITE (18)
SNAData (3)
SNAGEE (114)
snapCGH (166)
snm (192)
snpAssoc (0)
SNPchip (306)
SNPediaR (0)
SNPhood (64)
SNPhoodData (1)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (435)
snpStats (818)
SNPtools (0)
soGGi (101)
SomatiCA (125)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (237)
SpacePAC (125)
spade (208)
spbtest (1)
SPEC (1)
specL (114)
SpeCond (171)
SPEM (107)
SPIA (391)
SpidermiR (16)
spikeLI (117)
spkTools (120)
splicegear (127)
spliceR (166)
spliceSites (125)
SplicingGraphs (173)
splineTCDiffExpr (14)
splineTimeR (14)
splots (258)
spotSegmentation (131)
SQUADD (116)
SRAdb (611)
sRAP (126)
sscore (124)
sscu (16)
sSeq (121)
ssize (171)
ssizeRNA (1)
SSPA (172)
ssviz (112)
stam (4)
STAN (114)
staRank (111)
Starr (129)
STATegRa (117)
stemHypoxia (0)
stepNorm (125)
stepwiseCM (117)
Streamer (119)
STRINGdb (232)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (63)
SummarizedExperiment (5682)
supraHex (275)
survcomp (426)
Sushi (203)
sva (1425)
SVM2CRM (96)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (68)
SwathXtend (17)
SwimR (103)
switchBox (106)
synapter (169)
synlet (58)
systemPipeR (539)
systemPipeRdata (1)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (115)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (133)
TarSeqQC (56)
TCC (248)
TCGAbiolinks (246)
TDARACNE (128)
TEQC (147)
ternarynet (108)
tetradR (1)
TFBSTools (224)
tiger (0)
tigre (127)
tilingArray (188)
timecourse (168)
TimerQuant (1)
TIN (93)
TitanCNA (124)
tkWidgets (700)
tofsims (18)
ToPASeq (129)
topGO (1482)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (123)
tracktables (109)
trackViewer (156)
transcriptR (17)
tRanslatome (119)
TransView (115)
traseR (62)
Travis (1)
triform (114)
trigger (117)
trio (166)
triplex (114)
TRONCO (102)
TSCAN (107)
tspair (136)
TSSi (123)
TurboNorm (116)
tweeDEseq (146)
twilight (246)
tximport (88)
tximportData (1)
TypeInfo (127)

U

UNDO (108)
unifiedWMWqPCR (104)
UniProt.ws (233)
Uniquorn (14)
useR2012 (0)

V

VanillaICE (186)
variancePartition (69)
VariantAnnotation (3829)
VariantFiltering (162)
variants (15)
VariantTools (118)
vbmp (164)
Vega (119)
VegaMC (112)
viper (123)
virtualArray (34)
vsn (1733)
vtpnet (103)

W

wateRmelon (393)
wavClusteR (111)
waveTiling (110)
weaver (148)
webbioc (131)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (3)
widgetTools (720)

X

XBSeq (66)
xcms (759)
XDE (120)
xmapbridge (114)
xmapcore (6)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (155)
xtable (0)
XVector (10253)

Y

y2hStat (2)
yaqcaffy (162)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (12197)