Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-12-19 09:06:40 -0800 (Fri, 19 Dec 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (146799)
2BiocGenerics (111728)
3Biobase (102997)
4IRanges (102880)
5AnnotationDbi (90834)
6zlibbioc (68863)
7limma (64969)
8Biostrings (60320)
9GenomicRanges (58329)
10annotate (53653)
11GenomeInfoDb (53078)
12XVector (52994)
13genefilter (47363)
14Rsamtools (46843)
15biomaRt (44566)
16rtracklayer (42747)
17graph (42202)
18affy (40029)
19GenomicFeatures (39848)
20preprocessCore (39212)
21BSgenome (37533)
22affyio (35329)
23geneplotter (31028)
24edgeR (30037)
25multtest (28158)
26GenomicAlignments (27410)
27BiocParallel (27300)
28RBGL (26040)
29GEOquery (23791)
30DESeq (23788)
31Rgraphviz (23262)
32impute (22612)
33DESeq2 (21913)
34biovizBase (21365)
35VariantAnnotation (19979)
36S4Vectors (19861)
37gcrma (17590)
38ShortRead (16907)
39qvalue (15927)
40Gviz (15558)
41rhdf5 (15418)
42vsn (15225)
43GSEABase (14903)
44AnnotationForge (14300)
45cummeRbund (13929)
46Category (13717)
47affyPLM (13584)
48GOstats (12775)
49mzR (12663)
50flowCore (12459)
51siggenes (12242)
52xcms (12088)
53ggbio (11860)
54simpleaffy (11597)
55marray (10858)
56illuminaio (10835)
57DNAcopy (10805)
58oligoClasses (10682)
59affxparser (10638)
60oligo (10042)
61minfi (9692)
62annaffy (9513)
63lumi (9083)
64topGO (8940)
65bumphunter (8555)
66methylumi (8464)
67EBImage (8398)
68DynDoc (8132)
69sva (7872)
70KEGGREST (7592)
71DEXSeq (7545)
72KEGGgraph (7037)
73pcaMethods (7006)
74beadarray (6849)
75widgetTools (6828)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201422395464839
All months2832128757237

A

a4 (2399)
a4Base (2555)
a4Classif (2388)
a4Core (2550)
a4Preproc (2561)
a4Reporting (2375)
ABarray (2290)
ABSSeq (1384)
acepack (1)
aCGH (3097)
ACME (2268)
ADaCGH2 (2161)
adSplit (2129)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10638)
affy (40029)
affycomp (3207)
AffyCompatible (2430)
affyContam (2201)
affycoretools (5658)
affydata (2)
AffyExpress (2399)
affyILM (2110)
affyio (35329)
affylmGUI (3339)
affyPara (2120)
affypdnn (2528)
affyPLM (13584)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6209)
AffyRNADegradation (2111)
AffyTiling (2249)
AGDEX (2038)
Agi4x44PreProcess (1248)
agilp (2447)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2624)
AIMS (14)
ALDEx2 (324)
AllelicImbalance (1831)
alsace (1289)
altcdfenvs (2196)
ampliQueso (1741)
annaffy (9513)
AnnBuilder (36)
annmap (1007)
annotate (53653)
annotation (250)
AnnotationDbi (90834)
AnnotationForge (14300)
AnnotationFuncs (2217)
AnnotationHub (3244)
annotationTools (2835)
anota (2174)
antiProfiles (1961)
apcluster (1)
apComplex (2267)
aroma.light (5356)
ArrayExpress (4707)
ArrayExpressHTS (1262)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2057)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2766)
arrayQualityMetrics (5403)
arrays (425)
ArrayTools (2516)
ArrayTV (1839)
ARRmNormalization (1820)
ASEB (1930)
ASGSCA (299)
asmn (1332)
ASSET (1722)
ASSIGN (1271)
AtlasRDF (1331)
attract (2021)

B

BAC (1964)
BADER (1909)
BAGS (1700)
ballgown (453)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1873)
Basic4Cseq (1433)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3027)
baySeq (4514)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2285)
beadarray (6849)
beadarraySNP (2218)
BeadDataPackR (6207)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1276)
betr (2138)
bgafun (2055)
BGmix (1119)
bgx (2014)
BHC (2464)
BicARE (2059)
BiGGR (1792)
bigmemoryExtras (1180)
bioassayR (2067)
Biobase (102997)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2060)
BiocCheck (1759)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (111728)
biocGraph (2198)
BiocInstaller (146799)
biocinstaller (3)
BiocParallel (27300)
BiocStyle (4354)
biocViews (2992)
bioDist (4611)
biomaRt (44566)
BioMVCClass (2236)
biomvRCNS (1776)
BioNet (3351)
BioSeqClass (2080)
Biostrings (60320)
biosvd (1303)
biovizbase (1)
biovizBase (21365)
BiRewire (1760)
birta (1943)
BiSeq (2321)
bitops (1)
BitSeq (2501)
blima (386)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2242)
BrainStars (1954)
brew (1)
bridge (1994)
BridgeDbR (297)
BSgenome (37533)
bsseq (2635)
BufferedMatrix (2008)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1951)
bumphunter (8555)
BUS (1861)

C

CAFE (1264)
CAGEr (2017)
CALIB (1872)
CAMERA (3450)
cancerclass (1855)
CancerMutationAnalysis (1935)
casper (1831)
Category (13717)
categoryCompare (1873)
ccrepe (1261)
cellGrowth (1842)
cellhts (1)
cellHTS (1946)
cellHTS2 (2928)
CellNOptR (2258)
CexoR (1668)
CFAssay (287)
CGEN (2006)
CGHbase (2525)
CGHcall (2396)
cghcall (1)
cghMCR (1974)
CGHnormaliter (1868)
CGHregions (1940)
ChAMP (2923)
charm (2153)
checkmate (1)
ChemmineOB (2366)
ChemmineR (3580)
chemminer (3)
chimera (2778)
chipenrich (1643)
ChIPpeakAnno (5829)
ChIPQC (1453)
ChIPseeker (1742)
chipseq (4027)
ChIPseqR (2063)
ChIPsim (2022)
ChIPXpress (998)
chopsticks (2125)
chroGPS (1794)
ChromHeatMap (1966)
ChromoViz (1)
cisPath (1770)
ClassifyR (303)
cleanUpdTSeq (1558)
cleaver (1968)
clippda (1799)
clipper (1955)
Clomial (1186)
Clonality (1818)
clonotypeR (1561)
clst (1776)
clstutils (1726)
clusterProfiler (3489)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2073)
CMA (2541)
cn.farms (1807)
cn.mops (3143)
cnanorm (1)
CNAnorm (1920)
CNEr (1432)
CNORdt (1742)
CNORfeeder (1674)
CNORfuzzy (1756)
CNORode (1780)
CNTools (2179)
cnvGSA (1774)
CNVrd2 (1607)
CNVtools (1995)
cnvtools (1)
cobindR (1567)
CoCiteStats (1943)
codelink (1892)
CoGAPS (670)
coGPS (1696)
COHCAP (1370)
colorspace (1)
COMPASS (1214)
compcodeR (1384)
compEpiTools (312)
CompGO (1223)
ConsensusClusterPlus (3086)
convert (3103)
copa (1996)
COPDSexualDimorphism (1148)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2029)
CopyNumber450k (1214)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (282)
Cormotif (1715)
CorMut (1764)
coRNAi (1758)
CORREP (1829)
cosmiq (332)
cosmo (156)
cosmoGUI (188)
COSNet (270)
CoverageView (764)
cpvSNP (1)
cqn (2499)
CRImage (2047)
CRISPRseek (1420)
crlmm (3422)
CSAR (2228)
csaw (313)
CSSP (1566)
ctc (4411)
cummeRbund (13929)
cummerbund (1)
customProDB (1698)
cycle (1929)

D

dagLogo (1538)
dama (2)
daMA (1745)
DART (1738)
DASiR (1801)
DAVIDQuery (2403)
DBChIP (1934)
DBI (1)
ddCt (2292)
ddgraph (1820)
DECIPHER (2035)
DeconRNASeq (1775)
DEDS (1822)
deepSNV (1955)
DEGraph (2060)
DEGreport (329)
DEGseq (3812)
degseq (1)
deltaGseg (1600)
derfinder (348)
derfinderData (4)
derfinderHelper (343)
derfinderPlot (303)
DESeq (23788)
DESeq2 (21913)
DEXSeq (7545)
dexus (1741)
DFP (1737)
dichromat (1)
DiffBind (3942)
diffGeneAnalysis (1941)
digest (1)
DirichletMultinomial (2137)
dks (1695)
DMRcate (1333)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1184)
DNAcopy (10805)
DNaseR (1651)
domainsignatures (1903)
DOQTL (379)
DOSE (3847)
DriverNet (1724)
DrugVsDisease (1758)
DSS (2110)
DTA (1713)
dualKS (1416)
DupChecker (316)
dyebias (1768)
DynDoc (8132)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1901)
easyRNASeq (4535)
EBarrays (2497)
EBcoexpress (1849)
EBImage (8398)
EBSeq (3435)
EBSeqHMM (279)
ecolitk (1850)
EDASeq (3193)
edd (50)
EDDA (1260)
edger (1)
edgeR (30037)
eiR (1017)
eisa (2202)
ELBOW (1183)
EnrichmentBrowser (295)
ensemblVEP (2437)
ENVISIONQuery (1782)
epigenomix (1716)
epivizr (1822)
eQTL (33)
erccdashboard (313)
ExiMiR (1847)
exomeCopy (2395)
exomePeak (1669)
exonfindR (255)
exonmap (112)
explorase (1387)
ExpressionView (1809)
expressionview (1)
externalVector (295)

F

fabia (2343)
facopy (264)
facopy.annot (5)
factDesign (2044)
fail (1)
farms (1969)
fastLiquidAssociation (1059)
fastseg (1804)
fbat (34)
fdrame (1863)
FEM (278)
ffpe (1740)
FGNet (1785)
flagme (1863)
flipflop (1567)
flowBeads (1541)
flowBin (1198)
flowcatchR (278)
flowCHIC (279)
flowCL (1170)
flowClean (332)
flowClust (2930)
flowCore (12459)
flowCyBar (1165)
flowDensity (370)
flowFit (1552)
flowFlowJo (1923)
flowFP (2030)
flowMap (1588)
flowMatch (1198)
flowMeans (2283)
flowMerge (2116)
flowPeaks (1875)
flowPhyto (1726)
flowPlots (1839)
flowq (1)
flowQ (1460)
flowQB (1684)
FlowSOM (4)
flowStats (4027)
flowTrans (1936)
flowType (1989)
flowUtils (2171)
flowViz (5804)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5036)
fmcsR (2327)
focalCall (268)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (299)
FRGEpistasis (1142)
frma (2763)
frmaTools (1976)
FunciSNP (1943)

G

gaga (1950)
gage (4672)
gaggle (1767)
gaia (1729)
gaucho (1157)
gCMAP (1818)
gCMAPWeb (1641)
gcrma (17590)
geecc (265)
genArise (1748)
GENE.E (1999)
gene2pathway (221)
GeneAnswers (3906)
GeneExpressionSignature (1835)
genefilter (47363)
genefu (2351)
GeneGA (1078)
GeneGroupAnalysis (260)
GeneMeta (2308)
GeneNetworkBuilder (1807)
GeneOverlap (1262)
geneplotter (31028)
GeneR (69)
geneRecommender (2032)
GeneRegionScan (1743)
generegulation (90)
GeneRfold (33)
geneRxCluster (1185)
GeneSelectMMD (1778)
GeneSelector (2100)
GeneSpring (31)
geNetClassifier (1705)
GeneticsBase (28)
GeneticsDesign (1845)
GeneticsPed (2032)
GeneTraffic (66)
GeneTS (4)
genoCN (1777)
genomation (15)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3850)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (53078)
genomeIntervals (4642)
genomes (2027)
GenomicAlignments (27410)
GenomicFeatures (39848)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1393)
GenomicInteractions (280)
GenomicRanges (58329)
GenomicTuples (303)
Genominator (2263)
genoset (2672)
GenoView (269)
GEOmetadb (2881)
GEOquery (23791)
geoquery (1)
GEOsubmission (1771)
GEWIST (1669)
gff3Plotter (4)
GGBase (3346)
ggbio (11860)
GGtools (2553)
girafe (2066)
GLAD (2637)
GlobalAncova (2235)
globaltest (4331)
gmapR (1114)
GOexpress (324)
gofunction (1)
GOFunction (2076)
goProfiles (2358)
goprofiles (2)
GOSemSim (4769)
gosemsim (1)
goseq (4988)
GOSim (2154)
gostats (1)
GOstats (12775)
GOsummaries (357)
GOTHiC (1203)
goTools (2481)
gpls (2612)
gprege (1668)
gQTLBase (3)
gQTLstats (3)
graph (42202)
GraphAlignment (1793)
GraphAT (1776)
graphite (3143)
GraphPAC (1611)
GRENITS (1871)
groHMM (285)
GSAR (356)
GSBenchMark (4)
GSCA (1170)
gseabase (1)
GSEABase (14903)
GSEAlm (2368)
GSReg (284)
GSRI (1780)
GSVA (2620)
Gviz (15558)
gwascat (2086)
GWASTools (3178)

H

h5vc (1754)
hapFabia (1718)
Harshlight (1803)
HCsnip (1618)
HDTD (323)
Heatplus (6637)
HELP (1763)
HEM (1723)
hexbin (193)
hiAnnotator (343)
highthroughputassays (23)
HilbertVis (3016)
HilbertVisGUI (1552)
hiReadsProcessor (273)
HiTC (1873)
Hmisc (1)
HMMcopy (1943)
hopach (3144)
hpar (1891)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2910)
HTSanalyzeR (2231)
HTSeqGenie (442)
htseqtools (2)
htSeqTools (2053)
HTSFilter (1920)
HybridMTest (1677)
hyperdraw (1987)
hypergraph (2540)

I

iASeq (1911)
iBBiG (1730)
ibh (1655)
iBMQ (1598)
Icens (3406)
iChip (1729)
iClusterPlus (4475)
IdeoViz (271)
idiogram (1813)
IdMappingAnalysis (1658)
IdMappingRetrieval (1689)
iFlow (237)
illuminaio (10835)
imageHTS (1882)
IMPCdata (251)
impute (22612)
INPower (1116)
inSilicoDb (2504)
inSilicoMerging (2382)
intansv (1632)
interactiveDisplay (2797)
interactiveDisplayBase (843)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (16)
inveRsion (1667)
inversion (1)
iontree (1679)
iPAC (1740)
IPPD (1890)
IRanges (102880)
iranges (1)
iSeq (1748)
isobar (2119)
IsoGeneGUI (1759)
iSPlot (2)
ITALICS (1723)
iterativeBMA (1734)
iterativeBMAsurv (1741)
iterators (1)

J

jmosaics (1615)
joda (1694)

K

KCsmart (1748)
kebabs (313)
KEGGgraph (7037)
keggorth (19)
keggorthology (2023)
KEGGprofile (2215)
KEGGREST (7592)
KEGGSOAP (513)

L

labeling (1)
lapmix (1852)
latticeExtra (1)
LBE (2027)
les (1779)
limma (64969)
limmaGUI (3067)
LiquidAssociation (1753)
liquidassociation (1)
lmdme (1703)
LMGene (2020)
logicFS (2337)
logitt (1)
logitT (1782)
lol (1723)
LPE (2161)
LPEadj (1720)
lpNet (1666)
lumi (9083)
LVSmiRNA (1845)

M

M3D (287)
maanova (2516)
macat (1755)
maCorrPlot (1703)
maDB (448)
madb (1)
made4 (4277)
maigesPack (1744)
MAIT (311)
makecdfenv (3438)
makePlatformDesign (39)
MANOR (1738)
manta (1719)
MantelCorr (1739)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1506)
marray (10858)
maSigPro (2724)
maskBAD (1643)
MassArray (1837)
massiR (1150)
MassSpecWavelet (3236)
matchBox (1677)
matchprobes (110)
MBAmethyl (256)
MBASED (290)
MBCB (1761)
mBPCR (1713)
mcaGUI (1747)
MCRestimate (1936)
mdgsa (5)
mdqc (1952)
MeasurementError.cor (1653)
MEDIPS (2533)
MEDME (1759)
MEIGOR (277)
MergeMaid (2431)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1327)
meshr (1190)
messina (1135)
metaArray (2372)
Metab (288)
metabomxtr (267)
metagene (281)
metagenomeSeq (2610)
metahdep (1683)
metaMS (1256)
metaMSdata (3)
metaSeq (1554)
metaseqR (1215)
methVisual (1826)
methyAnalysis (2462)
MethylAid (346)
MethylMix (267)
methylMnM (1560)
methylPipe (375)
MethylSeekR (1813)
methylumi (8464)
Mfuzz (3748)
mfuzz (1)
MGFM (266)
mgsa (1903)
MiChip (1681)
microRNA (2509)
MIMOSA (1166)
MineICA (1628)
minet (4181)
minfi (9692)
MinimumDistance (1681)
MiPP (1731)
MiRaGE (1702)
miRNApath (2011)
miRNAtap (283)
Mirsynergy (1186)
missMethyl (339)
mitoODE (1426)
MLInterfaces (3134)
MLP (1776)
MLSeq (1268)
MMDiff (1704)
mmnet (1252)
MmPalateMiRNA (1783)
monocle (518)
MoPS (301)
mosaics (2100)
MotifDb (3050)
motifRG (1815)
motifStack (2835)
MotIV (3111)
MPFE (250)
mQTL.NMR (280)
MSGFgui (298)
MSGFplus (300)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1540)
msmsTests (1497)
MSnbase (3604)
MSnID (294)
msQC (55)
MSstats (1944)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1794)
MultiMed (267)
multiscan (1680)
multtest (28158)
munsell (1)
MVCClass (1849)
mvGST (271)
mygene (341)
mzID (2328)
mzR (12663)

N

NarrowPeaks (1739)
ncdfFlow (4383)
NCIgraph (2127)
neaGUI (1610)
nem (1831)
netbiov (300)
nethet (3)
NetPathMiner (1207)
netresponse (1716)
NetSAM (1598)
networkBMA (1683)
NGScopy (262)
NGScopyData (4)
nnNorm (1706)
NOISeq (3415)
nondetects (1161)
NormqPCR (2143)
npGSEA (1194)
NTW (1676)
nucleR (1822)
nucler (1)
nudge (1662)
NuPoP (1729)

O

occugene (1764)
OCplus (1916)
oligo (10042)
oligoClasses (10682)
oligoclasses (1)
OLIN (1818)
OLINgui (1688)
omicade4 (1701)
OmicCircos (2171)
OncoSimulR (203)
oneChannelGUI (2531)
ontoCAT (1884)
ontoTools (45)
openCyto (1782)
oposSOM (343)
OrderedList (2649)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (4667)
OSAT (1653)
OTUbase (1854)
OutlierD (1825)

P

PAA (272)
PADOG (1686)
paircompviz (1512)
pairseqsim (6)
pamr (50)
PAnnBuilder (1852)
panp (1920)
PANR (1658)
PAPi (1654)
parody (2213)
pathifier (1535)
PathNet (1638)
pathRender (1863)
pathview (5616)
PatientGeneSets (65)
paxtoolsr (309)
Pbase (291)
pcaGoPromoter (2041)
pcaMethods (7006)
pcot2 (1704)
PCpheno (1697)
pdInfoBuilder (2581)
pdmclass (1771)
PECA (1249)
pepDat (4)
pepStat (263)
pepXMLTab (253)
PGSEA (2387)
pgUtils (568)
phenoDist (1606)
phenoTest (1854)
PhenStat (1189)
phyloseq (5206)
piano (2681)
pickgene (1699)
PICS (2423)
PING (1788)
pint (1750)
pkgDepTools (2017)
plateCore (1754)
plethy (1512)
plgem (1726)
plier (3075)
PLPE (1816)
plrs (1587)
plw (1683)
plyr (1)
polyester (305)
Polyfit (290)
ppiStats (1816)
prada (3547)
prebs (1622)
PREDA (1720)
predictionet (1001)
preprocessCore (39212)
proBAMr (212)
PROcess (2309)
procoil (1644)
ProCoNA (1525)
pRoloc (1736)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (320)
PROMISE (1711)
PROPER (1)
prot2D (1577)
proteinProfiles (1515)
proteoQC (305)
PSEA (260)
PSICQUIC (1741)
puma (2038)
pvac (1730)
pvca (1813)
Pviz (308)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2082)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1426)
QDNAseq (1308)
qpcrNorm (1830)
qpgraph (2828)
qrqc (2089)
QUALIFIER (1566)
quantro (283)
quantsmooth (3633)
QuartPAC (1)
QuasR (4037)
qusage (1523)
qvalue (15927)

R

r3Cseq (1793)
R453Plus1Toolbox (1790)
rain (274)
rama (1897)
RamiGO (2285)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1656)
RankProd (4263)
Rariant (1149)
RbcBook1 (1851)
RBGL (26040)
rbioinf (1)
RBioinf (1877)
rBiopaxParser (1848)
Rbowtie (3979)
rbsurv (1819)
Rcade (1645)
RCASPAR (1677)
Rchemcpp (1539)
RchyOptimyx (1806)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1858)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4094)
RDAVIDWebService (2407)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (28)
Rdisop (2152)
RDRToolbox (2213)
ReactomePA (2695)
ReadqPCR (2205)
reb (1693)
RedeR (2319)
REDseq (1898)
RefNet (1142)
RefNet.db (3)
RefPlus (1747)
regionReport (271)
Repitools (3075)
ReportingTools (5738)
ReQON (1703)
Resourcerer (1505)
rflowcyt (34)
rfPred (1492)
rGADEM (3475)
RGalaxy (1789)
Rgraphviz (23262)
RGSEA (326)
rgsepd (3)
rhdf5 (15418)
rHVDM (1659)
riboSeq (48)
riboSeqR (272)
ringo (1)
Ringo (3521)
Rintact (23)
RIPSeeker (1835)
Risa (1733)
RLMM (1681)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1709)
RMAPPER (1454)
RMassBank (1795)
rMAT (1091)
RmiR (2029)
RNAinteract (1716)
RNAither (1796)
rnaither (1)
rnaseqGene (62)
rnaSeqMap (1865)
RNASeqPower (1884)
RnaSeqSampleSizeData (4)
Rnits (265)
roar (1195)
ROC (5354)
Roleswitch (1514)
Rolexa (1802)
rols (1961)
ROntoTools (1720)
RPA (1932)
RpsiXML (1982)
rpx (1382)
Rqc (287)
rqubic (1713)
rRDP (262)
rRDPData (5)
Rredland (6)
RRHO (1628)
rsamtools (3)
Rsamtools (46843)
rsbml (2232)
rSFFreader (994)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3475)
RSVSim (1665)
rTANDEM (2051)
RTCA (1767)
RTN (1688)
RTools4TB (26)
RTopper (1714)
rtracklayer (42747)
Rtreemix (1722)
rTRM (1583)
rTRMui (1502)
Ruuid (63)
RUVnormalize (287)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (676)
RWebServices (371)

S

S4Vectors (19861)
safe (2041)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1723)
SAGx (2118)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1829)
sangerseqR (1405)
SANTA (1562)
sapFinder (1179)
saps (4)
savR (1087)
SBMLR (1804)
scales (1)
SCAN.UPC (2091)
ScISI (1863)
scsR (1097)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
segmentSeq (1809)
SemDist (266)
SemSim (18)
sendmailR (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1759)
seqbias (1875)
seqCNA (1552)
SeqGSEA (2410)
seqLogo (6310)
Seqnames (31)
seqplots (325)
seqTools (288)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (29)
SeqVarTools (1552)
SGSeq (269)
shinyMethyl (380)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1545)
ShortRead (16907)
sigaR (1738)
SigCheck (269)
SigFuge (1531)
siggenes (12242)
sigPathway (2291)
SIM (1747)
SimBindProfiles (1440)
simpleaffy (11597)
simulatorAPMS (46)
simulatorZ (261)
sizepower (2086)
SJava (457)
SLGI (1724)
slgi (1)
SLqPCR (2073)
SMAP (1692)
SNAGEE (1523)
snapCGH (2248)
snm (1963)
SNPchip (3392)
snpMatrix (266)
SNPRelate (539)
snpStats (5884)
SomatiCA (1646)
SomaticSignatures (1432)
SpacePAC (1473)
spade (2355)
specL (276)
SpeCond (1734)
SPEM (1522)
SPIA (3199)
spikeLI (1639)
spkTools (1630)
splicegear (1710)
spliceR (2123)
spliceSites (1487)
SplicingGraphs (1689)
splots (2925)
spotSegmentation (1841)
SQUADD (1592)
SRAdb (3953)
sRAP (1722)
sscore (1645)
sSeq (1508)
ssize (2112)
SSPA (1869)
ssviz (318)
stam (10)
STAN (281)
staRank (1601)
Starr (1852)
STATegRa (272)
stepNorm (1664)
stepwiseCM (1632)
Streamer (1873)
STRINGdb (1881)
stringr (1)
StudentGWAS (4)
supraHex (1699)
survcomp (3812)
Sushi (1466)
sva (7872)
SwimR (1404)
switchBox (267)
synapter (1876)
systemPipeR (410)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1534)
TargetSearch (1799)
TCC (2111)
TDARACNE (1822)
TEQC (1874)
ternarynet (1607)
tfbstools (1)
TFBSTools (2037)
tigre (1805)
tilingArray (2480)
timecourse (2192)
TitanCNA (1217)
tkWidgets (6811)
ToPASeq (282)
topGO (8940)
tracktables (265)
trackViewer (1296)
tRanslatome (1643)
TransView (1695)
triform (1590)
trigger (1696)
trio (1724)
triplex (1623)
TRONCO (2)
TSCAN (258)
tspair (1843)
TSSi (1711)
TurboNorm (1734)
tweeDEseq (2005)
twilight (2765)
typeinfo (1)
TypeInfo (1707)

U

UNDO (1134)
unifiedWMWqPCR (1138)
UniProt.ws (2184)

V

VanillaICE (2020)
VariantAnnotation (19979)
VariantFiltering (1373)
variants (155)
VariantTools (1010)
vbmp (2138)
Vega (1683)
VegaMC (1697)
viper (1171)
virtualArray (2094)
vsn (15225)
vtpnet (1509)

W

wateRmelon (3391)
wavClusteR (348)
waveTiling (1618)
weaver (2207)
webbioc (1785)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6828)

X

xcms (12088)
XDE (1713)
xmapbridge (1666)
xmapcore (215)
XML (1)
xps (2564)
XVector (52994)

Y

yaqcaffy (2017)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (68863)