Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-29 08:26:46 -0700 (Wed, 29 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (139264)
2BiocGenerics (105851)
3IRanges (100356)
4Biobase (99776)
5AnnotationDbi (86571)
6limma (65052)
7zlibbioc (64752)
8Biostrings (58610)
9GenomicRanges (56363)
10annotate (51670)
11XVector (49243)
12genefilter (45950)
13Rsamtools (45133)
14biomaRt (43385)
15rtracklayer (40593)
16graph (40294)
17GenomeInfoDb (40188)
18affy (39707)
19GenomicFeatures (38499)
20preprocessCore (38360)
21BSgenome (37261)
22affyio (34990)
23geneplotter (29692)
24edgeR (28876)
25multtest (27886)
26RBGL (24926)
27DESeq (23734)
28GEOquery (22726)
29Rgraphviz (22711)
30impute (22072)
31GenomicAlignments (21243)
32BiocParallel (20941)
33biovizBase (20885)
34DESeq2 (19953)
35flowCore (18129)
36VariantAnnotation (18077)
37gcrma (17695)
38mzR (17069)
39ShortRead (16649)
40xcms (16556)
41qvalue (15780)
42Gviz (15150)
43vsn (15142)
44AnnotationForge (14304)
45GSEABase (14303)
46rhdf5 (14074)
47cummeRbund (13980)
48affyPLM (13594)
49Category (13141)
50GOstats (12389)
51siggenes (12060)
52simpleaffy (11858)
53ggbio (11638)
54marray (10886)
55affxparser (10707)
56oligoClasses (10611)
57DNAcopy (10551)
58illuminaio (10086)
59oligo (9933)
60annaffy (9745)
61minfi (9562)
62lumi (9004)
63topGO (8660)
64methylumi (8328)
65DynDoc (8314)
66EBImage (8197)
67bumphunter (8102)
68DEXSeq (7700)
69sva (7395)
70KEGGREST (7004)
71KEGGgraph (6909)
72tkWidgets (6889)
73widgetTools (6880)
74beadarray (6850)
75pcaMethods (6692)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201441043710649
All months2819569020521

A

a4 (2442)
a4Base (2551)
a4Classif (2394)
a4Core (2548)
a4Preproc (2567)
a4Reporting (2369)
ABarray (2336)
ABSSeq (1120)
aCGH (3120)
ACME (2281)
ADaCGH2 (2174)
adSplit (2156)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10707)
affy (39707)
affycomp (3273)
AffyCompatible (2447)
affyContam (2196)
affycoretools (5507)
affydata (1)
AffyExpress (2428)
affyILM (2135)
affyio (34990)
affylmGUI (3430)
affyPara (2148)
affypdnn (2552)
affyPLM (13594)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6313)
AffyRNADegradation (2127)
AffyTiling (2292)
AGDEX (2044)
Agi4x44PreProcess (1564)
agilp (2417)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2611)
AIMS (1)
ALDEx2 (59)
AllelicImbalance (1813)
alsace (1060)
altcdfenvs (2214)
ampliQueso (1742)
annaffy (9745)
AnnBuilder (30)
annmap (1013)
annotate (51670)
annotation (293)
AnnotationDbi (86571)
AnnotationForge (14304)
AnnotationFuncs (2233)
AnnotationHub (3240)
annotationTools (2861)
anota (2154)
antiProfiles (1963)
apcluster (1)
apComplex (2281)
aroma.light (5457)
ArrayExpress (4748)
ArrayExpressHTS (1226)
arrayMagic (15)
arrayMvout (2076)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2806)
arrayQualityMetrics (5345)
arrays (506)
ArrayTools (2539)
ArrayTV (1793)
ARRmNormalization (1844)
ASEB (1929)
ASGSCA (46)
asmn (1090)
ASSET (1638)
ASSIGN (1033)
AtlasRDF (1093)
attract (2042)

B

BAC (1971)
BADER (1885)
BAGS (1667)
ballgown (155)
BaseSpaceR (1866)
Basic4Cseq (1174)
BayesPeak (3048)
baySeq (4453)
bcellViper (3)
BCRANK (2318)
beadarray (6850)
beadarraySNP (2241)
BeadDataPackR (6238)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (1)
BEAT (1046)
betr (2146)
bgafun (2068)
BGmix (1093)
bgx (2033)
BHC (2487)
BicARE (2055)
BiGGR (1758)
bigmemoryExtras (1150)
bioassayR (1962)
Biobase (99776)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2088)
BiocCheck (1449)
biocDatasets (34)
BiocGenerics (105851)
biocGraph (2235)
BiocInstaller (139264)
biocinstaller (3)
BiocParallel (20941)
BiocStyle (3910)
biocViews (2855)
bioDist (4713)
biomaRt (43385)
BioMVCClass (2241)
biomvRCNS (1719)
BioNet (3306)
BioSeqClass (2120)
Biostrings (58610)
biostrings (1)
biosvd (1069)
biovizbase (1)
biovizBase (20885)
BiRewire (1735)
birta (1962)
BiSeq (2306)
BitSeq (2540)
blima (134)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2226)
BrainStars (1973)
bridge (2017)
BridgeDbR (51)
BSgenome (37261)
bsseq (2517)
BufferedMatrix (1993)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1921)
bumphunter (8102)
BUS (1849)

C

CAFE (1022)
CAGEr (1948)
CALIB (1853)
CAMERA (3341)
cancerclass (1841)
CancerMutationAnalysis (1929)
casper (1789)
Category (13141)
categoryCompare (1871)
ccrepe (1046)
cellGrowth (1808)
cellhts (1)
cellHTS (1937)
cellHTS2 (2778)
CellNOptR (2177)
CexoR (1615)
CFAssay (50)
CGEN (1941)
CGHbase (2500)
CGHcall (2344)
cghcall (1)
cghMCR (1937)
CGHnormaliter (1833)
CGHregions (1913)
ChAMP (2742)
charm (2135)
ChemmineOB (2271)
ChemmineR (3503)
chemminer (3)
chimera (2678)
chipenrich (1585)
ChIPpeakAnno (4999)
ChIPQC (1189)
ChIPseeker (1439)
chipseq (4047)
ChIPseqR (2062)
ChIPsim (2001)
ChIPXpress (952)
chopsticks (2150)
chroGPS (1780)
ChromHeatMap (1958)
cisPath (1736)
ClassifyR (66)
cleanUpdTSeq (1538)
cleaver (1848)
clippda (1758)
clipper (1924)
Clomial (974)
Clonality (1801)
clonotypeR (1511)
clst (1764)
clstutils (1719)
clusterProfiler (3445)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2060)
CMA (2529)
cn.farms (1803)
cn.mops (3102)
cnanorm (1)
CNAnorm (1906)
CNEr (1145)
CNORdt (1676)
CNORfeeder (1650)
CNORfuzzy (1703)
CNORode (1741)
CNTools (2123)
cnvGSA (1749)
CNVrd2 (1567)
CNVtools (1992)
cnvtools (1)
cobindR (1546)
CoCiteStats (1934)
codelink (1890)
CoGAPS (508)
coGPS (1679)
COHCAP (1141)
COHCAPanno (3)
COMPASS (1003)
compcodeR (1139)
compEpiTools (74)
CompGO (1005)
ConsensusClusterPlus (2963)
convert (3122)
copa (1972)
COPDSexualDimorphism (941)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1973)
CopyNumber450k (992)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (51)
Cormotif (1691)
CorMut (1750)
coRNAi (1740)
CORREP (1818)
cosmiq (103)
cosmo (163)
cosmoGUI (203)
COSNet (41)
CoverageView (618)
cqn (2477)
CRImage (2067)
CRISPRseek (1184)
crlmm (3465)
CSAR (2226)
csaw (59)
CSSP (1523)
ctc (4426)
cummeRbund (13980)
cummerbund (1)
customProDB (1652)
cycle (1901)

D

dagLogo (1488)
dama (2)
daMA (1744)
DART (1749)
DASiR (1784)
DAVIDQuery (2387)
DBChIP (1900)
ddCt (2310)
ddgraph (1809)
DECIPHER (1982)
DeconRNASeq (1756)
DEDS (1820)
deepSNV (1924)
DEGraph (2047)
DEGreport (105)
DEGseq (3873)
degseq (1)
deltaGseg (1583)
derfinder (61)
derfinderData (4)
derfinderHelper (55)
derfinderPlot (54)
DESeq (23734)
DESeq2 (19953)
DEXSeq (7700)
dexus (1734)
DFP (1735)
DiffBind (3911)
diffGeneAnalysis (1955)
DirichletMultinomial (2022)
dks (1685)
DMRcate (1082)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (967)
DNAcopy (10551)
DNaseR (1612)
domainsignatures (1874)
DOQTL (131)
DOSE (3742)
DriverNet (1714)
DrugVsDisease (1714)
DSS (2037)
DTA (1711)
dualKS (1287)
DupChecker (98)
dyebias (1743)
DynDoc (8314)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1918)
easyRNASeq (4701)
EBarrays (2463)
EBcoexpress (1856)
EBImage (8197)
EBSeq (3364)
EBSeqHMM (44)
ecolitk (1834)
EDASeq (3040)
edd (60)
EDDA (1030)
edger (1)
edgeR (28876)
eiR (965)
eisa (2224)
ELBOW (975)
EnrichmentBrowser (47)
ensemblVEP (2425)
ENVISIONQuery (1758)
epigenomix (1664)
epivizr (1724)
eQTL (28)
erccdashboard (53)
ExiMiR (1826)
exomeCopy (2371)
exomePeak (1585)
exonfindR (52)
exonmap (118)
explorase (1397)
ExpressionView (1804)
expressionview (1)
externalVector (335)

F

fabia (2274)
facopy (41)
facopy.annot (5)
factDesign (2042)
farms (1972)
fastLiquidAssociation (938)
fastseg (1804)
fbat (32)
fdrame (1861)
FEM (46)
ffpe (1715)
FGNet (1712)
flagme (1840)
flipflop (1508)
flowBeads (1507)
flowBin (1003)
flowcatchR (46)
flowCHIC (46)
flowCL (964)
flowClean (102)
flowClust (2906)
flowCore (18129)
flowCyBar (964)
flowDensity (120)
flowFit (1503)
flowFlowJo (1910)
flowFP (2015)
flowMap (1551)
flowMatch (992)
flowMeans (2248)
flowMerge (2085)
flowPeaks (1821)
flowPhyto (1724)
flowPlots (1823)
flowq (1)
flowQ (1410)
flowQB (1664)
flowStats (3848)
flowTrans (1916)
flowType (1986)
flowUtils (2153)
flowViz (5774)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4829)
fmcsR (2303)
focalCall (41)
fOptions (1)
FourCSeq (53)
FRGEpistasis (942)
frma (2811)
frmaTools (1991)
FunciSNP (1944)

G

gaga (1915)
gage (4500)
gaggle (1745)
gaia (1732)
gaucho (945)
gCMAP (1799)
gCMAPWeb (1630)
gcrma (17695)
geecc (44)
genArise (1724)
GENE.E (1952)
gene2pathway (248)
GeneAnswers (3889)
GeneExpressionSignature (1832)
genefilter (45950)
genefu (2337)
GeneGA (1044)
GeneGroupAnalysis (295)
GeneMeta (2259)
GeneNetworkBuilder (1773)
GeneOverlap (1058)
geneplotter (29692)
GeneR (79)
geneRecommender (1991)
GeneRegionScan (1737)
generegulation (100)
GeneRfold (39)
geneRxCluster (989)
GeneSelectMMD (1755)
GeneSelector (2105)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1668)
GeneticsBase (31)
GeneticsDesign (1845)
GeneticsPed (2019)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1774)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3909)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (40188)
genomeIntervals (4678)
genomes (2032)
GenomicAlignments (21243)
GenomicFeatures (38499)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1138)
GenomicInteractions (48)
GenomicRanges (56363)
GenomicTuples (58)
Genominator (2283)
genoset (2678)
GenoView (43)
GEOmetadb (2863)
GEOquery (22726)
geoquery (1)
GEOsubmission (1755)
GEWIST (1659)
gff3Plotter (3)
GGBase (3472)
ggbio (11638)
GGtools (2647)
girafe (2092)
GLAD (2615)
GlobalAncova (2208)
globaltest (4284)
gmapR (1118)
GOexpress (76)
gofunction (1)
GOFunction (2070)
goProfiles (2308)
goprofiles (2)
GOSemSim (4591)
gosemsim (1)
goseq (4877)
GOSim (2103)
gostats (1)
GOstats (12389)
GOsummaries (69)
GOTHiC (1026)
goTools (2476)
gpls (2575)
gprege (1663)
graph (40294)
GraphAlignment (1789)
GraphAT (1748)
graphite (3026)
GraphPAC (1588)
GRENITS (1853)
groHMM (49)
GSAR (118)
GSBenchMark (4)
GSCA (954)
gseabase (1)
GSEABase (14303)
GSEAlm (2376)
GSReg (64)
GSRI (1772)
GSVA (2596)
Gviz (15150)
gwascat (1990)
GWASTools (3140)

H

h5vc (1686)
hapFabia (1703)
Harshlight (1788)
HCsnip (1584)
HDTD (106)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6593)
HELP (1756)
HEM (1703)
hexbin (204)
hiAnnotator (122)
highthroughputassays (31)
HilbertVis (3148)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1607)
hiReadsProcessor (47)
HiTC (1866)
HMMcopy (1916)
hopach (3033)
hpar (1837)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2871)
HTSanalyzeR (2220)
HTSeqGenie (458)
htseqtools (2)
htSeqTools (2077)
HTSFilter (1896)
HybridMTest (1669)
hyperdraw (1948)
hypergraph (2510)

I

iASeq (1894)
iBBiG (1719)
ibh (1633)
iBMQ (1572)
Icens (3388)
iChip (1719)
iClusterPlus (4249)
IdeoViz (41)
idiogram (1801)
IdMappingAnalysis (1639)
IdMappingRetrieval (1686)
iFlow (294)
illuminaio (10086)
imageHTS (1872)
IMPCdata (38)
impute (22072)
INPower (919)
inSilicoDb (2506)
inSilicoMerging (2350)
intansv (1598)
interactiveDisplay (2420)
interactiveDisplayBase (229)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1667)
inversion (1)
iontree (1665)
iPAC (1738)
IPPD (1840)
IRanges (100356)
iranges (1)
iSeq (1729)
isobar (2056)
IsoGeneGUI (1746)
iSPlot (2)
ITALICS (1701)
iterativeBMA (1723)
iterativeBMAsurv (1722)

J

jmosaics (1587)
joda (1674)

K

KCsmart (1732)
kebabs (55)
KEGGgraph (6909)
keggorth (18)
keggorthology (2006)
KEGGprofile (2144)
KEGGREST (7004)
KEGGSOAP (606)

L

lapmix (1848)
LBE (2022)
les (1763)
limma (65052)
limmaGUI (3103)
LiquidAssociation (1739)
liquidassociation (1)
lmdme (1675)
LMGene (2039)
logicFS (2278)
logitt (1)
logitT (1769)
lol (1714)
LPE (2164)
LPEadj (1689)
lpNet (1635)
lumi (9004)
LVSmiRNA (1841)

M

M3D (58)
maanova (2493)
macat (1740)
maCorrPlot (1694)
maDB (536)
madb (1)
made4 (4218)
maigesPack (1727)
MAIT (58)
makecdfenv (3410)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1730)
manta (1726)
MantelCorr (1722)
maPredictDSC (1480)
marray (10886)
maSigPro (2722)
maskBAD (1646)
MassArray (1836)
massiR (953)
MassSpecWavelet (3246)
matchBox (1669)
matchprobes (126)
MBAmethyl (41)
MBASED (58)
MBCB (1758)
mBPCR (1694)
mcaGUI (1761)
MCRestimate (1942)
mdqc (1929)
MeasurementError.cor (1639)
MEDIPS (2555)
MEDME (1735)
MEIGOR (60)
MergeMaid (2438)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1083)
meshr (980)
messina (941)
metaArray (2371)
Metab (44)
metabomxtr (45)
metagene (53)
metagenomeSeq (2459)
metahdep (1679)
metaMS (1018)
metaMSdata (3)
metaSeq (1524)
metaseqR (973)
methVisual (1808)
methyAnalysis (2458)
MethylAid (107)
MethylMix (46)
methylMnM (1542)
methylPipe (114)
MethylSeekR (1785)
methylumi (8328)
Mfuzz (3718)
mfuzz (1)
MGFM (44)
mgsa (1914)
MiChip (1674)
microRNA (2553)
MIMOSA (969)
MineICA (1615)
minet (3973)
minfi (9562)
MinimumDistance (1663)
MiPP (1744)
MiRaGE (1687)
miRNApath (2005)
miRNAtap (47)
Mirsynergy (984)
missMethyl (87)
mitoODE (1380)
MLInterfaces (3064)
MLP (1771)
MLSeq (1026)
MMDiff (1681)
mmnet (1050)
MmPalateMiRNA (1792)
monocle (220)
MoPS (94)
mosaics (2052)
MotifDb (3019)
motifRG (1787)
motifStack (2783)
MotIV (3069)
MPFE (36)
mQTL.NMR (59)
MSGFgui (49)
MSGFplus (49)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1492)
msmsTests (1459)
MSnbase (3435)
MSnID (41)
msQC (55)
MSstats (1865)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1782)
MultiMed (51)
multiscan (1672)
multtest (27886)
MVCClass (1823)
mvGST (41)
mygene (52)
mzID (2054)
mzR (17069)

N

NarrowPeaks (1730)
ncdfFlow (4197)
NCIgraph (2096)
neaGUI (1561)
nem (1819)
netbiov (66)
NetPathMiner (995)
netresponse (1719)
NetSAM (1557)
networkBMA (1657)
NGScopy (37)
NGScopyData (4)
nnNorm (1691)
NOISeq (3318)
nondetects (959)
NormqPCR (2127)
npGSEA (982)
NTW (1669)
nucleR (1809)
nucler (1)
nudge (1661)
NuPoP (1727)

O

occugene (1758)
OCplus (1936)
oligo (9933)
oligoClasses (10611)
oligoclasses (1)
OLIN (1823)
OLINgui (1681)
omicade4 (1616)
OmicCircos (2079)
OncoSimulR (37)
oneChannelGUI (2587)
ontoCAT (1855)
ontoTools (47)
openCyto (1624)
oposSOM (94)
OrderedList (2599)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3432)
OSAT (1642)
OTUbase (1818)
OutlierD (1825)

P

PAA (41)
PADOG (1682)
paircompviz (1477)
pairseqsim (7)
pamr (58)
PAnnBuilder (1864)
panp (1942)
PANR (1656)
PAPi (1617)
parody (2179)
pathifier (1493)
PathNet (1589)
pathRender (1846)
pathview (5380)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (52)
Pbase (70)
pcaGoPromoter (2014)
pcaMethods (6692)
pcot2 (1681)
PCpheno (1702)
pdInfoBuilder (2566)
pdmclass (1775)
PECA (1068)
pepDat (4)
pepStat (42)
pepXMLTab (37)
PGSEA (2389)
pgUtils (660)
phenoDist (1566)
phenoTest (1822)
PhenStat (995)
phyloseq (4861)
piano (2595)
pickgene (1679)
PICS (2463)
PING (1783)
pint (1757)
pkgDepTools (2028)
plateCore (1747)
plethy (1462)
plgem (1714)
plier (3134)
PLPE (1796)
plrs (1563)
plw (1671)
polyester (50)
Polyfit (69)
ppiStats (1811)
prada (3448)
prebs (1602)
PREDA (1722)
predictionet (972)
preprocessCore (38360)
proBAMr (30)
PROcess (2326)
procoil (1637)
ProCoNA (1476)
pRoloc (1667)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (93)
PROMISE (1698)
prot2D (1526)
proteinProfiles (1475)
proteoQC (68)
PSEA (39)
PSICQUIC (1670)
puma (2027)
pvac (1710)
pvca (1776)
Pviz (84)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2063)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1392)
QDNAseq (1080)
qpcrNorm (1844)
qpgraph (2860)
qrqc (2131)
QUALIFIER (1434)
quantro (47)
quantsmooth (3570)
QuasR (3940)
qusage (1501)
qvalue (15780)

R

r3Cseq (1776)
R453Plus1Toolbox (1804)
rain (53)
rama (1859)
RamiGO (2258)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1627)
RankProd (4245)
Rariant (952)
RbcBook1 (1853)
RBGL (24926)
rbioinf (1)
RBioinf (1883)
rBiopaxParser (1822)
Rbowtie (3823)
rbsurv (1830)
Rcade (1625)
RCASPAR (1672)
Rchemcpp (1523)
RchyOptimyx (1790)
Rcpi (1625)
RCytoscape (4055)
RDAVIDWebService (2262)
Rdbi (47)
RdbiPgSQL (37)
Rdisop (2083)
RDRToolbox (2092)
ReactomePA (2631)
ReadqPCR (2171)
reb (1670)
RedeR (2326)
REDseq (1898)
RefNet (939)
RefNet.db (3)
RefPlus (1743)
regionReport (49)
Repitools (3063)
ReportingTools (5487)
ReQON (1686)
Resourcerer (1677)
rflowcyt (34)
rfPred (1457)
rGADEM (3453)
RGalaxy (1761)
Rgraphviz (22711)
RGSEA (98)
rhdf5 (14074)
rHVDM (1661)
riboSeq (48)
riboSeqR (45)
ringo (1)
Ringo (3533)
Rintact (17)
RIPSeeker (1818)
Risa (1719)
RLMM (1683)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1685)
RMAPPER (1608)
RMassBank (1753)
rMAT (1070)
RmiR (2013)
RNAinteract (1700)
RNAither (1783)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1846)
RNASeqPower (1816)
Rnits (49)
roar (1000)
ROC (5285)
Roleswitch (1462)
Rolexa (1845)
rols (1906)
ROntoTools (1677)
RPA (1926)
RpsiXML (1995)
rpx (1086)
Rqc (51)
rqubic (1696)
rRDP (42)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1582)
rsamtools (3)
Rsamtools (45133)
rsbml (2214)
rSFFreader (956)
RSNPper (10)
Rsubread (3208)
RSVSim (1620)
rTANDEM (1929)
RTCA (1763)
RTN (1641)
RTools4TB (26)
RTopper (1711)
rtracklayer (40593)
Rtreemix (1706)
rTRM (1537)
rTRMui (1460)
Ruuid (65)
RUVnormalize (50)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (321)
RWebServices (397)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (6273)
safe (2005)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1732)
SAGx (2095)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1814)
sangerseqR (1048)
SANTA (1543)
sapFinder (974)
savR (890)
SBMLR (1824)
SCAN.UPC (2103)
ScISI (1856)
scsR (904)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1828)
SemDist (47)
SemSim (22)
SeqArray (1706)
seqbias (1887)
seqCNA (1498)
SeqGSEA (2350)
seqLogo (6103)
Seqnames (31)
seqplots (71)
seqTools (48)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (49)
SeqVarTools (1507)
SGSeq (38)
shinyMethyl (119)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1480)
ShortRead (16649)
sigaR (1731)
SigCheck (46)
SigFuge (1485)
siggenes (12060)
sigPathway (2305)
SIM (1752)
SimBindProfiles (1398)
simpleaffy (11858)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (41)
sizepower (2096)
SJava (495)
SLGI (1737)
slgi (1)
SLqPCR (2088)
SMAP (1680)
SNAGEE (1498)
snapCGH (2227)
snm (1956)
SNPchip (3390)
snpMatrix (292)
SNPRelate (157)
snpStats (5940)
SomatiCA (1631)
SomaticSignatures (1184)
SpacePAC (1430)
spade (2343)
specL (49)
SpeCond (1739)
SPEM (1501)
SPIA (3163)
spikeLI (1630)
spkTools (1636)
splicegear (1692)
spliceR (2035)
spliceSites (1456)
SplicingGraphs (1670)
splots (2822)
spotSegmentation (1799)
SQUADD (1583)
SRAdb (3818)
sRAP (1674)
sscore (1635)
sSeq (1474)
ssize (2096)
SSPA (1888)
ssviz (92)
stam (7)
STAN (53)
staRank (1590)
Starr (1870)
STATegRa (41)
stepNorm (1641)
stepwiseCM (1622)
Streamer (1862)
STRINGdb (1770)
StudentGWAS (5)
supraHex (1588)
survcomp (3671)
Sushi (1184)
sva (7395)
SwimR (1364)
switchBox (47)
synapter (1795)
systemPipeR (50)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1495)
TargetSearch (1794)
TCC (2086)
TDARACNE (1809)
TEQC (1879)
ternarynet (1600)
tfbstools (1)
TFBSTools (1923)
tigre (1782)
tilingArray (2473)
timecourse (2187)
TitanCNA (1000)
tkWidgets (6889)
ToPASeq (41)
topGO (8660)
tracktables (44)
trackViewer (1091)
tRanslatome (1582)
TransView (1695)
triform (1582)
trigger (1697)
trio (1694)
triplex (1620)
TSCAN (41)
tspair (1839)
TSSi (1712)
TurboNorm (1743)
tweeDEseq (2019)
twilight (2704)
typeinfo (1)
TypeInfo (1718)

U

UNDO (932)
unifiedWMWqPCR (943)
UniProt.ws (2125)

V

VanillaICE (2042)
VariantAnnotation (18077)
VariantFiltering (1138)
variants (171)
VariantTools (1014)
vbmp (2118)
Vega (1685)
VegaMC (1693)
viper (949)
virtualArray (2295)
vsn (15142)
vtpnet (1478)

W

wateRmelon (3240)
wavClusteR (118)
waveTiling (1620)
weaver (2195)
webbioc (1773)
widgetTools (6880)

X

xcms (16556)
XDE (1702)
xmapbridge (1634)
xmapcore (252)
XML2R (2)
xps (2593)
xtable (1)
XVector (49243)

Y

yaqcaffy (2028)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (64752)