See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-08-16 15:24:51 -0400 (Tue, 16 Aug 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (50650)
2S4Vectors (49018)
3BiocVersion (48256)
4GenomeInfoDb (43985)
5IRanges (43563)
6Biobase (42901)
7zlibbioc (42096)
8XVector (40632)
9Biostrings (35727)
10BiocParallel (35589)
11GenomicRanges (33712)
12DelayedArray (33365)
13MatrixGenerics (32785)
14SummarizedExperiment (32295)
15limma (31385)
16AnnotationDbi (30060)
17KEGGREST (26249)
18annotate (19838)
19genefilter (19684)
20biomaRt (18511)
21BiocFileCache (18308)
22Rhtslib (18021)
23Rsamtools (17827)
24edgeR (17643)
25GenomicAlignments (17293)
26rtracklayer (17229)
27graph (16515)
28Rhdf5lib (16416)
29DESeq2 (15255)
30geneplotter (14973)
31GenomicFeatures (14767)
32rhdf5 (14347)
33rhdf5filters (12908)
34ggtree (12299)
35qvalue (12139)
36treeio (12045)
37BiocIO (11880)
38preprocessCore (11794)
39enrichplot (11348)
40clusterProfiler (11294)
41fgsea (11256)
42DOSE (11031)
43DelayedMatrixStats (10563)
44GOSemSim (10559)
45sparseMatrixStats (9784)
46beachmat (9425)
47GEOquery (9267)
48RBGL (9138)
49SingleCellExperiment (9021)
50multtest (9020)
51Rgraphviz (8862)
52ComplexHeatmap (8714)
53BSgenome (8627)
54HDF5Array (8351)
55ProtGenerics (8312)
56AnnotationHub (8114)
57ensembldb (7971)
58impute (7827)
59BiocSingular (7812)
60affyio (7592)
61affy (7389)
62AnnotationFilter (6954)
63interactiveDisplayBase (6861)
64ScaledMatrix (6635)
65GSEABase (6405)
66VariantAnnotation (6258)
67BiocNeighbors (5830)
68scuttle (5499)
69sva (5335)
70BiocStyle (5290)
71ShortRead (5111)
72vsn (4503)
73ExperimentHub (4499)
74biovizBase (4171)
75KEGGgraph (4157)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (66)
a4Base (80)
a4Classif (65)
a4Core (93)
a4Preproc (96)
a4Reporting (64)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (46)
ABarray (53)
abseqR (51)
ABSSeq (75)
acde (67)
ACE (66)
aCGH (117)
ACME (64)
ADaCGH2 (50)
ADAM (50)
ADAMgui (50)
adaptest (3)
adductomicsR (48)
ADImpute (53)
adSplit (53)
AffiXcan (47)
affxparser (1538)
affy (7389)
affycomp (64)
AffyCompatible (69)
affyContam (55)
affycoretools (341)
affydata (0)
AffyExpress (7)
affyILM (46)
affyio (7592)
affylmGUI (62)
affyPara (20)
affypdnn (5)
affyPLM (1090)
affyQCReport (19)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (51)
AffyTiling (1)
AGDEX (49)
aggregateBioVar (49)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (128)
AgiMicroRna (142)
agimicrorna (0)
AIMS (338)
airpart (42)
ALDEx2 (565)
alevinQC (66)
AllelicImbalance (72)
AlphaBeta (48)
alpine (81)
ALPS (20)
AlpsNMR (55)
alsace (48)
altcdfenvs (57)
AMARETTO (49)
AMOUNTAIN (70)
amplican (69)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (4)
anamiR (4)
Anaquin (53)
ANCOMBC (474)
AneuFinder (80)
ANF (53)
animalcules (84)
annaffy (228)
AnnBuilder (0)
annmap (49)
annotate (19838)
AnnotationDbi (30060)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6954)
AnnotationForge (2494)
AnnotationFuncs (10)
AnnotationHub (8114)
AnnotationHubData (185)
annotationTools (78)
annotatr (357)
anota (58)
anota2seq (59)
antiProfiles (49)
AnVIL (577)
AnVILBilling (41)
AnVILPublish (45)
APAlyzer (60)
apcluster (0)
apComplex (53)
apcomplex (0)
apeglm (2837)
APL (10)
applera (0)
appreci8R (48)
aroma.light (1701)
ArrayExpress (543)
ArrayExpressHTS (44)
arrayMagic (0)
arrayMvout (43)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (58)
arrayQualityMetrics (449)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (13)
ArrayTV (5)
ARRmNormalization (48)
artMS (72)
ASAFE (54)
ASEB (54)
ASGSCA (50)
ASICS (64)
asmn (0)
ASpediaFI (46)
ASpli (78)
AssessORF (48)
ASSET (66)
ASSIGN (67)
ASURAT (13)
ATACCoGAPS (1)
ATACseqQC (252)
ATACseqTFEA (0)
atena (33)
AtlasRDF (2)
atSNP (52)
attract (50)
AUCell (1198)
autonomics (44)
Autotuner (39)
AWFisher (48)
awst (42)

B

BaalChIP (57)
BAC (54)
bacon (91)
BADER (58)
BadRegionFinder (47)
BAGS (47)
ballgown (558)
bambu (82)
bamsignals (773)
BANDITS (54)
bandle (11)
banocc (46)
barcodetrackR (40)
basecallQC (51)
BaseSpaceR (56)
Basic4Cseq (52)
BASiCS (100)
BasicSTARRseq (50)
basilisk (849)
basilisk.utils (847)
batchelor (2410)
BatchQC (115)
BayesKnockdown (43)
BayesPeak (8)
BayesSpace (128)
bayNorm (73)
baySeq (517)
BBCAnalyzer (42)
BCRANK (58)
bcSeq (49)
BDMMAcorrect (50)
beachmat (9425)
beadarray (574)
beadarraySNP (52)
BeadDataPackR (587)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (47)
BEAT (43)
BEclear (67)
beer (14)
benchdamic (30)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (4)
BgeeCall (49)
BgeeDB (90)
BGmix (43)
bgx (54)
BHC (116)
BicARE (87)
BiFET (53)
BiGGR (45)
BigMatrix (0)
bigmelon (61)
bigmemoryExtras (10)
bigPint (74)
bim (0)
BindingSiteFinder (32)
bioassayR (61)
Biobase (42901)
biobase (0)
biobroom (158)
biobtreeR (51)
bioCancer (65)
BiocBaseUtils (3)
BiocCaseStudies (6)
BiocCheck (1802)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (49)
BiocFileCache (18308)
BiocGenerics (50650)
biocGraph (97)
BiocInstaller (976)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (11880)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5830)
BiocOncoTK (59)
Bioconductor (0)
BioCor (59)
BiocParallel (35589)
BiocPkgTools (87)
BiocSet (185)
BiocSingular (7812)
BiocSklearn (69)
BiocStyle (5290)
biocthis (123)
BiocVersion (48256)
biocViews (3697)
BiocWorkflowTools (169)
biodb (61)
biodbChebi (26)
biodbExpasy (10)
biodbHmdb (25)
biodbKegg (29)
biodbLipidmaps (22)
biodbMirbase (10)
biodbNcbi (10)
biodbNci (10)
biodbUniprot (25)
bioDist (191)
biomaRt (18511)
BioMedR (1)
biomformat (3952)
BioMM (52)
BioMVCClass (46)
biomvRCNS (49)
BioNERO (70)
BioNet (241)
bionet (0)
BioNetStat (61)
BioPlex (33)
BioQC (110)
BioSeqClass (9)
biosigner (66)
Biostrings (35727)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (4)
BioTIP (51)
biotmle (49)
biovizBase (4171)
BiRewire (86)
birta (5)
birte (2)
biscuiteer (55)
BiSeq (72)
BitSeq (58)
blacksheepr (49)
blima (54)
BLMA (52)
BloodGen3Module (48)
bluster (2680)
bnbc (51)
bnem (42)
BOBaFIT (15)
borealis (9)
BPRMeth (57)
BRAIN (116)
brainflowprobes (45)
brainImageR (1)
BrainSABER (44)
BrainStars (9)
branchpointer (59)
breakpointR (50)
brendaDb (49)
BRGenomics (91)
bridge (45)
BridgeDbR (65)
BrowserViz (107)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8627)
bsseq (1104)
BubbleTree (52)
BufferedMatrix (58)
BufferedMatrixMethods (46)
bugsigdbr (42)
BUMHMM (43)
bumphunter (2019)
BumpyMatrix (217)
BUS (51)
BUScorrect (46)
BUSpaRse (197)
BUSseq (28)
BuxcoR (0)

C

CAEN (38)
CAFE (45)
CAGEfightR (69)
cageminer (30)
CAGEr (82)
CALIB (4)
calm (42)
CAMERA (401)
CAMTHC (3)
canceR (55)
cancerclass (55)
CancerInSilico (48)
CancerMutationAnalysis (5)
CancerSubtypes (197)
CAnD (47)
caOmicsV (44)
Cardinal (101)
CARNIVAL (113)
casper (54)
CATALYST (347)
Category (2113)
categoryCompare (49)
CausalR (52)
cbaf (50)
CBEA (11)
cBioPortalData (194)
cbpManager (41)
ccfindR (87)
ccmap (73)
CCPROMISE (44)
ccrepe (124)
celaref (71)
celda (269)
CellaRepertorium (47)
CellBarcode (26)
cellbaseR (58)
CellBench (81)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (114)
CelliD (101)
cellity (51)
CellMapper (49)
cellmigRation (39)
CellMixS (61)
CellNOptR (83)
cellscape (47)
CellScore (44)
CellTrails (50)
cellTree (54)
cellxgenedp (11)
CEMiTool (162)
censcyt (38)
Cepo (41)
ceRNAnetsim (41)
CeTF (61)
CexoR (33)
CFAssay (62)
cfDNAPro (32)
CGEN (58)
CGHbase (267)
CGHcall (236)
cghMCR (58)
CGHnormaliter (46)
CGHregions (52)
ChAMP (592)
CHARGE (3)
charm (3)
ChemmineOB (166)
ChemmineR (444)
chemminer (0)
CHETAH (66)
ChIC (51)
Chicago (74)
chimera (6)
chimeraviz (82)
ChIPanalyser (44)
ChIPComp (54)
chipenrich (96)
ChIPexoQual (46)
ChIPpeakAnno (881)
ChIPQC (270)
ChIPseeker (1413)
chipseq (450)
ChIPseqR (99)
ChIPSeqSpike (7)
ChIPsim (97)
ChIPXpress (42)
chopsticks (79)
chroGPS (4)
chromDraw (46)
ChromHeatMap (55)
ChromoViz (0)
chromPlot (82)
ChromSCape (46)
chromstaR (69)
chromswitch (47)
chromVAR (718)
CHRONOS (56)
cicero (182)
CIMICE (41)
CINdex (57)
cindex (0)
circRNAprofiler (55)
cisPath (53)
CiteFuse (79)
ClassifyR (60)
cleanUpdTSeq (49)
cleaver (186)
clippda (47)
clipper (73)
cliProfiler (27)
cliqueMS (63)
Clomial (46)
Clonality (55)
clonotypeR (62)
clst (58)
clstutils (51)
CluMSID (58)
clustComp (50)
clusterExperiment (320)
ClusterJudge (45)
clusterProfiler (11294)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (42)
ClusterSignificance (49)
clusterStab (95)
clustifyr (131)
CMA (127)
cmapR (220)
cn.farms (47)
cn.mops (181)
CNAnorm (51)
cnanorm (0)
CNEr (1182)
CNORdt (49)
CNORfeeder (49)
CNORfuzzy (48)
CNORode (64)
CNPBayes (2)
CNTools (89)
CNVfilteR (50)
CNVgears (42)
cnvGSA (48)
CNViz (38)
CNVMetrics (17)
CNVPanelizer (57)
CNVRanger (71)
CNVrd2 (46)
CNVtools (4)
cnvtools (0)
cobindR (4)
CoCiteStats (41)
COCOA (49)
codelink (54)
CODEX (80)
coexnet (38)
CoGAPS (113)
cogena (88)
cogeqc (11)
Cogito (25)
coGPS (55)
COHCAP (53)
cola (117)
comapr (16)
combi (45)
coMET (68)
coMethDMR (17)
compartmap (51)
COMPASS (66)
compcodeR (74)
compEpiTools (53)
CompGO (24)
ComplexHeatmap (8714)
CompoundDb (31)
ComPrAn (37)
conclus (36)
condcomp (1)
condiments (59)
CONFESS (42)
consensus (42)
ConsensusClusterPlus (2555)
consensusDE (47)
consensusOV (51)
consensusSeekeR (54)
CONSTANd (49)
contiBAIT (47)
conumee (121)
convert (119)
copa (46)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (360)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (81)
CopywriteR (67)
coRdon (115)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (63)
CoreGx (154)
Cormotif (44)
CorMut (5)
coRNAi (1)
corral (70)
CORREP (50)
coseq (90)
cosmiq (49)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (58)
COSNet (53)
COTAN (16)
CountClust (48)
countsimQC (62)
covEB (45)
CoverageView (65)
covRNA (46)
cpvSNP (48)
cqn (268)
CRImage (67)
crisprBase (17)
crisprBowtie (14)
crisprBwa (9)
crisprDesign (1)
crisprScore (17)
CRISPRseek (94)
crisprseekplus (43)
CrispRVariants (85)
crlmm (104)
CrossICC (3)
crossmeta (75)
CSAR (99)
csaw (306)
csawBook (4)
csdR (30)
CSSP (54)
CSSQ (39)
ctc (247)
CTDquerier (45)
ctgGEM (38)
cTRAP (50)
ctsGE (49)
CTSV (2)
cummeRbund (271)
cummerbund (0)
customCMPdb (46)
customProDB (69)
CVE (4)
cyanoFilter (41)
cycle (41)
cydar (87)
CytoDx (52)
cytofast (6)
cytofkit (19)
CyTOFpower (24)
CytoGLMM (47)
cytoKernel (24)
cytolib (2197)
cytomapper (121)
cytoMEM (12)
CytoML (1050)
CytoTree (82)

D

dada2 (2049)
dagLogo (56)
daMA (43)
DAMEfinder (42)
DaMiRseq (74)
DAPAR (93)
DART (49)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (53)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (14)
dcanr (63)
dce (55)
dcGSA (45)
DChIPRep (4)
ddCt (94)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (43)
dearseq (57)
debCAM (56)
debrowser (140)
DECIPHER (1562)
deco (46)
DEComplexDisease (45)
decompTumor2Sig (71)
DeconRNASeq (172)
decontam (518)
deconvR (26)
decoupleR (107)
DEDS (4)
DeepBlueR (53)
DeepPINCS (40)
deepSNV (94)
DEFormats (207)
DegNorm (46)
DEGraph (48)
DEGreport (464)
DEGseq (204)
DelayedArray (33365)
DelayedDataFrame (49)
DelayedMatrixStats (10563)
DelayedRandomArray (43)
DelayedTensor (31)
deltaCaptureC (40)
deltaGseg (44)
DeMAND (47)
DeMixT (61)
densvis (81)
DEP (374)
DepecheR (157)
DepInfeR (10)
DEqMS (152)
derfinder (423)
derfinderHelper (419)
derfinderPlot (82)
DEScan2 (47)
DESeq (518)
deseq (0)
DESeq2 (15255)
DEsingle (259)
destiny (470)
DEsubs (48)
DEWSeq (48)
DExMA (43)
DEXSeq (729)
dexus (6)
DFP (46)
DIAlignR (50)
DiffBind (951)
diffcoexp (70)
diffcyt (222)
DifferentialRegulation (10)
diffGeneAnalysis (44)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (103)
DiffLogo (58)
diffloop (123)
diffuStats (62)
diffUTR (40)
diggit (51)
Dino (31)
dir.expiry (740)
Director (39)
DirichletMultinomial (1553)
discordant (107)
DiscoRhythm (64)
distinct (62)
dittoSeq (534)
divergence (41)
dks (45)
DMCFB (42)
DMCHMM (43)
DMRcaller (74)
DMRcate (808)
DMRforPairs (45)
DMRScan (41)
dmrseq (120)
DNABarcodeCompatibility (42)
DNABarcodes (112)
DNAcopy (2713)
DNaseR (0)
DNAshapeR (72)
domainsignatures (2)
DominoEffect (39)
doppelgangR (52)
DOQTL (3)
Doscheda (41)
DOSE (11031)
doseR (45)
dpeak (41)
drawProteins (128)
DRIMSeq (310)
DriverNet (57)
DropletUtils (1788)
drugTargetInteractions (42)
DrugVsDisease (50)
dSimer (2)
DSS (939)
dStruct (29)
DTA (49)
dualKS (28)
Dune (42)
DupChecker (4)
dupRadar (98)
dyebias (48)
DynDoc (765)
dyndoc (0)

E

easier (31)
EasyqpcR (9)
easyreporting (41)
easyRNASeq (64)
easyrnaseq (0)
EBarrays (110)
EBcoexpress (53)
EBImage (2118)
EBSEA (43)
EBSeq (359)
EBSeqHMM (62)
ecolitk (44)
EDASeq (1520)
edd (0)
EDDA (5)
edge (101)
edgeR (17643)
edger (0)
eds (1)
eegc (48)
EGAD (66)
EGSEA (166)
eiR (50)
eisa (7)
eisaR (90)
ELBOW (5)
ELMER (222)
EMDomics (56)
EmpiricalBrownsMethod (77)
ENCODExplorer (9)
EnhancedVolcano (2803)
enhancerHomologSearch (30)
EnMCB (43)
ENmix (166)
EnrichedHeatmap (339)
EnrichmentBrowser (269)
enrichplot (11348)
enrichTF (67)
ensembldb (7971)
ensemblVEP (114)
ENVISIONQuery (5)
epialleleR (41)
EpiCluster (0)
EpiCompare (14)
epidecodeR (37)
EpiDISH (172)
epigenomix (47)
epigraHMM (42)
epihet (44)
EpiMix (1)
epimutacions (11)
epiNEM (66)
epistack (27)
EpiTxDb (47)
epivizr (64)
epivizrChart (44)
epivizrData (64)
epivizrServer (66)
epivizrStandalone (50)
erccdashboard (62)
erma (74)
ERSSA (41)
esATAC (91)
escape (188)
esetVis (73)
eudysbiome (44)
evaluomeR (43)
EventPointer (54)
EWCE (79)
ExCluster (39)
ExiMiR (49)
exomeCopy (221)
exomecopy (0)
exomePeak (10)
exomePeak2 (96)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4499)
ExperimentHubData (152)
ExperimentSubset (42)
explorase (4)
ExploreModelMatrix (91)
ExpressionAtlas (80)
ExpressionView (4)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (10)

F

fabia (123)
facopy (2)
factDesign (45)
factR (1)
FamAgg (67)
famat (38)
farms (61)
fastLiquidAssociation (46)
FastqCleaner (85)
fastreeR (13)
fastseg (626)
fbat (0)
FCBF (76)
fCCAC (45)
fCI (46)
fcoex (60)
fcScan (46)
fdrame (51)
FEAST (68)
fedup (39)
FELLA (110)
FEM (58)
ffpe (69)
fgga (42)
FGNet (73)
fgsea (11256)
FilterFFPE (39)
FindIT2 (32)
FindMyFriends (43)
FISHalyseR (46)
fishpond (286)
FitHiC (55)
flagme (46)
FLAMES (32)
flipflop (2)
flowAI (504)
flowBeads (46)
flowBin (46)
flowcatchR (47)
flowCHIC (48)
flowCL (55)
flowClean (225)
flowClust (1170)
flowCore (2141)
flowCut (62)
flowCyBar (48)
flowDensity (177)
flowFit (5)
flowFlowJo (0)
flowFP (69)
flowGraph (39)
flowMap (49)
flowMatch (48)
flowMeans (114)
flowMerge (58)
flowPeaks (120)
flowPhyto (0)
flowPloidy (50)
flowPlots (56)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (31)
FlowSOM (929)
flowSpecs (51)
flowSpy (4)
flowStats (1166)
flowTime (48)
flowTrans (58)
flowType (4)
flowUtils (158)
flowViz (1354)
flowVS (77)
flowWorkspace (1457)
flowworkspace (0)
fmcsR (185)
fmrs (44)
fobitools (41)
focalCall (4)
FoldGO (47)
FourCSeq (8)
FRASER (104)
frenchFISH (38)
FRGEpistasis (53)
frma (100)
frmaTools (50)
FScanR (46)
FunChIP (46)
FunciSNP (5)
funtooNorm (46)

G

GA4GHclient (49)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (40)
gaga (58)
gage (943)
gaggle (43)
gaia (126)
GAPGOM (43)
GAprediction (46)
garfield (58)
GARS (50)
GateFinder (43)
gaucho (2)
GBScleanR (17)
gcapc (51)
gcatest (49)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (50)
gcrma (1392)
GCSConnection (33)
GCSFilesystem (50)
GCSscore (46)
GDCRNATools (303)
GDSArray (80)
gdsfmt (1603)
geecc (4)
GEM (49)
gemini (46)
genArise (52)
genbankr (178)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (41)
GeneAnswers (50)
geneAttribution (45)
GeneBreak (48)
geneClassifiers (45)
GeneExpressionSignature (54)
genefilter (19684)
genefu (345)
GeneGA (47)
GeneGeneInteR (48)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (61)
GeneNetworkBuilder (59)
GeneOverlap (218)
geneplast (61)
geneplotter (14973)
GeneR (0)
geneRecommender (45)
GeneRegionScan (49)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (47)
GeneSelectMMD (50)
GeneSelector (2)
GENESIS (269)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (60)
geNetClassifier (83)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (86)
GeneTonic (105)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (50)
GENIE3 (723)
genoCN (53)
GenoGAM (30)
genomation (429)
GenomAutomorphism (0)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (12)
GenomeInfoDb (43985)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (139)
genomeintervals (0)
genomes (54)
GenomicAlignments (17293)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (839)
GenomicDistributions (58)
GenomicFeatures (14767)
GenomicFiles (741)
genomicInstability (25)
GenomicInteractionNodes (10)
GenomicInteractions (162)
GenomicOZone (43)
GenomicRanges (33712)
GenomicScores (356)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (46)
Genominator (3)
genoset (29)
genotypeeval (49)
GenoView (1)
genphen (46)
GenProSeq (10)
GenRank (3)
GenVisR (373)
GeoDiff (37)
GEOexplorer (36)
GEOfastq (44)
GEOmetadb (193)
GeomxTools (123)
GEOquery (9267)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (49)
gep2pep (48)
gespeR (66)
getDEE2 (49)
geva (39)
GEWIST (41)
gff3Plotter (0)
GGBase (10)
ggbio (1677)
ggcyto (1238)
ggmanh (17)
ggmsa (178)
GGPA (41)
ggspavis (41)
GGtools (9)
ggtree (12299)
ggtreeExtra (490)
GIGSEA (43)
girafe (100)
GISPA (52)
GLAD (223)
GladiaTOX (42)
Glimma (1188)
glmGamPoi (1026)
glmSparseNet (83)
GlobalAncova (465)
globalSeq (53)
globaltest (1157)
gmapR (68)
GmicR (54)
gmoviz (42)
GMRP (44)
GNET2 (49)
goCluster (0)
GOexpress (103)
GOfuncR (159)
GOFunction (5)
GoogleGenomics (2)
GOpro (52)
goProfiles (82)
goprofiles (0)
GOSemSim (10559)
gosemsim (0)
goseq (1214)
GOSim (111)
goSorensen (0)
goSTAG (55)
GOstats (1970)
gostats (0)
GOsummaries (67)
GOTHiC (50)
goTools (57)
gotools (0)
GPA (42)
gpart (59)
gpls (93)
gprege (56)
gpuMagic (44)
gQTLBase (11)
gQTLstats (10)
gramm4R (7)
GRaNIE (12)
granulator (70)
graper (43)
graph (16515)
GraphAlignment (56)
GraphAT (47)
graphite (1852)
GraphPAC (46)
GRENITS (48)
GreyListChIP (675)
GRmetrics (79)
groHMM (68)
GRridge (54)
GSALightning (52)
GSAR (112)
GSCA (50)
gscreend (54)
GSEABase (6405)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (58)
GSEAlm (69)
GSEAmining (44)
gsean (48)
GSgalgoR (42)
GSReg (47)
GSRI (47)
GSVA (3507)
gtrellis (113)
GUIDEseq (57)
Guitar (108)
Gviz (3007)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (370)
GWASTools (427)
gwasurvivr (64)
GWENA (81)

H

h5vc (60)
hapFabia (41)
Harman (137)
Harshlight (42)
harshlight (0)
hca (52)
HCABrowser (3)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (4)
HCsnip (2)
HDF5Array (8351)
HDTD (47)
heatmaps (200)
Heatplus (368)
HelloRanges (85)
HELP (42)
HEM (46)
hermes (21)
Herper (84)
hexbin (0)
HGC (53)
hiAnnotator (68)
HIBAG (84)
HiCBricks (48)
hicbricks (0)
HiCcompare (114)
HiCDCPlus (63)
HiCDOC (1)
hicrep (12)
hierGWAS (49)
hierinf (40)
HilbertCurve (73)
HilbertVis (152)
HilbertVisGUI (25)
HiLDA (43)
hipathia (64)
HIPPO (46)
hiReadsProcessor (52)
HIREewas (41)
HiTC (116)
hmdbQuery (66)
HMMcopy (203)
hopach (176)
HPAanalyze (79)
hpar (236)
HPAStainR (40)
HPiP (24)
HTqPCR (137)
HTSanalyzeR (7)
HTSeqGenie (28)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (175)
HubPub (63)
HumanTranscriptomeCompendium (39)
hummingbird (41)
HybridMTest (68)
hypeR (94)
hyperdraw (61)
hypergraph (84)

I

iASeq (48)
iasva (44)
iBBiG (80)
ibh (42)
iBMQ (35)
iCARE (86)
Icens (289)
icetea (45)
iCheck (43)
iChip (42)
iClusterPlus (257)
iCNV (50)
iCOBRA (123)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (68)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (3)
IdMappingRetrieval (3)
idpr (53)
idr2d (45)
iFlow (0)
iGC (45)
IgGeneUsage (37)
igvR (83)
IHW (615)
illuminaio (2286)
ILoReg (40)
imageHTS (51)
IMAS (46)
imcRtools (57)
Imetagene (4)
IMMAN (50)
ImmuneSpaceR (57)
immunoClust (48)
immunotation (39)
IMPCdata (42)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (18)
impute (7827)
INDEED (42)
infercnv (624)
infinityFlow (49)
Informeasure (42)
InPAS (51)
INPower (45)
inSilicoDb (2)
inSilicoMerging (1)
insilicomerging (0)
INSPEcT (54)
InTAD (46)
intansv (57)
interacCircos (51)
InteractionSet (913)
InteractiveComplexHeatmap (163)
interactiveDisplay (73)
interactiveDisplayBase (6861)
InterCellar (60)
IntEREst (54)
InterMineR (60)
IntramiRExploreR (35)
inveRsion (42)
inversion (0)
IONiseR (61)
iontree (2)
iPAC (51)
iPath (27)
ipdDb (44)
IPO (103)
IPPD (11)
IRanges (43563)
IRISFGM (43)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (249)
iSEEhex (3)
iSEEu (69)
iSeq (52)
iSNetwork (0)
isobar (97)
IsoCorrectoR (54)
IsoCorrectoRGUI (43)
IsoformSwitchAnalyzeR (227)
IsoGeneGUI (45)
ISoLDE (49)
isomiRs (54)
iSPlot (0)
ITALICS (45)
iterativeBMA (49)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (44)
iterClust (50)
iteremoval (37)
IVAS (53)
ivygapSE (42)
IWTomics (44)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (3)
JunctionSeq (11)

K

karyoploteR (648)
katdetectr (2)
KBoost (49)
KCsmart (44)
kebabs (127)
KEGGgraph (4157)
KEGGlincs (52)
keggorth (0)
keggorthology (74)
KEGGprofile (34)
KEGGREST (26249)
KEGGSOAP (0)
kimod (3)
KinSwingR (46)
kissDE (48)
kmknn (0)
KnowSeq (52)

L

LACE (39)
lapmix (41)
LBE (266)
ldblock (54)
LEA (381)
LedPred (40)
lefser (161)
les (46)
levi (38)
lfa (316)
limma (31385)
limmaGUI (63)
LINC (3)
LineagePulse (44)
lineagespot (13)
LinkHD (41)
Linnorm (143)
LinTInd (14)
lionessR (53)
lipidr (87)
LiquidAssociation (45)
lisaClust (41)
lmdme (58)
LMGene (5)
LOBSTAHS (48)
loci2path (42)
logicFS (69)
logitT (45)
Logolas (6)
lol (3)
LOLA (147)
LoomExperiment (328)
LowMACA (43)
LPE (63)
LPEadj (40)
lpNet (42)
lpsymphony (916)
LRBaseDbi (56)
LRcell (41)
lumi (1073)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (59)

M

M3C (711)
M3D (5)
M3Drop (354)
m6Aboost (30)
maanova (63)
Maaslin2 (331)
Macarron (8)
macat (46)
maCorrPlot (47)
MACPET (42)
MACSQuantifyR (39)
MACSr (60)
maDB (0)
madb (0)
made4 (230)
MADSEQ (47)
maftools (2292)
MAGAR (41)
MAGeCKFlute (254)
MAI (29)
maigesPack (53)
MAIT (64)
makecdfenv (104)
makePlatformDesign (0)
MANOR (47)
manta (3)
MantelCorr (50)
mAPKL (46)
maPredictDSC (45)
mapscape (46)
marr (39)
marray (1542)
martini (50)
maser (88)
maSigPro (251)
maskBAD (43)
MassArray (55)
massarray (0)
massiR (49)
MassSpecWavelet (1176)
MAST (1327)
matchBox (51)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (32785)
MatrixQCvis (44)
MatrixRider (41)
matter (99)
MaxContrastProjection (4)
MBAmethyl (45)
MBASED (51)
MBCB (46)
MBECS (12)
mbkmeans (448)
mbOmic (10)
mBPCR (44)
MBQN (42)
MBttest (41)
mcaGUI (3)
MCbiclust (46)
MCRestimate (4)
mCSEA (56)
mdgsa (13)
mdp (48)
mdqc (48)
MDTS (43)
MEAL (71)
MeasurementError.cor (47)
MEAT (45)
MEB (38)
MEDIPS (108)
MEDME (45)
megadepth (97)
MEIGOR (63)
Melissa (43)
memes (122)
MergeMaid (7)
mergemaid (0)
Mergeomics (65)
MeSHDbi (188)
meshes (129)
meshr (85)
MeSHSim (1)
MesKit (67)
messina (44)
metaArray (4)
metaarray (0)
Metab (49)
metabCombiner (42)
MetaboAnnotation (33)
MetaboCoreUtils (94)
metabolomicsWorkbenchR (49)
metabomxtr (48)
MetaboSignal (82)
metaCCA (59)
MetaCyto (57)
metagene (63)
metagene2 (61)
metagenomeFeatures (5)
metagenomeSeq (797)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (51)
metaMS (86)
MetaNeighbor (62)
metapod (2392)
metapone (28)
metaR (0)
metaSeq (58)
metaseqR (18)
metaseqR2 (59)
metavizr (45)
MetaVolcanoR (71)
metaX (2)
MetCirc (46)
MethCP (26)
methimpute (51)
methInheritSim (43)
MethPed (44)
MethReg (51)
methrix (59)
MethTargetedNGS (43)
methVisual (4)
methyAnalysis (32)
MethylAid (57)
methylCC (57)
methylclock (62)
methylGSA (96)
methylInheritance (43)
methylKit (490)
MethylMix (110)
methylMnM (45)
methylPipe (59)
methylscaper (37)
MethylSeekR (142)
methylSig (54)
methylumi (1295)
methyvim (4)
MetID (46)
MetNet (54)
mfa (72)
Mfuzz (589)
mfuzz (0)
MGFM (46)
MGFR (50)
mgsa (85)
mia (320)
miaSim (31)
miaViz (106)
MiChip (40)
microbiome (1281)
microbiomeDASim (44)
microbiomeExplorer (56)
microbiomeMarker (110)
MicrobiomeProfiler (36)
MicrobiotaProcess (247)
microRNA (128)
midasHLA (42)
MIGSA (49)
miloR (109)
mimager (44)
MIMOSA (49)
mina (37)
MineICA (59)
minet (496)
minfi (1776)
MinimumDistance (43)
MiPP (41)
miQC (72)
MIRA (52)
MiRaGE (47)
miRBaseConverter (117)
miRcomp (44)
mirIntegrator (46)
miRLAB (54)
miRmine (42)
miRNAmeConverter (61)
miRNApath (61)
miRNAtap (105)
miRSM (44)
miRsponge (2)
miRspongeR (54)
Mirsynergy (3)
mirTarRnaSeq (37)
missMethyl (847)
missRows (40)
mistyR (47)
mitch (56)
mitoClone2 (27)
mitoODE (3)
mixOmics (2067)
MLInterfaces (285)
mlm4omics (2)
MLP (69)
MLSeq (144)
MMAPPR2 (35)
MMDiff (1)
MMDiff2 (42)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (3)
MMUPHin (63)
mnem (66)
moanin (50)
MobilityTransformR (11)
MODA (54)
ModCon (38)
Modstrings (104)
MOFA (18)
MOFA2 (264)
MOGAMUN (46)
mogsa (108)
MOMA (49)
monaLisa (44)
monocle (2104)
MoonlightR (56)
MoPS (4)
mosaics (109)
mosbi (29)
MOSim (46)
Motif2Site (13)
motifbreakR (83)
motifcounter (51)
MotifDb (397)
motifmatchr (804)
motifRG (8)
motifStack (509)
MotIV (65)
MouseFM (26)
MPFE (45)
mpra (46)
MPRAnalyze (47)
MQmetrics (37)
mQTL.NMR (2)
msa (1063)
MSA2dist (16)
MsBackendMassbank (59)
MsBackendMgf (119)
MsBackendMsp (14)
MsBackendRawFileReader (27)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2026)
MSEADbi (12)
MsFeatures (627)
msgbsR (44)
MSGFgui (36)
MSGFplus (77)
msImpute (50)
mslp (2)
msmsEDA (163)
msmsTests (155)
MSnbase (2459)
MSnID (151)
MSPrep (48)
msPurity (68)
msQC (0)
msqrob2 (65)
MSstats (349)
MSstatsConvert (274)
MSstatsLiP (25)
MSstatsLOBD (37)
MSstatsPTM (59)
MSstatsQC (46)
MSstatsQCgui (41)
MSstatsSampleSize (38)
MSstatsTMT (159)
MSstatsTMTPTM (22)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
MuData (13)
Mulcom (91)
MultiAssayExperiment (1795)
MultiBaC (49)
multiClust (67)
multicrispr (45)
MultiDataSet (650)
multiGSEA (73)
multiHiCcompare (59)
MultiMed (55)
multiMiR (172)
multiOmicsViz (54)
multiscan (40)
multiSight (37)
multtest (9020)
mumosa (54)
MungeSumstats (106)
muscat (178)
muscle (187)
musicatk (56)
MutationalPatterns (353)
MVCClass (52)
mvGST (1)
MWASTools (86)
mygene (305)
myvariant (66)
mzID (2071)
mzR (2275)

N

NADfinder (45)
NanoMethViz (56)
NanoStringDiff (88)
NanoStringNCTools (129)
NanoStringQCPro (85)
nanotatoR (48)
NanoTube (35)
NarrowPeaks (4)
NBAMSeq (43)
NBSplice (46)
ncdfFlow (1470)
ncGTW (40)
NCIgraph (51)
ncRNAtools (43)
ndexr (68)
neaGUI (1)
nearBynding (38)
Nebulosa (366)
NeighborNet (40)
nem (6)
nempi (44)
netbenchmark (4)
netbiov (66)
netboost (38)
netboxr (42)
NetCRG (0)
netDx (49)
nethet (44)
netOmics (28)
NetPathMiner (60)
netprioR (42)
netReg (4)
netresponse (60)
NetSAM (48)
netSmooth (57)
networkBMA (49)
netZooR (19)
NeuCA (30)
NewWave (82)
NGScopy (2)
ngsReports (70)
nnNorm (43)
nnSVG (16)
NOISeq (523)
nondetects (66)
NoRCE (46)
normalize450K (42)
NormalyzerDE (96)
NormqPCR (176)
normr (129)
NPARC (47)
npGSEA (47)
NTW (41)
nucleoSim (44)
nucleR (63)
nucler (0)
nuCpos (48)
nudge (2)
nullranges (31)
NuPoP (54)
NxtIRFcore (29)

O

occugene (44)
OCplus (97)
ODER (26)
odseq (57)
OGRE (13)
OGSA (4)
oligo (1418)
oligoClasses (1530)
OLIN (47)
OLINgui (41)
OmaDB (70)
omicade4 (99)
OmicCircos (223)
omiccircos (0)
omicplotR (46)
omicRexposome (45)
OmicsLonDA (42)
OmicsMarkeR (5)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (44)
omicsPrint (47)
omicsViewer (10)
Omixer (41)
OmnipathR (237)
ompBAM (14)
Onassis (14)
oncomix (44)
OncoScore (47)
OncoSimulR (60)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (39)
onlineFDR (48)
ontoCAT (1)
ontoProc (107)
ontoTools (0)
openCyto (1144)
openPrimeR (93)
openPrimeRui (55)
OpenStats (44)
OperaMate (1)
oposSOM (68)
oppar (45)
oppti (40)
optimalFlow (38)
OPWeight (41)
OrderedList (85)
ORFhunteR (37)
ORFik (119)
Organism.dplyr (355)
OrganismDbi (2510)
orthogene (94)
OSAT (63)
OSCA (7)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (12)
OSCA.intro (37)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (23)
Oscope (54)
OTUbase (45)
OutlierD (5)
OUTRIDER (141)
OVESEG (38)

P

PAA (54)
packFinder (48)
padma (40)
PADOG (179)
pageRank (43)
PAIRADISE (69)
paircompviz (50)
pairkat (24)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (97)
panelcn.mops (61)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (13)
panp (48)
PANR (43)
PanViz (2)
PanVizGenerator (36)
PAPi (4)
pareg (12)
parglms (42)
parody (59)
PAST (42)
Path2PPI (54)
pathifier (149)
PathNet (55)
PathoStat (55)
pathprint (3)
pathRender (49)
pathVar (42)
pathview (3667)
pathwayPCA (81)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (82)
Pbase (3)
pbcmc (2)
pcaExplorer (392)
pcaGoPromoter (5)
pcaMethods (3857)
PCAN (56)
PCAtools (898)
pcot2 (11)
PCpheno (5)
pcxn (45)
PDATK (39)
pdInfoBuilder (100)
pdmclass (1)
PeacoQC (58)
peakPantheR (54)
PECA (64)
peco (40)
pengls (24)
PepsNMR (65)
pepStat (45)
pepXMLTab (50)
PERFect (56)
periodicDNA (41)
perturbatr (27)
PFP (38)
PGA (6)
pga (0)
pgca (47)
PGSEA (26)
pgUtils (0)
phantasus (68)
PharmacoGx (140)
phemd (31)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (37)
phenopath (77)
phenoTest (76)
PhenStat (50)
philr (162)
PhIPData (47)
phosphonormalizer (39)
PhosR (67)
PhyloProfile (59)
phyloseq (3904)
Pi (68)
piano (290)
pickgene (43)
PICS (94)
Pigengene (71)
PING (46)
pint (5)
pipeComp (45)
pipeFrame (111)
pkgDepTools (56)
planet (63)
plateCore (2)
plethy (46)
plgem (66)
plier (128)
PloGO2 (54)
plotgardener (90)
plotGrouper (43)
PLPE (45)
plrs (3)
plw (3)
plyranges (630)
pmm (44)
pmp (86)
PoDCall (38)
podkat (50)
pogos (45)
polyester (111)
Polyfit (4)
POMA (58)
POST (4)
PoTRA (43)
PowerExplorer (3)
powerTCR (250)
POWSC (44)
ppcseq (38)
PPInfer (67)
ppiStats (45)
pqsfinder (66)
prada (29)
pram (44)
prebs (44)
preciseTAD (40)
PrecisionTrialDrawer (38)
PREDA (75)
predictionet (29)
preprocessCore (11794)
primirTSS (40)
PrInCE (47)
Prize (4)
proActiv (50)
proBAMr (41)
proBatch (77)
PROcess (87)
procoil (47)
ProCoNA (2)
proDA (116)
proFIA (45)
profileplyr (147)
profileScoreDist (44)
progeny (283)
projectR (61)
pRoloc (231)
pRolocGUI (73)
PROMISE (41)
PROPER (81)
PROPS (46)
Prostar (68)
prostar (0)
prot2D (2)
proteasy (1)
proteinProfiles (47)
ProteoDisco (27)
ProteomicsAnnotationHubData (30)
ProteoMM (57)
proteoQC (4)
protGear (11)
ProtGenerics (8312)
PSEA (47)
psichomics (79)
PSICQUIC (60)
PSMatch (24)
psygenet2r (50)
ptairMS (41)
PubScore (38)
pulsedSilac (38)
puma (95)
PureCN (153)
pvac (46)
pvca (216)
Pviz (50)
PWMEnrich (85)
pwOmics (50)
pwrEWAS (60)
pxr (0)

Q

qckitfastq (60)
qcmetrics (53)
QDNAseq (233)
QFeatures (190)
qmtools (11)
qpcrNorm (48)
qpgraph (104)
qPLEXanalyzer (48)
qrqc (110)
qsea (57)
qsmooth (59)
QSutils (51)
qsvaR (11)
qtbase (0)
Qtlizer (46)
qtpaint (0)
QUALIFIER (3)
quantiseqr (71)
quantro (128)
quantsmooth (457)
QuartPAC (41)
QuasR (291)
QuaternaryProd (67)
QUBIC (94)
qusage (329)
qvalue (12139)

R

R3CPET (44)
r3Cseq (101)
R453Plus1Toolbox (52)
R4RNA (341)
RadioGx (42)
RaggedExperiment (637)
rain (75)
rama (50)
RamiGO (3)
ramigo (0)
ramr (45)
ramwas (66)
RandomWalkRestartMH (68)
randPack (50)
randRotation (43)
RankProd (250)
RAREsim (9)
RareVariantVis (45)
Rariant (4)
rawrr (152)
RbcBook1 (45)
Rbec (36)
RBGL (9138)
RBioinf (54)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (131)
RBM (48)
Rbowtie (333)
Rbowtie2 (204)
rbsurv (60)
Rbwa (11)
Rcade (66)
RCAS (61)
RCASPAR (47)
rcellminer (54)
rCGH (68)
Rchemcpp (2)
RchyOptimyx (5)
RcisTarget (725)
RCM (52)
RConferoMapping (0)
Rcpi (109)
RCSL (40)
Rcwl (44)
RcwlPipelines (37)
RCX (19)
RCy3 (675)
RCyjs (56)
RCytoscape (3)
RDAVIDWebService (51)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (72)
Rdisop (311)
RDRToolbox (81)
ReactomeContentService4R (62)
ReactomeGraph4R (38)
ReactomeGSA (202)
ReactomePA (1575)
readat (7)
ReadqPCR (186)
reb (3)
REBET (40)
rebook (96)
receptLoss (34)
reconsi (41)
recount (356)
recount3 (155)
recountmethylation (45)
recoup (45)
RedeR (191)
RedisParam (1)
REDseq (90)
RefNet (3)
RefPlus (62)
RegEnrich (51)
regioneR (1593)
regionReport (112)
regsplice (39)
regutools (43)
REMP (52)
Repitools (647)
ReportingTools (760)
reposTools (0)
RepViz (44)
ReQON (50)
ResidualMatrix (2090)
Resourcerer (0)
restfulSE (48)
rexposome (65)
rfaRm (43)
Rfastp (82)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (44)
rGADEM (338)
RGalaxy (41)
rGenomeTracks (24)
Rgin (43)
RGMQL (29)
RgnTX (2)
rgoslin (11)
RGraph2js (44)
Rgraphviz (8862)
rGREAT (308)
RGSEA (70)
rgsepd (47)
rhdf5 (14347)
rhdf5client (53)
rhdf5filters (12908)
Rhdf5lib (16416)
Rhisat2 (173)
Rhtslib (18021)
rHVDM (2)
RiboCrypt (24)
RiboDiPA (44)
RiboProfiling (62)
ribor (43)
riboSeq (0)
riboSeqR (63)
ribosomeProfilingQC (52)
rifi (8)
RImmPort (41)
Ringo (665)
Rintact (0)
RIPAT (41)
RIPSeeker (13)
Risa (53)
RITAN (48)
RIVER (43)
RJMCMCNucleosomes (40)
RLassoCox (43)
RLMM (46)
RLSeq (28)
RMAGEML (0)
Rmagpie (42)
RMAPPER (0)
RMassBank (76)
rMAT (2)
rmelting (61)
RmiR (31)
rmir (0)
Rmmquant (42)
rmspc (29)
RNAAgeCalc (59)
RNAdecay (40)
rnaEditr (37)
RNAinteract (47)
RNAither (5)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (46)
RNAmodR.ML (40)
RNAmodR.RiboMethSeq (43)
RNAprobR (5)
RNAsense (38)
rnaseqcomp (52)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (5)
RNASeqPower (146)
RNASeqR (40)
RnaSeqSampleSize (91)
RnBeads (211)
Rnits (45)
roar (56)
ROC (1142)
ROCpAI (38)
RolDE (10)
Roleswitch (4)
Rolexa (1)
rols (274)
roma (0)
ROntoTools (84)
ropls (623)
ROSeq (39)
ROTS (161)
RPA (51)
rprimer (18)
RProtoBufLib (2044)
RpsiXML (53)
rpx (282)
Rqc (181)
rqt (47)
rqubic (58)
rRDP (45)
Rredland (0)
RRHO (77)
rrvgo (242)
Rsamtools (17827)
rsbml (77)
rScudo (43)
rsemmed (37)
RSeqAn (63)
rSFFreader (1)
RSNPper (0)
Rsubread (1829)
RSVSim (53)
rSWeeP (41)
rTANDEM (11)
RTCA (46)
RTCGA (497)
RTCGAToolbox (408)
RTN (120)
RTNduals (52)
RTNsurvival (55)
RTools4TB (0)
RTopper (48)
Rtpca (39)
rtracklayer (17229)
Rtreemix (48)
rTRM (54)
rTRMui (42)
runibic (61)
Ruuid (0)
RUVcorr (50)
RUVnormalize (51)
RUVSeq (753)
RVS (45)
RWebServices (1)
rWikiPathways (248)

S

S4Vectors (49018)
safe (379)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (42)
SAGx (20)
SAIGEgds (64)
samExploreR (3)
sampleClassifier (41)
SamSPECTRAL (131)
sangeranalyseR (126)
sangerseqR (310)
SANTA (45)
sapFinder (3)
saps (1)
sarks (38)
satuRn (43)
savR (60)
SBGNview (71)
sbgr (1)
SBMLR (45)
SC3 (385)
Scale4C (42)
ScaledMatrix (6635)
scAlign (46)
SCAN.UPC (93)
scanMiR (33)
scanMiRApp (28)
scAnnotatR (41)
SCANVIS (52)
SCArray (40)
SCATE (38)
scater (4151)
scatterHatch (22)
scBFA (42)
SCBN (59)
scCB2 (42)
scClassifR (33)
scClassify (66)
sccomp (15)
scDataviz (58)
scDblFinder (558)
scDD (127)
scDDboost (2)
scde (316)
scds (360)
SCFA (41)
scFeatureFilter (43)
scfind (3)
scGPS (43)
schex (114)
scHOT (61)
ScISI (31)
scMAGeCK (45)
scmap (277)
scMerge (256)
scMET (1)
scmeth (44)
SCnorm (108)
scone (125)
Sconify (40)
SCOPE (50)
scoreInvHap (42)
scp (54)
scPCA (69)
scPipe (80)
scran (3023)
scReClassify (23)
scRecover (53)
ScreenR (3)
scRepertoire (211)
scruff (55)
scry (76)
scShapes (27)
scsR (3)
scTensor (56)
scTGIF (39)
scTHI (42)
scTreeViz (27)
scuttle (5499)
SDAMS (43)
sechm (59)
segmenter (30)
segmentSeq (94)
selectKSigs (36)
SELEX (47)
SemDist (44)
semisup (43)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (44)
seq2pathway (51)
seqArchR (11)
SeqArray (671)
seqbias (54)
seqCAT (45)
seqCNA (49)
seqcombo (49)
SeqGate (35)
SeqGSEA (68)
seqLogo (1786)
Seqnames (0)
seqPattern (422)
seqplots (15)
seqsetvis (60)
SeqSQC (48)
seqTools (105)
SeqVarTools (385)
sesame (370)
SEtools (63)
sevenbridges (71)
sevenC (43)
SGSeq (245)
SharedObject (87)
shinyepico (47)
shinyMethyl (81)
shinyTANDEM (4)
ShortRead (5111)
shortread (0)
SIAMCAT (108)
SICtools (37)
sidap (0)
sigaR (7)
SigCheck (46)
sigFeature (109)
SigFuge (44)
siggenes (2200)
sights (49)
signatureSearch (84)
signeR (64)
signet (3)
sigPathway (126)
SigsPack (42)
sigsquared (43)
SIM (48)
SIMAT (45)
SimBindProfiles (42)
SimBu (0)
SIMD (40)
SimFFPE (41)
similaRpeak (54)
SIMLR (194)
simpleaffy (155)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (177)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (4)
sincell (53)
single (10)
SingleCellExperiment (9021)
SingleCellSignalR (145)
singleCellTK (118)
SingleMoleculeFootprinting (37)
SingleR (2263)
SingleRBook (4)
singscore (628)
SISPA (42)
sitadela (40)
sitePath (47)
sizepower (54)
SJava (1)
skewr (41)
slalom (49)
SLGI (32)
slingshot (907)
slinky (33)
SLqPCR (57)
SMAD (40)
SMAP (46)
SMITE (48)
SNAData (0)
SNAGEE (40)
snapCGH (53)
snapcount (50)
snifter (94)
snm (131)
snpAssoc (0)
SNPchip (20)
SNPediaR (44)
SNPhood (43)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1174)
snpStats (1421)
soGGi (200)
sojourner (43)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (142)
SOMNiBUS (38)
SpacePAC (44)
spade (1)
Spaniel (78)
sparrow (44)
sparseDOSSA (45)
sparseMatrixStats (9784)
sparsenetgls (39)
SparseSignatures (48)
spaSim (1)
SpatialCPie (69)
spatialDE (41)
SpatialDecon (82)
SpatialExperiment (449)
spatialHeatmap (41)
spatzie (30)
specL (48)
SpeCond (88)
Spectra (267)
SpectralTAD (53)
SPEM (66)
SPIA (414)
spicyR (45)
SpidermiR (60)
spikeLI (47)
spiky (32)
spkTools (43)
splatter (334)
splicegear (3)
spliceR (4)
spliceSites (3)
SpliceWiz (2)
SplicingFactory (37)
SplicingGraphs (93)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (59)
SPLINTER (42)
splots (119)
SPONGE (58)
SpotClean (3)
SPOTlight (22)
spotSegmentation (3)
spqn (42)
SPsimSeq (65)
SQLDataFrame (43)
SQUADD (40)
sRACIPE (42)
SRAdb (325)
sRAP (4)
SRGnet (7)
srnadiff (44)
sscore (44)
sscu (47)
sSeq (155)
ssize (66)
sSNAPPY (9)
SSPA (123)
ssPATHS (36)
ssrch (43)
ssviz (47)
stageR (136)
stam (0)
STAN (50)
standR (12)
staRank (41)
StarBioTrek (44)
Starr (4)
STATegRa (54)
statTarget (96)
STdeconvolve (15)
stepNorm (44)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (43)
Streamer (48)
STRINGdb (746)
STROMA4 (42)
struct (86)
Structstrings (78)
structToolbox (64)
StructuralVariantAnnotation (132)
SubCellBarCode (46)
subSeq (62)
SUITOR (2)
SummarizedBenchmark (50)
SummarizedExperiment (32295)
Summix (35)
supersigs (39)
supraHex (272)
surfaltr (25)
survcomp (749)
survtype (48)
Sushi (252)
sva (5335)
svaNUMT (28)
SVAPLSseq (3)
svaRetro (27)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (57)
SwathXtend (47)
swfdr (55)
SwimR (16)
switchBox (75)
switchde (48)
synapsis (25)
synapter (31)
synergyfinder (153)
SynExtend (47)
synlet (42)
SynMut (43)
syntenet (2)
systemPipeR (1124)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (54)
systemPipeTools (40)

T

TADCompare (50)
tanggle (33)
TAPseq (49)
target (43)
TargetDecoy (26)
TargetScore (48)
TargetSearch (53)
targetsearch (0)
TarSeqQC (43)
TBSignatureProfiler (45)
TCC (290)
TCGAbiolinks (2766)
TCGAbiolinksGUI (105)
TCGAutils (558)
TCseq (119)
TDARACNE (45)
tdaracne (0)
TEKRABber (12)
tenXplore (37)
TEQC (60)
ternarynet (43)
terraTCGAdata (9)
TFARM (39)
TFBSTools (1190)
TFEA.ChIP (58)
TFHAZ (39)
TFutils (47)
tidybulk (107)
tidySingleCellExperiment (81)
tidySummarizedExperiment (102)
tiger (0)
tigre (46)
TileDBArray (42)
tilingArray (70)
timecourse (62)
timeOmics (58)
TimerQuant (0)
timescape (66)
TimeSeriesExperiment (53)
TimiRGeN (43)
TIN (44)
TissueEnrich (90)
TitanCNA (70)
tkWidgets (761)
tLOH (36)
TMixClust (64)
TNBC.CMS (45)
TnT (46)
TOAST (100)
tofsims (36)
tomoda (35)
tomoseqr (8)
ToPASeq (5)
topconfects (95)
topdownr (45)
topGO (2705)
topicmodels (0)
ToxicoGx (38)
TPP (74)
TPP2D (51)
tracktables (82)
trackViewer (253)
tradeSeq (331)
TrajectoryGeometry (35)
TrajectoryUtils (836)
transcriptogramer (46)
transcriptR (49)
transformGamPoi (27)
transite (48)
tRanslatome (45)
transomics2cytoscape (40)
TransView (45)
TraRe (37)
traseR (42)
Travel (24)
traviz (30)
TreeAndLeaf (72)
treeio (12045)
treekoR (41)
TreeSummarizedExperiment (365)
TREG (10)
TReNA (1)
trena (45)
Trendy (51)
TRESS (26)
tricycle (75)
triform (3)
trigger (46)
trio (76)
triplex (48)
tripr (27)
tRNA (84)
tRNAdbImport (52)
tRNAscanImport (59)
TRONCO (74)
TSCAN (249)
tscR (47)
tspair (44)
TSRchitect (30)
TSSi (2)
ttgsea (42)
TTMap (40)
TurboNorm (44)
TVTB (55)
tweeDEseq (90)
twilight (89)
twoddpcr (45)
txcutr (25)
tximeta (946)
tximport (2754)
TxRegInfra (4)
TypeInfo (48)

U

UCell (83)
Ularcirc (43)
UMI4Cats (41)
uncoverappLib (38)
UNDO (48)
unifiedWMWqPCR (46)
UniProt.ws (235)
Uniquorn (41)
universalmotif (306)
updateObject (12)
uSORT (40)

V

VAExprs (30)
VanillaICE (57)
VarCon (36)
variancePartition (410)
VariantAnnotation (6258)
VariantExperiment (42)
VariantFiltering (52)
VariantTools (86)
vasp (2)
VaSP (40)
vbmp (66)
VCFArray (43)
Vega (3)
VegaMC (41)
velociraptor (94)
veloviz (33)
VennDetail (133)
VERSO (37)
vidger (94)
viper (546)
virtualArray (0)
ViSEAGO (148)
vissE (56)
VplotR (43)
vsn (4503)
vtpnet (43)
vulcan (43)

W

waddR (54)
wateRmelon (741)
wavClusteR (49)
waveTiling (3)
weaver (50)
webbioc (46)
weitrix (40)
widgetInvoke (0)
widgetTools (774)
wiggleplotr (110)
wpm (49)
wppi (40)
Wrench (796)

X

XBSeq (5)
XCIR (24)
xcms (1144)
xcore (12)
XDE (51)
Xeva (48)
XINA (45)
xmapbridge (49)
xmapcore (0)
XNAString (41)
xps (7)
XVector (40632)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (48)
YAPSA (83)
yaqcaffy (5)
yarn (95)

Z

zellkonverter (390)
zenith (0)
zFPKM (109)
zinbwave (616)
zlibbioc (42096)