See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Thu. 05 Mar 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (68814) 26 treeio (27014) 51 preprocessCore (16052)
2 BiocGenerics (67318) 27 edgeR (26791) 52 assorthead (14979)
3 S4Vectors (62138) 28 Rhdf5lib (26047) 53 BiocSingular (14460)
4 IRanges (61524) 29 Rhtslib (25663) 54 ScaledMatrix (13890)
5 BiocParallel (59482) 30 rhdf5 (25337) 55 BSgenome (13459)
6 XVector (57497) 31 clusterProfiler (24831) 56 genefilter (13278)
7 Biobase (56979) 32 enrichplot (24495) 57 AnnotationHub (12936)
8 GenomeInfoDb (54746) 33 GenomicAlignments (24481) 58 multtest (12593)
9 Biostrings (51995) 34 DOSE (24476) 59 BiocNeighbors (12412)
10 SparseArray (51505) 35 rhdf5filters (24419) 60 ProtGenerics (12290)
11 GenomicRanges (50745) 36 qvalue (23222) 61 GEOquery (12178)
12 DelayedArray (47965) 37 biomaRt (22683) 62 impute (12132)
13 S4Arrays (47470) 38 rtracklayer (22588) 63 AnnotationFilter (12048)
14 SummarizedExperiment (47265) 39 GOSemSim (22561) 64 GSEABase (10608)
15 MatrixGenerics (47149) 40 graph (22392) 65 scuttle (10294)
16 AnnotationDbi (41547) 41 BiocIO (20882) 66 ensembldb (10229)
17 KEGGREST (41437) 42 ComplexHeatmap (19905) 67 Rgraphviz (10190)
18 UCSC.utils (39117) 43 SingleCellExperiment (19486) 68 RBGL (9640)
19 limma (38815) 44 annotate (19388) 69 h5mread (9594)
20 zlibbioc (30002) 45 GenomicFeatures (18404) 70 BiocBaseUtils (9538)
21 ggtree (28641) 46 beachmat (18103) 71 VariantAnnotation (9427)
22 BiocFileCache (28345) 47 sparseMatrixStats (17130) 72 affyio (9064)
23 DESeq2 (28016) 48 DelayedMatrixStats (16931) 73 ExperimentHub (9045)
24 Rsamtools (27792) 49 Seqinfo (16770) 74 GSVA (9021)
25 fgsea (27685) 50 HDF5Array (16339) 75 sva (8955)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (267)

a4Base (312)

a4Classif (263)

a4Core (315)

a4Preproc (400)

a4Reporting (231)

ABAEnrichment (89)

ABarray (304)

abseqR (208)

ABSSeq (335)

acde (286)

ACE (230)

aCGH (457)

ACME (454)

ADaCGH2 (315)

ADAM (214)

ADAMgui (195)

ADAPT (96)

adaptest (28)

adductomicsR (195)

ADImpute (212)

adSplit (324)

adverSCarial (140)

Aerith (22)

AffiXcan (201)

affxparser (2227)

affy (8866)

affycomp (331)

AffyCompatible (130)

affyContam (284)

affycoretools (607)

AffyExpress (106)

affyILM (269)

affyio (9064)

affylmGUI (362)

affyPara (140)

affypdnn (155)

affyPLM (1329)

affyQCReport (102)

AffyRNADegradation (231)

AffyTiling (61)

AGDEX (257)

aggregateBioVar (222)

Agi4x44PreProcess (44)

agilp (200)

AgiMicroRna (353)

AHMassBank (151)

AIMS (617)

airpart (177)

alabaster (153)

alabaster.base (4641)

alabaster.bumpy (150)

alabaster.files (146)

alabaster.mae (164)

alabaster.matrix (4324)

alabaster.ranges (4269)

alabaster.sce (1354)

alabaster.schemas (4187)

alabaster.se (4241)

alabaster.sfe (90)

alabaster.spatial (161)

alabaster.string (167)

alabaster.vcf (153)

ALDEx2 (1630)

alevinQC (213)

AllelicImbalance (271)

AlphaBeta (218)

AlphaMissenseR (166)

alpine (142)

ALPS (26)

AlpsNMR (238)

alsace (76)

altcdfenvs (331)

AMARETTO (226)

AMOUNTAIN (229)

amplican (275)

ampliQueso (70)

AnalysisPageServer (48)

anamiR (37)

anansi (39)

Anaquin (214)

ANCOMBC (1833)

AneuFinder (246)

ANF (192)

anglemania (51)

animalcules (328)

annaffy (477)

AnnBuilder (24)

anndataR (263)

annmap (252)

annoLinker (7)

annotate (19388)

AnnotationDbi (41547)

AnnotationFilter (12048)

AnnotationForge (2134)

AnnotationFuncs (69)

AnnotationHub (12936)

AnnotationHubData (587)

annotationTools (297)

annotatr (818)

anota (257)

anota2seq (291)

antiProfiles (209)

AnVIL (761)

AnVILAz (140)

AnVILBase (569)

AnVILBilling (167)

AnVILGCP (155)

AnVILPublish (165)

AnVILWorkflow (148)

APAlyzer (190)

apComplex (310)

apeglm (5419)

APL (170)

applera (11)

appreci8R (225)

aroma.light (1939)

ArrayExpress (567)

ArrayExpressHTS (80)

arrayMagic (77)

arrayMvout (300)

arrayQCplot (11)

arrayQuality (408)

arrayQualityMetrics (639)

ArrayTools (130)

ArrayTV (100)

ARRmNormalization (200)

artMS (262)

ASAFE (164)

ASEB (180)

ASGSCA (208)

ASICS (307)

asmn (7)

ASpediaFI (49)

ASpli (330)

AssessORF (228)

ASSET (276)

ASSIGN (338)

assorthead (14979)

ASURAT (205)

asuri (20)

ATACCoGAPS (29)

ATACseqQC (613)

ATACseqTFEA (183)

atena (193)

AtlasRDF (22)

atSNP (265)

attract (315)

AUCell (3450)

autonomics (213)

Autotuner (29)

AWAggregator (55)

AWFisher (197)

awst (181)

B

BaalChIP (257)

BAC (100)

bacon (347)

BADER (225)

BadRegionFinder (212)

BAGS (216)

ballgown (1541)

bambu (454)

bamsignals (1301)

BANDITS (224)

bandle (197)

Banksy (459)

banocc (181)

barbieQ (121)

barcodetrackR (156)

basecallQC (237)

BaseSpaceR (228)

Basic4Cseq (260)

BASiCS (397)

BASiCStan (159)

BasicSTARRseq (196)

basilisk (4107)

basilisk.utils (3485)

batchCorr (69)

batchelor (4501)

BatchQC (300)

BatchSVG (145)

BayesKnockdown (190)

BayesPeak (95)

BayesSpace (554)

bayNorm (237)

baySeq (724)

BBCAnalyzer (254)

BCRANK (397)

bcSeq (184)

BDMMAcorrect (55)

beachmat (18103)

beachmat.hdf5 (265)

beachmat.tiledb (109)

beadarray (786)

beadarraySNP (137)

BeadDataPackR (715)

BeadExplorer (16)

BEARscc (90)

BEAT (304)

BEclear (217)

bedbaser (153)

beer (184)

benchdamic (120)

BERT (134)

betaHMM (137)

betr (77)

bettr (144)

BG2 (147)

bgafun (108)

BgeeCall (225)

BgeeDB (249)

BGmix (118)

bgx (190)

BHC (129)

BicARE (307)

BiFET (192)

BiGGR (189)

bigmelon (282)

bigmemoryExtras (55)

bigPint (82)

bim (12)

BindingSiteFinder (198)

bioassayR (269)

Biobase (56979)

biobroom (397)

biobtreeR (152)

Bioc.gff (52)

bioCancer (241)

BioCartaImage (139)

BiocBaseUtils (9538)

BiocBook (174)

BiocCaseStudies (129)

BiocCheck (1870)

biocDatasets (6)

BiocDockerManager (35)

BiocFHIR (166)

BiocFileCache (28345)

BiocGenerics (67318)

biocGraph (348)

BiocHail (95)

BiocHubsShiny (172)

BiocInstaller (147)

BiocIO (20882)

BiocMaintainerApp (0)

biocmake (936)

BiocNeighbors (12412)

BiocOncoTK (104)

BioCor (266)

BiocParallel (59482)

BiocPkgTools (375)

biocroxytest (124)

BiocSet (567)

BiocSingular (14460)

BiocSklearn (247)

BiocStyle (6831)

biocthis (564)

BiocVersion (68814)

biocViews (4658)

BiocWorkflowTools (263)

biodb (267)

biodbChebi (162)

biodbExpasy (29)

biodbHmdb (133)

biodbKegg (56)

biodbLipidmaps (36)

biodbMirbase (22)

biodbNcbi (127)

biodbNci (120)

biodbUniprot (116)

bioDist (427)

BioGA (121)

biomaRt (22683)

BioMedR (12)

biomformat (6654)

BioMM (59)

BioMVCClass (246)

biomvRCNS (255)

BioNAR (190)

BioNERO (355)

BioNet (530)

BioNetStat (75)

BioQC (322)

BioSeqClass (85)

biosigner (243)

Biostrings (51995)

biosvd (72)

BioTIP (195)

biotmle (221)

biovizBase (5953)

BiRewire (305)

birta (79)

birte (56)

biscuiteer (206)

BiSeq (361)

BitSeq (210)

blacksheepr (202)

blase (45)

blima (235)

BLMA (281)

BloodGen3Module (198)

bluster (7325)

bnbc (222)

bnem (175)

BOBaFIT (178)

borealis (161)

BPRMeth (292)

BRAIN (336)

brainflowprobes (65)

brainImageR (14)

BrainSABER (50)

BrainStars (71)

branchpointer (219)

breakpointR (230)

BreastSubtypeR (140)

brendaDb (200)

BREW3R.r (148)

BRGenomics (150)

bridge (101)

BridgeDbR (245)

broadSeq (103)

BrowserViz (269)

BrowserVizDemo (12)

BSgenome (13459)

BSgenomeForge (292)

bsseq (1708)

BubbleTree (242)

BufferedMatrix (200)

BufferedMatrixMethods (225)

bugsigdbr (720)

BulkSignalR (199)

BUMHMM (220)

bumphunter (2757)

BumpyMatrix (688)

BUS (265)

BUScorrect (212)

BUSpaRse (382)

BUSseq (232)

C

CaDrA (138)

CAEN (166)

CAFE (303)

CAGEfightR (346)

cageminer (188)

CAGEr (445)

CALIB (96)

CalibraCurve (45)

calm (146)

CAMERA (758)

CAMTHC (24)

CaMutQC (135)

canceR (266)

cancerclass (527)

CancerInSilico (68)

CancerMutationAnalysis (90)

CancerSubtypes (153)

CAnD (84)

caOmicsV (137)

cardelino (193)

Cardinal (514)

CardinalIO (277)

CARDspa (170)

carnation (0)

CARNIVAL (317)

casper (302)

CATALYST (680)

Category (1526)

categoryCompare (297)

CatsCradle (145)

CausalR (225)

cbaf (207)

CBEA (56)

cBioPortalData (617)

CBN2Path (41)

CBNplot (200)

cbpManager (197)

CCAFE (145)

ccfindR (213)

ccImpute (174)

ccmap (184)

CCPlotR (183)

CCPROMISE (206)

ccrepe (275)

CDI (148)

celaref (234)

celda (1042)

CellaRepertorium (61)

CellBarcode (201)

cellbaseR (257)

CellBench (280)

cellGrowth (83)

cellHTS (128)

cellHTS2 (254)

CelliD (350)

cellity (240)

CellMapper (211)

CellMentor (10)

cellmig (58)

cellmigRation (175)

CellMixS (347)

CellNOptR (370)

cellscape (160)

CellScore (131)

CellTrails (231)

cellTree (167)

cellxgenedp (194)

CEMiTool (324)

censcyt (165)

Cepo (296)

ceRNAnetsim (160)

CeTF (237)

CexoR (283)

CFAssay (167)

cfdnakit (181)

cfDNAPro (231)

cfTools (145)

CGEN (195)

CGHbase (649)

CGHcall (612)

cghMCR (332)

CGHnormaliter (260)

CGHregions (273)

ChAMP (909)

CHARGE (25)

charm (103)

ChemmineOB (508)

ChemmineR (1061)

CHETAH (237)

chevreulPlot (133)

chevreulProcess (137)

chevreulShiny (108)

ChIC (52)

Chicago (275)

chihaya (208)

chimera (117)

chimeraviz (307)

ChIPanalyser (245)

ChIPComp (220)

chipenrich (305)

ChIPexoQual (237)

ChIPpeakAnno (1244)

ChIPQC (516)

ChIPseeker (2676)

chipseq (869)

ChIPseqR (340)

ChIPSeqSpike (40)

ChIPsim (301)

ChIPXpress (233)

chopsticks (230)

chroGPS (116)

Chromatograms (58)

chromDraw (212)

ChromHeatMap (259)

ChromoViz (28)

chromPlot (291)

ChromSCape (194)

chromstaR (222)

chromswitch (81)

chromVAR (1433)

CHRONOS (228)

cicero (494)

cigarillo (4910)

CIMICE (167)

CINdex (216)

circRNAprofiler (246)

CircSeqAlignTk (149)

cisPath (131)

CiteFuse (209)

ClassifyR (488)

cleanUpdTSeq (316)

CleanUpRNAseq (148)

cleaver (428)

clevRvis (151)

clippda (237)

clipper (365)

cliProfiler (162)

cliqueMS (221)

Clomial (199)

Clonality (101)

clonotypeR (69)

clst (248)

clstutils (238)

CluMSID (213)

ClustAll (144)

clustComp (208)

clusterExperiment (526)

ClusterFoldSimilarity (145)

ClusterGVis (20)

ClusterJudge (198)

clusterProfiler (24831)

clusterSeq (206)

ClusterSignificance (215)

clusterStab (251)

clustifyr (339)

ClustIRR (150)

clustSIGNAL (137)

CMA (325)

cmapR (646)

cn.farms (280)

cn.mops (477)

CNAnorm (232)

CNEr (2385)

CNORdt (210)

CNORfeeder (262)

CNORfuzzy (260)

CNORode (252)

CNPBayes (81)

CNTools (314)

CNVfilteR (175)

CNVgears (51)

cnvGSA (209)

CNViz (139)

CNVMetrics (168)

CNVPanelizer (248)

CNVRanger (241)

CNVrd2 (268)

CNVtools (49)

cobindR (93)

CoCiteStats (212)

COCOA (266)

codelink (368)

CODEX (346)

coexnet (70)

CoGAPS (401)

cogena (312)

cogeqc (204)

Cogito (179)

coGPS (221)

COHCAP (111)

cola (420)

comapr (141)

combi (182)

coMET (197)

coMethDMR (179)

compartmap (84)

COMPASS (313)

compcodeR (377)

CompensAID (8)

compEpiTools (244)

CompGO (78)

ComplexHeatmap (19905)

CompoundDb (466)

ComPrAn (144)

compSPOT (131)

conclus (37)

concordexR (161)

condcomp (8)

condiments (261)

CONFESS (265)

consensus (192)

ConsensusClusterPlus (3182)

consensusDE (200)

consensusOV (241)

consensusSeekeR (235)

consICA (169)

CONSTANd (168)

contiBAIT (163)

conumee (386)

convert (355)

copa (261)

COPDSexualDimorphism (8)

copynumber (277)

CopyNumber450k (42)

CopyNumberPlots (212)

CopywriteR (155)

Coralysis (95)

coRdon (401)

CoRegFlux (19)

CoRegNet (127)

CoreGx (520)

Cormotif (249)

CorMut (49)

coRNAi (71)

corral (217)

CORREP (88)

coseq (319)

CoSIA (145)

cosmiq (239)

cosmo (65)

cosmoGUI (25)

cosmosR (253)

COSNet (206)

COTAN (210)

CountClust (72)

countsimQC (330)

covEB (213)

CoverageView (270)

covRNA (202)

CPSM (126)

cpvSNP (256)

cqn (475)

CRImage (324)

CRISPRball (105)

crisprBase (252)

crisprBowtie (232)

crisprBwa (142)

crisprDesign (246)

crisprScore (262)

CRISPRseek (365)

crisprseekplus (72)

crisprShiny (114)

CrispRVariants (317)

crisprVerse (176)

crisprViz (229)

crlmm (485)

CrossICC (11)

crossmeta (151)

crumblr (128)

crupR (125)

CSAR (307)

csaw (698)

csdR (154)

CSOA (50)

CSSP (55)

CSSQ (176)

ctc (447)

CTdata (151)

CTDquerier (341)

CTexploreR (138)

ctgGEM (28)

cTRAP (230)

ctsGE (215)

CTSV (153)

cummeRbund (436)

CuratedAtlasQueryR (167)

customCMPdb (188)

customProDB (237)

CVE (36)

cyanoFilter (176)

cycle (272)

cydar (285)

cypress (158)

CytoDx (179)

cytofast (30)

cytofkit (62)

CyTOFpower (115)

cytofQC (127)

CytoGLMM (175)

cytoKernel (172)

cytolib (2836)

cytomapper (511)

CytoMDS (144)

cytoMEM (197)

CytoML (740)

CytoPipeline (177)

CytoPipelineGUI (138)

CytoTree (43)

cytoviewer (187)

D

dada2 (3048)

dagLogo (336)

daMA (251)

DAMEfinder (244)

damidBind (15)

DaMiRseq (267)

Damsel (145)

dandelionR (135)

DAPAR (317)

dar (139)

DART (272)

DASC (3)

DASiR (40)

dasper (50)

DAVIDQuery (33)

DBChIP (103)

dcanr (355)

DCATS (158)

dce (128)

dcGSA (181)

DChIPRep (102)

ddCt (312)

ddgraph (62)

ddPCRclust (220)

dearseq (250)

debCAM (177)

debrowser (319)

decemedip (9)

DECIPHER (3438)

deco (67)

DEComplexDisease (69)

decompTumor2Sig (209)

DeconRNASeq (406)

decontam (1886)

decontX (491)

DeconvoBuddies (131)

deconvR (200)

decoupleR (2015)

DEDS (127)

DeeDeeExperiment (53)

DeepBlueR (106)

DeepPINCS (172)

deepSNV (405)

DeepTarget (131)

DEFormats (450)

DegCre (165)

DegNorm (204)

DEGraph (212)

DEGreport (766)

DEGseq (392)

DelayedArray (47965)

DelayedDataFrame (208)

DelayedMatrixStats (16931)

DelayedRandomArray (173)

DelayedTensor (174)

DELocal (137)

deltaCaptureC (161)

deltaGseg (196)

DeMAND (162)

DeMixT (235)

demuxmix (222)

demuxSNP (163)

DenoIST (3)

densvis (773)

DEP (946)

DepecheR (221)

DepInfeR (164)

DeProViR (17)

DEqMS (450)

derfinder (778)

derfinderHelper (683)

derfinderPlot (304)

DEScan2 (247)

DESeq (267)

DESeq2 (28016)

DEsingle (377)

DESpace (205)

destiny (1095)

DEsubs (246)

DEWSeq (219)

DExMA (191)

DEXSeq (1906)

dexus (90)

DFP (246)

DFplyr (135)

DIAlignR (73)

DiffBind (1452)

diffcoexp (233)

diffcyt (531)

DifferentialRegulation (174)

diffGeneAnalysis (197)

diffHic (345)

DiffLogo (241)

diffloop (197)

diffuStats (240)

diffUTR (190)

diggit (204)

Dino (188)

dinoR (148)

dir.expiry (5378)

Director (81)

DirichletMultinomial (4791)

discordant (247)

DiscoRhythm (233)

distinct (271)

dittoSeq (1464)

divergence (174)

dks (176)

DMCFB (195)

DMCHMM (192)

dmGsea (91)

DMRcaller (311)

DMRcate (1214)

DMRforPairs (104)

DMRScan (263)

dmrseq (401)

DNABarcodeCompatibility (150)

DNABarcodes (295)

DNAcopy (4273)

DNAcycP2 (130)

DNAfusion (174)

DNaseR (16)

DNAshapeR (374)

DNEA (82)

domainsignatures (56)

dominatR (20)

DominoEffect (179)

dominoSignal (145)

doppelgangR (240)

DOQTL (97)

Doscheda (222)

DOSE (24476)

doseR (237)

DOtools (29)

DOTSeq (9)

doubletrouble (211)

dpeak (54)

drawProteins (292)

dreamlet (282)

DRIMSeq (549)

DriverNet (211)

DropletUtils (2728)

drugfindR (9)

drugTargetInteractions (184)

DrugVsDisease (243)

dSimer (59)

DspikeIn (44)

DSS (899)

dStruct (155)

DTA (198)

dualKS (118)

Dune (179)

DupChecker (39)

DuplexDiscovereR (133)

dupRadar (272)

dyebias (294)

DynDoc (1723)

E

easier (247)

EasyCellType (183)

easylift (153)

EasyqpcR (82)

easyreporting (181)

easyRNASeq (329)

EBarrays (438)

EBcoexpress (244)

EBImage (3244)

EBSEA (191)

EBSeq (628)

EBSeqHMM (115)

ecolitk (312)

EDASeq (1842)

edd (52)

EDDA (82)

edge (292)

edgeR (26791)

EDIRquery (152)

eds (332)

eegc (91)

EGAD (291)

EGSEA (364)

eiR (237)

eisa (173)

eisaR (275)

ELBOW (86)

ELMER (446)

ELViS (131)

EMDomics (282)

EmpiricalBrownsMethod (242)

ENCODExplorer (63)

EnhancedVolcano (7015)

enhancerHomologSearch (182)

EnMCB (179)

ENmix (503)

EnrichDO (147)

EnrichedHeatmap (1115)

EnrichmentBrowser (660)

enrichplot (24495)

enrichTF (71)

enrichViewNet (170)

ensembldb (10229)

ensemblVEP (158)

ENVISIONQuery (43)

epialleleR (212)

EpiCompare (186)

epidecodeR (170)

EpiDISH (924)

epigenomix (243)

epigraHMM (249)

epihet (38)

EpiMix (177)

epimutacions (182)

epiNEM (249)

EpipwR (135)

epiregulon (141)

epiregulon.extra (151)

epiSeeker (3)

epistack (190)

epistasisGA (156)

EpiTxDb (240)

epivizr (362)

epivizrChart (221)

epivizrData (248)

epivizrServer (224)

epivizrStandalone (253)

erccdashboard (249)

erma (225)

ERSSA (206)

esATAC (213)

escape (558)

escheR (243)

esetVis (246)

eudysbiome (267)

evaluomeR (211)

EventPointer (271)

EWCE (320)

ExCluster (169)

ExiMiR (278)

exomeCopy (356)

exomePeak (106)

exomePeak2 (123)

exonmap (35)

ExperimentHub (9045)

ExperimentHubData (479)

ExperimentSubset (188)

explorase (49)

ExploreModelMatrix (367)

ExpressionAtlas (255)

ExpressionView (94)

exprExternal (14)

externalVector (16)

extraChIPs (220)

F

fabia (340)

facopy (127)

factDesign (273)

factR (131)

faers (194)

FamAgg (248)

famat (211)

farms (151)

fastLiquidAssociation (213)

FastqCleaner (235)

fastreeR (185)

fastseg (1121)

fbat (30)

FCBF (91)

fCCAC (261)

fCI (219)

fcoex (89)

fcScan (248)

fdrame (205)

FEAST (311)

FeatSeekR (138)

fedup (175)

FELLA (313)

FEM (81)

fenr (161)

ffpe (275)

fgga (173)

FGNet (277)

fgsea (27685)

FilterFFPE (208)

findIPs (136)

FindIT2 (216)

FindMyFriends (66)

FinfoMDS (46)

FISHalyseR (179)

fishpond (584)

FitHiC (197)

flagme (220)

FLAMES (198)

flipflop (66)

flowAI (663)

flowBeads (259)

flowBin (215)

flowcatchR (281)

flowCHIC (228)

flowCL (66)

flowClean (358)

flowClust (1163)

flowCore (3098)

flowCut (259)

flowCyBar (160)

flowDensity (479)

flowFit (70)

flowFlowJo (49)

flowFP (411)

flowGate (198)

flowGraph (176)

flowMap (155)

flowMatch (265)

flowMeans (406)

flowMerge (286)

flowPeaks (320)

flowPhyto (45)

flowPloidy (201)

flowPlots (176)

flowQ (96)

flowQB (81)

FlowRepositoryR (72)

FlowSOM (1274)

flowSpecs (219)

flowSpy (26)

flowStats (871)

flowTime (245)

flowTrans (290)

flowType (123)

flowUtils (185)

flowViz (1346)

flowVS (296)

flowWorkspace (1633)

fmcsR (456)

fmrs (183)

fobitools (188)

focalCall (54)

FoldGO (132)

FourCSeq (115)

FRASER (288)

frenchFISH (134)

FRGEpistasis (159)

frma (366)

frmaTools (297)

FScanR (28)

FunChIP (127)

FunciSNP (113)

funOmics (132)

funtooNorm (229)

FuseSOM (181)

G

G4SNVHunter (149)

GA4GHclient (201)

GA4GHshiny (188)

gaga (312)

gage (1035)

gaggle (133)

gaia (85)

GAPGOM (41)

GAprediction (158)

garfield (164)

GARS (192)

GateFinder (183)

gatom (187)

gaucho (45)

GBScleanR (169)

gcapc (286)

gcatest (191)

gCMAP (97)

gCMAPWeb (97)

GCPtools (137)

gCrisprTools (268)

gcrma (1449)

GCSConnection (22)

GCSFilesystem (19)

GCSscore (66)

GDCRNATools (346)

gDNAx (157)

gDR (134)

gDRcore (159)

gDRimport (162)

gDRstyle (150)

gDRutils (152)

GDSArray (223)

gdsfmt (2597)

GeDi (151)

geecc (64)

GEM (186)

gemini (163)

gemma.R (209)

genArise (232)

genbankr (237)

GENE.E (30)

gene2pathway (18)

GeneAccord (54)

GeneAnswers (145)

geneAttribution (235)

GeneBreak (249)

geneClassifiers (209)

GeneExpressionSignature (274)

genefilter (13278)

genefu (641)

GeneGA (166)

GeneGeneInteR (143)

GeneGroupAnalysis (15)

GeneMeta (404)

GeneNetworkBuilder (290)

GeneOverlap (989)

geneplast (273)

geneplotter (4051)

GeneR (38)

geneRecommender (231)

GeneRegionScan (279)

GeneRfold (11)

geneRxCluster (223)

GeneSelectMMD (272)

GeneSelector (80)

GENESIS (658)

GeneSpring (39)

GeneStructureTools (245)

geNetClassifier (289)

GeneticsBase (33)

GeneticsDesign (49)

GeneticsPed (238)

GeneTonic (320)

GeneTraffic (25)

GeneTS (21)

geneXtendeR (248)

GENIE3 (1738)

genoCN (120)

GenoGAM (89)

genomation (989)

GenomAutomorphism (174)

GenomeBase (8)

GenomeGraphs (103)

GenomeInfoDb (54746)

genomeIntervals (327)

genomes (228)

GenomicAlignments (24481)

GenomicDataCommons (1107)

GenomicDistributions (245)

GenomicFeatures (18404)

GenomicFiles (1134)

genomicInstability (184)

GenomicInteractionNodes (161)

GenomicInteractions (569)

GenomicOZone (178)

GenomicPlot (196)

GenomicRanges (50745)

GenomicScores (855)

GenomicSuperSignature (218)

GenomicTuples (235)

Genominator (101)

genoset (118)

genotypeeval (78)

GenoView (19)

genphen (109)

GenProSeq (157)

GenRank (28)

GenVisR (442)

GeoDiff (170)

GEOexplorer (153)

GEOfastq (171)

GEOmetadb (460)

geomeTriD (164)

GeomxTools (548)

GEOquery (12178)

GEOsearch (30)

GEOsubmission (232)

GeoTcgaData (199)

gep2pep (188)

gespeR (146)

getDEE2 (185)

geva (178)

GEWIST (172)

geyser (131)

gff3Plotter (12)

gg4way (156)

GGBase (150)

ggbio (2725)

ggcyto (1210)

ggkegg (540)

ggmanh (231)

ggmsa (765)

GGPA (174)

ggsc (199)

ggseqalign (109)

ggspavis (422)

GGtools (217)

ggtree (28641)

ggtreeDendro (165)

ggtreeExtra (1910)

ggtreeSpace (132)

GIGSEA (187)

ginmappeR (126)

gINTomics (132)

girafe (295)

GISPA (112)

GLAD (449)

GladiaTOX (194)

Glimma (1146)

glmGamPoi (6297)

glmSparseNet (255)

GlobalAncova (1277)

globalSeq (199)

globaltest (1982)

GloScope (153)

glycoTraitR (3)

gmapR (277)

GmicR (186)

gmoviz (205)

GMRP (242)

GNET2 (178)

GNOSIS (139)

goatea (8)

goCluster (11)

GOexpress (353)

GOfuncR (372)

GOFunction (110)

GoogleGenomics (52)

GOpro (270)

goProfiles (380)

GOSemSim (22561)

goseq (1647)

GOSim (148)

goSorensen (159)

goSTAG (278)

GOstats (1532)

GOsummaries (118)

GOTHiC (393)

goTools (270)

GPA (155)

gpart (97)

gpls (344)

gprege (80)

gpuMagic (162)

gQTLBase (73)

gQTLstats (98)

GrafGen (144)

gramm4R (17)

GRaNIE (202)

granulator (187)

graper (180)

graph (22392)

GraphAlignment (191)

GraphAT (282)

graphite (4722)

GraphPAC (131)

GRENITS (199)

GreyListChIP (1296)

GRmetrics (266)

groHMM (279)

GRridge (100)

GSALightning (170)

GSAR (277)

GSCA (229)

gscreend (188)

GSEABase (10608)

GSEABenchmarkeR (243)

GSEAlm (330)

GSEAmining (207)

gsean (219)

GSgalgoR (191)

GSReg (217)

GSRI (252)

GSVA (9021)

gtrellis (327)

GUIDEseq (310)

Guitar (349)

gVenn (59)

Gviz (3576)

GWAS.BAYES (188)

gwascat (739)

GWASTools (879)

gwasurvivr (210)

GWENA (228)

gypsum (4110)

H

h5mread (9594)

h5vc (350)

hapFabia (256)

Harman (362)

HarmonizR (190)

Harshlight (224)

hca (139)

HCABrowser (32)

HCAExplorer (15)

HCAMatrixBrowser (9)

HCsnip (76)

HDF5Array (16339)

HDTD (167)

hdxmsqc (133)

heatmaps (442)

Heatplus (476)

HelloRanges (364)

HELP (256)

HEM (252)

hermes (258)

HERON (154)

Herper (192)

hexbin (85)

HGC (169)

hiAnnotator (247)

HIBAG (318)

HicAggR (143)

HiCaptuRe (50)

HiCBricks (290)

HiCcompare (475)

HiCDCPlus (200)

HiCDOC (184)

HiCExperiment (240)

HiContacts (233)

HiCool (114)

HiCParser (115)

HiCPotts (57)

hicrep (25)

hicVennDiagram (159)

hierGWAS (220)

hierinf (146)

HilbertCurve (292)

HilbertVis (349)

HilbertVisGUI (129)

HiLDA (216)

hipathia (249)

HIPPO (171)

hiReadsProcessor (196)

HIREewas (221)

HiTC (389)

hmdbQuery (210)

HMMcopy (512)

HoloFoodR (132)

hoodscanR (205)

hopach (596)

HPAanalyze (319)

hpar (501)

HPAStainR (28)

HPiP (159)

HTqPCR (379)

HTSanalyzeR (104)

HTSeqGenie (57)

htSeqTools (108)

HTSFilter (461)

HuBMAPR (129)

HubPub (477)

HumanTranscriptomeCompendium (78)

hummingbird (169)

HVP (72)

HybridExpress (141)

HybridMTest (251)

hypeR (230)

hyperdraw (301)

hypergraph (340)

I

iASeq (170)

iasva (225)

iBBiG (245)

Ibex (32)

ibh (232)

iBMQ (166)

iCARE (210)

Icens (508)

icetea (204)

iCheck (230)

iChip (253)

iClusterPlus (523)

iCNV (181)

iCOBRA (475)

ideal (300)

IdeoViz (257)

idiogram (309)

IdMappingAnalysis (77)

IdMappingRetrieval (54)

idpr (196)

idr2d (246)

IFAA (153)

iFlow (24)

igblastr (95)

iGC (213)

IgGeneUsage (188)

igvR (251)

igvShiny (186)

IHW (1120)

illuminaio (3038)

ILoReg (213)

imageHTS (149)

imageTCGA (112)

IMAS (162)

imcRtools (350)

Imetagene (70)

IMMAN (186)

immApex (305)

immReferent (21)

ImmuneSpaceR (111)

immunoClust (218)

immunogenViewer (106)

immunotation (198)

iModMix (44)

IMPCdata (160)

ImpulseDE (20)

ImpulseDE2 (46)

impute (12132)

INDEED (153)

iNETgrate (130)

infercnv (1778)

infinityFlow (177)

Informeasure (149)

InPAS (312)

INPower (233)

inSilicoDb (81)

inSilicoMerging (34)

INSPEcT (321)

INTACT (146)

InTAD (211)

intansv (276)

interacCircos (143)

InteractionSet (1881)

InteractiveComplexHeatmap (622)

interactiveDisplay (404)

interactiveDisplayBase (3032)

InterCellar (213)

IntEREst (240)

InterMineR (129)

IntOMICS (25)

IntramiRExploreR (208)

inveRsion (52)

IONiseR (385)

iontree (38)

iPAC (157)

iPath (139)

ipdDb (189)

IPO (287)

IPPD (75)

IRanges (61524)

IRISFGM (40)

IrisSpatialFeatures (10)

ISAnalytics (193)

iscream (46)

iSEE (676)

iSEEde (169)

iSEEfier (145)

iSEEhex (187)

iSEEhub (177)

iSEEindex (160)

iSEEpathways (158)

iSEEtree (145)

iSEEu (259)

iSeq (191)

ISLET (169)

islify (117)

iSNetwork (11)

isobar (338)

IsoBayes (155)

IsoCorrectoR (218)

IsoCorrectoRGUI (153)

IsoformSwitchAnalyzeR (557)

IsoGeneGUI (149)

ISoLDE (168)

isomiRs (256)

iSPlot (16)

ITALICS (267)

iterativeBMA (229)

iterativeBMAsurv (178)

iterClust (56)

iteremoval (50)

IVAS (238)

ivygapSE (212)

IWTomics (253)

J

jazzPanda (132)

jmosaics (40)

joda (78)

JunctionSeq (62)

K

karyoploteR (1162)

katdetectr (172)

KBoost (136)

KCsmart (276)

kebabs (342)

KEGGgraph (6372)

KEGGlincs (236)

keggorth (15)

keggorthology (320)

KEGGprofile (84)

KEGGREST (41437)

KEGGSOAP (41)

kimod (34)

KinSwingR (203)

kissDE (194)

kmcut (124)

KnowSeq (237)

knowYourCG (151)

koinar (147)

L

LACE (231)

LACHESIS (23)

lapmix (125)

LBE (325)

lcmsPlot (2)

ldblock (250)

LEA (875)

LedPred (176)

lefser (642)

lemur (179)

les (267)

levi (169)

lfa (368)

Lheuristic (103)

limma (38815)

limmaGUI (269)

limpa (167)

limpca (140)

LimROTS (127)

LINC (46)

LineagePulse (60)

lineagespot (163)

LinkHD (200)

linkSet (57)

Linnorm (373)

LinTInd (209)

lionessR (223)

lipidr (294)

LipidTrend (76)

LiquidAssociation (225)

lisaClust (280)

lmdme (234)

LMGene (129)

LOBSTAHS (212)

loci2path (187)

logicFS (277)

logitT (106)

Logolas (44)

lol (44)

LOLA (433)

looking4clusters (42)

LoomExperiment (700)

LowMACA (97)

LPE (277)

LPEadj (105)

lpNet (201)

lpsymphony (1301)

LRBaseDbi (179)

LRcell (179)

lumi (1367)

lute (106)

LVSmiRNA (85)

LymphoSeq (250)

M

M3C (678)

M3D (85)

M3Drop (587)

m6Aboost (156)

maanova (158)

Maaslin2 (1080)

maaslin3 (321)

Macarron (123)

macat (175)

maCorrPlot (234)

MACPET (76)

MACSQuantifyR (155)

MACSr (196)

maDB (51)

made4 (475)

MADSEQ (174)

maftools (2918)

MAGAR (183)

MAGeCKFlute (275)

magpie (176)

magrene (163)

MAI (165)

maigesPack (194)

MAIT (238)

makecdfenv (411)

makePlatformDesign (13)

MANOR (258)

manta (119)

MantelCorr (198)

MAPFX (140)

mAPKL (100)

maPredictDSC (209)

mapscape (173)

mariner (164)

markeR (43)

marr (205)

marray (2125)

martini (216)

maser (269)

maSigPro (577)

maskBAD (249)

MassArray (186)

massiR (277)

MassSpecWavelet (2084)

MAST (2489)

mastR (196)

matchBox (191)

matchprobes (28)

MatrixGenerics (47149)

MatrixQCvis (190)

MatrixRider (241)

matter (457)

MaxContrastProjection (38)

MBAmethyl (168)

MBASED (289)

MBCB (213)

MBECS (174)

mbkmeans (640)

mbOmic (19)

mBPCR (267)

MBQN (212)

mbQTL (124)

MBttest (232)

mcaGUI (76)

MCbiclust (251)

MCRestimate (75)

mCSEA (257)

mdgsa (86)

mdp (247)

mdqc (269)

MDSvis (1)

MDTS (189)

MEAL (294)

MeasurementError.cor (192)

MEAT (223)

MEB (206)

MEDIPS (374)

MEDME (252)

megadepth (243)

MEIGOR (245)

Melissa (161)

memes (356)

MergeMaid (135)

Mergeomics (235)

MeSHDbi (373)

meshes (327)

meshr (315)

MeSHSim (20)

MesKit (259)

messina (260)

metaArray (106)

Metab (104)

metabCombiner (228)

metabinR (157)

MetaboAnnotation (315)

MetaboCoreUtils (2917)

MetaboDynamics (140)

metabolomicsWorkbenchR (240)

metabomxtr (216)

MetaboSignal (296)

metaCCA (180)

MetaCyto (210)

MetaDICT (43)

metagene (183)

metagene2 (259)

metagenomeFeatures (63)

metagenomeSeq (2053)

metahdep (222)

metaMS (303)

MetaNeighbor (277)

MetaPhOR (171)

metapod (6056)

metapone (179)

metaSeq (250)

metaseqR (121)

metaseqR2 (242)

metavizr (85)

MetaVolcanoR (85)

metaX (20)

MetCirc (237)

MethCP (64)

methimpute (231)

methInheritSim (196)

methodical (126)

MethPed (233)

MethReg (212)

methrix (297)

MethTargetedNGS (192)

methVisual (96)

methyAnalysis (110)

MethylAid (277)

methylCC (231)

methylclock (344)

methylGSA (273)

methyLImp2 (150)

methylInheritance (233)

methylKit (1057)

MethylMix (292)

methylMnM (249)

methylPipe (313)

methylscaper (182)

MethylSeekR (406)

methylSig (256)

methylumi (1702)

methyvim (36)

MetID (198)

MetMashR (102)

MetNet (244)

mfa (247)

Mfuzz (1514)

MGFM (236)

MGFR (212)

MGnifyR (153)

mgsa (269)

mia (1696)

miaDash (121)

miaSim (200)

miaTime (63)

miaViz (449)

MiChip (237)

microbiome (2407)

microbiomeDASim (165)

microbiomeExplorer (174)

microbiomeMarker (459)

MicrobiomeProfiler (214)

MicrobiotaProcess (602)

microRNA (669)

microSTASIS (116)

MICSQTL (153)

midasHLA (173)

MIGSA (99)

miloR (992)

mimager (215)

MIMOSA (122)

mina (145)

MineICA (358)

minet (899)

minfi (2572)

MinimumDistance (289)

MiPP (256)

miQC (276)

MIRA (245)

MiRaGE (327)

miRBaseConverter (366)

miRcomp (239)

mirIntegrator (236)

MIRit (159)

miRLAB (255)

miRmine (136)

miRNAmeConverter (185)

miRNApath (185)

miRNAtap (293)

miRSM (212)

miRsponge (15)

miRspongeR (211)

Mirsynergy (46)

mirTarRnaSeq (199)

missMethyl (1296)

missRows (186)

mist (105)

mistyR (277)

mitch (266)

mitoClone2 (182)

mitology (150)

mitoODE (42)

mixOmics (3941)

MLInterfaces (669)

mlm4omics (11)

MLP (395)

MLSeq (319)

MMAPPR2 (35)

MMDiff (76)

MMDiff2 (264)

mmgmos (11)

mmnet (47)

MmPalateMiRNA (97)

MMUPHin (293)

mnem (254)

moanin (181)

mobileRNA (143)

MobilityTransformR (26)

MODA (193)

ModCon (153)

Modstrings (265)

MOFA (29)

MOFA2 (1106)

MOGAMUN (185)

mogsa (403)

MoleculeExperiment (176)

MOMA (202)

monaLisa (300)

monocle (3753)

Moonlight2R (161)

MoonlightR (248)

MoPS (55)

mosaics (398)

mosbi (191)

MOSClip (134)

mosdef (362)

MOSim (211)

Motif2Site (175)

motifbreakR (418)

motifcounter (204)

MotifDb (993)

motifmatchr (1662)

MotifPeeker (126)

motifRG (104)

motifStack (1063)

motifTestR (163)

MotIV (119)

MouseFM (162)

MPAC (124)

MPFE (161)

mpra (262)

MPRAnalyze (203)

MQmetrics (33)

mQTL.NMR (70)

msa (2533)

MSA2dist (205)

MsBackendMassbank (198)

MsBackendMetaboLights (160)

MsBackendMgf (682)

MsBackendMsp (383)

MsBackendRawFileReader (216)

MsBackendSql (193)

MsCoreUtils (4095)

MsDataHub (232)

MSEADbi (6)

MsExperiment (1517)

MsFeatures (1726)

msgbsR (224)

MSGFgui (100)

MSGFplus (70)

msImpute (209)

mslp (119)

msmsEDA (394)

msmsTests (410)

MSnbase (3954)

MSnID (458)

mspms (151)

MSPrep (149)

msPurity (305)

msqrob2 (303)

MsQuality (168)

MSstats (836)

MSstatsBig (163)

MSstatsBioNet (143)

MSstatsConvert (719)

MSstatsLiP (247)

MSstatsLOBD (144)

MSstatsPTM (371)

MSstatsQC (226)

MSstatsQCgui (155)

MSstatsResponse (45)

MSstatsSampleSize (57)

MSstatsShiny (224)

MSstatsTMT (483)

MSstatsTMTPTM (13)

MTseeker (16)

MuData (195)

Mulcom (264)

MultiAssayExperiment (7083)

MultiBaC (203)

multiClust (258)

multicrispr (193)

MultiDataSet (1725)

multiGSEA (281)

multiHiCcompare (289)

MultiMed (219)

multiMiR (682)

MultimodalExperiment (161)

multiOmicsViz (92)

MultiRNAflow (161)

multiscan (241)

multiSight (39)

multistateQTL (136)

multiWGCNA (177)

multtest (12593)

mumosa (206)

MungeSumstats (779)

muscat (833)

muscle (552)

musicatk (203)

MutationalPatterns (528)

mutscan (49)

MutSeqR (10)

MVCClass (252)

mvGST (47)

MWASTools (293)

mygene (548)

myvariant (298)

mzID (3636)

mzR (4088)

N

NADfinder (240)

NanoMethViz (230)

NanoStringDiff (235)

NanoStringNCTools (545)

NanoStringQCPro (100)

nanotatoR (51)

NanoTube (227)

NarrowPeaks (83)

NBAMSeq (176)

NBSplice (54)

ncdfFlow (1509)

ncGTW (171)

NCIgraph (179)

ncRNAtools (181)

ndexr (197)

neaGUI (45)

nearBynding (207)

Nebulosa (1437)

NeighborNet (53)

nem (185)

nempi (187)

NetActivity (154)

netbenchmark (38)

netbiov (115)

netboost (184)

netboxr (41)

netDx (64)

nethet (227)

netOmics (64)

NetPathMiner (238)

netprioR (162)

netReg (28)

netresponse (259)

NetSAM (228)

netSmooth (238)

networkBMA (89)

netZooR (95)

NeuCA (77)

NewWave (212)

NGScopy (54)

ngsReports (248)

nipalsMCIA (166)

nnNorm (266)

nnSVG (232)

NOISeq (732)

nondetects (234)

NoRCE (207)

normalize450K (202)

NormalyzerDE (382)

NormqPCR (323)

normr (309)

notame (63)

notameStats (39)

notameViz (58)

NPARC (209)

npGSEA (256)

NTW (179)

nucleoSim (215)

nucleR (342)

nuCpos (193)

nudge (69)

nullranges (320)

NuPoP (259)

NxtIRFcore (54)

O

OAtools (0)

occugene (188)

OCplus (256)

octad (192)

ODER (35)

odseq (207)

OGRE (162)

OGSA (57)

oligo (3270)

oligoClasses (2192)

OLIN (319)

OLINgui (276)

omada (129)

OmaDB (298)

omicade4 (340)

OmicCircos (337)

omicplotR (187)

omicRexposome (214)

omicsGMF (42)

OmicsLonDA (63)

OmicsMarkeR (60)

OmicsMLRepoR (85)

OMICsPCA (247)

omicsPrint (234)

omicsViewer (193)

Omixer (186)

OmnipathR (1274)

ompBAM (195)

omXplore (188)

Onassis (56)

oncomix (199)

oncoscanR (169)

OncoScore (207)

OncoSimulR (260)

oneChannelGUI (101)

oneSENSE (61)

onlineFDR (146)

ontoCAT (60)

ontoProc (334)

ontoTools (55)

openCyto (1018)

openPrimeR (248)

openPrimeRui (74)

OpenStats (142)

OperaMate (26)

oposSOM (293)

oppar (237)

oppti (91)

optimalFlow (172)

OPWeight (210)

OrderedList (261)

ORFhunteR (195)

ORFik (423)

Organism.dplyr (424)

OrganismDbi (3181)

orthogene (728)

orthos (158)

OSAT (239)

Oscope (296)

OSTA.data (185)

OTUbase (283)

OutlierD (101)

OUTRIDER (380)

OutSplice (164)

OVESEG (185)

P

PAA (268)

packFinder (212)

padma (208)

PADOG (397)

pageRank (174)

PAIRADISE (224)

paircompviz (212)

pairedGSEA (148)

pairkat (173)

pairseqsim (5)

pamr (57)

pandaR (280)

panelcn.mops (273)

PAnnBuilder (62)

PanomiR (172)

panp (339)

PANR (232)

PanViz (90)

PanVizGenerator (67)

PAPi (97)

pareg (37)

parglms (243)

parody (285)

partCNV (146)

PAST (233)

Path2PPI (233)

pathifier (234)

pathlinkR (168)

pathMED (87)

PathNet (231)

PathoStat (232)

pathprint (38)

pathRender (275)

pathVar (111)

pathview (5402)

pathwayPCA (251)

PathwaySplice (77)

PatientGeneSets (21)

paxtoolsr (154)

Pbase (80)

pbcmc (46)

pcaExplorer (477)

pcaGoPromoter (64)

pcaMethods (5989)

PCAN (262)

PCAtools (1312)

pcot2 (147)

PCpheno (165)

pcxn (58)

PDATK (186)

pdInfoBuilder (376)

pdmclass (134)

PeacoQC (424)

peakCombiner (44)

peakPantheR (192)

PECA (276)

peco (199)

Pedixplorer (161)

pengls (152)

PepSetTest (126)

PepsNMR (257)

pepStat (277)

pepXMLTab (214)

PERFect (62)

periodicDNA (241)

perturbatr (35)

pfamAnalyzeR (352)

PFP (37)

PGA (139)

pgca (149)

PGSEA (213)

pgUtils (31)

pgxRpi (133)

phantasus (233)

phantasusLite (152)

PharmacoGx (544)

phemd (97)

phenoDist (70)

PhenoGeneRanker (146)

phenomis (162)

phenopath (359)

phenoTest (354)

PhenStat (204)

philr (420)

PhIPData (194)

phosphonormalizer (166)

PhosR (319)

PhyloProfile (259)

phyloseq (6744)

Pi (109)

piano (682)

PICB (132)

pickgene (206)

PICS (255)

Pigengene (228)

PING (225)

pint (49)

pipeComp (225)

pipeFrame (249)

PIPETS (137)

Pirat (115)

PIUMA (120)

pkgDepTools (151)

plaid (10)

planet (323)

planttfhunter (150)

plasmut (138)

plateCore (135)

plethy (121)

plgem (371)

plier (367)

PloGO2 (72)

plotgardener (369)

plotGrouper (182)

PLPE (232)

plrs (122)

PLSDAbatch (145)

plw (92)

plyinteractions (158)

plyranges (1429)

plyxp (164)

pmm (149)

pmp (290)

PMScanR (49)

PoDCall (150)

podkat (321)

poem (128)

pogos (203)

polyester (225)

Polyfit (61)

PolySTest (127)

Polytect (137)

POMA (286)

posDemux (2)

POST (37)

PoTRA (36)

PowerExplorer (26)

powerTCR (432)

POWSC (176)

ppcseq (177)

PPInfer (264)

ppiStats (201)

pqsfinder (375)

prada (133)

pram (198)

prebs (281)

preciseTAD (254)

PrecisionTrialDrawer (40)

PREDA (302)

predictionet (78)

preprocessCore (16052)

primirTSS (198)

PrInCE (198)

Prize (24)

proActiv (257)

proBAMr (220)

proBatch (98)

PROcess (270)

procoil (324)

ProCoNA (65)

proDA (375)

proFIA (87)

profileplyr (364)

profileScoreDist (192)

progeny (871)

projectR (228)

pRoloc (653)

pRolocGUI (296)

PROMISE (250)

PRONE (156)

PROPER (296)

PROPS (202)

Prostar (249)

prot2D (84)

proteasy (41)

proteinProfiles (163)

ProteoDisco (199)

ProteomicsAnnotationHubData (64)

ProteoMM (224)

proteoQC (62)

protGear (182)

ProtGenerics (12290)

PSEA (118)

psichomics (254)

PSICQUIC (99)

PSMatch (3009)

psygenet2r (123)

ptairMS (238)

PubScore (39)

pulsedSilac (32)

puma (319)

PureCN (411)

pvac (245)

pvca (507)

Pviz (251)

pwalign (8205)

PWMEnrich (495)

pwOmics (204)

pwrEWAS (42)

Q

qckitfastq (122)

qcmetrics (317)

QDNAseq (636)

QFeatures (3461)

qmtools (183)

qpcrNorm (234)

qpgraph (470)

qPLEXanalyzer (210)

qrqc (139)

QRscore (133)

qsea (244)

qsmooth (255)

QSutils (260)

qsvaR (166)

QTLExperiment (155)

Qtlizer (200)

QUALIFIER (107)

quantiseqr (890)

quantro (441)

quantsmooth (805)

QuartPAC (108)

QuasR (655)

QuaternaryProd (189)

QUBIC (264)

qusage (553)

qvalue (23222)

R

R3CPET (248)

r3Cseq (312)

R453Plus1Toolbox (257)

R4RNA (868)

RadioGx (211)

raer (173)

RaggedExperiment (1025)

RAIDS (136)

rain (286)

rama (115)

RamiGO (51)

ramr (180)

ramwas (292)

RandomWalkRestartMH (88)

randPack (232)

randRotation (156)

RankProd (507)

RAREsim (151)

RareVariantVis (254)

Rariant (135)

Rarr (349)

rawDiag (134)

rawrr (298)

RbcBook1 (450)

Rbec (132)

RBGL (9640)

RBioFormats (377)

RBioinf (209)

rBiopaxParser (533)

rBLAST (284)

RBM (219)

Rbowtie (593)

Rbowtie2 (473)

RbowtieCuda (75)

rbsurv (240)

Rbwa (146)

Rcade (205)

RCAS (294)

RCASPAR (164)

rcellminer (281)

rCGH (427)

Rchemcpp (111)

RchyOptimyx (67)

RcisTarget (1592)

RCM (235)

Rcollectl (85)

Rcpi (322)

RCSL (167)

Rcwl (229)

RcwlPipelines (169)

RCX (175)

RCy3 (1100)

RCyjs (261)

RCytoscape (54)

RDAVIDWebService (116)

Rdbi (35)

RdbiPgSQL (16)

rDGIdb (91)

Rdisop (797)

RDRToolbox (304)

ReactomeContentService4R (57)

ReactomeGraph4R (29)

ReactomeGSA (348)

ReactomePA (4521)

readat (50)

ReadqPCR (330)

reb (146)

REBET (181)

rebook (238)

receptLoss (116)

reconsi (157)

recount (591)

recount3 (652)

recountmethylation (217)

recoup (337)

RedeR (453)

RedisParam (144)

REDseq (258)

ReducedExperiment (146)

RefNet (76)

RefPlus (208)

RegEnrich (297)

regionalpcs (114)

RegionalST (137)

regioneR (2234)

regioneReloaded (169)

regionReport (368)

regsplice (207)

regutools (199)

REMP (240)

Repitools (429)

ReportingTools (843)

reposTools (10)

RepViz (161)

ReQON (155)

ResidualMatrix (4422)

RESOLVE (148)

Resourcerer (42)

restfulSE (120)

retrofit (152)

ReUseData (137)

rexposome (294)

rfaRm (184)

Rfastp (226)

RFLOMICS (122)

rflowcyt (75)

rfPred (267)

rGADEM (429)

RGalaxy (92)

rGenomeTracks (157)

Rgin (36)

RGMQL (56)

RgnTX (147)

rgoslin (247)

RGraph2js (234)

Rgraphviz (10190)

rGREAT (904)

RGSEA (245)

rgsepd (246)

rhdf5 (25337)

rhdf5client (269)

rhdf5filters (24419)

Rhdf5lib (26047)

rhinotypeR (127)

Rhisat2 (279)

Rhtslib (25663)

rHVDM (125)

RiboCrypt (192)

RiboDiPA (198)

RiboProfiling (260)

ribor (189)

riboSeqR (284)

ribosomeProfilingQC (219)

rifi (145)

rifiComparative (141)

Rigraphlib (978)

rigvf (122)

RImmPort (172)

Ringo (327)

Rintact (28)

RIPAT (56)

RIPSeeker (107)

Risa (203)

RITAN (176)

RIVER (244)

RJMCMCNucleosomes (208)

RLassoCox (154)

RLMM (205)

RLSeq (49)

RMAGEML (16)

Rmagpie (226)

RMAPPER (28)

RMassBank (397)

rMAT (76)

rmelting (188)

RmiR (83)

Rmmquant (202)

rmspc (184)

RNAAgeCalc (244)

RNAdecay (145)

rnaEditr (188)

RNAinteract (105)

RNAither (132)

RNAmodR (206)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (181)

RNAmodR.ML (214)

RNAmodR.RiboMethSeq (175)

RNAprobR (61)

RNAsense (187)

rnaseqcomp (250)

RNAseqCovarImpute (141)

rnaSeqMap (160)

RNASeqPower (346)

RNASeqR (45)

RnaSeqSampleSize (276)

RnBeads (551)

Rnits (231)

roar (278)

roastgsa (153)

ROC (1368)

ROCpAI (161)

RolDE (171)

Roleswitch (71)

Rolexa (67)

rols (666)

ROntoTools (395)

ropls (1763)

ROSeq (210)

ROTS (451)

RPA (295)

rprimer (184)

RProtoBufLib (2752)

RpsiXML (210)

rpx (642)

Rqc (482)

rqt (176)

rqubic (228)

rRDP (245)

Rredland (21)

RRHO (242)

rrvgo (763)

Rsamtools (27792)

rsbml (293)

rScudo (212)

rsemmed (158)

RSeqAn (194)

rSFFreader (84)

RSNPper (22)

Rsubread (2311)

RSVSim (291)

rSWeeP (197)

rTANDEM (95)

RTCA (214)

RTCGA (649)

RTCGAToolbox (690)

RTN (401)

RTNduals (206)

RTNsurvival (221)

RTools4TB (7)

RTopper (309)

Rtpca (206)

rtracklayer (22588)

Rtreemix (189)

rTRM (344)

rTRMui (235)

RUCova (142)

runibic (167)

Ruuid (39)

RUVcorr (208)

RUVnormalize (268)

RUVSeq (1120)

Rvisdiff (160)

RVS (193)

RWebServices (18)

rWikiPathways (558)

S

S4Arrays (47470)

S4Vectors (62138)

safe (744)

SAGElyzer (16)

sagenhaft (234)

SAGx (127)

SAIGEgds (208)

samExploreR (31)

sampleClassifier (175)

SamSPECTRAL (298)

sangeranalyseR (358)

sangerseqR (779)

SanityR (54)

SANTA (241)

sapFinder (76)

saps (17)

SARC (126)

sarks (178)

saseR (140)

satuRn (470)

savR (48)

SBGNview (259)

sbgr (7)

SBMLR (247)

SC3 (613)

scafari (67)

Scale4C (219)

ScaledMatrix (13890)

scAlign (78)

SCAN.UPC (339)

scanMiR (204)

scanMiRApp (172)

scAnnotatR (197)

SCANVIS (200)

SCArray (203)

SCArray.sat (134)

SCATE (34)

scater (8377)

scatterHatch (142)

scBFA (193)

SCBN (169)

scBubbletree (177)

scCB2 (177)

scClassifR (22)

scClassify (264)

sccomp (235)

scDataviz (197)

scDblFinder (2772)

scDD (390)

scDDboost (161)

scde (612)

scDesign3 (182)

scDiagnostics (143)

scDotPlot (175)

scds (657)

SCFA (178)

scFeatureFilter (199)

scFeatures (178)

scfind (26)

scGPS (213)

scGraphVerse (39)

schex (264)

scHiCcompare (134)

scHOT (222)

scider (173)

scifer (173)

ScISI (176)

scLANE (39)

scMAGeCK (29)

scmap (524)

scMerge (525)

scMET (173)

scmeth (213)

scMitoMut (138)

scMultiSim (174)

SCnorm (289)

scone (354)

Sconify (189)

SCOPE (222)

scoreInvHap (209)

scoup (124)

scp (333)

scPCA (245)

scPipe (296)

scQTLtools (101)

scran (6064)

scrapper (1052)

scReClassify (220)

scRecover (226)

screenCounter (155)

ScreenR (129)

scRepertoire (836)

scRNAseqApp (178)

scruff (223)

scry (495)

scShapes (146)

scsR (76)

scTensor (200)

scTGIF (226)

scTHI (185)

scTreeViz (171)

scuttle (10294)

scviR (125)

SDAMS (180)

seahtrue (160)

sechm (270)

segmenter (168)

segmentSeq (329)

selectKSigs (156)

SELEX (244)

SemDist (247)

semisup (170)

SemSim (21)

SEPA (30)

SEPIRA (103)

seq.hotSPOT (137)

seq2pathway (200)

seqArchR (164)

seqArchRplus (130)

SeqArray (1172)

seqbias (151)

seqCAT (208)

seqCNA (98)

seqcombo (155)

SeqGate (174)

SeqGSEA (304)

Seqinfo (16770)

seqLogo (3754)

seqPattern (1028)

seqplots (101)

seqsetvis (278)

SeqSQC (250)

seqTools (221)

SeqVarTools (707)

SEraster (130)

sesame (973)

SETA (45)

SEtools (206)

sevenbridges (255)

sevenC (238)

SGCP (193)

SGSeq (510)

SharedObject (281)

shiny.gosling (115)

shinybiocloader (53)

shinyDSP (138)

shinyepico (195)

shinyMethyl (291)

shinyTANDEM (54)

ShortRead (6785)

SIAMCAT (301)

SICtools (243)

sigaR (93)

SigCheck (240)

sigFeature (425)

SigFuge (248)

siggenes (3457)

sights (203)

signatureSearch (298)

signeR (262)

signet (20)

signifinder (174)

sigPathway (132)

SigsPack (198)

sigsquared (203)

SIM (250)

SIMAT (216)

SimBindProfiles (122)

SimBu (190)

SIMD (166)

SimFFPE (159)

similaRpeak (242)

SIMLR (368)

simona (846)

simPIC (135)

simpleaffy (179)

simpleSeg (283)

simplifyEnrichment (1332)

simulatorAPMS (21)

simulatorZ (98)

sincell (270)

singIST (2)

single (88)

SingleCellAlleleExperiment (148)

SingleCellExperiment (19486)

SingleCellSignalR (389)

singleCellTK (452)

SingleMoleculeFootprinting (174)

SingleR (5345)

singscore (1877)

SiPSiC (137)

SISPA (74)

sitadela (169)

Site2Target (113)

sitePath (233)

sizepower (227)

SJava (15)

sketchR (141)

skewr (221)

slalom (177)

SLGI (144)

slingshot (2562)

slinky (58)

SLqPCR (209)

SMAD (160)

SMAP (116)

smartid (132)

SmartPhos (21)

SMITE (244)

smoothclust (137)

smoppix (118)

SNAGEE (236)

snapCGH (210)

snapcount (181)

snifter (471)

snm (291)

SNPchip (170)

SNPediaR (181)

SNPhood (296)

snpMatrix (26)

SNPRelate (2263)

snpStats (2519)

soGGi (505)

sojourner (48)

SomatiCA (55)

SomaticSignatures (327)

SOMNiBUS (149)

sosta (161)

SpaceMarkers (139)

SpacePAC (169)

SpaceTrooper (86)

spacexr (355)

spade (48)

Spaniel (209)

SpaNorm (176)

spARI (49)

sparrow (453)

SparseArray (51505)

sparseDOSSA (63)

sparseMatrixStats (17130)

sparsenetgls (159)

SparseSignatures (233)

spaSim (172)

SpatialCPie (201)

spatialDE (223)

SpatialDecon (299)

SpatialExperiment (7209)

SpatialExperimentIO (180)

spatialFDA (170)

SpatialFeatureExperiment (343)

spatialHeatmap (200)

SpatialOmicsOverlay (154)

spatialSimGP (119)

spatzie (144)

speckle (400)

specL (252)

SpeCond (261)

Spectra (3241)

SpectralTAD (234)

SpectraQL (130)

SpectriPy (52)

SPEM (220)

SPIA (901)

SPIAT (228)

SPICEY (49)

spicyR (365)

SpidermiR (92)

spikeLI (229)

spiky (179)

spillR (131)

spkTools (228)

splatter (660)

splicegear (103)

spliceR (97)

spliceSites (59)

SpliceWiz (237)

SplicingFactory (159)

SplicingGraphs (313)

SplineDV (139)

splineTCDiffExpr (3)

splineTimeR (236)

SPLINTER (225)

splots (296)

SPONGE (232)

spoon (129)

SpotClean (204)

SPOTlight (452)

spotSegmentation (47)

SpotSweeper (232)

spqn (197)

SPsimSeq (217)

SQLDataFrame (164)

SQUADD (72)

squallms (128)

sRACIPE (233)

SRAdb (577)

sRAP (62)

SRGnet (33)

srnadiff (204)

sscore (160)

sscu (221)

sSeq (302)

ssize (245)

sSNAPPY (185)

SSPA (202)

ssPATHS (183)

ssrch (182)

ssviz (232)

StabMap (131)

STADyUM (43)

stageR (430)

stam (26)

STAN (109)

standR (286)

staRank (102)

StarBioTrek (87)

staRgate (9)

Starr (140)

STATegRa (319)

StatescopeR (4)

Statial (233)

statTarget (298)

STdeconvolve (86)

stepNorm (235)

stepwiseCM (50)

stJoincount (170)

stPipe (55)

strandCheckR (200)

Streamer (247)

STRINGdb (2716)

STROMA4 (138)

struct (328)

Structstrings (224)

structToolbox (250)

StructuralVariantAnnotation (346)

SubCellBarCode (190)

subSeq (277)

SUITOR (152)

SummarizedBenchmark (133)

SummarizedExperiment (47265)

Summix (143)

SuperCellCyto (52)

supersigs (221)

supraHex (309)

surfaltr (209)

SurfR (140)

survClust (125)

survcomp (1847)

survtype (177)

Sushi (184)

sva (8955)

svaNUMT (161)

SVAPLSseq (62)

svaRetro (158)

SVM2CRM (66)

SVMDO (159)

SVP (146)

SWATH2stats (214)

SwathXtend (172)

swfdr (252)

SwimR (58)

switchBox (220)

switchde (219)

synapsis (174)

synapter (241)

synergyfinder (367)

SynExtend (220)

synlet (193)

SynMut (178)

syntenet (274)

systemPipeR (1597)

systemPipeShiny (197)

systemPipeTools (172)

T

tadar (156)

TADCompare (229)

tanggle (212)

TAPseq (202)

target (211)

TargetDecoy (191)

TargetScore (227)

TargetSearch (230)

TarSeqQC (112)

TaxSEA (127)

TBSignatureProfiler (230)

TCC (483)

TCGAbiolinks (5796)

TCGAbiolinksGUI (66)

TCGAutils (821)

TCseq (758)

TDARACNE (92)

TDbasedUFE (158)

TDbasedUFEadv (199)

TEKRABber (171)

TENET (120)

TENxIO (264)

tenXplore (220)

TEQC (296)

terapadog (141)

ternarynet (194)

terraTCGAdata (151)

TFARM (182)

TFBSTools (3631)

TFEA.ChIP (280)

TFHAZ (235)

TFutils (235)

tidybulk (420)

tidyCoverage (155)

tidyexposomics (9)

tidyFlowCore (120)

tidyomics (158)

tidyprint (0)

tidysbml (135)

tidySingleCellExperiment (440)

tidySpatialExperiment (174)

tidySummarizedExperiment (353)

tidytof (93)

tigre (279)

TileDBArray (185)

tilingArray (364)

timecourse (388)

timeOmics (229)

timescape (173)

TimeSeriesExperiment (66)

TimiRGeN (56)

TIN (267)

TissueEnrich (350)

TitanCNA (209)

tkWidgets (1794)

tLOH (167)

TMixClust (198)

TMSig (131)

TNBC.CMS (57)

TnT (234)

TOAST (676)

tofsims (67)

tomoda (164)

tomoseqr (169)

TOP (151)

ToPASeq (68)

topconfects (297)

topdownr (241)

topGO (2679)

toppgene (0)

ToxicoGx (216)

TPP (321)

TPP2D (194)

tpSVG (129)

tracktables (391)

trackViewer (873)

tradeSeq (1069)

TrajectoryGeometry (141)

TrajectoryUtils (2702)

transcriptogramer (238)

transcriptR (258)

transformGamPoi (193)

transite (212)

tRanslatome (277)

transmogR (134)

transomics2cytoscape (184)

TransView (271)

TraRe (30)

traseR (267)

Travel (5)

traviz (74)

TreeAndLeaf (246)

treeclimbR (141)

treeio (27014)

treekoR (216)

TreeSummarizedExperiment (2493)

TREG (186)

trena (121)

TReNA (5)

Trendy (233)

TRESS (202)

tricycle (437)

TrIdent (115)

triform (66)

trigger (172)

trio (291)

triplex (336)

tripr (191)

tRNA (267)

tRNAdbImport (214)

tRNAscanImport (207)

TRONCO (361)

TSAR (126)

TSCAN (680)

tscR (43)

tspair (100)

TSRchitect (118)

TSSi (75)

ttgsea (154)

TTMap (239)

TurboNorm (283)

TVTB (281)

tweeDEseq (298)

twilight (353)

twoddpcr (227)

txcutr (167)

txdbmaker (5911)

tximeta (1579)

tximport (4579)

TxRegInfra (25)

TypeInfo (113)

U

UCell (1908)

UCSC.utils (39117)

Ularcirc (243)

UMI4Cats (210)

uncoverappLib (182)

UNDO (246)

unifiedWMWqPCR (204)

UniProt.ws (918)

Uniquorn (245)

universalmotif (1382)

updateObject (166)

UPDhmm (133)

uSORT (266)

V

VAExprs (157)

VanillaICE (433)

VarCon (200)

variancePartition (1607)

VariantAnnotation (9427)

VariantExperiment (123)

VariantFiltering (284)

VariantTools (306)

vasp (17)

VaSP (226)

vbmp (287)

VCFArray (235)

VDJdive (161)

Vega (58)

VegaMC (289)

velociraptor (275)

veloviz (146)

VennDetail (343)

VERSO (163)

vidger (238)

viper (1195)

virtualArray (17)

ViSEAGO (295)

VisiumIO (242)

visiumStitched (132)

vissE (238)

vmrseq (112)

Voyager (292)

VplotR (222)

vsclust (171)

vsn (6134)

vtpnet (261)

vulcan (172)

W

waddR (136)

wateRmelon (1006)

wavClusteR (246)

waveTiling (104)

weaver (214)

webbioc (297)

weitrix (230)

widgetInvoke (11)

widgetTools (1748)

wiggleplotr (294)

wpm (192)

wppi (144)

Wrench (2013)

X

XAItest (116)

XBSeq (150)

xCell2 (202)

XCIR (13)

xcms (2111)

xcore (172)

XDE (352)

XeniumIO (127)

xenLite (127)

Xeva (206)

XINA (197)

xmapbridge (209)

xmapcore (14)

XNAString (124)

xps (82)

XVector (57497)

Y

y2hStat (20)

yamss (285)

YAPSA (297)

yaqcaffy (197)

yarn (294)

Z

zellkonverter (2891)

zenith (248)

zFPKM (220)

zinbwave (911)

zitools (130)

zlibbioc (30002)

ZygosityPredictor (152)