Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-09-01 09:14:31 -0700 (Mon, 01 Sep 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (123459)
2BiocGenerics (93890)
3IRanges (91389)
4Biobase (89412)
5AnnotationDbi (76882)
6limma (57282)
7zlibbioc (57166)
8Biostrings (52678)
9GenomicRanges (49672)
10annotate (45754)
11XVector (42025)
12genefilter (41049)
13Rsamtools (40442)
14biomaRt (38921)
15rtracklayer (36900)
16affy (36364)
17graph (35449)
18preprocessCore (35140)
19GenomicFeatures (34918)
20BSgenome (33318)
21affyio (32275)
22GenomeInfoDb (27711)
23geneplotter (26123)
24multtest (25223)
25edgeR (25213)
26DESeq (21779)
27RBGL (21592)
28Rgraphviz (19651)
29impute (19627)
30flowCore (19440)
31biovizBase (17936)
32GEOquery (17873)
33mzR (17573)
34xcms (17352)
35gcrma (16543)
36VariantAnnotation (16091)
37DESeq2 (15619)
38ShortRead (14921)
39GenomicAlignments (14855)
40BiocParallel (14765)
41vsn (13935)
42qvalue (13859)
43Gviz (13228)
44AnnotationForge (13032)
45GSEABase (12670)
46affyPLM (12630)
47cummeRbund (12224)
48Category (11591)
49simpleaffy (11183)
50rhdf5 (11107)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201436207668649
Sep/201400
All months2447458548741

A

a4 (2209)
a4Base (2296)
a4Classif (2176)
a4Core (2300)
a4Preproc (2303)
a4Reporting (2124)
ABarray (2097)
ABSSeq (773)
aCGH (2826)
ACME (2054)
ADaCGH2 (1933)
adSplit (1936)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (9848)
affy (36364)
affycomp (2931)
AffyCompatible (2189)
affyContam (1963)
affycoretools (4948)
affydata (1)
AffyExpress (2202)
affyILM (1903)
affyio (32275)
affylmGUI (3122)
affyPara (1918)
affypdnn (2271)
affyPLM (12630)
affyQCReport (5988)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (1925)
AffyTiling (2067)
AGDEX (1816)
Agi4x44PreProcess (1645)
agilp (2167)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2320)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1552)
alsace (748)
altcdfenvs (2012)
ampliQueso (1514)
annaffy (9261)
AnnBuilder (25)
annmap (907)
annotate (45754)
annotation (293)
AnnotationDbi (76882)
AnnotationForge (13032)
AnnotationFuncs (2011)
AnnotationHub (2931)
annotationTools (2520)
anota (1927)
antiProfiles (1757)
apcluster (1)
apComplex (2055)
aroma.light (5087)
ArrayExpress (4369)
ArrayExpressHTS (1074)
arrayMagic (6)
arrayMvout (1877)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2478)
arrayQualityMetrics (4750)
arrays (488)
ArrayTools (2245)
ArrayTV (1568)
ARRmNormalization (1634)
ASEB (1712)
asmn (793)
ASSET (1378)
ASSIGN (743)
AtlasRDF (763)
attract (1830)

B

BAC (1757)
BADER (1633)
BAGS (1449)
ballgown (34)
BaseSpaceR (1673)
Basic4Cseq (794)
BayesPeak (2754)
baySeq (4009)
bcellViper (3)
BCRANK (2103)
beadarray (6171)
beadarraySNP (2028)
BeadDataPackR (5591)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (2)
BEAT (774)
betr (1958)
bgafun (1879)
BGmix (953)
bgx (1828)
BHC (2252)
BicARE (1849)
BiGGR (1503)
bigmemoryExtras (994)
bioassayR (1690)
Biobase (89412)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1897)
BiocCheck (899)
biocDatasets (25)
BiocGenerics (93890)
biocGraph (2028)
BiocInstaller (123459)
biocinstaller (2)
BiocParallel (14765)
BiocStyle (3139)
biocViews (2387)
bioDist (4296)
biomaRt (38921)
BioMVCClass (2029)
biomvRCNS (1493)
BioNet (2997)
BioSeqClass (1898)
Biostrings (52678)
biostrings (1)
biosvd (753)
biovizbase (1)
biovizBase (17936)
BiRewire (1445)
birta (1768)
BiSeq (2072)
BitSeq (2267)
blima (86)
blimaTestingData (3)
BRAIN (1996)
BrainStars (1755)
bridge (1810)
BSgenome (33318)
bsseq (2185)
BufferedMatrix (1754)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1687)
bumphunter (7049)
BUS (1645)

C

CAFE (698)
CAGEr (1722)
CALIB (1643)
CAMERA (2876)
cancerclass (1620)
CancerMutationAnalysis (1673)
casper (1588)
Category (11591)
categoryCompare (1666)
ccrepe (762)
cellGrowth (1582)
cellhts (1)
cellHTS (1725)
cellHTS2 (2520)
CellNOptR (1902)
CexoR (1345)
CGEN (1753)
CGHbase (2215)
CGHcall (2064)
cghcall (1)
cghMCR (1729)
CGHnormaliter (1648)
CGHregions (1699)
ChAMP (2265)
ChAMPdata (3)
charm (1907)
ChemmineOB (1779)
ChemmineR (3047)
chemminer (3)
chimera (2325)
chipenrich (1364)
ChIPpeakAnno (4416)
ChIPQC (843)
ChIPseeker (952)
chipseq (3570)
ChIPseqR (1856)
ChIPsim (1795)
ChIPXpress (817)
chopsticks (1975)
chroGPS (1554)
ChromHeatMap (1764)
cisPath (1554)
ClassifyR (3)
cleanUpdTSeq (1339)
cleaver (1629)
clippda (1596)
clipper (1727)
Clomial (694)
Clonality (1638)
clonotypeR (1316)
clst (1597)
clstutils (1566)
clusterProfiler (2992)
clusterprofiler (1)
clusterStab (1898)
CMA (2332)
cn.farms (1617)
cn.mops (2690)
cnanorm (1)
CNAnorm (1757)
CNEr (839)
CNORdt (1520)
CNORfeeder (1476)
CNORfuzzy (1532)
CNORode (1548)
CNTools (1906)
cnvGSA (1586)
CNVrd2 (1275)
CNVtools (1810)
cnvtools (1)
cobindR (1329)
CoCiteStats (1735)
codelink (1701)
CoGAPS (440)
coGPS (1514)
COHCAP (829)
COHCAPanno (3)
COMPASS (723)
compcodeR (822)
compEpiTools (6)
CompGO (723)
ConsensusClusterPlus (2662)
convert (2781)
copa (1791)
COPDSexualDimorphism (680)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1729)
CopyNumber450k (718)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1536)
CorMut (1590)
coRNAi (1576)
CORREP (1627)
cosmiq (54)
cosmo (157)
cosmoGUI (194)
CoverageView (433)
cqn (2291)
CRImage (1867)
CRISPRseek (812)
crlmm (3181)
CSAR (2010)
CSSP (1328)
ctc (3956)
cummeRbund (12224)
customProDB (1414)
cycle (1725)

D

dagLogo (1280)
dama (2)
daMA (1577)
DART (1608)
DASiR (1620)
DAVIDQuery (2175)
DBChIP (1699)
ddCt (2097)
ddgraph (1617)
DECIPHER (1750)
DeconRNASeq (1582)
DEDS (1679)
deepSNV (1740)
DEGraph (1822)
DEGreport (56)
DEGseq (3543)
deltaGseg (1431)
DESeq (21779)
DESeq2 (15619)
DEXSeq (6968)
dexus (1572)
DFP (1548)
DiffBind (3519)
diffGeneAnalysis (1786)
DirichletMultinomial (1721)
dks (1524)
DMRcate (766)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (700)
DNAcopy (9328)
DNaseR (1381)
domainsignatures (1686)
DOQTL (50)
DOSE (3216)
DriverNet (1540)
DrugVsDisease (1543)
DSS (1799)
DTA (1539)
dualKS (1065)
DupChecker (48)
dyebias (1556)
DynDoc (7852)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1712)
easyRNASeq (4269)
EBarrays (2158)
EBcoexpress (1671)
EBImage (7272)
EBSeq (2934)
ecolitk (1653)
EDASeq (2580)
edd (61)
EDDA (724)
edger (1)
edgeR (25213)
eiR (817)
eisa (2032)
ELBOW (722)
ensemblVEP (2178)
ENVISIONQuery (1588)
epigenomix (1492)
epivizr (1427)
eQTL (24)
erccdashboard (1)
ExiMiR (1644)
exomeCopy (2136)
exomePeak (1357)
exonmap (106)
explorase (1280)
ExpressionView (1642)
expressionview (1)
externalVector (351)

F

fabia (2091)
facopy.annot (4)
factDesign (1864)
farms (1782)
fastLiquidAssociation (693)
fastseg (1645)
fbat (24)
fdrame (1702)
ffpe (1551)
FGNet (1472)
flagme (1663)
flipflop (1266)
flowBeads (1330)
flowBin (738)
flowCL (703)
flowClean (44)
flowClust (2579)
flowCore (19440)
flowCyBar (696)
flowDensity (58)
flowFit (1303)
flowFlowJo (1728)
flowFP (1821)
flowMap (1319)
flowMatch (712)
flowMeans (2017)
flowMerge (1877)
flowPeaks (1642)
flowPhyto (1550)
flowPlots (1642)
flowQ (1227)
flowq (1)
flowQB (1509)
flowStats (2889)
flowTrans (1722)
flowType (1774)
flowUtils (1918)
flowViz (4825)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3521)
fmcsR (2006)
fOptions (1)
FRGEpistasis (698)
frma (2577)
frmaTools (1815)
FunciSNP (1745)

G

gaga (1699)
gage (3951)
gaggle (1578)
gaia (1569)
gaucho (677)
gCMAP (1596)
gCMAPWeb (1481)
gcrma (16543)
genArise (1555)
GENE.E (1729)
gene2pathway (242)
GeneAnswers (3537)
GeneExpressionSignature (1642)
genefilter (41049)
genefu (2079)
GeneGA (911)
GeneGroupAnalysis (328)
GeneMeta (2061)
GeneNetworkBuilder (1571)
GeneOverlap (775)
geneplotter (26123)
GeneR (78)
geneRecommender (1815)
GeneRegionScan (1577)
generegulation (112)
GeneRfold (29)
geneRxCluster (740)
GeneSelectMMD (1597)
GeneSelector (1894)
GeneSpring (24)
geNetClassifier (1492)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1660)
GeneticsPed (1823)
GeneTraffic (61)
GeneTS (3)
genoCN (1577)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3590)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (27711)
genomeIntervals (4208)
genomes (1840)
GenomicAlignments (14855)
GenomicFeatures (34918)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (763)
GenomicRanges (49672)
Genominator (2090)
genoset (2425)
GEOmetadb (2657)
GEOquery (17873)
GEOsubmission (1587)
GEWIST (1500)
gff3Plotter (4)
GGBase (3145)
ggbio (10256)
GGtools (2439)
girafe (1893)
GLAD (2313)
GlobalAncova (1987)
globaltest (3821)
gmapR (1025)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1882)
goProfiles (2021)
goprofiles (2)
GOSemSim (3985)
gosemsim (1)
goseq (4187)
GOSim (1840)
GOstats (10921)
GOTHiC (765)
goTools (2248)
gpls (2330)
gprege (1525)
graph (35449)
GraphAlignment (1593)
GraphAT (1596)
graphite (2660)
GraphPAC (1420)
GRENITS (1695)
GSAR (70)
GSBenchMark (4)
GSCA (665)
GSEABase (12670)
GSEAlm (2166)
GSReg (13)
GSRI (1585)
GSVA (2317)
Gviz (13228)
gwascat (1765)
GWASTools (2772)

H

h5vc (1471)
hapFabia (1541)
Harshlight (1626)
HCsnip (1380)
HDTD (63)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5727)
HELP (1584)
HEM (1540)
hem (1)
hexbin (186)
hiAnnotator (75)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (2932)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1447)
hiReadsProcessor (1)
HiTC (1678)
HMMcopy (1705)
hopach (2786)
hpar (1631)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2551)
HTSanalyzeR (2048)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (428)
htseqtools (2)
htSeqTools (1873)
HTSFilter (1695)
HybridMTest (1520)
hyperdraw (1728)
hypergraph (2220)

I

iASeq (1735)
iBBiG (1555)
ibh (1470)
iBMQ (1392)
Icens (3099)
iChip (1542)
iClusterPlus (773)
idiogram (1640)
IdMappingAnalysis (1484)
IdMappingRetrieval (1511)
iFlow (309)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8291)
imageHTS (1634)
impute (19627)
INPower (661)
inSilicoDb (2234)
inSilicoMerging (2031)
intansv (1406)
interactiveDisplay (1902)
interactiveDisplayBase (8)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (43)
inveRsion (1501)
inversion (1)
iontree (1500)
iPAC (1547)
IPPD (1667)
IRanges (91389)
iranges (1)
iSeq (1554)
isobar (1875)
IsoGeneGUI (1576)
iSPlot (1)
ITALICS (1511)
iterativeBMA (1563)
iterativeBMAsurv (1557)

J

jmosaics (1418)
joda (1491)

K

KCsmart (1556)
KEGGgraph (6117)
keggorth (6)
keggorthology (1774)
KEGGprofile (1889)
KEGGREST (5800)
KEGGSOAP (679)

L

lapmix (1677)
LBE (1832)
les (1563)
limma (57282)
limmaGUI (2888)
LiquidAssociation (1558)
liquidassociation (1)
lmdme (1498)
LMGene (1856)
logicFS (2050)
logitt (1)
logitT (1590)
lol (1568)
LPE (1996)
LPEadj (1510)
lpNet (1473)
lumi (8293)
LVSmiRNA (1645)

M

M3D (6)
maanova (2267)
macat (1555)
maCorrPlot (1525)
maDB (553)
madb (1)
made4 (3773)
maigesPack (1555)
makecdfenv (3030)
makePlatformDesign (29)
MANOR (1553)
manta (1558)
MantelCorr (1538)
maPredictDSC (1273)
marray (10041)
maSigPro (2496)
maskBAD (1467)
MassArray (1694)
massiR (677)
MassSpecWavelet (2905)
matchBox (1491)
matchprobes (119)
MBCB (1574)
mBPCR (1527)
mcaGUI (1566)
MCRestimate (1758)
mdqc (1732)
MeasurementError.cor (1476)
MEDIPS (2290)
MEDME (1557)
MEIGOR (10)
MergeMaid (2264)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (724)
meshr (689)
messina (693)
metaArray (2182)
metabomxtr (3)
metagene (4)
metagenomeSeq (2139)
metahdep (1504)
metaMS (720)
metaMSdata (3)
metaR (23)
metaSeq (1284)
metaseqR (693)
methVisual (1654)
methyAnalysis (2162)
MethylAid (57)
methylMnM (1322)
methylPipe (9)
MethylSeekR (1623)
methylumi (7543)
Mfuzz (3335)
mfuzz (1)
mgsa (1720)
MiChip (1501)
microRNA (2359)
MIMOSA (709)
MineICA (1460)
minet (3409)
minfi (8492)
MinimumDistance (1499)
MiPP (1579)
MiRaGE (1512)
miRNApath (1820)
miRNAtap (5)
Mirsynergy (707)
missMethyl (12)
mitoODE (1207)
MLInterfaces (2696)
MLP (1592)
MLSeq (728)
MMDiff (1493)
mmnet (791)
MmPalateMiRNA (1622)
monocle (134)
MoPS (54)
mosaics (1822)
MotifDb (2726)
motifRG (1620)
motifStack (2454)
MotIV (2763)
MPFE (1)
mQTL.NMR (17)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1284)
msmsTests (1256)
MSnbase (2952)
msQC (55)
MSstats (1579)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1572)
MultiMed (13)
multiscan (1474)
multtest (25223)
MVCClass (1572)
mzID (1680)
mzR (17573)

N

NarrowPeaks (1564)
ncdfFlow (3103)
NCIgraph (1875)
neaGUI (1348)
nem (1614)
netbiov (18)
NetPathMiner (713)
netresponse (1549)
NetSAM (1381)
networkBMA (1461)
NGScopyData (4)
nnNorm (1494)
NOISeq (2757)
nondetects (698)
NormqPCR (1845)
npGSEA (704)
NTW (1506)
nucleR (1616)
nucler (1)
nudge (1503)
NuPoP (1550)

O

occugene (1610)
OCplus (1723)
oligo (8869)
oligoClasses (9724)
OLIN (1634)
OLINgui (1513)
omicade4 (1417)
OmicCircos (1748)
OncoSimulR (4)
oneChannelGUI (2350)
ontoCAT (1686)
ontoTools (42)
openCyto (1293)
oposSOM (31)
OrderedList (2324)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2776)
OSAT (1450)
OTUbase (1629)
OutlierD (1665)

P

PADOG (1503)
paircompviz (1274)
pairseqsim (5)
pamr (52)
PAnnBuilder (1722)
panp (1756)
PANR (1487)
PAPi (1445)
parody (1898)
pathifier (1295)
PathNet (1418)
pathRender (1670)
pathview (4608)
PatientGeneSets (76)
Pbase (24)
pcaGoPromoter (1834)
pcaMethods (5959)
pcot2 (1514)
PCpheno (1544)
pdInfoBuilder (2353)
pdmclass (1647)
PECA (797)
pepDat (4)
pepStat (4)
PGSEA (2156)
pgUtils (675)
phenoDist (1372)
phenoTest (1653)
PhenStat (740)
phyloseq (4065)
piano (2225)
pickgene (1510)
PICS (2257)
PING (1611)
pint (1590)
pkgDepTools (1817)
pkgdeptools (2)
plateCore (1557)
plethy (1251)
plgem (1564)
plier (2833)
PLPE (1636)
plrs (1400)
plw (1506)
Polyfit (24)
ppiStats (1645)
prada (3150)
prebs (1430)
PREDA (1559)
predictionet (869)
preprocessCore (35140)
PROcess (2121)
procoil (1474)
ProCoNA (1291)
pRoloc (1488)
pRolocGUI (35)
PROMISE (1538)
prot2D (1286)
proteinProfiles (1339)
proteoQC (6)
PSICQUIC (1413)
puma (1818)
pvac (1523)
pvca (1611)
Pviz (33)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1798)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1207)
QDNAseq (779)
qpcrNorm (1671)
qpgraph (2613)
qrqc (1955)
QUALIFIER (1190)
quantro (4)
quantsmooth (3177)
QuasR (3627)
qusage (1317)
qvalue (13859)

R

r3Cseq (1582)
R453Plus1Toolbox (1640)
rama (1669)
RamiGO (2048)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1453)
RankProd (3904)
Rariant (681)
RbcBook1 (1672)
RBGL (21592)
rbioinf (1)
RBioinf (1716)
rBiopaxParser (1601)
Rbowtie (3485)
rbsurv (1654)
Rcade (1479)
RCASPAR (1496)
Rchemcpp (1349)
RchyOptimyx (1590)
Rcpi (1192)
RCytoscape (3663)
RDAVIDWebService (1846)
Rdbi (41)
RdbiPgSQL (34)
Rdisop (1866)
RDRToolbox (1909)
ReactomePA (2345)
ReadqPCR (1941)
reb (1517)
RedeR (2068)
REDseq (1740)
RefNet (683)
RefNet.db (3)
RefPlus (1570)
Repitools (2711)
ReportingTools (4870)
ReQON (1535)
Resourcerer (1540)
rflowcyt (29)
rfPred (1275)
rGADEM (3155)
RGalaxy (1602)
rgl (1)
Rgraphviz (19651)
RGSEA (50)
rhdf5 (11107)
rHVDM (1497)
riboSeq (34)
Ringo (3148)
Rintact (13)
RIPSeeker (1673)
Risa (1564)
RLMM (1522)
RMAGEML (18)
rmagpie (1)
Rmagpie (1514)
RMAPPER (1488)
RMassBank (1533)
rMAT (933)
RmiR (1844)
RNAinteract (1534)
RNAither (1615)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1617)
RNASeqPower (1603)
roar (732)
ROC (4816)
Roleswitch (1285)
Rolexa (1664)
rols (1701)
ROntoTools (1503)
RPA (1731)
RpsiXML (1809)
rpx (761)
rqubic (1543)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1370)
rrp (1)
rsamtools (3)
Rsamtools (40442)
rsbml (1913)
rSFFreader (830)
RSNPper (8)
Rsubread (2571)
RSVSim (1449)
rTANDEM (1731)
RTCA (1574)
RTN (1412)
RTools4TB (24)
RTopper (1506)
rtracklayer (36900)
Rtreemix (1560)
rTRM (1355)
rTRMui (1271)
Ruuid (55)
RUVnormalize (1)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (111)
RWebServices (363)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1434)
safe (1754)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1555)
SAGx (1902)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1670)
sangerseqR (742)
SANTA (1373)
sapFinder (718)
savR (644)
SBMLR (1642)
SCAN.UPC (1939)
ScISI (1692)
scsR (661)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1698)
SemDist (2)
SemSim (22)
SeqArray (1542)
seqbias (1721)
seqCNA (1295)
SeqGSEA (2079)
seqLogo (5505)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (53)
SeqVarTools (1336)
shinyMethyl (40)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1240)
ShortRead (14921)
sigaR (1542)
SigFuge (1288)
siggenes (10520)
sigPathway (2120)
SIM (1582)
SimBindProfiles (1222)
simpleaffy (11183)
simulatorAPMS (39)
sizepower (1939)
SJava (455)
SLGI (1535)
slgi (1)
SLqPCR (1904)
SMAP (1519)
SNAGEE (1358)
snapCGH (2009)
snm (1705)
SNPchip (3076)
snpMatrix (282)
snpStats (5418)
SomatiCA (1453)
SomaticSignatures (841)
SpacePAC (1233)
spade (2051)
SpeCond (1577)
SPEM (1336)
SPIA (2879)
spikeLI (1465)
spkTools (1491)
splicegear (1508)
spliceR (1724)
spliceSites (1266)
SplicingGraphs (1516)
splots (2538)
spotSegmentation (1514)
SQUADD (1431)
SRAdb (3304)
sRAP (1388)
sscore (1493)
sSeq (1266)
ssize (1939)
SSPA (1735)
ssviz (45)
stam (5)
STAN (9)
staRank (1445)
Starr (1710)
stepNorm (1503)
stepwiseCM (1477)
Streamer (1696)
STRINGdb (1533)
StudentGWAS (5)
supraHex (1328)
survcomp (3200)
Sushi (813)
sva (6392)
SwimR (1203)
synapter (1617)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1307)
TargetSearch (1617)
TCC (1844)
TDARACNE (1632)
TEQC (1704)
ternarynet (1444)
tfbstools (1)
TFBSTools (1666)
tigre (1602)
tilingArray (2272)
timecourse (1954)
TitanCNA (712)
tkWidgets (6318)
topGO (6943)
trackViewer (755)
tRanslatome (1394)
TransView (1545)
triform (1424)
trigger (1521)
trio (1482)
triplex (1462)
tspair (1647)
TSSi (1555)
TurboNorm (1567)
tweeDEseq (1857)
twilight (2448)
typeinfo (1)
TypeInfo (1557)

U

UNDO (670)
unifiedWMWqPCR (688)
UniProt.ws (1874)

V

VanillaICE (1832)
VariantAnnotation (16091)
VariantFiltering (807)
variants (167)
VariantTools (968)
vbmp (1890)
Vega (1509)
VegaMC (1530)
viper (682)
virtualArray (2167)
vsn (13935)
vtpnet (1272)

W

wateRmelon (2824)
wavClusteR (67)
waveTiling (1481)
weaver (1944)
webbioc (1587)
widgetTools (6235)

X

xcms (17352)
XDE (1555)
xmapbridge (1484)
xmapcore (274)
XML2R (2)
xps (2304)
xtable (1)
XVector (42025)

Y

yaqcaffy (1814)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (57166)