Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-05-04 06:36:57 -0700 (Mon, 04 May 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (157597)
2BiocGenerics (118513)
3IRanges (105578)
4Biobase (105433)
5AnnotationDbi (97705)
6GenomeInfoDb (80555)
7zlibbioc (74535)
8limma (65914)
9Biostrings (64414)
10GenomicRanges (61794)
11XVector (59416)
12annotate (54164)
13S4Vectors (53431)
14Rsamtools (48864)
15genefilter (48416)
16biomaRt (45589)
17graph (44786)
18rtracklayer (43678)
19BiocParallel (43493)
20GenomicFeatures (42056)
21GenomicAlignments (40677)
22preprocessCore (39638)
23affy (38518)
24BSgenome (36378)
25affyio (34108)
26geneplotter (32313)
27edgeR (31928)
28RBGL (28309)
29multtest (28009)
30DESeq2 (26143)
31Rgraphviz (23986)
32VariantAnnotation (23018)
33impute (22329)
34GEOquery (22042)
35DESeq (21873)
36biovizBase (21794)
37rhdf5 (17630)
38Gviz (17563)
39qvalue (16978)
40GSEABase (16634)
41gcrma (16320)
42Category (15398)
43ShortRead (14835)
44AnnotationForge (14727)
45vsn (14296)
46GOstats (13329)
47cummeRbund (13285)
48affyPLM (12613)
49siggenes (12073)
50illuminaio (11842)
51ggbio (11241)
52DNAcopy (10802)
53oligoClasses (10363)
54simpleaffy (10141)
55marray (10028)
56minfi (9743)
57affxparser (9607)
58topGO (9141)
59bumphunter (9135)
60oligo (9131)
61EBImage (9003)
62KEGGREST (8910)
63lumi (8815)
64sva (8748)
65annaffy (8742)
66mzR (8242)
67methylumi (8197)
68OrganismDbi (8171)
69KEGGgraph (7450)
70DynDoc (7423)
71DEXSeq (7291)
72pcaMethods (7266)
73xcms (7264)
74flowCore (6903)
75Heatplus (6592)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201538379948930
Apr/201538861947723
May/2015335558642
All months2773939016829

A

a4 (2247)
a4Base (2469)
a4Classif (2230)
a4Core (2464)
a4Preproc (2483)
a4Reporting (2222)
ABarray (2170)
ABSSeq (1736)
acepack (1)
aCGH (2879)
ACME (2159)
ADaCGH2 (2006)
adSplit (2013)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (9607)
affy (38518)
affycomp (3058)
AffyCompatible (2256)
affyContam (2075)
affycoretools (5398)
affydata (2)
AffyExpress (2219)
affyILM (1976)
affyio (34108)
affylmGUI (3154)
affyPara (1965)
affypdnn (2390)
affyPLM (12613)
affyqcreport (2)
affyQCReport (5491)
AffyRNADegradation (1924)
AffyTiling (1993)
AGDEX (1887)
Agi4x44PreProcess (578)
agilp (2357)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2423)
AIMS (134)
ALDEx2 (872)
AllelicImbalance (1847)
alsace (1623)
altcdfenvs (2045)
ampliQueso (1694)
AnalysisPageServer (85)
annaffy (8742)
AnnBuilder (26)
annmap (1012)
annotate (54164)
annotation (227)
AnnotationDbi (97705)
AnnotationForge (14727)
AnnotationFuncs (2031)
AnnotationHub (3395)
annotationTools (2677)
anota (2026)
antiProfiles (1786)
apcluster (1)
apComplex (2092)
applera (1)
aroma.light (5125)
ArrayExpress (4498)
ArrayExpressHTS (1190)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1899)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2575)
arrayQualityMetrics (5200)
arrays (335)
ArrayTools (2386)
ArrayTV (1751)
ARRmNormalization (1749)
ASEB (1798)
ASGSCA (820)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1547)
ASSET (1732)
ASSIGN (1589)
AtlasRDF (1658)
attract (1861)

B

BAC (1825)
BADER (1744)
BAGS (1662)
ballgown (1311)
bamsignals (86)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1758)
Basic4Cseq (1796)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2879)
baySeq (4477)
BBmisc (1)
BCRANK (2132)
beadarray (6461)
beadarraySNP (2077)
BeadDataPackR (5838)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1569)
BEclear (71)
betr (2059)
bgafun (1806)
BGmix (1073)
bgx (1885)
BHC (2235)
BicARE (1961)
BiGGR (1745)
bigmemoryExtras (1089)
bioassayR (2014)
Biobase (105433)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1915)
BiocCheck (2384)
biocDatasets (24)
BiocGenerics (118513)
biocGraph (2022)
BiocInstaller (157597)
biocinstaller (3)
BiocParallel (43493)
BiocStyle (5248)
biocViews (3136)
bioDist (4141)
biomaRt (45589)
BioMVCClass (1943)
biomvRCNS (1785)
BioNet (3123)
BioSeqClass (2011)
Biostrings (64414)
biosvd (1606)
biovizBase (21794)
BiRewire (1798)
birta (1824)
birte (96)
BiSeq (2316)
bitops (1)
BitSeq (2497)
blima (889)
BRAIN (2186)
BrainStars (1820)
brew (1)
bridge (1870)
BridgeDbR (789)
BrowserViz (75)
BrowserVizDemo (46)
BSgenome (36378)
bsseq (2818)
BubbleTree (78)
BufferedMatrix (1903)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1841)
bumphunter (9135)
BUS (1744)

C

CAFE (1591)
CAGEr (2026)
CALIB (1783)
CAMERA (3409)
canceR (83)
cancerclass (1774)
CancerMutationAnalysis (1901)
CAnD (72)
caOmicsV (1)
Cardinal (104)
casper (1813)
Category (15398)
categoryCompare (1773)
CausalR (1)
ccrepe (1561)
cellGrowth (1754)
cellhts (1)
cellHTS (1825)
cellHTS2 (2683)
CellNOptR (2165)
CexoR (1661)
CFAssay (746)
CGEN (1968)
CGHbase (2442)
CGHcall (2307)
cghcall (1)
cghMCR (3072)
CGHnormaliter (1765)
CGHregions (1848)
ChAMP (2797)
charm (2055)
checkmate (1)
ChemmineOB (2397)
ChemmineR (3729)
chemminer (3)
chimera (2775)
chipenrich (1665)
ChIPpeakAnno (6053)
ChIPQC (1845)
ChIPseeker (2461)
chipseq (3908)
ChIPseqR (2035)
ChIPsim (1978)
ChIPXpress (956)
chopsticks (2045)
chroGPS (1697)
chromDraw (76)
ChromHeatMap (1853)
ChromoViz (2)
cisPath (1738)
ClassifyR (817)
cleanUpdTSeq (1549)
cleaver (1977)
clippda (1692)
clipper (1878)
Clomial (1478)
Clonality (1697)
clonotypeR (1565)
clst (1683)
clstutils (1593)
clusterProfiler (3810)
clusterStab (1873)
CMA (2377)
cn.farms (1698)
cn.mops (3064)
CNAnorm (1833)
CNEr (1816)
CNORdt (1661)
CNORfeeder (1602)
CNORfuzzy (1657)
CNORode (1723)
CNTools (2093)
cnvGSA (1653)
CNVrd2 (1596)
CNVtools (1887)
cnvtools (1)
cobindR (1571)
CoCiteStats (1788)
codelink (1791)
CODEX (156)
CoGAPS (963)
cogena (88)
coGPS (1581)
COHCAP (1697)
colorspace (1)
coMET (110)
COMPASS (1496)
compcodeR (1697)
compEpiTools (840)
CompGO (1502)
ComplexHeatmap (155)
ConsensusClusterPlus (3083)
conumee (89)
convert (2966)
copa (1799)
COPDSexualDimorphism (1447)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2053)
CopyNumber450k (1534)
CopywriteR (88)
CoRegNet (807)
Cormotif (1649)
CorMut (1683)
coRNAi (1625)
CORREP (1693)
cosmiq (787)
cosmo (107)
cosmoGUI (128)
COSNet (714)
CoverageView (971)
cpvSNP (73)
cqn (2308)
CRImage (1916)
CRISPRseek (1720)
crlmm (3064)
CSAR (2110)
csaw (857)
CSSP (1534)
ctc (3985)
cummeRbund (13285)
cummerbund (1)
customProDB (1661)
cycle (1727)
cytofkit (79)

D

dagLogo (1522)
dama (2)
daMA (1647)
DART (1635)
DASiR (1569)
DAVIDQuery (2146)
DBChIP (1845)
DBI (1)
ddCt (2151)
ddgraph (1687)
DECIPHER (1984)
DeconRNASeq (1709)
DEDS (1718)
deepSNV (1865)
DEGraph (1964)
DEGreport (790)
DEGseq (3610)
degseq (1)
deltaGseg (1513)
DeMAND (3)
derfinder (890)
derfinderData (4)
derfinderHelper (883)
derfinderPlot (778)
DESeq (21873)
DESeq2 (26143)
DEXSeq (7291)
dexus (1672)
DFP (1665)
dichromat (1)
DiffBind (3961)
diffGeneAnalysis (1733)
diffHic (73)
digest (1)
diggit (67)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2192)
dks (1575)
DMRcaller (68)
DMRcate (1696)
DMRforPairs (1501)
DNAcopy (10802)
DNaseR (1595)
domainsignatures (1717)
DOQTL (862)
DOSE (4250)
DriverNet (1680)
DrugVsDisease (1737)
DSS (2048)
DTA (1624)
dualKS (1606)
DupChecker (743)
dyebias (1689)
DynDoc (7423)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1885)
easyRNASeq (3970)
EBarrays (2418)
EBcoexpress (1711)
EBImage (9003)
EBSeq (3433)
EBSeqHMM (758)
ecolitk (1730)
EDASeq (3397)
edd (48)
EDDA (1577)
edge (108)
edgeR (31928)
eiR (1033)
eisa (2031)
ELBOW (1455)
ELMER.data (8)
EMDomics (80)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (71)
ENmix (90)
EnrichmentBrowser (848)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (87)
ensemblVEP (2324)
ENVISIONQuery (1645)
epigenomix (1637)
epivizr (1935)
eQTL (26)
erccdashboard (813)
ExiMiR (1743)
exomeCopy (2253)
exomePeak (1680)
exonfindR (255)
exonmap (96)
explorase (1224)
ExpressionView (1697)
externalVector (171)

F

fabia (2296)
facopy (735)
facopy.annot (5)
factDesign (1873)
fail (1)
farms (1838)
fastLiquidAssociation (1170)
fastseg (1694)
fbat (33)
fdrame (1738)
FEM (779)
ffpe (1671)
FGNet (1896)
FISHalyseR (72)
flagme (1742)
flipflop (1582)
flowBeads (1504)
flowBin (1446)
flowcatchR (756)
flowCHIC (745)
flowCL (1462)
flowClean (814)
flowClust (2799)
flowCore (6903)
flowCyBar (1444)
flowDensity (934)
flowFit (1524)
flowFlowJo (1733)
flowFP (1916)
flowMap (1590)
flowMatch (1450)
flowMeans (2097)
flowMerge (1948)
flowPeaks (1767)
flowPhyto (1586)
flowPlots (1700)
flowq (1)
flowQ (1364)
flowQB (1640)
FlowRepositoryR (71)
FlowSOM (93)
flowStats (3892)
flowTrans (1810)
flowType (1810)
flowUtils (2065)
flowViz (5479)
flowVS (79)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4711)
fmcsR (2372)
focalCall (737)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (780)
FRGEpistasis (1395)
frma (2582)
frmaTools (1852)
FunciSNP (1814)

G

gaga (1859)
gage (4683)
gaggle (1651)
gaia (1614)
gaucho (1429)
gCMAP (1843)
gCMAPWeb (1587)
gcrma (16320)
gdsfmt (1643)
geecc (736)
genArise (1653)
GENE.E (1925)
gene2pathway (145)
GeneAnswers (2617)
GeneExpressionSignature (1761)
genefilter (48416)
genefu (2262)
GeneGA (982)
GeneGroupAnalysis (144)
GeneMeta (2129)
GeneNetworkBuilder (1733)
GeneOverlap (1549)
geneplotter (32313)
GeneR (55)
geneRecommender (1790)
GeneRegionScan (1638)
generegulation (56)
GeneRfold (27)
geneRxCluster (1432)
GeneSelectMMD (1624)
GeneSelector (1927)
GENESIS (69)
GeneSpring (39)
geNetClassifier (1726)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1723)
GeneticsPed (1803)
GeneTraffic (45)
GeneTS (5)
genoCN (1680)
genomation (113)
GenomeGraphs (3566)
GenomeInfoDb (80555)
genomeIntervals (4654)
genomes (1958)
GenomicAlignments (40677)
GenomicFeatures (42056)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1844)
GenomicInteractions (744)
GenomicRanges (61794)
GenomicTuples (768)
Genominator (2152)
genoset (2560)
GenoView (716)
GEOmetadb (2691)
GEOquery (22042)
geoquery (1)
GEOsubmission (1660)
gespeR (74)
GEWIST (1519)
gff3Plotter (4)
GGBase (3002)
ggbio (11241)
GGtools (2383)
ggtree (200)
girafe (2042)
GLAD (2609)
GlobalAncova (2100)
globaltest (4159)
gmapR (969)
GOexpress (915)
GOFunction (1989)
GoogleGenomics (71)
goProfiles (2238)
goprofiles (2)
GOSemSim (5029)
goseq (5010)
GOSim (2026)
gostats (1)
GOstats (13329)
GOsummaries (885)
GOTHiC (1448)
goTools (2295)
gpls (2374)
gprege (1579)
gQTLBase (124)
gQTLstats (134)
graph (44786)
GraphAlignment (1680)
GraphAT (1639)
graphite (3176)
GraphPAC (1557)
GRENITS (1698)
GreyListChIP (75)
grndata (4)
groHMM (760)
GSAR (823)
GSBenchMark (4)
GSCA (1494)
gseabase (1)
GSEABase (16634)
GSEAlm (2191)
GSReg (729)
GSRI (1676)
GSVA (2427)
gtrellis (72)
Gviz (17563)
gwascat (2142)
GWASTools (3034)

H

h5vc (1673)
hapFabia (1640)
Harshlight (1681)
HCsnip (1593)
HDTD (769)
Heatplus (6592)
HELP (1678)
HEM (1635)
hexbin (142)
hiAnnotator (786)
HIBAG (82)
highthroughputassays (20)
HilbertVis (2810)
HilbertVisGUI (1310)
hiReadsProcessor (716)
HiTC (1795)
Hmisc (1)
HMMcopy (1874)
hopach (2956)
hpar (1937)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2808)
HTSanalyzeR (2075)
HTSeqGenie (405)
htseqtools (2)
htSeqTools (1992)
HTSFilter (1855)
HybridMTest (1556)
hyperdraw (1913)
hypergraph (2499)

I

iASeq (1633)
iBBiG (1644)
ibh (1549)
iBMQ (1554)
Icens (3099)
iChip (1616)
iClusterPlus (4819)
IdeoViz (758)
idiogram (1712)
IdMappingAnalysis (1539)
IdMappingRetrieval (1566)
iFlow (115)
illuminaio (11842)
imageHTS (1767)
immunoClust (69)
IMPCdata (666)
impute (22329)
InPAS (72)
INPower (1367)
inSilicoDb (2310)
inSilicoMerging (2320)
intansv (1601)
interactiveDisplay (4520)
interactiveDisplayBase (3260)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (6)
inveRsion (1584)
inversion (1)
iontree (1554)
iPAC (1645)
IPPD (1840)
IRanges (105578)
iSeq (1626)
isobar (2111)
IsoGeneGUI (1669)
iSPlot (2)
ITALICS (1623)
iterativeBMA (1633)
iterativeBMAsurv (1602)
iterators (1)
IVAS (67)

J

jmosaics (1526)
joda (1603)

K

KCsmart (1669)
kebabs (828)
KEGGgraph (7450)
keggorth (19)
keggorthology (1910)
KEGGprofile (2246)
KEGGREST (8910)
KEGGSOAP (289)

L

labeling (1)
lapmix (1629)
latticeExtra (1)
LBE (1879)
LEA (90)
les (1693)
limma (65914)
limmaGUI (2785)
LiquidAssociation (1656)
liquidassociation (1)
lmdme (1636)
LMGene (1867)
logicFS (2225)
logitt (1)
logitT (1639)
lol (1591)
LowMACA (71)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2029)
LPEadj (1616)
lpNet (1526)
lumi (8815)
LVSmiRNA (1735)

M

M3D (777)
maanova (2352)
macat (1659)
maCorrPlot (1605)
maDB (167)
madb (1)
made4 (3980)
maigesPack (1659)
MAIT (825)
makecdfenv (3166)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1653)
manta (1599)
MantelCorr (1620)
mAPKL (96)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1546)
marray (10028)
maSigPro (2613)
maskBAD (1562)
MassArray (1654)
massiR (1422)
MassSpecWavelet (3236)
matchBox (1556)
matchprobes (105)
MatrixRider (64)
MBAmethyl (677)
MBASED (765)
MBCB (1662)
mBPCR (1613)
mcaGUI (1614)
MCRestimate (1720)
mdgsa (80)
mdqc (1777)
MeasurementError.cor (1535)
MEDIPS (2392)
MEDME (1655)
MEIGOR (707)
MergeMaid (2167)
MeSHDbi (1721)
meshr (1503)
MeSHSim (75)
messina (1386)
metaArray (2145)
Metab (749)
metabomxtr (696)
metagene (734)
metagenomeSeq (3419)
metahdep (1606)
metaMS (1569)
metaSeq (1586)
metaseqR (1566)
MethTargetedNGS (64)
methVisual (1701)
methyAnalysis (2287)
MethylAid (866)
MethylMix (809)
methylMnM (1586)
methylPipe (953)
MethylSeekR (1789)
methylumi (8197)
Mfuzz (3744)
mfuzz (1)
MGFM (704)
mgsa (1761)
MiChip (1595)
microRNA (2351)
MIMOSA (1413)
MineICA (1569)
minet (4238)
minfi (9743)
MinimumDistance (1639)
MiPP (1630)
MiRaGE (1629)
miRNApath (1816)
miRNAtap (756)
Mirsynergy (1421)
missMethyl (836)
mitoODE (1398)
MLInterfaces (3048)
MLP (1620)
MLSeq (1616)
MMDiff (1640)
mmnet (1545)
MmPalateMiRNA (1643)
mogsa (66)
monocle (1178)
MoPS (722)
mosaics (1900)
MotifDb (2733)
motifRG (1690)
motifStack (2719)
MotIV (2966)
MPFE (659)
mQTL.NMR (719)
msa (89)
MSGFgui (871)
MSGFplus (906)
MSIseqData (4)
msmsEDA (1573)
msmsTests (1533)
MSnbase (3684)
MSnID (862)
msQC (50)
MSstats (1936)
Mulcom (1774)
MultiMed (683)
multiscan (1587)
multtest (28009)
munsell (1)
muscle (126)
MVCClass (1762)
mvGST (727)
mygene (1035)
mzID (2831)
mzR (8242)

N

NanoStringQCPro (83)
NarrowPeaks (1649)
ncdfFlow (4099)
NCIgraph (2016)
neaGUI (1663)
nem (1752)
netbenchmark (89)
netbiov (793)
nethet (74)
NetPathMiner (1506)
netresponse (1606)
NetSAM (1509)
networkBMA (1648)
NGScopy (694)
NGScopyData (4)
nnNorm (1620)
NOISeq (3440)
nondetects (1422)
NormqPCR (2131)
npGSEA (1487)
NTW (1538)
nucler (1)
nucleR (1749)
nudge (1582)
NuPoP (1610)

O

occugene (1566)
OCplus (1814)
OGSA (1)
oligo (9131)
oligoClasses (10363)
oligoclasses (1)
OLIN (1719)
OLINgui (1595)
omicade4 (1729)
OmicCircos (2297)
OmicsMarkeR (69)
OncoSimulR (564)
oneChannelGUI (2415)
ontoCAT (1754)
ontoTools (40)
openCyto (1879)
oposSOM (847)
OrderedList (2636)
org.Hs.eg.db (2)
OrganismDbi (8171)
OSAT (1555)
OTUbase (1706)
OutlierD (1739)

P

PAA (750)
PADOG (1627)
paircompviz (1499)
pairseqsim (3)
pamr (49)
pandaR (87)
PAnnBuilder (1764)
panp (1769)
PANR (1585)
PAPi (1592)
parglms (66)
parody (2172)
pathifier (1592)
PathNet (1582)
pathRender (1682)
pathview (5971)
PatientGeneSets (43)
paxtoolsr (909)
Pbase (747)
pcaGoPromoter (1761)
pcaMethods (7266)
pcot2 (1674)
PCpheno (1578)
pdInfoBuilder (2358)
pdmclass (1646)
PECA (1463)
pepDat (4)
pepStat (698)
pepXMLTab (692)
PGSEA (2290)
pgUtils (209)
phenoDist (1559)
phenoTest (1764)
PhenStat (1401)
phyloseq (5779)
piano (2520)
pickgene (1590)
PICS (2217)
PING (1705)
pint (1652)
pkgDepTools (1900)
plateCore (1674)
plethy (1507)
plgem (1657)
plier (2929)
PLPE (1618)
plrs (1537)
plw (1581)
plyr (1)
pmm (63)
podkat (67)
polyester (808)
Polyfit (729)
ppiStats (1696)
prada (3298)
prebs (1571)
PREDA (1607)
predictionet (930)
preprocessCore (39638)
proBAMr (653)
PROcess (2234)
procoil (1534)
ProCoNA (1516)
pRoloc (1806)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (781)
PROMISE (1574)
PROPER (81)
prot2D (1560)
proteinProfiles (1465)
proteoQC (763)
ProtGenerics (339)
PSEA (687)
PSICQUIC (1776)
puma (1973)
pvac (1621)
pvca (1766)
Pviz (775)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2025)
pwOmics (40)

Q

qcmetrics (1457)
QDNAseq (1678)
qpcrNorm (1698)
qpgraph (2634)
qrqc (2059)
QUALIFIER (1590)
quantro (763)
quantsmooth (3612)
QuartPAC (71)
QuasR (3019)
qusage (1531)
qvalue (16978)

R

R3CPET (63)
r3Cseq (1741)
R453Plus1Toolbox (1688)
rain (765)
rama (1797)
RamiGO (2107)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1554)
RankProd (3946)
Rariant (1422)
RbcBook1 (1773)
RBGL (28309)
rbioinf (1)
RBioinf (1754)
rBiopaxParser (1802)
RBM (77)
Rbowtie (3135)
rbsurv (1654)
Rcade (1567)
RCASPAR (1535)
rcellminer (85)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1447)
RchyOptimyx (1667)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1978)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (49)
RCytoscape (3700)
RDAVIDWebService (2832)
Rdbi (37)
RdbiPgSQL (17)
Rdisop (2056)
RDRToolbox (2146)
ReactomePA (2582)
ReadqPCR (2156)
reb (1583)
RedeR (2266)
REDseq (1720)
RefNet (1427)
RefPlus (1668)
regioneR (70)
regionReport (728)
Repitools (3048)
ReportingTools (5880)
ReQON (1583)
Resourcerer (992)
rflowcyt (37)
rfPred (1454)
rGADEM (3367)
RGalaxy (1664)
Rgraphviz (23986)
rGREAT (71)
RGSEA (785)
rgsepd (72)
rhdf5 (17630)
Rhtslib (121)
rHVDM (1625)
riboSeq (48)
riboSeqR (770)
ringo (1)
Ringo (3470)
Rintact (26)
RIPSeeker (1754)
Risa (1608)
RLMM (1559)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1608)
RMAPPER (942)
RMassBank (1694)
rMAT (1073)
RmiR (1868)
RNAinteract (1584)
RNAither (1662)
rnaither (1)
RNAprobR (65)
rnaseqGene (554)
rnaSeqMap (1806)
RNASeqPower (1858)
RnaSeqSampleSize (77)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (130)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (710)
roar (1395)
ROC (5078)
Roleswitch (1484)
Rolexa (1707)
rols (1953)
ROntoTools (1689)
RPA (1751)
RpsiXML (1849)
rpx (1876)
Rqc (742)
rqubic (1670)
rRDP (696)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1527)
rsamtools (3)
Rsamtools (48864)
rsbml (2146)
rSFFreader (952)
RSNPper (15)
RSQLite (1)
Rsubread (3824)
RSVSim (1636)
rTANDEM (2042)
RTCA (1677)
RTN (1674)
RTools4TB (33)
RTopper (1601)
rtracklayer (43678)
Rtreemix (1571)
rTRM (1506)
rTRMui (1454)
Ruuid (52)
RUVcorr (64)
RUVnormalize (745)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1416)
RWebServices (325)

S

S4Vectors (53431)
safe (2026)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1587)
SAGx (2024)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1675)
sangerseqR (2134)
SANTA (1511)
sapFinder (1414)
saps (84)
savR (1467)
SBMLR (1674)
scales (1)
SCAN.UPC (2000)
ScISI (1739)
SCLCBam (4)
scsR (1366)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1752)
SELEX (65)
SemDist (674)
SemSim (11)
sendmailR (1)
seq2pathway (76)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1677)
seqbias (1770)
seqCNA (1512)
SeqGSEA (2276)
seqLogo (6392)
Seqnames (1)
seqPattern (70)
seqplots (868)
seqTools (748)
SequenceAnalysis (5)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1522)
SGSeq (709)
shinyMethyl (971)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1527)
ShortRead (14835)
sidap (5)
sigaR (1647)
SigCheck (705)
SigFuge (1492)
siggenes (12073)
sigPathway (2219)
sigsquared (65)
SIM (1655)
SIMAT (68)
SimBindProfiles (1431)
similaRpeak (68)
simpleaffy (10141)
simulatorAPMS (31)
simulatorZ (691)
sincell (102)
sizepower (1849)
SJava (396)
skewr (68)
SLGI (1681)
slgi (1)
SLqPCR (1786)
SMAP (1573)
SNAGEE (1471)
snapCGH (2093)
snm (1842)
SNPchip (3219)
snpMatrix (233)
SNPRelate (1659)
snpStats (5877)
soGGi (71)
SomatiCA (1532)
SomaticSignatures (1692)
SpacePAC (1466)
spade (2132)
specL (711)
SpeCond (1669)
SPEM (1450)
SPIA (3254)
spikeLI (1536)
spkTools (1565)
splicegear (1593)
spliceR (2028)
spliceSites (1465)
SplicingGraphs (1671)
splots (2752)
spotSegmentation (1734)
SQUADD (1488)
SRAdb (4306)
sRAP (1731)
sscore (1539)
sSeq (1532)
ssize (1965)
SSPA (1782)
ssviz (739)
stam (9)
STAN (759)
staRank (1488)
Starr (1747)
STATegRa (722)
stepNorm (1559)
stepwiseCM (1536)
Streamer (1626)
STRINGdb (2029)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1859)
survcomp (3787)
Sushi (1904)
sva (8748)
SVM2CRM (66)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1371)
switchBox (704)
synapter (1879)
systemPipeR (1156)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1486)
TargetSearch (1669)
TCC (2118)
TDARACNE (1677)
TEQC (1747)
ternarynet (1480)
tfbstools (1)
TFBSTools (2023)
tigre (1624)
tilingArray (2205)
timecourse (2097)
TIN (79)
TitanCNA (1507)
tkWidgets (6251)
ToPASeq (767)
topGO (9141)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (69)
tracktables (684)
trackViewer (1558)
tRanslatome (1614)
TransView (1596)
triform (1487)
trigger (1580)
trio (1716)
triplex (1534)
TRONCO (80)
TSCAN (674)
tspair (1757)
TSSi (1590)
TurboNorm (1604)
tweeDEseq (1788)
twilight (2772)
typeinfo (1)
TypeInfo (1560)

U

UNDO (1389)
unifiedWMWqPCR (1399)
UniProt.ws (2211)

V

VanillaICE (1894)
VariantAnnotation (23018)
VariantFiltering (1714)
variants (154)
VariantTools (908)
vbmp (2076)
Vega (1555)
VegaMC (1550)
viper (1452)
virtualArray (1232)
vsn (14296)
vtpnet (1520)

W

wateRmelon (3237)
wavClusteR (791)
waveTiling (1517)
weaver (1887)
webbioc (1664)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6416)

X

xcms (7264)
XDE (1575)
xmapbridge (1557)
xmapcore (99)
XML (1)
xps (2250)
XVector (59416)

Y

yaqcaffy (1886)

Z

zlibbioc (74535)