Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-09-15 09:42:39 -0700 (Mon, 15 Sep 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (128853)
2BiocGenerics (97800)
3IRanges (95037)
4Biobase (92991)
5AnnotationDbi (80123)
6zlibbioc (59822)
7limma (59769)
8Biostrings (54845)
9GenomicRanges (51963)
10annotate (47657)
11XVector (44003)
12genefilter (42549)
13Rsamtools (42140)
14biomaRt (40638)
15rtracklayer (38433)
16affy (37705)
17graph (36957)
18preprocessCore (36430)
19GenomicFeatures (36366)
20BSgenome (34853)
21affyio (33432)
22GenomeInfoDb (30437)
23geneplotter (27199)
24edgeR (26450)
25multtest (26246)
26RBGL (22823)
27DESeq (22603)
28Rgraphviz (20593)
29impute (20508)
30flowCore (19831)
31biovizBase (19071)
32GEOquery (18626)
33mzR (17892)
34xcms (17676)
35gcrma (17166)
36VariantAnnotation (16967)
37DESeq2 (16627)
38GenomicAlignments (16498)
39BiocParallel (16130)
40ShortRead (15625)
41qvalue (14624)
42vsn (14494)
43Gviz (13967)
44AnnotationForge (13520)
45GSEABase (13229)
46affyPLM (13117)
47cummeRbund (12829)
48rhdf5 (12214)
49Category (12100)
50simpleaffy (11635)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201436749681886
Sep/201423964358417
All months2577678920395

A

a4 (2336)
a4Base (2431)
a4Classif (2295)
a4Core (2442)
a4Preproc (2451)
a4Reporting (2251)
ABarray (2237)
ABSSeq (891)
aCGH (2985)
ACME (2199)
ADaCGH2 (2059)
adSplit (2072)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10235)
affy (37705)
affycomp (3142)
AffyCompatible (2329)
affyContam (2099)
affycoretools (5178)
affydata (1)
AffyExpress (2324)
affyILM (2035)
affyio (33432)
affylmGUI (3302)
affyPara (2052)
affypdnn (2408)
affyPLM (13117)
affyQCReport (6322)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (2048)
AffyTiling (2181)
AGDEX (1936)
Agi4x44PreProcess (1690)
agilp (2294)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2445)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1663)
alsace (856)
altcdfenvs (2120)
ampliQueso (1613)
annaffy (9601)
AnnBuilder (30)
annmap (967)
annotate (47657)
annotation (305)
AnnotationDbi (80123)
AnnotationForge (13520)
AnnotationFuncs (2128)
AnnotationHub (3076)
annotationTools (2661)
anota (2053)
antiProfiles (1861)
apcluster (1)
apComplex (2196)
aroma.light (5317)
ArrayExpress (4578)
ArrayExpressHTS (1132)
arrayMagic (9)
arrayMvout (1991)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2620)
arrayQualityMetrics (4989)
arrays (508)
ArrayTools (2387)
ArrayTV (1665)
ARRmNormalization (1734)
ASEB (1826)
asmn (888)
ASSET (1476)
ASSIGN (845)
AtlasRDF (869)
attract (1935)

B

BAC (1872)
BADER (1741)
BAGS (1548)
ballgown (53)
BaseSpaceR (1769)
Basic4Cseq (909)
BayesPeak (2895)
baySeq (4188)
bcellViper (3)
BCRANK (2225)
beadarray (6569)
beadarraySNP (2170)
BeadDataPackR (5951)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (2)
BEAT (874)
betr (2069)
bgafun (1989)
BGmix (1012)
bgx (1940)
BHC (2390)
BicARE (1976)
BiGGR (1621)
bigmemoryExtras (1066)
bioassayR (1808)
Biobase (92991)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2000)
BiocCheck (1038)
biocDatasets (30)
BiocGenerics (97800)
biocGraph (2148)
BiocInstaller (128853)
biocinstaller (2)
BiocParallel (16130)
BiocStyle (3364)
biocViews (2539)
bioDist (4498)
biomaRt (40638)
BioMVCClass (2161)
biomvRCNS (1612)
BioNet (3140)
BioSeqClass (2015)
Biostrings (54845)
biostrings (1)
biosvd (861)
biovizbase (1)
biovizBase (19071)
BiRewire (1551)
birta (1879)
BiSeq (2179)
BitSeq (2410)
blima (86)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2116)
BrainStars (1869)
bridge (1928)
BSgenome (34853)
bsseq (2327)
BufferedMatrix (1861)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1811)
bumphunter (7404)
BUS (1751)

C

CAFE (811)
CAGEr (1834)
CALIB (1762)
CAMERA (3042)
cancerclass (1730)
CancerMutationAnalysis (1808)
casper (1679)
Category (12100)
categoryCompare (1765)
ccrepe (867)
cellGrowth (1696)
cellhts (1)
cellHTS (1836)
cellHTS2 (2653)
CellNOptR (2026)
CexoR (1460)
CGEN (1865)
CGHbase (2349)
CGHcall (2179)
cghcall (1)
cghMCR (1846)
CGHnormaliter (1739)
CGHregions (1803)
ChAMP (2404)
ChAMPdata (3)
charm (2024)
ChemmineOB (1940)
ChemmineR (3229)
chemminer (3)
chimera (2473)
chipenrich (1460)
ChIPpeakAnno (4743)
ChIPQC (957)
ChIPseeker (1094)
chipseq (3801)
ChIPseqR (1977)
ChIPsim (1912)
ChIPXpress (867)
chopsticks (2094)
chroGPS (1658)
ChromHeatMap (1863)
cisPath (1654)
ClassifyR (5)
cleanUpdTSeq (1421)
cleaver (1734)
clippda (1694)
clipper (1826)
Clomial (790)
Clonality (1754)
clonotypeR (1408)
clst (1701)
clstutils (1661)
clusterProfiler (3176)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2007)
CMA (2451)
cn.farms (1731)
cn.mops (2862)
cnanorm (1)
CNAnorm (1871)
CNEr (948)
CNORdt (1613)
CNORfeeder (1574)
CNORfuzzy (1626)
CNORode (1648)
CNTools (2011)
cnvGSA (1680)
CNVrd2 (1372)
CNVtools (1909)
cnvtools (1)
cobindR (1415)
CoCiteStats (1839)
codelink (1804)
CoGAPS (457)
coGPS (1610)
COHCAP (940)
COHCAPanno (3)
COMPASS (829)
compcodeR (934)
compEpiTools (10)
CompGO (828)
ConsensusClusterPlus (2823)
convert (2944)
copa (1883)
COPDSexualDimorphism (782)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1834)
CopyNumber450k (819)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1631)
CorMut (1680)
coRNAi (1662)
CORREP (1727)
cosmiq (55)
cosmo (166)
cosmoGUI (206)
CoverageView (486)
cqn (2397)
CRImage (1979)
CRISPRseek (919)
crlmm (3316)
CSAR (2126)
CSSP (1416)
ctc (4132)
cummeRbund (12829)
customProDB (1514)
cycle (1829)

D

dagLogo (1373)
dama (2)
daMA (1674)
DART (1693)
DASiR (1717)
DAVIDQuery (2299)
DBChIP (1811)
ddCt (2215)
ddgraph (1716)
DECIPHER (1878)
DeconRNASeq (1687)
DEDS (1774)
deepSNV (1846)
DEGraph (1942)
DEGreport (58)
DEGseq (3755)
deltaGseg (1520)
DESeq (22603)
DESeq2 (16627)
DEXSeq (7354)
dexus (1668)
DFP (1647)
DiffBind (3718)
diffGeneAnalysis (1879)
DirichletMultinomial (1840)
dks (1612)
DMRcate (878)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (801)
DNAcopy (9809)
DNaseR (1490)
domainsignatures (1792)
DOQTL (58)
DOSE (3398)
DriverNet (1631)
DrugVsDisease (1636)
DSS (1904)
DTA (1634)
dualKS (1157)
DupChecker (48)
dyebias (1677)
DynDoc (8176)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1823)
easyRNASeq (4465)
EBarrays (2314)
EBcoexpress (1782)
EBImage (7738)
EBSeq (3089)
ecolitk (1752)
EDASeq (2742)
edd (64)
EDDA (824)
edger (1)
edgeR (26450)
eiR (877)
eisa (2147)
ELBOW (809)
ensemblVEP (2309)
ENVISIONQuery (1689)
epigenomix (1585)
epivizr (1557)
eQTL (26)
erccdashboard (4)
ExiMiR (1749)
exomeCopy (2258)
exomePeak (1454)
exonmap (117)
explorase (1362)
ExpressionView (1730)
expressionview (1)
externalVector (375)

F

fabia (2206)
facopy.annot (4)
factDesign (1957)
farms (1891)
fastLiquidAssociation (784)
fastseg (1755)
fbat (31)
fdrame (1802)
ffpe (1654)
FGNet (1566)
flagme (1761)
flipflop (1347)
flowBeads (1418)
flowBin (841)
flowCL (797)
flowClean (54)
flowClust (2741)
flowCore (19831)
flowCyBar (799)
flowDensity (61)
flowFit (1389)
flowFlowJo (1839)
flowFP (1932)
flowMap (1436)
flowMatch (812)
flowMeans (2159)
flowMerge (1987)
flowPeaks (1745)
flowPhyto (1664)
flowPlots (1738)
flowQ (1305)
flowq (1)
flowQB (1609)
flowStats (3245)
flowTrans (1839)
flowType (1881)
flowUtils (2046)
flowViz (5163)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3927)
fmcsR (2138)
fOptions (1)
FRGEpistasis (790)
frma (2715)
frmaTools (1910)
FunciSNP (1846)

G

gaga (1812)
gage (4145)
gaggle (1681)
gaia (1660)
gaucho (784)
gCMAP (1699)
gCMAPWeb (1570)
gcrma (17166)
genArise (1649)
GENE.E (1832)
gene2pathway (263)
GeneAnswers (3683)
GeneExpressionSignature (1742)
genefilter (42549)
genefu (2198)
GeneGA (957)
GeneGroupAnalysis (339)
GeneMeta (2177)
GeneNetworkBuilder (1683)
GeneOverlap (873)
geneplotter (27199)
GeneR (79)
geneRecommender (1917)
GeneRegionScan (1674)
generegulation (113)
GeneRfold (41)
geneRxCluster (825)
GeneSelectMMD (1700)
GeneSelector (2013)
GeneSpring (24)
geNetClassifier (1590)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1752)
GeneticsPed (1939)
GeneTraffic (61)
GeneTS (3)
genoCN (1689)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3758)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (30437)
genomeIntervals (4419)
genomes (1935)
GenomicAlignments (16498)
GenomicFeatures (36366)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (873)
GenomicRanges (51963)
Genominator (2190)
genoset (2560)
GenoView (1)
GEOmetadb (2779)
GEOquery (18626)
GEOsubmission (1684)
GEWIST (1591)
gff3Plotter (4)
GGBase (3317)
ggbio (10819)
GGtools (2564)
girafe (2005)
GLAD (2451)
GlobalAncova (2111)
globaltest (4004)
gmapR (1066)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (2005)
goProfiles (2142)
goprofiles (2)
GOSemSim (4190)
gosemsim (1)
goseq (4443)
GOSim (1945)
GOstats (11393)
GOTHiC (858)
goTools (2395)
gpls (2463)
gprege (1608)
graph (36957)
GraphAlignment (1702)
GraphAT (1690)
graphite (2800)
GraphPAC (1512)
GRENITS (1794)
GSAR (71)
GSBenchMark (4)
GSCA (765)
GSEABase (13229)
GSEAlm (2274)
GSReg (17)
GSRI (1676)
GSVA (2428)
Gviz (13967)
gwascat (1869)
GWASTools (2923)

H

h5vc (1553)
hapFabia (1630)
Harshlight (1719)
HCsnip (1484)
HDTD (63)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6040)
HELP (1689)
HEM (1634)
hem (1)
hexbin (195)
hiAnnotator (77)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (3072)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1542)
hiReadsProcessor (3)
HiTC (1781)
HMMcopy (1800)
hopach (2918)
hpar (1762)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2680)
HTSanalyzeR (2152)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (442)
htseqtools (2)
htSeqTools (1992)
HTSFilter (1793)
HybridMTest (1615)
hyperdraw (1834)
hypergraph (2347)

I

iASeq (1830)
iBBiG (1648)
ibh (1566)
iBMQ (1484)
Icens (3261)
iChip (1641)
iClusterPlus (895)
idiogram (1740)
IdMappingAnalysis (1587)
IdMappingRetrieval (1607)
iFlow (320)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8809)
imageHTS (1750)
impute (20508)
INPower (753)
inSilicoDb (2346)
inSilicoMerging (2164)
intansv (1491)
interactiveDisplay (2060)
interactiveDisplayBase (38)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (44)
inveRsion (1595)
inversion (1)
iontree (1585)
iPAC (1653)
IPPD (1772)
IRanges (95037)
iranges (1)
iSeq (1640)
isobar (1983)
IsoGeneGUI (1668)
iSPlot (2)
ITALICS (1615)
iterativeBMA (1649)
iterativeBMAsurv (1656)

J

jmosaics (1506)
joda (1599)

K

KCsmart (1647)
KEGGgraph (6393)
keggorth (13)
keggorthology (1904)
KEGGprofile (1996)
KEGGREST (6147)
KEGGSOAP (712)

L

lapmix (1777)
LBE (1942)
les (1670)
limma (59769)
limmaGUI (3020)
LiquidAssociation (1653)
liquidassociation (1)
lmdme (1591)
LMGene (1960)
logicFS (2168)
logitt (1)
logitT (1707)
lol (1664)
LPE (2114)
LPEadj (1614)
lpNet (1563)
lumi (8672)
LVSmiRNA (1756)

M

M3D (17)
maanova (2402)
macat (1651)
maCorrPlot (1620)
maDB (579)
madb (1)
made4 (3999)
maigesPack (1652)
makecdfenv (3247)
makePlatformDesign (33)
MANOR (1660)
manta (1653)
MantelCorr (1648)
maPredictDSC (1371)
marray (10448)
maSigPro (2628)
maskBAD (1564)
MassArray (1781)
massiR (760)
MassSpecWavelet (3082)
matchBox (1609)
matchprobes (121)
MBASED (11)
MBCB (1680)
mBPCR (1626)
mcaGUI (1655)
MCRestimate (1859)
mdqc (1837)
MeasurementError.cor (1564)
MEDIPS (2425)
MEDME (1653)
MEIGOR (19)
MergeMaid (2367)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (827)
meshr (796)
messina (786)
metaArray (2277)
metabomxtr (4)
metagene (6)
metagenomeSeq (2265)
metahdep (1611)
metaMS (826)
metaMSdata (3)
metaR (23)
metaSeq (1381)
metaseqR (784)
methVisual (1746)
methyAnalysis (2281)
MethylAid (60)
MethylMix (3)
methylMnM (1409)
methylPipe (29)
MethylSeekR (1716)
methylumi (7873)
Mfuzz (3511)
mfuzz (1)
mgsa (1821)
MiChip (1597)
microRNA (2473)
MIMOSA (803)
MineICA (1546)
minet (3669)
minfi (8877)
MinimumDistance (1583)
MiPP (1674)
MiRaGE (1619)
miRNApath (1919)
miRNAtap (6)
Mirsynergy (808)
missMethyl (18)
mitoODE (1290)
MLInterfaces (2874)
MLP (1694)
MLSeq (826)
MMDiff (1580)
mmnet (881)
MmPalateMiRNA (1716)
monocle (135)
MoPS (55)
mosaics (1923)
MotifDb (2853)
motifRG (1724)
motifStack (2595)
MotIV (2921)
MPFE (2)
mQTL.NMR (20)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1371)
msmsTests (1351)
MSnbase (3114)
msQC (55)
MSstats (1704)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1677)
MultiMed (14)
multiscan (1575)
multtest (26246)
MVCClass (1691)
mzID (1806)
mzR (17892)

N

NarrowPeaks (1659)
ncdfFlow (3474)
NCIgraph (1976)
neaGUI (1444)
nem (1713)
netbiov (20)
NetPathMiner (813)
netresponse (1655)
NetSAM (1466)
networkBMA (1556)
NGScopyData (4)
nnNorm (1602)
NOISeq (2934)
nondetects (792)
NormqPCR (1969)
npGSEA (789)
NTW (1604)
nucleR (1720)
nucler (1)
nudge (1605)
NuPoP (1647)

O

occugene (1697)
OCplus (1830)
oligo (9214)
oligoClasses (10094)
OLIN (1742)
OLINgui (1613)
omicade4 (1508)
OmicCircos (1865)
OncoSimulR (5)
oneChannelGUI (2477)
ontoCAT (1786)
ontoTools (52)
openCyto (1422)
oposSOM (33)
OrderedList (2479)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2973)
OSAT (1546)
OTUbase (1727)
OutlierD (1781)

P

PADOG (1604)
paircompviz (1373)
pairseqsim (5)
pamr (52)
PAnnBuilder (1818)
panp (1857)
PANR (1589)
PAPi (1543)
parody (2033)
pathifier (1381)
PathNet (1509)
pathRender (1777)
pathview (4830)
PatientGeneSets (81)
Pbase (25)
pcaGoPromoter (1936)
pcaMethods (6230)
pcot2 (1619)
PCpheno (1633)
pdInfoBuilder (2479)
pdmclass (1742)
PECA (897)
pepDat (4)
pepStat (5)
PGSEA (2278)
pgUtils (695)
phenoDist (1483)
phenoTest (1743)
PhenStat (827)
phyloseq (4325)
piano (2334)
pickgene (1615)
PICS (2387)
PING (1716)
pint (1686)
pkgDepTools (1932)
pkgdeptools (2)
plateCore (1657)
plethy (1341)
plgem (1651)
plier (2986)
PLPE (1738)
plrs (1487)
plw (1602)
Polyfit (31)
ppiStats (1749)
prada (3315)
prebs (1516)
PREDA (1672)
predictionet (919)
preprocessCore (36430)
PROcess (2236)
procoil (1567)
ProCoNA (1392)
pRoloc (1587)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (40)
PROMISE (1622)
prot2D (1386)
proteinProfiles (1423)
proteoQC (13)
PSICQUIC (1518)
puma (1925)
pvac (1640)
pvca (1716)
Pviz (36)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1915)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1288)
QDNAseq (882)
qpcrNorm (1775)
qpgraph (2732)
qrqc (2078)
QUALIFIER (1303)
quantro (6)
quantsmooth (3361)
QuasR (3779)
qusage (1404)
qvalue (14624)

R

r3Cseq (1695)
R453Plus1Toolbox (1734)
rama (1778)
RamiGO (2171)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1552)
RankProd (4090)
Rariant (782)
RbcBook1 (1769)
RBGL (22823)
rbioinf (1)
RBioinf (1823)
rBiopaxParser (1706)
Rbowtie (3626)
rbsurv (1751)
Rcade (1568)
RCASPAR (1603)
Rchemcpp (1425)
RchyOptimyx (1697)
Rcpi (1313)
RCytoscape (3842)
RDAVIDWebService (1971)
Rdbi (41)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1981)
RDRToolbox (2014)
ReactomePA (2469)
ReadqPCR (2056)
reb (1612)
RedeR (2197)
REDseq (1839)
RefNet (782)
RefNet.db (3)
RefPlus (1674)
Repitools (2850)
ReportingTools (5084)
ReQON (1639)
Resourcerer (1645)
rflowcyt (35)
rfPred (1361)
rGADEM (3302)
RGalaxy (1710)
rgl (1)
Rgraphviz (20593)
RGSEA (52)
rhdf5 (12214)
rHVDM (1590)
riboSeq (43)
Ringo (3309)
Rintact (17)
RIPSeeker (1780)
Risa (1656)
RLMM (1620)
RMAGEML (18)
rmagpie (1)
Rmagpie (1617)
RMAPPER (1579)
RMassBank (1655)
rMAT (989)
RmiR (1955)
RNAinteract (1627)
RNAither (1722)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1727)
RNASeqPower (1696)
Rnits (2)
roar (827)
ROC (5017)
Roleswitch (1376)
Rolexa (1769)
rols (1811)
ROntoTools (1602)
RPA (1841)
RpsiXML (1913)
rpx (878)
rqubic (1638)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1469)
rrp (1)
rsamtools (3)
Rsamtools (42140)
rsbml (2033)
rSFFreader (880)
RSNPper (9)
Rsubread (2736)
RSVSim (1549)
rTANDEM (1840)
RTCA (1677)
RTN (1505)
RTools4TB (31)
RTopper (1639)
rtracklayer (38433)
Rtreemix (1665)
rTRM (1446)
rTRMui (1356)
Ruuid (58)
RUVnormalize (6)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (151)
RWebServices (377)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1692)
safe (1877)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1676)
SAGx (2015)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1768)
sangerseqR (833)
SANTA (1460)
sapFinder (816)
savR (735)
SBMLR (1748)
SCAN.UPC (2044)
ScISI (1799)
scsR (754)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1798)
SemDist (4)
SemSim (22)
SeqArray (1633)
seqbias (1815)
seqCNA (1392)
SeqGSEA (2218)
seqLogo (5765)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (56)
SeqVarTools (1417)
shinyMethyl (63)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1349)
ShortRead (15625)
sigaR (1645)
SigFuge (1374)
siggenes (11065)
sigPathway (2228)
SIM (1677)
SimBindProfiles (1301)
simpleaffy (11635)
simulatorAPMS (43)
sizepower (2040)
SJava (473)
SLGI (1663)
slgi (1)
SLqPCR (2006)
SMAP (1613)
SNAGEE (1443)
snapCGH (2156)
snm (1818)
SNPchip (3235)
snpMatrix (294)
SNPRelate (2)
snpStats (5734)
SomatiCA (1567)
SomaticSignatures (947)
SpacePAC (1330)
spade (2192)
SpeCond (1684)
SPEM (1427)
SPIA (3037)
spikeLI (1562)
spkTools (1583)
splicegear (1620)
spliceR (1844)
spliceSites (1352)
SplicingGraphs (1612)
splots (2693)
spotSegmentation (1622)
SQUADD (1528)
SRAdb (3482)
sRAP (1506)
sscore (1591)
sSeq (1360)
ssize (2044)
SSPA (1848)
ssviz (46)
stam (5)
STAN (11)
staRank (1534)
Starr (1808)
stepNorm (1593)
stepwiseCM (1569)
Streamer (1793)
STRINGdb (1638)
StudentGWAS (5)
supraHex (1429)
survcomp (3377)
Sushi (935)
sva (6728)
SwimR (1286)
switchBox (2)
synapter (1721)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1394)
TargetSearch (1728)
TCC (1955)
TDARACNE (1726)
TEQC (1812)
ternarynet (1546)
tfbstools (1)
TFBSTools (1773)
tigre (1704)
tilingArray (2396)
timecourse (2072)
TitanCNA (809)
tkWidgets (6556)
topGO (7325)
trackViewer (854)
tRanslatome (1481)
TransView (1630)
triform (1521)
trigger (1622)
trio (1587)
triplex (1567)
tspair (1758)
TSSi (1662)
TurboNorm (1665)
tweeDEseq (1960)
twilight (2602)
typeinfo (1)
TypeInfo (1659)

U

UNDO (761)
unifiedWMWqPCR (781)
UniProt.ws (1982)

V

VanillaICE (1940)
VariantAnnotation (16967)
VariantFiltering (915)
variants (178)
VariantTools (999)
vbmp (2014)
Vega (1617)
VegaMC (1627)
viper (777)
virtualArray (2261)
vsn (14494)
vtpnet (1372)

W

wateRmelon (3003)
wavClusteR (68)
waveTiling (1573)
weaver (2067)
webbioc (1707)
widgetTools (6529)

X

xcms (17676)
XDE (1642)
xmapbridge (1575)
xmapcore (280)
XML2R (2)
xps (2432)
xtable (1)
XVector (44003)

Y

yaqcaffy (1927)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (59822)