See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-01-25 11:53:50 -0500 (Tue, 25 Jan 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (47458)
2BiocVersion (44369)
3S4Vectors (42849)
4IRanges (40190)
5Biobase (39294)
6GenomeInfoDb (38444)
7zlibbioc (36710)
8XVector (35325)
9DelayedArray (32894)
10BiocParallel (31583)
11GenomicRanges (30643)
12SummarizedExperiment (29623)
13Biostrings (29306)
14AnnotationDbi (28629)
15MatrixGenerics (28523)
16limma (27371)
17genefilter (18974)
18biomaRt (18652)
19annotate (18595)
20rtracklayer (17426)
21edgeR (16706)
22Rsamtools (16644)
23BiocFileCache (16605)
24graph (16385)
25Rhdf5lib (16252)
26Rhtslib (16166)
27GenomicAlignments (16048)
28KEGGREST (16001)
29DESeq2 (15113)
30GenomicFeatures (14197)
31geneplotter (13996)
32rhdf5 (13210)
33rhdf5filters (11936)
34preprocessCore (11900)
35qvalue (10999)
36clusterProfiler (10057)
37enrichplot (9892)
38fgsea (9885)
39DOSE (9839)
40DelayedMatrixStats (9532)
41Rgraphviz (9411)
42GOSemSim (9372)
43RBGL (9307)
44multtest (8848)
45BSgenome (8329)
46HDF5Array (8239)
47sparseMatrixStats (8105)
48GEOquery (8054)
49ProtGenerics (8045)
50beachmat (8028)
51SingleCellExperiment (7915)
52ggtree (7860)
53impute (7677)
54ComplexHeatmap (7529)
55treeio (7510)
56ensembldb (7458)
57affyio (7439)
58AnnotationHub (7255)
59affy (7189)
60AnnotationFilter (6632)
61BiocSingular (6380)
62VariantAnnotation (6252)
63BiocIO (6207)
64GSEABase (6201)
65interactiveDisplayBase (6199)
66BiocNeighbors (5271)
67sva (5172)
68ShortRead (5028)
69BiocStyle (4924)
70scuttle (4791)
71biovizBase (4174)
72scater (4150)
73vsn (4147)
74KEGGgraph (4072)
75ExperimentHub (3983)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (77)
a4Base (99)
a4Classif (78)
a4Core (110)
a4Preproc (113)
a4Reporting (80)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (72)
ABarray (60)
abseqR (63)
ABSSeq (79)
acde (74)
ACE (72)
aCGH (129)
ACME (74)
ADaCGH2 (57)
ADAM (53)
ADAMgui (53)
adaptest (5)
adductomicsR (53)
ADImpute (49)
adSplit (60)
AffiXcan (52)
affxparser (1586)
affy (7189)
affycomp (80)
AffyCompatible (81)
affyContam (66)
affycoretools (335)
affydata (0)
AffyExpress (26)
affyILM (52)
affyio (7439)
affylmGUI (76)
affyPara (51)
affypdnn (8)
affyPLM (1140)
affyQCReport (86)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (57)
AffyTiling (1)
AGDEX (57)
aggregateBioVar (52)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (147)
AgiMicroRna (142)
agimicrorna (0)
AIMS (366)
airpart (30)
ALDEx2 (461)
alevinQC (75)
AllelicImbalance (81)
AlphaBeta (54)
alpine (81)
ALPS (50)
AlpsNMR (55)
alsace (72)
altcdfenvs (65)
AMARETTO (54)
AMOUNTAIN (78)
amplican (76)
ampliQueso (3)
AnalysisPageServer (6)
anamiR (6)
Anaquin (57)
ANCOMBC (315)
AneuFinder (87)
ANF (58)
animalcules (75)
annaffy (262)
AnnBuilder (0)
annmap (50)
annotate (18595)
AnnotationDbi (28629)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6632)
AnnotationForge (2888)
AnnotationFuncs (42)
AnnotationHub (7255)
AnnotationHubData (161)
annotationTools (94)
annotatr (347)
anota (68)
anota2seq (66)
antiProfiles (58)
AnVIL (321)
AnVILBilling (44)
AnVILPublish (52)
APAlyzer (64)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (2664)
applera (0)
appreci8R (54)
aroma.light (1820)
ArrayExpress (540)
ArrayExpressHTS (44)
arrayMagic (0)
arrayMvout (49)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (68)
arrayQualityMetrics (486)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (52)
ArrayTV (7)
ARRmNormalization (60)
artMS (93)
ASAFE (64)
ASEB (62)
ASGSCA (57)
ASICS (70)
asmn (1)
ASpediaFI (51)
ASpli (92)
AssessORF (53)
ASSET (72)
ASSIGN (68)
ATACseqQC (255)
atena (9)
AtlasRDF (2)
atSNP (45)
attract (60)
AUCell (925)
autonomics (32)
Autotuner (67)
AWFisher (55)
awst (28)

B

BaalChIP (64)
BAC (63)
bacon (101)
BADER (65)
BadRegionFinder (52)
BAGS (56)
ballgown (615)
bambu (64)
bamsignals (766)
BANDITS (58)
banocc (51)
barcodetrackR (27)
basecallQC (67)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (60)
BASiCS (106)
BasicSTARRseq (57)
basilisk (601)
basilisk.utils (611)
batchelor (2189)
BatchQC (134)
BayesKnockdown (50)
BayesPeak (12)
BayesSpace (136)
bayNorm (82)
baySeq (526)
BBCAnalyzer (50)
BCRANK (70)
bcSeq (57)
BDMMAcorrect (56)
beachmat (8028)
beadarray (617)
beadarraySNP (59)
BeadDataPackR (621)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (55)
BEAT (53)
BEclear (73)
benchdamic (8)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (6)
BgeeCall (54)
BgeeDB (93)
BGmix (55)
bgx (69)
BHC (144)
BicARE (93)
BiFET (64)
BiGGR (60)
BigMatrix (0)
bigmelon (70)
bigmemoryExtras (37)
bigPint (88)
bim (0)
BindingSiteFinder (11)
bioassayR (76)
Biobase (39294)
biobase (0)
biobroom (175)
biobtreeR (59)
bioCancer (69)
BiocCaseStudies (27)
BiocCheck (2017)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (59)
BiocFileCache (16605)
BiocGenerics (47458)
biocGraph (144)
BiocInstaller (1664)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (6207)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5271)
BiocOncoTK (66)
Bioconductor (0)
BioCor (72)
BiocParallel (31583)
BiocPkgTools (97)
BiocSet (122)
BiocSingular (6380)
BiocSklearn (67)
BiocStyle (4924)
biocthis (118)
BiocVersion (44369)
biocViews (3649)
BiocWorkflowTools (169)
biodb (34)
biodbChebi (6)
biodbHmdb (6)
biodbKegg (6)
biodbLipidmaps (5)
biodbUniprot (6)
bioDist (213)
biomaRt (18652)
BioMedR (1)
biomformat (3790)
BioMM (58)
BioMVCClass (54)
biomvRCNS (56)
BioNERO (47)
BioNet (203)
bionet (0)
BioNetStat (63)
BioPlex (10)
BioQC (126)
BioSeqClass (12)
biosigner (74)
Biostrings (29306)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (7)
BioTIP (57)
biotmle (59)
biovizBase (4174)
BiRewire (85)
birta (9)
birte (3)
biscuiteer (56)
BiSeq (88)
BitSeq (68)
blacksheepr (54)
blima (62)
BLMA (65)
BloodGen3Module (30)
bluster (2344)
bnbc (55)
bnem (35)
BOBaFIT (1)
BPRMeth (68)
BRAIN (133)
brainflowprobes (50)
brainImageR (2)
BrainSABER (47)
BrainStars (30)
branchpointer (63)
breakpointR (57)
brendaDb (59)
BRGenomics (80)
bridge (55)
BridgeDbR (76)
BrowserViz (102)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8329)
bsseq (1088)
BubbleTree (57)
BufferedMatrix (69)
BufferedMatrixMethods (58)
bugsigdbr (10)
BUMHMM (54)
bumphunter (2051)
BumpyMatrix (140)
BUS (57)
BUScorrect (55)
BUSpaRse (202)
BUSseq (10)
BuxcoR (0)

C

CAEN (32)
CAFE (53)
CAGEfightR (77)
cageminer (10)
CAGEr (97)
CALIB (5)
calm (49)
CAMERA (408)
CAMTHC (5)
canceR (60)
cancerclass (62)
CancerInSilico (58)
CancerMutationAnalysis (31)
CancerSubtypes (193)
CAnD (54)
caOmicsV (56)
Cardinal (106)
CARNIVAL (104)
casper (63)
CATALYST (340)
Category (2584)
categoryCompare (57)
CausalR (63)
cbaf (58)
cBioPortalData (175)
cbpManager (29)
ccfindR (87)
ccmap (82)
CCPROMISE (53)
ccrepe (119)
celaref (83)
celda (204)
CellaRepertorium (50)
CellBarcode (6)
cellbaseR (61)
CellBench (75)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (120)
CelliD (65)
cellity (59)
CellMapper (58)
cellmigRation (29)
CellMixS (70)
CellNOptR (89)
cellscape (62)
CellScore (57)
CellTrails (58)
cellTree (62)
CEMiTool (181)
censcyt (32)
Cepo (10)
ceRNAnetsim (48)
CeTF (59)
CexoR (29)
CFAssay (76)
cfDNAPro (33)
CGEN (44)
CGHbase (275)
CGHcall (246)
cghMCR (69)
CGHnormaliter (52)
CGHregions (62)
ChAMP (571)
CHARGE (6)
charm (3)
ChemmineOB (184)
ChemmineR (440)
chemminer (0)
CHETAH (106)
ChIC (61)
Chicago (85)
chimera (23)
chimeraviz (85)
ChIPanalyser (53)
ChIPComp (64)
chipenrich (95)
ChIPexoQual (54)
ChIPpeakAnno (933)
ChIPQC (303)
ChIPseeker (1397)
chipseq (477)
ChIPseqR (113)
ChIPSeqSpike (28)
ChIPsim (115)
ChIPXpress (46)
chopsticks (98)
chroGPS (6)
chromDraw (58)
ChromHeatMap (65)
ChromoViz (0)
chromPlot (95)
ChromSCape (49)
chromstaR (82)
chromswitch (52)
chromVAR (630)
CHRONOS (62)
cicero (195)
CIMICE (30)
CINdex (61)
cindex (0)
circRNAprofiler (72)
cisPath (62)
CiteFuse (71)
ClassifyR (65)
cleanUpdTSeq (54)
cleaver (183)
clippda (57)
clipper (76)
cliProfiler (8)
cliqueMS (66)
Clomial (58)
Clonality (67)
clonotypeR (72)
clst (65)
clstutils (60)
CluMSID (63)
clustComp (59)
clusterExperiment (426)
ClusterJudge (52)
clusterProfiler (10057)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (50)
ClusterSignificance (60)
clusterStab (113)
clustifyr (124)
CMA (143)
cmapR (191)
cn.farms (54)
cn.mops (201)
CNAnorm (65)
cnanorm (0)
CNEr (1006)
CNORdt (57)
CNORfeeder (56)
CNORfuzzy (56)
CNORode (74)
CNPBayes (2)
CNTools (104)
CNVfilteR (54)
CNVgears (37)
cnvGSA (58)
CNViz (26)
CNVMetrics (1)
CNVPanelizer (68)
CNVRanger (82)
CNVrd2 (53)
CNVtools (8)
cnvtools (0)
cobindR (7)
CoCiteStats (51)
COCOA (51)
codelink (63)
CODEX (102)
coexnet (69)
CoGAPS (112)
cogena (97)
Cogito (7)
coGPS (62)
COHCAP (62)
cola (107)
comapr (0)
combi (49)
coMET (73)
coMethDMR (1)
compartmap (54)
COMPASS (71)
compcodeR (93)
compEpiTools (69)
CompGO (56)
ComplexHeatmap (7529)
ComPrAn (30)
conclus (26)
condcomp (1)
condiments (43)
CONFESS (51)
consensus (52)
ConsensusClusterPlus (2399)
consensusDE (55)
consensusOV (60)
consensusSeekeR (56)
CONSTANd (44)
contiBAIT (52)
conumee (130)
convert (126)
copa (55)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (397)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (88)
CopywriteR (81)
coRdon (121)
CoRegFlux (21)
CoRegNet (73)
CoreGx (173)
Cormotif (51)
CorMut (7)
coRNAi (2)
corral (73)
CORREP (57)
coseq (92)
cosmiq (53)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (35)
COSNet (64)
CountClust (85)
countsimQC (64)
covEB (50)
CoverageView (79)
covRNA (55)
cpvSNP (55)
cqn (256)
CRImage (78)
crisprBase (1)
crisprScore (0)
CRISPRseek (96)
crisprseekplus (50)
CrispRVariants (85)
crlmm (116)
CrossICC (6)
crossmeta (83)
CSAR (113)
csaw (307)
csawBook (2)
csdR (11)
CSSP (67)
CSSQ (47)
ctc (273)
CTDquerier (36)
ctgGEM (44)
cTRAP (55)
ctsGE (59)
cummeRbund (341)
cummerbund (0)
customCMPdb (48)
customProDB (77)
CVE (5)
cyanoFilter (29)
cycle (53)
cydar (86)
CytoDx (62)
cytofast (30)
cytofkit (32)
CyTOFpower (7)
CytoGLMM (31)
cytoKernel (7)
cytolib (1931)
cytomapper (94)
CytoML (1034)
CytoTree (71)

D

dada2 (1824)
dagLogo (62)
daMA (53)
DAMEfinder (51)
DaMiRseq (83)
DAPAR (85)
DART (58)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (56)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (38)
dcanr (69)
dce (48)
dcGSA (52)
DChIPRep (5)
ddCt (110)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (51)
dearseq (57)
debCAM (54)
debrowser (173)
DECIPHER (1440)
deco (54)
DEComplexDisease (52)
decompTumor2Sig (71)
DeconRNASeq (191)
decontam (374)
deconvR (6)
decoupleR (32)
DEDS (6)
DeepBlueR (66)
DeepPINCS (27)
deepSNV (105)
DEFormats (225)
DegNorm (48)
DEGraph (56)
DEGreport (453)
DEGseq (232)
DelayedArray (32894)
DelayedDataFrame (55)
DelayedMatrixStats (9532)
DelayedRandomArray (29)
DelayedTensor (13)
deltaCaptureC (48)
deltaGseg (52)
DeMAND (58)
DeMixT (66)
densvis (69)
DEP (338)
DepecheR (59)
DEqMS (124)
derfinder (481)
derfinderHelper (480)
derfinderPlot (95)
DEScan2 (52)
DESeq (912)
deseq (0)
DESeq2 (15113)
DEsingle (237)
destiny (445)
DEsubs (50)
DEWSeq (52)
DExMA (29)
DEXSeq (686)
dexus (26)
DFP (56)
DIAlignR (51)
DiffBind (1059)
diffcoexp (71)
diffcyt (214)
diffGeneAnalysis (55)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (101)
DiffLogo (68)
diffloop (122)
diffuStats (69)
diffUTR (28)
diggit (56)
Dino (10)
dir.expiry (323)
Director (47)
DirichletMultinomial (1253)
discordant (103)
DiscoRhythm (63)
distinct (58)
dittoSeq (467)
divergence (50)
dks (56)
DMCFB (49)
DMCHMM (50)
DMRcaller (88)
DMRcate (774)
DMRforPairs (55)
DMRScan (51)
dmrseq (120)
DNABarcodeCompatibility (50)
DNABarcodes (123)
DNAcopy (2093)
DNaseR (0)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (2)
DominoEffect (48)
doppelgangR (60)
DOQTL (5)
Doscheda (52)
DOSE (9839)
doseR (53)
dpeak (50)
drawProteins (127)
DRIMSeq (324)
DriverNet (67)
DropletUtils (1538)
drugTargetInteractions (28)
DrugVsDisease (58)
dSimer (2)
DSS (922)
dStruct (12)
DTA (56)
dualKS (52)
Dune (52)
DupChecker (6)
dupRadar (103)
dyebias (57)
DynDoc (620)
dyndoc (0)

E

easier (7)
EasyqpcR (52)
easyreporting (47)
easyRNASeq (58)
easyrnaseq (0)
EBarrays (118)
EBcoexpress (61)
EBImage (2161)
EBSEA (51)
EBSeq (365)
EBSeqHMM (70)
ecolitk (54)
EDASeq (1660)
edd (0)
EDDA (21)
edge (110)
edgeR (16706)
edger (0)
eegc (53)
EGAD (71)
EGSEA (179)
eiR (53)
eisa (29)
eisaR (88)
ELBOW (23)
ELMER (247)
EMDomics (62)
EmpiricalBrownsMethod (84)
ENCODExplorer (39)
EnhancedVolcano (2502)
enhancerHomologSearch (9)
EnMCB (48)
ENmix (161)
EnrichedHeatmap (290)
EnrichmentBrowser (297)
enrichplot (9892)
enrichTF (66)
ensembldb (7458)
ensemblVEP (122)
ENVISIONQuery (18)
epialleleR (28)
EpiCluster (0)
epidecodeR (28)
EpiDISH (165)
epigenomix (55)
epigraHMM (25)
epihet (50)
epiNEM (84)
epistack (7)
EpiTxDb (51)
epivizr (76)
epivizrChart (50)
epivizrData (75)
epivizrServer (78)
epivizrStandalone (62)
erccdashboard (74)
erma (92)
ERSSA (48)
esATAC (99)
escape (147)
esetVis (77)
eudysbiome (52)
evaluomeR (51)
EventPointer (61)
EWCE (50)
ExCluster (48)
ExiMiR (55)
exomeCopy (250)
exomecopy (0)
exomePeak (15)
exomePeak2 (88)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3983)
ExperimentHubData (121)
ExperimentSubset (43)
explorase (13)
ExploreModelMatrix (89)
ExpressionAtlas (96)
ExpressionView (23)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (118)
facopy (2)
factDesign (52)
FamAgg (73)
famat (45)
farms (65)
fastLiquidAssociation (53)
FastqCleaner (99)
fastseg (654)
fbat (0)
FCBF (79)
fCCAC (52)
fCI (52)
fcoex (61)
fcScan (51)
fdrame (62)
FEAST (40)
fedup (30)
FELLA (140)
FEM (103)
ffpe (77)
fgga (30)
FGNet (85)
fgsea (9885)
FilterFFPE (47)
FindIT2 (11)
FindMyFriends (79)
FISHalyseR (53)
fishpond (196)
FitHiC (70)
flagme (56)
FLAMES (10)
flipflop (2)
flowAI (453)
flowBeads (55)
flowBin (53)
flowcatchR (57)
flowCHIC (58)
flowCL (69)
flowClean (236)
flowClust (1114)
flowCore (1982)
flowCut (60)
flowCyBar (59)
flowDensity (164)
flowFit (8)
flowFlowJo (0)
flowFP (77)
flowGraph (35)
flowMap (58)
flowMatch (57)
flowMeans (138)
flowMerge (66)
flowPeaks (127)
flowPhyto (0)
flowPloidy (55)
flowPlots (67)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (62)
FlowSOM (930)
flowSpecs (57)
flowSpy (25)
flowStats (1091)
flowTime (58)
flowTrans (73)
flowType (7)
flowUtils (185)
flowViz (1291)
flowVS (64)
flowWorkspace (1328)
flowworkspace (0)
fmcsR (188)
fmrs (48)
fobitools (31)
focalCall (5)
FoldGO (55)
FourCSeq (27)
FRASER (82)
frenchFISH (45)
FRGEpistasis (62)
frma (110)
frmaTools (59)
FScanR (50)
FunChIP (53)
FunciSNP (14)
funtooNorm (52)

G

GA4GHclient (58)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (48)
gaga (64)
gage (971)
gaggle (53)
gaia (164)
GAPGOM (51)
GAprediction (61)
garfield (68)
GARS (55)
GateFinder (49)
gaucho (2)
GBScleanR (1)
gcapc (57)
gcatest (55)
gCMAP (8)
gCMAPWeb (4)
gCrisprTools (57)
gcrma (1467)
GCSConnection (46)
GCSFilesystem (54)
GCSscore (52)
GDCRNATools (370)
GDSArray (92)
gdsfmt (1530)
geecc (5)
GEM (57)
gemini (50)
genArise (59)
genbankr (193)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (51)
GeneAnswers (65)
geneAttribution (53)
GeneBreak (54)
geneClassifiers (55)
GeneExpressionSignature (60)
genefilter (18974)
genefu (402)
GeneGA (54)
GeneGeneInteR (56)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (75)
GeneNetworkBuilder (70)
GeneOverlap (223)
geneplast (56)
geneplotter (13996)
GeneR (0)
geneRecommender (55)
GeneRegionScan (58)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (53)
GeneSelectMMD (59)
GeneSelector (2)
GENESIS (262)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (66)
geNetClassifier (88)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (8)
GeneticsPed (103)
GeneTonic (89)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (57)
GENIE3 (633)
genoCN (67)
GenoGAM (57)
genomation (438)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (25)
GenomeInfoDb (38444)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (164)
genomeintervals (0)
genomes (66)
GenomicAlignments (16048)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (845)
GenomicDistributions (42)
GenomicFeatures (14197)
GenomicFiles (794)
genomicInstability (6)
GenomicInteractions (172)
GenomicOZone (49)
GenomicRanges (30643)
GenomicScores (339)
GenomicSuperSignature (29)
GenomicTuples (54)
Genominator (6)
genoset (76)
genotypeeval (53)
GenoView (1)
genphen (48)
GenRank (5)
GenVisR (374)
GeoDiff (8)
GEOexplorer (10)
GEOfastq (35)
GEOmetadb (208)
GeomxTools (63)
GEOquery (8054)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (57)
gep2pep (56)
gespeR (65)
getDEE2 (49)
geva (29)
GEWIST (51)
gff3Plotter (0)
GGBase (41)
ggbio (1876)
ggcyto (1161)
ggmanh (2)
ggmsa (32)
GGPA (47)
ggspavis (11)
GGtools (40)
ggtree (7860)
ggtreeExtra (271)
GIGSEA (50)
girafe (117)
GISPA (61)
GLAD (284)
GladiaTOX (52)
Glimma (1243)
glmGamPoi (683)
glmSparseNet (79)
GlobalAncova (456)
globalSeq (64)
globaltest (1128)
gmapR (78)
GmicR (56)
gmoviz (46)
GMRP (55)
GNET2 (57)
goCluster (0)
GOexpress (125)
GOfuncR (151)
GOFunction (9)
GoogleGenomics (2)
GOpro (58)
goProfiles (93)
goprofiles (0)
GOSemSim (9372)
gosemsim (0)
goseq (1257)
GOSim (136)
goSTAG (66)
GOstats (2477)
gostats (0)
GOsummaries (80)
GOTHiC (60)
goTools (66)
gotools (0)
GPA (48)
gpart (61)
gpls (99)
gprege (68)
gpuMagic (49)
gQTLBase (37)
gQTLstats (31)
gramm4R (24)
granulator (36)
graper (51)
graph (16385)
GraphAlignment (66)
GraphAT (56)
graphite (1729)
GraphPAC (55)
GRENITS (59)
GreyListChIP (616)
GRmetrics (103)
groHMM (80)
GRridge (67)
GSALightning (59)
GSAR (132)
GSCA (59)
gscreend (52)
GSEABase (6201)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (61)
GSEAlm (85)
GSEAmining (47)
gsean (55)
GSgalgoR (51)
GSReg (56)
GSRI (54)
GSVA (3022)
gtrellis (128)
GUIDEseq (63)
Guitar (117)
Gviz (3024)
GWAS.BAYES (42)
gwascat (388)
GWASTools (425)
gwasurvivr (69)
GWENA (80)

H

h5vc (67)
hapFabia (52)
Harman (166)
Harshlight (50)
harshlight (0)
hca (34)
HCABrowser (21)
HCAExplorer (20)
HCAMatrixBrowser (25)
HCsnip (2)
HDF5Array (8239)
HDTD (54)
heatmaps (236)
Heatplus (443)
HelloRanges (94)
HELP (56)
HEM (50)
hermes (2)
Herper (105)
hexbin (0)
HGC (32)
hiAnnotator (74)
HIBAG (94)
HiCBricks (57)
hicbricks (0)
HiCcompare (125)
HiCDCPlus (42)
hicrep (19)
hierGWAS (59)
hierinf (50)
HilbertCurve (81)
HilbertVis (175)
HilbertVisGUI (35)
HiLDA (50)
hipathia (68)
HIPPO (52)
hiReadsProcessor (56)
HIREewas (51)
HiTC (134)
hmdbQuery (70)
HMMcopy (208)
hopach (182)
HPAanalyze (88)
hpar (253)
HPAStainR (45)
HPiP (7)
HTqPCR (194)
HTSanalyzeR (11)
HTSeqGenie (37)
htSeqTools (5)
htseqtools (0)
HTSFilter (184)
HubPub (30)
HumanTranscriptomeCompendium (48)
hummingbird (44)
HybridMTest (76)
hypeR (99)
hyperdraw (75)
hypergraph (103)

I

iASeq (59)
iasva (54)
iBBiG (86)
ibh (48)
iBMQ (40)
iCARE (88)
Icens (294)
icetea (50)
iCheck (50)
iChip (51)
iClusterPlus (260)
iCNV (58)
iCOBRA (121)
ideal (91)
ideogram (0)
IdeoViz (81)
idiogram (55)
IdMappingAnalysis (4)
IdMappingRetrieval (4)
idpr (53)
idr2d (55)
iFlow (0)
iGC (53)
IgGeneUsage (41)
igvR (93)
IHW (672)
illuminaio (2288)
ILoReg (45)
imageHTS (55)
IMAS (52)
imcRtools (10)
Imetagene (17)
IMMAN (52)
ImmuneSpaceR (61)
immunoClust (57)
immunotation (27)
IMPCdata (52)
ImpulseDE (6)
ImpulseDE2 (26)
impute (7677)
INDEED (50)
infercnv (535)
infinityFlow (55)
Informeasure (47)
InPAS (59)
INPower (53)
inSilicoDb (3)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (63)
InTAD (51)
intansv (65)
interacCircos (33)
InteractionSet (722)
InteractiveComplexHeatmap (93)
interactiveDisplay (78)
interactiveDisplayBase (6199)
InterCellar (36)
IntEREst (64)
InterMineR (70)
IntramiRExploreR (33)
inveRsion (53)
inversion (0)
IONiseR (71)
iontree (2)
iPAC (59)
iPath (10)
ipdDb (54)
IPO (115)
IPPD (19)
IRanges (40190)
IRISFGM (31)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (290)
iSEEu (62)
iSeq (61)
iSNetwork (0)
isobar (110)
IsoCorrectoR (63)
IsoCorrectoRGUI (54)
IsoformSwitchAnalyzeR (233)
IsoGeneGUI (52)
ISoLDE (58)
isomiRs (62)
iSPlot (0)
ITALICS (51)
iterativeBMA (58)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (54)
iterClust (58)
iteremoval (50)
IVAS (55)
ivygapSE (49)
IWTomics (54)

J

JASPAR2018 (2)
jmosaics (1)
joda (5)
JunctionSeq (21)

K

karyoploteR (637)
KBoost (37)
KCsmart (52)
kebabs (126)
KEGGgraph (4072)
KEGGlincs (62)
keggorth (0)
keggorthology (74)
KEGGprofile (125)
KEGGREST (16001)
KEGGSOAP (0)
kimod (5)
KinSwingR (55)
kissDE (56)
kmknn (0)
KnowSeq (56)

L

LACE (45)
lapmix (49)
LBE (260)
ldblock (71)
LEA (344)
LedPred (50)
lefser (130)
les (54)
levi (50)
lfa (262)
limma (27371)
limmaGUI (78)
LINC (5)
LineagePulse (53)
LinkHD (47)
Linnorm (168)
lionessR (59)
lipidr (86)
LiquidAssociation (54)
lisaClust (29)
lmdme (63)
LMGene (9)
LOBSTAHS (51)
loci2path (49)
logicFS (89)
logitT (54)
Logolas (10)
lol (5)
LOLA (148)
LoomExperiment (350)
LowMACA (53)
LPE (70)
LPEadj (51)
lpNet (51)
lpsymphony (950)
LRBaseDbi (71)
LRcell (29)
lumi (1101)
LVSmiRNA (4)
LymphoSeq (68)

M

M3C (582)
M3D (7)
M3Drop (289)
m6Aboost (12)
maanova (72)
Maaslin2 (255)
macat (53)
maCorrPlot (60)
MACPET (51)
MACSQuantifyR (48)
MACSr (41)
maDB (0)
madb (0)
made4 (235)
MADSEQ (54)
maftools (1954)
MAGAR (30)
MAGeCKFlute (263)
MAI (9)
maigesPack (60)
MAIT (73)
makecdfenv (114)
makePlatformDesign (0)
MANOR (56)
manta (4)
MantelCorr (57)
mAPKL (52)
maPredictDSC (53)
mapscape (55)
marr (43)
marray (1578)
martini (61)
maser (87)
maSigPro (260)
maskBAD (53)
MassArray (63)
massarray (0)
massiR (58)
MassSpecWavelet (1226)
MAST (1208)
matchBox (62)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (28523)
MatrixQCvis (29)
MatrixRider (49)
matter (102)
MaxContrastProjection (6)
MBAmethyl (55)
MBASED (59)
MBCB (55)
mbkmeans (492)
mBPCR (53)
MBQN (48)
MBttest (51)
mcaGUI (16)
MCbiclust (53)
MCRestimate (5)
mCSEA (63)
mdgsa (41)
mdp (58)
mdqc (64)
MDTS (48)
MEAL (75)
MeasurementError.cor (58)
MEAT (51)
MEB (46)
MEDIPS (111)
MEDME (54)
megadepth (88)
MEIGOR (72)
Melissa (52)
memes (61)
MergeMaid (12)
mergemaid (0)
Mergeomics (74)
MeSHDbi (213)
meshes (143)
meshr (100)
MeSHSim (2)
MesKit (62)
messina (49)
metaArray (8)
metaarray (0)
Metab (58)
metabCombiner (47)
MetaboCoreUtils (45)
metabolomicsWorkbenchR (52)
metabomxtr (55)
MetaboSignal (77)
metaCCA (72)
MetaCyto (63)
metagene (62)
metagene2 (69)
metagenomeFeatures (29)
metagenomeSeq (763)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (57)
metaMS (87)
MetaNeighbor (69)
metapod (1188)
metapone (8)
metaR (0)
metaSeq (69)
metaseqR (47)
metaseqR2 (58)
metavizr (50)
MetaVolcanoR (76)
metaX (3)
MetCirc (56)
MethCP (44)
methimpute (60)
methInheritSim (51)
MethPed (52)
MethReg (49)
methrix (59)
MethTargetedNGS (52)
methVisual (6)
methyAnalysis (78)
MethylAid (66)
methylCC (57)
methylclock (11)
methylGSA (91)
methylInheritance (46)
methylKit (530)
MethylMix (125)
methylMnM (55)
methylPipe (77)
methylscaper (28)
MethylSeekR (182)
methylSig (60)
methylumi (1323)
methyvim (18)
MetID (52)
MetNet (54)
mfa (67)
Mfuzz (446)
mfuzz (0)
MGFM (54)
MGFR (54)
mgsa (83)
mia (141)
miaSim (8)
miaViz (52)
MiChip (48)
microbiome (1133)
microbiomeDASim (52)
microbiomeExplorer (64)
microbiomeMarker (16)
MicrobiomeProfiler (8)
MicrobiotaProcess (172)
microRNA (148)
midasHLA (30)
MIGSA (56)
miloR (58)
mimager (53)
MIMOSA (54)
mina (32)
MineICA (69)
minet (494)
minfi (1770)
MinimumDistance (49)
MiPP (50)
miQC (38)
MIRA (59)
MiRaGE (59)
miRBaseConverter (122)
miRcomp (53)
mirIntegrator (54)
miRLAB (57)
miRmine (55)
miRNAmeConverter (75)
miRNApath (76)
miRNAtap (111)
miRSM (50)
miRsponge (2)
miRspongeR (59)
Mirsynergy (5)
mirTarRnaSeq (27)
missMethyl (876)
missRows (47)
mistyR (31)
mitch (60)
mitoClone2 (10)
mitoODE (5)
mixOmics (2076)
MLInterfaces (290)
mlm4omics (4)
MLP (81)
MLSeq (178)
MMAPPR2 (40)
MMDiff (1)
MMDiff2 (50)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (5)
MMUPHin (58)
mnem (82)
moanin (37)
MODA (64)
ModCon (29)
Modstrings (86)
MOFA (72)
MOFA2 (202)
MOGAMUN (50)
mogsa (99)
MOMA (57)
monaLisa (11)
monocle (2028)
MoonlightR (68)
MoPS (5)
mosaics (115)
mosbi (7)
MOSim (52)
motifbreakR (97)
motifcounter (60)
MotifDb (425)
motifmatchr (701)
motifRG (14)
motifStack (523)
MotIV (133)
MouseFM (21)
MPFE (55)
mpra (56)
MPRAnalyze (55)
MQmetrics (25)
mQTL.NMR (2)
msa (1051)
MsBackendMassbank (36)
MsBackendMgf (59)
MsBackendRawFileReader (7)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1527)
MSEADbi (35)
MsFeatures (174)
msgbsR (49)
MSGFgui (60)
MSGFplus (137)
msImpute (50)
msmsEDA (193)
msmsTests (183)
MSnbase (2396)
MSnID (177)
MSPrep (49)
msPurity (73)
msQC (0)
msqrob2 (42)
MSstats (364)
MSstatsConvert (177)
MSstatsLiP (7)
MSstatsLOBD (26)
MSstatsPTM (58)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (46)
MSstatsSampleSize (47)
MSstatsTMT (142)
MSstatsTMTPTM (43)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
Mulcom (108)
MultiAssayExperiment (1480)
MultiBaC (50)
multiClust (80)
multicrispr (48)
MultiDataSet (647)
multiGSEA (73)
multiHiCcompare (65)
MultiMed (63)
multiMiR (170)
multiOmicsViz (63)
multiscan (49)
multiSight (24)
multtest (8848)
mumosa (41)
MungeSumstats (41)
muscat (146)
muscle (186)
musicatk (52)
MutationalPatterns (326)
MVCClass (61)
mvGST (2)
MWASTools (83)
mygene (342)
myvariant (72)
mzID (2065)
mzR (2309)

N

NADfinder (51)
NanoMethViz (53)
NanoStringDiff (93)
NanoStringNCTools (68)
NanoStringQCPro (91)
nanotatoR (54)
NanoTube (12)
NarrowPeaks (5)
NBAMSeq (48)
NBSplice (52)
ncdfFlow (1314)
ncGTW (49)
NCIgraph (60)
ncRNAtools (45)
ndexr (76)
neaGUI (1)
nearBynding (44)
Nebulosa (222)
NeighborNet (48)
nem (10)
nempi (37)
netbenchmark (9)
netbiov (78)
netboost (45)
netboxr (50)
NetCRG (0)
netDx (56)
nethet (53)
netOmics (7)
NetPathMiner (71)
netprioR (50)
netReg (17)
netresponse (71)
NetSAM (55)
netSmooth (66)
networkBMA (58)
netZooR (2)
NeuCA (10)
NewWave (81)
NGScopy (2)
ngsReports (73)
nnNorm (53)
NOISeq (604)
nondetects (111)
NoRCE (48)
normalize450K (51)
NormalyzerDE (94)
NormqPCR (230)
normr (143)
NPARC (53)
npGSEA (57)
NTW (51)
nucleoSim (53)
nucleR (73)
nucler (0)
nuCpos (56)
nudge (2)
nullranges (8)
NuPoP (65)
NxtIRFcore (7)

O

occugene (55)
OCplus (114)
ODER (7)
odseq (60)
OGRE (0)
OGSA (5)
oligo (1542)
oligoClasses (1613)
OLIN (55)
OLINgui (49)
OmaDB (66)
omicade4 (93)
OmicCircos (263)
omiccircos (0)
omicplotR (53)
omicRexposome (52)
OmicsLonDA (50)
OmicsMarkeR (9)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (55)
omicsPrint (52)
Omixer (48)
OmnipathR (166)
Onassis (34)
oncomix (53)
OncoScore (55)
OncoSimulR (68)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (50)
onlineFDR (58)
ontoCAT (2)
ontoProc (92)
ontoTools (0)
openCyto (1068)
openPrimeR (109)
openPrimeRui (66)
OpenStats (50)
OperaMate (1)
oposSOM (71)
oppar (54)
oppti (45)
optimalFlow (45)
OPWeight (55)
OrderedList (89)
ORFhunteR (31)
ORFik (121)
Organism.dplyr (381)
OrganismDbi (2624)
orthogene (23)
OSAT (72)
OSCA (5)
OSCA.advanced (5)
OSCA.basic (6)
OSCA.intro (14)
OSCA.multisample (4)
OSCA.workflows (13)
Oscope (61)
OTUbase (52)
OutlierD (23)
OUTRIDER (131)
OVESEG (46)

P

PAA (64)
packFinder (51)
padma (43)
PADOG (192)
pageRank (43)
PAIRADISE (75)
paircompviz (60)
pairkat (7)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (78)
panelcn.mops (82)
PAnnBuilder (2)
panp (56)
PANR (53)
PanVizGenerator (56)
PAPi (7)
parglms (53)
parody (72)
PAST (54)
Path2PPI (63)
pathifier (199)
PathNet (60)
PathoStat (63)
pathprint (5)
pathRender (54)
pathVar (51)
pathview (3760)
pathwayPCA (85)
PathwaySplice (7)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (80)
Pbase (5)
pbcmc (2)
pcaExplorer (391)
pcaGoPromoter (9)
pcaMethods (3879)
PCAN (60)
PCAtools (845)
pcot2 (55)
PCpheno (21)
pcxn (53)
PDATK (31)
pdInfoBuilder (101)
pdmclass (1)
PeacoQC (46)
peakPantheR (58)
PECA (71)
peco (48)
pengls (6)
PepsNMR (73)
pepStat (54)
pepXMLTab (60)
PERFect (58)
periodicDNA (45)
perturbatr (50)
PFP (33)
PGA (17)
pga (0)
pgca (56)
PGSEA (42)
pgUtils (0)
phantasus (72)
PharmacoGx (162)
phemd (50)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (28)
phenopath (76)
phenoTest (83)
PhenStat (59)
philr (139)
PhIPData (36)
phosphonormalizer (49)
PhosR (64)
PhyloProfile (55)
phyloseq (3866)
Pi (80)
piano (308)
pickgene (52)
PICS (111)
Pigengene (76)
PING (54)
pint (4)
pipeComp (49)
pipeFrame (100)
pkgDepTools (67)
planet (34)
plateCore (2)
plethy (50)
plgem (76)
plier (152)
PloGO2 (59)
plotgardener (27)
plotGrouper (54)
PLPE (52)
plrs (5)
plw (5)
plyranges (565)
pmm (52)
pmp (101)
PoDCall (31)
podkat (58)
pogos (51)
polyester (122)
Polyfit (19)
POMA (63)
POST (19)
PoTRA (50)
PowerExplorer (5)
powerTCR (222)
POWSC (32)
ppcseq (27)
PPInfer (66)
ppiStats (55)
pqsfinder (74)
prada (51)
pram (51)
prebs (53)
preciseTAD (43)
PrecisionTrialDrawer (45)
PREDA (84)
predictionet (49)
preprocessCore (11900)
primirTSS (48)
PrInCE (53)
Prize (5)
proActiv (54)
proBAMr (48)
proBatch (75)
PROcess (100)
procoil (58)
ProCoNA (2)
proDA (127)
proFIA (49)
profileplyr (112)
profileScoreDist (53)
progeny (248)
projectR (65)
pRoloc (241)
pRolocGUI (84)
PROMISE (50)
PROPER (96)
PROPS (54)
Prostar (69)
prostar (0)
prot2D (2)
proteinProfiles (56)
ProteoDisco (7)
ProteomicsAnnotationHubData (49)
ProteoMM (65)
proteoQC (6)
ProtGenerics (8045)
PSEA (56)
psichomics (84)
PSICQUIC (66)
psygenet2r (57)
ptairMS (29)
PubScore (45)
pulsedSilac (49)
puma (116)
PureCN (144)
pvac (55)
pvca (225)
Pviz (55)
PWMEnrich (95)
pwOmics (56)
pwrEWAS (65)
pxr (0)

Q

qckitfastq (64)
qcmetrics (63)
QDNAseq (247)
QFeatures (129)
qpcrNorm (58)
qpgraph (112)
qPLEXanalyzer (51)
qrqc (135)
qsea (59)
qsmooth (62)
QSutils (62)
qtbase (0)
Qtlizer (54)
qtpaint (0)
QUALIFIER (4)
quantiseqr (43)
quantro (121)
quantsmooth (455)
QuartPAC (46)
QuasR (322)
QuaternaryProd (77)
QUBIC (97)
qusage (324)
qvalue (10999)

R

R3CPET (51)
r3Cseq (116)
R453Plus1Toolbox (60)
R4RNA (164)
RadioGx (47)
RaggedExperiment (617)
rain (80)
rama (61)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (37)
ramwas (72)
RandomWalkRestartMH (70)
randPack (60)
randRotation (49)
RankProd (277)
RareVariantVis (55)
Rariant (22)
rawrr (93)
RbcBook1 (54)
Rbec (24)
RBGL (9307)
RBioinf (67)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (161)
RBM (54)
Rbowtie (359)
Rbowtie2 (215)
rbsurv (75)
Rcade (72)
RCAS (67)
RCASPAR (58)
rcellminer (61)
rCGH (82)
Rchemcpp (3)
RchyOptimyx (17)
RcisTarget (625)
RCM (61)
RConferoMapping (0)
Rcpi (124)
RCSL (28)
Rcwl (51)
RcwlPipelines (42)
RCX (0)
RCy3 (644)
RCyjs (67)
RCytoscape (4)
RDAVIDWebService (160)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (83)
Rdisop (279)
RDRToolbox (102)
ReactomeContentService4R (46)
ReactomeGraph4R (26)
ReactomeGSA (200)
ReactomePA (1461)
readat (16)
ReadqPCR (240)
reb (5)
REBET (49)
rebook (78)
receptLoss (44)
reconsi (46)
recount (410)
recount3 (113)
recountmethylation (44)
recoup (52)
RedeR (161)
REDseq (105)
RefNet (5)
RefPlus (57)
RegEnrich (51)
regioneR (1514)
regionReport (130)
regsplice (51)
regutools (49)
REMP (62)
Repitools (286)
ReportingTools (861)
reposTools (0)
RepViz (57)
ReQON (59)
ResidualMatrix (1604)
Resourcerer (0)
restfulSE (53)
rexposome (71)
rfaRm (50)
Rfastp (62)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (50)
rGADEM (431)
RGalaxy (60)
rGenomeTracks (8)
Rgin (52)
RGMQL (37)
RGraph2js (52)
Rgraphviz (9411)
rGREAT (282)
RGSEA (79)
rgsepd (53)
rhdf5 (13210)
rhdf5client (61)
rhdf5filters (11936)
Rhdf5lib (16252)
Rhisat2 (269)
Rhtslib (16166)
rHVDM (2)
RiboCrypt (6)
RiboDiPA (35)
RiboProfiling (73)
ribor (48)
riboSeq (0)
riboSeqR (74)
ribosomeProfilingQC (51)
RImmPort (54)
Ringo (308)
Rintact (0)
RIPAT (46)
RIPSeeker (19)
Risa (63)
RITAN (60)
RIVER (53)
RJMCMCNucleosomes (49)
RLassoCox (37)
RLMM (56)
RLSeq (7)
RMAGEML (0)
Rmagpie (54)
RMAPPER (0)
RMassBank (88)
rMAT (2)
rmelting (67)
RmiR (58)
rmir (0)
Rmmquant (47)
rmspc (8)
RNAAgeCalc (61)
RNAdecay (47)
rnaEditr (40)
RNAinteract (48)
RNAither (18)
rnaither (0)
RNAmodR (57)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (48)
RNAmodR.ML (46)
RNAmodR.RiboMethSeq (47)
RNAprobR (22)
RNAsense (45)
rnaseqcomp (56)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (18)
RNASeqPower (162)
RNASeqR (62)
RnaSeqSampleSize (96)
RnBeads (275)
Rnits (55)
roar (70)
ROC (1153)
ROCpAI (46)
Roleswitch (8)
Rolexa (1)
rols (268)
roma (0)
ROntoTools (95)
ropls (564)
ROSeq (47)
ROTS (151)
RPA (60)
rprimer (2)
RProtoBufLib (1797)
RpsiXML (65)
rpx (266)
Rqc (197)
rqt (49)
rqubic (67)
rRDP (52)
Rredland (0)
RRHO (96)
rrvgo (160)
Rsamtools (16644)
rsbml (91)
rScudo (50)
rsemmed (48)
RSeqAn (67)
rSFFreader (2)
RSNPper (0)
Rsubread (1762)
RSVSim (59)
rSWeeP (47)
rTANDEM (23)
RTCA (54)
RTCGA (531)
RTCGAToolbox (394)
RTN (119)
RTNduals (62)
RTNsurvival (59)
RTools4TB (0)
RTopper (52)
Rtpca (47)
rtracklayer (17426)
Rtreemix (56)
rTRM (63)
rTRMui (50)
runibic (68)
Ruuid (0)
RUVcorr (57)
RUVnormalize (66)
RUVSeq (791)
RVS (52)
RWebServices (1)
rWikiPathways (262)

S

S4Vectors (42849)
safe (395)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (51)
SAGx (77)
SAIGEgds (77)
samExploreR (15)
sampleClassifier (47)
SamSPECTRAL (129)
sangeranalyseR (118)
sangerseqR (294)
SANTA (38)
sapFinder (13)
saps (1)
sarks (46)
satuRn (34)
savR (79)
SBGNview (63)
sbgr (1)
SBMLR (51)
SC3 (421)
Scale4C (49)
ScaledMatrix (3279)
scAlign (58)
SCAN.UPC (136)
scanMiR (13)
scanMiRApp (9)
scAnnotatR (9)
SCANVIS (58)
SCArray (34)
SCATE (43)
scater (4150)
scatterHatch (5)
scBFA (48)
SCBN (68)
scCB2 (49)
scClassifR (37)
scClassify (62)
sccomp (2)
scDataviz (56)
scDblFinder (334)
scDD (122)
scde (320)
scds (201)
SCFA (48)
scFeatureFilter (49)
scfind (6)
scGPS (47)
schex (114)
scHOT (60)
ScISI (59)
scMAGeCK (55)
scmap (195)
scMerge (183)
scmeth (50)
SCnorm (133)
scone (145)
Sconify (50)
SCOPE (53)
scoreInvHap (48)
scp (54)
scPCA (70)
scPipe (84)
scran (3030)
scReClassify (6)
scRecover (61)
scRepertoire (160)
scruff (62)
scry (80)
scShapes (10)
scsR (5)
scTensor (64)
scTGIF (40)
scTHI (49)
scTreeViz (7)
scuttle (4791)
SDAMS (51)
sechm (29)
segmenter (11)
segmentSeq (107)
selectKSigs (47)
SELEX (57)
SemDist (50)
semisup (52)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (53)
seq2pathway (59)
SeqArray (599)
seqbias (61)
seqCAT (53)
seqCNA (65)
seqcombo (57)
SeqGate (47)
SeqGSEA (101)
seqLogo (1639)
Seqnames (0)
seqPattern (420)
seqplots (56)
seqsetvis (63)
SeqSQC (51)
seqTools (114)
SeqVarTools (369)
sesame (329)
SEtools (57)
sevenbridges (89)
sevenC (53)
SGSeq (342)
SharedObject (93)
shinyepico (36)
shinyMethyl (94)
shinyTANDEM (15)
ShortRead (5028)
shortread (0)
SIAMCAT (101)
SICtools (45)
sidap (0)
sigaR (13)
SigCheck (54)
sigFeature (109)
SigFuge (51)
siggenes (2153)
sights (57)
signatureSearch (98)
signeR (76)
signet (5)
sigPathway (144)
SigsPack (49)
sigsquared (51)
SIM (53)
SIMAT (54)
SimBindProfiles (55)
SIMD (47)
SimFFPE (48)
similaRpeak (55)
SIMLR (213)
simpleaffy (350)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (143)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (22)
sincell (60)
SingleCellExperiment (7915)
SingleCellSignalR (150)
singleCellTK (104)
SingleMoleculeFootprinting (25)
SingleR (1802)
SingleRBook (3)
singscore (516)
SISPA (51)
sitadela (30)
sitePath (47)
sizepower (63)
SJava (1)
skewr (49)
slalom (56)
SLGI (52)
slingshot (804)
slinky (55)
SLqPCR (68)
SMAD (51)
SMAP (56)
SMITE (55)
SNAData (0)
SNAGEE (48)
snapCGH (60)
snapcount (52)
snifter (76)
snm (136)
snpAssoc (0)
SNPchip (33)
SNPediaR (52)
SNPhood (51)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1156)
snpStats (1268)
soGGi (173)
sojourner (44)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (158)
SOMNiBUS (32)
SpacePAC (52)
spade (1)
Spaniel (75)
sparrow (8)
sparseDOSSA (53)
sparseMatrixStats (8105)
sparsenetgls (46)
SparseSignatures (54)
SpatialCPie (68)
spatialDE (12)
SpatialDecon (57)
SpatialExperiment (296)
spatialHeatmap (41)
spatzie (10)
specL (56)
SpeCond (104)
Spectra (175)
SpectralTAD (59)
SPEM (75)
SPIA (475)
spicyR (41)
SpidermiR (69)
spikeLI (56)
spiky (14)
spkTools (55)
splatter (363)
splicegear (4)
spliceR (5)
spliceSites (4)
SplicingFactory (32)
SplicingGraphs (105)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (76)
SPLINTER (51)
splots (123)
SPONGE (57)
spotSegmentation (5)
spqn (49)
SPsimSeq (49)
SQLDataFrame (50)
SQUADD (49)
sRACIPE (49)
SRAdb (371)
sRAP (5)
SRGnet (25)
srnadiff (47)
sscore (52)
sscu (54)
sSeq (187)
ssize (78)
SSPA (277)
ssPATHS (47)
ssrch (49)
ssviz (55)
stageR (149)
stam (0)
STAN (57)
staRank (48)
StarBioTrek (55)
Starr (5)
STATegRa (60)
statTarget (114)
stepNorm (52)
stepwiseCM (2)
strandCheckR (49)
Streamer (54)
STRINGdb (699)
STROMA4 (51)
struct (102)
Structstrings (72)
structToolbox (74)
StructuralVariantAnnotation (136)
SubCellBarCode (52)
subSeq (69)
SummarizedBenchmark (57)
SummarizedExperiment (29623)
Summix (29)
supersigs (26)
supraHex (269)
surfaltr (7)
survcomp (743)
survtype (53)
Sushi (267)
sva (5172)
svaNUMT (10)
SVAPLSseq (5)
svaRetro (8)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (70)
SwathXtend (63)
swfdr (59)
SwimR (37)
switchBox (93)
switchde (61)
synapsis (7)
synapter (67)
synergyfinder (148)
SynExtend (48)
synlet (48)
SynMut (50)
systemPipeR (1220)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (55)
systemPipeTools (29)

T

TADCompare (51)
tanggle (8)
TAPseq (52)
target (53)
TargetDecoy (6)
TargetScore (56)
TargetSearch (59)
targetsearch (0)
TarSeqQC (59)
TBSignatureProfiler (46)
TCC (301)
TCGAbiolinks (2419)
TCGAbiolinksGUI (117)
TCGAutils (558)
TCseq (130)
TDARACNE (54)
tdaracne (0)
tenXplore (48)
TEQC (72)
ternarynet (51)
TFARM (47)
TFBSTools (1033)
TFEA.ChIP (67)
TFHAZ (45)
TFutils (49)
tidybulk (134)
tidySingleCellExperiment (71)
tidySummarizedExperiment (104)
tiger (0)
tigre (57)
TileDBArray (49)
tilingArray (78)
timecourse (71)
timeOmics (60)
TimerQuant (0)
timescape (75)
TimeSeriesExperiment (63)
TimiRGeN (44)
TIN (55)
TissueEnrich (99)
TitanCNA (85)
tkWidgets (608)
tLOH (24)
TMixClust (72)
TNBC.CMS (47)
TnT (54)
TOAST (85)
tofsims (58)
tomoda (45)
ToPASeq (27)
topconfects (98)
topdownr (49)
topGO (2774)
topicmodels (0)
ToxicoGx (44)
TPP (89)
TPP2D (58)
tracktables (93)
trackViewer (271)
tradeSeq (310)
TrajectoryGeometry (29)
TrajectoryUtils (395)
transcriptogramer (49)
transcriptR (56)
transformGamPoi (7)
transite (54)
tRanslatome (49)
transomics2cytoscape (45)
TransView (52)
TraRe (30)
traseR (51)
Travel (21)
traviz (9)
TreeAndLeaf (58)
treeio (7510)
treekoR (27)
TreeSummarizedExperiment (256)
TReNA (1)
trena (51)
Trendy (60)
TRESS (7)
tricycle (41)
triform (4)
trigger (55)
trio (92)
triplex (54)
tripr (8)
tRNA (77)
tRNAdbImport (57)
tRNAscanImport (59)
TRONCO (70)
TSCAN (213)
tscR (51)
tspair (53)
TSRchitect (52)
TSSi (2)
ttgsea (36)
TTMap (48)
TurboNorm (53)
TVTB (62)
tweeDEseq (94)
twilight (94)
twoddpcr (54)
txcutr (6)
tximeta (972)
tximport (2706)
TxRegInfra (16)
TypeInfo (56)

U

Ularcirc (50)
UMI4Cats (45)
uncoverappLib (41)
UNDO (58)
unifiedWMWqPCR (55)
UniProt.ws (269)
Uniquorn (46)
universalmotif (266)
uSORT (47)

V

VAExprs (9)
VanillaICE (63)
VarCon (30)
variancePartition (368)
VariantAnnotation (6252)
VariantExperiment (48)
VariantFiltering (62)
VariantTools (95)
vasp (19)
VaSP (38)
vbmp (74)
VCFArray (48)
Vega (5)
VegaMC (49)
velociraptor (91)
veloviz (11)
VennDetail (120)
VERSO (45)
vidger (105)
viper (464)
virtualArray (0)
ViSEAGO (172)
vissE (39)
VplotR (47)
vsn (4147)
vtpnet (49)
vulcan (48)

W

waddR (59)
wateRmelon (753)
wavClusteR (56)
waveTiling (4)
weaver (62)
webbioc (59)
weitrix (48)
widgetInvoke (0)
widgetTools (622)
wiggleplotr (106)
wpm (54)
wppi (30)
Wrench (738)

X

XBSeq (25)
XCIR (46)
xcms (1231)
XDE (56)
Xeva (60)
XINA (51)
xmapbridge (57)
xmapcore (0)
XNAString (27)
xps (26)
XVector (35325)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (54)
YAPSA (91)
yaqcaffy (28)
yarn (79)

Z

zellkonverter (277)
zFPKM (121)
zinbwave (628)
zlibbioc (36710)