Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-07-30 08:55:15 -0700 (Wed, 30 Jul 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (125134)
2BiocGenerics (95684)
3IRanges (93522)
4Biobase (92578)
5AnnotationDbi (79161)
6limma (59423)
7zlibbioc (56752)
8Biostrings (53301)
9GenomicRanges (49985)
10annotate (46016)
11genefilter (41651)
12Rsamtools (40838)
13biomaRt (39836)
14XVector (38517)
15rtracklayer (37786)
16affy (37421)
17graph (36607)
18preprocessCore (36258)
19GenomicFeatures (35818)
20affyio (33522)
21BSgenome (33318)
22geneplotter (26411)
23multtest (26039)
24edgeR (25189)
25DESeq (22507)
26GenomeInfoDb (22181)
27RBGL (21596)
28flowCore (20721)
29Rgraphviz (19845)
30impute (19696)
31mzR (18401)
32xcms (18356)
33GEOquery (17929)
34biovizBase (17754)
35gcrma (17406)
36VariantAnnotation (16351)
37ShortRead (15158)
38vsn (14504)
39DESeq2 (14318)
40qvalue (13942)
41AnnotationForge (13596)
42affyPLM (13262)
43Gviz (13245)
44GSEABase (12841)
45BiocParallel (12234)
46cummeRbund (12159)
47simpleaffy (11869)
48Category (11651)
49GenomicAlignments (11263)
50GOstats (11019)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Aug/201318067688596
Sep/2013242021083196
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201433969589751
All months2436159585741

A

a4 (2275)
a4Base (2345)
a4Classif (2220)
a4Core (2365)
a4Preproc (2350)
a4Reporting (2155)
ABarray (2133)
ABSSeq (600)
aCGH (2906)
ACME (2102)
ADaCGH2 (1967)
adSplit (1955)
AdvancedR (2)
AdvancedR2011 (8)
AdvancedR2011Data (8)
affxparser (10131)
affy (37421)
affycomp (3060)
AffyCompatible (2249)
affyContam (2005)
affycoretools (5023)
affydata (1)
AffyExpress (2289)
affyILM (1939)
affyio (33522)
affylmGUI (3257)
affyPara (1967)
affypdnn (2330)
affyPLM (13262)
affyQCReport (6489)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (1954)
AffyTiling (2103)
AGDEX (1834)
Agi4x44PreProcess (1873)
agilp (2156)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2405)
AllelicImbalance (1362)
alsace (571)
altcdfenvs (2036)
ampliQueso (1329)
annaffy (9859)
AnnBuilder (30)
annmap (916)
annotate (46016)
annotation (280)
AnnotationDbi (79161)
AnnotationForge (13596)
AnnotationFuncs (2031)
AnnotationHub (2932)
annotationTools (2335)
anota (1948)
antiProfiles (1727)
apcluster (1)
apComplex (2086)
aroma.light (5227)
ArrayExpress (4526)
ArrayExpressHTS (1058)
arrayMagic (7)
arrayMvout (1897)
arraymvout (1)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (2690)
arrayQualityMetrics (4771)
arrays (441)
ArrayTools (2315)
ArrayTV (1402)
ARRmNormalization (1627)
ASEB (1736)
asmn (630)
ASSET (1216)
ASSIGN (582)
AtlasRDF (600)
attract (1857)

B

BAC (1773)
BADER (1484)
BAGS (1302)
ballgown (4)
BaseSpaceR (1664)
Basic4Cseq (598)
BasicASE (1)
BayesPeak (2767)
baySeq (4105)
bcellViper (3)
BCRANK (2147)
beadarray (6349)
beadarraySNP (2062)
BeadDataPackR (5757)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (5)
BEAT (596)
betr (1982)
bgafun (1898)
BGmix (943)
bgx (1842)
BHC (2289)
BicARE (1862)
BiGGR (1338)
bigmemoryExtras (990)
bioassayR (1496)
Biobase (92578)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1921)
BiocCheck (698)
biocDatasets (30)
BiocGenerics (95684)
biocGraph (2073)
BiocInstaller (125134)
biocinstaller (1)
BiocParallel (12234)
BiocStyle (2836)
biocViews (2371)
bioDist (4473)
biomaRt (39836)
BioMVCClass (2042)
biomvRCNS (1471)
BioNet (3020)
BioSeqClass (1932)
Biostrings (53301)
biostrings (1)
biosvd (596)
biovizbase (1)
biovizBase (17754)
BiRewire (1280)
birta (1777)
BiSeq (2067)
BitSeq (2286)
blima (82)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2051)
BrainStars (1749)
bridge (1849)
BSgenome (33318)
bsseq (2155)
BufferedMatrix (1730)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1670)
bumphunter (6597)
BUS (1642)
BuxcoR (21)

C

CAFE (530)
CAGEr (1692)
CALIB (1617)
CAMERA (2888)
cancerclass (1585)
CancerMutationAnalysis (1649)
casper (1550)
Category (11651)
categoryCompare (1666)
ccrepe (595)
cellGrowth (1572)
cellhts (1)
cellHTS (1713)
cellHTS2 (2554)
CellNOptR (1919)
CexoR (1179)
CGEN (1769)
CGHbase (2197)
CGHcall (2045)
cghcall (1)
cghMCR (1737)
CGHnormaliter (1641)
CGHregions (1711)
ChAMP (2045)
ChAMPdata (3)
charm (1892)
ChemmineOB (1528)
ChemmineR (3052)
chemminer (3)
chimera (2277)
chipenrich (1194)
chipenrich.data (3)
ChIPpeakAnno (4375)
ChIPQC (623)
ChIPseeker (709)
chipseq (3586)
ChIPseqR (1867)
ChIPsim (1795)
ChIPXpress (778)
chopsticks (2027)
chroGPS (1529)
ChromHeatMap (1775)
cisPath (1519)
cleanUpdTSeq (1193)
cleaver (1469)
clippda (1589)
clipper (1686)
Clomial (523)
Clonality (1612)
clonotypeR (1167)
clst (1595)
clstutils (1558)
clusterProfiler (2968)
clusterprofiler (2)
clusterStab (1886)
CMA (2370)
cn.farms (1612)
cn.mops (2593)
cnanorm (1)
CNAnorm (1767)
CNEr (640)
CNORdt (1506)
CNORfeeder (1440)
CNORfuzzy (1515)
CNORode (1521)
CNTools (1881)
cnvGSA (1574)
CNVrd2 (1101)
CNVtools (1822)
cnvtools (1)
cobindR (1163)
CoCiteStats (1740)
codelink (1718)
CoGAPS (433)
coGPS (1501)
COHCAP (639)
COHCAPanno (3)
COMPASS (554)
compcodeR (632)
CompGO (546)
ConsensusClusterPlus (2708)
convert (2876)
copa (1797)
COPDSexualDimorphism (519)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1666)
CopyNumber450k (555)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1515)
CorMut (1572)
coRNAi (1562)
CORREP (1637)
cosmiq (45)
cosmo (202)
cosmoGUI (234)
CoverageView (327)
cqn (2300)
CRImage (1866)
CRISPRseek (614)
crlmm (3188)
CSAR (2007)
CSSP (1176)
ctc (3944)
cummeRbund (12159)
CummeRbund (1)
customProDB (1264)
cycle (1735)

D

dagLogo (1110)
dama (2)
daMA (1553)
DART (1603)
DASiR (1597)
DAVIDQuery (2206)
DBChIP (1612)
ddCt (2095)
ddgraph (1588)
DECIPHER (1747)
DeconRNASeq (1566)
DEDS (1701)
deepSNV (1737)
DEGraph (1826)
DEGreport (44)
DEGseq (3583)
deltaGseg (1408)
DESeq (22507)
DESeq2 (14318)
DEXSeq (7080)
dexus (1556)
DFP (1558)
DiffBind (3525)
diffGeneAnalysis (1772)
DirichletMultinomial (1646)
dks (1515)
DMRcate (591)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (529)
DNAcopy (9450)
DNaseR (1220)
domainsignatures (1671)
DOQTL (39)
DOSE (3196)
DriverNet (1481)
DrugVsDisease (1512)
DSS (1750)
DTA (1529)
dualKS (1103)
DupChecker (42)
dyebias (1561)
DynDoc (8445)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1672)
easyRNASeq (4222)
EBarrays (2156)
EBcoexpress (1671)
EBImage (7375)
EBSeq (2737)
ecolitk (1642)
EDASeq (2562)
edd (70)
EDDA (548)
edger (1)
edgeR (25189)
eiR (769)
eisa (2026)
ELBOW (548)
ensemblVEP (2128)
ENVISIONQuery (1586)
epigenomix (1456)
epivizr (1181)
eQTL (19)
Evomics2012 (1)
Evomics2012Data (1)
ExiMiR (1630)
exomeCopy (2121)
exomePeak (1190)
exonmap (131)
explorase (1326)
ExpressionView (1670)
expressionview (1)
externalVector (567)

F

fabia (2135)
factDesign (1860)
farms (1793)
fastLiquidAssociation (527)
fastseg (1636)
fbat (26)
fdrame (1697)
ffpe (1545)
FGNet (1287)
flagme (1678)
Fletcher2013a (3)
flipflop (1118)
flowBeads (1181)
flowBin (574)
flowCL (530)
flowClean (37)
flowClust (2533)
flowCore (20721)
flowCyBar (539)
flowDensity (45)
flowFit (1154)
flowFlowJo (1717)
flowFP (1804)
flowMap (1159)
flowMatch (544)
flowMeans (2001)
flowMerge (1852)
flowPeaks (1590)
flowPhyto (1540)
flowPlots (1627)
flowQ (1195)
flowq (1)
flowQB (1470)
flowStats (2571)
flowTrack (1)
flowTrans (1695)
flowType (1746)
flowUtils (1900)
flowViz (4645)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3076)
fmcsR (1958)
fOptions (1)
FRGEpistasis (520)
frma (2638)
frmaTools (1806)
FunciSNP (1726)

G

gaga (1690)
gage (3803)
gaggle (1580)
gaia (1558)
gaucho (520)
gCMAP (1513)
gCMAPWeb (1388)
gcrma (17406)
genArise (1554)
GENE.E (1671)
gene2pathway (286)
GeneAnswers (3511)
GeneExpressionSignature (1647)
genefilter (41651)
genefu (2063)
GeneGA (889)
GeneGroupAnalysis (536)
GeneMeta (2065)
GeneNetworkBuilder (1543)
GeneOverlap (610)
geneplotter (26411)
GeneR (86)
geneRecommender (1799)
GeneRegionScan (1566)
generegulation (108)
GeneRfold (34)
geneRxCluster (581)
GeneSelectMMD (1594)
GeneSelector (1891)
GeneSpring (23)
geNetClassifier (1440)
GeneticsBase (38)
GeneticsDesign (1678)
GeneticsPed (1819)
GeneTraffic (62)
GeneTS (2)
genoCN (1590)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3678)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (22181)
genomeIntervals (4241)
genomes (1822)
GenomicAlignments (11263)
GenomicFeatures (35818)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (576)
GenomicRanges (49985)
Genominator (2087)
genoset (2437)
GEOmetadb (2675)
GEOquery (17929)
GEOsubmission (1573)
GEWIST (1486)
gff3Plotter (4)
GGBase (3135)
ggbio (10184)
GGtools (2447)
girafe (1922)
GLAD (2356)
GlobalAncova (1992)
globaltest (3877)
gmapR (994)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (1882)
goProfiles (2043)
goprofiles (2)
GOSemSim (3947)
gosemsim (1)
goseq (4180)
GOSim (1645)
GOstats (11019)
GOTHiC (618)
goTools (2274)
gpls (2338)
gprege (1511)
graph (36607)
GraphAlignment (1578)
GraphAT (1591)
graphite (2590)
GraphPAC (1412)
GRENITS (1648)
GSAR (59)
GSBenchMark (4)
GSCA (501)
GSEABase (12841)
GSEAlm (2167)
GSReg (4)
GSRI (1556)
GSVA (2299)
Gviz (13245)
gwascat (1737)
GWASTools (2791)

H

h5vc (1281)
hapFabia (1506)
harshlight (1)
Harshlight (1613)
HCsnip (1347)
HDTD (56)
healthyFlowData (3)
Heatplus (5794)
HELP (1593)
HEM (1531)
hem (1)
hexbin (204)
hiAnnotator (64)
highthroughputassays (36)
HilbertVis (2964)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1466)
HiTC (1675)
HMMcopy (1670)
hopach (2836)
hpar (1610)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2544)
HTSanalyzeR (2042)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (440)
htseqtools (2)
htSeqTools (1898)
HTSFilter (1672)
HybridMTest (1501)
hyperdraw (1704)
hypergraph (2210)

I

iASeq (1726)
iBBiG (1564)
ibh (1451)
iBMQ (1287)
Icens (3207)
iChip (1539)
iClusterPlus (601)
idiogram (1634)
IdMappingAnalysis (1473)
IdMappingRetrieval (1490)
iFlow (438)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8125)
imageHTS (1643)
impute (19696)
INPower (509)
inSilicoDb (2180)
inSilicoMerging (2031)
intansv (1250)
interactiveDisplay (1646)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (78)
inveRsion (1490)
inversion (1)
iontree (1490)
iPAC (1544)
IPPD (1666)
IRanges (93522)
iranges (1)
iSeq (1553)
isobar (1889)
IsoGeneGUI (1572)
iSPlot (1)
ITALICS (1512)
iterativeBMA (1550)
iterativeBMAsurv (1548)

J

jmosaics (1386)
joda (1472)

K

KCsmart (1549)
KEGGgraph (6060)
keggorth (9)
keggorthology (1791)
KEGGprofile (1862)
KEGGREST (5341)
KEGGSOAP (1008)

L

lapmix (1680)
LBE (1861)
les (1545)
limma (59423)
limmaGUI (2963)
LiquidAssociation (1544)
liquidassociation (1)
lmdme (1480)
LMGene (1867)
logicFS (1987)
logitt (1)
logitT (1585)
lol (1549)
LPE (2033)
LPEadj (1493)
lpNet (1438)
lumi (8515)
LVSmiRNA (1627)

M

maanova (2298)
macat (1548)
maCorrPlot (1495)
maDB (627)
madb (1)
made4 (3832)
maigesPack (1548)
makecdfenv (3128)
makePlatformDesign (31)
MANOR (1548)
manta (1550)
MantelCorr (1508)
maPredictDSC (1134)
marray (10794)
maSigPro (2541)
maskBAD (1439)
MassArray (1672)
massiR (520)
MassSpecWavelet (3015)
matchBox (1472)
matchprobes (128)
MBCB (1560)
mBPCR (1527)
mcaGUI (1545)
MCRestimate (1756)
mdqc (1736)
MeasurementError.cor (1460)
MEDIPS (2302)
MEDME (1540)
MEIGOR (6)
MergeMaid (2265)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (550)
meshr (517)
messina (521)
metaArray (2173)
metagenomeSeq (2065)
metahdep (1504)
metaMS (540)
metaMSdata (3)
metaR (53)
metaSeq (1121)
metaseqR (526)
methVisual (1651)
methyAnalysis (2109)
MethylAid (41)
methylMnM (1157)
methylPipe (4)
MethylSeekR (1585)
methylumi (7682)
Mfuzz (3386)
mfuzz (1)
mgsa (1719)
MiChip (1496)
microRNA (2369)
MIMOSA (547)
MineICA (1401)
minet (3419)
minfi (8413)
MinimumDistance (1492)
MiPP (1565)
MiRaGE (1482)
miRNApath (1813)
Mirsynergy (537)
mitoODE (1071)
MLInterfaces (2762)
MLP (1592)
MLSeq (549)
MMDiff (1447)
mmnet (603)
MmPalateMiRNA (1607)
monocle (115)
MoPS (46)
mosaics (1805)
MotifDb (2746)
motifRG (1603)
motifStack (2424)
MotIV (2806)
mQTL.NMR (9)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1118)
msmsTests (1094)
MSnbase (2858)
msQC (51)
MSstats (1385)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1533)
MultiMed (6)
multiscan (1468)
multtest (26039)
MVCClass (1545)
mzID (1422)
mzR (18401)

N

NarrowPeaks (1542)
ncdfFlow (2697)
NCIgraph (1854)
neaGUI (1185)
nem (1615)
netbiov (9)
NetPathMiner (532)
netresponse (1525)
NetSAM (1232)
networkBMA (1438)
nnNorm (1490)
NOISeq (2754)
nondetects (528)
NormqPCR (1817)
npGSEA (534)
NTW (1495)
nucleR (1620)
nucler (1)
nudge (1494)
NuPoP (1537)

O

occugene (1609)
OCplus (1722)
oligo (9101)
oligoClasses (9932)
OLIN (1632)
OLINgui (1517)
omicade4 (1229)
OmicCircos (1563)
oneChannelGUI (2353)
ontoCAT (1673)
ontoTools (50)
openCyto (1096)
oposSOM (27)
OrderedList (2349)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2661)
OSAT (1429)
OTUbase (1634)
OutlierD (1698)

P

PADOG (1478)
paircompviz (1129)
pairseqsim (6)
pamr (52)
PAnnBuilder (1724)
panp (1762)
PANR (1508)
PAPi (1404)
parody (1909)
pathifier (1177)
PathNet (1396)
pathRender (1660)
pathview (4437)
PatientGeneSets (101)
Pbase (14)
pcaGoPromoter (1811)
pcaMethods (5966)
pcot2 (1516)
PCpheno (1511)
pdInfoBuilder (2357)
pdmclass (1664)
PECA (644)
pepDat (4)
PGSEA (2185)
pgUtils (753)
phenoDist (1325)
phenoTest (1670)
PhenStat (587)
phyloseq (3850)
piano (2236)
pickgene (1502)
PICS (2263)
PING (1611)
pint (1551)
pkgDepTools (1779)
pkgdeptools (2)
plateCore (1529)
plethy (1101)
plgem (1544)
plier (2912)
PLPE (1633)
plrs (1365)
plw (1490)
Polyfit (19)
ppiStats (1641)
prada (3213)
prebs (1378)
PREDA (1547)
predictionet (845)
preprocessCore (36258)
PROcess (2176)
procoil (1456)
ProCoNA (1130)
pRoloc (1456)
pRolocGUI (29)
PROMISE (1526)
prot2D (1124)
proteinProfiles (1305)
PSICQUIC (1224)
puma (1843)
pvac (1536)
pvca (1584)
Pviz (22)
PWMEnrich (1769)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1050)
QDNAseq (594)
qpcrNorm (1682)
qpgraph (2613)
qrqc (1971)
QUALIFIER (1107)
quantsmooth (3222)
QuasR (3573)
qusage (1167)
qvalue (13942)

R

r3Cseq (1580)
R453Plus1Toolbox (1655)
rama (1656)
RamiGO (2025)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1442)
RankProd (4008)
Rariant (519)
RbcBook1 (1675)
RBGL (21596)
rbioinf (1)
RBioinf (1678)
rBiopaxParser (1547)
Rbowtie (3408)
rbsurv (1637)
Rcade (1454)
RCASPAR (1485)
Rchemcpp (1223)
RchyOptimyx (1549)
Rcpi (853)
RCytoscape (3675)
RDAVIDWebService (1649)
Rdbi (44)
RdbiPgSQL (36)
Rdisop (1867)
RDRToolbox (1897)
ReactomePA (2319)
ReadqPCR (1912)
reb (1490)
RedeR (2053)
REDseq (1725)
RefNet (530)
RefNet.db (3)
RefPlus (1561)
Repitools (2699)
ReportingTools (4827)
ReQON (1522)
Resourcerer (1527)
rflowcyt (33)
rfPred (1127)
rGADEM (3187)
RGalaxy (1573)
rgl (1)
Rgraphviz (19845)
RGSEA (42)
rhdf5 (9690)
rHVDM (1492)
riboSeq (24)
Ringo (3159)
Rintact (10)
RIPSeeker (1690)
Risa (1554)
RLMM (1513)
RMAGEML (27)
rmagpie (1)
Rmagpie (1510)
RMAPPER (1474)
RMassBank (1523)
rMAT (907)
RmiR (1836)
RNAinteract (1529)
RNAither (1601)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1543)
RNASeqPower (1549)
roar (567)
ROC (4868)
Roleswitch (1138)
RoleswitchData (3)
Rolexa (1670)
rols (1703)
ROntoTools (1443)
RPA (1687)
RpsiXML (1824)
rpx (565)
rqubic (1536)
Rredland (7)
RRHO (1219)
rrp (1)
Rsamtools (40838)
rsbml (1916)
rSFFreader (799)
RSNPper (6)
Rsubread (2467)
RSVSim (1435)
rTANDEM (1718)
RTCA (1559)
RTN (1235)
RTools4TB (29)
RTopper (1509)
rtracklayer (37786)
Rtreemix (1554)
rTRM (1212)
rTRMui (1112)
Ruuid (59)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (71)
RWebServices (381)
rxSeq (3)

S

S4Vectors (1206)
safe (1729)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1588)
SAGx (1934)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1642)
sangerseqR (577)
SANTA (1332)
sapFinder (560)
savR (494)
SBMLR (1620)
SCAN.UPC (1897)
ScISI (1687)
scsR (494)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (3)
SeattleIntro2011Data (3)
SeattleIntro2012 (3)
SeattleIntro2012Data (4)
segmentSeq (1703)
SemSim (23)
SeqArray (1479)
seqbias (1715)
seqCNA (1157)
SeqGSEA (2047)
seqLogo (5579)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (12)
SequenceAnalysisData (113)
SeqVarTools (1180)
shinyMethyl (22)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1094)
ShortRead (15158)
sigaR (1538)
SigFuge (1134)
siggenes (10727)
sigPathway (2098)
SIM (1579)
SimBindProfiles (1073)
simpleaffy (11869)
simulatorAPMS (40)
sizepower (1948)
SJava (452)
SLGI (1524)
slgi (1)
SLqPCR (1894)
SMAP (1490)
SNAGEE (1325)
snapCGH (2004)
snm (1702)
SNPchip (3157)
snpMatrix (301)
snpStats (5502)
SomatiCA (1418)
SomaticSignatures (662)
SpacePAC (1091)
spade (2106)
SpeCond (1566)
SPEM (1304)
SPIA (2881)
spikeLI (1454)
spkTools (1475)
splicegear (1490)
spliceR (1520)
spliceSites (1106)
SplicingGraphs (1456)
splots (2574)
spotSegmentation (1485)
SQUADD (1441)
SRAdb (3258)
sRAP (1187)
sscore (1489)
sSeq (1143)
ssize (1933)
SSPA (1733)
ssviz (36)
stam (6)
STAN (1)
staRank (1403)
Starr (1724)
stepNorm (1509)
stepwiseCM (1466)
Streamer (1684)
STRINGdb (1352)
StudentGWAS (8)
supraHex (1168)
survcomp (3171)
Sushi (589)
sva (6264)
SwimR (1064)
synapter (1583)

T

TargetScore (1181)
TargetSearch (1614)
TCC (1680)
TDARACNE (1617)
TEQC (1708)
ternarynet (1424)
TFBSTools (1469)
tigre (1605)
tilingArray (2294)
timecourse (1987)
TitanCNA (523)
tkWidgets (6590)
topGO (7020)
trackViewer (570)
tRanslatome (1256)
TransView (1547)
triform (1398)
trigger (1518)
trio (1326)
triplex (1436)
tspair (1632)
TSSi (1557)
TurboNorm (1568)
tweeDEseq (1908)
twilight (2477)
typeinfo (1)
TypeInfo (1561)

U

UNDO (519)
unifiedWMWqPCR (527)
UniProt.ws (1803)

V

VanillaICE (1823)
VariantAnnotation (16351)
VariantFiltering (615)
variants (172)
VariantTools (978)
vbmp (1868)
Vega (1508)
VegaMC (1513)
viper (531)
virtualArray (2179)
vsn (14504)
vtpnet (1109)

W

wateRmelon (2747)
wavClusteR (59)
waveTiling (1445)
weaver (1951)
webbioc (1581)
widgetTools (6558)

X

xcms (18356)
XDE (1561)
xmapbridge (1469)
xmapcore (425)
XML2R (2)
xps (2267)
xtable (1)
XVector (38517)

Y

yaqcaffy (1810)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (56752)