Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2013-05-24 09:46:34 -0700 (Fri, 24 May 2013).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 30

1BiocInstaller (80992)
2Biobase (66897)
3IRanges (60070)
4BiocGenerics (58923)
5AnnotationDbi (58228)
6limma (45888)
7Biostrings (36795)
8annotate (35331)
9zlibbioc (35262)
10affy (32196)
11GenomicRanges (31967)
12genefilter (30887)
13preprocessCore (30329)
14affyio (29247)
15graph (26971)
16biomaRt (25530)
17Rsamtools (23559)
18BSgenome (21227)
19rtracklayer (20600)
20multtest (20479)
21geneplotter (18872)
22GenomicFeatures (17383)
23RBGL (16745)
24gcrma (16449)
25edgeR (15698)
26DESeq (14318)
27Rgraphviz (13874)
28vsn (13563)
29affyPLM (12985)
30impute (12839)

All Software packages

MonthDistinct IPsDownloads
Jun/201216052368139
Jul/201215515312120
Aug/201214393300937
Sep/201215330281168
Oct/201219593422708
Nov/201219127650725
Dec/201215900420398
Jan/201317953525884
Feb/201317526370706
Mar/201320335518196
Apr/201321575635013
May/201316949559377
All months1406635365371

A

a4 (1822)
a4Base (1839)
a4Classif (1761)
a4Core (1868)
a4Preproc (1820)
a4Reporting (1746)
ABarray (1846)
aCGH (2501)
ACME (1663)
ADaCGH2 (1483)
adSplit (1517)
AdvancedR (49)
AdvancedR2011 (4)
AdvancedR2011Data (4)
affxparser (8495)
affy (32196)
affycomp (2397)
AffyCompatible (1956)
affyContam (1625)
affycoretools (3501)
affydata (2)
AffyExpress (1916)
affyILM (1536)
affyio (29247)
affylmGUI (3034)
affyPara (1619)
affypdnn (1990)
affyPLM (12985)
affyQCReport (8126)
AffyRNADegradation (1407)
AffyTiling (1595)
AGDEX (1335)
Agi4x44PreProcess (1990)
agilp (1048)
AgiMicroRna (1913)
altcdfenvs (1648)
annaffy (11173)
AnnBuilder (40)
annmap (455)
annotate (35331)
AnnotationDbi (58228)
AnnotationForge (6646)
AnnotationFuncs (1459)
AnnotationHub (285)
annotationTools (1801)
anota (1358)
antiProfiles (210)
apComplex (1598)
aroma.light (4942)
ArrayExpress (3331)
ArrayExpressHTS (829)
arrayMagic (31)
arrayMvout (1445)
arrayQCplot (5)
arrayQuality (2259)
arrayQualityMetrics (4151)
ArrayTools (1889)
ARRmNormalization (227)
ASEB (1216)
attract (1407)

B

BAC (1382)
BaseSpaceR (217)
BayesPeak (2174)
baySeq (3485)
BCRANK (1539)
beadarray (5555)
beadarraySNP (1595)
BeadDataPackR (5129)
BeadExplorer (16)
betr (1574)
bgafun (1309)
BGmix (652)
bgx (1420)
BHC (1609)
BicARE (1388)
BigMatrix (6)
bigmemoryExtras (390)
bim (1)
Biobase (66897)
BiocCaseStudies (1587)
biocDatasets (44)
BiocGenerics (58923)
biocGraph (1673)
BiocInstaller (80992)
BiocParallel (307)
biocViews (1549)
bioDist (4055)
biomaRt (25530)
BioMVCClass (1370)
biomvRCNS (231)
BioNet (2325)
BioSeqClass (1444)
Biostrings (36795)
biovizBase (7054)
birta (1222)
BiSeq (225)
BitSeq (1503)
BRAIN (1261)
BrainStars (1250)
bridge (1355)
BSgenome (21227)
bsseq (899)
BufferedMatrix (1264)
BufferedMatrixMethods (1242)
bumphunter (253)
BUS (1213)

C

CAGEr (215)
CALIB (1178)
CAMERA (2066)
cancerclass (723)
CancerMutationAnalysis (1150)
casper (220)
Category (8758)
categoryCompare (1121)
cellGrowth (1009)
cellHTS (1248)
cellHTS2 (2016)
CellNOptR (1311)
CGEN (1237)
CGHbase (1635)
CGHcall (1538)
cghMCR (1281)
CGHnormaliter (1170)
CGHregions (1325)
charm (1487)
ChemmineR (1872)
chimera (298)
ChIPpeakAnno (3372)
chipseq (3091)
ChIPseqR (1466)
ChIPsim (1321)
ChIPXpress (338)
chopsticks (1500)
chroGPS (666)
ChromHeatMap (1318)
ChromoViz (6)
cisPath (195)
clippda (1145)
clipper (222)
Clonality (1116)
clonotypeR (2)
clst (1111)
clstutils (1078)
clusterProfiler (1831)
clusterStab (1315)
CMA (1801)
cn.farms (1175)
cn.mops (1462)
CNAnorm (1235)
CNORdt (682)
CNORfeeder (192)
CNORfuzzy (693)
CNORode (677)
CNTools (1400)
cnvGSA (1037)
CNVtools (1352)
CoCiteStats (1302)
codelink (1283)
CoGAPS (275)
coGPS (987)
ConsensusClusterPlus (1615)
convert (2410)
copa (1233)
copynumber (205)
Cormotif (1088)
CorMut (687)
coRNAi (1104)
CORREP (1214)
cosmo (759)
cosmoGUI (1052)
cqn (1664)
CRImage (1237)
crlmm (3077)
CSAR (1450)
ctc (2397)
cummeRbund (7504)
cycle (1145)

D

daMA (1159)
DART (1079)
DASiR (180)
DAVIDQuery (1480)
DBChIP (751)
ddCt (1580)
ddgraph (725)
DDiGGER (22)
DECIPHER (1117)
DeconRNASeq (685)
DEDS (1354)
deepSNV (1130)
DEGraph (1351)
DEGseq (3261)
deltaGseg (186)
DESeq (14318)
DESeq2 (628)
DEXSeq (5399)
dexus (203)
DFP (1151)
DiffBind (2366)
diffGeneAnalysis (1219)
DirichletMultinomial (736)
dks (1049)
DNAcopy (7518)
domainsignatures (1139)
DOSE (1924)
DriverNet (231)
DrugVsDisease (192)
DSS (788)
DTA (1088)
dualKS (1188)
DvDdata (3)
dyebias (1132)
DynDoc (10325)

E

EasyqpcR (756)
easyRNASeq (3009)
EBarrays (1616)
EBcoexpress (969)
EBImage (4487)
ecolitk (1189)
EDASeq (1943)
edd (207)
edgeR (15698)
EfficientR (2)
eiR (81)
eisa (1535)
ensemblVEP (237)
ENVISIONQuery (1050)
epigenomix (206)
Evomics2012 (4)
Evomics2012Data (11)
ExiMiR (1192)
exomeCopy (1423)
exonmap (169)
explorase (1129)
ExpressionView (1250)
externalVector (1091)

F

fabia (1453)
factDesign (1384)
FANTOM3and4CAGE (2)
farms (1397)
fastseg (2016)
fbat (45)
fdrame (1312)
ffpe (1029)
flagme (1215)
flowClust (1669)
flowCore (4013)
flowFitExampleData (3)
flowFlowJo (1256)
flowFP (1287)
flowMeans (1375)
flowMerge (1318)
flowPeaks (717)
flowPhyto (1115)
flowPlots (1165)
flowQ (1345)
flowQB (689)
flowStats (1651)
flowTrack (3)
flowTrans (1211)
flowType (1140)
flowUtils (1361)
flowViz (2894)
flowWorkspace (1621)
fmcsR (800)
frma (1876)
frmaTools (1282)
FunciSNP (821)

G

gaga (1153)
gage (1621)
gaggle (1219)
gaia (1093)
gCMAP (370)
gCMAPWeb (76)
gcrma (16449)
genArise (1144)
GENE.E (190)
gene2pathway (1346)
GeneAnswers (1640)
GeneExpressionSignature (1197)
genefilter (30887)
genefu (1533)
GeneGA (541)
GeneGroupAnalysis (1035)
GeneMeta (1477)
GeneNetworkBuilder (750)
geneplotter (18872)
GeneR (188)
geneRecommender (1202)
GeneRegionScan (1149)
GeneRfold (95)
GeneSelectMMD (1124)
GeneSelector (1355)
GeneSpring (75)
geNetClassifier (185)
GeneticsBase (59)
GeneticsDesign (1281)
GeneticsPed (1382)
GeneTraffic (60)
GeneTS (10)
genetw12 (1)
genoCN (1154)
GenomeGraphs (3783)
genomeIntervals (3427)
genomes (1229)
GenomicFeatures (17383)
GenomicRanges (31967)
Genominator (1747)
genoset (3049)
GEOmetadb (1876)
GEOquery (9937)
GEOsubmission (1186)
GEWIST (978)
gff3Plotter (5)
GGBase (2966)
ggbio (3218)
GGtools (2501)
girafe (1541)
GLAD (2006)
GlobalAncova (1576)
globaltest (3180)
gmapR (346)
GOFunction (1432)
goProfiles (1504)
GOSemSim (2170)
goseq (3511)
GOstats (8093)
goTools (1820)
gpls (1892)
gprege (987)
graph (26971)
GraphAlignment (1201)
GraphAT (1179)
graphite (1428)
GraphPAC (199)
GRENITS (1133)
GSEABase (10331)
GSEAlm (1448)
GSRI (1103)
GSVA (1576)
Gviz (5660)
gwascat (1132)
GWASTools (1726)

H

hapFabia (657)
Harshlight (1151)
HCsnip (180)
Heatplus (3395)
HELP (1176)
HEM (1131)
hexbin (332)
HilbertVis (1723)
HilbertVisGUI (1182)
HiTC (1091)
HMMcopy (729)
hopach (2310)
hpar (687)
HTqPCR (1931)
HTSanalyzeR (1592)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (212)
htSeqTools (1332)
HTSFilter (209)
HybridMTest (957)
hyperdraw (1267)
hypergraph (1854)

I

iASeq (986)
iBBiG (1105)
ibh (1014)
iBMQ (103)
Icens (2432)
iChip (1100)
idiogram (1218)
IdMappingAnalysis (993)
IdMappingRetrieval (994)
iFlow (713)
illuminaio (1089)
imageHTS (1016)
impute (12839)
inSilicoDb (1304)
inSilicoMerging (1219)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (190)
inveRsion (1009)
iontree (945)
iPAC (689)
IPPD (1110)
IRanges (60070)
iSeq (1151)
iSNetwork (2)
isobar (1207)
IsoGeneGUI (1092)
iSPlot (5)
ITALICS (1082)
iterativeBMA (1102)
iterativeBMAsurv (1111)
IWB2011 (2)

J

jmosaics (186)
joda (1026)

K

KCsmart (1105)
KEGGgraph (2861)
keggorth (25)
keggorthology (1524)
KEGGprofile (872)
KEGGREST (393)
KEGGSOAP (2640)

L

lapmix (1089)
LBE (1322)
les (1081)
leukemiasEset (2)
limma (45888)
limmaGUI (2349)
LiquidAssociation (1102)
lmdme (675)
LMGene (1462)
logicFS (1343)
logitT (1087)
lol (1080)
LPE (1683)
LPEadj (1095)
lpNet (183)
lumi (5881)
LVSmiRNA (1123)

M

maanova (1887)
macat (1144)
maCorrPlot (1108)
maDB (641)
made4 (2544)
maigesPack (1122)
makecdfenv (2710)
makePlatformDesign (104)
MANOR (1155)
manta (1007)
MantelCorr (1125)
marray (10792)
maSigPro (1953)
maskBAD (964)
MassArray (1191)
MassSpecWavelet (2518)
matchBox (648)
matchprobes (495)
MBCB (1094)
mBPCR (1078)
mcaGUI (1118)
MCRestimate (1236)
mdqc (1221)
MeasurementError.cor (1115)
MEDIPS (1621)
MEDME (1167)
MergeMaid (1779)
metaArray (1608)
metagenomeSeq (209)
metahdep (1088)
metaR (3)
methVisual (1205)
methyAnalysis (907)
MethylSeekR (218)
methylumi (5886)
Mfuzz (2798)
mgsa (1269)
MiChip (1102)
microRNA (2327)
MineICA (192)
minet (2560)
minfi (2587)
MinimumDistance (1016)
MiPP (1166)
MiRaGE (722)
miRNApath (1298)
MLInterfaces (2494)
MLP (1166)
MMDiff (197)
MMDiffBamSubset (4)
mmgmos (1)
MmPalateMiRNA (1068)
mosaics (1227)
MotifDb (1148)
motifRG (1018)
motifStack (1034)
MotIV (1637)
msmsEDA (1)
MSnbase (1378)
Mulcom (1081)
multiscan (1068)
multtest (20479)
MVCClass (1173)
mzR (4131)

N

NarrowPeaks (1003)
ncdfFlow (584)
NCIgraph (1395)
nem (1254)
netresponse (1108)
networkBMA (671)
nnNorm (1128)
NOISeq (1294)
NormqPCR (1306)
NTW (1049)
nucleR (1214)
nudge (1081)
NuPoP (1122)

O

occugene (1056)
OCplus (1305)
oligo (5743)
oligoClasses (6709)
OLIN (1204)
OLINgui (1136)
oneChannelGUI (1990)
ontoCAT (1124)
ontoTools (146)
OrderedList (1459)
OrganismDbi (967)
OSAT (682)
OTUbase (1190)
OutlierD (1242)

P

PADOG (695)
pairseqsim (3)
pamr (67)
PAnnBuilder (1246)
panp (1282)
PANR (1102)
PAPi (190)
parody (1558)
pathifier (1)
PathNet (210)
PathNetData (1)
pathRender (1144)
pathview (247)
PatientGeneSets (452)
pcaGoPromoter (1042)
pcaMethods (4072)
pcot2 (1103)
PCpheno (1066)
pdInfoBuilder (1852)
pdmclass (1323)
PGSEA (1673)
pgUtils (619)
phenoDist (800)
phenoTest (1163)
phyloseq (1698)
piano (241)
pickgene (1069)
PICS (1676)
PING (1043)
pint (1106)
pkgDepTools (1300)
plateCore (1055)
plgem (1132)
plier (2544)
PLPE (1096)
plrs (215)
plw (1050)
ppiStats (1195)
prada (2714)
prebs (178)
prebsdata (2)
PREDA (1112)
predictionet (564)
preprocessCore (30329)
PROcess (1805)
procoil (989)
pRoloc (235)
PROMISE (1030)
proteinProfiles (176)
puma (1441)
pvac (1084)
pvca (255)
PWMEnrich (763)

Q

qpcrNorm (1269)
qpgraph (1764)
qrqc (1415)
QUALIFIER (870)
quantsmooth (2279)
QuasR (301)
qvalue (9868)

R

r3Cseq (1041)
R453Plus1Toolbox (1256)
rama (1222)
RamiGO (1298)
randPack (997)
RangesRNAseqTutorial (45)
RankProd (3612)
RbcBook1 (1434)
RBGL (16745)
RBioinf (1284)
rBiopaxParser (229)
Rbowtie (298)
rbsurv (1110)
Rcade (661)
RCASPAR (1018)
RchyOptimyx (970)
RCytoscape (2500)
rcyTutorial (2)
Rdbi (110)
RdbiPgSQL (80)
Rdisop (1254)
RDRToolbox (1206)
ReactomePA (1369)
ReadqPCR (1380)
ReadsAlignmentsVariantsLab (26)
reb (1073)
RedeR (1449)
REDseq (1070)
RefPlus (1218)
Repitools (1695)
ReportingTools (1030)
reposTools (1)
ReQON (1063)
Resourcerer (1127)
rflowcyt (74)
rGADEM (1888)
RGalaxy (810)
Rgraphviz (13874)
Rgraphviz2 (4)
rhdf5 (1491)
rHVDM (1057)
Ringo (2439)
Rintact (30)
RIPSeeker (324)
Risa (658)
RLMM (1097)
RMAGEML (57)
Rmagpie (1078)
RMAPPER (1097)
RMassBank (778)
rMAT (668)
RmiR (1482)
RNAinteract (1063)
RNAither (1175)
rnaSeqMap (703)
RNASeqPower (196)
ROC (3382)
Rolexa (1258)
rols (746)
ROntoTools (205)
RPA (1126)
RpsiXML (1415)
rqubic (1044)
Rredland (22)
Rsamtools (23559)
rsbml (1467)
rSFFreader (340)
RSNPper (17)
Rsubread (778)
RSVSim (220)
rTANDEM (215)
RTCA (1090)
RTools4TB (136)
RTopper (1072)
rtracklayer (20600)
Rtreemix (1122)
Ruuid (181)
RWebServices (294)

S

safe (1237)
SAGElyzer (10)
sagenhaft (1077)
SAGx (1597)
SamSPECTRAL (1187)
SANTA (175)
SBMLR (1145)
SCAN.UPC (758)
ScISI (1233)
SeattleIntro2010 (17)
SeattleIntro2011 (15)
SeattleIntro2011Data (29)
SeattleIntro2012 (88)
SeattleIntro2012Data (102)
segmentSeq (1311)
SemSim (18)
SeqArray (182)
seqbias (1207)
seqCNA.annot (3)
SeqGSEA (261)
seqLogo (3882)
SequenceAnalysis (196)
SequenceAnalysisData (290)
ShortRead (11679)
sigaR (1026)
siggenes (5998)
sigPathway (1645)
SIM (1184)
simpleaffy (11504)
simulatorAPMS (53)
sizepower (1457)
SJava (288)
SLGI (1075)
SLqPCR (1291)
SMAP (1043)
SNAGEE (200)
snapCGH (1587)
snm (1165)
SNPchip (3060)
snpMatrix (582)
snpStats (5632)
SomatiCA (195)
SomatiCAData (2)
spade (1275)
spbtest (3)
SpeCond (1083)
SPEM (177)
SPIA (2116)
spikeLI (1022)
spkTools (1036)
splicegear (1074)
SplicingGraphs (208)
splots (2005)
spotSegmentation (1101)
SQUADD (1016)
SRAdb (1975)
sscore (1095)
sSeq (15)
ssize (1639)
SSPA (1182)
stam (13)
staRank (662)
Starr (1282)
stemHypoxia (3)
stepNorm (1082)
stepwiseCM (990)
Streamer (1063)
StudentGWAS (10)
survcomp (2652)
sva (2962)
synapter (692)

T

TargetSearch (1245)
TDARACNE (1149)
TEQC (1167)
ternarynet (923)
tigre (1066)
tilingArray (1885)
timecourse (1581)
tkWidgets (6377)
topGO (4224)
TransView (723)
triform (624)
trigger (1070)
triplex (189)
tspair (1347)
TSSi (1092)
TurboNorm (1109)
tweeDEseq (1352)
twilight (1560)
TypeInfo (1099)

U

UniProt.ws (245)
useR2012 (48)

V

VanillaICE (1397)
VariantAnnotation (5872)
VariantTools (303)
vbmp (1341)
Vega (1039)
VegaMC (1020)
virtualArray (1151)
vsn (13563)

W

wateRmelon (376)
waveTiling (675)
weaver (1392)
webbioc (1168)
widgetInvoke (4)
widgetTools (6440)

X

xcms (4511)
XDE (1103)
xmapbridge (1039)
xmapcore (784)
xps (1126)
XVector (102)

Y

yaqcaffy (1313)

Z

zlibbioc (35262)