Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-12-09 08:41:03 -0800 (Fri, 09 Dec 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (26384)
2BiocGenerics (19031)
3IRanges (18242)
4S4Vectors (17149)
5Biobase (16015)
6AnnotationDbi (15154)
7zlibbioc (13324)
8Biostrings (11822)
9XVector (11555)
10limma (11499)
11GenomicRanges (11480)
12GenomeInfoDb (11424)
13BiocParallel (9850)
14SummarizedExperiment (8413)
15rtracklayer (8189)
16annotate (8114)
17genefilter (7841)
18GenomicAlignments (7810)
19biomaRt (7674)
20Rsamtools (7652)
21GenomicFeatures (7264)
22graph (7099)
23preprocessCore (5946)
24edgeR (5738)
25DESeq2 (5309)
26geneplotter (5061)
27BSgenome (4901)
28affy (4771)
29affyio (4458)
30Rgraphviz (4210)
31RBGL (4090)
32VariantAnnotation (4020)
33multtest (3814)
34impute (3321)
35DESeq (3043)
36GEOquery (3035)
37qvalue (3025)
38rhdf5 (2832)
39Gviz (2794)
40biovizBase (2776)
41GSEABase (2495)
42ShortRead (2350)
43AnnotationHub (2219)
44interactiveDisplayBase (2006)
45AnnotationForge (1983)
46Category (1934)
47KEGGREST (1850)
48GOstats (1812)
49ensembldb (1782)
50vsn (1776)
51DNAcopy (1731)
52gcrma (1717)
53topGO (1717)
54OrganismDbi (1637)
55sva (1625)
56ggbio (1588)
57illuminaio (1587)
58minfi (1549)
59siggenes (1482)
60cummeRbund (1435)
61oligoClasses (1412)
62EBImage (1384)
63oligo (1384)
64pcaMethods (1359)
65affxparser (1306)
66BiocStyle (1303)
67bumphunter (1280)
68affyPLM (1233)
69KEGGgraph (1216)
70mzR (1165)
71marray (1160)
72DOSE (1140)
73GOSemSim (1130)
74phyloseq (1072)
75clusterProfiler (1017)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (164)
a4Base (190)
a4Classif (158)
a4Core (195)
a4Preproc (192)
a4Reporting (165)
ABAData (0)
ABAEnrichment (118)
ABAFuncData (0)
ABarray (161)
ABSSeq (147)
acde (104)
acepack (0)
aCGH (244)
ACME (162)
ADaCGH2 (146)
adSplit (145)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1306)
affy (4771)
affycomp (217)
AffyCompatible (156)
affyContam (149)
affycoretools (448)
affydata (2)
AffyExpress (160)
affyILM (142)
affyio (4458)
affylmGUI (242)
affyPara (148)
affypdnn (187)
affyPLM (1233)
affyQCReport (404)
AffyRNADegradation (143)
AffyTiling (115)
AGDEX (134)
Agi4x44PreProcess (31)
agilp (220)
AgiMicroRna (186)
AIMS (240)
ALDEx2 (142)
AllelicImbalance (158)
alpine (16)
alpineData (1)
alsace (119)
altcdfenvs (166)
AMOUNTAIN (14)
amplican (0)
ampliQueso (119)
AnalysisPageServer (111)
anamiR (12)
Anaquin (12)
AneuFinder (57)
AneuFinderData (1)
annaffy (628)
AnnBuilder (8)
annmap (101)
annotate (8114)
annotation (19)
AnnotationDbi (15154)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1983)
AnnotationFuncs (179)
AnnotationHub (2219)
AnnotationHubData (120)
Annotations (0)
annotationTools (204)
annotatr (12)
annotatr.data (1)
anota (149)
antiProfiles (125)
apcluster (0)
apComplex (158)
applera (4)
aroma.light (981)
ArrayExpress (487)
ArrayExpressHTS (77)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (138)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (163)
arrayQualityMetrics (517)
arrays (35)
ArrayTools (202)
ArrayTV (128)
ARRmNormalization (125)
ASAFE (12)
ASEB (128)
ASGSCA (118)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (12)
ASpli (16)
ASSET (132)
ASSIGN (125)
AtlasRDF (123)
attract (134)

B

BaalChIP (10)
BAC (139)
bacon (60)
BADER (125)
BadRegionFinder (48)
BAGS (126)
ballgown (397)
bamsignals (166)
base64enc (0)
BaseSpaceR (147)
Basic4Cseq (136)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (59)
BatchJobs (0)
BatchQC (81)
BayesKnockdown (12)
BayesPeak (200)
baySeq (473)
BBCAnalyzer (95)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (146)
beadarray (710)
beadarraySNP (160)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (634)
BeadExplorer (2)
BEAT (120)
BEclear (107)
betr (180)
bgafun (134)
BgeeDB (62)
BGmix (73)
bgx (143)
BHC (215)
BicARE (157)
BiGGR (122)
BigMatrix (0)
bigmelon (10)
bigmemoryExtras (73)
bim (3)
bioassayR (169)
Biobase (16015)
biobroom (128)
bioCancer (13)
BiocCaseStudies (143)
BiocCheck (285)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (19031)
biocGraph (206)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (26384)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9850)
BiocStyle (1303)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (457)
BiocWorkflowTools (11)
bioDist (358)
biodist (0)
biomaRt (7674)
biomformat (440)
BioMVCClass (133)
biomvRCNS (126)
BioNet (289)
BioQC (50)
BioSeqClass (140)
biosigner (61)
biostrings (0)
Biostrings (11822)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (117)
biovizBase (2776)
BiRewire (180)
birta (130)
birte (116)
BiSeq (232)
bitops (0)
BitSeq (333)
blima (116)
blimaTestingData (0)
BPRMeth (8)
BRAIN (180)
BrainStars (129)
brew (0)
bridge (142)
BridgeDbR (119)
BrowserViz (102)
BrowserVizDemo (82)
BSgenome (4901)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (422)
BubbleTree (126)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (150)
BufferedMatrixMethods (142)
bumphunter (1280)
BUS (126)
BuxcoR (0)

C

CAFE (111)
CAGEr (164)
CALIB (130)
CAMERA (371)
camera (0)
canceR (114)
cancerclass (121)
CancerInSilico (9)
CancerMutationAnalysis (135)
CancerSubtypes (12)
CAnD (108)
caOmicsV (98)
Cardinal (132)
casper (127)
Category (1934)
categoryCompare (123)
CausalR (103)
ccdata (1)
ccmap (13)
CCPROMISE (9)
ccrepe (127)
cellbaseR (1)
cellGrowth (131)
cellHTS (132)
cellHTS2 (249)
cellity (66)
CellMapper (14)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (167)
cellTree (60)
CexoR (121)
CFAssay (112)
CGEN (159)
CGHbase (279)
CGHcall (236)
cghMCR (250)
CGHnormaliter (134)
CGHregions (154)
cghregions (0)
ChAMP (314)
ChAMPdata (0)
charm (160)
checkmate (0)
ChemmineOB (210)
ChemmineR (378)
Chicago (65)
chimera (180)
ChIPComp (112)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (1)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (674)
ChIPQC (215)
ChIPseeker (449)
ChipSeq (0)
chipseq (442)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (204)
ChIPsim (191)
ChIPXpress (91)
chopsticks (237)
chroGPS (117)
chromDraw (103)
ChromHeatMap (137)
ChromoViz (5)
chromPlot (59)
chromstaR (11)
chromstaRData (2)
CHRONOS (46)
CINdex (47)
cisPath (124)
ClassifyR (135)
cleanUpdTSeq (117)
cleaver (194)
clippda (124)
clipper (162)
Clomial (114)
Clonality (130)
clonotypeR (122)
clst (126)
clstutils (117)
clustComp (49)
clusterExperiment (16)
clusterProfiler (1017)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (49)
clusterStab (180)
CMA (204)
cn.farms (122)
cn.mops (239)
CNAnorm (152)
cnanorm (0)
CNEr (231)
CNORdt (122)
CNORfeeder (119)
CNORfuzzy (122)
CNORode (129)
CNPBayes (93)
CNTools (330)
cnvGSA (122)
CNVPanelizer (106)
CNVrd2 (124)
CNVtools (147)
cnvtools (0)
cobindR (115)
CoCiteStats (139)
codelink (142)
codetoolsBioC (0)
CODEX (144)
CoGAPS (116)
cogena (117)
coGPS (116)
COHCAP (143)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (135)
COMPASS (129)
compcodeR (129)
compEpiTools (132)
CompGO (140)
ComplexHeatmap (731)
CONFESS (39)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (632)
consensusSeekeR (58)
contiBAIT (48)
conumee (127)
convert (241)
copa (141)
COPDSexualDimorphism (8)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (241)
CopyNumber450k (117)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (142)
CoRegNet (121)
Cormotif (127)
CorMut (127)
coRNAi (118)
CORREP (134)
cosmiq (111)
cosmo (16)
cosmoGUI (16)
COSNet (110)
CountClust (57)
covEB (13)
CoverageView (113)
covRNA (14)
cpvSNP (102)
cqn (197)
CRImage (165)
CRISPRseek (162)
crisprseekplus (9)
CrispRVariants (57)
crlmm (258)
crossmeta (15)
CSAR (206)
csaw (226)
CSSP (130)
ctc (355)
ctsGE (12)
cummeRbund (1435)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (152)
CVE (12)
cycle (132)
cytofkit (160)
CytoML (13)

D

dada2 (125)
dagLogo (109)
daMA (125)
DAPAR (108)
DAPARdata (1)
DART (119)
DASiR (100)
DAVIDQuery (98)
davidquery (0)
DBChIP (152)
DBI (0)
dcGSA (50)
DChIPRep (100)
ddCt (190)
ddgraph (119)
DDiGGER (0)
debrowser (66)
DECIPHER (247)
DeconRNASeq (132)
DEDS (131)
DeepBlueR (14)
deepSNV (154)
DEFormats (68)
DEGraph (155)
DEGreport (112)
DEGseq (344)
deltaGseg (111)
DeMAND (104)
derfinder (172)
derfinderData (0)
derfinderHelper (160)
derfinderPlot (129)
deseq (0)
DESeq (3043)
DESeq2 (5309)
destiny (213)
DEsubs (11)
DEXSeq (804)
dexus (133)
DFP (127)
dichromat (0)
DiffBind (541)
diffGeneAnalysis (128)
diffHic (147)
DiffLogo (96)
diffloop (39)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (109)
diggitdata (0)
Director (11)
DirichletMultinomial (250)
dks (119)
DMRcaller (113)
DMRcate (259)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (113)
DNABarcodes (102)
DNAcopy (1731)
DNaseR (13)
DNAshapeR (66)
domainsignatures (131)
doppelgangR (51)
DOQTL (133)
DOSE (1140)
DRIMSeq (48)
DriverNet (133)
DrugVsDisease (130)
dSimer (12)
DSS (287)
DTA (116)
dualKS (124)
DupChecker (107)
dupRadar (91)
DvDdata (0)
dyebias (131)
DynDoc (708)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (154)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (324)
EBarrays (200)
EBcoexpress (132)
EBImage (1384)
EBSEA (48)
EBSeq (472)
EBSeqHMM (135)
ecolitk (129)
EDASeq (872)
edd (13)
EDDA (112)
edge (173)
edger (0)
edgeR (5738)
eegc (12)
EfficientR (0)
EGAD (54)
EGSEA (68)
EGSEAdata (1)
eiR (68)
eisa (148)
ELBOW (109)
ELMER (126)
ELMER.data (0)
EMDomics (107)
EmpiricalBrownsMethod (59)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (126)
ENmix (123)
EnrichedHeatmap (111)
EnrichmentBrowser (208)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (1782)
ensemblVEP (190)
ENVISIONQuery (117)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (122)
epivizr (166)
epivizrData (67)
epivizrServer (65)
epivizrStandalone (51)
eQTL (3)
erccdashboard (159)
erma (129)
esetVis (13)
eudysbiome (86)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (48)
ExiMiR (127)
exomeCopy (238)
exomePeak (138)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (59)
ExperimentHubData (52)
explorase (108)
ExpressionAtlas (54)
ExpressionNormalizationWorkflow (2)
expressionview (0)
ExpressionView (125)
exprExternal (2)
externalVector (15)

F

fabia (202)
facopy (111)
facopy.annot (0)
factDesign (149)
fail (0)
FamAgg (50)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (138)
fastLiquidAssociation (105)
fastseg (214)
fbat (8)
fCCAC (9)
fCI (89)
fdrame (128)
FEM (144)
ffpe (133)
FGNet (168)
fgsea (172)
FindMyFriends (110)
FISHalyseR (100)
FitHiC (10)
flagme (122)
Fletcher2013a (0)
flipflop (130)
flowAI (60)
flowBeads (112)
flowBin (111)
flowcatchR (104)
flowCHIC (105)
flowCL (125)
flowClean (121)
flowClust (313)
flowCore (861)
flowCyBar (114)
flowDensity (153)
flowFit (114)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (25)
flowFP (141)
flowMap (115)
flowMatch (109)
flowMeans (191)
flowMerge (159)
flowPeaks (140)
flowPhyto (19)
flowPloidy (8)
flowPloidyData (1)
flowPlots (125)
flowq (0)
flowQ (143)
flowQB (118)
FlowRepositoryR (103)
FlowSOM (153)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (305)
flowTrack (1)
flowTrans (139)
flowType (146)
flowUtils (300)
flowViz (554)
flowVS (107)
flowWorkspace (443)
fmcsR (199)
focalCall (107)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (125)
FRGEpistasis (107)
frma (283)
frmaTools (150)
fucci (1)
FunChIP (10)
FunciSNP (140)
furrowSeg (0)

G

gaga (138)
gage (716)
gaggle (133)
gaia (123)
GAprediction (9)
garfield (49)
gaucho (107)
gcapc (1)
gcatest (85)
gCMAP (140)
gCMAPWeb (115)
gCrisprTools (10)
gcrma (1717)
gdsfmt (641)
geecc (101)
GEM (13)
genArise (124)
genbankr (56)
GENE.E (153)
gene2pathway (12)
GeneAnswers (200)
geneAttribution (10)
GeneBreak (87)
GeneExpressionSignature (131)
genefilter (7841)
genefu (273)
GeneGA (87)
GeneGeneInteR (13)
GeneGroupAnalysis (7)
GeneMeta (180)
GeneNetworkBuilder (128)
GeneOverlap (155)
geneplast (11)
geneplotter (5061)
GeneR (13)
geneRecommender (130)
GeneRegionScan (120)
generegulation (5)
GeneRfold (4)
geneRxCluster (106)
GeneSelectMMD (121)
GeneSelector (178)
GENESIS (139)
GeneSpring (12)
geNetClassifier (150)
GeneticsBase (6)
GeneticsDesign (155)
GeneticsPed (170)
GeneTraffic (10)
GeneTS (6)
genetw12 (0)
geneXtendeR (10)
genoCN (120)
GenoGAM (50)
genomation (205)
genomationData (0)
GenomeBase (2)
GenomeGraphs (313)
GenomeInfoDb (11424)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (731)
genomes (161)
GenomicAlignments (7810)
GenomicFeatures (7264)
GenomicFiles (521)
GenomicInteractions (131)
GenomicRanges (11480)
GenomicTuples (113)
Genominator (146)
genoset (238)
genotypeeval (90)
GenoView (60)
genphen (50)
GenRank (46)
GenVisR (115)
GEOmetadb (289)
geoquery (0)
GEOquery (3035)
GEOsearch (94)
GEOsubmission (121)
geosubmission (0)
gespeR (101)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (112)
gff3Plotter (4)
GGBase (197)
ggbio (1588)
ggcyto (89)
GGtools (180)
ggtree (619)
girafe (189)
GISPA (0)
GLAD (252)
Glimma (98)
GlobalAncova (172)
globalSeq (48)
globaltest (478)
gmapR (104)
GMRP (47)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (182)
GOFunction (149)
GoogleGenomics (105)
GOpro (10)
goProfiles (180)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1130)
goseq (636)
GOSim (167)
gostats (0)
GOstats (1812)
GOsummaries (158)
GOTHiC (130)
goTools (189)
gotools (0)
gpls (207)
gprege (116)
gQTLBase (209)
gQTLstats (208)
graph (7099)
GraphAlignment (130)
GraphAT (121)
graphite (514)
GraphPAC (120)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (123)
GreyListChIP (102)
GRmetrics (12)
grndata (0)
groHMM (118)
GRridge (1)
GSALightning (50)
GSAR (115)
GSBenchMark (0)
GSCA (110)
GSE64985 (1)
GSEABase (2495)
GSEAlm (210)
GSReg (103)
GSRI (129)
GSVA (331)
gtkWidgets (0)
gtrellis (110)
GUIDEseq (93)
Guitar (93)
Gviz (2794)
gwascat (232)
GWASTools (315)

H

h5vc (137)
hapFabia (119)
Harman (47)
HarmanData (1)
Harshlight (128)
harshlight (0)
HCsnip (112)
HDF5Array (55)
HDTD (105)
healthyFlowData (0)
Heatplus (701)
HelloRanges (7)
HelloRangesData (1)
HELP (130)
HEM (125)
hexbin (24)
hiAnnotator (108)
HIBAG (121)
hierGWAS (87)
highthroughputassays (5)
HilbertCurve (102)
hilbertvis (0)
HilbertVis (427)
HilbertVisGUI (97)
hiReadsProcessor (92)
HiTC (174)
Hmisc (0)
HMMcopy (161)
hopach (278)
hpar (208)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (250)
HTSanalyzeR (185)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (78)
htseqtools (0)
htSeqTools (197)
HTSFilter (177)
HybridMTest (109)
hyperdraw (151)
hypergraph (207)

I

iASeq (118)
iBBiG (141)
ibh (115)
iBMQ (108)
iCARE (52)
Icens (315)
iCheck (92)
iChip (112)
iClusterPlus (131)
iCOBRA (47)
ideogram (0)
IdeoViz (126)
idiogram (123)
IdMappingAnalysis (110)
IdMappingRetrieval (120)
iFlow (6)
iGC (86)
IHW (143)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1587)
imageHTS (128)
Imetagene (89)
ImmuneSpaceR (46)
immunoClust (98)
IMPCdata (98)
ImpulseDE (13)
impute (3321)
InPAS (108)
INPower (105)
inSilicoDb (210)
inSilicoMerging (160)
insilicomerging (0)
INSPEcT (92)
intansv (124)
InteractionSet (75)
interactiveDisplay (322)
interactiveDisplayBase (2006)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (120)
IONiseR (113)
iontree (118)
iPAC (124)
IPO (14)
IPPD (161)
iranges (0)
IRanges (18242)
iSeq (120)
iSNetwork (1)
isobar (191)
IsoGeneGUI (115)
ISoLDE (42)
isomiRs (49)
iSPlot (2)
ITALICS (124)
iterativeBMA (125)
iterativeBMAsurv (121)
iterators (0)
IVAS (98)
IWB2011 (0)
IWTomics (1)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (95)
joda (118)
JunctionSeq (67)

K

KCsmart (120)
kebabs (154)
KEGGgraph (1216)
KEGGlincs (9)
keggorth (6)
keggorthology (153)
KEGGprofile (211)
KEGGREST (1850)
KEGGSOAP (21)
KFAS (0)
kimod (48)

L

labeling (0)
lapmix (124)
latticeExtra (0)
LBE (166)
ldblock (86)
LEA (182)
LedPred (93)
les (129)
leukemiasEset (0)
lfa (264)
liftOver (11)
limma (11499)
limmaGUI (203)
LINC (11)
Linnorm (50)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (126)
lmdme (118)
LMGene (145)
LOBSTAHS (13)
logicFS (215)
logitt (0)
logitT (118)
lol (122)
LOLA (117)
LowMACA (106)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (143)
LPEadj (120)
LPEseq (1)
lpNet (113)
lpsymphony (145)
lumi (981)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (127)
lydata (1)
LymphoSeq (45)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (103)
M3DExampleData (1)
M3Drop (12)
maanova (168)
macat (132)
maCorrPlot (122)
maDB (10)
made4 (392)
MADSEQ (10)
maftools (30)
MAGEML (0)
maigesPack (126)
MAIT (133)
makecdfenv (264)
makePlatformDesign (10)
MANOR (125)
manta (118)
MantelCorr (118)
mAPKL (93)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (108)
marray (1160)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (284)
maskBAD (113)
MassArray (130)
massiR (113)
MassSpecWavelet (335)
MAST (21)
matchBox (110)
matchprobes (11)
Matrix (0)
MatrixRider (96)
matter (8)
MBAmethyl (97)
MBASED (109)
MBCB (121)
mBPCR (121)
MBttest (43)
mcaGUI (118)
MCbiclust (1)
MCRestimate (124)
mdgsa (99)
mdqc (132)
MEAL (101)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (125)
MEDIPS (225)
MEDME (121)
MEIGOR (103)
MergeMaid (193)
Mergeomics (47)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (173)
meshes (10)
meshr (156)
MeSHSim (97)
messina (100)
metaArray (182)
Metab (119)
metabomxtr (106)
MetaboSignal (13)
metaCCA (48)
metagene (131)
metagenomeFeatures (86)
metagenomeSeq (546)
metahdep (121)
metaMS (125)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (113)
metaseqR (128)
metaX (98)
MetCirc (11)
MethPed (46)
MethTargetedNGS (102)
methVisual (131)
methyAnalysis (222)
MethylAid (126)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (1)
methylKit (39)
MethylMix (126)
methylMnM (108)
methylPipe (151)
MethylSeekR (125)
methylumi (986)
Mfuzz (437)
MGFM (97)
MGFR (10)
mgsa (136)
MiChip (118)
microrna (0)
microRNA (215)
MIMOSA (118)
MineICA (115)
minet (465)
minfi (1549)
MinimumDistance (116)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (127)
MiRaGE (115)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (90)
miRcompData (0)
mirIntegrator (91)
miRLAB (103)
miRNAmeConverter (46)
miRNApath (154)
miRNAtap (138)
Mirsynergy (110)
missMethyl (201)
mitoODE (105)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (331)
MLP (131)
MLSeq (139)
MMDiff (114)
MMDiff2 (47)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (3)
mmnet (123)
MmPalateMiRNA (124)
MODA (12)
mogsa (112)
monocle (323)
MoonlightR (10)
MoPS (101)
mosaics (310)
motifbreakR (109)
MotifDb (288)
motifRG (142)
motifStack (282)
MotIV (286)
MPFE (98)
mQTL.NMR (108)
msa (427)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (151)
MSGFplus (183)
MSIseqData (0)
msmsEDA (170)
msmsTests (170)
MSnbase (576)
MSnID (170)
msPurity (14)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (186)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (173)
MultiAssayExperiment (35)
multiClust (55)
MultiDataSet (52)
MultiMed (98)
multiscan (118)
multtest (3814)
munsell (0)
muscle (208)
MutationalPatterns (11)
MVCClass (127)
mvGST (101)
MWASTools (1)
mygene (301)
myvariant (95)
mzID (492)
mzR (1165)

N

NanoStringDiff (95)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (126)
ncdfFlow (344)
NCIgraph (160)
neaGUI (138)
nem (153)
netbenchmark (109)
netbiov (112)
NetCRG (3)
nethet (103)
NetPathMiner (123)
netprioR (11)
netresponse (134)
NetSAM (114)
networkBMA (122)
NGScopy (107)
NGScopyData (0)
nnNorm (120)
NOISeq (449)
nondetects (120)
normalize450K (44)
NormqPCR (227)
normr (12)
npGSEA (147)
NTW (111)
nucleoSim (54)
nucleR (134)
nudge (116)
NuPoP (119)

O

occugene (113)
OCplus (193)
odseq (45)
OGSA (86)
oligo (1384)
oligoClasses (1412)
OLIN (128)
OLINgui (125)
omicade4 (135)
OmicCircos (285)
OmicsMarkeR (105)
OncoScore (50)
OncoSimulR (107)
oneChannelGUI (159)
ontoCAT (140)
ontoTools (10)
openCyto (206)
OperaMate (85)
oposSOM (115)
oppar (43)
OrderedList (253)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1637)
OSAT (116)
Oscope (100)
OTUbase (126)
OutlierD (132)

P

PAA (122)
PADOG (139)
paircompviz (116)
pairseqsim (4)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (102)
PAnnBuilder (135)
panp (145)
PANR (121)
PanVizGenerator (48)
PAPi (120)
parglms (93)
parody (183)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (93)
pathifier (173)
PathNet (162)
PathNetData (0)
PathoStat (9)
pathprint (1)
pathRender (125)
pathVar (86)
pathview (1011)
PatientGeneSets (5)
paxtoolsr (177)
Pbase (110)
pbcmc (45)
pcaExplorer (77)
pcaGoPromoter (119)
pcaMethods (1359)
PCAN (44)
pcot2 (163)
PCpheno (117)
pdInfoBuilder (230)
pdmclass (130)
PECA (104)
pepDat (0)
pepStat (100)
pepXMLTab (105)
PGA (93)
PGSEA (256)
pgUtils (8)
PharmacoGx (15)
phenoDist (110)
phenoTest (143)
PhenStat (106)
philr (10)
phosphonormalizer (1)
phyloseq (1072)
Pi (7)
piano (298)
pickgene (122)
PICS (210)
Pigengene (13)
PING (132)
pint (120)
pkgDepTools (148)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (120)
plethy (108)
plgem (131)
plier (305)
PLPE (123)
plrs (113)
plw (117)
plyr (0)
pmm (92)
podkat (102)
polyester (152)
Polyfit (98)
ppiStats (131)
pqsfinder (44)
prada (293)
prebs (115)
prebsdata (0)
PREDA (113)
predictionet (61)
preprocessCore (5946)
Prize (85)
proBAMr (107)
PROcess (196)
procoil (118)
ProCoNA (107)
proFIA (9)
profileScoreDist (45)
pRoloc (231)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (118)
PROMISE (117)
PROPER (120)
Prostar (102)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (118)
proteinProfiles (112)
proteomics (12)
ProteomicsAnnotationHubData (80)
proteoQC (105)
ProtGenerics (928)
PSEA (107)
psichomics (9)
PSICQUIC (143)
psygenet2r (45)
PtH2O2lipids (1)
puma (190)
PureCN (56)
pvac (127)
pvca (150)
Pviz (114)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (185)
pwOmics (100)
pxr (0)

Q

qcmetrics (108)
QDNAseq (173)
qpcrNorm (130)
qpgraph (239)
qrqc (222)
qsea (13)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (123)
quantro (121)
quantsmooth (386)
QuartPAC (94)
QuasR (361)
QuaternaryProd (45)
QUBIC (59)
QUBICdata (1)
qusage (180)
qvalue (3025)

R

R3CPET (101)
r3Cseq (173)
R453Plus1Toolbox (124)
R4RNA (48)
rain (122)
rama (130)
ramigo (0)
RamiGO (182)
randPack (116)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (423)
RareVariantVis (88)
Rariant (107)
RbcBook1 (124)
rbcbook1 (0)
RBGL (4090)
RBioinf (122)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (182)
RBM (95)
Rbowtie (329)
rbsurv (127)
Rcade (119)
RCAS (13)
RCASPAR (114)
rcellminer (125)
rcellminerData (0)
rCGH (100)
Rchemcpp (120)
RchyOptimyx (127)
RColorBrewer (0)
Rcpi (131)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (95)
RCyjs (91)
RCytoscape (369)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (348)
Rdbi (11)
RdbiPgSQL (3)
rDGIdb (11)
rdisop (0)
Rdisop (211)
RDRToolbox (216)
ReactomePA (438)
readat (10)
ReadqPCR (231)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (122)
recount (21)
recoup (44)
RedeR (252)
REDseq (167)
RefNet (113)
RefNet.db (0)
RefPlus (122)
regioneR (491)
regionReport (125)
regsplice (9)
Repitools (310)
ReportingTools (598)
reposTools (4)
ReQON (114)
Resourcerer (22)
rfcdmin (2)
rflowcyt (9)
rfPred (105)
rGADEM (370)
RGalaxy (123)
RGraph2js (45)
Rgraphviz (4210)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (114)
RGSEA (124)
rgsepd (96)
rhdf5 (2832)
Rhtslib (327)
rHVDM (114)
RiboProfiling (102)
riboSeq (0)
riboSeqR (122)
RImmPort (47)
Ringo (330)
Rintact (5)
rintact (0)
RIPSeeker (158)
Risa (120)
RLMM (122)
RMAGEML (3)
Rmagpie (119)
RMAPPER (16)
RMassBank (135)
rMAT (94)
rmat (0)
RmiR (139)
rmir (0)
RNAinteract (118)
RNAither (129)
RNAprobR (97)
RNAseq123 (2)
rnaseqcomp (96)
rnaseqGene (157)
RnaSeqGeneEdgeRQL (0)
rnaSeqMap (125)
RNASeqPower (193)
RnaSeqSampleSize (121)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (287)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (104)
roar (111)
ROC (634)
Roleswitch (122)
RoleswitchData (0)
Rolexa (105)
rols (226)
ROntoTools (132)
ropls (220)
ROTS (57)
RPA (138)
RpsiXML (140)
rpx (238)
Rqc (143)
rqubic (140)
rRDP (102)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (135)
Rsamtools (7652)
rsbml (163)
rSFFreader (60)
RSNPper (8)
RSQLite (0)
Rsubread (742)
RSVSim (128)
rTANDEM (186)
RTCA (125)
RTCGA (209)
RTCGAToolbox (176)
RTN (149)
RTools4TB (10)
RTopper (116)
rtracklayer (8189)
Rtreemix (119)
rTRM (118)
rTRMui (104)
Ruuid (13)
RUVcorr (101)
RUVnormalize (124)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (355)
RWebServices (36)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (17149)
safe (267)
SAGElyzer (4)
sagenhaft (114)
sagx (0)
SAGx (204)
samExploreR (1)
SamSPECTRAL (143)
sangerseqR (205)
SANTA (117)
sapFinder (104)
saps (91)
savR (127)
sbgr (76)
SBMLR (138)
SC3 (80)
scales (0)
SCAN.UPC (175)
scater (171)
scde (133)
ScISI (133)
SCLCBam (0)
scran (147)
scRNAseq (1)
scsR (96)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (174)
SELEX (96)
SemDist (92)
SemSim (9)
sendmailR (0)
SEPA (84)
seq2pathway (113)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (177)
seqbias (136)
seqCNA (115)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (236)
seqLogo (781)
Seqnames (0)
seqPattern (182)
seqplots (161)
seqTools (129)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (1)
sequencing (46)
SeqVarTools (154)
sevenbridges (54)
SGSeq (146)
shinyMethyl (156)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (112)
ShortRead (2350)
SICtools (46)
sidap (0)
sigaR (115)
SigCheck (108)
SigFuge (105)
siggenes (1482)
sights (10)
signeR (11)
sigPathway (209)
sigsquared (94)
SIM (128)
SIMAT (93)
SimBindProfiles (101)
similaRpeak (97)
SIMLR (10)
simpleaffy (901)
simpleSingleCell (10)
simulatorAPMS (12)
simulatorZ (103)
sincell (122)
SISPA (85)
sizepower (158)
SJava (38)
skewr (94)
SLGI (116)
SLqPCR (137)
SMAP (114)
SMITE (49)
SNAData (3)
SNAGEE (108)
snapCGH (155)
snm (188)
snpAssoc (0)
SNPchip (299)
SNPediaR (12)
SNPhood (94)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (533)
snpStats (785)
SNPtools (0)
soGGi (104)
SomatiCA (119)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (251)
SpacePAC (110)
spade (201)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (102)
SpeCond (161)
SPEM (104)
SPIA (377)
SpidermiR (59)
spikeLI (116)
spkTools (119)
splicegear (121)
spliceR (164)
spliceSites (110)
SplicingGraphs (158)
splineTCDiffExpr (30)
splineTimeR (43)
SPLINTER (9)
splots (247)
spotSegmentation (128)
SQUADD (113)
SRAdb (569)
sRAP (117)
SRGnet (8)
sscore (122)
sscu (43)
sSeq (121)
ssize (170)
ssizeRNA (1)
SSPA (181)
ssviz (107)
stam (4)
STAN (116)
staRank (107)
StarBioTrek (8)
Starr (123)
STATegRa (110)
statTarget (13)
stemHypoxia (0)
stepNorm (121)
stepwiseCM (116)
Streamer (115)
STRINGdb (256)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (96)
SummarizedExperiment (8413)
supraHex (436)
survcomp (460)
Sushi (218)
sva (1625)
SVAPLSseq (10)
SVM2CRM (97)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (96)
SwathXtend (45)
SwimR (100)
switchBox (107)
switchde (10)
synapter (167)
synergyfinder (14)
synlet (84)
systemPipeR (559)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (117)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (129)
TarSeqQC (79)
TCC (228)
TCGAbiolinks (530)
TDARACNE (124)
TEQC (148)
ternarynet (104)
tetradR (1)
TFBSTools (248)
tiger (0)
tigre (127)
tilingArray (175)
timecourse (164)
TimerQuant (0)
TIN (94)
TitanCNA (124)
tkWidgets (652)
tofsims (50)
ToPASeq (126)
topGO (1717)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (120)
tracktables (104)
trackViewer (179)
transcriptR (47)
tRanslatome (114)
TransView (111)
traseR (89)
Travis (1)
triform (110)
trigger (113)
trio (155)
triplex (113)
TRONCO (115)
TSCAN (117)
tspair (131)
TSSi (125)
TurboNorm (114)
TVTB (7)
tweeDEseq (142)
twilight (252)
tximport (337)
tximportData (1)
TypeInfo (122)

U

UNDO (104)
unifiedWMWqPCR (102)
UniProt.ws (247)
Uniquorn (42)
useR2012 (0)
uSORT (9)

V

VanillaICE (181)
variancePartition (113)
VariantAnnotation (4020)
VariantFiltering (171)
variants (16)
VariantTools (120)
vbmp (163)
Vega (115)
VegaMC (110)
viper (151)
virtualArray (32)
vsn (1776)
vtpnet (100)

W

wateRmelon (431)
wavClusteR (111)
waveTiling (106)
weaver (143)
webbioc (130)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (2)
widgetTools (668)

X

XBSeq (95)
xcms (791)
XDE (117)
xmapbridge (108)
xmapcore (5)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (133)
xtable (0)
XVector (11555)

Y

y2hStat (2)
yamss (10)
YAPSA (11)
yaqcaffy (159)
yarn (11)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (13324)