See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sun. 17 Mar 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1 BiocVersion (56399) 26 rtracklayer (20212) 51 multtest (11847)
2 S4Vectors (53539) 27 DESeq2 (20055) 52 HDF5Array (11532)
3 BiocGenerics (53345) 28 rhdf5 (19243) 53 BiocSingular (11439)
4 GenomeInfoDb (53284) 29 treeio (19021) 54 ScaledMatrix (11382)
5 IRanges (48957) 30 annotate (18825) 55 ProtGenerics (11164)
6 zlibbioc (46354) 31 ggtree (18766) 56 AnnotationHub (10170)
7 Biobase (45924) 32 rhdf5filters (18693) 57 impute (10097)
8 XVector (45441) 33 GenomicFeatures (18502) 58 interactiveDisplayBase (9935)
9 DelayedArray (42674) 34 BiocIO (18143) 59 AnnotationFilter (9745)
10 BiocParallel (42507) 35 graph (17923) 60 BiocNeighbors (9617)
11 Biostrings (42161) 36 enrichplot (17090) 61 Rgraphviz (9573)
12 GenomicRanges (39911) 37 clusterProfiler (16833) 62 ensembldb (9541)
13 MatrixGenerics (37967) 38 DOSE (16439) 63 geneplotter (9540)
14 AnnotationDbi (37424) 39 qvalue (16379) 64 scuttle (9450)
15 SummarizedExperiment (36506) 40 fgsea (15948) 65 RBGL (9224)
16 KEGGREST (34586) 41 GOSemSim (15871) 66 VariantAnnotation (8967)
17 limma (31924) 42 DelayedMatrixStats (15494) 67 GEOquery (8747)
18 S4Arrays (26421) 43 sparseMatrixStats (14683) 68 GSEABase (8270)
19 BiocFileCache (24496) 44 beachmat (14540) 69 affy (8221)
20 biomaRt (23556) 45 SingleCellExperiment (14335) 70 affyio (8103)
21 GenomicAlignments (23129) 46 preprocessCore (14162) 71 ExperimentHub (6957)
22 Rhtslib (22714) 47 SparseArray (13575) 72 sva (6869)
23 Rsamtools (21980) 48 genefilter (13170) 73 scater (6465)
24 edgeR (21836) 49 ComplexHeatmap (13045) 74 BiocStyle (6053)
25 Rhdf5lib (21791) 50 BSgenome (12620) 75 ShortRead (5982)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (59)

a4Base (110)

a4Classif (86)

a4Core (124)

a4Preproc (143)

a4Reporting (102)

ABAEnrichment (6)

ABarray (53)

abseqR (45)

ABSSeq (85)

acde (66)

ACE (74)

aCGH (150)

ACME (65)

ADaCGH2 (46)

ADAM (100)

ADAMgui (82)

adaptest (2)

adductomicsR (45)

ADImpute (63)

adSplit (48)

adverSCarial (16)

AffiXcan (46)

affxparser (1580)

affy (8221)

affycomp (79)

AffyCompatible (21)

affyContam (75)

affycoretools (372)

AffyExpress (3)

affyILM (43)

affyio (8103)

affylmGUI (51)

affyPara (4)

affypdnn (3)

affyPLM (1317)

affyQCReport (8)

AffyRNADegradation (42)

AffyTiling (2)

AGDEX (46)

aggregateBioVar (58)

Agi4x44PreProcess (3)

agilp (93)

AgiMicroRna (123)

AHMassBank (29)

AIMS (393)

airpart (44)

alabaster (35)

alabaster.base (88)

alabaster.bumpy (65)

alabaster.files (15)

alabaster.mae (66)

alabaster.matrix (74)

alabaster.ranges (70)

alabaster.sce (62)

alabaster.schemas (92)

alabaster.se (69)

alabaster.spatial (63)

alabaster.string (66)

alabaster.vcf (61)

ALDEx2 (1119)

alevinQC (73)

AllelicImbalance (66)

AlphaBeta (45)

alpine (49)

ALPS (2)

AlpsNMR (53)

alsace (6)

altcdfenvs (75)

AMARETTO (113)

AMOUNTAIN (90)

amplican (60)

ampliQueso (2)

AnalysisPageServer (2)

anamiR (3)

Anaquin (49)

ANCOMBC (1152)

AneuFinder (74)

ANF (38)

animalcules (102)

annaffy (236)

AnnBuilder (1)

annmap (100)

annotate (18825)

AnnotationDbi (37424)

AnnotationFilter (9745)

AnnotationForge (2511)

AnnotationFuncs (7)

AnnotationHub (10170)

AnnotationHubData (294)

annotationTools (109)

annotatr (422)

anota (60)

anota2seq (58)

antiProfiles (59)

AnVIL (589)

AnVILBilling (54)

AnVILPublish (42)

AnVILWorkflow (30)

APAlyzer (53)

apComplex (44)

apeglm (3280)

APL (105)

applera (0)

appreci8R (81)

aroma.light (1868)

ArrayExpress (406)

ArrayExpressHTS (10)

arrayMagic (1)

arrayMvout (39)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (76)

arrayQualityMetrics (500)

ArrayTools (6)

ArrayTV (3)

ARRmNormalization (51)

artMS (58)

ASAFE (53)

ASEB (55)

ASGSCA (59)

ASICS (64)

asmn (1)

ASpediaFI (9)

ASpli (78)

AssessORF (43)

ASSET (101)

ASSIGN (70)

ASURAT (51)

ATACCoGAPS (36)

ATACseqQC (309)

ATACseqTFEA (42)

atena (106)

AtlasRDF (2)

atSNP (47)

attract (42)

AUCell (2072)

autonomics (46)

Autotuner (3)

AWFisher (47)

awst (47)

B

BaalChIP (51)

BAC (24)

bacon (90)

BADER (64)

BadRegionFinder (38)

BAGS (42)

ballgown (656)

bambu (241)

bamsignals (1042)

BANDITS (92)

bandle (47)

banocc (67)

barcodetrackR (43)

basecallQC (50)

BaseSpaceR (61)

Basic4Cseq (45)

BASiCS (139)

BASiCStan (36)

BasicSTARRseq (46)

basilisk (4395)

basilisk.utils (4032)

batchelor (3722)

BatchQC (93)

BayesKnockdown (41)

BayesPeak (6)

BayesSpace (197)

bayNorm (70)

baySeq (361)

BBCAnalyzer (38)

BCRANK (51)

bcSeq (47)

BDMMAcorrect (33)

beachmat (14540)

beachmat.hdf5 (22)

beadarray (704)

beadarraySNP (45)

BeadDataPackR (676)

BeadExplorer (1)

BEARscc (38)

BEAT (37)

BEclear (55)

beer (47)

benchdamic (57)

betr (3)

BG2 (33)

bgafun (3)

BgeeCall (45)

BgeeDB (92)

BGmix (37)

bgx (42)

BHC (89)

BicARE (118)

BiFET (44)

BiGGR (46)

bigmelon (48)

bigmemoryExtras (5)

bigPint (45)

bim (0)

BindingSiteFinder (49)

bioassayR (49)

Biobase (45924)

biobroom (166)

biobtreeR (55)

bioCancer (55)

BioCartaImage (15)

BiocBaseUtils (4524)

BiocBook (17)

BiocCaseStudies (5)

BiocCheck (1476)

biocDatasets (1)

BiocDockerManager (39)

BiocFHIR (38)

BiocFileCache (24496)

BiocGenerics (53345)

biocGraph (145)

BiocHail (27)

BiocHubsShiny (62)

BiocInstaller (552)

BiocIO (18143)

BiocNeighbors (9617)

BiocOncoTK (61)

BioCor (67)

BiocParallel (42507)

BiocPkgTools (159)

BiocSet (230)

BiocSingular (11439)

BiocSklearn (51)

BiocStyle (6053)

biocthis (220)

BiocVersion (56399)

biocViews (4219)

BiocWorkflowTools (169)

biodb (155)

biodbChebi (65)

biodbExpasy (37)

biodbHmdb (49)

biodbKegg (58)

biodbLipidmaps (37)

biodbMirbase (34)

biodbNcbi (40)

biodbNci (35)

biodbUniprot (40)

bioDist (230)

biomaRt (23556)

BioMedR (1)

biomformat (5218)

BioMM (31)

BioMVCClass (40)

biomvRCNS (21)

BioNAR (47)

BioNERO (215)

BioNet (237)

BioNetStat (56)

BioQC (107)

BioSeqClass (5)

biosigner (68)

Biostrings (42161)

biosvd (3)

BioTIP (58)

biotmle (52)

biovizBase (5354)

BiRewire (112)

birta (7)

birte (2)

biscuiteer (47)

BiSeq (122)

BitSeq (14)

blacksheepr (41)

blima (39)

BLMA (46)

BloodGen3Module (112)

bluster (4443)

bnbc (93)

bnem (36)

BOBaFIT (40)

borealis (29)

BPRMeth (75)

BRAIN (90)

brainflowprobes (36)

brainImageR (1)

BrainSABER (7)

BrainStars (3)

branchpointer (58)

breakpointR (53)

brendaDb (40)

BRGenomics (131)

bridge (10)

BridgeDbR (79)

BrowserViz (150)

BrowserVizDemo (1)

BSgenome (12620)

BSgenomeForge (59)

bsseq (1303)

BubbleTree (44)

BufferedMatrix (85)

BufferedMatrixMethods (42)

bugsigdbr (159)

BUMHMM (37)

bumphunter (2513)

BumpyMatrix (421)

BUS (39)

BUScorrect (37)

BUSpaRse (177)

BUSseq (37)

C

CaDrA (15)

CAEN (34)

CAFE (41)

CAGEfightR (130)

cageminer (37)

CAGEr (96)

CALIB (4)

calm (49)

CAMERA (461)

CAMTHC (2)

canceR (56)

cancerclass (60)

CancerInSilico (15)

CancerMutationAnalysis (4)

CancerSubtypes (132)

CAnD (4)

caOmicsV (3)

cardelino (46)

Cardinal (140)

CardinalIO (65)

CARNIVAL (160)

casper (38)

CATALYST (414)

Category (1771)

categoryCompare (39)

CausalR (63)

cbaf (39)

CBEA (93)

cBioPortalData (411)

CBNplot (100)

cbpManager (40)

ccfindR (80)

ccImpute (39)

ccmap (68)

CCPlotR (18)

CCPROMISE (39)

ccrepe (81)

CDI (11)

celaref (56)

celda (561)

CellaRepertorium (51)

CellBarcode (43)

cellbaseR (56)

CellBench (115)

cellGrowth (3)

cellHTS (3)

cellHTS2 (141)

CelliD (230)

cellity (48)

CellMapper (49)

cellmigRation (50)

CellMixS (69)

CellNOptR (120)

cellscape (42)

CellScore (38)

CellTrails (43)

cellTree (10)

cellxgenedp (115)

CEMiTool (112)

censcyt (43)

Cepo (149)

ceRNAnetsim (51)

CeTF (60)

CexoR (38)

CFAssay (53)

cfdnakit (15)

cfDNAPro (41)

cfTools (29)

CGEN (59)

CGHbase (370)

CGHcall (339)

cghMCR (46)

CGHnormaliter (39)

CGHregions (55)

ChAMP (570)

CHARGE (2)

charm (4)

ChemmineOB (319)

ChemmineR (898)

CHETAH (88)

ChIC (23)

Chicago (91)

chihaya (41)

chimera (5)

chimeraviz (83)

ChIPanalyser (40)

ChIPComp (48)

chipenrich (141)

ChIPexoQual (38)

ChIPpeakAnno (854)

ChIPQC (307)

ChIPseeker (1691)

chipseq (523)

ChIPseqR (63)

ChIPSeqSpike (5)

ChIPsim (64)

ChIPXpress (77)

chopsticks (87)

chroGPS (3)

chromDraw (39)

ChromHeatMap (108)

ChromoViz (1)

chromPlot (120)

ChromSCape (52)

chromstaR (70)

chromswitch (27)

chromVAR (1046)

CHRONOS (42)

cicero (213)

CIMICE (40)

CINdex (57)

circRNAprofiler (50)

CircSeqAlignTk (31)

cisPath (53)

CiteFuse (83)

ClassifyR (222)

cleanUpdTSeq (78)

cleaver (162)

clevRvis (39)

clippda (40)

clipper (77)

cliProfiler (39)

cliqueMS (97)

Clomial (51)

Clonality (27)

clonotypeR (6)

clst (75)

clstutils (45)

CluMSID (48)

clustComp (57)

clusterExperiment (334)

ClusterJudge (53)

clusterProfiler (16833)

clusterSeq (22)

ClusterSignificance (54)

clusterStab (62)

clustifyr (124)

ClustIRR (15)

CMA (97)

cmapR (374)

cn.farms (44)

cn.mops (207)

CNAnorm (45)

CNEr (2727)

CNORdt (39)

CNORfeeder (41)

CNORfuzzy (40)

CNORode (60)

CNPBayes (2)

CNTools (108)

CNVfilteR (40)

CNVgears (38)

cnvGSA (47)

CNViz (35)

CNVMetrics (38)

CNVPanelizer (47)

CNVRanger (106)

CNVrd2 (38)

CNVtools (3)

cobindR (2)

CoCiteStats (34)

COCOA (42)

codelink (53)

CODEX (87)

coexnet (9)

CoGAPS (213)

cogena (71)

cogeqc (55)

Cogito (37)

coGPS (49)

COHCAP (61)

cola (119)

comapr (41)

combi (42)

coMET (71)

coMethDMR (40)

compartmap (31)

COMPASS (57)

compcodeR (66)

compEpiTools (48)

CompGO (3)

ComplexHeatmap (13045)

CompoundDb (338)

ComPrAn (47)

compSPOT (12)

conclus (8)

concordexR (53)

condcomp (1)

condiments (61)

CONFESS (38)

consensus (53)

ConsensusClusterPlus (2843)

consensusDE (44)

consensusOV (77)

consensusSeekeR (86)

consICA (96)

CONSTANd (53)

contiBAIT (36)

conumee (134)

convert (124)

copa (41)

COPDSexualDimorphism (1)

copynumber (179)

CopyNumber450k (1)

CopyNumberPlots (114)

CopywriteR (21)

coRdon (159)

CoRegFlux (1)

CoRegNet (55)

CoreGx (260)

Cormotif (36)

CorMut (3)

coRNAi (4)

corral (65)

CORREP (54)

coseq (96)

CoSIA (37)

cosmiq (38)

cosmo (2)

cosmoGUI (2)

cosmosR (60)

COSNet (56)

COTAN (60)

CountClust (5)

countsimQC (129)

covEB (37)

CoverageView (52)

covRNA (37)

cpvSNP (39)

cqn (246)

CRImage (53)

crisprBase (121)

crisprBowtie (114)

crisprBwa (50)

crisprDesign (97)

crisprScore (124)

CRISPRseek (116)

crisprseekplus (25)

CrispRVariants (127)

crisprVerse (53)

crisprViz (91)

crlmm (196)

CrossICC (1)

crossmeta (97)

CSAR (62)

csaw (479)

csdR (39)

CSSP (40)

CSSQ (37)

ctc (269)

CTdata (35)

CTDquerier (41)

ctgGEM (2)

cTRAP (44)

ctsGE (42)

CTSV (37)

cummeRbund (218)

CuratedAtlasQueryR (20)

customCMPdb (40)

customProDB (54)

CVE (2)

cyanoFilter (32)

cycle (37)

cydar (63)

CytoDx (44)

cytofast (3)

cytofkit (20)

CyTOFpower (38)

cytofQC (29)

CytoGLMM (77)

cytoKernel (34)

cytolib (2497)

cytomapper (251)

cytoMEM (67)

CytoML (471)

CytoPipeline (68)

CytoPipelineGUI (12)

CytoTree (17)

cytoviewer (62)

D

dada2 (2143)

dagLogo (49)

daMA (54)

DAMEfinder (42)

DaMiRseq (84)

DAPAR (106)

DART (59)

DASC (0)

DASiR (2)

dasper (25)

DAVIDQuery (3)

DBChIP (5)

dcanr (114)

DCATS (22)

dce (47)

dcGSA (40)

DChIPRep (2)

ddCt (78)

ddgraph (2)

ddPCRclust (46)

dearseq (156)

debCAM (53)

debrowser (164)

DECIPHER (2590)

deco (9)

DEComplexDisease (9)

decompTumor2Sig (98)

DeconRNASeq (200)

decontam (1551)

decontX (38)

deconvR (44)

decoupleR (944)

DEDS (3)

DeepBlueR (43)

DeepPINCS (66)

deepSNV (121)

DEFormats (235)

DegNorm (45)

DEGraph (43)

DEGreport (525)

DEGseq (150)

DelayedArray (42674)

DelayedDataFrame (44)

DelayedMatrixStats (15494)

DelayedRandomArray (73)

DelayedTensor (36)

DELocal (32)

deltaCaptureC (39)

deltaGseg (50)

DeMAND (54)

DeMixT (76)

demuxmix (191)

demuxSNP (19)

densvis (3177)

DEP (454)

DepecheR (170)

DepInfeR (38)

DEqMS (202)

derfinder (507)

derfinderHelper (504)

derfinderPlot (114)

DEScan2 (41)

DESeq (255)

DESeq2 (20055)

DEsingle (251)

DESpace (36)

destiny (693)

DEsubs (44)

DEWSeq (46)

DExMA (52)

DEXSeq (1411)

dexus (4)

DFP (36)

DIAlignR (44)

DiffBind (995)

diffcoexp (149)

diffcyt (269)

DifferentialRegulation (42)

diffGeneAnalysis (48)

diffHic (90)

DiffLogo (65)

diffloop (28)

diffuStats (58)

diffUTR (33)

diggit (40)

Dino (41)

dir.expiry (3909)

Director (48)

DirichletMultinomial (3955)

discordant (67)

DiscoRhythm (52)

distinct (188)

dittoSeq (1179)

divergence (34)

dks (48)

DMCFB (31)

DMCHMM (38)

DMRcaller (66)

DMRcate (826)

DMRforPairs (27)

DMRScan (37)

dmrseq (162)

DNABarcodeCompatibility (36)

DNABarcodes (175)

DNAcopy (5160)

DNAfusion (36)

DNaseR (1)

DNAshapeR (62)

domainsignatures (3)

DominoEffect (38)

doppelgangR (100)

DOQTL (3)

Doscheda (39)

DOSE (16439)

doseR (37)

doubletrouble (39)

dpeak (27)

drawProteins (176)

dreamlet (16)

DRIMSeq (314)

DriverNet (55)

DropletUtils (2627)

drugTargetInteractions (49)

DrugVsDisease (57)

dSimer (2)

DSS (978)

dStruct (36)

DTA (82)

dualKS (4)

Dune (37)

DupChecker (2)

dupRadar (94)

dyebias (39)

DynDoc (1215)

E

easier (129)

EasyCellType (44)

easylift (14)

EasyqpcR (4)

easyreporting (53)

easyRNASeq (138)

EBarrays (168)

EBcoexpress (57)

EBImage (2542)

EBSEA (41)

EBSeq (397)

EBSeqHMM (51)

ecolitk (39)

EDASeq (1678)

edd (2)

EDDA (2)

edge (82)

edgeR (21836)

EDIRquery (28)

eds (309)

eegc (72)

EGAD (49)

EGSEA (128)

eiR (44)

eisa (5)

eisaR (91)

ELBOW (2)

ELMER (158)

EMDomics (54)

EmpiricalBrownsMethod (117)

ENCODExplorer (3)

EnhancedVolcano (4041)

enhancerHomologSearch (37)

EnMCB (39)

ENmix (182)

EnrichedHeatmap (536)

EnrichmentBrowser (526)

enrichplot (17090)

enrichTF (62)

enrichViewNet (10)

ensembldb (9541)

ensemblVEP (129)

ENVISIONQuery (3)

epialleleR (43)

EpiCompare (40)

epidecodeR (35)

EpiDISH (496)

epigenomix (38)

epigraHMM (41)

epihet (8)

EpiMix (34)

epimutacions (41)

epiNEM (89)

epistack (41)

epistasisGA (32)

EpiTxDb (56)

epivizr (75)

epivizrChart (38)

epivizrData (89)

epivizrServer (120)

epivizrStandalone (48)

erccdashboard (51)

erma (68)

ERSSA (40)

esATAC (74)

escape (294)

escheR (88)

esetVis (59)

eudysbiome (35)

evaluomeR (42)

EventPointer (46)

EWCE (129)

ExCluster (35)

ExiMiR (40)

exomeCopy (233)

exomePeak (8)

exomePeak2 (96)

exonmap (2)

ExperimentHub (6957)

ExperimentHubData (248)

ExperimentSubset (39)

explorase (5)

ExploreModelMatrix (136)

ExpressionAtlas (153)

ExpressionView (3)

exprExternal (0)

externalVector (1)

extraChIPs (41)

F

fabia (159)

facopy (1)

factDesign (39)

factR (42)

FamAgg (57)

famat (38)

farms (45)

fastLiquidAssociation (39)

FastqCleaner (72)

fastreeR (69)

fastseg (701)

fbat (2)

FCBF (54)

fCCAC (36)

fCI (52)

fcoex (85)

fcScan (38)

fdrame (50)

FEAST (92)

FeatSeekR (34)

fedup (38)

FELLA (124)

FEM (20)

fenr (14)

ffpe (49)

fgga (36)

FGNet (104)

fgsea (15948)

FilterFFPE (35)

FindIT2 (45)

FindMyFriends (5)

FISHalyseR (37)

fishpond (290)

FitHiC (64)

flagme (40)

FLAMES (55)

flipflop (2)

flowAI (519)

flowBeads (38)

flowBin (38)

flowcatchR (41)

flowCHIC (39)

flowCL (9)

flowClean (200)

flowClust (784)

flowCore (2451)

flowCut (79)

flowCyBar (51)

flowDensity (202)

flowFit (5)

flowFlowJo (3)

flowFP (100)

flowGate (45)

flowGraph (54)

flowMap (46)

flowMatch (42)

flowMeans (115)

flowMerge (95)

flowPeaks (151)

flowPhyto (2)

flowPloidy (45)

flowPlots (41)

flowQ (2)

flowQB (3)

FlowRepositoryR (4)

FlowSOM (982)

flowSpecs (48)

flowSpy (1)

flowStats (510)

flowTime (43)

flowTrans (53)

flowType (4)

flowUtils (33)

flowViz (939)

flowVS (83)

flowWorkspace (1161)

fmcsR (236)

fmrs (121)

fobitools (37)

focalCall (2)

FoldGO (29)

FourCSeq (5)

FRASER (93)

frenchFISH (46)

FRGEpistasis (53)

frma (124)

frmaTools (53)

FScanR (34)

FunChIP (50)

FunciSNP (3)

funtooNorm (35)

FuseSOM (45)

G

GA4GHclient (73)

GA4GHshiny (37)

gaga (77)

gage (818)

gaggle (35)

gaia (21)

GAPGOM (4)

GAprediction (52)

garfield (56)

GARS (36)

GateFinder (36)

gatom (12)

gaucho (2)

GBScleanR (36)

gcapc (45)

gcatest (41)

gCMAP (4)

gCMAPWeb (3)

gCrisprTools (43)

gcrma (1340)

GCSConnection (2)

GCSFilesystem (3)

GCSscore (26)

GDCRNATools (277)

gDNAx (16)

gDR (13)

gDRcore (47)

gDRimport (45)

gDRstyle (36)

gDRutils (51)

GDSArray (104)

gdsfmt (2054)

geecc (3)

GEM (54)

gemini (55)

gemma.R (48)

genArise (52)

genbankr (151)

GENE.E (4)

gene2pathway (2)

GeneAccord (8)

GeneAnswers (15)

geneAttribution (38)

GeneBreak (47)

geneClassifiers (37)

GeneExpressionSignature (47)

genefilter (13170)

genefu (379)

GeneGA (43)

GeneGeneInteR (40)

GeneGroupAnalysis (1)

GeneMeta (71)

GeneNetworkBuilder (52)

GeneOverlap (359)

geneplast (82)

geneplotter (9540)

GeneR (3)

geneRecommender (38)

GeneRegionScan (42)

GeneRfold (1)

geneRxCluster (38)

GeneSelectMMD (80)

GeneSelector (4)

GENESIS (319)

GeneSpring (2)

GeneStructureTools (59)

geNetClassifier (108)

GeneticsBase (2)

GeneticsDesign (3)

GeneticsPed (98)

GeneTonic (201)

GeneTraffic (2)

GeneTS (1)

geneXtendeR (95)

GENIE3 (1132)

genoCN (51)

GenoGAM (3)

genomation (575)

GenomAutomorphism (32)

GenomeBase (0)

GenomeGraphs (9)

GenomeInfoDb (53284)

genomeIntervals (134)

genomes (62)

GenomicAlignments (23129)

GenomicDataCommons (1196)

GenomicDistributions (77)

GenomicFeatures (18502)

GenomicFiles (1119)

genomicInstability (39)

GenomicInteractionNodes (36)

GenomicInteractions (304)

GenomicOZone (38)

GenomicPlot (15)

GenomicRanges (39911)

GenomicScores (547)

GenomicSuperSignature (44)

GenomicTuples (36)

Genominator (4)

genoset (11)

genotypeeval (12)

GenoView (1)

genphen (3)

GenProSeq (31)

GenRank (2)

GenVisR (319)

GeoDiff (65)

GEOexplorer (50)

GEOfastq (66)

GEOmetadb (214)

GeomxTools (339)

GEOquery (8747)

GEOsearch (2)

GEOsubmission (38)

GeoTcgaData (52)

gep2pep (42)

gespeR (55)

getDEE2 (43)

geva (48)

GEWIST (46)

gff3Plotter (1)

gg4way (13)

GGBase (6)

ggbio (2063)

ggcyto (840)

ggkegg (80)

ggmanh (93)

ggmsa (470)

GGPA (39)

ggsc (21)

ggspavis (104)

GGtools (6)

ggtree (18766)

ggtreeDendro (48)

ggtreeExtra (957)

GIGSEA (53)

girafe (69)

GISPA (38)

GLAD (212)

GladiaTOX (39)

Glimma (1224)

glmGamPoi (3253)

glmSparseNet (131)

GlobalAncova (954)

globalSeq (52)

globaltest (1741)

GloScope (12)

gmapR (129)

GmicR (48)

gmoviz (40)

GMRP (37)

GNET2 (43)

GNOSIS (12)

goCluster (0)

GOexpress (76)

GOfuncR (280)

GOFunction (4)

GoogleGenomics (2)

GOpro (105)

goProfiles (95)

GOSemSim (15871)

goseq (1198)

GOSim (116)

goSorensen (31)

goSTAG (45)

GOstats (1639)

GOsummaries (54)

GOTHiC (64)

goTools (48)

GPA (54)

gpart (11)

gpls (163)

gprege (4)

gpuMagic (41)

gQTLBase (4)

gQTLstats (4)

gramm4R (2)

GRaNIE (83)

granulator (130)

graper (51)

graph (17923)

GraphAlignment (54)

GraphAT (40)

graphite (2776)

GraphPAC (58)

GRENITS (52)

GreyListChIP (905)

GRmetrics (72)

groHMM (56)

GRridge (16)

GSALightning (56)

GSAR (90)

GSCA (43)

gscreend (36)

GSEABase (8270)

GSEABenchmarkeR (65)

GSEAlm (58)

GSEAmining (67)

gsean (43)

GSgalgoR (52)

GSReg (42)

GSRI (38)

GSVA (5274)

gtrellis (106)

GUIDEseq (51)

Guitar (126)

Gviz (3801)

GWAS.BAYES (50)

gwascat (556)

GWASTools (577)

gwasurvivr (70)

GWENA (166)

H

h5vc (56)

hapFabia (38)

Harman (167)

HarmonizR (16)

Harshlight (40)

hca (54)

HCABrowser (2)

HCAExplorer (1)

HCAMatrixBrowser (1)

HCsnip (2)

HDF5Array (11532)

HDTD (51)

heatmaps (232)

Heatplus (360)

HelloRanges (102)

HELP (40)

HEM (37)

hermes (86)

HERON (12)

Herper (162)

hexbin (17)

HGC (63)

hiAnnotator (86)

HIBAG (131)

HiCBricks (113)

HiCcompare (242)

HiCDCPlus (62)

HiCDOC (80)

HiCExperiment (106)

HiContacts (86)

HiCool (47)

hicrep (7)

hicVennDiagram (14)

hierGWAS (56)

hierinf (47)

HilbertCurve (72)

HilbertVis (166)

HilbertVisGUI (25)

HiLDA (52)

hipathia (115)

HIPPO (38)

hiReadsProcessor (43)

HIREewas (50)

HiTC (126)

hmdbQuery (65)

HMMcopy (278)

hoodscanR (14)

hopach (245)

HPAanalyze (124)

hpar (255)

HPAStainR (29)

HPiP (53)

HTqPCR (143)

HTSanalyzeR (5)

HTSeqGenie (35)

htSeqTools (5)

HTSFilter (200)

HubPub (100)

HumanTranscriptomeCompendium (43)

hummingbird (37)

HybridMTest (102)

hypeR (77)

hyperdraw (85)

hypergraph (105)

I

iASeq (48)

iasva (37)

iBBiG (122)

ibh (55)

iBMQ (32)

iCARE (94)

Icens (405)

icetea (35)

iCheck (35)

iChip (36)

iClusterPlus (319)

iCNV (38)

iCOBRA (153)

ideal (99)

IdeoViz (56)

idiogram (40)

IdMappingAnalysis (3)

IdMappingRetrieval (2)

idpr (55)

idr2d (41)

IFAA (40)

iFlow (1)

iGC (50)

IgGeneUsage (39)

igvR (94)

IHW (652)

illuminaio (2782)

ILoReg (35)

imageHTS (14)

IMAS (40)

imcRtools (153)

Imetagene (2)

IMMAN (40)

ImmuneSpaceR (45)

immunoClust (42)

immunotation (50)

IMPCdata (49)

ImpulseDE (3)

ImpulseDE2 (7)

impute (10097)

INDEED (50)

iNETgrate (21)

infercnv (1103)

infinityFlow (48)

Informeasure (42)

InPAS (39)

INPower (53)

inSilicoDb (5)

inSilicoMerging (6)

INSPEcT (53)

INTACT (35)

InTAD (38)

intansv (47)

interacCircos (65)

InteractionSet (1638)

InteractiveComplexHeatmap (348)

interactiveDisplay (74)

interactiveDisplayBase (9935)

InterCellar (66)

IntEREst (41)

InterMineR (51)

IntOMICS (32)

IntramiRExploreR (37)

inveRsion (4)

IONiseR (52)

iontree (3)

iPAC (75)

iPath (35)

ipdDb (93)

IPO (115)

IPPD (4)

IRanges (48957)

IRISFGM (80)

IrisSpatialFeatures (1)

ISAnalytics (44)

iSEE (378)

iSEEde (18)

iSEEhex (103)

iSEEhub (88)

iSEEindex (17)

iSEEpathways (13)

iSEEu (80)

iSeq (49)

ISLET (39)

iSNetwork (1)

isobar (63)

IsoBayes (11)

IsoCorrectoR (94)

IsoCorrectoRGUI (45)

IsoformSwitchAnalyzeR (244)

IsoGeneGUI (4)

ISoLDE (49)

isomiRs (105)

iSPlot (1)

ITALICS (42)

iterativeBMA (39)

iterativeBMAsurv (50)

iterClust (41)

iteremoval (3)

IVAS (60)

ivygapSE (35)

IWTomics (38)

J

jmosaics (2)

joda (3)

JunctionSeq (7)

K

karyoploteR (837)

katdetectr (43)

KBoost (51)

KCsmart (38)

kebabs (125)

KEGGgraph (5418)

KEGGlincs (47)

keggorth (1)

keggorthology (123)

KEGGprofile (12)

KEGGREST (34586)

KEGGSOAP (4)

kimod (2)

KinSwingR (42)

kissDE (32)

KnowSeq (40)

L

LACE (96)

lapmix (34)

LBE (257)

ldblock (60)

LEA (510)

LedPred (49)

lefser (551)

lemur (18)

les (83)

levi (50)

lfa (305)

limma (31924)

limmaGUI (51)

LINC (2)

LineagePulse (38)

lineagespot (32)

LinkHD (39)

Linnorm (163)

LinTInd (40)

lionessR (44)

lipidr (176)

LiquidAssociation (59)

lisaClust (110)

lmdme (38)

LMGene (4)

LOBSTAHS (44)

loci2path (36)

logicFS (80)

logitT (28)

Logolas (3)

lol (3)

LOLA (240)

LoomExperiment (587)

LowMACA (13)

LPE (80)

LPEadj (35)

lpNet (50)

lpsymphony (1193)

LRBaseDbi (100)

LRcell (45)

lumi (1130)

LVSmiRNA (3)

LymphoSeq (48)

M

M3C (770)

M3D (2)

M3Drop (549)

m6Aboost (33)

maanova (15)

Maaslin2 (883)

Macarron (35)

macat (44)

maCorrPlot (51)

MACPET (4)

MACSQuantifyR (47)

MACSr (94)

maDB (2)

made4 (220)

MADSEQ (35)

maftools (2596)

MAGAR (109)

MAGeCKFlute (340)

magpie (31)

magrene (35)

MAI (42)

maigesPack (34)

MAIT (47)

makecdfenv (130)

makePlatformDesign (1)

MANOR (40)

manta (5)

MantelCorr (47)

mAPKL (11)

maPredictDSC (38)

mapscape (53)

mariner (37)

marr (35)

marray (1720)

martini (42)

maser (101)

maSigPro (239)

maskBAD (38)

MassArray (51)

massiR (39)

MassSpecWavelet (1800)

MAST (2001)

mastR (89)

matchBox (50)

matchprobes (2)

MatrixGenerics (37967)

MatrixQCvis (105)

MatrixRider (36)

matter (174)

MaxContrastProjection (3)

MBAmethyl (44)

MBASED (46)

MBCB (37)

MBECS (47)

mbkmeans (426)

mbOmic (21)

mBPCR (41)

MBQN (38)

mbQTL (31)

MBttest (50)

mcaGUI (3)

MCbiclust (38)

MCRestimate (3)

mCSEA (85)

mdgsa (5)

mdp (59)

mdqc (93)

MDTS (41)

MEAL (65)

MeasurementError.cor (48)

MEAT (36)

MEB (35)

MEDIPS (91)

MEDME (39)

megadepth (117)

MEIGOR (38)

Melissa (38)

memes (175)

MergeMaid (6)

Mergeomics (61)

MeSHDbi (199)

meshes (123)

meshr (99)

MeSHSim (1)

MesKit (56)

messina (52)

metaArray (4)

Metab (28)

metabCombiner (40)

metabinR (46)

MetaboAnnotation (320)

MetaboCoreUtils (910)

metabolomicsWorkbenchR (62)

metabomxtr (40)

MetaboSignal (93)

metaCCA (203)

MetaCyto (49)

metagene (35)

metagene2 (56)

metagenomeFeatures (2)

metagenomeSeq (1498)

metahdep (54)

metaMS (88)

MetaNeighbor (79)

MetaPhOR (35)

metapod (4332)

metapone (52)

metaSeq (49)

metaseqR (6)

metaseqR2 (30)

metavizr (8)

MetaVolcanoR (58)

metaX (2)

MetCirc (43)

MethCP (9)

methimpute (42)

methInheritSim (45)

MethPed (39)

MethReg (59)

methrix (63)

MethTargetedNGS (39)

methVisual (3)

methyAnalysis (8)

MethylAid (61)

methylCC (52)

methylclock (129)

methylGSA (96)

methylInheritance (48)

methylKit (590)

MethylMix (87)

methylMnM (52)

methylPipe (87)

methylscaper (38)

MethylSeekR (122)

methylSig (49)

methylumi (1404)

methyvim (3)

MetID (42)

MetNet (42)

mfa (70)

Mfuzz (1087)

MGFM (41)

MGFR (42)

mgsa (102)

mia (1358)

miaSim (87)

miaViz (215)

MiChip (36)

microbiome (1606)

microbiomeDASim (39)

microbiomeExplorer (56)

microbiomeMarker (346)

MicrobiomeProfiler (84)

MicrobiotaProcess (460)

microRNA (138)

microSTASIS (33)

MICSQTL (17)

midasHLA (50)

MIGSA (11)

miloR (240)

mimager (38)

MIMOSA (28)

mina (45)

MineICA (51)

minet (657)

minfi (2185)

MinimumDistance (38)

MiPP (36)

miQC (95)

MIRA (87)

MiRaGE (42)

miRBaseConverter (136)

miRcomp (39)

mirIntegrator (39)

miRLAB (42)

miRmine (27)

miRNAmeConverter (46)

miRNApath (64)

miRNAtap (120)

miRSM (27)

miRsponge (1)

miRspongeR (43)

Mirsynergy (2)

mirTarRnaSeq (64)

missMethyl (999)

missRows (40)

mistyR (97)

mitch (68)

mitoClone2 (33)

mitoODE (2)

mixOmics (2973)

MLInterfaces (325)

mlm4omics (1)

MLP (101)

MLSeq (125)

MMAPPR2 (21)

MMDiff (2)

MMDiff2 (39)

mmgmos (0)

mmnet (1)

MmPalateMiRNA (3)

MMUPHin (84)

mnem (94)

moanin (110)

MobilityTransformR (32)

MODA (42)

ModCon (46)

Modstrings (123)

MOFA (5)

MOFA2 (418)

MOGAMUN (39)

mogsa (142)

MoleculeExperiment (42)

MOMA (47)

monaLisa (93)

monocle (2908)

Moonlight2R (12)

MoonlightR (44)

MoPS (3)

mosaics (112)

mosbi (40)

MOSim (38)

Motif2Site (38)

motifbreakR (144)

motifcounter (45)

MotifDb (618)

motifmatchr (1163)

motifRG (5)

motifStack (631)

MotIV (24)

MouseFM (88)

MPFE (46)

mpra (43)

MPRAnalyze (53)

MQmetrics (51)

mQTL.NMR (2)

msa (1447)

MSA2dist (106)

MsBackendMassbank (53)

MsBackendMgf (456)

MsBackendMsp (160)

MsBackendRawFileReader (39)

MsBackendSql (36)

MsCoreUtils (3252)

MsDataHub (39)

MSEADbi (1)

MsExperiment (589)

MsFeatures (1559)

msgbsR (44)

MSGFgui (4)

MSGFplus (9)

msImpute (64)

mslp (34)

msmsEDA (238)

msmsTests (226)

MSnbase (3039)

MSnID (224)

MSPrep (92)

msPurity (64)

msqrob2 (97)

MsQuality (39)

MSstats (440)

MSstatsBig (11)

MSstatsConvert (416)

MSstatsLiP (48)

MSstatsLOBD (49)

MSstatsPTM (152)

MSstatsQC (56)

MSstatsQCgui (32)

MSstatsSampleSize (24)

MSstatsShiny (76)

MSstatsTMT (234)

MSstatsTMTPTM (1)

MTseeker (1)

MuData (43)

Mulcom (58)

MultiAssayExperiment (4503)

MultiBaC (52)

multiClust (54)

multicrispr (40)

MultiDataSet (1097)

multiGSEA (100)

multiHiCcompare (152)

MultiMed (56)

multiMiR (220)

MultimodalExperiment (30)

multiOmicsViz (37)

MultiRNAflow (13)

multiscan (36)

multiSight (77)

multiWGCNA (27)

multtest (11847)

mumosa (55)

MungeSumstats (825)

muscat (364)

muscle (286)

musicatk (59)

MutationalPatterns (311)

MVCClass (84)

mvGST (1)

MWASTools (113)

mygene (349)

myvariant (63)

mzID (2874)

mzR (3142)

N

NADfinder (33)

NanoMethViz (59)

NanoStringDiff (82)

NanoStringNCTools (337)

NanoStringQCPro (50)

nanotatoR (97)

NanoTube (70)

NarrowPeaks (3)

NBAMSeq (71)

NBSplice (10)

ncdfFlow (1044)

ncGTW (30)

NCIgraph (80)

ncRNAtools (38)

ndexr (59)

neaGUI (2)

nearBynding (36)

Nebulosa (916)

NeighborNet (24)

nem (8)

nempi (35)

NetActivity (38)

netbenchmark (3)

netbiov (37)

netboost (34)

netboxr (10)

netDx (39)

nethet (38)

netOmics (41)

NetPathMiner (60)

netprioR (50)

netReg (2)

netresponse (47)

NetSAM (43)

netSmooth (53)

networkBMA (5)

netZooR (45)

NeuCA (26)

NewWave (87)

NGScopy (2)

ngsReports (68)

nipalsMCIA (13)

nnNorm (40)

nnSVG (70)

NOISeq (544)

nondetects (49)

NoRCE (42)

normalize450K (36)

NormalyzerDE (124)

NormqPCR (169)

normr (121)

NPARC (45)

npGSEA (45)

NTW (50)

nucleoSim (44)

nucleR (57)

nuCpos (50)

nudge (2)

nullranges (134)

NuPoP (66)

NxtIRFcore (24)

O

occugene (46)

OCplus (65)

octad (36)

ODER (20)

odseq (56)

OGRE (39)

OGSA (2)

oligo (1594)

oligoClasses (1636)

OLIN (65)

OLINgui (36)

omada (29)

OmaDB (174)

omicade4 (117)

OmicCircos (169)

omicplotR (44)

omicRexposome (39)

OmicsLonDA (26)

OmicsMarkeR (2)

OMICsPCA (40)

omicsPrint (41)

omicsViewer (43)

Omixer (53)

OmnipathR (484)

ompBAM (87)

Onassis (3)

oncomix (37)

oncoscanR (35)

OncoScore (39)

OncoSimulR (48)

oneChannelGUI (4)

oneSENSE (15)

onlineFDR (51)

ontoCAT (4)

ontoProc (189)

ontoTools (1)

openCyto (650)

openPrimeR (108)

openPrimeRui (47)

OpenStats (49)

OperaMate (1)

oposSOM (57)

oppar (37)

oppti (35)

optimalFlow (37)

OPWeight (39)

OrderedList (68)

ORFhunteR (41)

ORFik (172)

Organism.dplyr (391)

OrganismDbi (3101)

orthogene (303)

orthos (13)

OSAT (58)

Oscope (72)

OTUbase (39)

OutlierD (4)

OUTRIDER (183)

OutSplice (26)

OVESEG (36)

P

PAA (49)

packFinder (42)

padma (40)

PADOG (200)

pageRank (36)

PAIRADISE (75)

paircompviz (40)

pairedGSEA (24)

pairkat (32)

pairseqsim (1)

pamr (4)

pandaR (111)

panelcn.mops (61)

PAnnBuilder (3)

PanomiR (43)

panp (37)

PANR (39)

PanViz (45)

PanVizGenerator (4)

PAPi (6)

pareg (30)

parglms (38)

parody (88)

partCNV (15)

PAST (38)

Path2PPI (59)

pathifier (130)

PathNet (63)

PathoStat (52)

pathprint (2)

pathRender (38)

pathVar (37)

pathview (4243)

pathwayPCA (81)

PathwaySplice (2)

PatientGeneSets (1)

paxtoolsr (89)

Pbase (2)

pbcmc (2)

pcaExplorer (435)

pcaGoPromoter (5)

pcaMethods (4870)

PCAN (45)

PCAtools (1120)

pcot2 (4)

PCpheno (3)

pcxn (47)

PDATK (64)

pdInfoBuilder (96)

pdmclass (3)

PeacoQC (170)

peakPantheR (43)

PECA (43)

peco (35)

pengls (33)

PepsNMR (112)

pepStat (39)

pepXMLTab (62)

PERFect (39)

periodicDNA (41)

perturbatr (3)

pfamAnalyzeR (182)

PFP (21)

PGA (4)

pgca (49)

PGSEA (38)

pgUtils (2)

phantasus (136)

phantasusLite (12)

PharmacoGx (209)

phemd (33)

phenoDist (2)

PhenoGeneRanker (47)

phenomis (41)

phenopath (79)

phenoTest (96)

PhenStat (41)

philr (181)

PhIPData (81)

phosphonormalizer (49)

PhosR (90)

PhyloProfile (52)

phyloseq (5184)

Pi (64)

piano (361)

pickgene (49)

PICS (83)

Pigengene (94)

PING (41)

pint (3)

pipeComp (39)

pipeFrame (139)

pkgDepTools (14)

planet (170)

planttfhunter (29)

plasmut (12)

plateCore (3)

plethy (12)

plgem (89)

plier (100)

PloGO2 (53)

plotgardener (300)

plotGrouper (52)

PLPE (38)

plrs (3)

plw (3)

plyinteractions (17)

plyranges (1104)

pmm (47)

pmp (108)

PoDCall (52)

podkat (43)

pogos (46)

polyester (112)

Polyfit (2)

POMA (66)

POST (3)

PoTRA (5)

PowerExplorer (3)

powerTCR (380)

POWSC (42)

ppcseq (40)

PPInfer (99)

ppiStats (4)

pqsfinder (64)

prada (11)

pram (35)

prebs (42)

preciseTAD (37)

PrecisionTrialDrawer (3)

PREDA (70)

predictionet (4)

preprocessCore (14162)

primirTSS (41)

PrInCE (41)

Prize (2)

proActiv (52)

proBAMr (40)

proBatch (47)

PROcess (74)

procoil (41)

ProCoNA (2)

proDA (195)

proFIA (9)

profileplyr (204)

profileScoreDist (35)

progeny (377)

projectR (90)

pRoloc (221)

pRolocGUI (68)

PROMISE (71)

PROPER (70)

PROPS (34)

Prostar (61)

prot2D (3)

proteasy (29)

proteinProfiles (47)

ProteoDisco (36)

ProteomicsAnnotationHubData (3)

ProteoMM (66)

proteoQC (3)

protGear (38)

ProtGenerics (11164)

PSEA (39)

psichomics (54)

PSICQUIC (7)

PSMatch (131)

psygenet2r (46)

ptairMS (32)

PubScore (2)

pulsedSilac (3)

puma (81)

PureCN (142)

pvac (35)

pvca (236)

Pviz (55)

PWMEnrich (143)

pwOmics (91)

pwrEWAS (35)

Q

qckitfastq (52)

qcmetrics (64)

QDNAseq (332)

QFeatures (1070)

qmtools (38)

qpcrNorm (42)

qpgraph (146)

qPLEXanalyzer (55)

qrqc (26)

qsea (53)

qsmooth (112)

QSutils (42)

qsvaR (97)

QTLExperiment (12)

Qtlizer (37)

QUALIFIER (3)

quantiseqr (449)

quantro (298)

quantsmooth (617)

QuartPAC (35)

QuasR (319)

QuaternaryProd (74)

QUBIC (139)

qusage (377)

qvalue (16379)

R

R3CPET (35)

r3Cseq (74)

R453Plus1Toolbox (41)

R4RNA (592)

RadioGx (41)

raer (11)

RaggedExperiment (873)

RAIDS (12)

rain (75)

rama (23)

RamiGO (4)

ramr (36)

ramwas (117)

RandomWalkRestartMH (108)

randPack (39)

randRotation (46)

RankProd (270)

RAREsim (45)

RareVariantVis (39)

Rariant (2)

Rarr (99)

rawrr (199)

RbcBook1 (59)

Rbec (35)

RBGL (9224)

RBioFormats (67)

RBioinf (45)

rBiopaxParser (158)

RBM (44)

Rbowtie (451)

Rbowtie2 (288)

rbsurv (45)

Rbwa (105)

Rcade (11)

RCAS (89)

RCASPAR (47)

rcellminer (54)

rCGH (80)

Rchemcpp (3)

RchyOptimyx (4)

RcisTarget (888)

RCM (42)

Rcollectl (24)

Rcpi (99)

RCSL (39)

Rcwl (65)

RcwlPipelines (60)

RCX (90)

RCy3 (786)

RCyjs (59)

RCytoscape (6)

RDAVIDWebService (26)

Rdbi (2)

RdbiPgSQL (1)

rDGIdb (80)

Rdisop (470)

RDRToolbox (113)

ReactomeContentService4R (100)

ReactomeGraph4R (35)

ReactomeGSA (225)

ReactomePA (2220)

readat (4)

ReadqPCR (196)

reb (3)

REBET (36)

rebook (217)

receptLoss (31)

reconsi (34)

recount (395)

recount3 (296)

recountmethylation (39)

recoup (38)

RedeR (291)

RedisParam (34)

REDseq (56)

RefNet (2)

RefPlus (36)

RegEnrich (95)

regionalpcs (12)

RegionalST (14)

regioneR (1918)

regioneReloaded (33)

regionReport (94)

regsplice (33)

regutools (42)

REMP (46)

Repitools (306)

ReportingTools (703)

reposTools (0)

RepViz (93)

ReQON (34)

ResidualMatrix (3336)

RESOLVE (38)

Resourcerer (2)

restfulSE (98)

retrofit (32)

ReUseData (20)

rexposome (86)

rfaRm (33)

Rfastp (128)

rflowcyt (2)

rfPred (41)

rGADEM (265)

RGalaxy (4)

rGenomeTracks (36)

Rgin (3)

RGMQL (28)

RgnTX (30)

rgoslin (65)

RGraph2js (38)

Rgraphviz (9573)

rGREAT (626)

RGSEA (55)

rgsepd (37)

rhdf5 (19243)

rhdf5client (101)

rhdf5filters (18693)

Rhdf5lib (21791)

Rhisat2 (191)

Rhtslib (22714)

rHVDM (3)

RiboCrypt (34)

RiboDiPA (41)

RiboProfiling (60)

ribor (37)

riboSeqR (29)

ribosomeProfilingQC (56)

rifi (31)

rifiComparative (25)

RImmPort (50)

Ringo (339)

Rintact (1)

RIPAT (27)

RIPSeeker (15)

Risa (44)

RITAN (43)

RIVER (36)

RJMCMCNucleosomes (36)

RLassoCox (58)

RLMM (51)

RLSeq (32)

RMAGEML (1)

Rmagpie (35)

RMAPPER (3)

RMassBank (77)

rMAT (4)

rmelting (69)

RmiR (4)

Rmmquant (36)

rmspc (43)

RNAAgeCalc (59)

RNAdecay (40)

rnaEditr (35)

RNAinteract (50)

RNAither (3)

RNAmodR (74)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (39)

RNAmodR.ML (31)

RNAmodR.RiboMethSeq (35)

RNAprobR (2)

RNAsense (34)

rnaseqcomp (61)

RNAseqCovarImpute (11)

rnaSeqMap (4)

RNASeqPower (130)

RNASeqR (10)

RnaSeqSampleSize (77)

RnBeads (243)

Rnits (32)

roar (40)

roastgsa (12)

ROC (1051)

ROCpAI (34)

RolDE (38)

Roleswitch (3)

Rolexa (3)

rols (377)

ROntoTools (163)

ropls (1097)

ROSeq (34)

ROTS (187)

RPA (60)

rprimer (59)

RProtoBufLib (2333)

RpsiXML (7)

rpx (238)

Rqc (254)

rqt (41)

rqubic (64)

rRDP (52)

Rredland (1)

RRHO (100)

rrvgo (415)

Rsamtools (21980)

rsbml (124)

rScudo (40)

rsemmed (48)

RSeqAn (87)

rSFFreader (2)

RSNPper (1)

Rsubread (2290)

RSVSim (44)

rSWeeP (47)

rTANDEM (7)

RTCA (41)

RTCGA (566)

RTCGAToolbox (576)

RTN (137)

RTNduals (67)

RTNsurvival (52)

RTools4TB (1)

RTopper (35)

Rtpca (36)

rtracklayer (20212)

Rtreemix (38)

rTRM (115)

rTRMui (39)

runibic (69)

Ruuid (3)

RUVcorr (45)

RUVnormalize (54)

RUVSeq (895)

Rvisdiff (12)

RVS (36)

RWebServices (2)

rWikiPathways (373)

S

S4Arrays (26421)

S4Vectors (53539)

safe (550)

SAGElyzer (1)

sagenhaft (37)

SAGx (7)

SAIGEgds (51)

samExploreR (3)

sampleClassifier (39)

SamSPECTRAL (121)

sangeranalyseR (168)

sangerseqR (816)

SANTA (59)

sapFinder (2)

saps (1)

SARC (12)

sarks (34)

satuRn (232)

savR (40)

SBGNview (142)

sbgr (1)

SBMLR (62)

SC3 (404)

Scale4C (37)

ScaledMatrix (11382)

scAlign (16)

SCAN.UPC (94)

scanMiR (60)

scanMiRApp (46)

scAnnotatR (117)

SCANVIS (53)

SCArray (61)

SCArray.sat (31)

SCATE (85)

scater (6465)

scatterHatch (46)

scBFA (40)

SCBN (76)

scBubbletree (38)

scCB2 (38)

scClassifR (2)

scClassify (68)

sccomp (74)

scDataviz (61)

scDblFinder (1257)

scDD (127)

scDDboost (34)

scde (327)

scDesign3 (19)

scds (476)

SCFA (38)

scFeatureFilter (51)

scFeatures (43)

scfind (2)

scGPS (44)

schex (197)

scHOT (57)

scider (12)

scifer (35)

ScISI (8)

scMAGeCK (22)

scmap (276)

scMerge (464)

scMET (40)

scmeth (46)

SCnorm (82)

scone (88)

Sconify (34)

SCOPE (48)

scoreInvHap (34)

scp (110)

scPCA (75)

scPipe (121)

scran (4458)

scReClassify (35)

scRecover (48)

screenCounter (28)

ScreenR (32)

scRepertoire (343)

scRNAseqApp (38)

scruff (48)

scry (205)

scShapes (35)

scsR (2)

scTensor (102)

scTGIF (124)

scTHI (34)

scTreeViz (39)

scuttle (9450)

scviR (32)

SDAMS (41)

sechm (133)

segmenter (35)

segmentSeq (32)

selectKSigs (32)

SELEX (41)

SemDist (40)

semisup (47)

SemSim (1)

SEPA (2)

SEPIRA (23)

seq.hotSPOT (28)

seq2pathway (102)

seqArchR (63)

seqArchRplus (26)

SeqArray (799)

seqbias (61)

seqCAT (35)

seqCNA (46)

seqcombo (53)

SeqGate (33)

SeqGSEA (114)

seqLogo (3054)

seqPattern (581)

seqplots (7)

seqsetvis (50)

SeqSQC (77)

seqTools (111)

SeqVarTools (423)

sesame (631)

SEtools (115)

sevenbridges (51)

sevenC (38)

SGCP (84)

SGSeq (274)

SharedObject (115)

shinyepico (44)

shinyMethyl (79)

shinyTANDEM (3)

ShortRead (5982)

SIAMCAT (97)

SICtools (33)

sigaR (5)

SigCheck (37)

sigFeature (178)

SigFuge (37)

siggenes (3059)

sights (41)

signatureSearch (184)

signeR (56)

signet (3)

signifinder (45)

sigPathway (43)

SigsPack (35)

sigsquared (35)

SIM (39)

SIMAT (37)

SimBindProfiles (32)

SimBu (48)

SIMD (34)

SimFFPE (38)

similaRpeak (59)

SIMLR (249)

simona (21)

simpleaffy (98)

simpleSeg (50)

simplifyEnrichment (627)

simulatorAPMS (1)

simulatorZ (3)

sincell (58)

single (38)

SingleCellExperiment (14335)

SingleCellSignalR (227)

singleCellTK (217)

SingleMoleculeFootprinting (33)

SingleR (3703)

singscore (1230)

SiPSiC (32)

SISPA (29)

sitadela (37)

sitePath (43)

sizepower (58)

SJava (2)

skewr (30)

slalom (92)

SLGI (4)

slingshot (1328)

slinky (3)

SLqPCR (56)

SMAD (51)

SMAP (49)

SMITE (43)

SNAGEE (51)

snapCGH (78)

snapcount (49)

snifter (119)

snm (160)

SNPchip (10)

SNPediaR (45)

SNPhood (39)

snpMatrix (8)

SNPRelate (1523)

snpStats (2155)

soGGi (288)

sojourner (9)

SomatiCA (2)

SomaticSignatures (144)

SOMNiBUS (46)

SpacePAC (55)

spade (5)

Spaniel (61)

sparrow (116)

SparseArray (13575)

sparseDOSSA (44)

sparseMatrixStats (14683)

sparsenetgls (49)

SparseSignatures (44)

spaSim (42)

SpatialCPie (63)

spatialDE (89)

SpatialDecon (156)

SpatialExperiment (1272)

SpatialFeatureExperiment (126)

spatialHeatmap (125)

SpatialOmicsOverlay (40)

spatzie (33)

speckle (106)

specL (56)

SpeCond (54)

Spectra (1182)

SpectralTAD (74)

SPEM (52)

SPIA (584)

SPIAT (84)

spicyR (151)

SpidermiR (70)

spikeLI (45)

spiky (37)

spkTools (33)

splatter (423)

splicegear (3)

spliceR (5)

spliceSites (3)

SpliceWiz (65)

SplicingFactory (33)

SplicingGraphs (68)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (56)

SPLINTER (35)

splots (159)

SPONGE (61)

SpotClean (74)

SPOTlight (206)

spotSegmentation (2)

spqn (42)

SPsimSeq (118)

SQLDataFrame (36)

SQUADD (46)

sRACIPE (50)

SRAdb (364)

sRAP (4)

SRGnet (2)

srnadiff (24)

sscore (25)

sscu (37)

sSeq (149)

ssize (86)

sSNAPPY (96)

SSPA (57)

ssPATHS (32)

ssrch (80)

ssviz (44)

stageR (175)

stam (1)

STAN (13)

standR (86)

staRank (33)

StarBioTrek (41)

Starr (3)

STATegRa (43)

Statial (48)

statTarget (90)

STdeconvolve (104)

stepNorm (35)

stepwiseCM (2)

stJoincount (44)

strandCheckR (38)

Streamer (38)

STRINGdb (1000)

STROMA4 (27)

struct (125)

Structstrings (100)

structToolbox (89)

StructuralVariantAnnotation (168)

SubCellBarCode (40)

subSeq (56)

SUITOR (33)

SummarizedBenchmark (42)

SummarizedExperiment (36506)

Summix (46)

supersigs (39)

supraHex (436)

surfaltr (39)

survcomp (1014)

survtype (42)

Sushi (62)

sva (6869)

svaNUMT (38)

SVAPLSseq (2)

svaRetro (37)

SVM2CRM (2)

SVMDO (85)

SWATH2stats (48)

SwathXtend (62)

swfdr (53)

SwimR (2)

switchBox (112)

switchde (42)

synapsis (34)

synapter (66)

synergyfinder (178)

SynExtend (41)

synlet (37)

SynMut (35)

syntenet (96)

systemPipeR (1137)

systemPipeShiny (60)

systemPipeTools (42)

T

tadar (11)

TADCompare (67)

tanggle (53)

TAPseq (46)

target (37)

TargetDecoy (34)

TargetScore (58)

TargetSearch (65)

TarSeqQC (11)

TBSignatureProfiler (43)

TCC (167)

TCGAbiolinks (3287)

TCGAbiolinksGUI (30)

TCGAutils (816)

TCseq (131)

TDARACNE (9)

TDbasedUFE (56)

TDbasedUFEadv (41)

TEKRABber (93)

TENxIO (40)

tenXplore (36)

TEQC (49)

ternarynet (37)

terraTCGAdata (34)

TFARM (34)

TFBSTools (2687)

TFEA.ChIP (53)

TFHAZ (31)

TFutils (64)

tidybulk (184)

tidySingleCellExperiment (171)

tidySummarizedExperiment (311)

tigre (42)

TileDBArray (38)

tilingArray (99)

timecourse (52)

timeOmics (59)

timescape (78)

TimeSeriesExperiment (6)

TimiRGeN (50)

TIN (39)

TissueEnrich (147)

TitanCNA (59)

tkWidgets (1202)

tLOH (32)

TMixClust (49)

TNBC.CMS (40)

TnT (36)

TOAST (338)

tofsims (2)

tomoda (33)

tomoseqr (34)

TOP (27)

ToPASeq (4)

topconfects (168)

topdownr (53)

topGO (2914)

ToxicoGx (41)

TPP (77)

TPP2D (41)

tracktables (106)

trackViewer (397)

tradeSeq (454)

TrajectoryGeometry (44)

TrajectoryUtils (1657)

transcriptogramer (46)

transcriptR (45)

transformGamPoi (49)

transite (42)

tRanslatome (98)

transomics2cytoscape (36)

TransView (37)

TraRe (7)

traseR (37)

Travel (5)

traviz (39)

TreeAndLeaf (112)

treeio (19021)

treekoR (37)

TreeSummarizedExperiment (1354)

TREG (39)

trena (37)

TReNA (0)

Trendy (48)

TRESS (78)

tricycle (187)

triform (4)

trigger (37)

trio (74)

triplex (39)

tripr (52)

tRNA (94)

tRNAdbImport (77)

tRNAscanImport (54)

TRONCO (55)

TSAR (11)

TSCAN (550)

tscR (26)

tspair (5)

TSRchitect (4)

TSSi (3)

ttgsea (80)

TTMap (35)

TurboNorm (36)

TVTB (37)

tweeDEseq (114)

twilight (94)

twoddpcr (40)

txcutr (34)

tximeta (1153)

tximport (3341)

TxRegInfra (2)

TypeInfo (47)

U

UCell (1105)

Ularcirc (40)

UMI4Cats (44)

uncoverappLib (35)

UNDO (59)

unifiedWMWqPCR (38)

UniProt.ws (380)

Uniquorn (37)

universalmotif (440)

updateObject (35)

uSORT (35)

V

VAExprs (35)

VanillaICE (146)

VarCon (37)

variancePartition (808)

VariantAnnotation (8967)

VariantExperiment (41)

VariantFiltering (53)

VariantTools (133)

vasp (1)

VaSP (35)

vbmp (66)

VCFArray (36)

VDJdive (38)

Vega (3)

VegaMC (38)

velociraptor (102)

veloviz (53)

VennDetail (205)

VERSO (49)

vidger (89)

viper (658)

virtualArray (3)

ViSEAGO (111)

vissE (85)

Voyager (84)

VplotR (50)

vsclust (41)

vsn (4979)

vtpnet (44)

vulcan (39)

W

waddR (45)

wateRmelon (740)

wavClusteR (45)

waveTiling (4)

weaver (56)

webbioc (42)

weitrix (39)

widgetInvoke (1)

widgetTools (1215)

wiggleplotr (151)

wpm (46)

wppi (40)

Wrench (1486)

X

XBSeq (3)

XCIR (2)

xcms (1683)

xcore (40)

XDE (38)

Xeva (37)

XINA (37)

xmapbridge (49)

xmapcore (2)

XNAString (40)

xps (6)

XVector (45441)

Y

y2hStat (0)

yamss (44)

YAPSA (58)

yaqcaffy (5)

yarn (115)

Z

zellkonverter (980)

zenith (108)

zFPKM (104)

zinbwave (809)

zlibbioc (46354)

ZygosityPredictor (26)