Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2012-02-07 05:34:59 -0800 (Tue, 07 Feb 2012).

This page monitors the number of Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. Packages included (directly or indirectly) in biocLite() are reported in bold.

30 most downloaded Software packages over the last 12 months

1biomaRt (134827)
2Biobase (103503)
3AnnotationDbi (90433)
4limma (88236)
5affy (87944)
6Biostrings (77327)
7annotate (77295)
8ChIPpeakAnno (73751)
9genefilter (71955)
10IRanges (68483)
11geneplotter (65833)
12GenomicRanges (58129)
13gcrma (57972)
14preprocessCore (56355)
15vsn (55467)
16affyPLM (55254)
17affyio (55228)
18marray (53406)
19annaffy (52402)
20affyQCReport (49976)
21simpleaffy (46840)
22DynDoc (45877)
23multtest (44109)
24BiocInstaller (31930)
25Rgraphviz (29976)
26graph (28278)
27BSgenome (20411)
28Rsamtools (19861)
29rtracklayer (19126)
30ShortRead (19006)

All Software packages

MonthDownloadsDistinct IPs
Mar/201124652812491
Apr/201124231511512
May/201127585712332
Jun/201123766612082
Jul/201121642410666
Aug/201122065911032
Sep/201124511511499
Oct/201129853411967
Nov/201140658214574
Dec/201122358912522
Jan/2012701023364
Feb/201200
All months268337185755

A

a4 (1411)
a4Base (773)
a4Classif (1376)
a4Core (1356)
a4Preproc (1331)
a4Reporting (1470)
ABarray (2266)
aCGH (3243)
ACME (1839)
ADaCGH2 (1398)
adSplit (1510)
AdvancedR2011 (71)
AdvancedR2011Data (59)
affxparser (9652)
affy (87944)
affycomp (3976)
AffyCompatible (2300)
affyContam (1613)
affycoretools (3621)
affydata (105)
AffyExpress (1947)
affyILM (1504)
affyio (55228)
affylmGUI (4437)
affyPara (1644)
affypdnn (2766)
affyPLM (55254)
affyQCReport (49976)
AffyRNADegradation (1)
AffyTiling (1623)
AGDEX (222)
Agi4x44PreProcess (2404)
AgiMicroRna (2117)
altcdfenvs (1693)
annaffy (52402)
AnnBuilder (147)
annotate (77295)
AnnotationDbi (90433)
AnnotationFuncs (923)
Annotations (45)
annotationTools (1903)
anota (879)
apComplex (1957)
applera (13)
aroma.light (2535)
ArrayExpress (4121)
ArrayExpressHTS (873)
arrayMagic (61)
arrayMvout (1363)
arrayQCplot (15)
arrayQuality (6895)
arrayQualityMetrics (5728)
ArrayTools (1768)
ASEB (2)
attract (2244)

B

BAC (1304)
BasicFlowWorkshop (47)
BayesPeak (2312)
baySeq (4390)
BCRANK (1426)
beadarray (7874)
beadarraySNP (1743)
BeadDataPackR (5588)
BeadExplorer (40)
betr (1471)
bgafun (1261)
BGmix (1096)
bgx (1460)
BHC (1361)
BicARE (1408)
bim (10)
Biobase (103503)
BiocCaseStudies (1675)
biocDatasets (363)
BiocGenerics (316)
biocGraph (1737)
BiocInstaller (31930)
biocLite (14)
Bioconductor (89)
biocViews (1657)
bioDist (4126)
biomaRt (134827)
BioMVCClass (1398)
BioNet (1997)
BioSeqClass (1406)
Biostrings (77327)
biovizBase (277)
bridge (1329)
BSgenome (20411)
BufferedMatrix (1150)
BufferedMatrixMethods (1075)
BUS (1109)

C

CALIB (1102)
CAMERA (1731)
Category (12522)
cellHTS (1174)
cellHTS2 (2298)
CellNOptR (185)
CGEN (909)
CGHbase (1679)
CGHcall (1749)
cghMCR (7599)
CGHnormaliter (1074)
CGHregions (1356)
charm (1412)
ChemmineR (1763)
ChIPpeakAnno (73751)
ChipSeq (53)
chipseq (3477)
ChIPseqR (1352)
ChIPsim (1168)
chopsticks (763)
ChromHeatMap (1179)
ChromoViz (16)
clippda (921)
Clonality (617)
clst (625)
clstutils (609)
clusterProfiler (969)
clusterStab (1806)
CMA (1747)
cn.farms (823)
cn.mops (263)
CNAnorm (212)
CNTools (7554)
CNVtools (1236)
CoCiteStats (1384)
codelink (1191)
CoGAPS (375)
ConsensusClusterPlus (1320)
convert (5705)
copa (1126)
Cormotif (174)
coRNAi (799)
CORREP (843)
cosmo (1838)
cosmoGUI (1263)
cqn (256)
CRImage (1162)
crlmm (2696)
CSAR (1421)
ctc (2079)
cummeRbund (7352)
cycle (954)

D

daMA (998)
DAVIDQuery (1241)
ddCt (1348)
DECIPHER (153)
DEDS (1257)
DEGraph (1116)
DEGseq (10826)
DESeq (14438)
DEXSeq (1776)
DFP (948)
DiffBind (465)
diffGeneAnalysis (1047)
dks (143)
DNAcopy (8825)
domainsignatures (1006)
DOSE (336)
DTA (183)
dualKS (935)
dyebias (934)
DynDoc (45877)

E

easyRNASeq (11)
EBarrays (1735)
EBImage (5778)
ecolitk (1025)
EDASeq (324)
edd (1661)
edgeR (15566)
EfficientR (7)
eisa (1067)
ENVISIONQuery (555)
ExiMiR (646)
exomeCopy (233)
exonmap (926)
explorase (1059)
ExpressionView (1062)
exprExternal (3)
externalVector (890)

F

fabia (1061)
factDesign (1504)
farms (1000)
fastseg (202)
fbat (198)
fdrame (1226)
flagme (1102)
flowClust (1868)
flowCore (6469)
flowFlowJo (1084)
flowFP (1181)
flowMeans (1231)
flowMerge (909)
flowPhyto (698)
flowPlots (625)
flowQ (1448)
flowStats (2144)
flowTrack (14)
flowTrans (1095)
flowType (208)
flowUtils (1329)
flowViz (4931)
flowWorkspace (364)
frma (1591)
frmaTools (1065)

G

gaga (952)
gage (1253)
gaggle (1363)
gaia (779)
gcrma (57972)
genArise (1014)
gene2pathway (1284)
GeneAnswers (1707)
GeneExpressionSignature (168)
genefilter (71955)
genefu (1034)
GeneGA (414)
GeneMeta (1511)
geneplotter (65833)
GeneR (1265)
geneRecommender (1023)
GeneRegionScan (1012)
GeneRfold (624)
GeneSelectMMD (892)
GeneSelector (1127)
GeneSpring (911)
GeneticsBase (308)
GeneticsDesign (1225)
GeneticsPed (1525)
GeneTraffic (807)
GeneTS (18)
genoCN (949)
GenomeBase (3)
GenomeGraphs (7050)
genomeIntervals (2583)
genomes (1038)
GenomicFeatures (14265)
GenomicRanges (58129)
Genominator (1842)
genoset (759)
GEOmetadb (2015)
GEOquery (13722)
GEOsubmission (979)
GEWIST (4)
gff3Plotter (9)
GGBase (2049)
ggbio (296)
GGtools (2448)
girafe (2229)
GLAD (4409)
GlobalAncova (1646)
globaltest (6737)
goCluster (7)
GOFunction (206)
goProfiles (1339)
GOSemSim (2545)
goseq (3011)
GOstats (12182)
goTools (2329)
gpls (1672)
graph (28278)
GraphAlignment (1022)
GraphAT (1082)
graphite (170)
GRENITS (207)
GSEABase (13771)
GSEAlm (1370)
GSRI (1004)
GSVA (895)
GWASTools (230)

H

Harshlight (1027)
Heatplus (3650)
HELP (986)
HEM (1010)
hexbin (6209)
HilbertVis (1477)
HilbertVisGUI (1062)
hopach (1990)
HTqPCR (1819)
HTSanalyzeR (1243)
HTSandGeneCentricLabs (15)
htSeqTools (223)
hyperdraw (1095)
hypergraph (1913)

I

ibh (548)
Icens (1925)
iChip (889)
idiogram (1161)
IdMappingRetrieval (153)
iFlow (685)
imageHTS (838)
impute (6492)
inSilicoDb (263)
inveRsion (539)
iontree (149)
IPPD (586)
IRanges (68483)
iSeq (755)
iSNetwork (8)
isobar (165)
IsoGeneGUI (998)
iSPlot (12)
ITALICS (976)
iterativeBMA (883)
iterativeBMAsurv (871)
IWB2011 (71)

J

joda (601)

K

KCsmart (973)
KEGGgraph (3753)
keggorth (78)
keggorthology (1443)
KEGGSOAP (3478)

L

lapmix (870)
latticeExtra (11)
LBE (1267)
les (917)
limma (88236)
limmaGUI (2635)
LiquidAssociation (870)
LMGene (1447)
logicFS (1238)
logitT (891)
lol (558)
LPE (1924)
LPEadj (860)
lumi (18176)
LVSmiRNA (824)

M

maanova (1487)
macat (1054)
maCorrPlot (891)
maDB (708)
made4 (2963)
maigesPack (905)
makecdfenv (5094)
makePlatformDesign (1344)
MANOR (1122)
MantelCorr (919)
marray (53406)
maSigPro (2960)
MassArray (1047)
MassSpecWavelet (2339)
matchprobes (1741)
MBCB (816)
mBPCR (883)
mcaGUI (561)
MCRestimate (1118)
mdqc (1096)
MeasurementError.cor (906)
MEDIPS (2588)
MEDME (1059)
MergeMaid (1998)
metaArray (1750)
metahdep (855)
methVisual (1224)
methylumi (13640)
Mfuzz (4085)
mgsa (713)
MiChip (838)
microRNA (4142)
minet (1883)
minfi (405)
MiPP (1410)
miRNApath (1028)
MLInterfaces (2949)
MLP (686)
mmgmos (16)
MmPalateMiRNA (143)
mosaics (628)
MotIV (1667)
MSnbase (879)
Mulcom (827)
multiscan (812)
multtest (44109)
MVCClass (1070)
mzR (373)

N

ncdfFlow (119)
NCIgraph (775)
nem (1298)
netresponse (736)
nnNorm (981)
NormqPCR (195)
NTW (748)
nucleR (293)
nudge (1117)
NuPoP (770)

O

occugene (791)
OCplus (1689)
oligo (5790)
oligoClasses (5972)
OLIN (1093)
OLINgui (987)
oneChannelGUI (2846)
ontoCAT (806)
ontoTools (1059)
OrderedList (1167)
OTUbase (866)
OutlierD (1009)

P

pairseqsim (26)
pamr (506)
PAN (176)
PAnnBuilder (1156)
panp (1194)
parody (1456)
pathRender (1026)
PatientGeneSets (764)
pcaGoPromoter (6)
pcaMethods (4519)
pcot2 (948)
PCpheno (955)
pdInfoBuilder (1887)
pdmclass (1458)
PGSEA (2130)
pgUtils (663)
phenoDist (537)
phenoTest (682)
pickgene (869)
PICS (2002)
pint (945)
pkgDepTools (1294)
plateCore (829)
plgem (962)
plier (3087)
PLPE (879)
plw (874)
ppiStats (1161)
prada (3067)
PREDA (172)
predictionet (80)
preprocessCore (56355)
PROcess (8001)
procoil (550)
PROMISE (770)
puma (2076)
pvac (602)

Q

qpcrNorm (1056)
qpgraph (1423)
qrqc (700)
qtbase (171)
qtpaint (128)
quantsmooth (2038)
qvalue (8565)

R

r3Cseq (180)
R453Plus1Toolbox (1064)
rama (1117)
RamiGO (182)
randPack (122)
RankProd (4667)
RbcBook1 (2686)
RBGL (14310)
RBioinf (1189)
rbsurv (905)
RCASPAR (135)
RCytoscape (1821)
rcyTutorial (64)
Rdbi (1386)
RdbiPgSQL (1056)
Rdisop (969)
RDRToolbox (887)
ReadqPCR (219)
reb (938)
RedeR (230)
REDseq (187)
RefPlus (1639)
Repitools (265)
reposTools (45)
ReQON (130)
Resourcerer (993)
rfcdmin (3)
rflowcyt (995)
rGADEM (1874)
Rgraphviz (29976)
rhdf5 (7)
rHVDM (868)
Ringo (2482)
Rintact (56)
RLMM (780)
RMAGEML (499)
Rmagpie (845)
RMAPPER (748)
rMAT (1285)
RmiR (1583)
RNAinteract (623)
RNAither (1112)
rnaSeqMap (981)
ROC (5162)
Rolexa (1157)
RPA (886)
RpsiXML (1318)
rqubic (161)
Rredland (342)
Rsamtools (19861)
rsbml (1606)
RSNPper (39)
Rsubread (347)
RTCA (835)
RTools4TB (862)
RTopper (134)
rtracklayer (19126)
Rtreemix (898)
Ruuid (2778)
RWebServices (472)

S

safe (1176)
SAGElyzer (23)
sagenhaft (912)
SAGx (2224)
SamSPECTRAL (909)
SBMLR (990)
ScISI (1310)
SeattleIntro2010 (56)
SeattleIntro2011 (96)
SeattleIntro2011Data (97)
segmentSeq (1237)
SemSim (41)
seqbias (609)
seqLogo (4133)
ShortRead (19006)
sigaR (5)
siggenes (7879)
sigPathway (1770)
SIM (1073)
simpleaffy (46840)
simulatorAPMS (721)
sizepower (1639)
SJava (440)
SLGI (1184)
SLqPCR (1105)
SMAP (851)
SNAData (6)
snapCGH (2205)
snm (753)
snpAssoc (8)
SNPchip (2681)
snpMatrix (3399)
snpStats (2225)
spade (10)
SpeCond (883)
SPIA (2336)
spikeLI (799)
spkTools (786)
splicegear (939)
splots (1823)
spotSegmentation (864)
SQUADD (688)
SRAdb (1921)
sscore (971)
ssize (1782)
SSPA (999)
stam (49)
Starr (1285)
stepNorm (918)
stepwiseCM (124)
Streamer (167)
StudentGWAS (70)
survcomp (1744)
sva (460)

T

TargetSearch (1279)
TDARACNE (701)
TEQC (795)
ternarynet (1)
tigre (954)
tilingArray (2382)
timecourse (6099)
tkWidgets (11292)
topGO (7396)
trigger (174)
tspair (1116)
TSSi (158)
TurboNorm (549)
tweeDEseq (350)
twilight (1332)
TypeInfo (909)

V

VanillaICE (1489)
VariantAnnotation (623)
vbmp (984)
Vega (568)
virtualArray (6)
vsn (55467)

W

weaver (1388)
webbioc (1059)
widgetInvoke (21)
widgetTools (11351)

X

xcms (7680)
XDE (986)
xmapbridge (814)
xmapcore (969)
xps (2161)

Y

y2hStat (6)
yaqcaffy (1037)

Z

zlibbioc (7484)