Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2016-05-20 16:08:07 -0700 (Fri, 20 May 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1342)
2geneLenDataBase (567)
3pasilla (529)
4airway (525)
5affydata (508)
6golubEsets (395)
7bladderbatch (267)
8msdata (244)
9faahKO (237)
10minfiData (221)
11gageData (219)
12CLL (202)
13Illumina450ProbeVariants.db (194)
14ChAMPdata (194)
15parathyroidSE (190)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (1)
a4Reporting (1)
ABAData (44)
affy (2)
affycompData (48)
affycoretools (1)
affydata (508)
Affyhgu133A2Expr (33)
Affyhgu133aExpr (37)
Affyhgu133Plus2Expr (34)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (84)
Affymoe4302Expr (31)
Affymoe430Expr (1)
affyPLM (1)
AIMS (1)
airway (525)
all (0)
ALL (1342)
ALLMLL (126)
AmpAffyExample (53)
AneuFinderData (2)
annotate (2)
AnnotationDbi (1)
AnnotationForge (1)
antiProfilesData (46)
arrayQualityMetrics (1)
ARRmData (96)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASSET (1)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (37)
beadarray (1)
beadarrayExampleData (66)
BeadArrayUseCases (64)
BeadDataPackR (1)
beta7 (48)
Biobase (4)
BiocInstaller (1)
BiocParallel (1)
biomaRt (1)
Biostrings (2)
biovizBase (1)
birta (1)
bladderbatch (267)
blimaTestingData (24)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (67)
breastCancerNKI (77)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (55)
breastCancerUNT (50)
breastCancerUPP (54)
breastCancerVDX (124)
bronchialIL13 (34)
BSgenome (1)
bsseqData (54)
bumphunter (1)

C

CAMERA (1)
cancerdata (35)
CardinalWorkflows (22)
Category (1)
CCl4 (54)
ccTutorial (30)
ceu1kg (25)
ceu1kgv (18)
ceuhm3 (25)
cgdv17 (59)
ChAMPdata (194)
charmData (37)
cheung2010 (26)
chimera (1)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (1)
chipenrich (1)
chipenrich.data (99)
ChIPQC (1)
chipseq (1)
ChIPseqR (1)
ChIPsim (1)
ChIPXpressData (90)
chopsticks (1)
chroGPS (1)
chromDraw (1)
ChromHeatMap (1)
cisPath (1)
cleanUpdTSeq (1)
cleaver (1)
clippda (1)
clipper (1)
CLL (202)
Clomial (1)
Clonality (1)
clonotypeR (1)
clst (1)
clstutils (1)
clusterStab (1)
CMA (1)
cMap2data (141)
cn.farms (1)
cn.mops (1)
CNAnorm (1)
CNEr (1)
CNORdt (1)
CNORfeeder (1)
CNORfuzzy (1)
CNORode (1)
CNPBayes (1)
CNTools (1)
cnvGSA (1)
cnvGSAdata (28)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1)
CNVtools (1)
cobindR (1)
CoCiteStats (1)
codelink (1)
CODEX (1)
CoGAPS (1)
cogena (1)
coGPS (1)
COHCAP (1)
COHCAPanno (104)
colonCA (58)
coMET (1)
COMPASS (1)
compcodeR (1)
CompGO (1)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (1)
ConnectivityMap (25)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (1)
convert (1)
copa (1)
COPDSexualDimorphism.data (108)
CopyhelpeR (85)
copynumber (1)
CopyNumber450k (1)
CopyNumber450kData (40)
CopywriteR (1)
CoRegNet (1)
Cormotif (1)
CorMut (1)
coRNAi (1)
CORREP (1)
COSMIC.67 (28)
cosmiq (1)
COSNet (1)
cpvSNP (1)
cqn (1)
CRCL18 (15)
CRImage (1)
crlmm (1)
csaw (1)
CSSP (1)
ctc (1)
cummeRbund (1)
curatedBladderData (22)
curatedBreastData (17)
curatedCRCData (23)
curatedOvarianData (62)
customProDB (1)
cycle (1)
cytofkit (1)

D

dagLogo (1)
daMA (1)
DAPAR (1)
DAPARdata (1)
DART (1)
DASiR (1)
DAVIDQuery (1)
davidTiling (32)
DBChIP (1)
ddCt (1)
ddgraph (1)
DECIPHER (1)
DeconRNASeq (1)
DEDS (1)
deepSNV (1)
DEGraph (1)
DEGseq (1)
derfinderData (34)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (93)
destiny (1)
dexus (1)
DFP (1)
DiffBind (1)
diffGeneAnalysis (1)
diffHic (1)
DiffLogo (1)
diffloopdata (1)
diggit (1)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (1)
dks (1)
DLBCL (64)
DmelSGI (15)
DMRcaller (1)
DMRcatedata (128)
DMRforPairs (1)
DNABarcodes (1)
DNAcopy (1)
domainsignatures (1)
DonaPLLP2013 (15)
DOQTL (1)
DREAM4 (23)
dressCheck (24)
DriverNet (1)
DrugVsDisease (1)
DrugVsDiseasedata (97)
dsQTL (26)
DSS (1)
DTA (1)
dualKS (1)
DupChecker (1)
DvDdata (20)
dyebias (1)
dyebiasexamples (30)
DynDoc (1)

E

EasyqpcR (1)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (35)
EBarrays (1)
EBcoexpress (1)
EBImage (1)
EBSeq (1)
EBSeqHMM (1)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (52)
ecolitk (1)
EDASeq (0)
EDDA (1)
edge (1)
edgeR (1)
EGSEAdata (1)
eisa (1)
ELBOW (1)
ELMER (1)
ELMER.data (47)
EMDomics (1)
ENCODEFig4Band4D (4)
encodnasei (0)
encoDnaseI (26)
EnrichedHeatmap (1)
ensemblVEP (1)
ENVISIONQuery (1)
epigenomix (1)
erccdashboard (1)
erma (1)
ESNSTCC (0)
estrogen (141)
etec16s (1)
eudysbiome (1)
ExiMiR (1)
exomeCopy (1)
explorase (1)
ExpressionView (1)

F

faahKO (237)
fabia (1)
fabiaData (25)
facopy.annot (72)
facsDorit (36)
factDesign (1)
FANTOM3and4CAGE (28)
farms (1)
fastseg (1)
fCI (1)
fdrame (1)
FEM (1)
ffpe (1)
ffpeExampleData (28)
FGNet (1)
fibroEset (128)
FindMyFriends (1)
FIs (3)
FISHalyseR (1)
fission (177)
flagme (1)
Fletcher2013a (23)
Fletcher2013b (23)
flipflop (1)
flowBeads (1)
flowBin (1)
flowcatchR (1)
flowCHIC (1)
flowCL (1)
flowClean (1)
flowClust (1)
flowCore (1)
flowCyBar (1)
flowDensity (1)
flowFit (1)
flowFitExampleData (25)
flowFP (1)
flowMap (1)
flowMatch (1)
flowMeans (1)
flowMerge (1)
flowPeaks (1)
flowPlots (1)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (1)
FlowSOM (1)
FlowSorted.Blood.450k (101)
FlowSorted.CordBlood.450k (2)
FlowSorted.DLPFC.450k (17)
flowStats (1)
flowTrans (1)
flowType (1)
flowUtils (1)
flowViz (1)
flowVS (1)
flowWorkspace (1)
flowWorkspaceData (54)
fmcsR (1)
focalCall (1)
FourCSeq (1)
FRGEpistasis (1)
frma (1)
frmaExampleData (40)
frmaTools (1)
fucci (1)
FunciSNP (1)
FunciSNP.data (106)
furrowSeg (2)

G

gaga (1)
gage (1)
gageData (219)
gaggle (1)
gaia (1)
gaschYHS (30)
gatingMLData (33)
gaucho (1)
gcatest (1)
gCMAP (1)
gCMAPWeb (1)
gcrma (1)
gcspikelite (96)
gdsfmt (1)
geecc (1)
genArise (1)
GENE.E (1)
GeneAnswers (1)
GeneBreak (1)
GeneExpressionSignature (1)
genefilter (2)
genefu (1)
geneLenDataBase (567)
GeneMeta (1)
GeneNetworkBuilder (1)
GeneOverlap (1)
geneplotter (1)
geneRecommender (1)
GeneRegionScan (1)
geneRxCluster (1)
GeneSelectMMD (1)
GeneSelector (1)
GENESIS (1)
geNetClassifier (1)
GeneticsDesign (1)
GeneticsPed (1)
genoCN (1)
genomationData (40)
GenomeGraphs (1)
genomeIntervals (1)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (1)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (2)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (2)
GenomicRanges (2)
GenomicTuples (1)
Genominator (1)
genoset (1)
genotypeeval (1)
GenoView (1)
GEOmetadb (1)
GEOquery (1)
GEOsubmission (1)
gespeR (1)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
geuvPack (68)
geuvStore (21)
geuvStore2 (3)
GEWIST (1)
GGBase (1)
ggbio (1)
GGdata (56)
ggtut (24)
globaltest (1)
GOFunction (1)
golubEsets (395)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (1)
graph (2)
grndata (71)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (2)
GSEABase (1)
gskb (19)
GSVAdata (71)
Gviz (1)
GWASdata (58)
GWASTools (1)

H

h5vcData (90)
hapmap100khind (27)
hapmap100kxba (41)
hapmap500knsp (25)
hapmap500ksty (25)
hapmapsnp5 (36)
hapmapsnp6 (55)
harbChIP (40)
HarmanData (1)
HD2013SGI (22)
healthyFlowData (25)
HEEBOdata (34)
hgu133abarcodevecs (23)
hgu133afrmavecs (4)
hgu133plus2barcodevecs (24)
hgu133plus2frmavecs (5)
hgu2beta7 (28)
HiCDataHumanIMR90 (30)
HiCDataLymphoblast (26)
Hiiragi2013 (35)
HIVcDNAvantWout03 (22)
hmyriB36 (28)
HSMMSingleCell (188)
humanStemCell (60)

I

IHW (1)
IHWpaper (1)
Illumina450ProbeVariants.db (194)
IlluminaDataTestFiles (50)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (4)
illuminaio (1)
impute (2)
ind1KG (25)
intansv (1)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (27)
IRanges (5)
ITALICSData (89)
Iyer517 (26)

J

JASPAR2014 (82)
JASPAR2016 (5)
JctSeqData (3)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (19)
KEGGdzPathwaysGEO (96)
KEGGgraph (1)
keggorthology (1)
KEGGprofile (1)
KEGGREST (1)
kidpack (43)

L

leeBamViews (119)
leukemiasEset (92)
LiebermanAidenHiC2009 (26)
limma (3)
ListerEtAlBSseq (16)
lumi (1)
lumiBarnes (51)
LungCancerACvsSCCGEO (79)
LungCancerLines (33)
lungExpression (43)
lymphoma (2)

M

MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (2)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (3)
MAIT (1)
makecdfenv (1)
mammaPrintData (21)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (46)
MAQCsubset (34)
MAQCsubsetAFX (34)
MAQCsubsetILM (27)
MEALData (10)
MEDIPSData (46)
MEEBOdata (30)
Metab (1)
metaMS (1)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (1)
MethylAidData (19)
MethylMix (1)
methylumi (1)
minet (0)
minfi (1)
minfiData (221)
minionSummaryData (11)
miRcompData (29)
miRNATarget (29)
mitoODEdata (71)
MMDiffBamSubset (27)
mosaicsExample (30)
mouse4302barcodevecs (19)
mouse4302frmavecs (4)
MSBdata (17)
msd16s (28)
msdata (244)
MSnbase (1)
msqc1 (2)
mtbls2 (10)
MUGAExampleData (65)
Mulder2012 (22)
multtest (1)
mvoutData (31)
mzID (1)
mzR (1)

N

ncdfFlow (1)
NCIgraphData (24)
Neve2006 (28)
neve2006 (0)
NGScopyData (24)
NOISeq (1)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (1)
OrderedList (0)
OrganismDbi (1)

P

parathyroid (8)
parathyroidSE (190)
pasilla (529)
pasillaBamSubset (186)
PasillaTranscriptExpr (2)
PathNetData (28)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (29)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (26)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (27)
pcaMethods (1)
PCHiCdata (3)
pd.atdschip.tiling (28)
pepDat (20)
PGPC (2)
PGSEA (1)
phastCons100way.UCSC.hg19 (4)
phyloseq (0)
polyester (1)
ppiData (112)
prebsdata (25)
PREDAsampledata (29)
preprocessCore (4)
ProData (36)
pRolocdata (141)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerTaylor (1)
prostateCancerVarambally (1)
ProtGenerics (1)
pumadata (38)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (33)
PWMEnrich.Hsapiens.background (38)
PWMEnrich.Mmusculus.background (30)

Q

QDNAseq.hg19 (8)
QDNAseq.mm10 (6)
QUBICdata (1)
qvalue (1)

R

RankProd (1)
RBGL (1)
rcellminerData (56)
ReportingTools (1)
rfcdmin (8)
RforProteomics (122)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (25)
RIPSeekerData (23)
RMassBankData (32)
RNAinteractMAPK (23)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (148)
RNASeqDataSubset (4)
RnaSeqSampleSizeData (71)
RnaSeqTutorial (110)
RnBeads (1)
RnBeads.hg19 (123)
RnBeads.hg38 (10)
RnBeads.mm10 (22)
RnBeads.mm9 (23)
RnBeads.rn5 (17)
ROC (1)
Rqc (1)
RRBSdata (15)
rRDPData (19)
Rsamtools (2)
rsbml (1)
RTCGA.clinical (15)
RTCGA.CNV (2)
RTCGA.methylation (1)
RTCGA.miRNASeq (2)
RTCGA.mRNA (2)
RTCGA.mutations (12)
RTCGA.PANCAN12 (2)
RTCGA.rnaseq (16)
RTCGA.RPPA (2)
rtracklayer (2)
RUVnormalizeData (77)

S

S4Vectors (6)
SCLCBam (22)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (70)
seqc (33)
seqCNA.annot (80)
seqLogo (1)
serumStimulation (27)
seventyGeneData (19)
shinyMethylData (28)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (1)
simpIntLists (85)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (2)
SNAData (35)
SNAGEEdata (77)
SNPhoodData (9)
SNPRelate (1)
SomatiCAData (17)
SomaticCancerAlterations (66)
spade (1)
SPIA (1)
SpikeIn (78)
SpikeInSubset (171)
spliceR (1)
stemHypoxia (89)
stjudem (33)
SummarizedExperiment (1)
supraHex (1)
survcomp (1)
sva (1)
SVM2CRMdata (56)
synapterdata (58)
systemPipeRdata (18)

T

TargetScoreData (24)
TargetSearchData (32)
TBX20BamSubset (15)
TCGAcrcmiRNA (15)
TCGAcrcmRNA (18)
TCGAMethylation450k (39)
TFBSTools (1)
TimerQuant (5)
tinesath1cdf (21)
tinesath1probe (22)
tofsimsData (2)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (72)
tximportData (6)

V

VariantAnnotation (1)
vsn (1)

W

wateRmelon (1)
waveTilingData (27)
WES.1KG.WUGSC (33)

X

xcms (1)
XhybCasneuf (25)
XVector (3)

Y

yeastCC (141)
yeastExpData (99)
yeastGSData (21)
yeastNagalakshmi (40)
yeastRNASeq (107)
yri1kgv (23)
yriMulti (1)

Z

zebrafishRNASeq (111)
zlibbioc (5)