See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-11-16 15:51:25 -0500 (Fri, 16 Nov 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2393)
2geneLenDataBase (921)
3airway (881)
4HSMMSingleCell (851)
5pasilla (819)
6bladderbatch (460)
7tximportData (460)
8golubEsets (432)
9DMRcatedata (410)
10affydata (371)
11ChAMPdata (332)
12Illumina450ProbeVariants.db (304)
13minfiData (284)
14fission (282)
15gageData (280)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (78)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (27)
affycoretools (0)
affydata (371)
Affyhgu133A2Expr (22)
Affyhgu133aExpr (23)
Affyhgu133Plus2Expr (26)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (44)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (881)
all (0)
ALL (2393)
allenpvc (1)
ALLMLL (92)
alpineData (20)
AmpAffyExample (27)
AneuFinderData (75)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (32)
aracne.networks (40)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (63)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (7)
AssessORFData (1)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (60)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (42)
BeadArrayUseCases (55)
BeadDataPackR (0)
beta7 (28)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (1)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (46)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (460)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (8)
brainImageRdata (1)
breakpointRdata (1)
breastCancerMAINZ (60)
breastCancerNKI (80)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (52)
breastCancerUNT (44)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (94)
brgedata (15)
bronchialIL13 (14)
BSgenome (0)
bsseqData (66)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (25)
CardinalWorkflows (27)
Category (0)
ccdata (72)
CCl4 (36)
ccTutorial (17)
celarefData (2)
CellMapperData (19)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (11)
ceuhm3 (13)
cgdv17 (44)
cghMCR (0)
ChAMPdata (332)
charmData (21)
cheung2010 (11)
ChIC.data (17)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (20)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (86)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (59)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (211)
CLLmethylation (4)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (62)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (76)
colonCA (35)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (17)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (57)
CopyhelpeR (84)
CopyNeutralIMA (1)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (10)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (24)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (29)
curatedBreastData (26)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (130)
curatedOvarianData (76)
curatedTCGAData (86)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (92)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (14)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (29)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (27)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (61)
DmelSGI (14)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (410)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (11)
DOQTL (0)
DREAM4 (14)
dressCheck (11)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (62)
dsQTL (17)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (3)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (18)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (14)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (33)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (156)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (247)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encodnasei (0)
encoDnaseI (2)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (102)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (279)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (53)
facsDorit (20)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (72)
FindMyFriends (0)
FIs (54)
FISHalyseR (0)
fission (282)
flagme (0)
Fletcher2013a (27)
Fletcher2013b (24)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (20)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (169)
FlowSorted.Blood.EPIC (8)
FlowSorted.CordBlood.450k (25)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (18)
FlowSorted.DLPFC.450k (15)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (70)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (24)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (66)
furrowSeg (11)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (280)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (69)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (921)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (48)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (18)
geuvPack (30)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (40)
ggtut (1)
GIGSEAdata (1)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (432)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (1)
grndata (66)
GSBenchMark (20)
GSE62944 (30)
GSEABase (1)
gskb (53)
gsvadata (0)
GSVAdata (181)
Gviz (0)
GWASdata (45)
GWASTools (0)

H

h5vcData (70)
hapmap100khind (10)
hapmap100kxba (33)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (27)
hapmapsnp6 (41)
harbChIP (17)
HarmanData (19)
HarmonizedTCGAData (13)
HD2013SGI (13)
HDCytoData (10)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (26)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (6)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (16)
HiCDataHumanIMR90 (34)
HiCDataLymphoblast (20)
Hiiragi2013 (56)
HIVcDNAvantWout03 (12)
HMP16SData (41)
hmyriB36 (13)
HSMMSingleCell (851)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (47)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (304)
IlluminaDataTestFiles (41)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (14)
IRanges (1)
ITALICSData (54)
Iyer517 (12)

J

JASPAR2014 (47)
JASPAR2016 (186)
JctSeqData (24)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (54)
KEGGdzPathwaysGEO (201)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (25)
KOdata (56)

L

leeBamViews (58)
leukemiasEset (84)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (13)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (55)
LungCancerLines (28)
lungExpression (128)
lydata (21)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (27)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (16)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (19)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
mCSEAdata (18)
mcsurvdata (1)
MEALData (11)
MEDIPSData (35)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
MetaGxBreast (5)
MetaGxOvarian (13)
MetaGxPancreas (4)
metaMS (0)
metaMSdata (21)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (17)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (19)
Mfuzz (0)
microRNAome (11)
MIGSAdata (16)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (284)
minfiDataEPIC (52)
minionSummaryData (20)
miRcompData (50)
miRNATarget (18)
mitoODEdata (48)
MMDiffBamSubset (20)
mosaicsExample (33)
mouse4302barcodevecs (10)
mouse4302frmavecs (0)
MSBdata (21)
msd16s (24)
msdata (235)
MSnbase (0)
msPurityData (20)
msqc1 (16)
MSstatsBioData (20)
MSstatsQC (1)
mtbls2 (26)
MTseekerData (0)
MUGAExampleData (22)
Mulder2012 (11)
multtest (0)
mvoutData (16)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (19)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (1)
OnassisJavaLibs (40)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (4)
parathyroidSE (162)
pasilla (819)
pasillaBamSubset (163)
PasillaTranscriptExpr (19)
pathifier (0)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (25)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (18)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (42)
pd.atdschip.tiling (19)
pepDat (19)
PepsNMRData (0)
PGPC (11)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (66)
prebsdata (17)
PREDAsampledata (23)
preprocessCore (1)
ProData (21)
pRolocdata (166)
prostateCancerCamcap (17)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (10)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (10)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (18)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)

Q

QDNAseq.hg19 (22)
QDNAseq.mm10 (14)
qPLEXdata (3)
quantsmooth (0)
QUBICdata (14)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (72)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (9)
RDAVIDWebService (0)
RegParallel (1)
ReportingTools (1)
restfulSEData (25)
rfcdmin (1)
RforProteomics (168)
RGMQLlib (18)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (14)
RIPSeekerData (21)
RITANdata (46)
RMassBankData (22)
RNAinteractMAPK (13)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (207)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqRData (1)
RnaSeqSampleSizeData (82)
RnaSeqTutorial (44)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (113)
RnBeads.hg38 (42)
RnBeads.mm10 (37)
RnBeads.mm9 (24)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (244)
RTCGA.CNV (29)
RTCGA.methylation (34)
RTCGA.miRNASeq (40)
RTCGA.mRNA (114)
RTCGA.mutations (50)
RTCGA.PANCAN12 (29)
RTCGA.rnaseq (85)
RTCGA.RPPA (28)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (67)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SCLCBam (21)
scRNAseq (206)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (60)
seqc (20)
seqCNA.annot (59)
seqLogo (0)
serumStimulation (18)
sesameData (8)
seventyGeneData (14)
shinyMethylData (34)
ShortRead (1)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (64)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (17)
snadata (0)
SNAGEEdata (53)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (64)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (29)
SpikeInSubset (112)
spliceR (0)
stemHypoxia (60)
stjudem (16)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (47)
synapterdata (91)
systemPipeRdata (91)

T

TabulaMurisData (2)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (15)
TBX20BamSubset (13)
TCGAbiolinksGUI.data (70)
TCGAcrcmiRNA (15)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (41)
tcgaWGBSData.hg19 (1)
TCGAWorkflowData (91)
TENxBrainData (20)
TENxPBMCData (1)
TFBSTools (0)
TimerQuant (10)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (10)
tissueTreg (4)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topdownrdata (13)
topGO (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (98)
twilight (0)
tximportData (460)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (13)
vsn (1)
vulcandata (13)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (16)
weaver (1)
WES.1KG.WUGSC (47)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (0)

Y

yeastCC (91)
yeastExpData (149)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (61)
yri1kgv (19)
yriMulti (12)

Z

zebrafishRNASeq (215)
zlibbioc (1)