Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-03-30 06:25:05 -0700 (Mon, 30 Mar 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (165654)
2BiocGenerics (124361)
3IRanges (112574)
4Biobase (112343)
5AnnotationDbi (101672)
6zlibbioc (78484)
7GenomeInfoDb (77315)
8limma (68764)
9Biostrings (66879)
10GenomicRanges (64308)
11XVector (61187)
12annotate (57613)
13genefilter (51624)
14Rsamtools (50274)
15biomaRt (47894)
16graph (46063)
17rtracklayer (44908)
18S4Vectors (43863)
19GenomicFeatures (43095)
20preprocessCore (42168)
21affy (41502)
22BiocParallel (40762)
23BSgenome (39245)
24GenomicAlignments (38510)
25affyio (36936)
26geneplotter (34292)
27edgeR (32439)
28multtest (29469)
29RBGL (28807)
30DESeq2 (25985)
31Rgraphviz (25169)
32GEOquery (25070)
33DESeq (23815)
34impute (23762)
35VariantAnnotation (23280)
36biovizBase (22727)
37rhdf5 (18998)
38gcrma (17939)
39Gviz (17606)
40qvalue (17414)
41GSEABase (16941)
42ShortRead (15993)
43Category (15705)
44vsn (15612)
45AnnotationForge (15425)
46cummeRbund (14075)
47affyPLM (13968)
48GOstats (13900)
49siggenes (12853)
50ggbio (12200)
51illuminaio (12191)
52DNAcopy (11433)
53simpleaffy (11254)
54oligoClasses (11208)
55marray (10920)
56affxparser (10588)
57minfi (10198)
58oligo (10051)
59topGO (9631)
60annaffy (9467)
61bumphunter (9428)
62EBImage (9163)
63lumi (9093)
64KEGGREST (8986)
65sva (8985)
66mzR (8846)
67methylumi (8794)
68DynDoc (8114)
69xcms (8087)
70KEGGgraph (7773)
71flowCore (7737)
72DEXSeq (7710)
73pcaMethods (7595)
74widgetTools (6961)
75Heatplus (6942)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201535514864351
All months2971609534103

A

a4 (2408)
a4Base (2584)
a4Classif (2398)
a4Core (2590)
a4Preproc (2598)
a4Reporting (2397)
ABarray (2323)
ABSSeq (1781)
acepack (1)
aCGH (3112)
ACME (2317)
ADaCGH2 (2171)
adSplit (2158)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10588)
affy (41502)
affycomp (3316)
AffyCompatible (2407)
affyContam (2226)
affycoretools (5743)
affydata (1)
AffyExpress (2425)
affyILM (2120)
affyio (36936)
affylmGUI (3411)
affyPara (2117)
affypdnn (2616)
affyPLM (13968)
affyqcreport (2)
affyQCReport (6138)
AffyRNADegradation (2103)
AffyTiling (2181)
AGDEX (2036)
Agi4x44PreProcess (770)
agilp (2500)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2610)
AIMS (41)
ALDEx2 (741)
AllelicImbalance (1937)
alsace (1662)
altcdfenvs (2203)
ampliQueso (1813)
AnalysisPageServer (14)
annaffy (9467)
AnnBuilder (33)
annmap (1052)
annotate (57613)
annotation (227)
AnnotationDbi (101672)
AnnotationForge (15425)
AnnotationFuncs (2213)
AnnotationHub (3272)
annotationTools (2848)
anota (2201)
antiProfiles (1945)
apcluster (1)
apComplex (2271)
applera (1)
aroma.light (5509)
ArrayExpress (4835)
ArrayExpressHTS (1305)
arrayMagic (15)
arrayMvout (2046)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2788)
arrayQualityMetrics (5600)
arrays (347)
ArrayTools (2596)
ArrayTV (1879)
ARRmNormalization (1856)
ASEB (1946)
ASGSCA (692)
asmn (1652)
ASSET (1852)
ASSIGN (1643)
AtlasRDF (1689)
attract (2009)

B

BAC (1961)
BADER (1886)
BAGS (1780)
ballgown (1043)
bamsignals (4)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1928)
Basic4Cseq (1818)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3118)
baySeq (4715)
BBmisc (1)
BCRANK (2285)
beadarray (6928)
beadarraySNP (2231)
BeadDataPackR (6324)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (3)
BEAT (1626)
betr (2173)
bgafun (2038)
BGmix (1166)
bgx (2038)
BHC (2373)
BicARE (2098)
BiGGR (1869)
bigmemoryExtras (1214)
bioassayR (2155)
Biobase (112343)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2074)
BiocCheck (2374)
biocDatasets (42)
BiocGenerics (124361)
biocGraph (2216)
BiocInstaller (165654)
biocinstaller (3)
BiocParallel (40762)
BiocStyle (5293)
biocViews (3246)
bioDist (4554)
biomaRt (47894)
BioMVCClass (2171)
biomvRCNS (1908)
BioNet (3313)
BioSeqClass (2144)
Biostrings (66879)
biosvd (1662)
biovizBase (22727)
BiRewire (1882)
birta (1970)
birte (10)
BiSeq (2390)
bitops (1)
BitSeq (2581)
blima (764)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2313)
BrainStars (1971)
brew (1)
bridge (2003)
BridgeDbR (670)
BrowserViz (13)
BSgenome (39245)
bsseq (2904)
BubbleTree (5)
BufferedMatrix (2068)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (2006)
bumphunter (9428)
BUS (1899)

C

CAFE (1625)
CAGEr (2153)
CALIB (1920)
CAMERA (3651)
canceR (5)
cancerclass (1919)
CancerMutationAnalysis (2049)
Cardinal (17)
casper (1944)
Category (15705)
categoryCompare (1947)
CausalR (1)
ccrepe (1592)
cellGrowth (1890)
cellhts (1)
cellHTS (2001)
cellHTS2 (2909)
CellNOptR (2348)
CexoR (1757)
CFAssay (643)
CGEN (2121)
CGHbase (2613)
CGHcall (2475)
cghcall (1)
cghMCR (3212)
CGHnormaliter (1930)
CGHregions (2001)
ChAMP (3022)
charm (2215)
checkmate (1)
ChemmineOB (2503)
ChemmineR (3887)
chemminer (3)
chimera (2953)
chipenrich (1759)
ChIPpeakAnno (6196)
ChIPQC (1866)
ChIPseeker (2340)
chipseq (4230)
ChIPseqR (2157)
ChIPsim (2099)
ChIPXpress (1042)
chopsticks (2184)
chroGPS (1837)
chromDraw (9)
ChromHeatMap (2021)
ChromoViz (1)
cisPath (1840)
ClassifyR (700)
cleanUpdTSeq (1657)
cleaver (2080)
clippda (1844)
clipper (2065)
Clomial (1517)
Clonality (1849)
clonotypeR (1652)
clst (1822)
clstutils (1756)
clusterProfiler (3914)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2025)
CMA (2550)
cn.farms (1847)
cn.mops (3241)
CNAnorm (1998)
CNEr (1858)
CNORdt (1808)
CNORfeeder (1751)
CNORfuzzy (1820)
CNORode (1869)
CNTools (2238)
cnvGSA (1816)
CNVrd2 (1711)
CNVtools (2044)
cnvtools (1)
cobindR (1681)
CoCiteStats (1963)
codelink (1936)
CODEX (56)
CoGAPS (906)
coGPS (1730)
COHCAP (1734)
colorspace (1)
coMET (19)
COMPASS (1552)
compcodeR (1784)
compEpiTools (715)
CompGO (1570)
ConsensusClusterPlus (3271)
convert (3187)
copa (2000)
COPDSexualDimorphism (1476)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2161)
CopyNumber450k (1571)
CoRegNet (690)
Cormotif (1792)
CorMut (1841)
coRNAi (1791)
CORREP (1846)
cosmiq (684)
cosmo (125)
cosmoGUI (146)
COSNet (611)
CoverageView (1008)
cpvSNP (7)
cqn (2545)
CRImage (2099)
CRISPRseek (1750)
crlmm (3307)
CSAR (2252)
csaw (711)
CSSP (1650)
ctc (4313)
cummeRbund (14075)
cummerbund (1)
customProDB (1778)
cycle (1882)
cytofkit (5)

D

dagLogo (1631)
dama (2)
daMA (1780)
DART (1782)
DASiR (1756)
DAVIDQuery (2376)
DBChIP (1998)
DBI (1)
ddCt (2368)
ddgraph (1840)
DECIPHER (2124)
DeconRNASeq (1862)
DEDS (1877)
deepSNV (2033)
DEGraph (2120)
DEGreport (687)
DEGseq (3837)
degseq (1)
deltaGseg (1650)
derfinder (760)
derfinderData (4)
derfinderHelper (753)
derfinderPlot (666)
DESeq (23815)
DESeq2 (25985)
DEXSeq (7710)
dexus (1795)
DFP (1812)
dichromat (1)
DiffBind (4206)
diffGeneAnalysis (1907)
digest (1)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2314)
dks (1721)
DMRcate (1708)
DMRforPairs (1528)
DNAcopy (11433)
DNaseR (1753)
domainsignatures (1903)
DOQTL (748)
DOSE (4308)
DriverNet (1810)
DrugVsDisease (1850)
DSS (2183)
DTA (1753)
dualKS (1672)
DupChecker (641)
dyebias (1818)
DynDoc (8114)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (2022)
easyRNASeq (4412)
EBarrays (2585)
EBcoexpress (1869)
EBImage (9163)
EBSeq (3613)
EBSeqHMM (626)
ecolitk (1884)
EDASeq (3492)
edd (47)
EDDA (1621)
edger (1)
edgeR (32439)
eiR (1093)
eisa (2204)
ELBOW (1493)
ENCODEdb (1)
EnrichmentBrowser (717)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (4)
ensemblVEP (2519)
ENVISIONQuery (1795)
epigenomix (1773)
epivizr (2021)
eQTL (24)
erccdashboard (676)
ExiMiR (1887)
exomeCopy (2448)
exomePeak (1781)
exonfindR (255)
exonmap (108)
explorase (1346)
ExpressionView (1845)
expressionview (1)
externalVector (226)

F

fabia (2406)
facopy (617)
facopy.annot (5)
factDesign (2067)
fail (1)
farms (1995)
fastLiquidAssociation (1278)
fastseg (1858)
fbat (34)
fdrame (1892)
FEM (658)
ffpe (1791)
FGNet (2003)
flagme (1895)
flipflop (1682)
flowBeads (1627)
flowBin (1501)
flowcatchR (647)
flowCHIC (634)
flowCL (1514)
flowClean (714)
flowClust (3053)
flowCore (7737)
flowCyBar (1498)
flowDensity (796)
flowFit (1634)
flowFlowJo (1964)
flowFP (2086)
flowMap (1698)
flowMatch (1497)
flowMeans (2298)
flowMerge (2135)
flowPeaks (1920)
flowPhyto (1761)
flowPlots (1859)
flowq (1)
flowQ (1493)
flowQB (1783)
FlowSOM (22)
flowStats (4091)
flowTrans (1976)
flowType (1993)
flowUtils (2222)
flowViz (5832)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5051)
fmcsR (2470)
focalCall (614)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (668)
FRGEpistasis (1443)
frma (2739)
frmaTools (2019)
FunciSNP (1977)

G

gaga (2020)
gage (4848)
gaggle (1807)
gaia (1768)
gaucho (1487)
gCMAP (1926)
gCMAPWeb (1709)
gcrma (17939)
gdsfmt (1186)
geecc (606)
genArise (1795)
GENE.E (2070)
gene2pathway (180)
GeneAnswers (4011)
GeneExpressionSignature (1906)
genefilter (51624)
genefu (2433)
GeneGA (1098)
GeneGroupAnalysis (188)
GeneMeta (2344)
GeneNetworkBuilder (1835)
GeneOverlap (1586)
geneplotter (34292)
GeneR (57)
geneRecommender (1979)
GeneRegionScan (1782)
generegulation (67)
GeneRfold (30)
geneRxCluster (1489)
GeneSelectMMD (1803)
GeneSelector (2123)
GeneSpring (39)
geNetClassifier (1823)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1868)
GeneticsPed (1987)
GeneTraffic (55)
GeneTS (3)
genoCN (1809)
genomation (27)
GenomeGraphs (3895)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (77315)
genomeIntervals (4828)
genomes (2101)
GenomicAlignments (38510)
GenomicFeatures (43095)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1863)
GenomicInteractions (632)
GenomicRanges (64308)
GenomicTuples (654)
Genominator (2336)
genoset (2743)
GenoView (611)
GEOmetadb (2905)
GEOquery (25070)
geoquery (1)
GEOsubmission (1787)
gespeR (9)
GEWIST (1674)
gff3Plotter (5)
GGBase (3324)
ggbio (12200)
GGtools (2603)
ggtree (74)
girafe (2157)
GLAD (2737)
GlobalAncova (2291)
globaltest (4463)
gmapR (1060)
GOexpress (764)
GOFunction (2159)
goProfiles (2439)
goprofiles (2)
GOSemSim (5140)
gosemsim (1)
goseq (5299)
GOSim (2203)
gostats (1)
GOstats (13900)
GOsummaries (759)
GOTHiC (1490)
goTools (2503)
gpls (2582)
gprege (1705)
gQTLBase (22)
gQTLstats (19)
graph (46063)
GraphAlignment (1835)
GraphAT (1809)
graphite (3355)
GraphPAC (1677)
GRENITS (1842)
GreyListChIP (7)
grndata (4)
groHMM (637)
GSAR (716)
GSBenchMark (4)
GSCA (1515)
gseabase (1)
GSEABase (16941)
GSEAlm (2381)
GSReg (622)
GSRI (1827)
GSVA (2571)
Gviz (17606)
gwascat (2210)
GWASTools (3262)

H

h5vc (1793)
hapFabia (1749)
Harshlight (1840)
HCsnip (1706)
HDTD (652)
Heatplus (6942)
HELP (1810)
HEM (1780)
hexbin (162)
hiAnnotator (686)
HIBAG (5)
highthroughputassays (16)
HilbertVis (2954)
HilbertVisGUI (1462)
hiReadsProcessor (612)
HiTC (1934)
Hmisc (1)
HMMcopy (2016)
hopach (3194)
hpar (2036)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (3013)
HTSanalyzeR (2233)
HTSeqGenie (433)
htseqtools (2)
htSeqTools (2128)
HTSFilter (1998)
HybridMTest (1693)
hyperdraw (2066)
hypergraph (2658)

I

iASeq (1844)
iBBiG (1796)
ibh (1676)
iBMQ (1648)
Icens (3459)
iChip (1758)
iClusterPlus (4849)
IdeoViz (634)
idiogram (1865)
IdMappingAnalysis (1686)
IdMappingRetrieval (1711)
iFlow (157)
illuminaio (12191)
imageHTS (1932)
immunoClust (2)
IMPCdata (569)
impute (23762)
InPAS (2)
INPower (1416)
inSilicoDb (2496)
inSilicoMerging (2467)
intansv (1722)
interactiveDisplay (4073)
interactiveDisplayBase (2351)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (8)
inveRsion (1697)
inversion (1)
iontree (1703)
iPAC (1789)
IPPD (1985)
IRanges (112574)
iranges (1)
iSeq (1782)
isobar (2241)
IsoGeneGUI (1825)
iSPlot (2)
ITALICS (1767)
iterativeBMA (1769)
iterativeBMAsurv (1737)
iterators (1)
IVAS (7)

J

jmosaics (1676)
joda (1740)

K

KCsmart (1802)
kebabs (708)
KEGGgraph (7773)
keggorth (18)
keggorthology (2068)
KEGGprofile (2360)
KEGGREST (8986)
KEGGSOAP (376)

L

labeling (1)
lapmix (1806)
latticeExtra (1)
LBE (2093)
LEA (10)
les (1829)
limma (68764)
limmaGUI (3064)
LiquidAssociation (1811)
liquidassociation (1)
lmdme (1769)
LMGene (2021)
logicFS (2389)
logitt (1)
logitT (1794)
lol (1748)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2202)
LPEadj (1759)
lpNet (1685)
lumi (9093)
LVSmiRNA (1879)

M

M3D (665)
maanova (2561)
macat (1805)
maCorrPlot (1737)
maDB (263)
madb (1)
made4 (4328)
maigesPack (1792)
MAIT (702)
makecdfenv (3458)
makePlatformDesign (40)
MANOR (1797)
manta (1755)
MantelCorr (1774)
mAPKL (9)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1629)
marray (10920)
maSigPro (2768)
maskBAD (1697)
MassArray (1858)
massiR (1463)
MassSpecWavelet (3440)
matchBox (1699)
matchprobes (101)
MatrixRider (3)
MBAmethyl (576)
MBASED (650)
MBCB (1795)
mBPCR (1742)
mcaGUI (1775)
MCRestimate (1906)
mdgsa (13)
mdqc (1936)
MeasurementError.cor (1669)
MEDIPS (2602)
MEDME (1805)
MEIGOR (601)
MergeMaid (2403)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1737)
meshr (1547)
MeSHSim (12)
messina (1433)
metaArray (2364)
Metab (637)
metabomxtr (590)
metagene (622)
metagenomeSeq (3375)
metahdep (1744)
metaMS (1610)
metaSeq (1673)
metaseqR (1591)
methVisual (1858)
methyAnalysis (2480)
MethylAid (738)
MethylMix (662)
methylMnM (1691)
methylPipe (816)
MethylSeekR (1928)
methylumi (8794)
Mfuzz (3945)
mfuzz (1)
MGFM (585)
mgsa (1923)
MiChip (1732)
microRNA (2596)
MIMOSA (1469)
MineICA (1691)
minet (4372)
minfi (10198)
MinimumDistance (1752)
MiPP (1768)
MiRaGE (1749)
miRNApath (2026)
miRNAtap (629)
Mirsynergy (1458)
missMethyl (715)
mitoODE (1495)
MLInterfaces (3209)
MLP (1792)
MLSeq (1665)
MMDiff (1788)
mmnet (1591)
MmPalateMiRNA (1796)
monocle (1021)
MoPS (627)
mosaics (2075)
MotifDb (2978)
motifRG (1844)
motifStack (2820)
MotIV (3169)
MPFE (557)
mQTL.NMR (611)
MSGFgui (722)
MSGFplus (749)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1623)
msmsTests (1592)
MSnbase (3878)
MSnID (710)
msQC (55)
MSstats (2020)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1828)
MultiMed (583)
multiscan (1721)
multtest (29469)
munsell (1)
muscle (9)
MVCClass (1907)
mvGST (610)
mygene (837)
mzID (2814)
mzR (8846)

N

NarrowPeaks (1784)
ncdfFlow (4398)
NCIgraph (2179)
neaGUI (1743)
nem (1896)
netbenchmark (5)
netbiov (688)
nethet (9)
NetPathMiner (1540)
netresponse (1735)
NetSAM (1620)
networkBMA (1776)
NGScopy (588)
NGScopyData (4)
nnNorm (1764)
NOISeq (3688)
nondetects (1479)
NormqPCR (2244)
npGSEA (1520)
NTW (1690)
nucler (1)
nucleR (1883)
nudge (1705)
NuPoP (1762)

O

occugene (1738)
OCplus (1919)
OGSA (1)
oligo (10051)
oligoClasses (11208)
oligoclasses (1)
OLIN (1860)
OLINgui (1733)
omicade4 (1802)
OmicCircos (2380)
OncoSimulR (472)
oneChannelGUI (2652)
ontoCAT (1950)
ontoTools (49)
openCyto (1959)
oposSOM (731)
OrderedList (2797)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (6827)
OSAT (1682)
OTUbase (1879)
OutlierD (1867)

P

PAA (624)
PADOG (1765)
paircompviz (1591)
pairseqsim (3)
pamr (52)
PAnnBuilder (1924)
panp (1941)
PANR (1707)
PAPi (1722)
parglms (5)
parody (2309)
pathifier (1661)
PathNet (1719)
pathRender (1839)
pathview (6162)
PatientGeneSets (55)
paxtoolsr (756)
Pbase (641)
pcaGoPromoter (1973)
pcaMethods (7595)
pcot2 (1742)
PCpheno (1731)
pdInfoBuilder (2620)
pdmclass (1794)
PECA (1506)
pepDat (4)
pepStat (586)
pepXMLTab (589)
PGSEA (2423)
pgUtils (335)
phenoDist (1685)
phenoTest (1910)
PhenStat (1461)
phyloseq (5872)
piano (2751)
pickgene (1732)
PICS (2397)
PING (1862)
pint (1790)
pkgDepTools (2069)
plateCore (1822)
plethy (1608)
plgem (1793)
plier (3133)
PLPE (1790)
plrs (1677)
plw (1712)
plyr (1)
polyester (673)
Polyfit (622)
ppiStats (1851)
prada (3571)
prebs (1684)
PREDA (1762)
predictionet (1032)
preprocessCore (42168)
proBAMr (547)
PROcess (2437)
procoil (1685)
ProCoNA (1603)
pRoloc (1866)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (671)
PROMISE (1704)
PROPER (14)
prot2D (1647)
proteinProfiles (1581)
proteoQC (651)
ProtGenerics (34)
PSEA (582)
PSICQUIC (1868)
puma (2071)
pvac (1744)
pvca (1872)
Pviz (640)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2157)

Q

qcmetrics (1521)
QDNAseq (1682)
qpcrNorm (1867)
qpgraph (2883)
qrqc (2177)
QUALIFIER (1650)
quantro (645)
quantsmooth (3847)
QuartPAC (8)
QuasR (3516)
qusage (1617)
qvalue (17414)

R

r3Cseq (1834)
R453Plus1Toolbox (1867)
rain (642)
rama (1949)
RamiGO (2358)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1690)
RankProd (4243)
Rariant (1492)
RbcBook1 (1931)
RBGL (28807)
rbioinf (1)
RBioinf (1924)
rBiopaxParser (1913)
Rbowtie (3555)
rbsurv (1818)
Rcade (1688)
RCASPAR (1683)
rcellminer (4)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1558)
RchyOptimyx (1831)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2023)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4099)
RDAVIDWebService (2793)
Rdbi (40)
RdbiPgSQL (23)
Rdisop (2202)
RDRToolbox (2379)
ReactomePA (2758)
ReadqPCR (2298)
reb (1730)
RedeR (2404)
REDseq (1861)
RefNet (1445)
RefPlus (1792)
regionReport (619)
Repitools (3219)
ReportingTools (6061)
ReQON (1739)
Resourcerer (1270)
rflowcyt (42)
rfPred (1559)
rGADEM (3576)
RGalaxy (1800)
Rgraphviz (25169)
rGREAT (7)
RGSEA (676)
rgsepd (8)
rhdf5 (18998)
Rhtslib (32)
rHVDM (1758)
riboSeq (48)
riboSeqR (650)
ringo (1)
Ringo (3714)
Rintact (26)
RIPSeeker (1921)
Risa (1750)
RLMM (1708)
RMAGEML (10)
rmagpie (1)
Rmagpie (1737)
RMAPPER (1197)
RMassBank (1851)
rMAT (1149)
RmiR (2044)
RNAinteract (1752)
RNAither (1835)
rnaither (1)
RNAprobR (2)
rnaseqGene (412)
rnaSeqMap (1967)
RNASeqPower (1984)
RnaSeqSampleSize (14)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (4)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (595)
roar (1451)
ROC (5510)
Roleswitch (1610)
Rolexa (1879)
rols (2069)
ROntoTools (1801)
RPA (1904)
RpsiXML (2008)
rpx (1844)
Rqc (631)
rqubic (1815)
rRDP (596)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1631)
rsamtools (3)
Rsamtools (50274)
rsbml (2315)
rSFFreader (1042)
RSNPper (13)
RSQLite (1)
Rsubread (3902)
RSVSim (1754)
rTANDEM (2153)
RTCA (1834)
RTN (1767)
RTools4TB (32)
RTopper (1743)
rtracklayer (44908)
Rtreemix (1739)
rTRM (1634)
rTRMui (1562)
Ruuid (54)
RUVnormalize (628)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1191)
RWebServices (360)

S

S4Vectors (43863)
safe (2142)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1732)
SAGx (2163)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1849)
sangerseqR (2064)
SANTA (1637)
sapFinder (1475)
saps (20)
savR (1368)
SBMLR (1834)
scales (1)
SCAN.UPC (2144)
ScISI (1897)
SCLCBam (4)
scsR (1411)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1871)
SELEX (2)
SemDist (578)
SemSim (13)
sendmailR (1)
seq2pathway (7)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1811)
seqbias (1942)
seqCNA (1631)
SeqGSEA (2429)
seqLogo (6634)
Seqnames (4)
seqPattern (9)
seqplots (733)
seqTools (627)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1636)
SGSeq (606)
shinyMethyl (815)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1642)
ShortRead (15993)
sidap (5)
sigaR (1781)
SigCheck (601)
SigFuge (1595)
siggenes (12853)
sigPathway (2380)
sigsquared (2)
SIM (1793)
SIMAT (1)
SimBindProfiles (1516)
simpleaffy (11254)
simulatorAPMS (40)
simulatorZ (592)
sincell (31)
sizepower (2041)
SJava (428)
skewr (3)
SLGI (1831)
slgi (1)
SLqPCR (1995)
SMAP (1719)
SNAGEE (1582)
snapCGH (2297)
snm (1975)
SNPchip (3453)
snpMatrix (257)
SNPRelate (1353)
snpStats (6207)
SomatiCA (1680)
SomaticSignatures (1771)
SpacePAC (1564)
spade (2335)
specL (603)
SpeCond (1762)
SPEM (1579)
SPIA (3406)
spikeLI (1668)
spkTools (1695)
splicegear (1751)
spliceR (2203)
spliceSites (1580)
SplicingGraphs (1747)
splots (2992)
spotSegmentation (1870)
SQUADD (1635)
SRAdb (4370)
sRAP (1829)
sscore (1688)
sSeq (1624)
ssize (2112)
SSPA (1913)
ssviz (639)
stam (8)
STAN (634)
staRank (1637)
Starr (1897)
STATegRa (617)
stepNorm (1696)
stepwiseCM (1659)
Streamer (1818)
STRINGdb (2091)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1934)
survcomp (4005)
Sushi (1902)
sva (8985)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1481)
switchBox (599)
synapter (1968)
systemPipeR (906)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1608)
TargetSearch (1831)
TCC (2213)
TDARACNE (1826)
TEQC (1887)
ternarynet (1617)
tfbstools (1)
TFBSTools (2163)
tigre (1795)
tilingArray (2439)
timecourse (2276)
TitanCNA (1554)
tkWidgets (6869)
ToPASeq (640)
topGO (9631)
TPP (1)
tracktables (584)
trackViewer (1587)
tRanslatome (1730)
TransView (1720)
triform (1617)
trigger (1731)
trio (1815)
triplex (1675)
TRONCO (13)
TSCAN (572)
tspair (1891)
TSSi (1728)
TurboNorm (1758)
tweeDEseq (1973)
twilight (2959)
typeinfo (1)
TypeInfo (1712)

U

UNDO (1448)
unifiedWMWqPCR (1450)
UniProt.ws (2330)

V

VanillaICE (2037)
VariantAnnotation (23280)
VariantFiltering (1745)
variants (150)
VariantTools (992)
vbmp (2239)
Vega (1702)
VegaMC (1719)
viper (1513)
virtualArray (1654)
vsn (15612)
vtpnet (1612)

W

wateRmelon (3569)
wavClusteR (695)
waveTiling (1641)
weaver (2127)
webbioc (1802)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6961)

X

xcms (8087)
XDE (1732)
xmapbridge (1696)
xmapcore (150)
XML (1)
xps (2469)
XVector (61187)

Y

yaqcaffy (2080)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (78484)