Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-10-22 10:11:14 -0700 (Wed, 22 Oct 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (136144)
2BiocGenerics (103664)
3IRanges (98516)
4Biobase (97835)
5AnnotationDbi (84685)
6limma (63848)
7zlibbioc (63384)
8Biostrings (57459)
9GenomicRanges (55280)
10annotate (50657)
11XVector (48103)
12genefilter (45070)
13Rsamtools (44238)
14biomaRt (42574)
15rtracklayer (39813)
16graph (39535)
17affy (38968)
18GenomeInfoDb (38642)
19GenomicFeatures (37723)
20preprocessCore (37618)
21BSgenome (36657)
22affyio (34291)
23geneplotter (29149)
24edgeR (28301)
25multtest (27359)
26RBGL (24424)
27DESeq (23382)
28Rgraphviz (22330)
29GEOquery (21975)
30impute (21663)
31biovizBase (20521)
32GenomicAlignments (20499)
33BiocParallel (20080)
34DESeq2 (19521)
35flowCore (18030)
36VariantAnnotation (17676)
37gcrma (17385)
38mzR (16928)
39xcms (16432)
40ShortRead (16377)
41qvalue (15509)
42vsn (14875)
43Gviz (14864)
44AnnotationForge (14038)
45GSEABase (14011)
46rhdf5 (13897)
47cummeRbund (13776)
48affyPLM (13366)
49Category (12873)
50GOstats (12159)
51siggenes (11822)
52simpleaffy (11651)
53ggbio (11450)
54marray (10714)
55affxparser (10549)
56oligoClasses (10442)
57DNAcopy (10372)
58illuminaio (9833)
59oligo (9772)
60annaffy (9579)
61minfi (9393)
62lumi (8870)
63topGO (8489)
64methylumi (8193)
65DynDoc (8184)
66EBImage (8056)
67bumphunter (7949)
68DEXSeq (7570)
69sva (7259)
70KEGGREST (6838)
71tkWidgets (6783)
72widgetTools (6765)
73KEGGgraph (6753)
74beadarray (6731)
75pcaMethods (6570)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201434729535566
All months2775508845438

A

a4 (2401)
a4Base (2507)
a4Classif (2358)
a4Core (2505)
a4Preproc (2527)
a4Reporting (2330)
ABarray (2298)
ABSSeq (1089)
aCGH (3077)
ACME (2246)
ADaCGH2 (2141)
adSplit (2123)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10549)
affy (38968)
affycomp (3223)
AffyCompatible (2411)
affyContam (2160)
affycoretools (5426)
affydata (1)
AffyExpress (2388)
affyILM (2098)
affyio (34291)
affylmGUI (3372)
affyPara (2111)
affypdnn (2511)
affyPLM (13366)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6220)
AffyRNADegradation (2095)
AffyTiling (2256)
AGDEX (2013)
Agi4x44PreProcess (1550)
agilp (2373)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2574)
AIMS (1)
ALDEx2 (35)
AllelicImbalance (1780)
alsace (1032)
altcdfenvs (2179)
ampliQueso (1709)
annaffy (9579)
AnnBuilder (30)
annmap (999)
annotate (50657)
annotation (291)
AnnotationDbi (84685)
AnnotationForge (14038)
AnnotationFuncs (2193)
AnnotationHub (3188)
annotationTools (2805)
anota (2119)
antiProfiles (1935)
apcluster (1)
apComplex (2243)
aroma.light (5357)
ArrayExpress (4666)
ArrayExpressHTS (1202)
arrayMagic (9)
arrayMvout (2046)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2759)
arrayQualityMetrics (5243)
arrays (503)
ArrayTools (2498)
ArrayTV (1763)
ARRmNormalization (1813)
ASEB (1903)
ASGSCA (25)
asmn (1066)
ASSET (1609)
ASSIGN (1008)
AtlasRDF (1063)
attract (2009)

B

BAC (1942)
BADER (1856)
BAGS (1639)
ballgown (129)
BaseSpaceR (1838)
Basic4Cseq (1144)
BayesPeak (2998)
baySeq (4374)
bcellViper (3)
BCRANK (2280)
beadarray (6731)
beadarraySNP (2205)
BeadDataPackR (6129)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (1)
BEAT (1023)
betr (2115)
bgafun (2041)
BGmix (1072)
bgx (2003)
BHC (2445)
BicARE (2023)
BiGGR (1731)
bigmemoryExtras (1127)
bioassayR (1929)
Biobase (97835)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2054)
BiocCheck (1407)
biocDatasets (33)
BiocGenerics (103664)
biocGraph (2203)
BiocInstaller (136144)
biocinstaller (3)
BiocParallel (20080)
BiocStyle (3825)
biocViews (2799)
bioDist (4645)
biomaRt (42574)
BioMVCClass (2217)
biomvRCNS (1695)
BioNet (3245)
BioSeqClass (2088)
Biostrings (57459)
biostrings (1)
biosvd (1041)
biovizbase (1)
biovizBase (20521)
BiRewire (1709)
birta (1919)
BiSeq (2272)
BitSeq (2506)
blima (109)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2195)
BrainStars (1942)
bridge (1987)
BridgeDbR (27)
BSgenome (36657)
bsseq (2471)
BufferedMatrix (1965)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1894)
bumphunter (7949)
BUS (1821)

C

CAFE (994)
CAGEr (1920)
CALIB (1826)
CAMERA (3283)
cancerclass (1820)
CancerMutationAnalysis (1906)
casper (1765)
Category (12873)
categoryCompare (1838)
ccrepe (1022)
cellGrowth (1785)
cellhts (1)
cellHTS (1910)
cellHTS2 (2729)
CellNOptR (2148)
CexoR (1588)
CFAssay (29)
CGEN (1909)
CGHbase (2459)
CGHcall (2310)
cghcall (1)
cghMCR (1908)
CGHnormaliter (1809)
CGHregions (1884)
ChAMP (2702)
charm (2108)
ChemmineOB (2234)
ChemmineR (3438)
chemminer (3)
chimera (2625)
chipenrich (1563)
ChIPpeakAnno (4905)
ChIPQC (1156)
ChIPseeker (1402)
chipseq (3970)
ChIPseqR (2029)
ChIPsim (1974)
ChIPXpress (935)
chopsticks (2122)
chroGPS (1752)
ChromHeatMap (1921)
cisPath (1710)
ClassifyR (36)
cleanUpdTSeq (1515)
cleaver (1820)
clippda (1730)
clipper (1898)
Clomial (954)
Clonality (1780)
clonotypeR (1491)
clst (1738)
clstutils (1694)
clusterProfiler (3391)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2034)
CMA (2497)
cn.farms (1779)
cn.mops (3052)
cnanorm (1)
CNAnorm (1883)
CNEr (1114)
CNORdt (1658)
CNORfeeder (1632)
CNORfuzzy (1685)
CNORode (1720)
CNTools (2094)
cnvGSA (1724)
CNVrd2 (1550)
CNVtools (1964)
cnvtools (1)
cobindR (1525)
CoCiteStats (1908)
codelink (1861)
CoGAPS (493)
coGPS (1658)
COHCAP (1120)
COHCAPanno (3)
COMPASS (982)
compcodeR (1115)
compEpiTools (52)
CompGO (986)
ConsensusClusterPlus (2911)
convert (3079)
copa (1946)
COPDSexualDimorphism (921)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1939)
CopyNumber450k (971)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (26)
Cormotif (1666)
CorMut (1728)
coRNAi (1718)
CORREP (1792)
cosmiq (83)
cosmo (162)
cosmoGUI (199)
COSNet (21)
CoverageView (600)
cqn (2444)
CRImage (2038)
CRISPRseek (1151)
crlmm (3425)
CSAR (2203)
csaw (32)
CSSP (1508)
ctc (4357)
cummeRbund (13776)
cummerbund (1)
customProDB (1629)
cycle (1879)

D

dagLogo (1467)
dama (2)
daMA (1722)
DART (1730)
DASiR (1765)
DAVIDQuery (2354)
DBChIP (1881)
ddCt (2277)
ddgraph (1787)
DECIPHER (1954)
DeconRNASeq (1738)
DEDS (1798)
deepSNV (1903)
DEGraph (2024)
DEGreport (83)
DEGseq (3808)
degseq (1)
deltaGseg (1564)
derfinder (38)
derfinderData (4)
derfinderHelper (33)
derfinderPlot (33)
DESeq (23382)
DESeq2 (19521)
DEXSeq (7570)
dexus (1717)
DFP (1712)
DiffBind (3865)
diffGeneAnalysis (1934)
DirichletMultinomial (1990)
dks (1664)
DMRcate (1056)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (946)
DNAcopy (10372)
DNaseR (1590)
domainsignatures (1844)
DOQTL (95)
DOSE (3679)
DriverNet (1694)
DrugVsDisease (1693)
DSS (2007)
DTA (1689)
dualKS (1260)
DupChecker (75)
dyebias (1717)
DynDoc (8184)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1896)
easyRNASeq (4639)
EBarrays (2416)
EBcoexpress (1829)
EBImage (8056)
EBSeq (3319)
EBSeqHMM (22)
ecolitk (1809)
EDASeq (2969)
edd (59)
EDDA (1009)
edger (1)
edgeR (28301)
eiR (953)
eisa (2193)
ELBOW (956)
EnrichmentBrowser (27)
ensemblVEP (2396)
ENVISIONQuery (1739)
epigenomix (1642)
epivizr (1699)
eQTL (27)
erccdashboard (30)
ExiMiR (1799)
exomeCopy (2334)
exomePeak (1562)
exonfindR (32)
exonmap (116)
explorase (1384)
ExpressionView (1784)
expressionview (1)
externalVector (330)

F

fabia (2237)
facopy (21)
facopy.annot (5)
factDesign (2015)
farms (1947)
fastLiquidAssociation (925)
fastseg (1782)
fbat (32)
fdrame (1839)
FEM (23)
ffpe (1693)
FGNet (1681)
flagme (1817)
flipflop (1488)
flowBeads (1487)
flowBin (982)
flowcatchR (27)
flowCHIC (25)
flowCL (944)
flowClean (83)
flowClust (2870)
flowCore (18030)
flowCyBar (946)
flowDensity (99)
flowFit (1480)
flowFlowJo (1882)
flowFP (1987)
flowMap (1533)
flowMatch (970)
flowMeans (2214)
flowMerge (2056)
flowPeaks (1797)
flowPhyto (1700)
flowPlots (1799)
flowq (1)
flowQ (1388)
flowQB (1642)
flowStats (3809)
flowTrans (1889)
flowType (1959)
flowUtils (2122)
flowViz (5715)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4786)
fmcsR (2265)
focalCall (22)
fOptions (1)
FourCSeq (33)
FRGEpistasis (925)
frma (2773)
frmaTools (1965)
FunciSNP (1920)

G

gaga (1888)
gage (4418)
gaggle (1724)
gaia (1712)
gaucho (928)
gCMAP (1766)
gCMAPWeb (1608)
gcrma (17385)
geecc (22)
genArise (1704)
GENE.E (1922)
gene2pathway (246)
GeneAnswers (3850)
GeneExpressionSignature (1804)
genefilter (45070)
genefu (2302)
GeneGA (1028)
GeneGroupAnalysis (292)
GeneMeta (2228)
GeneNetworkBuilder (1752)
GeneOverlap (1034)
geneplotter (29149)
GeneR (76)
geneRecommender (1966)
GeneRegionScan (1714)
generegulation (100)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (970)
GeneSelectMMD (1737)
GeneSelector (2080)
GeneSpring (30)
geNetClassifier (1641)
GeneticsBase (31)
GeneticsDesign (1824)
GeneticsPed (1991)
GeneTraffic (62)
GeneTS (3)
genoCN (1747)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3857)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (38642)
genomeIntervals (4600)
genomes (2007)
GenomicAlignments (20499)
GenomicFeatures (37723)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1112)
GenomicInteractions (26)
GenomicRanges (55280)
GenomicTuples (39)
Genominator (2254)
genoset (2638)
GenoView (24)
GEOmetadb (2824)
GEOquery (21975)
geoquery (1)
GEOsubmission (1734)
GEWIST (1641)
gff3Plotter (3)
GGBase (3424)
ggbio (11450)
GGtools (2617)
girafe (2062)
GLAD (2584)
GlobalAncova (2182)
globaltest (4214)
gmapR (1108)
GOexpress (47)
gofunction (1)
GOFunction (2044)
goProfiles (2272)
goprofiles (2)
GOSemSim (4501)
gosemsim (1)
goseq (4775)
GOSim (2066)
gostats (1)
GOstats (12159)
GOsummaries (36)
GOTHiC (1003)
goTools (2436)
gpls (2539)
gprege (1645)
graph (39535)
GraphAlignment (1766)
GraphAT (1725)
graphite (2981)
GraphPAC (1570)
GRENITS (1831)
groHMM (26)
GSAR (94)
GSBenchMark (4)
GSCA (927)
gseabase (1)
GSEABase (14011)
GSEAlm (2341)
GSReg (42)
GSRI (1747)
GSVA (2560)
Gviz (14864)
gwascat (1951)
GWASTools (3109)

H

h5vc (1665)
hapFabia (1683)
Harshlight (1767)
HCsnip (1567)
HDTD (86)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6483)
HELP (1736)
HEM (1685)
hexbin (201)
hiAnnotator (102)
highthroughputassays (31)
HilbertVis (3106)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1594)
hiReadsProcessor (24)
HiTC (1834)
HMMcopy (1888)
hopach (2963)
hpar (1806)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2823)
HTSanalyzeR (2180)
HTSeqGenie (454)
htseqtools (2)
htSeqTools (2052)
HTSFilter (1872)
HybridMTest (1650)
hyperdraw (1920)
hypergraph (2467)

I

iASeq (1871)
iBBiG (1694)
ibh (1608)
iBMQ (1553)
Icens (3342)
iChip (1697)
iClusterPlus (4225)
IdeoViz (24)
idiogram (1773)
IdMappingAnalysis (1620)
IdMappingRetrieval (1663)
iFlow (291)
illuminaio (9833)
imageHTS (1839)
IMPCdata (20)
impute (21663)
INPower (898)
inSilicoDb (2467)
inSilicoMerging (2308)
intansv (1575)
interactiveDisplay (2359)
interactiveDisplayBase (160)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (31)
inveRsion (1649)
inversion (1)
iontree (1642)
iPAC (1715)
IPPD (1815)
IRanges (98516)
iranges (1)
iSeq (1705)
isobar (2028)
IsoGeneGUI (1725)
iSPlot (2)
ITALICS (1683)
iterativeBMA (1703)
iterativeBMAsurv (1700)

J

jmosaics (1568)
joda (1652)

K

KCsmart (1714)
kebabs (31)
KEGGgraph (6753)
keggorth (18)
keggorthology (1980)
KEGGprofile (2116)
KEGGREST (6838)
KEGGSOAP (599)

L

lapmix (1828)
LBE (1998)
les (1739)
limma (63848)
limmaGUI (3049)
LiquidAssociation (1714)
liquidassociation (1)
lmdme (1654)
LMGene (2015)
logicFS (2244)
logitt (1)
logitT (1749)
lol (1693)
LPE (2139)
LPEadj (1668)
lpNet (1615)
lumi (8870)
LVSmiRNA (1822)

M

M3D (39)
maanova (2457)
macat (1717)
maCorrPlot (1674)
maDB (534)
madb (1)
made4 (4167)
maigesPack (1699)
MAIT (27)
makecdfenv (3357)
makePlatformDesign (37)
MANOR (1708)
manta (1700)
MantelCorr (1698)
maPredictDSC (1459)
marray (10714)
maSigPro (2683)
maskBAD (1624)
MassArray (1813)
massiR (934)
MassSpecWavelet (3198)
matchBox (1643)
matchprobes (125)
MBAmethyl (21)
MBASED (39)
MBCB (1737)
mBPCR (1674)
mcaGUI (1738)
MCRestimate (1914)
mdqc (1902)
MeasurementError.cor (1619)
MEDIPS (2520)
MEDME (1714)
MEIGOR (41)
MergeMaid (2404)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1049)
meshr (960)
messina (923)
metaArray (2335)
Metab (23)
metabomxtr (26)
metagene (33)
metagenomeSeq (2420)
metahdep (1659)
metaMS (995)
metaMSdata (3)
metaSeq (1501)
metaseqR (949)
methVisual (1784)
methyAnalysis (2421)
MethylAid (87)
MethylMix (26)
methylMnM (1522)
methylPipe (90)
MethylSeekR (1759)
methylumi (8193)
Mfuzz (3661)
mfuzz (1)
MGFM (25)
mgsa (1884)
MiChip (1650)
microRNA (2514)
MIMOSA (947)
MineICA (1595)
minet (3887)
minfi (9393)
MinimumDistance (1642)
MiPP (1720)
MiRaGE (1665)
miRNApath (1977)
miRNAtap (26)
Mirsynergy (966)
missMethyl (66)
mitoODE (1357)
MLInterfaces (3011)
MLP (1749)
MLSeq (995)
MMDiff (1661)
mmnet (1028)
MmPalateMiRNA (1770)
monocle (192)
MoPS (76)
mosaics (2014)
MotifDb (2976)
motifRG (1765)
motifStack (2740)
MotIV (3018)
MPFE (18)
mQTL.NMR (41)
MSGFgui (30)
MSGFplus (30)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1472)
msmsTests (1436)
MSnbase (3388)
MSnID (23)
msQC (55)
MSstats (1834)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1760)
MultiMed (34)
multiscan (1648)
multtest (27359)
MVCClass (1795)
mvGST (21)
mygene (27)
mzID (2019)
mzR (16928)

N

NarrowPeaks (1710)
ncdfFlow (4155)
NCIgraph (2060)
neaGUI (1531)
nem (1793)
netbiov (46)
NetPathMiner (971)
netresponse (1696)
NetSAM (1537)
networkBMA (1631)
NGScopy (19)
NGScopyData (4)
nnNorm (1668)
NOISeq (3259)
nondetects (940)
NormqPCR (2087)
npGSEA (955)
NTW (1648)
nucleR (1781)
nucler (1)
nudge (1641)
NuPoP (1710)

O

occugene (1737)
OCplus (1913)
oligo (9772)
oligoClasses (10442)
OLIN (1799)
OLINgui (1659)
omicade4 (1588)
OmicCircos (2042)
OncoSimulR (18)
oneChannelGUI (2557)
ontoCAT (1830)
ontoTools (47)
openCyto (1599)
oposSOM (68)
OrderedList (2559)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (3272)
OSAT (1619)
OTUbase (1795)
OutlierD (1807)

P

PAA (21)
PADOG (1659)
paircompviz (1456)
pairseqsim (7)
pamr (58)
PAnnBuilder (1838)
panp (1915)
PANR (1633)
PAPi (1597)
parody (2140)
pathifier (1467)
PathNet (1563)
pathRender (1821)
pathview (5264)
PatientGeneSets (72)
paxtoolsr (29)
Pbase (52)
pcaGoPromoter (1993)
pcaMethods (6570)
pcot2 (1659)
PCpheno (1679)
pdInfoBuilder (2529)
pdmclass (1747)
PECA (1049)
pepDat (4)
pepStat (23)
pepXMLTab (19)
PGSEA (2351)
pgUtils (655)
phenoDist (1546)
phenoTest (1786)
PhenStat (972)
phyloseq (4768)
piano (2564)
pickgene (1660)
PICS (2438)
PING (1766)
pint (1734)
pkgDepTools (2003)
plateCore (1721)
plethy (1437)
plgem (1690)
plier (3097)
PLPE (1777)
plrs (1546)
plw (1648)
polyester (30)
Polyfit (51)
ppiStats (1785)
prada (3391)
prebs (1584)
PREDA (1696)
predictionet (959)
preprocessCore (37618)
proBAMr (15)
PROcess (2290)
procoil (1616)
ProCoNA (1454)
pRoloc (1648)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (75)
PROMISE (1679)
prot2D (1496)
proteinProfiles (1454)
proteoQC (50)
PSEA (21)
PSICQUIC (1648)
puma (2002)
pvac (1685)
pvca (1754)
Pviz (65)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2036)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1374)
QDNAseq (1061)
qpcrNorm (1814)
qpgraph (2822)
qrqc (2104)
QUALIFIER (1411)
quantro (27)
quantsmooth (3524)
QuasR (3906)
qusage (1473)
qvalue (15509)

R

r3Cseq (1748)
R453Plus1Toolbox (1782)
rain (26)
rama (1831)
RamiGO (2226)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1607)
RankProd (4185)
Rariant (936)
RbcBook1 (1829)
RBGL (24424)
rbioinf (1)
RBioinf (1861)
rBiopaxParser (1795)
Rbowtie (3786)
rbsurv (1803)
Rcade (1606)
RCASPAR (1651)
Rchemcpp (1501)
RchyOptimyx (1765)
Rcpi (1594)
RCytoscape (3978)
RDAVIDWebService (2221)
Rdbi (46)
RdbiPgSQL (36)
Rdisop (2060)
RDRToolbox (2062)
ReactomePA (2594)
ReadqPCR (2130)
reb (1649)
RedeR (2294)
REDseq (1878)
RefNet (919)
RefNet.db (3)
RefPlus (1723)
regionReport (29)
Repitools (3018)
ReportingTools (5394)
ReQON (1667)
Resourcerer (1664)
rflowcyt (34)
rfPred (1440)
rGADEM (3407)
RGalaxy (1741)
Rgraphviz (22330)
RGSEA (76)
rhdf5 (13897)
rHVDM (1640)
riboSeq (48)
riboSeqR (25)
ringo (1)
Ringo (3473)
Rintact (17)
RIPSeeker (1797)
Risa (1696)
RLMM (1665)
RMAGEML (12)
rmagpie (1)
Rmagpie (1665)
RMAPPER (1597)
RMassBank (1729)
rMAT (1054)
RmiR (1986)
RNAinteract (1678)
RNAither (1761)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1820)
RNASeqPower (1789)
Rnits (33)
roar (984)
ROC (5196)
Roleswitch (1445)
Rolexa (1822)
rols (1880)
ROntoTools (1657)
RPA (1909)
RpsiXML (1961)
rpx (1061)
Rqc (34)
rqubic (1675)
rRDP (24)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1563)
rsamtools (3)
Rsamtools (44238)
rsbml (2189)
rSFFreader (940)
RSNPper (10)
Rsubread (3138)
RSVSim (1597)
rTANDEM (1906)
RTCA (1741)
RTN (1620)
RTools4TB (26)
RTopper (1691)
rtracklayer (39813)
Rtreemix (1686)
rTRM (1516)
rTRMui (1441)
Ruuid (65)
RUVnormalize (34)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (284)
RWebServices (397)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (4487)
safe (1979)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1711)
SAGx (2073)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1790)
sangerseqR (1013)
SANTA (1522)
sapFinder (957)
savR (871)
SBMLR (1798)
SCAN.UPC (2082)
ScISI (1826)
scsR (884)
SeattleIntro2010 (4)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1813)
SemDist (29)
SemSim (22)
SeqArray (1691)
seqbias (1867)
seqCNA (1479)
SeqGSEA (2321)
seqLogo (5995)
Seqnames (31)
seqplots (46)
seqTools (26)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (48)
SeqVarTools (1490)
SGSeq (20)
shinyMethyl (95)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1457)
ShortRead (16377)
sigaR (1707)
SigCheck (27)
SigFuge (1465)
siggenes (11822)
sigPathway (2269)
SIM (1733)
SimBindProfiles (1380)
simpleaffy (11651)
simulatorAPMS (45)
simulatorZ (22)
sizepower (2074)
SJava (492)
SLGI (1716)
slgi (1)
SLqPCR (2057)
SMAP (1657)
SNAGEE (1480)
snapCGH (2203)
snm (1929)
SNPchip (3334)
snpMatrix (286)
SNPRelate (121)
snpStats (5843)
SomatiCA (1612)
SomaticSignatures (1152)
SpacePAC (1415)
spade (2318)
specL (27)
SpeCond (1720)
SPEM (1481)
SPIA (3110)
spikeLI (1610)
spkTools (1618)
splicegear (1670)
spliceR (2010)
spliceSites (1441)
SplicingGraphs (1654)
splots (2774)
spotSegmentation (1780)
SQUADD (1561)
SRAdb (3757)
sRAP (1655)
sscore (1616)
sSeq (1454)
ssize (2072)
SSPA (1867)
ssviz (74)
stam (7)
STAN (40)
staRank (1569)
Starr (1849)
STATegRa (25)
stepNorm (1620)
stepwiseCM (1601)
Streamer (1838)
STRINGdb (1744)
StudentGWAS (5)
supraHex (1558)
survcomp (3607)
Sushi (1144)
sva (7259)
SwimR (1347)
switchBox (28)
synapter (1771)
systemPipeR (28)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1474)
TargetSearch (1770)
TCC (2060)
TDARACNE (1781)
TEQC (1857)
ternarynet (1585)
tfbstools (1)
TFBSTools (1900)
tigre (1759)
tilingArray (2440)
timecourse (2153)
TitanCNA (980)
tkWidgets (6783)
ToPASeq (23)
topGO (8489)
tracktables (26)
trackViewer (1069)
tRanslatome (1560)
TransView (1675)
triform (1563)
trigger (1671)
trio (1673)
triplex (1601)
TSCAN (23)
tspair (1821)
TSSi (1691)
TurboNorm (1724)
tweeDEseq (1992)
twilight (2663)
typeinfo (1)
TypeInfo (1698)

U

UNDO (910)
unifiedWMWqPCR (918)
UniProt.ws (2083)

V

VanillaICE (2021)
VariantAnnotation (17676)
VariantFiltering (1107)
variants (168)
VariantTools (1004)
vbmp (2084)
Vega (1665)
VegaMC (1676)
viper (925)
virtualArray (2277)
vsn (14875)
vtpnet (1458)

W

wateRmelon (3199)
wavClusteR (93)
waveTiling (1599)
weaver (2167)
webbioc (1750)
widgetTools (6765)

X

xcms (16432)
XDE (1679)
xmapbridge (1608)
xmapcore (249)
XML2R (2)
xps (2558)
xtable (1)
XVector (48103)

Y

yaqcaffy (1998)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (63384)