Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-04-20 06:29:45 -0700 (Mon, 20 Apr 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (162084)
2BiocGenerics (121734)
3IRanges (109201)
4Biobase (109178)
5AnnotationDbi (100225)
6GenomeInfoDb (80603)
7zlibbioc (76954)
8limma (67919)
9Biostrings (65996)
10GenomicRanges (63493)
11XVector (60672)
12annotate (55802)
13genefilter (50269)
14Rsamtools (49801)
15S4Vectors (49264)
16biomaRt (46998)
17graph (45879)
18rtracklayer (44640)
19BiocParallel (43055)
20GenomicFeatures (43009)
21preprocessCore (41304)
22GenomicAlignments (40573)
23affy (40260)
24BSgenome (38043)
25affyio (35688)
26geneplotter (33211)
27edgeR (32533)
28RBGL (28937)
29multtest (28827)
30DESeq2 (26400)
31Rgraphviz (24845)
32GEOquery (24021)
33VariantAnnotation (23445)
34impute (23209)
35DESeq (22700)
36biovizBase (22390)
37rhdf5 (18506)
38Gviz (17854)
39qvalue (17394)
40gcrma (17169)
41GSEABase (16946)
42Category (15689)
43ShortRead (15354)
44AnnotationForge (15222)
45vsn (15043)
46cummeRbund (13670)
47GOstats (13643)
48affyPLM (13389)
49siggenes (12537)
50illuminaio (12141)
51ggbio (11779)
52DNAcopy (11246)
53oligoClasses (10840)
54simpleaffy (10697)
55marray (10475)
56affxparser (10170)
57minfi (10061)
58oligo (9692)
59topGO (9435)
60bumphunter (9377)
61EBImage (9144)
62sva (9054)
63annaffy (9035)
64KEGGREST (9015)
65lumi (8763)
66mzR (8638)
67methylumi (8558)
68xcms (7891)
69DynDoc (7814)
70KEGGgraph (7726)
71OrganismDbi (7708)
72DEXSeq (7533)
73pcaMethods (7523)
74flowCore (7411)
75Heatplus (6778)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201538379948930
Apr/201524608489092
All months2889149330383

A

a4 (2328)
a4Base (2523)
a4Classif (2317)
a4Core (2530)
a4Preproc (2536)
a4Reporting (2303)
ABarray (2257)
ABSSeq (1799)
acepack (1)
aCGH (3006)
ACME (2247)
ADaCGH2 (2101)
adSplit (2097)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10170)
affy (40260)
affycomp (3190)
AffyCompatible (2349)
affyContam (2160)
affycoretools (5557)
affydata (1)
AffyExpress (2330)
affyILM (2059)
affyio (35688)
affylmGUI (3308)
affyPara (2048)
affypdnn (2513)
affyPLM (13389)
affyqcreport (2)
affyQCReport (5807)
AffyRNADegradation (2003)
AffyTiling (2106)
AGDEX (1964)
Agi4x44PreProcess (625)
agilp (2438)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2516)
AIMS (63)
ALDEx2 (795)
AllelicImbalance (1880)
alsace (1659)
altcdfenvs (2127)
ampliQueso (1746)
AnalysisPageServer (19)
annaffy (9035)
AnnBuilder (34)
annmap (1051)
annotate (55802)
annotation (222)
AnnotationDbi (100225)
AnnotationForge (15222)
AnnotationFuncs (2120)
AnnotationHub (3309)
annotationTools (2768)
anota (2118)
antiProfiles (1854)
apcluster (1)
apComplex (2190)
applera (1)
aroma.light (5420)
ArrayExpress (4682)
ArrayExpressHTS (1254)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1971)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2683)
arrayQualityMetrics (5436)
arrays (337)
ArrayTools (2507)
ArrayTV (1800)
ARRmNormalization (1810)
ASEB (1870)
ASGSCA (749)
asmn (1633)
ASSET (1789)
ASSIGN (1638)
AtlasRDF (1692)
attract (1935)

B

BAC (1898)
BADER (1803)
BAGS (1716)
ballgown (1200)
bamsignals (11)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1860)
Basic4Cseq (1818)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2984)
baySeq (4623)
BBmisc (1)
BCRANK (2198)
beadarray (6694)
beadarraySNP (2154)
BeadDataPackR (6103)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1604)
BEclear (5)
betr (2131)
bgafun (1957)
BGmix (1149)
bgx (1966)
BHC (2324)
BicARE (2032)
BiGGR (1810)
bigmemoryExtras (1161)
bioassayR (2083)
Biobase (109178)
biobase (1)
BiocCaseStudies (1990)
BiocCheck (2419)
biocDatasets (25)
BiocGenerics (121734)
biocGraph (2120)
BiocInstaller (162084)
biocinstaller (3)
BiocParallel (43055)
BiocStyle (5324)
biocViews (3198)
bioDist (4342)
biomaRt (46998)
BioMVCClass (2057)
biomvRCNS (1854)
BioNet (3205)
BioSeqClass (2085)
Biostrings (65996)
biosvd (1640)
biovizBase (22390)
BiRewire (1834)
birta (1905)
birte (30)
BiSeq (2348)
bitops (1)
BitSeq (2542)
blima (831)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2238)
BrainStars (1901)
brew (1)
bridge (1932)
BridgeDbR (716)
BrowserViz (29)
BrowserVizDemo (9)
BSgenome (38043)
bsseq (2875)
BubbleTree (13)
BufferedMatrix (1990)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1924)
bumphunter (9377)
BUS (1816)

C

CAFE (1631)
CAGEr (2086)
CALIB (1862)
CAMERA (3529)
canceR (10)
cancerclass (1846)
CancerMutationAnalysis (1970)
CAnD (6)
Cardinal (26)
casper (1875)
Category (15689)
categoryCompare (1848)
CausalR (1)
ccrepe (1591)
cellGrowth (1825)
cellhts (1)
cellHTS (1906)
cellHTS2 (2797)
CellNOptR (2251)
CexoR (1702)
CFAssay (684)
CGEN (2048)
CGHbase (2537)
CGHcall (2402)
cghcall (1)
cghMCR (3152)
CGHnormaliter (1853)
CGHregions (1930)
ChAMP (2999)
charm (2137)
checkmate (1)
ChemmineOB (2441)
ChemmineR (3798)
chemminer (3)
chimera (2863)
chipenrich (1707)
ChIPpeakAnno (6144)
ChIPQC (1874)
ChIPseeker (2438)
chipseq (4013)
ChIPseqR (2098)
ChIPsim (2047)
ChIPXpress (1016)
chopsticks (2140)
chroGPS (1766)
chromDraw (14)
ChromHeatMap (1940)
ChromoViz (2)
cisPath (1770)
ClassifyR (755)
cleanUpdTSeq (1599)
cleaver (2013)
clippda (1764)
clipper (2002)
Clomial (1512)
Clonality (1778)
clonotypeR (1610)
clst (1744)
clstutils (1666)
clusterProfiler (3868)
clusterStab (1949)
CMA (2474)
cn.farms (1779)
cn.mops (3170)
CNAnorm (1932)
CNEr (1851)
CNORdt (1734)
CNORfeeder (1679)
CNORfuzzy (1737)
CNORode (1797)
CNTools (2191)
cnvGSA (1741)
CNVrd2 (1654)
CNVtools (1968)
cnvtools (1)
cobindR (1631)
CoCiteStats (1876)
codelink (1860)
CODEX (84)
CoGAPS (930)
cogena (22)
coGPS (1649)
COHCAP (1744)
colorspace (1)
coMET (43)
COMPASS (1543)
compcodeR (1792)
compEpiTools (768)
CompGO (1550)
ComplexHeatmap (45)
ConsensusClusterPlus (3176)
conumee (22)
convert (3082)
copa (1893)
COPDSexualDimorphism (1532)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2095)
CopyNumber450k (1581)
CopywriteR (12)
CoRegNet (739)
Cormotif (1714)
CorMut (1764)
coRNAi (1707)
CORREP (1766)
cosmiq (725)
cosmo (110)
cosmoGUI (136)
COSNet (652)
CoverageView (998)
cpvSNP (11)
cqn (2409)
CRImage (2004)
CRISPRseek (1750)
crlmm (3210)
CSAR (2183)
csaw (777)
CSSP (1584)
ctc (4179)
cummeRbund (13670)
cummerbund (1)
customProDB (1726)
cycle (1802)
cytofkit (11)

D

dagLogo (1573)
dama (2)
daMA (1715)
DART (1707)
DASiR (1664)
DAVIDQuery (2240)
DBChIP (1917)
DBI (1)
ddCt (2257)
ddgraph (1762)
DECIPHER (2057)
DeconRNASeq (1779)
DEDS (1812)
deepSNV (1954)
DEGraph (2047)
DEGreport (729)
DEGseq (3730)
degseq (1)
deltaGseg (1581)
DeMAND (3)
derfinder (818)
derfinderData (4)
derfinderHelper (813)
derfinderPlot (712)
DESeq (22700)
DESeq2 (26400)
DEXSeq (7533)
dexus (1727)
DFP (1750)
dichromat (1)
DiffBind (4107)
diffGeneAnalysis (1816)
diffHic (9)
digest (1)
diggit (4)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2249)
dks (1644)
DMRcaller (8)
DMRcate (1723)
DMRforPairs (1541)
DNAcopy (11246)
DNaseR (1687)
domainsignatures (1798)
DOQTL (799)
DOSE (4288)
DriverNet (1748)
DrugVsDisease (1786)
DSS (2110)
DTA (1689)
dualKS (1660)
DupChecker (679)
dyebias (1759)
DynDoc (7814)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1958)
easyRNASeq (4160)
EBarrays (2515)
EBcoexpress (1795)
EBImage (9144)
EBSeq (3521)
EBSeqHMM (676)
ecolitk (1807)
EDASeq (3505)
edd (45)
EDDA (1609)
edge (19)
edger (1)
edgeR (32533)
eiR (1069)
eisa (2122)
ELBOW (1495)
EMDomics (10)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (8)
ENmix (20)
EnrichmentBrowser (774)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (13)
ensemblVEP (2398)
ENVISIONQuery (1723)
epigenomix (1698)
epivizr (1980)
eQTL (27)
erccdashboard (741)
ExiMiR (1817)
exomeCopy (2339)
exomePeak (1724)
exonfindR (255)
exonmap (102)
explorase (1237)
ExpressionView (1776)
expressionview (1)
externalVector (202)

F

fabia (2360)
facopy (668)
facopy.annot (5)
factDesign (1983)
fail (1)
farms (1920)
fastLiquidAssociation (1244)
fastseg (1765)
fbat (33)
fdrame (1815)
FEM (711)
ffpe (1737)
FGNet (1942)
FISHalyseR (5)
flagme (1803)
flipflop (1626)
flowBeads (1561)
flowBin (1484)
flowcatchR (692)
flowCHIC (676)
flowCL (1503)
flowClean (754)
flowClust (2943)
flowCore (7411)
flowCyBar (1488)
flowDensity (856)
flowFit (1576)
flowFlowJo (1869)
flowFP (1999)
flowMap (1642)
flowMatch (1483)
flowMeans (2216)
flowMerge (2043)
flowPeaks (1847)
flowPhyto (1688)
flowPlots (1777)
flowq (1)
flowQ (1431)
flowQB (1717)
FlowRepositoryR (8)
FlowSOM (29)
flowStats (4000)
flowTrans (1900)
flowType (1906)
flowUtils (2148)
flowViz (5689)
flowVS (17)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4899)
fmcsR (2416)
focalCall (671)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (712)
FRGEpistasis (1431)
frma (2681)
frmaTools (1934)
FunciSNP (1883)

G

gaga (1941)
gage (4794)
gaggle (1725)
gaia (1687)
gaucho (1475)
gCMAP (1885)
gCMAPWeb (1646)
gcrma (17169)
gdsfmt (1428)
geecc (667)
genArise (1733)
GENE.E (1993)
gene2pathway (163)
GeneAnswers (3667)
GeneExpressionSignature (1830)
genefilter (50269)
genefu (2356)
GeneGA (1049)
GeneGroupAnalysis (165)
GeneMeta (2253)
GeneNetworkBuilder (1782)
GeneOverlap (1582)
geneplotter (33211)
GeneR (54)
geneRecommender (1900)
GeneRegionScan (1708)
generegulation (58)
GeneRfold (28)
geneRxCluster (1478)
GeneSelectMMD (1726)
GeneSelector (1983)
GENESIS (5)
GeneSpring (38)
geNetClassifier (1773)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1799)
GeneticsPed (1874)
GeneTraffic (50)
GeneTS (4)
genoCN (1746)
genomation (34)
GenomeGraphs (3732)
GenomeInfoDb (80603)
genomeIntervals (4779)
genomes (2026)
GenomicAlignments (40573)
GenomicFeatures (43009)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1882)
GenomicInteractions (677)
GenomicRanges (63493)
GenomicTuples (702)
Genominator (2246)
genoset (2686)
GenoView (654)
GEOmetadb (2804)
GEOquery (24021)
geoquery (1)
GEOsubmission (1721)
gespeR (13)
GEWIST (1599)
gff3Plotter (4)
GGBase (3174)
ggbio (11779)
GGtools (2481)
ggtree (112)
girafe (2117)
GLAD (2690)
GlobalAncova (2199)
globaltest (4346)
gmapR (1022)
GOexpress (836)
GOFunction (2081)
GoogleGenomics (7)
goProfiles (2333)
goprofiles (2)
GOSemSim (5110)
goseq (5175)
GOSim (2090)
gostats (1)
GOstats (13643)
GOsummaries (814)
GOTHiC (1491)
goTools (2405)
gpls (2488)
gprege (1653)
gQTLBase (30)
gQTLstats (37)
graph (45879)
GraphAlignment (1759)
GraphAT (1729)
graphite (3321)
GraphPAC (1620)
GRENITS (1755)
GreyListChIP (12)
grndata (4)
groHMM (687)
GSAR (760)
GSBenchMark (4)
GSCA (1533)
gseabase (1)
GSEABase (16946)
GSEAlm (2284)
GSReg (667)
GSRI (1755)
GSVA (2493)
gtrellis (8)
Gviz (17854)
gwascat (2142)
GWASTools (3155)

H

h5vc (1733)
hapFabia (1678)
Harshlight (1760)
HCsnip (1648)
HDTD (705)
Heatplus (6778)
HELP (1745)
HEM (1718)
hexbin (154)
hiAnnotator (731)
HIBAG (11)
highthroughputassays (18)
HilbertVis (2897)
HilbertVisGUI (1385)
hiReadsProcessor (654)
HiTC (1866)
Hmisc (1)
HMMcopy (1955)
hopach (3049)
hpar (1977)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2925)
HTSanalyzeR (2164)
HTSeqGenie (401)
htseqtools (2)
htSeqTools (2067)
HTSFilter (1926)
HybridMTest (1635)
hyperdraw (1989)
hypergraph (2583)

I

iASeq (1736)
iBBiG (1729)
ibh (1609)
iBMQ (1603)
Icens (3336)
iChip (1684)
iClusterPlus (4864)
IdeoViz (691)
idiogram (1792)
IdMappingAnalysis (1619)
IdMappingRetrieval (1640)
iFlow (141)
illuminaio (12141)
imageHTS (1857)
immunoClust (12)
IMPCdata (606)
impute (23209)
InPAS (9)
INPower (1409)
inSilicoDb (2429)
inSilicoMerging (2430)
intansv (1653)
interactiveDisplay (4396)
interactiveDisplayBase (2881)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (7)
inveRsion (1653)
inversion (1)
iontree (1627)
iPAC (1722)
IPPD (1915)
IRanges (109201)
iranges (1)
iSeq (1704)
isobar (2171)
IsoGeneGUI (1754)
iSPlot (2)
ITALICS (1704)
iterativeBMA (1693)
iterativeBMAsurv (1676)
iterators (1)
IVAS (12)

J

jmosaics (1590)
joda (1684)

K

KCsmart (1738)
kebabs (762)
KEGGgraph (7726)
keggorth (18)
keggorthology (1983)
KEGGprofile (2319)
KEGGREST (9015)
KEGGSOAP (332)

L

labeling (1)
lapmix (1711)
latticeExtra (1)
LBE (1987)
LEA (25)
les (1762)
limma (67919)
limmaGUI (2937)
LiquidAssociation (1734)
liquidassociation (1)
lmdme (1715)
LMGene (1951)
logicFS (2295)
logitt (1)
logitT (1708)
lol (1668)
LowMACA (6)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2121)
LPEadj (1691)
lpNet (1601)
lumi (8763)
LVSmiRNA (1816)

M

M3D (714)
maanova (2451)
macat (1737)
maCorrPlot (1670)
maDB (210)
madb (1)
made4 (4174)
maigesPack (1729)
MAIT (751)
makecdfenv (3339)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1732)
manta (1676)
MantelCorr (1696)
mAPKL (30)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1600)
marray (10475)
maSigPro (2701)
maskBAD (1634)
MassArray (1764)
massiR (1466)
MassSpecWavelet (3358)
matchBox (1639)
matchprobes (100)
MatrixRider (8)
MBAmethyl (615)
MBASED (695)
MBCB (1729)
mBPCR (1673)
mcaGUI (1692)
MCRestimate (1812)
mdgsa (18)
mdqc (1855)
MeasurementError.cor (1599)
MEDIPS (2521)
MEDME (1737)
MEIGOR (645)
MergeMaid (2313)
MeSHDbi (1745)
meshr (1551)
MeSHSim (18)
messina (1423)
metaArray (2279)
Metab (680)
metabomxtr (634)
metagene (669)
metagenomeSeq (3451)
metahdep (1681)
metaMS (1598)
metaSeq (1631)
metaseqR (1599)
MethTargetedNGS (5)
methVisual (1771)
methyAnalysis (2389)
MethylAid (797)
MethylMix (730)
methylMnM (1650)
methylPipe (872)
MethylSeekR (1866)
methylumi (8558)
Mfuzz (3870)
mfuzz (1)
MGFM (640)
mgsa (1838)
MiChip (1659)
microRNA (2464)
MIMOSA (1456)
MineICA (1627)
minet (4259)
minfi (10061)
MinimumDistance (1693)
MiPP (1715)
MiRaGE (1699)
miRNApath (1935)
miRNAtap (686)
Mirsynergy (1455)
missMethyl (760)
mitoODE (1451)
MLInterfaces (3099)
MLP (1710)
MLSeq (1658)
MMDiff (1712)
mmnet (1582)
MmPalateMiRNA (1733)
mogsa (7)
monocle (1100)
MoPS (665)
mosaics (1974)
MotifDb (2846)
motifRG (1761)
motifStack (2769)
MotIV (3049)
MPFE (597)
mQTL.NMR (652)
msa (18)
MSGFgui (783)
MSGFplus (816)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1588)
msmsTests (1561)
MSnbase (3766)
MSnID (773)
msQC (55)
MSstats (1974)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1815)
MultiMed (620)
multiscan (1662)
multtest (28827)
munsell (1)
muscle (26)
MVCClass (1829)
mvGST (663)
mygene (927)
mzID (2832)
mzR (8638)

N

NanoStringQCPro (21)
NarrowPeaks (1721)
ncdfFlow (4252)
NCIgraph (2109)
neaGUI (1708)
nem (1813)
netbenchmark (27)
netbiov (732)
nethet (13)
NetPathMiner (1549)
netresponse (1680)
NetSAM (1567)
networkBMA (1709)
NGScopy (630)
NGScopyData (4)
nnNorm (1695)
NOISeq (3591)
nondetects (1469)
NormqPCR (2207)
npGSEA (1529)
NTW (1612)
nucler (1)
nucleR (1821)
nudge (1649)
NuPoP (1691)

O

occugene (1651)
OCplus (1887)
OGSA (1)
oligo (9692)
oligoClasses (10840)
oligoclasses (1)
OLIN (1803)
OLINgui (1679)
omicade4 (1766)
OmicCircos (2355)
OmicsMarkeR (4)
OncoSimulR (503)
oneChannelGUI (2541)
ontoCAT (1850)
ontoTools (43)
openCyto (1932)
oposSOM (781)
OrderedList (2718)
org.Hs.eg.db (2)
OrganismDbi (7708)
OSAT (1618)
OTUbase (1791)
OutlierD (1812)

P

PAA (685)
PADOG (1701)
paircompviz (1545)
pairseqsim (3)
pamr (51)
pandaR (24)
PAnnBuilder (1852)
panp (1851)
PANR (1650)
PAPi (1651)
parglms (10)
parody (2249)
pathifier (1634)
PathNet (1663)
pathRender (1762)
pathview (6099)
PatientGeneSets (49)
paxtoolsr (821)
Pbase (686)
pcaGoPromoter (1858)
pcaMethods (7523)
pcot2 (1722)
PCpheno (1651)
pdInfoBuilder (2476)
pdmclass (1714)
PECA (1508)
pepDat (4)
pepStat (638)
pepXMLTab (633)
PGSEA (2389)
pgUtils (258)
phenoDist (1640)
phenoTest (1840)
PhenStat (1442)
phyloseq (5814)
piano (2602)
pickgene (1668)
PICS (2311)
PING (1780)
pint (1724)
pkgDepTools (1991)
plateCore (1756)
plethy (1555)
plgem (1731)
plier (3028)
PLPE (1697)
plrs (1617)
plw (1661)
plyr (1)
pmm (4)
podkat (9)
polyester (733)
Polyfit (664)
ppiStats (1778)
prada (3445)
prebs (1627)
PREDA (1694)
predictionet (995)
preprocessCore (41304)
proBAMr (589)
PROcess (2355)
procoil (1601)
ProCoNA (1559)
pRoloc (1820)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (717)
PROMISE (1636)
PROPER (18)
prot2D (1601)
proteinProfiles (1521)
proteoQC (702)
ProtGenerics (79)
PSEA (625)
PSICQUIC (1836)
puma (2034)
pvac (1688)
pvca (1824)
Pviz (704)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2092)
pwOmics (4)

Q

qcmetrics (1488)
QDNAseq (1686)
qpcrNorm (1781)
qpgraph (2797)
qrqc (2132)
QUALIFIER (1619)
quantro (699)
quantsmooth (3752)
QuartPAC (13)
QuasR (3118)
qusage (1578)
qvalue (17394)

R

R3CPET (6)
r3Cseq (1802)
R453Plus1Toolbox (1782)
rain (701)
rama (1880)
RamiGO (2258)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1620)
RankProd (4144)
Rariant (1473)
RbcBook1 (1849)
RBGL (28937)
rbioinf (1)
RBioinf (1850)
rBiopaxParser (1847)
RBM (19)
Rbowtie (3238)
rbsurv (1738)
Rcade (1626)
RCASPAR (1613)
rcellminer (28)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1491)
RchyOptimyx (1745)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2019)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (10)
RCytoscape (3965)
RDAVIDWebService (2788)
Rdbi (36)
RdbiPgSQL (20)
Rdisop (2124)
RDRToolbox (2315)
ReactomePA (2703)
ReadqPCR (2242)
reb (1658)
RedeR (2325)
REDseq (1800)
RefNet (1460)
RefPlus (1738)
regioneR (7)
regionReport (663)
Repitools (3159)
ReportingTools (6008)
ReQON (1665)
Resourcerer (1148)
rflowcyt (36)
rfPred (1509)
rGADEM (3455)
RGalaxy (1739)
Rgraphviz (24845)
rGREAT (12)
RGSEA (720)
rgsepd (14)
rhdf5 (18506)
Rhtslib (44)
rHVDM (1700)
riboSeq (48)
riboSeqR (703)
ringo (1)
Ringo (3578)
Rintact (26)
RIPSeeker (1829)
Risa (1666)
RLMM (1645)
RMAGEML (9)
rmagpie (1)
Rmagpie (1687)
RMAPPER (1079)
RMassBank (1764)
rMAT (1142)
RmiR (1977)
RNAinteract (1670)
RNAither (1738)
rnaither (1)
RNAprobR (8)
rnaseqGene (509)
rnaSeqMap (1882)
RNASeqPower (1938)
RnaSeqSampleSize (21)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (17)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (648)
roar (1439)
ROC (5308)
Roleswitch (1546)
Rolexa (1805)
rols (2016)
ROntoTools (1759)
RPA (1828)
RpsiXML (1931)
rpx (1873)
Rqc (681)
rqubic (1753)
rRDP (633)
rRDPData (5)
Rredland (8)
RRHO (1575)
rsamtools (3)
Rsamtools (49801)
rsbml (2247)
rSFFreader (1013)
RSNPper (13)
RSQLite (1)
Rsubread (3904)
RSVSim (1699)
rTANDEM (2103)
RTCA (1762)
RTN (1719)
RTools4TB (34)
RTopper (1674)
rtracklayer (44640)
Rtreemix (1668)
rTRM (1585)
rTRMui (1509)
Ruuid (50)
RUVcorr (5)
RUVnormalize (681)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1304)
RWebServices (335)

S

S4Vectors (49264)
safe (2096)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1656)
SAGx (2095)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1763)
sangerseqR (2128)
SANTA (1573)
sapFinder (1463)
saps (27)
savR (1504)
SBMLR (1756)
scales (1)
SCAN.UPC (2070)
ScISI (1825)
SCLCBam (4)
scsR (1402)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1815)
SELEX (7)
SemDist (616)
SemSim (13)
sendmailR (1)
seq2pathway (11)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1750)
seqbias (1858)
seqCNA (1575)
SeqGSEA (2358)
seqLogo (6600)
Seqnames (1)
seqPattern (14)
seqplots (792)
seqTools (679)
SequenceAnalysis (5)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1588)
SGSeq (647)
shinyMethyl (893)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1593)
ShortRead (15354)
sidap (5)
sigaR (1726)
SigCheck (644)
SigFuge (1546)
siggenes (12537)
sigPathway (2366)
sigsquared (7)
SIM (1729)
SIMAT (8)
SimBindProfiles (1484)
similaRpeak (7)
simpleaffy (10697)
simulatorAPMS (35)
simulatorZ (633)
sincell (41)
sizepower (1947)
SJava (407)
skewr (8)
SLGI (1742)
slgi (1)
SLqPCR (1892)
SMAP (1659)
SNAGEE (1535)
snapCGH (2190)
snm (1910)
SNPchip (3358)
snpMatrix (248)
SNPRelate (1509)
snpStats (6078)
soGGi (8)
SomatiCA (1604)
SomaticSignatures (1751)
SpacePAC (1514)
spade (2219)
specL (648)
SpeCond (1740)
SPEM (1511)
SPIA (3363)
spikeLI (1606)
spkTools (1637)
splicegear (1663)
spliceR (2134)
spliceSites (1527)
SplicingGraphs (1710)
splots (2870)
spotSegmentation (1814)
SQUADD (1555)
SRAdb (4373)
sRAP (1784)
sscore (1620)
sSeq (1582)
ssize (2049)
SSPA (1839)
ssviz (681)
stam (8)
STAN (694)
staRank (1567)
Starr (1831)
STATegRa (661)
stepNorm (1634)
stepwiseCM (1605)
Streamer (1719)
STRINGdb (2053)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1890)
survcomp (3936)
Sushi (1915)
sva (9054)
SVM2CRM (7)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1420)
switchBox (640)
synapter (1910)
systemPipeR (987)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1551)
TargetSearch (1731)
TCC (2172)
TDARACNE (1762)
TEQC (1827)
ternarynet (1540)
tfbstools (1)
TFBSTools (2078)
tigre (1714)
tilingArray (2322)
timecourse (2204)
TIN (21)
TitanCNA (1547)
tkWidgets (6610)
ToPASeq (700)
topGO (9435)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (8)
tracktables (623)
trackViewer (1585)
tRanslatome (1676)
TransView (1659)
triform (1548)
trigger (1660)
trio (1760)
triplex (1595)
TRONCO (19)
TSCAN (610)
tspair (1824)
TSSi (1665)
TurboNorm (1685)
tweeDEseq (1863)
twilight (2865)
typeinfo (1)
TypeInfo (1636)

U

UNDO (1428)
unifiedWMWqPCR (1443)
UniProt.ws (2282)

V

VanillaICE (1969)
VariantAnnotation (23445)
VariantFiltering (1746)
variants (151)
VariantTools (950)
vbmp (2153)
Vega (1634)
VegaMC (1633)
viper (1503)
virtualArray (1448)
vsn (15043)
vtpnet (1562)

W

wateRmelon (3437)
wavClusteR (733)
waveTiling (1584)
weaver (2010)
webbioc (1738)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6746)

X

xcms (7891)
XDE (1653)
xmapbridge (1624)
xmapcore (123)
XML (1)
xps (2392)
XVector (60672)

Y

yaqcaffy (1992)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (76954)