Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2014-09-17 09:43:39 -0700 (Wed, 17 Sep 2014).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 50

1BiocInstaller (129649)
2BiocGenerics (98384)
3IRanges (95529)
4Biobase (93500)
5AnnotationDbi (80593)
6zlibbioc (60244)
7limma (60114)
8Biostrings (55146)
9GenomicRanges (52258)
10annotate (47911)
11XVector (44275)
12genefilter (42782)
13Rsamtools (42382)
14biomaRt (40870)
15rtracklayer (38665)
16affy (37921)
17graph (37226)
18preprocessCore (36642)
19GenomicFeatures (36594)
20BSgenome (35074)
21affyio (33598)
22GenomeInfoDb (30800)
23geneplotter (27344)
24edgeR (26609)
25multtest (26374)
26RBGL (22997)
27DESeq (22739)
28Rgraphviz (20767)
29impute (20627)
30flowCore (19886)
31biovizBase (19205)
32GEOquery (18716)
33mzR (17934)
34xcms (17726)
35gcrma (17237)
36VariantAnnotation (17087)
37DESeq2 (16729)
38GenomicAlignments (16724)
39BiocParallel (16316)
40ShortRead (15698)
41qvalue (14706)
42vsn (14570)
43Gviz (14066)
44AnnotationForge (13593)
45GSEABase (13300)
46affyPLM (13194)
47cummeRbund (12910)
48rhdf5 (12397)
49Category (12158)
50simpleaffy (11674)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Oct/2013312871041153
Nov/201329406853692
Dec/201328510807082
Jan/201429690725608
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436900655894
Aug/201436749681886
Sep/201426871400119
All months2597078962097

A

a4 (2352)
a4Base (2451)
a4Classif (2300)
a4Core (2452)
a4Preproc (2463)
a4Reporting (2263)
ABarray (2249)
ABSSeq (899)
aCGH (2995)
ACME (2208)
ADaCGH2 (2076)
adSplit (2082)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (2)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10288)
affy (37921)
affycomp (3154)
AffyCompatible (2337)
affyContam (2107)
affycoretools (5212)
affydata (1)
AffyExpress (2330)
affyILM (2042)
affyio (33598)
affylmGUI (3318)
affyPara (2068)
affypdnn (2417)
affyPLM (13194)
affyQCReport (6346)
affyqcreport (3)
AffyRNADegradation (2057)
AffyTiling (2192)
AGDEX (1960)
Agi4x44PreProcess (1695)
agilp (2308)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2461)
AIMS (1)
AllelicImbalance (1671)
alsace (865)
altcdfenvs (2126)
ampliQueso (1619)
annaffy (9638)
AnnBuilder (30)
annmap (974)
annotate (47911)
annotation (309)
AnnotationDbi (80593)
AnnotationForge (13593)
AnnotationFuncs (2134)
AnnotationHub (3097)
annotationTools (2666)
anota (2062)
antiProfiles (1867)
apcluster (1)
apComplex (2203)
aroma.light (5347)
ArrayExpress (4632)
ArrayExpressHTS (1150)
arrayMagic (9)
arrayMvout (2003)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2628)
arrayQualityMetrics (5016)
arrays (508)
ArrayTools (2394)
ArrayTV (1672)
ARRmNormalization (1744)
ASEB (1830)
asmn (895)
ASSET (1484)
ASSIGN (851)
AtlasRDF (883)
attract (1941)

B

BAC (1882)
BADER (1749)
BAGS (1556)
ballgown (53)
BaseSpaceR (1780)
Basic4Cseq (922)
BayesPeak (2908)
baySeq (4214)
bcellViper (3)
BCRANK (2231)
beadarray (6606)
beadarraySNP (2175)
BeadDataPackR (5982)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (2)
BEAT (880)
betr (2077)
bgafun (1998)
BGmix (1021)
bgx (1947)
BHC (2398)
BicARE (1982)
BiGGR (1628)
bigmemoryExtras (1072)
bioassayR (1813)
Biobase (93500)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2005)
BiocCheck (1057)
biocDatasets (32)
BiocGenerics (98384)
biocGraph (2156)
BiocInstaller (129649)
biocinstaller (2)
BiocParallel (16316)
BiocStyle (3389)
biocViews (2557)
bioDist (4518)
biomaRt (40870)
BioMVCClass (2167)
biomvRCNS (1627)
BioNet (3156)
BioSeqClass (2023)
Biostrings (55146)
biostrings (1)
biosvd (874)
biovizbase (1)
biovizBase (19205)
BiRewire (1560)
birta (1887)
BiSeq (2187)
BitSeq (2417)
blima (86)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2127)
BrainStars (1879)
bridge (1936)
BSgenome (35074)
bsseq (2341)
BufferedMatrix (1871)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1815)
bumphunter (7460)
BUS (1759)

C

CAFE (818)
CAGEr (1842)
CALIB (1771)
CAMERA (3063)
cancerclass (1734)
CancerMutationAnalysis (1820)
casper (1686)
Category (12158)
categoryCompare (1770)
ccrepe (876)
cellGrowth (1706)
cellhts (1)
cellHTS (1843)
cellHTS2 (2661)
CellNOptR (2037)
CexoR (1466)
CGEN (1869)
CGHbase (2362)
CGHcall (2189)
cghcall (1)
cghMCR (1854)
CGHnormaliter (1744)
CGHregions (1812)
ChAMP (2420)
ChAMPdata (3)
charm (2036)
ChemmineOB (1973)
ChemmineR (3247)
chemminer (3)
chimera (2488)
chipenrich (1465)
ChIPpeakAnno (4768)
ChIPQC (964)
ChIPseeker (1107)
chipseq (3844)
ChIPseqR (1984)
ChIPsim (1920)
ChIPXpress (874)
chopsticks (2107)
chroGPS (1663)
ChromHeatMap (1874)
cisPath (1659)
ClassifyR (7)
cleanUpdTSeq (1434)
cleaver (1740)
clippda (1700)
clipper (1842)
Clomial (807)
Clonality (1760)
clonotypeR (1412)
clst (1707)
clstutils (1666)
clusterProfiler (3189)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2011)
CMA (2463)
cn.farms (1735)
cn.mops (2873)
cnanorm (1)
CNAnorm (1879)
CNEr (956)
CNORdt (1622)
CNORfeeder (1577)
CNORfuzzy (1634)
CNORode (1653)
CNTools (2021)
cnvGSA (1686)
CNVrd2 (1379)
CNVtools (1915)
cnvtools (1)
cobindR (1425)
CoCiteStats (1846)
codelink (1811)
CoGAPS (457)
coGPS (1617)
COHCAP (950)
COHCAPanno (3)
COMPASS (838)
compcodeR (944)
compEpiTools (12)
CompGO (835)
ConsensusClusterPlus (2832)
convert (2952)
copa (1892)
COPDSexualDimorphism (788)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (1839)
CopyNumber450k (826)
CopyNumber450kData (3)
Cormotif (1635)
CorMut (1684)
coRNAi (1671)
CORREP (1735)
cosmiq (55)
cosmo (167)
cosmoGUI (207)
CoverageView (492)
cqn (2413)
CRImage (1990)
CRISPRseek (928)
crlmm (3329)
CSAR (2132)
CSSP (1421)
ctc (4146)
cummeRbund (12910)
customProDB (1525)
cycle (1835)

D

dagLogo (1378)
dama (2)
daMA (1678)
DART (1698)
DASiR (1723)
DAVIDQuery (2306)
DBChIP (1816)
ddCt (2226)
ddgraph (1722)
DECIPHER (1888)
DeconRNASeq (1692)
DEDS (1779)
deepSNV (1858)
DEGraph (1952)
DEGreport (58)
DEGseq (3778)
deltaGseg (1523)
DESeq (22739)
DESeq2 (16729)
DEXSeq (7398)
dexus (1671)
DFP (1654)
DiffBind (3759)
diffGeneAnalysis (1883)
DirichletMultinomial (1856)
dks (1617)
DMRcate (884)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (806)
DNAcopy (9876)
DNaseR (1495)
domainsignatures (1800)
DOQTL (60)
DOSE (3413)
DriverNet (1636)
DrugVsDisease (1640)
DSS (1909)
DTA (1640)
dualKS (1168)
DupChecker (48)
dyebias (1682)
DynDoc (8229)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1836)
easyRNASeq (4509)
EBarrays (2324)
EBcoexpress (1788)
EBImage (7786)
EBSeq (3102)
ecolitk (1759)
EDASeq (2754)
edd (64)
EDDA (832)
edger (1)
edgeR (26609)
eiR (881)
eisa (2155)
ELBOW (814)
ensemblVEP (2323)
ENVISIONQuery (1700)
epigenomix (1589)
epivizr (1569)
eQTL (26)
erccdashboard (5)
ExiMiR (1754)
exomeCopy (2264)
exomePeak (1466)
exonmap (117)
explorase (1364)
ExpressionView (1733)
expressionview (1)
externalVector (375)

F

fabia (2211)
facopy.annot (4)
factDesign (1962)
farms (1896)
fastLiquidAssociation (791)
fastseg (1763)
fbat (31)
fdrame (1808)
ffpe (1659)
FGNet (1575)
flagme (1765)
flipflop (1353)
flowBeads (1422)
flowBin (847)
flowCL (803)
flowClean (58)
flowClust (2760)
flowCore (19886)
flowCyBar (805)
flowDensity (61)
flowFit (1394)
flowFlowJo (1845)
flowFP (1937)
flowMap (1441)
flowMatch (819)
flowMeans (2171)
flowMerge (1992)
flowPeaks (1752)
flowPhyto (1668)
flowPlots (1744)
flowQ (1315)
flowq (1)
flowQB (1617)
flowStats (3271)
flowTrans (1847)
flowType (1885)
flowUtils (2059)
flowViz (5220)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (3965)
fmcsR (2151)
fOptions (1)
FRGEpistasis (798)
frma (2719)
frmaTools (1915)
FunciSNP (1859)

G

gaga (1827)
gage (4167)
gaggle (1688)
gaia (1668)
gaucho (790)
gCMAP (1714)
gCMAPWeb (1578)
gcrma (17237)
genArise (1657)
GENE.E (1837)
gene2pathway (265)
GeneAnswers (3698)
GeneExpressionSignature (1755)
genefilter (42782)
genefu (2211)
GeneGA (965)
GeneGroupAnalysis (344)
GeneMeta (2188)
GeneNetworkBuilder (1688)
GeneOverlap (879)
geneplotter (27344)
GeneR (79)
geneRecommender (1921)
GeneRegionScan (1679)
generegulation (113)
GeneRfold (41)
geneRxCluster (831)
GeneSelectMMD (1704)
GeneSelector (2025)
GeneSpring (24)
geNetClassifier (1601)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1763)
GeneticsPed (1943)
GeneTraffic (61)
GeneTS (3)
genoCN (1697)
genomationData (3)
GenomeGraphs (3788)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (30800)
genomeIntervals (4450)
genomes (1942)
GenomicAlignments (16724)
GenomicFeatures (36594)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (883)
GenomicRanges (52258)
Genominator (2204)
genoset (2566)
GenoView (1)
GEOmetadb (2792)
GEOquery (18716)
GEOsubmission (1688)
GEWIST (1598)
gff3Plotter (4)
GGBase (3330)
ggbio (10891)
GGtools (2569)
girafe (2018)
GLAD (2463)
GlobalAncova (2119)
globaltest (4020)
gmapR (1071)
GOexpress (1)
gofunction (1)
GOFunction (2010)
goProfiles (2156)
goprofiles (2)
GOSemSim (4205)
gosemsim (1)
goseq (4488)
GOSim (1952)
GOstats (11454)
GOTHiC (864)
goTools (2402)
gpls (2476)
gprege (1618)
graph (37226)
GraphAlignment (1710)
GraphAT (1697)
graphite (2813)
GraphPAC (1520)
GRENITS (1799)
GSAR (71)
GSBenchMark (4)
GSCA (774)
GSEABase (13300)
GSEAlm (2291)
GSReg (17)
GSRI (1687)
GSVA (2435)
Gviz (14066)
gwascat (1886)
GWASTools (2933)

H

h5vc (1562)
hapFabia (1636)
Harshlight (1729)
HCsnip (1496)
HDTD (63)
healthyFlowData (3)
Heatplus (6081)
HELP (1695)
HEM (1643)
hem (1)
hexbin (195)
hiAnnotator (77)
highthroughputassays (40)
HilbertVis (3091)
hilbertvis (1)
HilbertVisGUI (1554)
hiReadsProcessor (3)
HiTC (1784)
HMMcopy (1806)
hopach (2932)
hpar (1765)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2687)
HTSanalyzeR (2157)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (442)
htseqtools (2)
htSeqTools (2009)
HTSFilter (1797)
HybridMTest (1619)
hyperdraw (1848)
hypergraph (2363)

I

iASeq (1834)
iBBiG (1653)
ibh (1570)
iBMQ (1491)
Icens (3283)
iChip (1649)
iClusterPlus (906)
idiogram (1748)
IdMappingAnalysis (1594)
IdMappingRetrieval (1617)
iFlow (322)
Illumina450ProbeVariants.db (3)
illuminaio (8870)
imageHTS (1760)
impute (20627)
INPower (761)
inSilicoDb (2364)
inSilicoMerging (2183)
intansv (1502)
interactiveDisplay (2079)
interactiveDisplayBase (40)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (44)
inveRsion (1604)
inversion (1)
iontree (1592)
iPAC (1658)
IPPD (1781)
IRanges (95529)
iranges (1)
iSeq (1648)
isobar (1992)
IsoGeneGUI (1674)
iSPlot (2)
ITALICS (1624)
iterativeBMA (1653)
iterativeBMAsurv (1660)

J

jmosaics (1512)
joda (1604)

K

KCsmart (1656)
KEGGgraph (6425)
keggorth (13)
keggorthology (1914)
KEGGprofile (2007)
KEGGREST (6193)
KEGGSOAP (714)

L

lapmix (1780)
LBE (1945)
les (1676)
limma (60114)
limmaGUI (3031)
LiquidAssociation (1658)
liquidassociation (1)
lmdme (1598)
LMGene (1966)
logicFS (2178)
logitt (1)
logitT (1711)
lol (1667)
LPE (2120)
LPEadj (1618)
lpNet (1570)
lumi (8732)
LVSmiRNA (1764)

M

M3D (17)
maanova (2406)
macat (1661)
maCorrPlot (1624)
maDB (579)
madb (1)
made4 (4015)
maigesPack (1656)
makecdfenv (3263)
makePlatformDesign (33)
MANOR (1665)
manta (1659)
MantelCorr (1659)
maPredictDSC (1380)
marray (10535)
maSigPro (2639)
maskBAD (1568)
MassArray (1785)
massiR (766)
MassSpecWavelet (3094)
matchBox (1613)
matchprobes (123)
MBASED (13)
MBCB (1686)
mBPCR (1629)
mcaGUI (1659)
MCRestimate (1872)
mdqc (1842)
MeasurementError.cor (1569)
MEDIPS (2431)
MEDME (1660)
MEIGOR (19)
MergeMaid (2379)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (833)
meshr (799)
messina (791)
metaArray (2285)
metabomxtr (6)
metagene (7)
metagenomeSeq (2276)
metahdep (1615)
metaMS (835)
metaMSdata (3)
metaR (23)
metaSeq (1385)
metaseqR (789)
methVisual (1749)
methyAnalysis (2291)
MethylAid (61)
MethylMix (4)
methylMnM (1415)
methylPipe (33)
MethylSeekR (1721)
methylumi (7929)
Mfuzz (3544)
mfuzz (1)
mgsa (1825)
MiChip (1603)
microRNA (2478)
MIMOSA (807)
MineICA (1552)
minet (3681)
minfi (8927)
MinimumDistance (1589)
MiPP (1686)
MiRaGE (1623)
miRNApath (1926)
miRNAtap (6)
Mirsynergy (814)
missMethyl (19)
mitoODE (1296)
MLInterfaces (2880)
MLP (1702)
MLSeq (838)
MMDiff (1584)
mmnet (886)
MmPalateMiRNA (1722)
monocle (136)
MoPS (55)
mosaics (1928)
MotifDb (2862)
motifRG (1728)
motifStack (2604)
MotIV (2934)
MPFE (2)
mQTL.NMR (20)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1374)
msmsTests (1357)
MSnbase (3134)
msQC (55)
MSstats (1708)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1686)
MultiMed (16)
multiscan (1584)
multtest (26374)
MVCClass (1698)
mzID (1813)
mzR (17934)

N

NarrowPeaks (1668)
ncdfFlow (3514)
NCIgraph (1986)
neaGUI (1452)
nem (1720)
netbiov (20)
NetPathMiner (823)
netresponse (1661)
NetSAM (1469)
networkBMA (1565)
NGScopyData (4)
nnNorm (1610)
NOISeq (2947)
nondetects (796)
NormqPCR (1974)
npGSEA (800)
NTW (1607)
nucleR (1724)
nucler (1)
nudge (1612)
NuPoP (1652)

O

occugene (1702)
OCplus (1839)
oligo (9254)
oligoClasses (10139)
OLIN (1748)
OLINgui (1620)
omicade4 (1514)
OmicCircos (1871)
OncoSimulR (5)
oneChannelGUI (2490)
ontoCAT (1797)
ontoTools (52)
openCyto (1427)
oposSOM (33)
OrderedList (2489)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (2997)
OSAT (1551)
OTUbase (1733)
OutlierD (1789)

P

PADOG (1607)
paircompviz (1378)
pairseqsim (5)
pamr (52)
PAnnBuilder (1824)
panp (1861)
PANR (1595)
PAPi (1550)
parody (2042)
pathifier (1387)
PathNet (1513)
pathRender (1787)
pathview (4854)
PatientGeneSets (82)
Pbase (25)
pcaGoPromoter (1948)
pcaMethods (6263)
pcot2 (1624)
PCpheno (1637)
pdInfoBuilder (2489)
pdmclass (1747)
PECA (906)
pepDat (4)
pepStat (5)
PGSEA (2288)
pgUtils (695)
phenoDist (1492)
phenoTest (1753)
PhenStat (832)
phyloseq (4347)
piano (2373)
pickgene (1619)
PICS (2399)
PING (1723)
pint (1690)
pkgDepTools (1939)
pkgdeptools (2)
plateCore (1663)
plethy (1347)
plgem (1655)
plier (3015)
PLPE (1742)
plrs (1495)
plw (1606)
Polyfit (31)
ppiStats (1756)
prada (3327)
prebs (1521)
PREDA (1677)
predictionet (924)
preprocessCore (36642)
PROcess (2243)
procoil (1574)
ProCoNA (1407)
pRoloc (1590)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (41)
PROMISE (1627)
prot2D (1390)
proteinProfiles (1427)
proteoQC (14)
PSICQUIC (1527)
puma (1936)
pvac (1649)
pvca (1721)
Pviz (36)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1919)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1294)
QDNAseq (888)
qpcrNorm (1786)
qpgraph (2738)
qrqc (2094)
QUALIFIER (1312)
quantro (7)
quantsmooth (3376)
QuasR (3788)
qusage (1409)
qvalue (14706)

R

r3Cseq (1707)
R453Plus1Toolbox (1741)
rama (1782)
RamiGO (2176)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1558)
RankProd (4100)
Rariant (792)
RbcBook1 (1777)
RBGL (22997)
rbioinf (1)
RBioinf (1825)
rBiopaxParser (1713)
Rbowtie (3632)
rbsurv (1755)
Rcade (1573)
RCASPAR (1610)
Rchemcpp (1431)
RchyOptimyx (1702)
Rcpi (1326)
RCytoscape (3858)
RDAVIDWebService (1978)
Rdbi (41)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1986)
RDRToolbox (2023)
ReactomePA (2473)
ReadqPCR (2062)
reb (1617)
RedeR (2209)
REDseq (1844)
RefNet (786)
RefNet.db (3)
RefPlus (1679)
Repitools (2880)
ReportingTools (5110)
ReQON (1644)
Resourcerer (1651)
rflowcyt (35)
rfPred (1367)
rGADEM (3323)
RGalaxy (1722)
rgl (1)
Rgraphviz (20767)
RGSEA (52)
rhdf5 (12397)
rHVDM (1597)
riboSeq (43)
Ringo (3338)
Rintact (17)
RIPSeeker (1784)
Risa (1666)
RLMM (1627)
RMAGEML (18)
rmagpie (1)
Rmagpie (1626)
RMAPPER (1583)
RMassBank (1659)
rMAT (995)
RmiR (1961)
RNAinteract (1631)
RNAither (1727)
rnaither (1)
rnaSeqMap (1733)
RNASeqPower (1706)
Rnits (2)
roar (831)
ROC (5033)
Roleswitch (1380)
Rolexa (1775)
rols (1817)
ROntoTools (1610)
RPA (1845)
RpsiXML (1919)
rpx (887)
rqubic (1648)
rRDPData (4)
Rredland (7)
RRHO (1472)
rrp (1)
rsamtools (3)
Rsamtools (42382)
rsbml (2055)
rSFFreader (883)
RSNPper (9)
Rsubread (2758)
RSVSim (1555)
rTANDEM (1846)
RTCA (1683)
RTN (1514)
RTools4TB (31)
RTopper (1647)
rtracklayer (38665)
Rtreemix (1670)
rTRM (1455)
rTRMui (1363)
Ruuid (59)
RUVnormalize (6)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (152)
RWebServices (385)
rxSeq (2)

S

S4Vectors (1745)
safe (1890)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1680)
SAGx (2028)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1774)
sangerseqR (840)
SANTA (1464)
sapFinder (819)
savR (743)
SBMLR (1756)
SCAN.UPC (2052)
ScISI (1804)
scsR (760)
SeattleIntro2010 (3)
SeattleIntro2011 (1)
SeattleIntro2011Data (1)
SeattleIntro2012 (2)
SeattleIntro2012Data (3)
segmentSeq (1807)
SemDist (5)
SemSim (22)
SeqArray (1638)
seqbias (1824)
seqCNA (1401)
SeqGSEA (2235)
seqLogo (5812)
Seqnames (31)
SequenceAnalysis (8)
SequenceAnalysisData (56)
SeqVarTools (1421)
shinyMethyl (64)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1359)
ShortRead (15698)
sigaR (1650)
SigFuge (1381)
siggenes (11155)
sigPathway (2234)
SIM (1682)
SimBindProfiles (1306)
simpleaffy (11674)
simulatorAPMS (43)
sizepower (2044)
SJava (474)
SLGI (1669)
slgi (1)
SLqPCR (2010)
SMAP (1621)
SNAGEE (1447)
snapCGH (2162)
snm (1824)
SNPchip (3253)
snpMatrix (297)
SNPRelate (7)
snpStats (5760)
SomatiCA (1573)
SomaticSignatures (950)
SpacePAC (1334)
spade (2200)
SpeCond (1693)
SPEM (1430)
SPIA (3051)
spikeLI (1574)
spkTools (1588)
splicegear (1623)
spliceR (1851)
spliceSites (1360)
SplicingGraphs (1621)
splots (2703)
spotSegmentation (1631)
SQUADD (1534)
SRAdb (3503)
sRAP (1519)
sscore (1595)
sSeq (1366)
ssize (2051)
SSPA (1855)
ssviz (46)
stam (5)
STAN (12)
staRank (1540)
Starr (1818)
stepNorm (1598)
stepwiseCM (1574)
Streamer (1805)
STRINGdb (1645)
StudentGWAS (5)
supraHex (1441)
survcomp (3403)
Sushi (940)
sva (6776)
SwimR (1290)
switchBox (2)
synapter (1726)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1398)
TargetSearch (1735)
TCC (1960)
TDARACNE (1735)
TEQC (1822)
ternarynet (1552)
tfbstools (1)
TFBSTools (1787)
tigre (1709)
tilingArray (2406)
timecourse (2100)
TitanCNA (814)
tkWidgets (6609)
topGO (7362)
trackViewer (861)
tRanslatome (1484)
TransView (1637)
triform (1524)
trigger (1626)
trio (1593)
triplex (1570)
tspair (1768)
TSSi (1669)
TurboNorm (1671)
tweeDEseq (1966)
twilight (2611)
typeinfo (1)
TypeInfo (1664)

U

UNDO (769)
unifiedWMWqPCR (787)
UniProt.ws (1995)

V

VanillaICE (1948)
VariantAnnotation (17087)
VariantFiltering (920)
variants (179)
VariantTools (1000)
vbmp (2023)
Vega (1624)
VegaMC (1634)
viper (780)
virtualArray (2268)
vsn (14570)
vtpnet (1379)

W

wateRmelon (3015)
wavClusteR (68)
waveTiling (1575)
weaver (2079)
webbioc (1716)
widgetTools (6573)

X

xcms (17726)
XDE (1651)
xmapbridge (1583)
xmapcore (280)
XML2R (2)
xps (2441)
xtable (1)
XVector (44275)

Y

yaqcaffy (1941)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (60244)