Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-07-03 10:41:23 -0700 (Fri, 03 Jul 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (167527)
2BiocGenerics (124196)
3Biobase (109595)
4IRanges (109568)
5AnnotationDbi (102863)
6GenomeInfoDb (88789)
7zlibbioc (78326)
8S4Vectors (69860)
9limma (68557)
10Biostrings (67004)
11GenomicRanges (65985)
12XVector (63659)
13annotate (55821)
14Rsamtools (50805)
15genefilter (50144)
16BiocParallel (49480)
17graph (47221)
18biomaRt (47116)
19rtracklayer (45798)
20GenomicAlignments (44121)
21GenomicFeatures (43697)
22preprocessCore (41374)
23affy (38978)
24BSgenome (36166)
25affyio (35013)
26geneplotter (33752)
27edgeR (33101)
28RBGL (30035)
29multtest (28952)
30DESeq2 (28459)
31Rgraphviz (24586)
32VariantAnnotation (24088)
33impute (22967)
34GEOquery (22838)
35biovizBase (22385)
36DESeq (21896)
37Gviz (17949)
38qvalue (17865)
39rhdf5 (17582)
40GSEABase (17547)
41gcrma (16372)
42Category (16233)
43ShortRead (15246)
44AnnotationForge (14947)
45vsn (14457)
46GOstats (13701)
47cummeRbund (12954)
48affyPLM (12488)
49illuminaio (12477)
50siggenes (12409)
51ggbio (11208)
52DNAcopy (10896)
53oligoClasses (10518)
54marray (10194)
55minfi (9905)
56affxparser (9802)
57OrganismDbi (9791)
58simpleaffy (9754)
59topGO (9556)
60sva (9474)
61KEGGREST (9461)
62EBImage (9396)
63oligo (9322)
64bumphunter (9288)
65lumi (9010)
66annaffy (8438)
67methylumi (8203)
68mzR (8161)
69pcaMethods (7568)
70KEGGgraph (7562)
71DynDoc (7315)
72DEXSeq (7200)
73xcms (6806)
74snpStats (6532)
75Heatplus (6511)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Aug/201436638680771
Sep/201448363780498
Oct/201444593824616
Nov/201432728816800
Dec/201430622721197
Jan/2015317211091008
Feb/201531961751161
Mar/201538387948940
Apr/201538853947720
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/2015467778996
All months2793859400199

A

a4 (2108)
a4Base (2263)
a4Classif (2078)
a4Core (2310)
a4Preproc (2293)
a4Reporting (2072)
ABarray (2045)
ABSSeq (1607)
acde (22)
acepack (1)
aCGH (2757)
ACME (2021)
ADaCGH2 (1826)
adSplit (1852)
affxparser (9802)
affy (38978)
affycomp (2819)
AffyCompatible (2067)
affyContam (1928)
affycoretools (5241)
affydata (2)
AffyExpress (2012)
affyILM (1794)
affyio (35013)
affylmGUI (3038)
affyPara (1814)
affypdnn (2236)
affyPLM (12488)
affyQCReport (5115)
AffyRNADegradation (1756)
AffyTiling (1790)
AGDEX (1726)
Agi4x44PreProcess (485)
agilp (2234)
AgiMicroRna (2214)
AIMS (331)
ALDEx2 (1085)
AllelicImbalance (1715)
alsace (1474)
altcdfenvs (1838)
ampliQueso (1554)
AnalysisPageServer (256)
annaffy (8438)
AnnBuilder (24)
annmap (994)
annotate (55821)
annotation (234)
AnnotationDbi (102863)
AnnotationForge (14947)
AnnotationFuncs (1872)
AnnotationHub (3785)
annotationTools (2525)
anota (1854)
antiProfiles (1611)
apComplex (1885)
applera (1)
aroma.light (5213)
ArrayExpress (4461)
ArrayExpressHTS (1030)
arrayMagic (14)
arrayMvout (1728)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (2404)
arrayQualityMetrics (4956)
arrays (373)
ArrayTools (2254)
ArrayTV (1549)
ARRmNormalization (1604)
ASEB (1654)
ASGSCA (996)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1290)
ASSET (1559)
ASSIGN (1472)
AtlasRDF (1534)
attract (1692)

B

BAC (1666)
BADER (1539)
BAGS (1531)
ballgown (1690)
bamsignals (281)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1563)
Basic4Cseq (1648)
BatchJobs (1)
BayesPeak (2780)
baySeq (4387)
BBmisc (1)
BCRANK (1961)
beadarray (6223)
beadarraySNP (1871)
BeadDataPackR (5843)
BeadExplorer (4)
BEAT (1438)
BEclear (241)
betr (1953)
bgafun (1625)
BGmix (950)
bgx (1764)
BHC (2138)
BicARE (1799)
BiGGR (1585)
bigmemoryExtras (951)
bioassayR (1879)
Biobase (109595)
BiocCaseStudies (1755)
BiocCheck (2269)
biocDatasets (20)
BiocGenerics (124196)
biocGraph (1846)
BiocInstaller (167527)
Biocinstaller (1)
BiocParallel (49480)
BiocStyle (5541)
biocViews (3132)
bioDist (3954)
biomaRt (47116)
BioMVCClass (1678)
biomvRCNS (1602)
BioNet (2989)
BioSeqClass (1818)
Biostrings (67004)
biosvd (1456)
biovizBase (22385)
BiRewire (1641)
birta (1683)
birte (275)
BiSeq (2239)
bitops (1)
BitSeq (2473)
blima (1014)
BRAIN (2034)
BrainStars (1678)
brew (1)
bridge (1694)
BridgeDbR (950)
BrowserViz (212)
BrowserVizDemo (161)
BSgenome (36166)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (1)
bsseq (2939)
BubbleTree (290)
BufferedMatrix (1717)
BufferedMatrixMethods (1660)
bumphunter (9288)
BUS (1559)

C

CAFE (1463)
CAGEr (1853)
CALIB (1637)
CAMERA (3316)
canceR (262)
cancerclass (1601)
CancerMutationAnalysis (1741)
CAnD (230)
caOmicsV (2)
Cardinal (299)
casper (1642)
Category (16233)
categoryCompare (1594)
CausalR (10)
ccrepe (1444)
cellGrowth (1587)
cellHTS (1637)
cellHTS2 (2590)
CellNOptR (1969)
CexoR (1511)
CFAssay (905)
CGEN (1843)
CGHbase (2333)
CGHcall (2172)
cghMCR (2963)
CGHnormaliter (1608)
CGHregions (1718)
ChAMP (2702)
charm (1870)
checkmate (1)
ChemmineOB (2182)
ChemmineR (3576)
chimera (2592)
chipenrich (1534)
ChIPpeakAnno (6000)
ChIPQC (1747)
ChIPseeker (2423)
chipseq (3913)
ChIPseqR (1927)
ChIPsim (1843)
ChIPXpress (889)
chopsticks (1896)
chroGPS (1550)
chromDraw (237)
ChromHeatMap (1707)
ChromoViz (3)
cisPath (1553)
ClassifyR (998)
cleanUpdTSeq (1397)
cleaver (1839)
clippda (1524)
clipper (1749)
Clomial (1364)
Clonality (1537)
clonotypeR (1433)
clst (1537)
clstutils (1440)
clusterProfiler (3988)
clusterStab (1719)
CMA (2066)
cn.farms (1554)
cn.mops (2865)
CNAnorm (1697)
CNEr (1719)
CNORdt (1485)
CNORfeeder (1434)
CNORfuzzy (1470)
CNORode (1565)
CNTools (1955)
cnvGSA (1496)
CNVPanelizer (1)
CNVrd2 (1434)
CNVtools (1681)
cobindR (1433)
CoCiteStats (1630)
codelink (1668)
CODEX (384)
CoGAPS (1061)
cogena (270)
coGPS (1474)
COHCAP (1605)
colorspace (1)
coMET (296)
COMPASS (1385)
compcodeR (1556)
compEpiTools (1046)
CompGO (1393)
ComplexHeatmap (479)
ConsensusClusterPlus (3019)
conumee (272)
convert (2735)
copa (1618)
COPDSexualDimorphism (1222)
CopyhelpeR (4)
copynumber (1924)
CopyNumber450k (1429)
CopywriteR (281)
CoRegNet (994)
Cormotif (1513)
CorMut (1544)
coRNAi (1452)
CORREP (1549)
cosmiq (910)
cosmo (101)
cosmoGUI (104)
COSNet (877)
CoverageView (959)
cpvSNP (236)
cqn (2138)
CRImage (1744)
CRISPRseek (1625)
crlmm (2713)
CSAR (1966)
csaw (1095)
CSSP (1385)
ctc (3771)
cummeRbund (12954)
cummerbund (1)
customProDB (1584)
cycle (1579)
cytofkit (262)

D

dagLogo (1427)
daMA (1533)
DART (1479)
DASiR (1409)
DAVIDQuery (1942)
DBChIP (1646)
DBI (1)
ddCt (2016)
ddgraph (1517)
DECIPHER (1894)
DeconRNASeq (1585)
DEDS (1567)
deepSNV (1700)
DEGraph (1787)
DEGreport (920)
DEGseq (3436)
deltaGseg (1342)
DeMAND (3)
derfinder (1108)
derfinderData (4)
derfinderHelper (1091)
derfinderPlot (965)
DESeq (21896)
deseq (1)
DESeq2 (28459)
destiny (1)
DEXSeq (7200)
dexus (1498)
DFP (1516)
dichromat (1)
DiffBind (3751)
diffGeneAnalysis (1547)
diffHic (262)
digest (1)
diggit (229)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2081)
dks (1397)
DMRcaller (232)
DMRcate (1671)
DMRforPairs (1382)
DNAcopy (10896)
DNaseR (1278)
domainsignatures (1528)
DOQTL (998)
DOSE (4397)
DriverNet (1524)
DrugVsDisease (1569)
DSS (1896)
DTA (1482)
dualKS (1486)
DupChecker (856)
dyebias (1519)
DynDoc (7315)

E

EasyqpcR (1755)
easyRNASeq (3650)
EBarrays (2271)
EBcoexpress (1539)
EBImage (9396)
EBSeq (3550)
EBSeqHMM (928)
ecolitk (1541)
EDASeq (3446)
edd (44)
EDDA (1447)
edge (347)
edgeR (33101)
eiR (887)
eisa (1849)
ELBOW (1362)
ELMER (8)
ELMER.data (8)
EMDomics (256)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (235)
ENmix (269)
EnrichmentBrowser (1041)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (292)
ensemblVEP (2148)
ENVISIONQuery (1477)
epigenomix (1499)
epivizr (1825)
eQTL (31)
erccdashboard (1023)
ExiMiR (1609)
exomeCopy (2106)
exomePeak (1534)
exonfindR (251)
exonmap (80)
explorase (1203)
ExpressionView (1529)
externalVector (127)

F

fabia (2118)
facopy (909)
facopy.annot (5)
factDesign (1724)
fail (1)
farms (1673)
fastLiquidAssociation (981)
fastseg (1535)
fbat (17)
fCI (1)
fdrame (1584)
FEM (963)
ffpe (1539)
FGNet (1844)
FISHalyseR (222)
flagme (1555)
flipflop (1474)
flowBeads (1363)
flowBin (1327)
flowcatchR (916)
flowCHIC (905)
flowCL (1350)
flowClean (933)
flowClust (2572)
flowCore (6438)
flowCyBar (1316)
flowDensity (1112)
flowFit (1397)
flowFlowJo (1436)
flowFP (1718)
flowMap (1431)
flowMatch (1360)
flowMeans (1951)
flowMerge (1777)
flowPeaks (1609)
flowPhyto (1288)
flowPlots (1548)
flowQ (1263)
flowQB (1472)
FlowRepositoryR (225)
FlowSOM (257)
flowStats (3514)
flowTrack (2)
flowTrans (1609)
flowType (1612)
flowUtils (1893)
flowViz (5018)
flowVS (245)
flowWorkspace (4199)
fmcsR (2169)
focalCall (900)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (959)
FRGEpistasis (1282)
frma (2518)
frmaTools (1709)
FunciSNP (1651)

G

gaga (1681)
gage (4591)
gaggle (1492)
gaia (1455)
gaucho (1302)
gCMAP (1710)
gCMAPWeb (1462)
gcrma (16372)
gdsfmt (2351)
geecc (908)
genArise (1529)
GENE.E (1760)
gene2pathway (117)
GeneAnswers (2447)
GeneExpressionSignature (1616)
genefilter (50144)
genefu (2187)
GeneGA (874)
GeneGroupAnalysis (101)
GeneMeta (1995)
GeneNetworkBuilder (1611)
GeneOverlap (1440)
geneplotter (33752)
GeneR (58)
geneRecommender (1576)
GeneRegionScan (1501)
generegulation (58)
GeneRfold (28)
geneRxCluster (1321)
GeneSelectMMD (1444)
GeneSelector (1906)
GENESIS (227)
GeneSpring (36)
geNetClassifier (1625)
GeneticsBase (15)
GeneticsDesign (1568)
GeneticsPed (1635)
GeneTraffic (28)
GeneTS (5)
genoCN (1517)
genomation (321)
GenomeGraphs (3456)
GenomeInfoDb (88789)
genomeIntervals (4449)
genomes (1794)
GenomicAlignments (44121)
GenomicFeatures (43697)
GenomicFiles (1818)
GenomicInteractions (921)
GenomicRanges (65985)
GenomicTuples (921)
Genominator (1949)
genoset (2408)
GenoView (864)
GEOmetadb (2592)
GEOquery (22838)
geoquery (1)
GEOsubmission (1543)
gespeR (228)
GEWIST (1367)
gff3Plotter (2)
GGBase (2767)
ggbio (11208)
GGtools (2219)
ggtree (554)
girafe (1902)
GLAD (2520)
GlobalAncova (1889)
globaltest (4016)
gmapR (863)
GOexpress (1166)
GOFunction (1848)
GoogleGenomics (244)
goProfiles (2053)
GOSemSim (5205)
goseq (5052)
GOSim (1870)
GOstats (13701)
GOsummaries (1070)
GOTHiC (1374)
goTools (2130)
gpls (2152)
gprege (1446)
gQTLBase (377)
gQTLstats (385)
graph (47221)
GraphAlignment (1514)
GraphAT (1456)
graphite (3089)
GraphPAC (1405)
GRENITS (1528)
GreyListChIP (228)
grndata (4)
groHMM (922)
GSAR (940)
GSCA (1360)
GSEABase (17547)
GSEAlm (2124)
GSReg (884)
GSRI (1516)
GSVA (2400)
gtrellis (233)
Gviz (17949)
gwascat (2064)
GWASTools (2822)

H

h5vc (1514)
hapFabia (1470)
Harshlight (1493)
HCsnip (1437)
HDTD (869)
Heatplus (6511)
HELP (1531)
HEM (1482)
hexbin (145)
hiAnnotator (889)
HIBAG (254)
highthroughputassays (35)
HilbertVis (2874)
HilbertVisGUI (1155)
hiReadsProcessor (858)
HiTC (1658)
Hmisc (1)
HMMcopy (1728)
hopach (2823)
hpar (1830)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2640)
HTSanalyzeR (1930)
HTSandGeneCentricLabs (1)
HTSeqGenie (428)
htSeqTools (1871)
HTSFilter (1739)
HybridMTest (1412)
hyperdraw (1735)
hypergraph (2340)

I

iASeq (1397)
iBBiG (1506)
ibh (1387)
iBMQ (1450)
Icens (3045)
iChip (1466)
iClusterPlus (4582)
IdeoViz (938)
idiogram (1545)
IdMappingAnalysis (1389)
IdMappingRetrieval (1416)
iFlow (95)
illuminaio (12477)
imageHTS (1573)
immunoClust (233)
IMPCdata (809)
impute (22967)
InPAS (218)
INPower (1245)
inSilicoDb (2262)
inSilicoMerging (2174)
intansv (1457)
interactiveDisplay (4728)
interactiveDisplayBase (4299)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (6)
inveRsion (1419)
IONiseR (5)
iontree (1403)
iPAC (1503)
IPPD (1745)
IRanges (109568)
iSeq (1511)
isobar (1996)
IsoGeneGUI (1529)
iSPlot (2)
ITALICS (1463)
iterativeBMA (1509)
iterativeBMAsurv (1472)
iterators (1)
IVAS (218)

J

jmosaics (1415)
joda (1433)

K

KCsmart (1488)
kebabs (1034)
KEGGgraph (7562)
keggorth (15)
keggorthology (1747)
KEGGprofile (2148)
KEGGREST (9461)
KEGGSOAP (246)
KFAS (1)

L

labeling (1)
lapmix (1436)
latticeExtra (1)
LBE (1712)
LEA (271)
les (1522)
liftOver (6)
limma (68557)
limmaGUI (2618)
LiquidAssociation (1463)
lmdme (1495)
LMGene (1704)
logicFS (2099)
logitT (1477)
lol (1428)
LowMACA (228)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (1822)
LPEadj (1439)
lpNet (1399)
lumi (9010)
LVSmiRNA (1565)

M

M3D (944)
maanova (2187)
macat (1510)
maCorrPlot (1448)
maDB (121)
made4 (3731)
maigesPack (1503)
MAIT (1006)
makecdfenv (3058)
makePlatformDesign (25)
MANOR (1510)
manta (1439)
MantelCorr (1437)
mAPKL (262)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1413)
marray (10194)
maSigPro (2512)
maskBAD (1422)
MassArray (1504)
massiR (1339)
MassSpecWavelet (3104)
matchBox (1422)
matchprobes (100)
MatrixRider (218)
MBAmethyl (821)
MBASED (932)
MBCB (1511)
mBPCR (1460)
mcaGUI (1444)
MCRestimate (1526)
mdgsa (227)
mdqc (1651)
MeasurementError.cor (1401)
MEDIPS (2268)
MEDME (1531)
MEIGOR (831)
MergeMaid (2055)
MeSHDbi (1671)
meshr (1414)
MeSHSim (222)
messina (1254)
metaArray (1970)
Metab (921)
metabomxtr (852)
metagene (906)
metagenomeSeq (3686)
metahdep (1459)
metaMS (1442)
metaSeq (1470)
metaseqR (1491)
MethTargetedNGS (212)
methVisual (1519)
methyAnalysis (2105)
MethylAid (1025)
MethylMix (1006)
methylMnM (1405)
methylPipe (1163)
MethylSeekR (1634)
methylumi (8203)
Mfuzz (3660)
MGFM (868)
mgsa (1603)
MiChip (1451)
microRNA (2162)
MIMOSA (1294)
MineICA (1421)
minet (4338)
minfi (9905)
MinimumDistance (1487)
minionSummaryData (4)
MiPP (1471)
MiRaGE (1470)
mirIntegrator (3)
miRNApath (1670)
miRNAtap (943)
Mirsynergy (1285)
missMethyl (1023)
mitoODE (1285)
MLInterfaces (2999)
MLP (1484)
MLSeq (1505)
MMDiff (1512)
mmnet (1433)
MmPalateMiRNA (1480)
mogsa (218)
monocle (1389)
MoPS (819)
mosaics (1709)
MotifDb (2557)
motifRG (1526)
motifStack (2618)
MotIV (2811)
MPFE (811)
mQTL.NMR (868)
msa (309)
MSGFgui (1090)
MSGFplus (1156)
msmsEDA (1475)
msmsTests (1477)
MSnbase (3716)
MSnID (1100)
msQC (5)
MSstats (1814)
mtbls2 (1)
Mulcom (1699)
MultiMed (815)
multiscan (1430)
multtest (28952)
munsell (1)
muscle (384)
MVCClass (1554)
mvGST (885)
mygene (1351)
mzID (2943)
mzR (8161)

N

NanoStringQCPro (250)
NarrowPeaks (1474)
ncdfFlow (3611)
NCIgraph (1815)
neaGUI (1584)
nem (1641)
netbenchmark (260)
netbiov (935)
nethet (221)
NetPathMiner (1360)
netresponse (1460)
NetSAM (1359)
networkBMA (1514)
NGScopy (845)
NGScopyData (4)
nnNorm (1461)
NOISeq (3379)
nondetects (1293)
NormqPCR (2003)
npGSEA (1361)
NTW (1362)
nucleR (1589)
nudge (1421)
NuPoP (1432)

O

occugene (1348)
OCplus (1731)
OGSA (1)
oligo (9322)
oligoClasses (10518)
OLIN (1504)
OLINgui (1459)
omicade4 (1571)
OmicCircos (2231)
OmicsMarkeR (218)
OncoSimulR (706)
oneChannelGUI (2196)
ontoCAT (1569)
ontoTools (40)
openCyto (1726)
OperaMate (5)
oposSOM (995)
OrderedList (2544)
org.Hs.eg.db (1)
OrganismDbi (9791)
OSAT (1362)
OTUbase (1502)
OutlierD (1573)

P

PAA (930)
PADOG (1487)
paircompviz (1360)
pairseqsim (4)
pamr (37)
pandaR (246)
PAnnBuilder (1602)
panp (1595)
PANR (1430)
PAPi (1436)
parglms (205)
parody (2004)
pathifier (1500)
PathNet (1429)
pathRender (1446)
pathview (5894)
PatientGeneSets (36)
paxtoolsr (1110)
Pbase (881)
pcaGoPromoter (1481)
pcaMethods (7568)
pcot2 (1565)
PCpheno (1384)
pdInfoBuilder (2207)
pdmclass (1496)
PECA (1274)
pepStat (863)
pepXMLTab (840)
PGA (2)
PGSEA (2318)
pgUtils (142)
phenoDist (1378)
phenoTest (1658)
PhenStat (1240)
phyloseq (5930)
piano (2529)
pickgene (1436)
PICS (2079)
PING (1540)
pint (1488)
pkgDepTools (1719)
plateCore (1470)
plethy (1345)
plgem (1538)
plier (2891)
PLPE (1441)
plrs (1366)
plw (1427)
plyr (1)
pmm (206)
podkat (228)
polyester (1008)
Polyfit (846)
ppiStats (1545)
prada (3134)
prebs (1415)
PREDA (1449)
predictionet (804)
preprocessCore (41374)
Prize (2)
proBAMr (805)
PROcess (2152)
procoil (1359)
ProCoNA (1374)
pRoloc (1722)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (916)
PROMISE (1435)
PROPER (239)
prot2D (1389)
proteinProfiles (1311)
proteomics (9)
proteoQC (907)
ProtGenerics (1345)
PSEA (832)
PSICQUIC (1594)
puma (1883)
pvac (1492)
pvca (1667)
Pviz (923)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (1867)
pwOmics (166)

Q

qcmetrics (1349)
QDNAseq (1523)
qpcrNorm (1540)
qpgraph (2469)
qrqc (1961)
QUALIFIER (1420)
quantro (982)
quantsmooth (3483)
QuartPAC (213)
QuasR (2858)
qusage (1424)
qvalue (17865)

R

R3CPET (210)
r3Cseq (1645)
R453Plus1Toolbox (1517)
rain (937)
rama (1633)
RamiGO (1941)
randPack (1415)
RankProd (3754)
RareVariantVis (6)
Rariant (1284)
RbcBook1 (1560)
RBGL (30035)
RBioinf (1564)
rBiopaxParser (1648)
RBM (233)
Rbowtie (2915)
rbsurv (1468)
Rcade (1394)
RCASPAR (1356)
rcellminer (242)
rcellminerData (4)
rCGH (1)
Rchemcpp (1331)
RchyOptimyx (1491)
RColorBrewer (1)
Rcpi (1880)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (155)
RCytoscape (3521)
RDAVIDWebService (2867)
Rdbi (38)
RdbiPgSQL (21)
Rdisop (1921)
RDRToolbox (2063)
ReactomePA (2502)
ReadqPCR (2081)
reb (1428)
RedeR (2124)
REDseq (1552)
RefNet (1295)
RefPlus (1525)
regioneR (226)
regionReport (886)
Repitools (2904)
ReportingTools (5926)
ReQON (1394)
Resourcerer (668)
rflowcyt (41)
rfPred (1291)
rGADEM (3202)
RGalaxy (1427)
Rgraphviz (24586)
rGREAT (226)
RGSEA (911)
rgsepd (218)
rhdf5 (17582)
Rhtslib (329)
rHVDM (1454)
riboSeq (26)
riboSeqR (938)
Ringo (3375)
rintact (1)
Rintact (25)
RIPSeeker (1598)
Risa (1426)
RLMM (1412)
RMAGEML (14)
Rmagpie (1452)
RMAPPER (662)
RMassBank (1578)
rMAT (972)
RmiR (1692)
RNAinteract (1395)
RNAither (1473)
RNAprobR (204)
rnaseqcomp (1)
rnaseqGene (743)
rnaSeqMap (1619)
RNASeqPower (1773)
RnaSeqSampleSize (231)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (458)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (861)
roar (1259)
ROC (5227)
Roleswitch (1339)
Rolexa (1504)
rols (1828)
ROntoTools (1553)
RPA (1558)
RpsiXML (1680)
rpx (1877)
Rqc (891)
rqubic (1577)
rRDP (836)
rRDPData (5)
Rredland (8)
RRHO (1391)
Rsamtools (50805)
rsbml (1934)
rSFFreader (811)
RSNPper (16)
RSQLite (1)
Rsubread (4046)
RSVSim (1527)
rTANDEM (1933)
RTCA (1494)
RTCGAToolbox (44)
RTN (1553)
RTools4TB (37)
RTopper (1462)
rtracklayer (45798)
Rtreemix (1413)
rTRM (1352)
rTRMui (1302)
Ruuid (50)
RUVcorr (211)
RUVnormalize (911)
RUVnormalizeData (3)
RUVSeq (1706)
RWebServices (301)

S

S4Vectors (69860)
safe (1895)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1412)
SAGx (1910)
SamSPECTRAL (1532)
sangerseqR (2247)
SANTA (1364)
sapFinder (1263)
saps (242)
savR (1393)
SBMLR (1509)
scales (1)
SCAN.UPC (1842)
ScISI (1581)
SCLCBam (4)
scsR (1233)
SeattleIntro2010 (7)
segmentSeq (1671)
SELEX (214)
SemDist (805)
SemSim (14)
sendmailR (1)
seq2pathway (251)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1555)
seqbias (1601)
seqCNA (1373)
SeqGSEA (2212)
seqLogo (6317)
seqPattern (213)
seqplots (1088)
seqTools (912)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (25)
SeqVarTools (1391)
SGSeq (870)
shinyMethyl (1165)
shinyTANDEM (1359)
ShortRead (15246)
sidap (5)
sigaR (1522)
SigCheck (859)
SigFuge (1333)
siggenes (12409)
sigPathway (2092)
sigsquared (206)
SIM (1525)
SIMAT (213)
SimBindProfiles (1301)
similaRpeak (207)
simpleaffy (9754)
simulatorAPMS (22)
simulatorZ (836)
sincell (277)
sizepower (1679)
SJava (353)
skewr (207)
SLGI (1448)
SLqPCR (1553)
SMAP (1409)
SNAGEE (1341)
snapCGH (1894)
snm (1640)
SNPchip (3051)
snpMatrix (214)
SNPRelate (2128)
snpStats (6532)
soGGi (221)
SomatiCA (1396)
SomaticSignatures (1579)
SpacePAC (1318)
spade (2030)
specL (858)
SpeCond (1602)
SPEM (1294)
SPIA (3110)
spikeLI (1376)
spkTools (1409)
splicegear (1406)
spliceR (1874)
spliceSites (1309)
SplicingGraphs (1577)
splots (2605)
spotSegmentation (1586)
SQUADD (1342)
SRAdb (4300)
sRAP (1610)
sscore (1388)
sSeq (1401)
ssize (1756)
SSPA (1652)
ssviz (849)
stam (8)
STAN (926)
staRank (1322)
Starr (1599)
STATegRa (875)
stepNorm (1421)
stepwiseCM (1428)
Streamer (1398)
STRINGdb (1985)
stringr (1)
SummarizedExperiment (325)
supraHex (1718)
survcomp (3709)
Sushi (1778)
sva (9474)
SVM2CRM (211)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1241)
switchBox (860)
synapter (1764)
systemPipeR (1720)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1334)
TargetSearch (1538)
TCC (2018)
TDARACNE (1536)
TEQC (1618)
ternarynet (1315)
TFBSTools (1894)
tigre (1480)
tilingArray (2028)
timecourse (1947)
TIN (235)
TitanCNA (1400)
tkWidgets (6139)
ToPASeq (950)
topGO (9556)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (221)
tracktables (825)
trackViewer (1420)
tRanslatome (1474)
TransView (1444)
triform (1324)
trigger (1405)
trio (1603)
triplex (1353)
TRONCO (218)
TSCAN (831)
tspair (1606)
TSSi (1396)
TurboNorm (1437)
tweeDEseq (1606)
twilight (2672)
TypeInfo (1393)

U

UNDO (1264)
unifiedWMWqPCR (1255)
UniProt.ws (2037)

V

VanillaICE (1733)
VariantAnnotation (24088)
VariantFiltering (1568)
variants (158)
VariantTools (859)
vbmp (1947)
Vega (1377)
VegaMC (1394)
viper (1358)
virtualArray (884)
vsn (14457)
vtpnet (1361)

W

wateRmelon (3243)
wavClusteR (884)
waveTiling (1379)
weaver (1646)
webbioc (1492)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6332)

X

xcms (6806)
XDE (1446)
xmapbridge (1371)
xmapcore (68)
XML (1)
xps (2064)
XVector (63659)

Y

yaqcaffy (1754)

Z

zlibbioc (78326)