Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-07-18 08:41:27 -0400 (Tue, 18 Jul 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (27143)
2BiocGenerics (20079)
3S4Vectors (18827)
4IRanges (18437)
5Biobase (17390)
6AnnotationDbi (16628)
7zlibbioc (14133)
8XVector (13011)
9GenomicRanges (12765)
10limma (12703)
11GenomeInfoDb (12473)
12Biostrings (11742)
13BiocParallel (11394)
14SummarizedExperiment (9462)
15annotate (9327)
16Rsamtools (8554)
17GenomicAlignments (8528)
18rtracklayer (8428)
19genefilter (8147)
20biomaRt (8081)
21GenomicFeatures (7801)
22graph (7592)
23preprocessCore (6424)
24edgeR (6358)
25DESeq2 (6044)
26geneplotter (5676)
27affy (5131)
28BSgenome (4927)
29affyio (4764)
30VariantAnnotation (4551)
31Rgraphviz (4388)
32RBGL (4383)
33multtest (4265)
34rhdf5 (3874)
35impute (3679)
36AnnotationHub (3415)
37qvalue (3411)
38GEOquery (3283)
39interactiveDisplayBase (2909)
40DESeq (2882)
41ensembldb (2839)
42ShortRead (2829)
43biovizBase (2800)
44Gviz (2721)
45GSEABase (2713)
46DNAcopy (2314)
47KEGGREST (2117)
48sva (2019)
49Category (2012)
50AnnotationForge (1994)
51vsn (1957)
52GOstats (1858)
53topGO (1825)
54EBImage (1678)
55GOSemSim (1677)
56gcrma (1662)
57OrganismDbi (1658)
58illuminaio (1619)
59DOSE (1614)
60ggbio (1604)
61clusterProfiler (1601)
62pcaMethods (1578)
63minfi (1562)
64DelayedArray (1549)
65BiocStyle (1531)
66phyloseq (1502)
67KEGGgraph (1484)
68siggenes (1478)
69oligoClasses (1404)
70bumphunter (1362)
71ProtGenerics (1358)
72oligo (1344)
73pathview (1312)
74affxparser (1300)
75ComplexHeatmap (1266)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (150)
a4Base (178)
a4Classif (142)
a4Core (185)
a4Preproc (178)
a4Reporting (147)
ABAData (0)
ABAEnrichment (122)
ABAFuncData (0)
ABarray (144)
ABSSeq (148)
acde (110)
acepack (0)
aCGH (224)
ACME (148)
ADaCGH2 (129)
adSplit (124)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1300)
affy (5131)
affycomp (208)
AffyCompatible (139)
affyContam (131)
affycoretools (470)
affydata (1)
AffyExpress (139)
affyILM (121)
affyio (4764)
affylmGUI (216)
affyPara (133)
affypdnn (160)
affyPLM (1204)
affyQCReport (363)
AffyRNADegradation (128)
AffyTiling (42)
AGDEX (119)
Agi4x44PreProcess (17)
agilp (206)
AgiMicroRna (167)
AIMS (265)
ALDEx2 (151)
AllelicImbalance (135)
AllSorts (1)
alpine (82)
alpineData (1)
alsace (114)
altcdfenvs (143)
AMOUNTAIN (71)
amplican (1)
ampliQueso (107)
AnalysisPageServer (107)
anamiR (75)
Anaquin (70)
AneuFinder (111)
AneuFinderData (1)
annaffy (566)
AnnBuilder (5)
annmap (98)
annotate (9327)
annotation (29)
AnnotationDbi (16628)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (388)
AnnotationForge (1994)
AnnotationFuncs (155)
AnnotationHub (3415)
AnnotationHubData (138)
Annotations (0)
annotationTools (177)
annotatr (92)
annotatr.data (1)
anota (132)
antiProfiles (115)
apcluster (0)
apComplex (140)
applera (1)
aroma.light (1123)
ArrayExpress (457)
ArrayExpressHTS (71)
arrayMagic (2)
arraymvout (0)
arrayMvout (117)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (156)
arrayQualityMetrics (479)
arrays (52)
ArrayTools (187)
ArrayTV (118)
ARRmNormalization (118)
ASAFE (66)
ASEB (115)
ASGSCA (113)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (6)
ASpli (79)
ASSET (120)
ASSIGN (117)
ATACqc (1)
ATACseqQC (19)
AtlasRDF (112)
attract (123)

B

BaalChIP (67)
BAC (118)
bacon (118)
BADER (110)
BadRegionFinder (89)
BAGS (111)
ballgown (614)
bamsignals (184)
banocc (17)
base64enc (0)
basecallQC (18)
BaseSpaceR (131)
Basic4Cseq (124)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (97)
BatchJobs (0)
BatchQC (151)
BayesKnockdown (63)
BayesPeak (176)
baySeq (462)
BBCAnalyzer (96)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (136)
beadarray (656)
beadarraySNP (134)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (612)
BeadExplorer (1)
BEAT (113)
BEclear (103)
betr (120)
bgafun (114)
BgeeDB (120)
BGmix (60)
bgx (122)
BHC (188)
BicARE (162)
BiGGR (122)
BigMatrix (0)
bigmelon (66)
bigmemoryExtras (69)
bim (1)
bioassayR (156)
Biobase (17390)
biobroom (148)
bioCancer (78)
BiocCaseStudies (121)
BiocCheck (317)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (23)
BiocGenerics (20079)
biocGraph (182)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (27143)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (20)
BiocParallel (11394)
BiocStyle (1531)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (449)
BiocWorkflowTools (71)
bioDist (334)
biodist (0)
biomaRt (8081)
BioMedR (21)
biomformat (1067)
BioMVCClass (112)
biomvRCNS (112)
BioNet (280)
BioQC (91)
BioSeqClass (126)
biosigner (118)
biostrings (0)
Biostrings (11742)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (107)
biotmle (17)
biovizBase (2800)
BiRewire (164)
birta (116)
birte (113)
BiSeq (202)
bitops (0)
BitSeq (286)
blima (106)
blimaTestingData (0)
BLMA (18)
BPRMeth (65)
BRAIN (180)
BrainStars (120)
branchpointer (19)
brew (0)
bridge (115)
BridgeDbR (121)
BrowserViz (92)
BrowserVizDemo (70)
BSgenome (4927)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (541)
BubbleTree (119)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (127)
BufferedMatrixMethods (122)
BUMHMM (20)
bumphunter (1362)
BUS (111)
BuxcoR (0)

C

CAFE (102)
CAGEr (149)
CALIB (117)
CAMERA (395)
camera (0)
canceR (112)
cancerclass (110)
CancerInSilico (59)
CancerMutationAnalysis (122)
CancerSubtypes (76)
CAnD (99)
caOmicsV (98)
Cardinal (135)
casper (116)
CATALYST (18)
Category (2012)
categoryCompare (100)
CausalR (104)
ccdata (1)
ccmap (70)
CCPROMISE (60)
ccrepe (118)
cellbaseR (16)
cellGrowth (113)
cellHTS (51)
cellHTS2 (221)
cellity (107)
CellMapper (69)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (151)
cellscape (23)
cellTree (114)
CexoR (114)
CFAssay (105)
CGEN (140)
CGHbase (238)
CGHcall (220)
cghMCR (218)
CGHnormaliter (120)
CGHregions (133)
cghregions (0)
ChAMP (357)
ChAMPdata (0)
charm (137)
checkmate (0)
ChemmineOB (214)
ChemmineR (417)
Chicago (117)
chimera (168)
chimeraviz (27)
ChIPComp (112)
chipenrich (131)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (20)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (673)
ChIPQC (236)
ChIPseeker (466)
ChipSeq (0)
chipseq (434)
chipseqDB (7)
ChIPseqR (181)
ChIPsim (174)
ChIPXpress (90)
chopsticks (333)
chroGPS (105)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (133)
ChromoViz (1)
chromPlot (103)
chromstaR (66)
chromstaRData (0)
CHRONOS (95)
CINdex (89)
cisPath (114)
ClassifyR (126)
cleanUpdTSeq (109)
cleaver (202)
clippda (115)
clipper (155)
Clomial (108)
Clonality (115)
clonotypeR (114)
clst (112)
clstutils (104)
clustComp (93)
clusterExperiment (80)
ClusterJudge (0)
clusterProfiler (1601)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (19)
ClusterSignificance (94)
clusterStab (160)
CMA (183)
CMEA (1)
cn.farms (112)
cn.mops (224)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (134)
cnanorm (0)
CNEr (269)
CNORdt (117)
CNORfeeder (111)
CNORfuzzy (115)
CNORode (121)
CNPBayes (97)
CNTools (294)
cnvGSA (108)
CNVPanelizer (111)
CNVrd2 (112)
CNVtools (128)
cnvtools (0)
cobindR (104)
CoCiteStats (116)
codelink (122)
codetoolsBioC (0)
CODEX (143)
coexnet (1)
CoGAPS (110)
cogena (119)
coGPS (104)
COHCAP (131)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (133)
COMPASS (115)
compcodeR (120)
compEpiTools (127)
CompGO (130)
ComplexHeatmap (1266)
CONFESS (84)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (873)
consensusSeekeR (98)
contiBAIT (85)
conumee (127)
convert (223)
copa (120)
COPDSexualDimorphism (4)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (256)
CopyNumber450k (44)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (141)
CoRegNet (119)
Cormotif (115)
CorMut (109)
coRNAi (88)
CORREP (117)
coseq (23)
cosmiq (108)
cosmo (5)
cosmoGUI (5)
COSNet (100)
CountClust (120)
covEB (63)
CoverageView (115)
covRNA (63)
cpvSNP (98)
cqn (192)
CRImage (149)
CRISPRseek (158)
crisprseekplus (62)
CrispRVariants (107)
crlmm (225)
crossmeta (71)
CSAR (186)
csaw (233)
CSSP (123)
ctc (334)
ctsGE (67)
cummeRbund (1236)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (155)
CVE (69)
cycle (116)
cydar (22)
cytofkit (215)
cytofWorkflow (1)
CytoML (63)

D

dada2 (352)
dagLogo (98)
daMA (109)
DaMiRseq (19)
DAPAR (121)
DAPARdata (0)
DART (113)
DASC (2)
DASiR (37)
DAVIDQuery (25)
davidquery (0)
DBChIP (144)
DBI (0)
dcGSA (86)
DChIPRep (101)
ddCt (171)
ddgraph (107)
DDiGGER (0)
debrowser (137)
DECIPHER (327)
DeconRNASeq (131)
DEDS (119)
DeepBlueR (86)
deepSNV (147)
DEFormats (133)
DEGraph (131)
DEGreport (112)
DEGseq (334)
DelayedArray (1549)
deltaGseg (104)
DeMAND (108)
derfinder (237)
derfinderData (0)
derfinderHelper (212)
derfinderPlot (126)
deseq (0)
DESeq (2882)
DESeq2 (6044)
destiny (413)
DEsubs (74)
DEXSeq (679)
dexus (126)
DFP (110)
dichromat (0)
DiffBind (614)
diffGeneAnalysis (105)
diffHic (143)
DiffLogo (104)
diffloop (80)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (107)
diggitdata (0)
Director (57)
DirichletMultinomial (265)
discordant (20)
dks (110)
DMRcaller (109)
DMRcate (412)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (109)
DMRScan (19)
DNABarcodes (111)
DNAcopy (2314)
DNaseR (7)
DNAshapeR (115)
domainsignatures (114)
doppelgangR (94)
DOQTL (122)
DOSE (1614)
DRIMSeq (94)
DriverNet (123)
DrugVsDisease (115)
dSimer (65)
DSS (396)
DTA (105)
dualKS (106)
DupChecker (99)
dupRadar (179)
DvDdata (0)
dyebias (113)
DynDoc (600)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (153)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (248)
EBarrays (176)
EBcoexpress (115)
EBImage (1678)
EBSEA (85)
EBSeq (506)
EBSeqHMM (132)
ecolitk (117)
EDASeq (1054)
edd (6)
EDDA (108)
edge (162)
edger (0)
edgeR (6358)
eegc (66)
EfficientR (0)
EGAD (103)
EGSEA (149)
EGSEAdata (0)
eiR (66)
eisa (133)
ELBOW (99)
ELMER (144)
ELMER.data (0)
EMDomics (105)
EmpiricalBrownsMethod (93)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (126)
ENmix (127)
EnrichedHeatmap (129)
EnrichmentBrowser (189)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (2839)
ensemblVEP (166)
ENVISIONQuery (101)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (112)
epiNEM (19)
epivizr (159)
epivizrData (121)
epivizrServer (115)
epivizrStandalone (97)
eQTL (3)
erccdashboard (137)
erma (146)
esetVis (69)
eudysbiome (90)
EventPointer (21)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (85)
ExiMiR (113)
exomeCopy (247)
exomecopy (1)
exomePeak (130)
exonfindR (0)
exonmap (13)
ExperimentHub (126)
ExperimentHubData (91)
explorase (95)
ExpressionAtlas (102)
ExpressionNormalizationWorkflow (11)
expressionview (0)
ExpressionView (109)
exprExternal (1)
externalVector (6)

F

fabia (205)
facopy (102)
facopy.annot (0)
factDesign (126)
fail (0)
FamAgg (89)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (124)
fastLiquidAssociation (97)
fastseg (317)
fbat (5)
fCCAC (59)
fCI (94)
fdrame (112)
FEM (218)
ffpe (123)
FGNet (169)
fgsea (1068)
FindMyFriends (116)
FISHalyseR (100)
FitHiC (76)
flagme (108)
Fletcher2013a (0)
flipflop (119)
flowAI (110)
flowBeads (104)
flowBin (101)
flowcatchR (101)
flowCHIC (98)
flowCL (136)
flowClean (123)
flowClust (317)
flowCore (1186)
flowCyBar (106)
flowDensity (151)
flowFit (109)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (10)
flowFP (130)
flowMap (106)
flowMatch (105)
flowMeans (204)
flowMerge (147)
flowPeaks (147)
flowPhyto (8)
flowPloidy (59)
flowPloidyData (1)
flowPlots (108)
flowq (0)
flowQ (140)
flowQB (111)
FlowRepositoryR (99)
FlowSOM (219)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (325)
flowTime (16)
flowTrack (1)
flowTrans (123)
flowType (132)
flowUtils (289)
flowViz (552)
flowVS (105)
flowWorkspace (488)
fmcsR (191)
focalCall (100)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (116)
FRGEpistasis (98)
frma (272)
frmaTools (131)
fucci (1)
FunChIP (58)
FunciSNP (130)
funtooNorm (20)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (18)
GA4GHshiny (3)
gaga (120)
gage (723)
gaggle (112)
gaia (121)
GAprediction (58)
garfield (86)
gaucho (97)
gcapc (18)
gcatest (90)
gCMAP (118)
gCMAPWeb (97)
gCrisprTools (61)
gcrma (1662)
gdsfmt (755)
geecc (93)
GEM (64)
genArise (110)
genbankr (117)
GENE.E (128)
gene2pathway (7)
GeneAnswers (180)
geneAttribution (62)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (18)
GeneExpressionSignature (119)
genefilter (8147)
genefu (281)
GeneGA (83)
GeneGeneInteR (66)
GeneGroupAnalysis (3)
GeneMeta (164)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (154)
geneplast (61)
geneplotter (5676)
GeneR (8)
geneRecommender (109)
GeneRegionScan (107)
generegulation (8)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (97)
GeneSelectMMD (108)
GeneSelector (152)
GENESIS (151)
GeneSpring (6)
geNetClassifier (134)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (140)
GeneticsPed (156)
GeneTraffic (5)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (67)
genoCN (106)
GenoGAM (94)
genomation (250)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (284)
GenomeInfoDb (12473)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (363)
genomes (138)
GenomicAlignments (8528)
GenomicDataCommons (30)
GenomicFeatures (7801)
GenomicFiles (540)
GenomicInteractions (129)
GenomicRanges (12765)
GenomicScores (32)
GenomicTuples (108)
Genominator (132)
genoset (227)
genotypeeval (91)
GenoView (13)
genphen (85)
GenRank (86)
GenVisR (228)
GEOmetadb (264)
geoquery (0)
GEOquery (3283)
GEOsearch (89)
GEOsubmission (110)
geosubmission (0)
gespeR (108)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (97)
gff3Plotter (1)
GGBase (176)
ggbio (1604)
ggcyto (215)
GGtools (167)
ggtree (914)
girafe (170)
GISPA (19)
GLAD (227)
Glimma (328)
GlobalAncova (150)
globalSeq (85)
globaltest (474)
gmapR (105)
GMRP (85)
GOAL (0)
goCluster (3)
GOexpress (176)
GOFunction (132)
GoogleGenomics (99)
GOpro (63)
goProfiles (164)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (1677)
goseq (723)
GOSim (162)
goSTAG (22)
gostats (0)
GOstats (1858)
GOsummaries (144)
GOTHiC (121)
goTools (160)
gotools (0)
gpls (197)
gprege (103)
gQTLBase (212)
gQTLstats (224)
graph (7592)
GraphAlignment (117)
GraphAT (103)
graphite (596)
GraphPAC (111)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (110)
GreyListChIP (105)
GRmetrics (70)
grndata (0)
groHMM (109)
GRridge (21)
GSALightning (86)
GSAR (137)
GSBenchMark (0)
GSCA (101)
GSE64985 (1)
GSEABase (2713)
GSEAlm (183)
GSReg (95)
GSRI (110)
GSVA (419)
gtkWidgets (0)
gtrellis (113)
GUIDEseq (102)
Guitar (98)
Gviz (2721)
gwascat (222)
GWASTools (313)

H

h5vc (118)
hapFabia (119)
Harman (92)
HarmanData (0)
Harshlight (111)
harshlight (0)
HCsnip (105)
HDF5Array (190)
HDTD (100)
healthyFlowData (0)
heatmaps (24)
Heatplus (676)
HelloRanges (62)
HelloRangesData (1)
HELP (110)
HEM (106)
hexbin (19)
hiAnnotator (102)
HIBAG (121)
hicrep (18)
hierGWAS (98)
highthroughputassays (9)
HilbertCurve (122)
hilbertvis (0)
HilbertVis (380)
HilbertVisGUI (81)
hiReadsProcessor (75)
HiTC (185)
Hmisc (0)
HMMcopy (166)
hopach (255)
hpar (211)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (236)
HTSanalyzeR (164)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (74)
htseqtools (0)
htSeqTools (182)
HTSFilter (180)
HybridMTest (98)
hyperdraw (138)
hypergraph (185)

I

iASeq (104)
iBBiG (150)
ibh (97)
iBMQ (99)
iCARE (85)
Icens (301)
iCheck (95)
iChip (100)
iClusterPlus (127)
iCOBRA (85)
ideal (16)
ideogram (0)
IdeoViz (126)
idiogram (110)
IdMappingAnalysis (95)
IdMappingRetrieval (103)
iFlow (5)
iGC (90)
IHW (289)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1619)
imageHTS (119)
IMAS (19)
Imetagene (89)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (97)
IMPCdata (89)
ImpulseDE (65)
ImpulseDE2 (17)
impute (3679)
InPAS (104)
INPower (96)
inSilicoDb (102)
inSilicoMerging (80)
insilicomerging (0)
INSPEcT (100)
intansv (113)
InteractionSet (145)
interactiveDisplay (297)
interactiveDisplayBase (2909)
IntEREst (17)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
IntramiRExploreR (2)
inveRsion (105)
IONiseR (137)
iontree (108)
iPAC (116)
IPO (87)
IPPD (158)
iranges (0)
IRanges (18437)
iSeq (105)
iSNetwork (1)
isobar (187)
IsoformSwitchAnalyzeR (3)
IsoGeneGUI (100)
ISoLDE (82)
isomiRs (92)
iSPlot (2)
ITALICS (108)
iterativeBMA (110)
iterativeBMAsurv (104)
iterators (0)
IVAS (95)
IWB2011 (0)
IWTomics (18)

J

JASPAR2016 (0)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (35)
joda (106)
JunctionSeq (133)

K

karyoploteR (28)
KCsmart (107)
kebabs (158)
KEGGgraph (1484)
KEGGlincs (63)
keggorth (3)
keggorthology (139)
KEGGprofile (202)
KEGGREST (2117)
KEGGSOAP (10)
KFAS (0)
kimod (84)

L

labeling (0)
lapmix (106)
latticeExtra (0)
LBE (155)
ldblock (112)
LEA (241)
LedPred (98)
les (109)
leukemiasEset (0)
lfa (231)
liftOver (18)
limma (12703)
limmaGUI (182)
LINC (63)
Linnorm (101)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (108)
lmdme (107)
LMGene (125)
LOBSTAHS (70)
logicFS (217)
logitt (0)
logitT (102)
Logolas (19)
lol (109)
LOLA (132)
LowMACA (98)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (133)
LPEadj (107)
LPEseq (0)
lpNet (103)
lpsymphony (305)
lumi (951)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (116)
lydata (0)
LymphoSeq (83)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3D (85)
M3DExampleData (1)
M3Drop (91)
maanova (146)
macat (112)
maCorrPlot (107)
maDB (4)
made4 (396)
MADSEQ (59)
maftools (205)
MAGEML (0)
maigesPack (108)
MAIT (132)
makecdfenv (236)
makePlatformDesign (4)
MANOR (106)
manta (106)
MantelCorr (103)
mAPKL (82)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (99)
mapscape (21)
marray (1146)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (276)
maskBAD (99)
MassArray (111)
massiR (104)
MassSpecWavelet (543)
MAST (151)
matchBox (98)
matchprobes (8)
Matrix (0)
MatrixRider (91)
matter (69)
MaxContrastProjection (18)
MBAmethyl (88)
MBASED (100)
MBCB (105)
mBPCR (106)
MBttest (80)
mcaGUI (107)
MCbiclust (20)
MCRestimate (109)
mdgsa (103)
mdqc (113)
MEAL (99)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (108)
MEDIPS (185)
MEDME (105)
MEIGOR (101)
MergeMaid (169)
Mergeomics (85)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (167)
meshes (63)
meshr (150)
MeSHSim (92)
messina (91)
metaArray (161)
Metab (114)
metabomxtr (103)
MetaboSignal (74)
metaCCA (85)
metagene (130)
metagenomeFeatures (91)
metagenomeSeq (552)
metahdep (106)
metaMS (120)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (107)
metaseqR (119)
metavizr (19)
metaX (40)
MetCirc (67)
MetCleaning (1)
methInheritSim (2)
MethPed (82)
MethTargetedNGS (92)
methVisual (116)
methyAnalysis (200)
MethylAid (120)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (10)
methylInheritance (16)
methylKit (214)
MethylMix (125)
methylMnM (96)
methylPipe (136)
MethylSeekR (117)
methylumi (969)
mfa (0)
Mfuzz (354)
MGFM (94)
MGFR (59)
mgsa (123)
MiChip (102)
microbiome (1)
microrna (0)
microRNA (207)
MIGSA (19)
mimager (17)
MIMOSA (102)
MineICA (105)
minet (697)
minfi (1562)
MinimumDistance (103)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (106)
MiRaGE (103)
miRBaseConverter (1)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (92)
miRcompData (0)
mirIntegrator (92)
miRLAB (100)
miRNAmeConverter (90)
miRNApath (138)
miRNAtap (145)
miRsponge (0)
Mirsynergy (100)
missMethyl (319)
mitoODE (97)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (311)
MLP (119)
MLSeq (136)
MMDiff (46)
MMDiff2 (87)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (2)
mmnet (96)
MmPalateMiRNA (109)
MODA (65)
mogsa (103)
monocle (434)
MONSTER (1)
MoonlightR (66)
MoPS (95)
mosaics (381)
motifbreakR (113)
motifcounter (17)
MotifDb (291)
motifmatchr (1)
motifRG (141)
motifStack (265)
MotIV (290)
MPFE (90)
mQTL.NMR (106)
msa (534)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (14)
MSGFgui (157)
MSGFplus (188)
MSIseqData (0)
msmsEDA (173)
msmsTests (176)
MSnbase (686)
MSnID (181)
msPurity (66)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (216)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (157)
MultiAssayExperiment (125)
multiClust (99)
MultiDataSet (99)
MultiMed (91)
multiOmicsViz (19)
multiscan (102)
multtest (4265)
munsell (0)
muscle (182)
MutationalPatterns (83)
MVCClass (106)
mvGST (99)
MWASTools (30)
mygene (359)
myvariant (104)
mzID (600)
mzR (1223)

N

NADfinder (15)
NanoStringDiff (107)
NanoStringQCPro (120)
NarrowPeaks (110)
ncdfFlow (406)
NCIgraph (135)
ndexr (2)
neaGUI (46)
nem (149)
netbenchmark (105)
netbiov (103)
NetCRG (2)
nethet (96)
NetPathMiner (119)
netprioR (55)
netReg (16)
netresponse (119)
NetSAM (103)
networkBMA (89)
NGScopy (98)
NGScopyData (0)
nnNorm (103)
NOISeq (452)
nondetects (112)
normalize450K (80)
NormqPCR (250)
normr (65)
npGSEA (112)
NTW (96)
nucleoSim (92)
nucleR (121)
nudge (102)
NuPoP (108)

O

occugene (100)
OCplus (183)
odseq (81)
OGSA (88)
oligo (1344)
oligoClasses (1404)
OLIN (109)
OLINgui (106)
omicade4 (120)
OmicCircos (261)
OmicsMarkeR (109)
omicsPrint (1)
OnassisJavaLibs (1)
OncoScore (95)
OncoSimulR (104)
oneChannelGUI (143)
ontoCAT (128)
ontoTools (5)
openCyto (204)
OperaMate (84)
oposSOM (110)
oppar (82)
OPWeight (1)
OrderedList (248)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (20)
OrganismDbi (1658)
OSAT (106)
Oscope (103)
OTUbase (110)
OutlierD (113)

P

PAA (122)
PADOG (166)
paircompviz (100)
pairseqsim (2)
pamr (8)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (118)
panp (131)
PANR (102)
PanVizGenerator (89)
PAPi (110)
parglms (87)
parody (168)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (99)
pathifier (200)
PathNet (120)
PathNetData (0)
PathoStat (67)
pathprint (17)
pathprintGEOData (1)
pathRender (108)
pathVar (91)
pathview (1312)
PatientGeneSets (3)
paxtoolsr (169)
Pbase (109)
pbcmc (88)
pcaExplorer (165)
pcaGoPromoter (133)
pcaMethods (1578)
PCAN (86)
pcot2 (148)
PCpheno (103)
pdInfoBuilder (204)
pdmclass (109)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (99)
pepXMLTab (99)
PGA (102)
pgca (15)
PGSEA (226)
pgUtils (4)
PharmacoGx (95)
phenoDist (100)
phenopath (0)
phenoTest (123)
PhenStat (102)
philr (61)
phosphonormalizer (24)
phyloseq (1502)
Pi (59)
piano (337)
pickgene (104)
PICS (186)
Pigengene (64)
PING (115)
pint (109)
pkgDepTools (135)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (106)
plethy (98)
plgem (112)
plier (272)
PLPE (105)
plrs (100)
plw (99)
plyr (0)
pmm (88)
podkat (101)
polyester (157)
Polyfit (93)
POST (17)
PPInfer (15)
ppiStats (114)
pqsfinder (84)
prada (275)
prebs (102)
prebsdata (0)
PREDA (105)
predictionet (60)
preprocessCore (6424)
Prize (89)
proBAMr (100)
PROcess (184)
procoil (104)
ProCoNA (99)
proFIA (66)
profileScoreDist (77)
pRoloc (238)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (117)
PROMISE (102)
PROPER (120)
Prostar (112)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (1)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (106)
proteinProfiles (98)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (88)
proteoQC (114)
ProtGenerics (1358)
PSEA (99)
psichomics (69)
PSICQUIC (128)
psygenet2r (95)
PtH2O2lipids (0)
puma (179)
PureCN (117)
pvac (112)
pvca (155)
Pviz (112)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (152)
pwOmics (97)
pxr (0)

Q

qcmetrics (103)
QDNAseq (171)
qpcrNorm (117)
qpgraph (236)
qrqc (198)
qsea (67)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (109)
quantro (126)
quantsmooth (373)
QuartPAC (92)
QuasR (301)
QuaternaryProd (80)
QUBIC (119)
QUBICdata (0)
qusage (164)
qvalue (3411)

R

R3CPET (94)
r3Cseq (158)
R453Plus1Toolbox (105)
R4RNA (86)
RaggedExperiment (26)
rain (111)
rama (110)
ramigo (0)
RamiGO (153)
ramwas (18)
randPack (104)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (431)
RareVariantVis (89)
Rariant (96)
RbcBook1 (110)
rbcbook1 (0)
RBGL (4383)
RBioinf (109)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (185)
RBM (89)
Rbowtie (311)
rbsurv (110)
Rcade (110)
RCAS (66)
RCASPAR (103)
rcellminer (117)
rcellminerData (0)
rCGH (106)
Rchemcpp (111)
RchyOptimyx (115)
RColorBrewer (0)
Rcpi (135)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (125)
RCyjs (88)
RCytoscape (330)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (355)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (59)
rdisop (0)
Rdisop (225)
RDRToolbox (196)
ReactomePA (511)
readat (66)
ReadqPCR (257)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (106)
recount (131)
recoup (84)
RedeR (181)
REDseq (157)
RefNet (100)
RefNet.db (0)
RefPlus (105)
regioneR (560)
regionReport (143)
regsplice (56)
REMP (20)
REMPdata (1)
Repitools (307)
ReportingTools (604)
reposTools (1)
ReQON (99)
Resourcerer (9)
rexposome (1)
rfcdmin (2)
rflowcyt (5)
rfPred (99)
rGADEM (374)
RGalaxy (110)
RGraph2js (80)
Rgraphviz (4388)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (127)
RGSEA (109)
rgsepd (95)
rhdf5 (3874)
Rhdf5lib (1)
Rhtslib (520)
rHVDM (100)
RiboProfiling (112)
riboSeq (0)
riboSeqR (116)
RImmPort (85)
Ringo (309)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (149)
Risa (114)
RITAN (10)
RIVER (15)
RJMCMCNucleosomes (19)
RLMM (106)
RMAGEML (2)
Rmagpie (102)
RMAPPER (7)
RMassBank (129)
rMAT (88)
rmat (0)
RmiR (123)
rmir (0)
RNAinteract (107)
RNAither (108)
RNAprobR (93)
RNAseq123 (47)
rnaseqcomp (95)
rnaseqGene (215)
RnaSeqGeneEdgeRQL (30)
rnaSeqMap (112)
RNASeqPower (193)
RnaSeqSampleSize (121)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (249)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (98)
roar (113)
ROC (630)
Roleswitch (115)
RoleswitchData (0)
Rolexa (41)
rols (235)
ROntoTools (121)
ropls (264)
ROTS (116)
RPA (132)
RProtoBufLib (0)
RpsiXML (125)
rpx (283)
Rqc (136)
rqt (18)
rqubic (147)
rRDP (97)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (129)
Rsamtools (8554)
rsbml (157)
rSFFreader (55)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (860)
RSVSim (116)
rTANDEM (197)
RTCA (110)
RTCGA (318)
RTCGAToolbox (235)
RTN (134)
RTNduals (19)
RTNsurvival (1)
RTools4TB (4)
RTopper (105)
rtracklayer (8428)
Rtreemix (101)
rTRM (105)
rTRMui (94)
Ruuid (8)
RUVcorr (98)
RUVnormalize (115)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (388)
RWebServices (16)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (18827)
safe (272)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (103)
sagx (0)
SAGx (184)
samExploreR (15)
sampleClassifier (19)
SamSPECTRAL (135)
sangerseqR (218)
SANTA (102)
sapFinder (101)
saps (35)
savR (120)
sbgr (23)
SBMLR (124)
SC3 (228)
Scale4C (1)
scales (0)
SCAN.UPC (155)
scater (559)
scDD (29)
scde (259)
ScISI (117)
SCLCBam (0)
scone (26)
scoreInvHap (0)
scran (400)
scRNAseq (0)
scsR (89)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (161)
SELEX (94)
SemDist (89)
semisup (16)
SemSim (7)
sendmailR (0)
SEPA (84)
seq2pathway (107)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (207)
seqbias (116)
seqCNA (104)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (222)
seqLogo (775)
Seqnames (0)
seqPattern (233)
seqplots (158)
seqTools (118)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (51)
SeqVarTools (175)
sevenbridges (109)
SGSeq (151)
shinyMethyl (160)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (102)
ShortRead (2829)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (108)
SigCheck (98)
SigFuge (97)
siggenes (1478)
sights (57)
signeR (69)
sigPathway (183)
sigsquared (88)
SIM (108)
SIMAT (95)
SimBindProfiles (92)
similaRpeak (94)
SIMLR (94)
simpleaffy (852)
simpleSingleCell (37)
simulatorAPMS (5)
simulatorZ (94)
sincell (117)
SingleCellExperiment (0)
SISPA (83)
sizepower (142)
SJava (17)
skewr (85)
SLGI (104)
SLqPCR (120)
SMAP (98)
SMITE (90)
SNAData (1)
SNAGEE (97)
snapCGH (136)
snm (173)
snpAssoc (0)
SNPchip (273)
SNPediaR (64)
SNPhood (95)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (23)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (607)
snpStats (766)
SNPtools (0)
soGGi (103)
SomatiCA (55)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (244)
SpacePAC (102)
spade (104)
sparseDOSSA (18)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (101)
SpeCond (149)
SPEM (93)
SPIA (365)
SpidermiR (123)
spikeLI (100)
spkTools (103)
splatter (28)
splicegear (100)
spliceR (161)
spliceSites (101)
SplicingGraphs (149)
splineTCDiffExpr (19)
splineTimeR (84)
SPLINTER (59)
splots (228)
spotSegmentation (108)
SQUADD (97)
SRAdb (499)
sRAP (103)
SRGnet (54)
sscore (106)
sscu (76)
sSeq (117)
ssize (163)
ssizeRNA (0)
SSPA (178)
ssviz (88)
stam (2)
STAN (110)
staRank (93)
StarBioTrek (59)
Starr (112)
STATegRa (107)
statTarget (91)
stemHypoxia (0)
stepNorm (102)
stepwiseCM (103)
Streamer (100)
STRINGdb (294)
stringr (0)
STROMA4 (16)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (100)
SummarizedExperiment (9462)
supraHex (624)
survcomp (447)
Sushi (232)
sva (2019)
SVAPLSseq (57)
SVM2CRM (90)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (79)
swfdr (17)
SwimR (92)
switchBox (104)
switchde (60)
synapter (169)
synergyfinder (76)
synlet (85)
systemPipeR (580)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (110)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (112)
TarSeqQC (89)
TCC (218)
TCGAbiolinks (786)
TCGAbiolinksGUI (32)
TCGAWorkflow (4)
TCseq (18)
TDARACNE (106)
TEQC (132)
ternarynet (93)
tetradR (0)
TFARM (0)
TFBSTools (286)
tiger (0)
tigre (115)
tilingArray (155)
timecourse (142)
TimerQuant (0)
timescape (20)
TIN (89)
TitanCNA (120)
tkWidgets (561)
tofsims (88)
ToPASeq (88)
topGO (1825)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (125)
tracktables (99)
trackViewer (193)
transcriptR (83)
tRanslatome (102)
TransView (103)
traseR (92)
Travis (1)
treeio (106)
TReNA (2)
triform (94)
trigger (100)
trio (125)
triplex (102)
TRONCO (120)
Trumpet (1)
TSCAN (145)
tspair (118)
TSRchitect (14)
TSSi (111)
TurboNorm (99)
TVTB (49)
tweeDEseq (125)
twilight (243)
twoddpcr (18)
tximport (883)
tximportData (0)
TypeInfo (102)

U

UNDO (95)
unifiedWMWqPCR (95)
UniProt.ws (226)
Uniquorn (82)
useR2012 (0)
uSORT (55)

V

VanillaICE (147)
variancePartition (139)
VariantAnnotation (4551)
VariantFiltering (159)
variants (20)
VariantTools (125)
vbmp (148)
Vega (99)
VegaMC (96)
viper (169)
virtualArray (19)
vsn (1957)
vtpnet (90)

W

wateRmelon (450)
wavClusteR (104)
waveTiling (96)
weaver (130)
webbioc (114)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (575)
wiggleplotr (17)

X

XBSeq (94)
xcms (833)
XDE (102)
xmapbridge (95)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (122)
xtable (0)
XVector (13011)

Y

y2hStat (1)
yamss (72)
YAPSA (61)
yaqcaffy (132)
yarn (68)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zinbwave (1)
zlibbioc (14133)