Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2016-02-09 10:52:13 -0800 (Tue, 09 Feb 2016).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (185449)
2BiocGenerics (135327)
3IRanges (123214)
4Biobase (115459)
5AnnotationDbi (109601)
6S4Vectors (107763)
7GenomeInfoDb (97284)
8zlibbioc (89618)
9Biostrings (76542)
10XVector (73969)
11limma (72911)
12GenomicRanges (71662)
13BiocParallel (62690)
14annotate (57843)
15Rsamtools (55383)
16genefilter (52845)
17biomaRt (51956)
18rtracklayer (51725)
19GenomicAlignments (50023)
20GenomicFeatures (49001)
21graph (48673)
22preprocessCore (43799)
23affy (37576)
24geneplotter (36146)
25BSgenome (36088)
26edgeR (35742)
27affyio (35008)
28DESeq2 (32990)
29RBGL (29962)
30multtest (29317)
31VariantAnnotation (26309)
32Rgraphviz (24456)
33impute (23487)
34GEOquery (21914)
35DESeq (21468)
36biovizBase (21151)
37qvalue (20726)
38SummarizedExperiment (18678)
39Gviz (18082)
40GSEABase (17584)
41rhdf5 (17257)
42Category (15824)
43ShortRead (15733)
44gcrma (15155)
45AnnotationForge (14754)
46vsn (13794)
47GOstats (13241)
48illuminaio (12449)
49siggenes (12270)
50OrganismDbi (12197)
51KEGGREST (11716)
52cummeRbund (11629)
53EBImage (11289)
54affyPLM (11209)
55oligoClasses (10918)
56sva (10794)
57DNAcopy (10611)
58oligo (10484)
59ggbio (10411)
60minfi (10404)
61affxparser (10230)
62bumphunter (9998)
63topGO (9795)
64marray (9567)
65lumi (8596)
66pcaMethods (8546)
67KEGGgraph (8233)
68simpleaffy (8106)
69methylumi (7845)
70mzR (7632)
71snpStats (7504)
72interactiveDisplayBase (7241)
73DynDoc (6873)
74AnnotationHub (6775)
75annaffy (6723)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Mar/201538387948940
Apr/201538853947720
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/201535587982664
Aug/201533609831764
Sep/201535622907083
Oct/2015400851092390
Nov/2015414991088114
Dec/201536153903475
Jan/201627591668347
Feb/201600
All months27141910128989

A

a4 (1639)
a4Base (1792)
a4Classif (1567)
a4Core (1849)
a4Preproc (1817)
a4Reporting (1573)
ABAData (4)
ABAEnrichment (232)
ABAFuncData (3)
ABarray (1506)
ABSSeq (1243)
acde (267)
aCGH (2211)
ACME (1597)
ADaCGH2 (1356)
adSplit (1361)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10230)
affy (37576)
affycomp (2117)
AffyCompatible (1562)
affyContam (1430)
affycoretools (4140)
affydata (7)
AffyExpress (1529)
affyILM (1343)
affyio (35008)
affylmGUI (2506)
affyPara (1358)
affypdnn (1725)
affyPLM (11209)
affyQCReport (3921)
AffyRNADegradation (1327)
AffyTiling (1341)
AGDEX (1262)
Agi4x44PreProcess (296)
agilp (2053)
AgiMicroRna (1725)
AIMS (1039)
ALDEx2 (1214)
AllelicImbalance (1407)
alsace (1139)
altcdfenvs (1451)
ampliQueso (1146)
AnalysisPageServer (815)
annaffy (6723)
AnnBuilder (39)
annmap (885)
annotate (57843)
annotation (255)
AnnotationDbi (109601)
AnnotationForge (14754)
AnnotationFuncs (1469)
AnnotationHub (6775)
AnnotationHubData (264)
annotationTools (1882)
anota (1408)
antiProfiles (1148)
apComplex (1525)
applera (6)
aroma.light (5820)
ArrayExpress (4257)
ArrayExpressHTS (691)
arrayMagic (30)
arrayMvout (1258)
arrayQCplot (14)
arrayQuality (1749)
arrayQualityMetrics (3999)
arrays (404)
ArrayTools (1803)
ArrayTV (1194)
ARRmNormalization (1196)
ASEB (1305)
ASGSCA (1095)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (425)
ASSET (1191)
ASSIGN (1182)
AtlasRDF (1185)
attract (1249)

B

BAC (1238)
BADER (1152)
BAGS (1132)
ballgown (2297)
bamsignals (941)
BaseSpaceR (1195)
Basic4Cseq (1254)
BayesPeak (2128)
baySeq (4198)
BBCAnalyzer (204)
BCRANK (1381)
beadarray (5388)
beadarraySNP (1417)
BeadDataPackR (5153)
BeadExplorer (12)
BEAT (1098)
BEclear (762)
betr (1731)
bgafun (1188)
BGmix (631)
bgx (1279)
BHC (1941)
BicARE (1397)
BiGGR (1226)
bigmemoryExtras (605)
bim (5)
bioassayR (1461)
Biobase (115459)
biobroom (284)
BiocCaseStudies (1307)
BiocCheck (1979)
biocDatasets (24)
BiocGenerics (135327)
biocGraph (1489)
BiocInstaller (185449)
BiocParallel (62690)
BiocStyle (6665)
biocViews (2935)
bioDist (3213)
biomaRt (51956)
biomformat (19)
BioMVCClass (1187)
biomvRCNS (1185)
BioNet (2703)
BioQC (18)
BioSeqClass (1382)
biosigner (1)
Biostrings (76542)
biosvd (1108)
biovizBase (21151)
BiRewire (1289)
birta (1235)
birte (804)
BiSeq (2210)
BitSeq (2537)
blima (1083)
BRAIN (1724)
BrainStars (1188)
bridge (1262)
BridgeDbR (1053)
BrowserViz (645)
BrowserVizDemo (530)
BSgenome (36088)
bsseq (2927)
BubbleTree (941)
BufferedMatrix (1248)
BufferedMatrixMethods (1231)
bumphunter (9998)
BUS (1152)

C

CAFE (1096)
CAGEr (1478)
CALIB (1197)
CAMERA (2950)
canceR (807)
cancerclass (1175)
CancerMutationAnalysis (1252)
CAnD (740)
caOmicsV (237)
Cardinal (1007)
casper (1200)
Category (15824)
categoryCompare (1142)
CausalR (214)
ccrepe (1147)
cellGrowth (1175)
cellHTS (1197)
cellHTS2 (2084)
CellNOptR (1600)
cellTree (4)
CexoR (1133)
CFAssay (992)
CGEN (1441)
CGHbase (2053)
CGHcall (1791)
cghMCR (1648)
CGHnormaliter (1190)
CGHregions (1287)
ChAMP (2314)
charm (1401)
ChemmineOB (1683)
ChemmineR (3149)
Chicago (13)
chimera (1876)
ChIPComp (275)
chipenrich (1161)
ChIPpeakAnno (4630)
ChIPQC (1556)
ChIPseeker (2745)
chipseq (3558)
chipseqDB (35)
ChIPseqR (1777)
ChIPsim (1686)
ChIPXpress (716)
chopsticks (1508)
chroGPS (1119)
chromDraw (716)
ChromHeatMap (1271)
ChromoViz (17)
cisPath (1297)
ClassifyR (1178)
cleanUpdTSeq (1067)
cleaver (1667)
clippda (1218)
clipper (1519)
Clomial (1060)
Clonality (1156)
clonotypeR (1098)
clst (1120)
clstutils (1084)
clusterProfiler (5391)
clusterStab (1567)
CMA (1689)
cn.farms (1173)
cn.mops (2455)
CNAnorm (1322)
CNEr (1599)
CNORdt (1227)
CNORfeeder (1194)
CNORfuzzy (1098)
CNORode (1273)
CNPBayes (206)
CNTools (1798)
cnvGSA (1113)
CNVPanelizer (244)
CNVrd2 (1131)
CNVtools (1293)
cobindR (1062)
CoCiteStats (1202)
codelink (1270)
CODEX (1031)
CoGAPS (1047)
cogena (818)
coGPS (1080)
COHCAP (1361)
coMET (856)
COMPASS (1113)
compcodeR (1273)
compEpiTools (1184)
CompGO (1133)
ComplexHeatmap (1948)
ConsensusClusterPlus (3159)
consensusSeekeR (5)
conumee (830)
convert (2171)
copa (1225)
COPDSexualDimorphism (407)
CopyhelpeR (4)
copynumber (1735)
CopyNumber450k (1188)
CopywriteR (889)
CoRegNet (1129)
Cormotif (1152)
CorMut (1162)
coRNAi (1082)
CORREP (1157)
cosmiq (1008)
cosmo (104)
cosmoGUI (83)
COSNet (967)
CoverageView (903)
cpvSNP (745)
cqn (1750)
CRImage (1414)
CRISPRseek (1362)
CrispRVariants (20)
crlmm (2241)
CSAR (1816)
csaw (1599)
CSSP (1090)
ctc (3194)
cummeRbund (11629)
customProDB (1377)
cycle (1202)
cytofkit (861)

D

dagLogo (1036)
daMA (1129)
DAPAR (227)
DART (1099)
DASiR (1072)
DAVIDQuery (1554)
DBChIP (1279)
dcGSA (11)
DChIPRep (199)
ddCt (1732)
ddgraph (1132)
DECIPHER (1753)
DeconRNASeq (1284)
DEDS (1181)
deepSNV (1360)
DEGraph (1357)
DEGreport (1010)
DEGseq (3036)
deltaGseg (1158)
DeMAND (242)
derfinder (1293)
derfinderHelper (1235)
derfinderPlot (1088)
DESeq (21468)
DESeq2 (32990)
destiny (297)
DEXSeq (6590)
dexus (1163)
DFP (1133)
DiffBind (3820)
diffGeneAnalysis (1161)
diffHic (890)
DiffLogo (221)
diggit (742)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (1847)
dks (1039)
DMRcaller (743)
DMRcate (1529)
DMRforPairs (1059)
DNABarcodes (214)
DNAcopy (10611)
DNaseR (422)
domainsignatures (1150)
DOQTL (1166)
DOSE (5576)
DriverNet (1169)
DrugVsDisease (1222)
DSS (1654)
DTA (1143)
dualKS (1113)
DupChecker (934)
dupRadar (180)
dyebias (1116)
DynDoc (6873)

E

EasyqpcR (1357)
easyRNASeq (3007)
EBarrays (1841)
EBcoexpress (1151)
EBImage (11289)
EBSeq (3693)
EBSeqHMM (1124)
ecolitk (1133)
EDASeq (4228)
edd (51)
EDDA (1091)
edge (1175)
edgeR (35742)
eiR (697)
eisa (1445)
ELBOW (1025)
ELMER (292)
ELMER.data (8)
EMDomics (762)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (754)
ENmix (797)
EnrichedHeatmap (240)
EnrichmentBrowser (1242)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (1951)
ensemblVEP (1694)
ENVISIONQuery (1070)
epigenomix (1127)
epivizr (1369)
eQTL (33)
erccdashboard (1232)
erma (220)
eudysbiome (195)
ExiMiR (1197)
exomeCopy (1835)
exomePeak (1194)
exonmap (102)
explorase (1002)
ExpressionView (1164)
exprExternal (10)
externalVector (82)

F

fabia (1785)
facopy (1012)
factDesign (1285)
FamAgg (15)
farms (1247)
fastLiquidAssociation (674)
fastseg (1200)
fbat (35)
fCI (201)
fdrame (1195)
FEM (1095)
ffpe (1205)
FGNet (1548)
FindMyFriends (216)
FISHalyseR (705)
flagme (1160)
flipflop (1141)
flowBeads (1042)
flowBin (1025)
flowcatchR (991)
flowCHIC (1011)
flowCL (1026)
flowClean (999)
flowClust (2297)
flowCore (5851)
flowCyBar (1052)
flowDensity (1276)
flowFit (1027)
flowFlowJo (479)
flowFP (1302)
flowMap (1059)
flowMatch (1021)
flowMeans (1526)
flowMerge (1300)
flowPeaks (1208)
flowPhyto (417)
flowPlots (1122)
flowQ (1100)
flowQB (1083)
FlowRepositoryR (705)
FlowSOM (782)
flowStats (2495)
flowTrack (4)
flowTrans (1181)
flowType (1224)
flowUtils (1675)
flowViz (4064)
flowVS (782)
flowWorkspace (3006)
fmcsR (1753)
focalCall (975)
FourCSeq (1109)
FRGEpistasis (984)
frma (2432)
frmaTools (1352)
FunciSNP (1310)
furrowSeg (1)

G

gaga (1227)
gage (4524)
gaggle (1114)
gaia (1062)
gaucho (992)
gcatest (186)
gCMAP (1461)
gCMAPWeb (1106)
gcrma (15155)
gdsfmt (4163)
geecc (965)
genArise (1139)
GENE.E (1380)
gene2pathway (91)
GeneAnswers (1893)
GeneBreak (191)
GeneExpressionSignature (1210)
genefilter (52845)
genefu (1768)
GeneGA (716)
GeneGroupAnalysis (58)
GeneMeta (1533)
GeneNetworkBuilder (1219)
GeneOverlap (1230)
geneplotter (36146)
GeneR (74)
geneRecommender (1180)
GeneRegionScan (1108)
generegulation (66)
GeneRfold (47)
geneRxCluster (991)
GeneSelectMMD (1087)
GeneSelector (1480)
GENESIS (752)
GeneSpring (51)
geNetClassifier (1372)
GeneticsBase (28)
GeneticsDesign (1223)
GeneticsPed (1279)
GeneTraffic (52)
GeneTS (20)
genoCN (1158)
genomation (1108)
GenomeBase (7)
GenomeGraphs (2874)
GenomeInfoDb (97284)
genomeIntervals (6532)
genomes (1460)
GenomicAlignments (50023)
GenomicFeatures (49001)
GenomicFiles (2333)
GenomicInteractions (1055)
GenomicRanges (71662)
GenomicTuples (1002)
Genominator (1402)
genoset (2018)
genotypeeval (200)
GenoView (920)
GEOmetadb (2373)
GEOquery (21914)
GEOsearch (190)
GEOsubmission (1125)
gespeR (704)
GEWIST (1012)
gff3Plotter (8)
GGBase (1970)
ggbio (10411)
ggcyto (3)
GGtools (1711)
ggtree (2382)
girafe (1745)
GLAD (2222)
GlobalAncova (1494)
globalSeq (13)
globaltest (3706)
gmapR (771)
GOAL (2)
goCluster (10)
GOexpress (1424)
GOFunction (1393)
GoogleGenomics (818)
goProfiles (1502)
GOSemSim (6256)
goseq (4828)
GOSim (1430)
GOstats (13241)
GOsummaries (1142)
GOTHiC (1176)
goTools (1727)
gpls (1811)
gprege (1089)
gQTLBase (1088)
gQTLstats (1095)
graph (48673)
GraphAlignment (1097)
GraphAT (1047)
graphite (3142)
GraphPAC (1175)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (1150)
GreyListChIP (684)
grndata (4)
groHMM (1045)
GSALightning (8)
GSAR (1022)
GSCA (1019)
GSEABase (17584)
GSEAlm (1830)
GSReg (908)
GSRI (1091)
GSVA (2187)
gtrellis (700)
GUIDEseq (199)
Guitar (206)
Gviz (18082)
gwascat (1664)
GWASTools (2628)

H

h5vc (1144)
hapFabia (1063)
Harshlight (1131)
HCsnip (1072)
HDTD (941)
Heatplus (5740)
HELP (1171)
HEM (1101)
hexbin (156)
hiAnnotator (980)
HIBAG (822)
hierGWAS (189)
highthroughputassays (77)
HilbertCurve (200)
HilbertVis (3206)
HilbertVisGUI (973)
hiReadsProcessor (922)
HiTC (1405)
HMMcopy (1332)
hopach (2284)
hpar (1769)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2157)
HTSanalyzeR (1615)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (573)
htSeqTools (1782)
HTSFilter (1402)
HybridMTest (1033)
hyperdraw (1307)
hypergraph (1979)

I

iASeq (1026)
iBBiG (1204)
ibh (1010)
iBMQ (1070)
Icens (2828)
iCheck (203)
iChip (1060)
iClusterPlus (1332)
iCOBRA (10)
IdeoViz (1106)
idiogram (1159)
IdMappingAnalysis (1022)
IdMappingRetrieval (1005)
iFlow (61)
iGC (204)
illuminaio (12449)
imageHTS (1157)
Imetagene (200)
immunoClust (721)
IMPCdata (869)
impute (23487)
InPAS (715)
INPower (939)
inSilicoDb (2124)
inSilicoMerging (1725)
INSPEcT (173)
intansv (1153)
interactiveDisplay (4154)
interactiveDisplayBase (7241)
inveRsion (1085)
IONiseR (222)
iontree (1027)
iPAC (1231)
IPPD (1521)
IRanges (123214)
iSeq (1094)
iSNetwork (11)
isobar (1703)
IsoGeneGUI (1109)
isomiRs (1)
iSPlot (8)
ITALICS (1066)
iterativeBMA (1109)
iterativeBMAsurv (1133)
IVAS (680)

J

JASPAR2016 (7)
JctSeqExData2 (4)
jmosaics (1065)
joda (1053)

K

KCsmart (1094)
kebabs (1218)
KEGGgraph (8233)
keggorth (20)
keggorthology (1302)
KEGGprofile (1837)
KEGGREST (11716)
KEGGSOAP (208)
kimod (17)

L

lapmix (1088)
LBE (1326)
ldblock (195)
LEA (902)
LedPred (202)
les (1125)
lfa (360)
liftOver (73)
limma (72911)
limmaGUI (2007)
LiquidAssociation (1069)
lmdme (1162)
LMGene (1318)
logicFS (1911)
logitT (1083)
lol (1067)
LOLA (246)
LowMACA (730)
LowMACAAnnotation (4)
LPE (1517)
LPEadj (1194)
LPEseq (3)
lpNet (1051)
lpsymphony (18)
lumi (8596)
LVSmiRNA (1184)

M

M3D (1027)
maanova (1725)
macat (1133)
maCorrPlot (1074)
maDB (92)
made4 (3025)
maigesPack (1129)
MAIT (1142)
makecdfenv (2439)
makePlatformDesign (31)
MANOR (1105)
manta (1057)
MantelCorr (1036)
mAPKL (730)
maPredictDSC (1050)
marray (9567)
maSigPro (2423)
maskBAD (1047)
MassArray (1149)
massiR (1045)
MassSpecWavelet (2711)
matchBox (1049)
matchprobes (100)
MatrixRider (682)
MBAmethyl (872)
MBASED (1058)
MBCB (1102)
mBPCR (1089)
mcaGUI (1078)
MCRestimate (1109)
mdgsa (689)
mdqc (1204)
MEAL (210)
MEALData (4)
MeasurementError.cor (1014)
MEDIPS (1829)
MEDME (1132)
MEIGOR (894)
MergeMaid (1667)
MeSHDbi (1385)
meshr (1198)
MeSHSim (689)
messina (946)
metaArray (1587)
Metab (1025)
metabomxtr (934)
metagene (1024)
metagenomeFeatures (205)
metagenomeSeq (4228)
metahdep (1086)
metaMS (1164)
metaSeq (1109)
metaseqR (1202)
metaX (225)
MethTargetedNGS (681)
methVisual (1142)
methyAnalysis (1783)
MethylAid (1112)
MethylAidData (2)
MethylMix (1156)
methylMnM (1069)
methylPipe (1287)
MethylSeekR (1211)
methylumi (7845)
Mfuzz (4018)
MGFM (946)
mgsa (1233)
MiChip (1081)
microRNA (1758)
MIMOSA (972)
MineICA (1073)
minet (3793)
minfi (10404)
MinimumDistance (1147)
minionSummaryData (4)
MiPP (1082)
MiRaGE (1098)
miRcomp (190)
miRcompData (4)
mirIntegrator (223)
miRLAB (225)
miRNApath (1256)
miRNAtap (1117)
Mirsynergy (961)
missMethyl (1217)
mitoODE (938)
MLInterfaces (2618)
MLP (1112)
MLSeq (1150)
MMDiff (1124)
mmgmos (13)
mmnet (1143)
MmPalateMiRNA (1115)
mogsa (712)
monocle (1816)
MoPS (888)
mosaics (1319)
motifbreakR (235)
MotifDb (2271)
motifRG (1191)
motifStack (2373)
MotIV (2500)
MPFE (903)
mQTL.NMR (932)
msa (1452)
MSGFgui (1400)
MSGFplus (1531)
msmsEDA (1405)
msmsTests (1373)
MSnbase (3805)
MSnID (1439)
MSstats (1653)
mtbls2 (6)
Mulcom (1634)
multiClust (13)
MultiMed (894)
multiscan (1034)
multtest (29317)
muscle (1291)
MVCClass (1078)
mvGST (948)
mygene (1967)
myvariant (217)
mzID (3144)
mzR (7632)

N

NanoStringDiff (202)
NanoStringQCPro (790)
NarrowPeaks (1133)
ncdfFlow (2597)
NCIgraph (1359)
neaGUI (1274)
nem (1316)
netbenchmark (822)
netbiov (1005)
nethet (695)
NetPathMiner (1099)
netresponse (1081)
NetSAM (1052)
networkBMA (1214)
NGScopy (962)
nnNorm (1081)
NOISeq (3145)
nondetects (1035)
normalize450K (11)
NormqPCR (1672)
npGSEA (1157)
NTW (987)
nucleR (1214)
nudge (1055)
NuPoP (1059)

O

occugene (990)
OCplus (1594)
OGSA (194)
oligo (10484)
oligoClasses (10918)
OLIN (1116)
OLINgui (1082)
omicade4 (1247)
OmicCircos (1993)
OmicsMarkeR (727)
OncoSimulR (876)
oneChannelGUI (1626)
ontoCAT (1257)
ontoTools (51)
openCyto (1536)
OperaMate (195)
oposSOM (1088)
OrderedList (2155)
OrganismDbi (12197)
OSAT (1012)
Oscope (277)
OTUbase (1134)
OutlierD (1237)

P

PAA (1176)
PADOG (1099)
paircompviz (1034)
pairseqsim (12)
pamr (59)
pandaR (767)
PAnnBuilder (1313)
panp (1235)
PANR (1104)
PAPi (1146)
parglms (665)
parody (1623)
Path2PPI (201)
pathifier (1303)
PathNet (1236)
pathRender (1067)
pathVar (185)
pathview (6235)
PatientGeneSets (36)
paxtoolsr (1413)
Pbase (1081)
pbcmc (1)
pcaGoPromoter (1111)
pcaMethods (8546)
pcot2 (1455)
PCpheno (1144)
pdInfoBuilder (1916)
pdmclass (1156)
PECA (1084)
pepStat (929)
pepXMLTab (1030)
PGA (206)
PGSEA (2147)
pgUtils (86)
phenoDist (992)
phenoTest (1335)
PhenStat (980)
phyloseq (6494)
piano (2180)
pickgene (1047)
PICS (1713)
PING (1098)
pint (1095)
pkgDepTools (1298)
plateCore (1055)
plethy (977)
plgem (1298)
plier (2652)
PLPE (1185)
plrs (1006)
plw (1040)
pmm (655)
podkat (713)
polyester (1213)
Polyfit (925)
ppiStats (1255)
prada (2589)
prebs (1057)
PREDA (1079)
predictionet (544)
preprocessCore (43799)
Prize (200)
proBAMr (1056)
PROcess (1969)
procoil (1131)
ProCoNA (1169)
profileScoreDist (9)
pRoloc (1724)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (1131)
PROMISE (1038)
PROPER (716)
Prostar (201)
prot2D (1128)
proteinProfiles (973)
proteomics (75)
ProteomicsAnnotationHubData (160)
proteoQC (1078)
ProtGenerics (4838)
PSEA (916)
PSICQUIC (1285)
puma (1691)
pvac (1134)
pvca (1329)
Pviz (1130)
PWMEnrich (1519)
pwOmics (565)

Q

qcmetrics (1162)
QDNAseq (1344)
qpcrNorm (1178)
qpgraph (1920)
qrqc (1936)
QUALIFIER (1041)
quantro (1151)
quantsmooth (3264)
QuartPAC (766)
QuasR (2790)
QuaternaryProd (8)
qusage (1213)
qvalue (20726)

R

R3CPET (683)
r3Cseq (1535)
R453Plus1Toolbox (1124)
R4RNA (27)
rain (1188)
rama (1159)
RamiGO (1598)
randPack (1020)
RankProd (3534)
RareVariantVis (214)
Rariant (978)
RbcBook1 (1170)
RBGL (29962)
RBioinf (1154)
rBiopaxParser (1358)
RBM (691)
Rbowtie (2710)
rbsurv (1117)
Rcade (1092)
RCASPAR (1101)
rcellminer (787)
rcellminerData (4)
rCGH (215)
Rchemcpp (1251)
RchyOptimyx (1119)
Rcpi (1298)
RCy3 (170)
RCyjs (505)
RCytoscape (2900)
RDAVIDWebService (3507)
Rdbi (42)
RdbiPgSQL (35)
Rdisop (1560)
RDRToolbox (1763)
ReactomePA (2591)
ReadqPCR (1756)
reb (1047)
RedeR (1686)
REDseq (1457)
RefNet (1020)
RefPlus (1139)
regioneR (1560)
regionReport (1006)
Repitools (2523)
ReportingTools (5200)
reposTools (15)
ReQON (1011)
Resourcerer (163)
rfcdmin (5)
rflowcyt (56)
rfPred (960)
rGADEM (3138)
RGalaxy (1083)
Rgraphviz (24456)
rGREAT (709)
RGSEA (1031)
rgsepd (651)
rhdf5 (17257)
Rhtslib (1088)
rHVDM (1105)
RiboProfiling (210)
riboSeqR (1084)
Ringo (2835)
Rintact (18)
RIPSeeker (1300)
Risa (1047)
RLMM (1048)
RMAGEML (31)
Rmagpie (1061)
RMAPPER (155)
RMassBank (1159)
rMAT (819)
RmiR (1316)
RNAinteract (1013)
RNAither (1053)
RNAprobR (682)
rnaseqcomp (200)
rnaseqGene (1197)
rnaSeqMap (1154)
RNASeqPower (1488)
RnaSeqSampleSize (716)
RnBeads (1575)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (942)
roar (933)
ROC (5028)
Roleswitch (1019)
Rolexa (1093)
rols (1528)
ROntoTools (1221)
ropls (356)
RPA (1164)
RpsiXML (1336)
rpx (1793)
Rqc (1057)
rqubic (1239)
rRDP (930)
Rredland (20)
RRHO (1051)
Rsamtools (55383)
rsbml (1506)
rSFFreader (539)
RSNPper (22)
Rsubread (4024)
RSVSim (1140)
rTANDEM (1759)
RTCA (1094)
RTCGA (310)
RTCGAToolbox (439)
RTN (1167)
RTools4TB (60)
RTopper (1031)
rtracklayer (51725)
Rtreemix (1051)
rTRM (1035)
rTRMui (931)
Ruuid (63)
RUVcorr (705)
RUVnormalize (995)
RUVSeq (2154)
RWebServices (325)

S

S4Vectors (107763)
safe (1700)
SAGElyzer (18)
sagenhaft (1029)
SAGx (1777)
SamSPECTRAL (1157)
sangerseqR (2071)
SANTA (1037)
sapFinder (1077)
saps (704)
savR (1115)
sbgr (293)
SBMLR (1194)
SCAN.UPC (1492)
scde (37)
ScISI (1264)
SCLCBam (4)
scsR (950)
SeattleIntro2010 (2)
segmentSeq (1566)
SELEX (668)
SemDist (850)
SemSim (32)
SEPA (187)
seq2pathway (839)
SeqArray (1193)
seqbias (1196)
seqCNA (1020)
SeqGSEA (2122)
seqLogo (6081)
seqPattern (898)
seqplots (1316)
seqTools (1065)
SequenceAnalysis (3)
SequenceAnalysisData (14)
sequencing (236)
SeqVarTools (1059)
SGSeq (1008)
shinyMethyl (1283)
shinyTANDEM (1130)
ShortRead (15733)
SICtools (102)
sidap (2)
sigaR (1126)
SigCheck (970)
SigFuge (979)
siggenes (12270)
sigPathway (1915)
sigsquared (633)
SIM (1132)
SIMAT (647)
SimBindProfiles (959)
similaRpeak (650)
simpleaffy (8106)
simulatorAPMS (38)
simulatorZ (910)
sincell (843)
SISPA (185)
sizepower (1338)
SJava (341)
skewr (642)
SLGI (1172)
SLqPCR (1174)
SMAP (1038)
SNAData (10)
SNAGEE (1009)
snapCGH (1403)
snm (1591)
SNPchip (2558)
SNPhood (198)
SNPhoodData (4)
snpMatrix (190)
SNPRelate (3048)
snpStats (7504)
soGGi (673)
SomatiCA (1049)
SomaticSignatures (1519)
SpacePAC (1103)
spade (1679)
spbtest (1)
specL (1047)
SpeCond (1451)
SPEM (948)
SPIA (3036)
spikeLI (1004)
spkTools (1036)
splicegear (1020)
spliceR (1466)
spliceSites (1096)
SplicingGraphs (1449)
splineTCDiffExpr (2)
splots (2112)
spotSegmentation (1117)
SQUADD (984)
SRAdb (4208)
sRAP (1198)
sscore (1019)
sSeq (1073)
ssize (1397)
SSPA (1349)
ssviz (920)
stam (19)
STAN (1017)
staRank (965)
Starr (1203)
STATegRa (995)
stepNorm (1049)
stepwiseCM (1042)
Streamer (1038)
STRINGdb (1889)
StudentGWAS (1)
subSeq (198)
SummarizedExperiment (18678)
supraHex (1557)
survcomp (3241)
Sushi (1570)
sva (10794)
SVM2CRM (652)
SVM2CRMdata (4)
SWATH2stats (222)
SwimR (938)
switchBox (922)
synapter (1552)
synlet (183)
systemPipeR (3236)
systemPipeRdata (3)

T

TargetScore (992)
TargetSearch (1151)
TarSeqQC (186)
TCC (1947)
TCGAbiolinks (535)
TDARACNE (1153)
TEQC (1293)
ternarynet (958)
TFBSTools (1694)
tigre (1072)
tilingArray (1557)
timecourse (1502)
TimerQuant (2)
TIN (693)
TitanCNA (1089)
tkWidgets (6009)
ToPASeq (1107)
topGO (9795)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (818)
tracktables (924)
trackViewer (1206)
transcriptR (12)
tRanslatome (1107)
TransView (1091)
traseR (212)
Travis (1)
triform (987)
trigger (1056)
trio (1459)
triplex (1000)
TRONCO (708)
TSCAN (921)
tspair (1189)
TSSi (1037)
TurboNorm (1038)
tweeDEseq (1226)
twilight (2254)
TypeInfo (1067)

U

UNDO (974)
unifiedWMWqPCR (953)
UniProt.ws (1758)

V

VanillaICE (1481)
variancePartition (199)
VariantAnnotation (26309)
VariantFiltering (1278)
variants (154)
VariantTools (919)
vbmp (1504)
Vega (1003)
VegaMC (986)
viper (1082)
virtualArray (307)
vsn (13794)
vtpnet (967)

W

wateRmelon (3132)
wavClusteR (947)
waveTiling (996)
weaver (1224)
webbioc (1094)
widgetInvoke (13)
widgetTools (6186)

X

XBSeq (207)
xcms (5959)
XDE (1063)
xmapbridge (1004)
xmapcore (54)
xps (1511)
XVector (73969)

Y

y2hStat (10)
yaqcaffy (1315)

Z

zlibbioc (89618)