Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2016-04-26 10:48:31 -0700 (Tue, 26 Apr 2016).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (209237)
2BiocGenerics (158084)
3IRanges (146411)
4Biobase (130724)
5S4Vectors (128886)
6AnnotationDbi (120365)
7zlibbioc (106820)
8GenomeInfoDb (103470)
9Biostrings (92186)
10XVector (88838)
11GenomicRanges (83513)
12limma (82516)
13BiocParallel (72047)
14annotate (64032)
15Rsamtools (61172)
16genefilter (60525)
17rtracklayer (60498)
18biomaRt (60093)
19graph (57190)
20GenomicAlignments (56340)
21GenomicFeatures (55584)
22preprocessCore (48577)
23affy (40925)
24BSgenome (40556)
25geneplotter (40351)
26edgeR (40147)
27affyio (38224)
28DESeq2 (38064)
29SummarizedExperiment (37318)
30RBGL (33543)
31multtest (32352)
32Rgraphviz (30960)
33VariantAnnotation (29811)
34impute (26844)
35GEOquery (25758)
36DESeq (24152)
37biovizBase (23506)
38qvalue (22784)
39Gviz (20610)
40rhdf5 (19200)
41GSEABase (18962)
42ShortRead (18166)
43Category (16954)
44gcrma (16354)
45AnnotationForge (16089)
46vsn (15464)
47GOstats (14439)
48KEGGREST (14080)
49illuminaio (13800)
50siggenes (13473)
51OrganismDbi (13078)
52cummeRbund (12999)
53EBImage (12736)
54DNAcopy (12497)
55oligoClasses (12276)
56sva (12228)
57oligo (12120)
58affyPLM (12036)
59topGO (11922)
60ggbio (11913)
61minfi (11857)
62affxparser (11655)
63bumphunter (11084)
64marray (10416)
65pcaMethods (10312)
66KEGGgraph (9669)
67AnnotationHub (9338)
68genomeIntervals (9097)
69lumi (9085)
70mzR (9056)
71interactiveDisplayBase (9009)
72simpleaffy (8735)
73BiocStyle (8652)
74methylumi (8587)
75snpStats (8461)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
May/201537784873428
Jun/201536463885064
Jul/201535587982664
Aug/201533609831764
Sep/201535622907083
Oct/2015400851092390
Nov/2015414991088114
Dec/201536153903475
Jan/201638265948705
Feb/2016423601004886
Mar/2016473711124899
Apr/201639826944822
All months31215011587294

A

a4 (1689)
a4Base (1870)
a4Classif (1642)
a4Core (1946)
a4Preproc (1912)
a4Reporting (1630)
ABAData (4)
ABAEnrichment (563)
ABAFuncData (3)
ABarray (1569)
ABSSeq (1338)
acde (563)
aCGH (2358)
ACME (1619)
ADaCGH2 (1408)
adSplit (1397)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (11655)
affy (40925)
affycomp (2189)
AffyCompatible (1626)
affyContam (1479)
affycoretools (4283)
affydata (13)
AffyExpress (1598)
affyILM (1391)
affyio (38224)
affylmGUI (2559)
affyPara (1432)
affypdnn (1851)
affyPLM (12036)
affyQCReport (4134)
AffyRNADegradation (1388)
AffyTiling (1401)
AGDEX (1324)
Agi4x44PreProcess (318)
agilp (2240)
AgiMicroRna (1849)
AIMS (1610)
ALDEx2 (1326)
AllelicImbalance (1516)
alsace (1227)
altcdfenvs (1539)
ampliQueso (1230)
AnalysisPageServer (1078)
AneuFinder (21)
AneuFinderData (3)
annaffy (6515)
AnnBuilder (52)
annmap (967)
annotate (64032)
annotation (255)
AnnotationDbi (120365)
AnnotationForge (16089)
AnnotationFuncs (1656)
AnnotationHub (9338)
AnnotationHubData (559)
annotationTools (2041)
anota (1466)
antiProfiles (1225)
apComplex (1594)
applera (17)
aroma.light (6903)
ArrayExpress (4673)
ArrayExpressHTS (700)
arrayMagic (45)
arrayMvout (1330)
arrayQCplot (24)
arrayQuality (1766)
arrayQualityMetrics (4402)
arrays (429)
ArrayTools (1974)
ArrayTV (1279)
ARRmNormalization (1253)
ASEB (1394)
ASGSCA (1171)
AshkenazimSonChr21 (1)
asmn (235)
ASSET (1274)
ASSIGN (1263)
AtlasRDF (1245)
attract (1315)

B

BAC (1316)
bacon (9)
BADER (1249)
BadRegionFinder (12)
BAGS (1220)
ballgown (2504)
bamsignals (1276)
BaseSpaceR (1319)
Basic4Cseq (1347)
BasicSTARRseq (56)
BatchQC (25)
BayesPeak (2184)
baySeq (4459)
BBCAnalyzer (498)
BCRANK (1435)
beadarray (6141)
beadarraySNP (1506)
BeadDataPackR (5733)
BeadExplorer (26)
BEAT (1172)
BEclear (1012)
betr (1873)
bgafun (1277)
BgeeDB (12)
BGmix (654)
bgx (1349)
BHC (2116)
BicARE (1446)
BiGGR (1331)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (650)
bim (19)
bioassayR (1579)
Biobase (130724)
biobroom (644)
BiocCaseStudies (1368)
BiocCheck (2288)
biocDatasets (50)
BiocGenerics (158084)
biocGraph (1732)
BiocInstaller (209237)
BiocParallel (72047)
BiocStyle (8652)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (3496)
bioDist (3449)
biomaRt (60093)
biomformat (66)
BioMVCClass (1263)
biomvRCNS (1266)
BioNet (2886)
BioQC (35)
BioSeqClass (1430)
biosigner (23)
Biostrings (92186)
biosvd (1183)
biovizBase (23506)
BiRewire (1551)
birta (1292)
birte (1040)
BiSeq (2412)
BitSeq (2877)
blima (1147)
BRAIN (1843)
BrainStars (1248)
bridge (1319)
BridgeDbR (1141)
BrowserViz (851)
BrowserVizDemo (740)
BSgenome (40556)
bsseq (3278)
BubbleTree (1229)
BufferedMatrix (1359)
BufferedMatrixMethods (1312)
bumphunter (11084)
BUS (1241)

C

CAFE (1154)
CAGEr (1590)
CALIB (1266)
CAMERA (3220)
canceR (1075)
cancerclass (1237)
CancerMutationAnalysis (1322)
CAnD (997)
caOmicsV (521)
Cardinal (1318)
casper (1281)
Category (16954)
categoryCompare (1224)
CausalR (515)
ccrepe (1252)
cellGrowth (1280)
cellHTS (1307)
cellHTS2 (2345)
cellity (74)
CellNOptR (1692)
cellTree (37)
CexoR (1211)
CFAssay (1093)
CGEN (1551)
CGHbase (2352)
CGHcall (1975)
cghMCR (1716)
CGHnormaliter (1251)
CGHregions (1396)
ChAMP (2565)
charm (1463)
ChemmineOB (1817)
ChemmineR (3360)
Chicago (58)
chimera (1899)
ChIPComp (590)
chipenrich (1287)
ChIPpeakAnno (5219)
ChIPQC (1785)
ChIPseeker (3183)
chipseq (3892)
chipseqDB (66)
ChIPseqR (1966)
ChIPsim (1848)
ChIPXpress (831)
chopsticks (1563)
chroGPS (1195)
chromDraw (967)
ChromHeatMap (1347)
ChromoViz (28)
chromPlot (44)
chromstaR (1)
chromstaRData (4)
CHRONOS (5)
CINdex (12)
cisPath (1385)
ClassifyR (1287)
cleanUpdTSeq (1140)
cleaver (1797)
clippda (1302)
clipper (1636)
Clomial (1159)
Clonality (1226)
clonotypeR (1166)
clst (1218)
clstutils (1184)
clustComp (21)
clusterProfiler (6341)
ClusterSignificance (24)
clusterStab (1721)
CMA (1777)
cn.farms (1218)
cn.mops (2490)
CNAnorm (1409)
CNEr (1879)
CNORdt (1300)
CNORfeeder (1276)
CNORfuzzy (1176)
CNORode (1343)
CNPBayes (467)
CNTools (2328)
cnvGSA (1197)
CNVPanelizer (533)
CNVrd2 (1224)
CNVtools (1396)
cobindR (1149)
CoCiteStats (1274)
codelink (1364)
CODEX (1308)
CoGAPS (1136)
cogena (1062)
coGPS (1160)
COHCAP (1443)
coMET (1137)
COMPASS (1239)
compcodeR (1325)
compEpiTools (1285)
CompGO (1255)
ComplexHeatmap (2985)
CONFESS (21)
ConsensusClusterPlus (3914)
consensusSeekeR (24)
contiBAIT (36)
conumee (1091)
convert (2321)
copa (1301)
COPDSexualDimorphism (163)
copynumber (2009)
CopyNumber450k (1242)
CopywriteR (1193)
CoRegNet (1218)
Cormotif (1218)
CorMut (1259)
coRNAi (1180)
CORREP (1230)
cosmiq (1092)
cosmo (128)
cosmoGUI (102)
COSNet (1070)
CountClust (26)
CoverageView (1046)
cpvSNP (988)
cqn (1876)
CRImage (1517)
CRISPRseek (1530)
CrispRVariants (41)
crlmm (2376)
CSAR (1945)
csaw (1902)
CSSP (1241)
ctc (3389)
cummeRbund (12999)
customProDB (1499)
cycle (1268)
cytofkit (1148)

D

dada2 (32)
dagLogo (1111)
daMA (1205)
DAPAR (516)
DAPARdata (2)
DART (1168)
DASiR (1154)
DAVIDQuery (1654)
DBChIP (1404)
dcGSA (37)
DChIPRep (475)
ddCt (1927)
ddgraph (1206)
debrowser (27)
DECIPHER (2014)
DeconRNASeq (1339)
DEDS (1259)
deepSNV (1442)
DEFormats (18)
DEGraph (1450)
DEGreport (1085)
DEGseq (3223)
deltaGseg (1254)
DeMAND (515)
derfinder (1393)
derfinderHelper (1311)
derfinderPlot (1171)
DESeq (24152)
DESeq2 (38064)
destiny (761)
DEXSeq (6963)
dexus (1249)
DFP (1202)
DiffBind (4140)
diffGeneAnalysis (1228)
diffHic (1194)
DiffLogo (495)
diffloop (1)
diffloopdata (3)
diggit (974)
DirichletMultinomial (2152)
dks (1136)
DMRcaller (1019)
DMRcate (1776)
DMRforPairs (1118)
DNABarcodes (506)
DNAcopy (12497)
DNaseR (220)
DNAshapeR (28)
domainsignatures (1224)
doppelgangR (34)
DOQTL (1308)
DOSE (6733)
DRIMSeq (22)
DriverNet (1287)
DrugVsDisease (1314)
dSimer (1)
DSS (1927)
DTA (1184)
dualKS (1171)
DupChecker (1029)
dupRadar (419)
dyebias (1175)
DynDoc (7482)

E

EasyqpcR (1496)
easyRNASeq (3194)
EBarrays (2006)
EBcoexpress (1241)
EBImage (12736)
EBSEA (17)
EBSeq (4151)
EBSeqHMM (1263)
ecolitk (1204)
EDASeq (5364)
edd (76)
EDDA (1134)
edge (1598)
edgeR (40147)
EGSEA (4)
EGSEAdata (3)
eiR (740)
eisa (1503)
ELBOW (1087)
ELMER (662)
ELMER.data (4)
EMDomics (1000)
EmpiricalBrownsMethod (35)
ENCODExplorer (1026)
ENmix (1044)
EnrichedHeatmap (540)
EnrichmentBrowser (1535)
ensembldb (3624)
ensemblVEP (1805)
ENVISIONQuery (1158)
EpiCluster (37)
epigenomix (1208)
epivizr (1474)
epivizrData (4)
epivizrServer (14)
eQTL (38)
erccdashboard (1390)
erma (619)
eudysbiome (443)
EWCE (56)
ExiMiR (1258)
exomeCopy (2073)
exomePeak (1316)
exonmap (115)
ExperimentHub (46)
ExperimentHubData (50)
explorase (1097)
ExpressionAtlas (13)
ExpressionView (1238)
exprExternal (12)
externalVector (108)

F

fabia (1875)
facopy (1091)
factDesign (1365)
FamAgg (33)
farms (1303)
fastLiquidAssociation (854)
fastseg (1348)
fbat (55)
fCI (455)
fdrame (1242)
FEM (1196)
ffpe (1277)
FGNet (1662)
FindMyFriends (544)
FISHalyseR (942)
flagme (1219)
flipflop (1228)
flowAI (28)
flowBeads (1127)
flowBin (1104)
flowcatchR (1082)
flowCHIC (1074)
flowCL (1106)
flowClean (1071)
flowClust (2587)
flowCore (6598)
flowCyBar (1118)
flowDensity (1391)
flowFit (1104)
flowFlowJo (296)
flowFP (1353)
flowMap (1142)
flowMatch (1105)
flowMeans (1662)
flowMerge (1437)
flowPeaks (1316)
flowPhyto (256)
flowPlots (1219)
flowQ (1247)
flowQB (1128)
FlowRepositoryR (938)
FlowSOM (1055)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (2647)
flowTrack (5)
flowTrans (1269)
flowType (1343)
flowUtils (2134)
flowViz (4549)
flowVS (1008)
flowWorkspace (3360)
fmcsR (1904)
focalCall (1034)
FourCSeq (1226)
FRGEpistasis (1063)
frma (2626)
frmaTools (1420)
fucci (3)
FunciSNP (1396)
furrowSeg (1)

G

gaga (1303)
gage (5501)
gaggle (1198)
gaia (1143)
garfield (39)
gaucho (1072)
gcatest (430)
gCMAP (1475)
gCMAPWeb (1185)
gcrma (16354)
gdsfmt (4907)
geecc (1031)
genArise (1200)
genbankr (16)
GENE.E (1494)
gene2pathway (124)
GeneAnswers (1985)
GeneBreak (441)
GeneExpressionSignature (1289)
genefilter (60525)
genefu (2116)
GeneGA (820)
GeneGroupAnalysis (79)
GeneMeta (1669)
GeneNetworkBuilder (1305)
GeneOverlap (1392)
geneplotter (40351)
GeneR (99)
geneRecommender (1232)
GeneRegionScan (1176)
generegulation (66)
GeneRfold (54)
geneRxCluster (1055)
GeneSelectMMD (1164)
GeneSelector (1678)
GENESIS (1081)
GeneSpring (76)
geNetClassifier (1546)
GeneticsBase (49)
GeneticsDesign (1358)
GeneticsPed (1480)
GeneTraffic (77)
GeneTS (37)
genoCN (1228)
GenoGAM (9)
genomation (1522)
GenomeBase (15)
GenomeGraphs (3028)
GenomeInfoDb (103470)
genomeIntervals (9097)
genomes (1573)
GenomicAlignments (56340)
GenomicFeatures (55584)
GenomicFiles (3227)
GenomicInteractions (1190)
GenomicRanges (83513)
GenomicTuples (1061)
Genominator (1421)
genoset (2161)
genotypeeval (455)
GenoView (1005)
genphen (29)
GenRank (24)
GenVisR (55)
GEOmetadb (2600)
GEOquery (25758)
GEOsearch (471)
GEOsubmission (1193)
gespeR (951)
GeuvadisTranscriptExpr (3)
GEWIST (1089)
gff3Plotter (16)
GGBase (2048)
ggbio (11913)
ggcyto (33)
GGtools (1761)
ggtree (3534)
girafe (1875)
GLAD (2389)
Glimma (28)
GlobalAncova (1607)
globalSeq (38)
globaltest (4065)
gmapR (852)
GMRP (25)
GOAL (2)
goCluster (11)
GOexpress (1668)
GOFunction (1454)
GoogleGenomics (1089)
goProfiles (1600)
GOSemSim (7329)
goseq (5539)
GOSim (1531)
GOstats (14439)
GOsummaries (1317)
GOTHiC (1300)
goTools (1839)
gpls (1905)
gprege (1141)
gQTLBase (1614)
gQTLstats (1568)
graph (57190)
GraphAlignment (1185)
GraphAT (1119)
graphite (3676)
GraphPAC (1238)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (1242)
GreyListChIP (915)
groHMM (1136)
GSALightning (52)
GSAR (1101)
GSCA (1089)
GSEABase (18962)
GSEAlm (2045)
GSReg (993)
GSRI (1159)
GSVA (2598)
gtrellis (939)
GUIDEseq (449)
Guitar (462)
Gviz (20610)
gwascat (1915)
GWASTools (2900)

H

h5vc (1271)
hapFabia (1137)
Harman (8)
HarmanData (3)
Harshlight (1178)
HCsnip (1134)
HDF5Array (14)
HDTD (998)
Heatplus (6324)
HELP (1207)
HEM (1161)
hexbin (219)
hiAnnotator (1057)
HIBAG (1078)
hierGWAS (440)
highthroughputassays (90)
HilbertCurve (464)
HilbertVis (3733)
HilbertVisGUI (1094)
hiReadsProcessor (987)
HiTC (1560)
HMMcopy (1427)
hopach (2655)
hpar (1931)
HTqPCR (2310)
HTSanalyzeR (1785)
HTSandGeneCentricLabs (2)
HTSeqGenie (705)
htSeqTools (1943)
HTSFilter (1562)
HybridMTest (1096)
hyperdraw (1382)
hypergraph (2086)

I

iASeq (1119)
iBBiG (1287)
ibh (1093)
iBMQ (1127)
iCARE (69)
Icens (3066)
iCheck (465)
iChip (1116)
iClusterPlus (1360)
iCOBRA (34)
IdeoViz (1189)
idiogram (1186)
IdMappingAnalysis (1100)
IdMappingRetrieval (1105)
iFlow (64)
iGC (449)
IHW (57)
illuminaio (13800)
imageHTS (1244)
Imetagene (459)
immunoClust (952)
IMPCdata (947)
impute (26844)
InPAS (946)
INPower (1007)
inSilicoDb (2240)
inSilicoMerging (1781)
INSPEcT (408)
intansv (1254)
InteractionSet (26)
interactiveDisplay (3636)
interactiveDisplayBase (9009)
inveRsion (1138)
IONiseR (516)
iontree (1117)
iPAC (1298)
IPPD (1636)
IRanges (146411)
iSeq (1188)
iSNetwork (14)
isobar (1828)
IsoGeneGUI (1171)
ISoLDE (14)
isomiRs (8)
iSPlot (15)
ITALICS (1117)
iterativeBMA (1161)
iterativeBMAsurv (1191)
IVAS (906)

J

JASPAR2016 (7)
JctSeqExData2 (4)
jmosaics (1127)
joda (1106)
JunctionSeq (35)

K

KCsmart (1134)
kebabs (1427)
KEGGgraph (9669)
keggorth (47)
keggorthology (1380)
KEGGprofile (2003)
KEGGREST (14080)
KEGGSOAP (218)
kimod (47)

L

lapmix (1154)
LBE (1446)
ldblock (440)
LEA (1247)
LedPred (457)
les (1178)
lfa (1133)
liftOver (100)
limma (82516)
limmaGUI (2075)
Linnorm (8)
LiquidAssociation (1147)
lmdme (1217)
LMGene (1372)
logicFS (2093)
logitT (1133)
lol (1151)
LOLA (570)
LowMACA (968)
LPE (1551)
LPEadj (1245)
LPEseq (3)
lpNet (1122)
lpsymphony (61)
lumi (9085)
LVSmiRNA (1234)
LymphoSeq (11)
LymphoSeqData (3)
LymphoSeqDB (3)

M

M3D (1088)
maanova (1632)
macat (1203)
maCorrPlot (1145)
maDB (111)
made4 (3283)
MADSEQ (1)
maftools (1)
maigesPack (1184)
MAIT (1259)
makecdfenv (2586)
makePlatformDesign (58)
MANOR (1160)
manta (1140)
MantelCorr (1112)
mAPKL (945)
maPredictDSC (1094)
marray (10416)
maSigPro (2610)
maskBAD (1108)
MassArray (1245)
massiR (1109)
MassSpecWavelet (2846)
matchBox (1111)
matchprobes (120)
MatrixRider (917)
MBAmethyl (954)
MBASED (1137)
MBCB (1151)
mBPCR (1134)
MBttest (32)
mcaGUI (1138)
MCRestimate (1172)
mdgsa (913)
mdqc (1264)
MEAL (483)
MEALData (5)
MeasurementError.cor (1100)
MEDIPS (1974)
MEDME (1172)
MEIGOR (972)
MergeMaid (1777)
Mergeomics (40)
MeSHDbi (1517)
meshr (1350)
MeSHSim (917)
messina (1018)
metaArray (1705)
Metab (1139)
metabomxtr (1016)
metaCCA (42)
metagene (1161)
metagenomeFeatures (455)
metagenomeSeq (4695)
metahdep (1151)
metaMS (1261)
metaSeq (1142)
metaseqR (1287)
metaX (520)
MethPed (27)
MethTargetedNGS (906)
methVisual (1223)
methyAnalysis (1974)
MethylAid (1178)
MethylAidData (2)
MethylMix (1224)
methylMnM (1094)
methylPipe (1403)
MethylSeekR (1248)
methylumi (8587)
Mfuzz (4516)
MGFM (1002)
mgsa (1321)
MiChip (1127)
microRNA (1905)
MIMOSA (1064)
MineICA (1159)
minet (4121)
minfi (11857)
MinimumDistance (1170)
minionSummaryData (4)
MiPP (1154)
MiRaGE (1158)
miRBaseVersions.db (3)
miRcomp (450)
miRcompData (4)
mirIntegrator (494)
miRLAB (515)
miRNAmeConverter (23)
miRNApath (1420)
miRNAtap (1261)
Mirsynergy (1048)
missMethyl (1401)
mitoODE (1013)
MLInterfaces (2958)
MLP (1207)
MLSeq (1255)
MMDiff (1213)
mmgmos (22)
mmnet (1214)
MmPalateMiRNA (1192)
mogsa (974)
monocle (2183)
MoPS (973)
mosaics (1425)
motifbreakR (517)
MotifDb (2653)
motifRG (1300)
motifStack (2569)
MotIV (2698)
MPFE (971)
mQTL.NMR (1012)
msa (2376)
MSGFgui (1494)
MSGFplus (1695)
msmsEDA (1567)
msmsTests (1553)
MSnbase (4520)
MSnID (1626)
msPurity (1)
msPurityData (3)
MSstats (1851)
mtbls2 (6)
Mulcom (1782)
MultiAssayExperiment (26)
multiClust (49)
MultiDataSet (15)
MultiMed (964)
multiscan (1092)
multtest (32352)
muscle (1816)
MVCClass (1158)
mvGST (1003)
mygene (2360)
myvariant (470)
mzID (3906)
mzR (9056)

N

NanoStringDiff (460)
NanoStringQCPro (1041)
NarrowPeaks (1199)
ncdfFlow (2907)
NCIgraph (1432)
neaGUI (1504)
nem (1386)
netbenchmark (1047)
netbiov (1102)
nethet (946)
NetPathMiner (1195)
netresponse (1175)
NetSAM (1100)
networkBMA (1340)
NGScopy (1064)
nnNorm (1121)
NOISeq (3727)
nondetects (1125)
normalize450K (31)
NormqPCR (1822)
npGSEA (1385)
NTW (1067)
nucleoSim (25)
nucleR (1282)
nudge (1106)
NuPoP (1151)

O

occugene (1058)
OCplus (1801)
odseq (23)
OGSA (447)
oligo (12120)
oligoClasses (12276)
OLIN (1161)
OLINgui (1121)
omicade4 (1334)
OmicCircos (2327)
OmicsMarkeR (979)
OncoScore (26)
OncoSimulR (973)
oneChannelGUI (1627)
ontoCAT (1345)
ontoTools (65)
openCyto (1700)
OperaMate (445)
oposSOM (1162)
oppar (7)
OrderedList (2322)
OrganismDbi (13078)
OSAT (1083)
Oscope (551)
OTUbase (1205)
OutlierD (1275)

P

PAA (1245)
PADOG (1168)
paircompviz (1123)
pairseqsim (20)
pamr (99)
pandaR (987)
PAnnBuilder (1377)
panp (1320)
PANR (1169)
PanVizGenerator (25)
PAPi (1221)
parglms (876)
parody (1743)
PasillaTranscriptExpr (4)
Path2PPI (458)
pathifier (1461)
PathNet (1478)
pathRender (1113)
pathVar (418)
pathview (7500)
PatientGeneSets (46)
paxtoolsr (1555)
Pbase (1153)
pbcmc (18)
pcaExplorer (21)
pcaGoPromoter (1151)
pcaMethods (10312)
PCAN (15)
pcot2 (1573)
PCpheno (1211)
pdInfoBuilder (2059)
pdmclass (1220)
PECA (1137)
pepStat (975)
pepXMLTab (1113)
PGA (454)
PGSEA (2396)
pgUtils (99)
phenoDist (1059)
phenoTest (1473)
PhenStat (1044)
phyloseq (7691)
piano (2511)
pickgene (1103)
PICS (1876)
PING (1166)
pint (1144)
pkgDepTools (1403)
plateCore (1122)
plethy (1053)
plgem (1343)
plier (3024)
PLPE (1237)
plrs (1069)
plw (1097)
pmm (889)
podkat (977)
polyester (1345)
Polyfit (976)
ppiStats (1326)
pqsfinder (8)
prada (2821)
prebs (1125)
PREDA (1126)
predictionet (565)
preprocessCore (48577)
Prize (442)
proBAMr (1124)
PROcess (2113)
procoil (1197)
ProCoNA (1236)
profileScoreDist (39)
pRoloc (1937)
pRolocGUI (1199)
PROMISE (1084)
PROPER (1022)
Prostar (462)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (2)
prot2D (1219)
proteinProfiles (1054)
proteomics (109)
ProteomicsAnnotationHubData (354)
proteoQC (1141)
ProtGenerics (6856)
PSEA (983)
PSICQUIC (1351)
psygenet2r (24)
puma (1809)
PureCN (5)
pvac (1187)
pvca (1412)
Pviz (1191)
PWMEnrich (1606)
pwOmics (824)

Q

qcmetrics (1206)
QDNAseq (1489)
qpcrNorm (1258)
qpgraph (2114)
qrqc (2136)
QUALIFIER (1114)
quantro (1216)
quantsmooth (3586)
QuartPAC (977)
QuasR (3300)
QuaternaryProd (26)
QUBIC (7)
QUBICdata (1)
qusage (1394)
qvalue (22784)

R

R3CPET (908)
r3Cseq (1677)
R453Plus1Toolbox (1186)
R4RNA (48)
rain (1272)
rama (1228)
RamiGO (1690)
randPack (1095)
RankProd (3887)
RareVariantVis (457)
Rariant (1024)
RbcBook1 (1186)
RBGL (33543)
RBioinf (1193)
rBiopaxParser (1546)
RBM (897)
Rbowtie (3102)
rbsurv (1169)
Rcade (1151)
RCASPAR (1184)
rcellminer (1061)
rCGH (493)
Rchemcpp (1324)
RchyOptimyx (1200)
Rcpi (1387)
RCy3 (428)
RCyjs (704)
RCytoscape (3289)
RDAVIDWebService (3748)
Rdbi (70)
RdbiPgSQL (42)
Rdisop (1716)
RDRToolbox (2021)
ReactomePA (3041)
ReadqPCR (1899)
reb (1094)
recoup (10)
RedeR (2428)
REDseq (1582)
RefNet (1090)
RefPlus (1173)
regioneR (2801)
regionReport (1066)
Repitools (2685)
ReportingTools (5487)
reposTools (28)
ReQON (1081)
Resourcerer (180)
rfcdmin (12)
rflowcyt (86)
rfPred (1027)
rGADEM (3426)
RGalaxy (1158)
RGraph2js (41)
Rgraphviz (30960)
rGREAT (961)
RGSEA (1159)
rgsepd (869)
rhdf5 (19200)
Rhtslib (1454)
rHVDM (1108)
RiboProfiling (478)
riboSeqR (1158)
RImmPort (36)
Ringo (3041)
Rintact (33)
RIPSeeker (1420)
Risa (1117)
RLMM (1098)
RMAGEML (39)
Rmagpie (1099)
RMAPPER (172)
RMassBank (1244)
rMAT (848)
RmiR (1354)
RNAinteract (1082)
RNAither (1158)
RNAprobR (900)
rnaseqcomp (456)
rnaseqGene (1398)
rnaSeqMap (1183)
RNASeqPower (1699)
RnaSeqSampleSize (1006)
RnBeads (2173)
Rnits (1006)
roar (981)
ROC (5507)
Roleswitch (1109)
Rolexa (1148)
rols (1775)
ROntoTools (1285)
ropls (887)
ROTS (21)
RPA (1221)
RpsiXML (1418)
rpx (2035)
Rqc (1221)
rqubic (1287)
rRDP (991)
Rredland (31)
RRHO (1134)
Rsamtools (61172)
rsbml (1586)
rSFFreader (563)
RSNPper (46)
Rsubread (5041)
RSVSim (1219)
rTANDEM (1871)
RTCA (1163)
RTCGA (807)
RTCGAToolbox (908)
RTN (1314)
RTools4TB (58)
RTopper (1098)
rtracklayer (60498)
Rtreemix (1112)
rTRM (1127)
rTRMui (997)
Ruuid (77)
RUVcorr (934)
RUVnormalize (1094)
RUVSeq (2487)
RWebServices (371)

S

S4Vectors (128886)
safe (2068)
SAGElyzer (29)
sagenhaft (1107)
SAGx (1921)
SamSPECTRAL (1253)
sangerseqR (2163)
SANTA (1131)
sapFinder (1139)
saps (916)
savR (1213)
sbgr (537)
SBMLR (1264)
SC3 (47)
SCAN.UPC (1568)
scater (57)
scde (117)
ScISI (1342)
scran (25)
scsR (990)
SeattleIntro2010 (2)
segmentSeq (1694)
SELEX (881)
SemDist (917)
SemSim (47)
SEPA (427)
seq2pathway (1080)
SeqArray (1277)
seqbias (1263)
seqCNA (1101)
SeqGSEA (2322)
seqLogo (6889)
seqPattern (1290)
seqplots (1433)
seqTools (1182)
SequenceAnalysis (2)
SequenceAnalysisData (18)
sequencing (404)
SeqVarTools (1138)
sevenbridges (36)
SGSeq (1148)
shinyMethyl (1349)
shinyTANDEM (1193)
ShortRead (18166)
SICtools (211)
sigaR (1194)
SigCheck (1050)
SigFuge (1036)
siggenes (13473)
sigPathway (2026)
sigsquared (851)
SIM (1179)
SIMAT (864)
SimBindProfiles (1005)
similaRpeak (871)
simpleaffy (8735)
simulatorAPMS (65)
simulatorZ (969)
sincell (1111)
SISPA (427)
sizepower (1486)
SJava (382)
skewr (872)
SLGI (1199)
SLqPCR (1259)
SMAP (1104)
SMITE (44)
SNAData (16)
SNAGEE (1052)
snapCGH (1476)
snm (1803)
SNPchip (2725)
SNPhood (454)
SNPhoodData (4)
snpMatrix (246)
SNPRelate (3761)
snpStats (8461)
soGGi (935)
SomatiCA (1130)
SomaticSignatures (1778)
SpacePAC (1183)
spade (1886)
spbtest (2)
SPEC (1)
specL (1102)
SpeCond (1554)
SPEM (1009)
SPIA (3402)
SpidermiR (10)
spikeLI (1055)
spkTools (1074)
splicegear (1073)
spliceR (1569)
spliceSites (1159)
SplicingGraphs (1600)
splineTCDiffExpr (43)
splineTimeR (9)
splots (2330)
spotSegmentation (1166)
SQUADD (1047)
SRAdb (4674)
sRAP (1234)
sscore (1090)
sscu (25)
sSeq (1158)
ssize (1559)
SSPA (1512)
ssviz (1012)
stam (30)
STAN (1066)
staRank (1036)
Starr (1207)
STATegRa (1096)
stepNorm (1096)
stepwiseCM (1085)
Streamer (1098)
STRINGdb (2083)
StudentGWAS (3)
subSeq (452)
SummarizedExperiment (37318)
supraHex (2166)
survcomp (3807)
Sushi (1822)
sva (12228)
SVM2CRM (865)
SWATH2stats (485)
SwathXtend (23)
SwimR (994)
switchBox (1013)
synapter (1618)
synlet (421)
systemPipeR (4001)
systemPipeRdata (3)

T

TargetScore (1053)
TargetSearch (1198)
TarSeqQC (399)
TCC (2135)
TCGAbiolinks (1479)
TDARACNE (1209)
TEQC (1390)
ternarynet (1030)
tetradR (1)
TFBSTools (1956)
tigre (1127)
tilingArray (1649)
timecourse (1547)
TimerQuant (2)
TIN (886)
TitanCNA (1174)
tkWidgets (6694)
tofsims (45)
ToPASeq (1202)
topGO (11922)
TPP (1079)
tracktables (1037)
trackViewer (1378)
transcriptR (42)
tRanslatome (1132)
TransView (1126)
traseR (458)
Travis (1)
triform (1069)
trigger (1107)
trio (1634)
triplex (1051)
TRONCO (953)
TSCAN (1006)
tspair (1226)
TSSi (1100)
TurboNorm (1071)
tweeDEseq (1328)
twilight (2359)
tximport (172)
tximportData (3)
TypeInfo (1115)

U

UNDO (1028)
unifiedWMWqPCR (1001)
UniProt.ws (1983)
Uniquorn (16)

V

VanillaICE (1582)
variancePartition (456)
VariantAnnotation (29811)
VariantFiltering (1417)
variants (172)
VariantTools (1073)
vbmp (1592)
Vega (1081)
VegaMC (1045)
viper (1168)
virtualArray (346)
vsn (15464)
vtpnet (992)

W

wateRmelon (3495)
wavClusteR (1045)
waveTiling (1047)
weaver (1279)
webbioc (1137)
widgetInvoke (19)
widgetTools (6875)

X

XBSeq (458)
xcms (6624)
XDE (1101)
xmapbridge (1058)
xmapcore (64)
xps (1502)
XVector (88838)

Y

y2hStat (15)
yaqcaffy (1463)

Z

zlibbioc (106820)