Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-05-27 07:04:35 -0700 (Wed, 27 May 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (169947)
2BiocGenerics (127022)
3Biobase (112953)
4IRanges (112676)
5AnnotationDbi (104811)
6GenomeInfoDb (87397)
7zlibbioc (80269)
8limma (70297)
9Biostrings (69190)
10GenomicRanges (66196)
11XVector (64093)
12S4Vectors (59955)
13annotate (57806)
14Rsamtools (52544)
15genefilter (51878)
16biomaRt (48871)
17graph (48107)
18BiocParallel (47440)
19rtracklayer (47146)
20GenomicFeatures (45276)
21GenomicAlignments (43910)
22preprocessCore (42485)
23affy (40937)
24BSgenome (38530)
25affyio (36479)
26geneplotter (34692)
27edgeR (34070)
28RBGL (30405)
29multtest (29967)
30DESeq2 (28361)
31Rgraphviz (25585)
32VariantAnnotation (24647)
33impute (23847)
34GEOquery (23662)
35biovizBase (23203)
36DESeq (23097)
37rhdf5 (18902)
38Gviz (18656)
39qvalue (18351)
40GSEABase (17830)
41gcrma (17404)
42Category (16622)
43ShortRead (15756)
44AnnotationForge (15718)
45vsn (15217)
46GOstats (14260)
47cummeRbund (14058)
48affyPLM (13391)
49siggenes (12986)
50illuminaio (12641)
51ggbio (11969)
52DNAcopy (11431)
53oligoClasses (11096)
54simpleaffy (10729)
55marray (10726)
56minfi (10433)
57affxparser (10295)
58topGO (9819)
59bumphunter (9788)
60oligo (9774)
61lumi (9676)
62EBImage (9648)
63KEGGREST (9549)
64sva (9541)
65annaffy (9259)
66OrganismDbi (9096)
67mzR (8745)
68methylumi (8701)
69KEGGgraph (7892)
70pcaMethods (7830)
71DynDoc (7822)
72DEXSeq (7762)
73xcms (7675)
74flowCore (7277)
75Heatplus (6955)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/2015317201091019
Feb/201531956751157
Mar/201538379948930
Apr/201538861947723
May/201532328718475
All months2945599676662

A

a4 (2353)
a4Base (2580)
a4Classif (2322)
a4Core (2576)
a4Preproc (2593)
a4Reporting (2317)
ABarray (2263)
ABSSeq (1811)
acde (3)
acepack (1)
aCGH (3043)
ACME (2260)
ADaCGH2 (2091)
adSplit (2095)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10295)
affy (40937)
affycomp (3176)
AffyCompatible (2349)
affyContam (2158)
affycoretools (5755)
affydata (2)
AffyExpress (2308)
affyILM (2052)
affyio (36479)
affylmGUI (3319)
affyPara (2048)
affypdnn (2481)
affyPLM (13391)
affyqcreport (2)
affyQCReport (5734)
AffyRNADegradation (2007)
AffyTiling (2074)
AGDEX (1969)
Agi4x44PreProcess (597)
agilp (2487)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2531)
AIMS (198)
ALDEx2 (953)
AllelicImbalance (1931)
alsace (1693)
altcdfenvs (2134)
ampliQueso (1759)
AnalysisPageServer (147)
annaffy (9259)
AnnBuilder (27)
annmap (1076)
annotate (57806)
annotation (236)
AnnotationDbi (104811)
AnnotationForge (15718)
AnnotationFuncs (2117)
AnnotationHub (3800)
annotationTools (2796)
anota (2117)
antiProfiles (1859)
apcluster (1)
apComplex (2175)
applera (1)
aroma.light (5446)
ArrayExpress (4819)
ArrayExpressHTS (1222)
arrayMagic (16)
arrayMvout (1977)
arraymvout (1)
arrayQCplot (3)
arrayQuality (2711)
arrayQualityMetrics (5449)
arrays (354)
ArrayTools (2497)
ArrayTV (1823)
ARRmNormalization (1821)
ASEB (1876)
ASGSCA (890)
AshkenazimSonChr21 (3)
asmn (1566)
ASSET (1803)
ASSIGN (1664)
AtlasRDF (1727)
attract (1936)

B

BAC (1898)
BADER (1815)
BAGS (1736)
ballgown (1456)
bamsignals (146)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1785)
Basic4Cseq (1882)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3063)
baySeq (4754)
BBmisc (1)
BCRANK (2217)
beadarray (6808)
beadarraySNP (2166)
BeadDataPackR (6175)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1634)
BEclear (129)
betr (2169)
bgafun (1888)
BGmix (1103)
bgx (1961)
BHC (2367)
BicARE (2048)
BiGGR (1815)
bigmemoryExtras (1112)
bioassayR (2094)
Biobase (112953)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2010)
BiocCheck (2484)
biocDatasets (24)
BiocGenerics (127022)
biocGraph (2111)
BiocInstaller (169947)
biocinstaller (3)
BiocParallel (47440)
BiocStyle (5575)
biocViews (3304)
bioDist (4379)
biomaRt (48871)
BioMVCClass (2022)
biomvRCNS (1854)
BioNet (3285)
BioSeqClass (2095)
Biostrings (69190)
biosvd (1674)
biovizBase (23203)
BiRewire (1865)
birta (1897)
birte (152)
BiSeq (2447)
bitops (1)
BitSeq (2675)
blima (958)
BRAIN (2292)
BrainStars (1895)
brew (1)
bridge (1946)
BridgeDbR (851)
BrowserViz (115)
BrowserVizDemo (82)
BSgenome (38530)
bsseq (3033)
BubbleTree (145)
BufferedMatrix (1988)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (1917)
bumphunter (9788)
BUS (1814)

C

CAFE (1653)
CAGEr (2119)
CALIB (1866)
CAMERA (3603)
canceR (154)
cancerclass (1847)
CancerMutationAnalysis (1976)
CAnD (129)
caOmicsV (1)
Cardinal (183)
casper (1894)
Category (16622)
categoryCompare (1842)
CausalR (6)
ccrepe (1629)
cellGrowth (1829)
cellhts (1)
cellHTS (1899)
cellHTS2 (2815)
CellNOptR (2261)
CexoR (1735)
CFAssay (813)
CGEN (2065)
CGHbase (2560)
CGHcall (2408)
cghcall (1)
cghMCR (3154)
CGHnormaliter (1839)
CGHregions (1922)
ChAMP (2939)
charm (2142)
checkmate (1)
ChemmineOB (2482)
ChemmineR (3890)
chemminer (3)
chimera (2883)
chipenrich (1741)
ChIPpeakAnno (6337)
ChIPQC (1942)
ChIPseeker (2617)
chipseq (4132)
ChIPseqR (2148)
ChIPsim (2082)
ChIPXpress (1000)
chopsticks (2137)
chroGPS (1770)
chromDraw (135)
ChromHeatMap (1957)
ChromoViz (2)
cisPath (1809)
ClassifyR (891)
cleanUpdTSeq (1614)
cleaver (2086)
clippda (1758)
clipper (1971)
Clomial (1544)
Clonality (1769)
clonotypeR (1635)
clst (1753)
clstutils (1657)
clusterProfiler (4091)
clusterStab (1968)
CMA (2474)
cn.farms (1771)
cn.mops (3215)
CNAnorm (1915)
CNEr (1905)
CNORdt (1728)
CNORfeeder (1667)
CNORfuzzy (1720)
CNORode (1789)
CNTools (2183)
cnvGSA (1724)
CNVrd2 (1668)
CNVtools (1971)
cnvtools (1)
cobindR (1635)
CoCiteStats (1862)
codelink (1873)
CODEX (237)
CoGAPS (1028)
cogena (145)
coGPS (1644)
COHCAP (1779)
colorspace (1)
coMET (166)
COMPASS (1562)
compcodeR (1774)
compEpiTools (918)
CompGO (1573)
ComplexHeatmap (272)
ConsensusClusterPlus (3248)
conumee (147)
convert (3117)
copa (1871)
COPDSexualDimorphism (1470)
CopyhelpeR (4)
copynumber (2155)
CopyNumber450k (1597)
CopywriteR (155)
CoRegNet (879)
Cormotif (1719)
CorMut (1757)
coRNAi (1692)
CORREP (1760)
cosmiq (853)
cosmo (115)
cosmoGUI (133)
COSNet (773)
CoverageView (1031)
cpvSNP (128)
cqn (2421)
CRImage (1999)
CRISPRseek (1798)
crlmm (3186)
CSAR (2230)
csaw (941)
CSSP (1597)
ctc (4174)
cummeRbund (14058)
cummerbund (1)
customProDB (1746)
cycle (1803)
cytofkit (141)

D

dagLogo (1584)
dama (2)
daMA (1718)
DART (1704)
DASiR (1637)
DAVIDQuery (2252)
DBChIP (1921)
DBI (1)
ddCt (2264)
ddgraph (1758)
DECIPHER (2090)
DeconRNASeq (1795)
DEDS (1785)
deepSNV (1949)
DEGraph (2055)
DEGreport (855)
DEGseq (3813)
degseq (1)
deltaGseg (1573)
DeMAND (3)
derfinder (973)
derfinderData (4)
derfinderHelper (953)
derfinderPlot (842)
DESeq (23097)
DESeq2 (28361)
DEXSeq (7762)
dexus (1741)
DFP (1729)
dichromat (1)
DiffBind (4197)
diffGeneAnalysis (1801)
diffHic (135)
digest (1)
diggit (123)
diggitdata (4)
DirichletMultinomial (2302)
dks (1641)
DMRcaller (122)
DMRcate (1790)
DMRforPairs (1562)
DNAcopy (11431)
DNaseR (1617)
domainsignatures (1788)
DOQTL (930)
DOSE (4549)
DriverNet (1747)
DrugVsDisease (1809)
DSS (2142)
DTA (1689)
dualKS (1678)
DupChecker (802)
dyebias (1752)
DynDoc (7822)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1971)
easyRNASeq (4116)
EBarrays (2529)
EBcoexpress (1785)
EBImage (9648)
EBSeq (3639)
EBSeqHMM (823)
ecolitk (1799)
EDASeq (3611)
edd (51)
EDDA (1635)
edge (206)
edgeR (34070)
eiR (1055)
eisa (2119)
ELBOW (1515)
ELMER.data (8)
EMDomics (131)
ENCODEdb (1)
ENCODExplorer (125)
ENmix (150)
EnrichmentBrowser (910)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
ensembldb (155)
ensemblVEP (2416)
ENVISIONQuery (1715)
epigenomix (1708)
epivizr (2015)
eQTL (27)
erccdashboard (891)
ExiMiR (1820)
exomeCopy (2369)
exomePeak (1747)
exonfindR (255)
exonmap (102)
explorase (1291)
ExpressionView (1771)
externalVector (177)

F

fabia (2406)
facopy (794)
facopy.annot (5)
factDesign (1954)
fail (1)
farms (1910)
fastLiquidAssociation (1204)
fastseg (1763)
fbat (33)
fdrame (1802)
FEM (854)
ffpe (1741)
FGNet (2013)
FISHalyseR (124)
flagme (1815)
flipflop (1645)
flowBeads (1562)
flowBin (1505)
flowcatchR (813)
flowCHIC (806)
flowCL (1528)
flowClean (875)
flowClust (2935)
flowCore (7277)
flowCyBar (1508)
flowDensity (1012)
flowFit (1583)
flowFlowJo (1757)
flowFP (1990)
flowMap (1655)
flowMatch (1513)
flowMeans (2195)
flowMerge (2033)
flowPeaks (1846)
flowPhyto (1608)
flowPlots (1768)
flowq (1)
flowQ (1442)
flowQB (1702)
FlowRepositoryR (125)
FlowSOM (147)
flowStats (4055)
flowTrans (1890)
flowType (1896)
flowUtils (2163)
flowViz (5740)
flowVS (133)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (4886)
fmcsR (2453)
focalCall (791)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (843)
FRGEpistasis (1456)
frma (2714)
frmaTools (1925)
FunciSNP (1894)

G

gaga (1936)
gage (4964)
gaggle (1716)
gaia (1679)
gaucho (1485)
gCMAP (1922)
gCMAPWeb (1654)
gcrma (17404)
gdsfmt (1892)
geecc (797)
genArise (1716)
GENE.E (2018)
gene2pathway (150)
GeneAnswers (2741)
GeneExpressionSignature (1843)
genefilter (51878)
genefu (2360)
GeneGA (1027)
GeneGroupAnalysis (148)
GeneMeta (2215)
GeneNetworkBuilder (1801)
GeneOverlap (1630)
geneplotter (34692)
GeneR (60)
geneRecommender (1852)
GeneRegionScan (1701)
generegulation (58)
GeneRfold (31)
geneRxCluster (1495)
GeneSelectMMD (1687)
GeneSelector (2085)
GENESIS (125)
GeneSpring (40)
geNetClassifier (1803)
GeneticsBase (30)
GeneticsDesign (1802)
GeneticsPed (1894)
GeneTraffic (47)
GeneTS (5)
genoCN (1745)
genomation (176)
GenomeGraphs (3741)
GenomeInfoDb (87397)
genomeIntervals (4856)
genomes (2040)
GenomicAlignments (43910)
GenomicFeatures (45276)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1938)
GenomicInteractions (807)
GenomicRanges (66196)
GenomicTuples (829)
Genominator (2236)
genoset (2683)
GenoView (771)
GEOmetadb (2836)
GEOquery (23662)
geoquery (1)
GEOsubmission (1724)
gespeR (125)
GEWIST (1581)
gff3Plotter (4)
GGBase (3122)
ggbio (11969)
GGtools (2482)
ggtree (312)
girafe (2136)
GLAD (2738)
GlobalAncova (2179)
globaltest (4374)
gmapR (1011)
GOexpress (1007)
GOFunction (2071)
GoogleGenomics (126)
goProfiles (2330)
goprofiles (2)
GOSemSim (5374)
goseq (5395)
GOSim (2121)
gostats (1)
GOstats (14260)
GOsummaries (956)
GOTHiC (1524)
goTools (2388)
gpls (2476)
gprege (1640)
gQTLBase (213)
gQTLstats (225)
graph (48107)
GraphAlignment (1748)
GraphAT (1700)
graphite (3329)
GraphPAC (1628)
GRENITS (1763)
GreyListChIP (127)
grndata (4)
groHMM (823)
GSAR (890)
GSBenchMark (4)
GSCA (1551)
gseabase (1)
GSEABase (17830)
GSEAlm (2357)
GSReg (785)
GSRI (1740)
GSVA (2603)
gtrellis (126)
Gviz (18656)
gwascat (2298)
GWASTools (3175)

H

h5vc (1737)
hapFabia (1699)
Harshlight (1748)
HCsnip (1654)
HDTD (826)
Heatplus (6955)
HELP (1750)
HEM (1697)
hexbin (152)
hiAnnotator (843)
HIBAG (140)
highthroughputassays (27)
HilbertVis (3018)
HilbertVisGUI (1374)
hiReadsProcessor (772)
HiTC (1885)
Hmisc (1)
HMMcopy (1949)
hopach (3117)
hpar (2049)
Hsapiens.Ensembl75 (4)
HTqPCR (2934)
HTSanalyzeR (2182)
HTSeqGenie (441)
htseqtools (2)
htSeqTools (2102)
HTSFilter (1933)
HybridMTest (1621)
hyperdraw (1985)
hypergraph (2610)

I

iASeq (1692)
iBBiG (1723)
ibh (1608)
iBMQ (1613)
Icens (3307)
iChip (1673)
iClusterPlus (4889)
IdeoViz (820)
idiogram (1775)
IdMappingAnalysis (1603)
IdMappingRetrieval (1639)
iFlow (120)
illuminaio (12641)
imageHTS (1835)
immunoClust (127)
IMPCdata (722)
impute (23847)
InPAS (126)
INPower (1420)
inSilicoDb (2438)
inSilicoMerging (2410)
intansv (1667)
interactiveDisplay (4865)
interactiveDisplayBase (3715)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (6)
inveRsion (1647)
inversion (1)
iontree (1624)
iPAC (1722)
IPPD (1940)
IRanges (112676)
iSeq (1705)
isobar (2220)
IsoGeneGUI (1733)
iSPlot (2)
ITALICS (1684)
iterativeBMA (1707)
iterativeBMAsurv (1679)
iterators (1)
IVAS (119)

J

jmosaics (1595)
joda (1668)

K

KCsmart (1730)
kebabs (898)
KEGGgraph (7892)
keggorth (19)
keggorthology (1991)
KEGGprofile (2373)
KEGGREST (9549)
KEGGSOAP (304)

L

labeling (1)
lapmix (1690)
latticeExtra (1)
LBE (1958)
LEA (157)
les (1755)
liftOver (1)
limma (70297)
limmaGUI (2926)
LiquidAssociation (1720)
liquidassociation (1)
lmdme (1700)
LMGene (1944)
logicFS (2341)
logitt (1)
logitT (1701)
lol (1656)
LowMACA (128)
LowMACAAnnotation (4)
LowMACAdb (4)
LPE (2112)
LPEadj (1677)
lpNet (1591)
lumi (9676)
LVSmiRNA (1814)

M

M3D (846)
maanova (2449)
macat (1721)
maCorrPlot (1663)
maDB (173)
madb (1)
made4 (4168)
maigesPack (1718)
MAIT (900)
makecdfenv (3318)
makePlatformDesign (36)
MANOR (1712)
manta (1664)
MantelCorr (1679)
mAPKL (149)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1603)
marray (10726)
maSigPro (2749)
maskBAD (1621)
MassArray (1725)
massiR (1482)
MassSpecWavelet (3399)
matchBox (1612)
matchprobes (113)
MatrixRider (115)
MBAmethyl (731)
MBASED (836)
MBCB (1725)
mBPCR (1673)
mcaGUI (1680)
MCRestimate (1788)
mdgsa (130)
mdqc (1843)
MeasurementError.cor (1600)
MEDIPS (2490)
MEDME (1720)
MEIGOR (760)
MergeMaid (2266)
MeSHDbi (1812)
meshr (1577)
MeSHSim (127)
messina (1446)
metaArray (2236)
Metab (816)
metabomxtr (760)
metagene (805)
metagenomeSeq (3718)
metahdep (1664)
metaMS (1641)
metaSeq (1643)
metaseqR (1636)
MethTargetedNGS (114)
methVisual (1765)
methyAnalysis (2399)
MethylAid (926)
MethylMix (879)
methylMnM (1647)
methylPipe (1030)
MethylSeekR (1850)
methylumi (8701)
Mfuzz (3939)
mfuzz (1)
MGFM (765)
mgsa (1833)
MiChip (1655)
microRNA (2451)
MIMOSA (1473)
MineICA (1630)
minet (4478)
minfi (10433)
MinimumDistance (1707)
MiPP (1691)
MiRaGE (1689)
miRNApath (1891)
miRNAtap (822)
Mirsynergy (1482)
missMethyl (915)
mitoODE (1453)
MLInterfaces (3203)
MLP (1695)
MLSeq (1694)
MMDiff (1709)
mmnet (1612)
MmPalateMiRNA (1711)
mogsa (116)
monocle (1298)
MoPS (778)
mosaics (1977)
MotifDb (2869)
motifRG (1763)
motifStack (2866)
MotIV (3112)
MPFE (719)
mQTL.NMR (777)
msa (166)
MSGFgui (955)
MSGFplus (1002)
MSIseqData (4)
msmsEDA (1664)
msmsTests (1615)
MSnbase (3928)
MSnID (953)
msQC (50)
MSstats (2039)
Mulcom (1864)
MultiMed (736)
multiscan (1642)
multtest (29967)
munsell (1)
muscle (217)
MVCClass (1824)
mvGST (781)
mygene (1135)
mzID (3039)
mzR (8745)

N

NanoStringQCPro (140)
NarrowPeaks (1721)
ncdfFlow (4254)
NCIgraph (2091)
neaGUI (1737)
nem (1832)
netbenchmark (146)
netbiov (852)
nethet (123)
NetPathMiner (1567)
netresponse (1660)
NetSAM (1568)
networkBMA (1709)
NGScopy (749)
NGScopyData (4)
nnNorm (1675)
NOISeq (3622)
nondetects (1478)
NormqPCR (2224)
npGSEA (1553)
NTW (1598)
nucler (1)
nucleR (1819)
nudge (1638)
NuPoP (1671)

O

occugene (1620)
OCplus (1905)
OGSA (1)
oligo (9774)
oligoClasses (11096)
oligoclasses (1)
OLIN (1777)
OLINgui (1654)
omicade4 (1809)
OmicCircos (2410)
OmicsMarkeR (120)
OncoSimulR (615)
oneChannelGUI (2517)
ontoCAT (1825)
ontoTools (43)
openCyto (1966)
OperaMate (1)
oposSOM (910)
OrderedList (2783)
org.Hs.eg.db (2)
OrganismDbi (9096)
OSAT (1608)
OTUbase (1768)
OutlierD (1803)

P

PAA (814)
PADOG (1690)
paircompviz (1554)
pairseqsim (3)
pamr (50)
pandaR (136)
PAnnBuilder (1831)
panp (1842)
PANR (1655)
PAPi (1664)
parglms (112)
parody (2278)
pathifier (1666)
PathNet (1646)
pathRender (1740)
pathview (6319)
PatientGeneSets (45)
paxtoolsr (981)
Pbase (803)
pcaGoPromoter (1820)
pcaMethods (7830)
pcot2 (1758)
PCpheno (1633)
pdInfoBuilder (2472)
pdmclass (1714)
PECA (1512)
pepDat (4)
pepStat (760)
pepXMLTab (751)
PGSEA (2469)
pgUtils (217)
phenoDist (1614)
phenoTest (1849)
PhenStat (1454)
phyloseq (6160)
piano (2706)
pickgene (1645)
PICS (2328)
PING (1766)
pint (1714)
pkgDepTools (1993)
plateCore (1733)
plethy (1561)
plgem (1727)
plier (3140)
PLPE (1673)
plrs (1592)
plw (1637)
plyr (1)
pmm (111)
podkat (124)
polyester (892)
Polyfit (780)
ppiStats (1758)
prada (3469)
prebs (1636)
PREDA (1676)
predictionet (952)
preprocessCore (42485)
proBAMr (718)
PROcess (2394)
procoil (1591)
ProCoNA (1584)
pRoloc (1907)
pRolocdata (5)
pRolocGUI (844)
PROMISE (1630)
PROPER (136)
prot2D (1617)
proteinProfiles (1520)
proteoQC (823)
ProtGenerics (729)
PSEA (748)
PSICQUIC (1844)
puma (2074)
pvac (1696)
pvca (1839)
Pviz (840)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2108)
pwOmics (76)

Q

qcmetrics (1517)
QDNAseq (1744)
qpcrNorm (1767)
qpgraph (2752)
qrqc (2176)
QUALIFIER (1650)
quantro (835)
quantsmooth (3789)
QuartPAC (121)
QuasR (3170)
qusage (1588)
qvalue (18351)

R

R3CPET (114)
r3Cseq (1830)
R453Plus1Toolbox (1757)
rain (825)
rama (1864)
RamiGO (2206)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1612)
RankProd (4170)
RareVariantVis (4)
Rariant (1477)
RbcBook1 (1839)
RBGL (30405)
rbioinf (1)
RBioinf (1820)
rBiopaxParser (1878)
RBM (126)
Rbowtie (3279)
rbsurv (1718)
Rcade (1625)
RCASPAR (1592)
rcellminer (136)
rcellminerData (4)
Rchemcpp (1508)
RchyOptimyx (1738)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2043)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCyjs (81)
RCytoscape (3894)
RDAVIDWebService (2997)
Rdbi (39)
RdbiPgSQL (19)
Rdisop (2158)
RDRToolbox (2247)
ReactomePA (2713)
ReadqPCR (2255)
reb (1640)
RedeR (2366)
REDseq (1811)
RefNet (1490)
RefPlus (1733)
regioneR (123)
regionReport (786)
Repitools (3222)
ReportingTools (6345)
ReQON (1638)
Resourcerer (1000)
rflowcyt (39)
rfPred (1513)
rGADEM (3550)
RGalaxy (1723)
Rgraphviz (25585)
rGREAT (124)
RGSEA (846)
rgsepd (119)
rhdf5 (18902)
Rhtslib (188)
rHVDM (1689)
riboSeq (48)
riboSeqR (838)
ringo (1)
Ringo (3659)
Rintact (26)
RIPSeeker (1825)
Risa (1670)
RLMM (1624)
RMAGEML (13)
rmagpie (1)
Rmagpie (1672)
RMAPPER (953)
RMassBank (1772)
rMAT (1112)
RmiR (1934)
RNAinteract (1640)
RNAither (1727)
rnaither (1)
RNAprobR (110)
rnaseqGene (601)
rnaSeqMap (1868)
RNASeqPower (1952)
RnaSeqSampleSize (127)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads (244)
RnBeads.hg19 (4)
RnBeads.mm10 (4)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
Rnits (766)
roar (1451)
ROC (5463)
Roleswitch (1548)
Rolexa (1763)
rols (2050)
ROntoTools (1749)
RPA (1819)
RpsiXML (1921)
rpx (1984)
Rqc (800)
rqubic (1753)
rRDP (753)
rRDPData (5)
Rredland (9)
RRHO (1587)
rsamtools (3)
Rsamtools (52544)
rsbml (2222)
rSFFreader (978)
RSNPper (15)
RSQLite (1)
Rsubread (4137)
RSVSim (1702)
rTANDEM (2162)
RTCA (1745)
RTCGAToolbox (18)
RTN (1742)
RTools4TB (34)
RTopper (1663)
rtracklayer (47146)
Rtreemix (1634)
rTRM (1566)
rTRMui (1508)
Ruuid (53)
RUVcorr (114)
RUVnormalize (814)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (1536)
RWebServices (340)

S

S4Vectors (59955)
safe (2124)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (1647)
SAGx (2121)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1755)
sangerseqR (2281)
SANTA (1570)
sapFinder (1470)
saps (137)
savR (1522)
SBMLR (1739)
scales (1)
SCAN.UPC (2091)
ScISI (1806)
SCLCBam (4)
scsR (1425)
SeattleIntro2010 (3)
segmentSeq (1840)
SELEX (119)
SemDist (729)
SemSim (11)
sendmailR (1)
seq2pathway (135)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1755)
seqbias (1841)
seqCNA (1574)
SeqGSEA (2395)
seqLogo (6776)
Seqnames (1)
seqPattern (120)
seqplots (961)
seqTools (813)
SequenceAnalysis (5)
SequenceAnalysisData (28)
SeqVarTools (1582)
SGSeq (770)
shinyMethyl (1062)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1590)
ShortRead (15756)
sidap (5)
sigaR (1716)
SigCheck (767)
SigFuge (1550)
siggenes (12986)
sigPathway (2328)
sigsquared (113)
SIM (1728)
SIMAT (117)
SimBindProfiles (1483)
similaRpeak (115)
simpleaffy (10729)
simulatorAPMS (32)
simulatorZ (756)
sincell (157)
sizepower (1920)
SJava (416)
skewr (118)
SLGI (1739)
slgi (1)
SLqPCR (1863)
SMAP (1637)
SNAGEE (1531)
snapCGH (2169)
snm (1936)
SNPchip (3353)
snpMatrix (250)
SNPRelate (1835)
snpStats (6226)
soGGi (121)
SomatiCA (1600)
SomaticSignatures (1764)
SpacePAC (1526)
spade (2267)
specL (772)
SpeCond (1759)
SPEM (1502)
SPIA (3410)
spikeLI (1595)
spkTools (1621)
splicegear (1652)
spliceR (2117)
spliceSites (1515)
SplicingGraphs (1759)
splots (2878)
spotSegmentation (1795)
SQUADD (1547)
SRAdb (4541)
sRAP (1803)
sscore (1597)
sSeq (1595)
ssize (2041)
SSPA (1864)
ssviz (790)
stam (9)
STAN (819)
staRank (1544)
Starr (1819)
STATegRa (779)
stepNorm (1619)
stepwiseCM (1594)
Streamer (1685)
STRINGdb (2135)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
SummarizedExperiment (104)
supraHex (1937)
survcomp (3981)
Sushi (1989)
sva (9541)
SVM2CRM (114)
SVM2CRMdata (4)
SwimR (1426)
switchBox (762)
synapter (1982)
systemPipeR (1356)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1542)
TargetSearch (1742)
TCC (2242)
TDARACNE (1745)
TEQC (1836)
ternarynet (1536)
tfbstools (1)
TFBSTools (2125)
tigre (1683)
tilingArray (2291)
timecourse (2188)
TIN (124)
TitanCNA (1577)
tkWidgets (6580)
ToPASeq (825)
topGO (9819)
topOnto.HDO.db (4)
TPP (122)
tracktables (739)
trackViewer (1614)
tRanslatome (1681)
TransView (1660)
triform (1538)
trigger (1641)
trio (1785)
triplex (1589)
TRONCO (124)
TSCAN (734)
tspair (1821)
TSSi (1658)
TurboNorm (1673)
tweeDEseq (1860)
twilight (2929)
typeinfo (1)
TypeInfo (1624)

U

UNDO (1445)
unifiedWMWqPCR (1452)
UniProt.ws (2320)

V

VanillaICE (1973)
VariantAnnotation (24647)
VariantFiltering (1787)
variants (160)
VariantTools (969)
vbmp (2182)
Vega (1619)
VegaMC (1603)
viper (1517)
virtualArray (1252)
vsn (15217)
vtpnet (1572)

W

wateRmelon (3439)
wavClusteR (851)
waveTiling (1580)
weaver (1953)
webbioc (1724)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6754)

X

xcms (7675)
XDE (1642)
xmapbridge (1615)
xmapcore (107)
XML (1)
xps (2336)
XVector (64093)

Y

yaqcaffy (1959)

Z

zlibbioc (80269)