Download stats for Bioconductor annotation packagesDownload stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor Software packages

This page was generated on 2015-01-26 08:55:00 -0800 (Mon, 26 Jan 2015).

This page monitors Bioconductor Software package downloads from http://bioconductor.org/ over the last 12 months. The number reported next to each package name is the number of distinct IPs that “hit” the package over the last 12 months. Core packages (i.e. the BiocInstaller package + packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments) are reported in bold.


Top 75

1BiocInstaller (152228)
2BiocGenerics (115848)
3IRanges (106906)
4Biobase (106164)
5AnnotationDbi (94249)
6zlibbioc (71854)
7limma (66223)
8Biostrings (63497)
9GenomeInfoDb (61061)
10GenomicRanges (60394)
11XVector (55653)
12annotate (55235)
13genefilter (48594)
14Rsamtools (48189)
15biomaRt (45740)
16rtracklayer (43976)
17graph (43274)
18GenomicFeatures (41593)
19affy (40411)
20preprocessCore (39990)
21BSgenome (38430)
22affyio (35675)
23geneplotter (32055)
24BiocParallel (30868)
25GenomicAlignments (30533)
26edgeR (30528)
27multtest (28494)
28S4Vectors (27347)
29RBGL (27017)
30GEOquery (24269)
31DESeq (23856)
32Rgraphviz (23759)
33DESeq2 (23338)
34impute (23046)
35biovizBase (22065)
36VariantAnnotation (21221)
37gcrma (17739)
38ShortRead (17122)
39rhdf5 (16616)
40Gviz (16191)
41qvalue (16157)
42GSEABase (15631)
43vsn (15372)
44AnnotationForge (14576)
45Category (14427)
46cummeRbund (14062)
47affyPLM (13767)
48GOstats (13255)
49siggenes (12436)
50ggbio (12145)
51simpleaffy (11563)
52illuminaio (11241)
53DNAcopy (11153)
54marray (10876)
55oligoClasses (10868)
56affxparser (10833)
57oligo (10172)
58minfi (9805)
59mzR (9794)
60annaffy (9616)
61flowCore (9437)
62lumi (9175)
63xcms (9155)
64topGO (9124)
65bumphunter (8791)
66methylumi (8586)
67EBImage (8485)
68DynDoc (8237)
69sva (8157)
70KEGGREST (8036)
71DEXSeq (7560)
72pcaMethods (7284)
73KEGGgraph (7266)
74widgetTools (6952)
75tkWidgets (6924)

All Software packages

MonthNb of distinct IPsNb of downloads
Feb/201428993573612
Mar/201434634886794
Apr/201439965777391
May/201438374830827
Jun/201436391728039
Jul/201436901655951
Aug/201436749681886
Sep/201448463788990
Oct/201444826826504
Nov/201432723816796
Dec/201430628721192
Jan/201525522886952
All months2874669174934

A

a4 (2442)
a4Base (2591)
a4Classif (2426)
a4Core (2603)
a4Preproc (2622)
a4Reporting (2425)
ABarray (2318)
ABSSeq (1535)
acepack (1)
aCGH (3126)
ACME (2295)
ADaCGH2 (2198)
adSplit (2168)
AdvancedR (1)
AdvancedR2011 (1)
AdvancedR2011Data (1)
affxparser (10833)
affy (40411)
affycomp (3277)
AffyCompatible (2464)
affyContam (2248)
affycoretools (5828)
affydata (2)
AffyExpress (2448)
affyILM (2145)
affyio (35675)
affylmGUI (3380)
affyPara (2152)
affypdnn (2596)
affyPLM (13767)
affyqcreport (3)
affyQCReport (6249)
AffyRNADegradation (2145)
AffyTiling (2272)
AGDEX (2072)
Agi4x44PreProcess (1119)
agilp (2484)
agimicrorna (1)
AgiMicroRna (2657)
AIMS (24)
ALDEx2 (479)
AllelicImbalance (1893)
alsace (1437)
altcdfenvs (2216)
ampliQueso (1788)
AnalysisPageServer (11)
annaffy (9616)
AnnBuilder (33)
annmap (1048)
annotate (55235)
annotation (246)
AnnotationDbi (94249)
AnnotationForge (14576)
AnnotationFuncs (2255)
AnnotationHub (3300)
annotationTools (2879)
anota (2228)
antiProfiles (1973)
apcluster (1)
apComplex (2285)
aroma.light (5493)
ArrayExpress (4786)
ArrayExpressHTS (1301)
arrayMagic (16)
arrayMvout (2085)
arraymvout (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (2784)
arrayQualityMetrics (5483)
arrays (401)
ArrayTools (2594)
ArrayTV (1878)
ARRmNormalization (1859)
ASEB (1970)
ASGSCA (453)
asmn (1461)
ASSET (1788)
ASSIGN (1417)
AtlasRDF (1466)
attract (2040)

B

BAC (1986)
BADER (1926)
BAGS (1749)
ballgown (620)
base64enc (1)
BaseSpaceR (1919)
Basic4Cseq (1589)
BatchJobs (1)
BayesPeak (3114)
baySeq (4655)
BBmisc (1)
bcellViper (3)
BCRANK (2310)
beadarray (6890)
beadarraySNP (2242)
BeadDataPackR (6251)
beaddatapackr (1)
BeadExplorer (4)
BEAT (1426)
betr (2180)
bgafun (2087)
BGmix (1159)
bgx (2060)
BHC (2462)
BicARE (2089)
BiGGR (1858)
bigmemoryExtras (1217)
bioassayR (2113)
Biobase (106164)
biobase (1)
BiocCaseStudies (2087)
BiocCheck (1984)
biocDatasets (37)
BiocGenerics (115848)
biocGraph (2220)
BiocInstaller (152228)
biocinstaller (3)
BiocParallel (30868)
BiocStyle (4636)
biocViews (3090)
bioDist (4632)
biomaRt (45740)
BioMVCClass (2240)
biomvRCNS (1831)
BioNet (3401)
BioSeqClass (2111)
Biostrings (63497)
biosvd (1449)
biovizbase (1)
biovizBase (22065)
BiRewire (1815)
birta (1977)
BiSeq (2382)
bitops (1)
BitSeq (2521)
blima (533)
blimaTestingData (3)
BRAIN (2283)
BrainStars (1994)
brew (1)
bridge (2018)
BridgeDbR (443)
BSgenome (38430)
bsseq (2717)
BufferedMatrix (2070)
bufferedmatrix (1)
BufferedMatrixMethods (2004)
bumphunter (8791)
BUS (1900)

C

CAFE (1399)
CAGEr (2070)
CALIB (1904)
CAMERA (3535)
cancerclass (1895)
CancerMutationAnalysis (1990)
Cardinal (7)
casper (1881)
Category (14427)
categoryCompare (1927)
ccrepe (1382)
cellGrowth (1885)
cellhts (1)
cellHTS (1978)
cellHTS2 (2936)
CellNOptR (2294)
CexoR (1720)
CFAssay (427)
CGEN (2059)
CGHbase (2565)
CGHcall (2430)
cghcall (1)
cghMCR (2017)
CGHnormaliter (1901)
CGHregions (1986)
ChAMP (3019)
charm (2200)
checkmate (1)
ChemmineOB (2424)
ChemmineR (3682)
chemminer (3)
chimera (2883)
chipenrich (1705)
ChIPpeakAnno (6061)
ChIPQC (1608)
ChIPseeker (1930)
chipseq (4119)
ChIPseqR (2137)
ChIPsim (2091)
ChIPXpress (1034)
chopsticks (2133)
chroGPS (1839)
chromDraw (4)
ChromHeatMap (2010)
ChromoViz (1)
cisPath (1811)
ClassifyR (459)
cleanUpdTSeq (1608)
cleaver (2001)
clippda (1848)
clipper (2010)
Clomial (1316)
Clonality (1854)
clonotypeR (1610)
clst (1821)
clstutils (1767)
clusterProfiler (3586)
clusterprofiler (1)
clusterStab (2076)
CMA (2543)
cn.farms (1849)
cn.mops (3218)
CNAnorm (1959)
CNEr (1593)
CNORdt (1786)
CNORfeeder (1717)
CNORfuzzy (1787)
CNORode (1832)
CNTools (2216)
cnvGSA (1825)
CNVrd2 (1663)
CNVtools (2028)
cnvtools (1)
cobindR (1623)
CoCiteStats (1986)
codelink (1930)
CODEX (3)
CoGAPS (769)
coGPS (1737)
COHCAP (1517)
colorspace (1)
coMET (9)
COMPASS (1361)
compcodeR (1521)
compEpiTools (458)
CompGO (1353)
ConsensusClusterPlus (3180)
convert (3149)
copa (2012)
COPDSexualDimorphism (1279)
COPDSexualDimorphism.data (1)
copynumber (2108)
CopyNumber450k (1353)
CopyNumber450kData (3)
CoRegNet (438)
Cormotif (1772)
CorMut (1824)
coRNAi (1801)
CORREP (1863)
cosmiq (468)
cosmo (147)
cosmoGUI (180)
COSNet (404)
CoverageView (859)
cpvSNP (2)
cqn (2535)
CRImage (2067)
CRISPRseek (1541)
crlmm (3472)
CSAR (2275)
csaw (459)
CSSP (1618)
ctc (4419)
cummeRbund (14062)
cummerbund (1)
customProDB (1738)
cycle (1937)

D

dagLogo (1588)
dama (2)
daMA (1788)
DART (1779)
DASiR (1797)
DAVIDQuery (2413)
DBChIP (1987)
DBI (1)
ddCt (2323)
ddgraph (1858)
DECIPHER (2092)
DeconRNASeq (1819)
DEDS (1866)
deepSNV (1997)
DEGraph (2108)
DEGreport (462)
DEGseq (3846)
degseq (1)
deltaGseg (1635)
derfinder (495)
derfinderData (4)
derfinderHelper (491)
derfinderPlot (437)
DESeq (23856)
DESeq2 (23338)
DEXSeq (7560)
dexus (1786)
DFP (1792)
dichromat (1)
DiffBind (4054)
diffGeneAnalysis (1959)
digest (1)
DirichletMultinomial (2207)
dks (1738)
DMRcate (1474)
DMRcatedata (3)
DMRforPairs (1310)
DNAcopy (11153)
DNaseR (1688)
domainsignatures (1936)
DOQTL (522)
DOSE (3977)
DriverNet (1753)
DrugVsDisease (1816)
DSS (2187)
DTA (1747)
dualKS (1521)
DupChecker (447)
dyebias (1822)
DynDoc (8237)
dyndoc (1)

E

EasyqpcR (1962)
easyRNASeq (4503)
EBarrays (2555)
EBcoexpress (1862)
EBImage (8485)
EBSeq (3486)
EBSeqHMM (411)
ecolitk (1898)
EDASeq (3321)
edd (50)
EDDA (1401)
edger (1)
edgeR (30528)
eiR (1068)
eisa (2215)
ELBOW (1312)
EnrichmentBrowser (441)
ensemblVEP (2517)
ENVISIONQuery (1810)
epigenomix (1757)
epivizr (1940)
eQTL (34)
erccdashboard (459)
ExiMiR (1891)
exomeCopy (2461)
exomePeak (1738)
exonfindR (255)
exonmap (113)
explorase (1386)
ExpressionView (1846)
expressionview (1)
externalVector (277)

F

fabia (2388)
facopy (401)
facopy.annot (5)
factDesign (2078)
fail (1)
farms (2011)
fastLiquidAssociation (1150)
fastseg (1846)
fbat (34)
fdrame (1896)
FEM (430)
ffpe (1781)
FGNet (1863)
flagme (1899)
flipflop (1623)
flowBeads (1587)
flowBin (1316)
flowcatchR (423)
flowCHIC (416)
flowCL (1306)
flowClean (471)
flowClust (2975)
flowCore (9437)
flowCyBar (1290)
flowDensity (514)
flowFit (1609)
flowFlowJo (1967)
flowFP (2053)
flowMap (1644)
flowMatch (1321)
flowMeans (2294)
flowMerge (2145)
flowPeaks (1917)
flowPhyto (1768)
flowPlots (1869)
flowq (1)
flowQ (1498)
flowQB (1741)
FlowSOM (13)
flowStats (4126)
flowTrans (1972)
flowType (2037)
flowUtils (2221)
flowViz (5822)
flowworkspace (1)
flowWorkspace (5116)
fmcsR (2389)
focalCall (398)
fOptions (1)
foreach (1)
Formula (1)
FourCSeq (442)
FRGEpistasis (1265)
frma (2772)
frmaTools (2008)
FunciSNP (1960)

G

gaga (1992)
gage (4799)
gaggle (1808)
gaia (1766)
gaucho (1287)
gCMAP (1860)
gCMAPWeb (1679)
gcrma (17739)
gdsfmt (301)
geecc (395)
genArise (1799)
GENE.E (2047)
gene2pathway (212)
GeneAnswers (3962)
GeneExpressionSignature (1878)
genefilter (48594)
genefu (2369)
GeneGA (1118)
GeneGroupAnalysis (233)
GeneMeta (2348)
GeneNetworkBuilder (1852)
GeneOverlap (1387)
geneplotter (32055)
GeneR (70)
geneRecommender (2040)
GeneRegionScan (1773)
generegulation (92)
GeneRfold (37)
geneRxCluster (1301)
GeneSelectMMD (1808)
GeneSelector (2141)
GeneSpring (32)
geNetClassifier (1774)
GeneticsBase (29)
GeneticsDesign (1875)
GeneticsPed (2037)
GeneTraffic (64)
GeneTS (4)
genoCN (1821)
genomation (21)
GenomeGraphs (3898)
genomeinfodb (1)
GenomeInfoDb (61061)
genomeIntervals (4671)
genomes (2076)
GenomicAlignments (30533)
GenomicFeatures (41593)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1542)
GenomicInteractions (416)
GenomicRanges (60394)
GenomicTuples (436)
Genominator (2326)
genoset (2717)
GenoView (397)
GEOmetadb (2895)
GEOquery (24269)
geoquery (1)
GEOsubmission (1807)
gespeR (6)
GEWIST (1692)
gff3Plotter (4)
GGBase (3379)
ggbio (12145)
GGtools (2602)
ggtree (16)
girafe (2144)
GLAD (2694)
GlobalAncova (2275)
globaltest (4404)
gmapR (1108)
GOexpress (465)
GOFunction (2128)
goProfiles (2409)
goprofiles (2)
GOSemSim (4919)
gosemsim (1)
goseq (5103)
GOSim (2216)
gostats (1)
GOstats (13255)
GOsummaries (518)
GOTHiC (1313)
goTools (2515)
gpls (2604)
gprege (1700)
gQTLBase (12)
gQTLstats (12)
graph (43274)
GraphAlignment (1825)
GraphAT (1805)
graphite (3222)
GraphPAC (1648)
GRENITS (1898)
GreyListChIP (2)
grndata (4)
groHMM (422)
GSAR (485)
GSBenchMark (4)
GSCA (1304)
gseabase (1)
GSEABase (15631)
GSEAlm (2395)
GSReg (407)
GSRI (1812)
GSVA (2642)
Gviz (16191)
gwascat (2134)
GWASTools (3266)

H

h5vc (1807)
hapFabia (1758)
Harshlight (1838)
HCsnip (1667)
HDTD (452)
Heatplus (6735)
HELP (1791)
HEM (1764)
hexbin (185)
hiAnnotator (467)
highthroughputassays (25)
HilbertVis (3029)
HilbertVisGUI (1529)
hiReadsProcessor (400)
HiTC (1929)
Hmisc (1)
HMMcopy (1974)
hopach (3199)
hpar (1932)
HSMMSingleCell (3)
HTqPCR (2947)
HTSanalyzeR (2253)
HTSeqGenie (451)
htseqtools (2)
htSeqTools (2098)
HTSFilter (1955)
HybridMTest (1699)
hyperdraw (2045)
hypergraph (2606)

I

iASeq (1911)
iBBiG (1776)
ibh (1683)
iBMQ (1622)
Icens (3447)
iChip (1755)
iClusterPlus (4608)
IdeoViz (410)
idiogram (1844)
IdMappingAnalysis (1682)
IdMappingRetrieval (1716)
iFlow (211)
illuminaio (11241)
imageHTS (1911)
IMPCdata (376)
impute (23046)
INPower (1232)
inSilicoDb (2519)
inSilicoMerging (2409)
intansv (1686)
interactiveDisplay (3224)
interactiveDisplayBase (1343)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (11)
inveRsion (1697)
inversion (1)
iontree (1715)
iPAC (1769)
IPPD (1939)
IRanges (106906)
iranges (1)
iSeq (1775)
isobar (2182)
IsoGeneGUI (1791)
iSPlot (2)
ITALICS (1751)
iterativeBMA (1764)
iterativeBMAsurv (1758)
iterators (1)
IVAS (1)

J

jmosaics (1649)
joda (1729)

K

KCsmart (1776)
kebabs (467)
KEGGgraph (7266)
keggorth (19)
keggorthology (2048)
KEGGprofile (2270)
KEGGREST (8036)
KEGGSOAP (473)

L

labeling (1)
lapmix (1840)
latticeExtra (1)
LBE (2073)
les (1790)
limma (66223)
limmaGUI (3088)
LiquidAssociation (1801)
liquidassociation (1)
lmdme (1746)
LMGene (2029)
logicFS (2389)
logitt (1)
logitT (1798)
lol (1752)
LowMACAdb (4)
LPE (2182)
LPEadj (1748)
lpNet (1688)
lumi (9175)
LVSmiRNA (1887)

M

M3D (421)
maanova (2553)
macat (1790)
maCorrPlot (1729)
maDB (391)
madb (1)
made4 (4353)
maigesPack (1775)
MAIT (471)
makecdfenv (3483)
makePlatformDesign (38)
MANOR (1781)
manta (1738)
MantelCorr (1768)
mAPKL (1)
mAPKLData (4)
maPredictDSC (1561)
marray (10876)
maSigPro (2776)
maskBAD (1690)
MassArray (1871)
massiR (1271)
MassSpecWavelet (3325)
matchBox (1706)
matchprobes (106)
MBAmethyl (385)
MBASED (426)
MBCB (1796)
mBPCR (1745)
mcaGUI (1768)
MCRestimate (1948)
mdgsa (9)
mdqc (1961)
MeasurementError.cor (1681)
MEDIPS (2572)
MEDME (1793)
MEIGOR (409)
MergeMaid (2447)
MeSH.AOR.db (3)
MeSH.db (3)
MeSH.PCR.db (3)
MeSHDbi (1473)
meshr (1315)
MeSHSim (8)
messina (1256)
metaArray (2394)
Metab (422)
metabomxtr (395)
metagene (421)
metagenomeSeq (2884)
metahdep (1722)
metaMS (1394)
metaMSdata (3)
metaSeq (1586)
metaseqR (1360)
methVisual (1852)
methyAnalysis (2494)
MethylAid (488)
MethylMix (414)
methylMnM (1616)
methylPipe (526)
MethylSeekR (1844)
methylumi (8586)
Mfuzz (3810)
mfuzz (1)
MGFM (392)
mgsa (1924)
MiChip (1719)
microRNA (2507)
MIMOSA (1292)
MineICA (1658)
minet (4274)
minfi (9805)
MinimumDistance (1710)
MiPP (1770)
MiRaGE (1735)
miRNApath (2040)
miRNAtap (415)
Mirsynergy (1302)
missMethyl (479)
mitoODE (1464)
MLInterfaces (3202)
MLP (1808)
MLSeq (1423)
MMDiff (1748)
mmnet (1370)
MmPalateMiRNA (1809)
monocle (695)
MoPS (433)
mosaics (2126)
MotifDb (3098)
motifRG (1831)
motifStack (2837)
MotIV (3126)
MPFE (374)
mQTL.NMR (412)
MSGFgui (444)
MSGFplus (453)
MSIseqData (7)
msmsEDA (1572)
msmsTests (1538)
MSnbase (3714)
MSnID (456)
msQC (55)
MSstats (2007)
MUGAExampleData (3)
Mulcom (1825)
MultiMed (388)
multiscan (1713)
multtest (28494)
munsell (1)
MVCClass (1890)
mvGST (406)
mygene (517)
mzID (2505)
mzR (9794)

N

NarrowPeaks (1781)
ncdfFlow (4473)
NCIgraph (2165)
neaGUI (1676)
nem (1865)
netbenchmark (1)
netbiov (436)
nethet (6)
NetPathMiner (1325)
netresponse (1752)
NetSAM (1619)
networkBMA (1727)
NGScopy (392)
NGScopyData (4)
nnNorm (1739)
NOISeq (3518)
nondetects (1280)
NormqPCR (2186)
npGSEA (1316)
NTW (1699)
nucleR (1861)
nucler (1)
nudge (1692)
NuPoP (1759)

O

occugene (1763)
OCplus (1928)
oligo (10172)
oligoClasses (10868)
oligoclasses (1)
OLIN (1841)
OLINgui (1720)
omicade4 (1741)
OmicCircos (2273)
OncoSimulR (310)
oneChannelGUI (2622)
ontoCAT (1914)
ontoTools (45)
openCyto (1894)
oposSOM (495)
OrderedList (2717)
org.Hs.eg.db (2)
org.MeSH.Aca.db (3)
org.MeSH.Atu.K84.db (3)
org.MeSH.Bsu.168.db (3)
org.MeSH.Hsa.db (3)
org.MeSH.Syn.db (3)
OrganismDbi (5287)
OSAT (1676)
OTUbase (1885)
OutlierD (1852)

P

PAA (399)
PADOG (1744)
paircompviz (1551)
pairseqsim (4)
pamr (53)
PAnnBuilder (1907)
panp (1944)
PANR (1694)
PAPi (1688)
parglms (2)
parody (2259)
pathifier (1588)
PathNet (1679)
pathRender (1864)
pathview (5807)
PatientGeneSets (61)
paxtoolsr (457)
Pbase (422)
pcaGoPromoter (2038)
pcaMethods (7284)
pcot2 (1722)
PCpheno (1730)
pdInfoBuilder (2629)
pdmclass (1813)
PECA (1353)
pepDat (4)
pepStat (393)
pepXMLTab (379)
PGSEA (2410)
pgUtils (503)
phenoDist (1644)
phenoTest (1898)
PhenStat (1295)
phyloseq (5416)
piano (2712)
pickgene (1721)
PICS (2430)
PING (1809)
pint (1778)
pkgDepTools (2059)
plateCore (1808)
plethy (1554)
plgem (1761)
plier (3102)
PLPE (1828)
plrs (1635)
plw (1707)
plyr (1)
polyester (447)
Polyfit (423)
ppiStats (1834)
prada (3566)
prebs (1657)
PREDA (1745)
predictionet (1042)
preprocessCore (39990)
proBAMr (333)
PROcess (2376)
procoil (1675)
ProCoNA (1575)
pRoloc (1799)
pRolocdata (1)
pRolocGUI (451)
PROMISE (1722)
PROPER (5)
prot2D (1614)
proteinProfiles (1545)
proteoQC (440)
PSEA (385)
PSICQUIC (1790)
puma (2076)
pvac (1751)
pvca (1840)
Pviz (430)
pvxmlrpclibs (4)
PWMEnrich (2120)
pxr (3)

Q

qcmetrics (1465)
QDNAseq (1453)
qpcrNorm (1860)
qpgraph (2886)
qrqc (2141)
QUALIFIER (1645)
quantro (406)
quantsmooth (3706)
QuartPAC (5)
QuasR (4079)
qusage (1561)
qvalue (16157)

R

r3Cseq (1825)
R453Plus1Toolbox (1853)
rain (410)
rama (1945)
RamiGO (2337)
ramigo (1)
randpack (1)
randPack (1688)
RankProd (4323)
Rariant (1263)
RbcBook1 (1877)
RBGL (27017)
rbioinf (1)
RBioinf (1900)
rBiopaxParser (1869)
Rbowtie (4042)
rbsurv (1825)
Rcade (1674)
RCASPAR (1694)
Rchemcpp (1573)
RchyOptimyx (1834)
RColorBrewer (1)
Rcpi (2046)
Rcpp (1)
RCurl (1)
RCytoscape (4147)
RDAVIDWebService (2537)
Rdbi (43)
RdbiPgSQL (26)
Rdisop (2207)
RDRToolbox (2282)
ReactomePA (2737)
ReadqPCR (2243)
reb (1714)
RedeR (2336)
REDseq (1901)
RefNet (1257)
RefPlus (1776)
regionReport (397)
Repitools (3130)
ReportingTools (5920)
ReQON (1731)
Resourcerer (1437)
rflowcyt (35)
rfPred (1538)
rGADEM (3512)
RGalaxy (1817)
Rgraphviz (23759)
RGSEA (457)
rgsepd (6)
rhdf5 (16616)
rHVDM (1693)
riboSeq (48)
riboSeqR (410)
ringo (1)
Ringo (3612)
Rintact (26)
RIPSeeker (1859)
Risa (1755)
RLMM (1707)
RMAGEML (11)
rmagpie (1)
Rmagpie (1729)
RMAPPER (1382)
RMassBank (1827)
rMAT (1130)
RmiR (2059)
RNAinteract (1745)
RNAither (1828)
rnaither (1)
rnaseqGene (148)
rnaSeqMap (1924)
RNASeqPower (1917)
RnaSeqSampleSize (8)
RnaSeqSampleSizeData (4)
RnBeads.hg19 (4)
Rnits (399)
roar (1301)
ROC (5427)
Roleswitch (1546)
Rolexa (1863)
rols (2005)
ROntoTools (1762)
RPA (1923)
RpsiXML (1999)
rpx (1543)
Rqc (414)
rqubic (1759)
rRDP (396)
rRDPData (5)
Rredland (7)
RRHO (1640)
rsamtools (3)
Rsamtools (48189)
rsbml (2278)
rSFFreader (1031)
RSNPper (14)
RSQLite (1)
Rsubread (3633)
RSVSim (1695)
rTANDEM (2101)
RTCA (1805)
RTN (1735)
RTools4TB (27)
RTopper (1738)
rtracklayer (43976)
Rtreemix (1748)
rTRM (1633)
rTRMui (1540)
Ruuid (62)
RUVnormalize (426)
RUVnormalizeData (4)
RUVSeq (859)
RWebServices (372)

S

S4Vectors (27347)
safe (2073)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (1753)
SAGx (2148)
sagx (1)
SamSPECTRAL (1851)
sangerseqR (1653)
SANTA (1601)
sapFinder (1297)
saps (10)
savR (1207)
SBMLR (1832)
scales (1)
SCAN.UPC (2112)
ScISI (1892)
scsR (1221)
SeattleIntro2010 (4)
segmentSeq (1859)
SemDist (390)
SemSim (15)
sendmailR (1)
seq2pathway (1)
seq2pathway.data (4)
SeqArray (1807)
seqbias (1940)
seqCNA (1593)
SeqGSEA (2479)
seqLogo (6437)
Seqnames (31)
seqPattern (5)
seqplots (471)
seqTools (414)
SequenceAnalysis (4)
SequenceAnalysisData (24)
SeqVarTools (1591)
SGSeq (400)
shinyMethyl (529)
shinyMethylData (4)
shinyTANDEM (1584)
ShortRead (17122)
sidap (2)
sigaR (1776)
SigCheck (392)
SigFuge (1561)
siggenes (12436)
sigPathway (2322)
SIM (1778)
SimBindProfiles (1485)
simpleaffy (11563)
simulatorAPMS (44)
simulatorZ (387)
sizepower (2089)
SJava (449)
SLGI (1763)
slgi (1)
SLqPCR (2074)
SMAP (1716)
SNAGEE (1556)
snapCGH (2290)
snm (1993)
SNPchip (3442)
snpMatrix (265)
SNPRelate (795)
snpStats (5974)
SomatiCA (1680)
SomaticSignatures (1563)
SpacePAC (1508)
spade (2358)
specL (403)
SpeCond (1773)
SPEM (1549)
SPIA (3260)
spikeLI (1664)
spkTools (1680)
splicegear (1753)
spliceR (2199)
spliceSites (1535)
SplicingGraphs (1722)
splots (2977)
spotSegmentation (1859)
SQUADD (1617)
SRAdb (4149)
sRAP (1773)
sscore (1671)
sSeq (1559)
ssize (2128)
SSPA (1885)
ssviz (444)
stam (10)
STAN (416)
staRank (1632)
Starr (1876)
STATegRa (410)
stepNorm (1693)
stepwiseCM (1654)
Streamer (1883)
STRINGdb (1946)
stringr (1)
StudentGWAS (2)
supraHex (1772)
survcomp (3877)
Sushi (1629)
sva (8157)
SwimR (1441)
switchBox (389)
synapter (1921)
systemPipeR (580)

T

targetPredictor (4)
targetPredictor.db (4)
targetPredictorTemp (4)
TargetScore (1584)
TargetSearch (1838)
TCC (2174)
TDARACNE (1836)
TEQC (1887)
ternarynet (1623)
tfbstools (1)
TFBSTools (2116)
tigre (1837)
tilingArray (2509)
timecourse (2218)
TitanCNA (1347)
tkWidgets (6924)
ToPASeq (414)
topGO (9124)
tracktables (391)
trackViewer (1419)
tRanslatome (1694)
TransView (1717)
triform (1617)
trigger (1727)
trio (1779)
triplex (1655)
TRONCO (7)
TSCAN (383)
tspair (1872)
TSSi (1727)
TurboNorm (1750)
tweeDEseq (1982)
twilight (2849)
typeinfo (1)
TypeInfo (1717)

U

UNDO (1259)
unifiedWMWqPCR (1265)
UniProt.ws (2252)

V

VanillaICE (2050)
VariantAnnotation (21221)
VariantFiltering (1506)
variants (156)
VariantTools (1010)
vbmp (2185)
Vega (1709)
VegaMC (1739)
viper (1302)
virtualArray (1976)
vsn (15372)
vtpnet (1553)

W

wateRmelon (3459)
wavClusteR (481)
waveTiling (1629)
weaver (2210)
webbioc (1808)
WES.1KG.WUGSC (4)
widgetTools (6952)

X

xcms (9155)
XDE (1737)
xmapbridge (1687)
xmapcore (193)
XML (1)
xps (2574)
XVector (55653)

Y

yaqcaffy (2076)

Z

zebrafishRNASeq (6)
zlibbioc (71854)