Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2016-09-23 08:36:24 -0700 (Fri, 23 Sep 2016).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (25627)
2BiocGenerics (18325)
3IRanges (18104)
4S4Vectors (16654)
5Biobase (15318)
6AnnotationDbi (14537)
7zlibbioc (12562)
8Biostrings (11616)
9GenomeInfoDb (11557)
10GenomicRanges (11027)
11limma (10784)
12XVector (10781)
13BiocParallel (9355)
14rtracklayer (8011)
15biomaRt (7666)
16annotate (7609)
17GenomicAlignments (7527)
18genefilter (7525)
19Rsamtools (7514)
20GenomicFeatures (7430)
21SummarizedExperiment (6988)
22graph (6671)
23preprocessCore (5748)
24edgeR (5417)
25DESeq2 (5102)
26BSgenome (4904)
27geneplotter (4857)
28affy (4646)
29affyio (4347)
30Rgraphviz (3941)
31RBGL (3918)
32VariantAnnotation (3917)
33multtest (3725)
34impute (3161)
35DESeq (3010)
36GEOquery (2935)
37qvalue (2855)
38biovizBase (2746)
39Gviz (2640)
40rhdf5 (2558)
41GSEABase (2246)
42ShortRead (2221)
43AnnotationForge (1945)
44Category (1900)
45KEGGREST (1808)
46GOstats (1762)
47AnnotationHub (1741)
48vsn (1738)
49gcrma (1734)
50DNAcopy (1603)
51topGO (1584)
52interactiveDisplayBase (1580)
53illuminaio (1580)
54OrganismDbi (1559)
55ggbio (1540)
56minfi (1513)
57siggenes (1506)
58cummeRbund (1495)
59sva (1492)
60oligo (1417)
61oligoClasses (1409)
62EBImage (1372)
63affxparser (1309)
64bumphunter (1282)
65pcaMethods (1282)
66affyPLM (1244)
67ensembldb (1185)
68marray (1156)
69KEGGgraph (1152)
70BiocStyle (1136)
71mzR (1128)
72DOSE (1006)
73lumi (999)
74methylumi (990)
75GOSemSim (988)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (167)
a4Base (190)
a4Classif (161)
a4Core (196)
a4Preproc (192)
a4Reporting (168)
ABAData (0)
ABAEnrichment (97)
ABAFuncData (0)
ABarray (165)
ABSSeq (144)
acde (88)
acepack (0)
aCGH (250)
ACME (164)
ADaCGH2 (150)
adSplit (147)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1309)
affy (4646)
affycomp (225)
AffyCompatible (161)
affyContam (151)
affycoretools (444)
affydata (2)
AffyExpress (162)
affyILM (143)
affyio (4347)
affylmGUI (247)
affyPara (150)
affypdnn (192)
affyPLM (1244)
affyQCReport (412)
AffyRNADegradation (143)
AffyTiling (133)
AGDEX (134)
Agi4x44PreProcess (36)
agilp (221)
AgiMicroRna (190)
AIMS (209)
ALDEx2 (135)
AllelicImbalance (161)
alpine (1)
alpineData (1)
alsace (120)
altcdfenvs (167)
AMOUNTAIN (3)
ampliQueso (120)
AnalysisPageServer (110)
Anaquin (0)
AneuFinder (32)
AneuFinderData (1)
annaffy (648)
AnnBuilder (9)
annmap (101)
annotate (7609)
annotation (18)
AnnotationDbi (14537)
annotationdbi (0)
AnnotationForge (1945)
AnnotationFuncs (180)
AnnotationHub (1741)
AnnotationHubData (100)
Annotations (0)
annotationTools (213)
annotatr.data (1)
anota (150)
antiProfiles (126)
apcluster (0)
apComplex (171)
applera (4)
aroma.light (876)
ArrayExpress (492)
ArrayExpressHTS (80)
arrayMagic (5)
arraymvout (0)
arrayMvout (140)
arrayQCplot (4)
arrayQuality (171)
arrayQualityMetrics (504)
arrays (33)
ArrayTools (207)
ArrayTV (129)
ARRmNormalization (125)
ASAFE (3)
ASEB (139)
ASGSCA (118)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (15)
ASpli (2)
ASSET (133)
ASSIGN (126)
AtlasRDF (123)
attract (134)

B

BAC (142)
bacon (33)
BADER (127)
BadRegionFinder (28)
BAGS (126)
ballgown (301)
bamsignals (146)
base64enc (0)
BaseSpaceR (148)
Basic4Cseq (136)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BasicSTARRseq (37)
BatchJobs (0)
BatchQC (43)
BayesKnockdown (2)
BayesPeak (208)
baySeq (483)
BBCAnalyzer (79)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (147)
beadarray (700)
beadarraySNP (163)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (627)
BeadExplorer (3)
BEAT (119)
BEclear (104)
betr (199)
bgafun (135)
BgeeDB (31)
BGmix (76)
bgx (145)
BHC (216)
BicARE (153)
BiGGR (125)
BigMatrix (0)
bigmelon (1)
bigmemoryExtras (76)
bim (3)
bioassayR (172)
Biobase (15318)
biobroom (110)
bioCancer (2)
BiocCaseStudies (147)
BiocCheck (276)
biocDatasets (8)
BiocGenerics (18325)
biocGraph (206)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (25627)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BiocParallel (9355)
BiocStyle (1136)
BiocStyleRmdIssue (1)
biocViews (435)
BiocWorkflowTools (0)
bioDist (363)
biodist (0)
biomaRt (7666)
biomformat (226)
BioMVCClass (135)
biomvRCNS (127)
BioNet (314)
BioQC (30)
BioSeqClass (143)
biosigner (35)
biostrings (0)
Biostrings (11616)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (117)
biovizBase (2746)
BiRewire (183)
birta (132)
birte (112)
BiSeq (242)
bitops (0)
BitSeq (339)
blima (116)
blimaTestingData (0)
BRAIN (186)
BrainStars (130)
brew (0)
bridge (143)
BridgeDbR (117)
BrowserViz (99)
BrowserVizDemo (83)
BSgenome (4904)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (380)
BubbleTree (125)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (151)
BufferedMatrixMethods (144)
bumphunter (1282)
BUS (129)
BuxcoR (0)

C

CAFE (113)
CAGEr (170)
CALIB (129)
CAMERA (361)
camera (0)
canceR (111)
cancerclass (122)
CancerMutationAnalysis (135)
CancerSubtypes (1)
CAnD (106)
caOmicsV (82)
Cardinal (139)
casper (127)
Category (1900)
categoryCompare (129)
CausalR (87)
ccdata (1)
ccmap (2)
ccrepe (128)
cellGrowth (133)
cellHTS (142)
cellHTS2 (259)
cellity (41)
CellMapper (1)
CellMapperData (1)
cellnoptr (0)
CellNOptR (179)
cellTree (34)
CexoR (120)
CFAssay (112)
CGEN (163)
CGHbase (272)
CGHcall (222)
cghMCR (225)
CGHnormaliter (134)
CGHregions (154)
cghregions (0)
ChAMP (306)
ChAMPdata (0)
charm (161)
checkmate (0)
ChemmineOB (215)
ChemmineR (380)
Chicago (37)
chimera (187)
ChIPComp (98)
chipenrich (131)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQualExample (1)
ChIPpeakAnno (651)
ChIPQC (201)
ChIPseeker (436)
ChipSeq (0)
chipseq (435)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (208)
ChIPsim (193)
ChIPXpress (92)
chopsticks (172)
chroGPS (118)
chromDraw (101)
ChromHeatMap (139)
ChromoViz (5)
chromPlot (35)
chromstaR (2)
chromstaRData (2)
CHRONOS (27)
CINdex (27)
cisPath (134)
ClassifyR (133)
cleanUpdTSeq (118)
cleaver (188)
clippda (135)
clipper (169)
Clomial (114)
Clonality (127)
clonotypeR (122)
clst (127)
clstutils (119)
clustComp (30)
clusterExperiment (2)
clusterProfiler (932)
clusterprofiler (0)
ClusterSignificance (29)
clusterStab (182)
CMA (197)
cn.farms (124)
cn.mops (257)
CNAnorm (153)
cnanorm (0)
CNEr (215)
CNORdt (132)
CNORfeeder (131)
CNORfuzzy (120)
CNORode (140)
CNPBayes (78)
CNTools (308)
cnvGSA (122)
CNVPanelizer (89)
CNVrd2 (123)
CNVtools (146)
cnvtools (0)
cobindR (115)
CoCiteStats (140)
codelink (143)
codetoolsBioC (0)
CODEX (140)
CoGAPS (115)
cogena (111)
coGPS (116)
COHCAP (145)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (130)
COMPASS (129)
compcodeR (132)
compEpiTools (131)
CompGO (135)
ComplexHeatmap (533)
CONFESS (22)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (519)
consensusSeekeR (31)
contiBAIT (29)
conumee (122)
convert (249)
copa (141)
COPDSexualDimorphism (10)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (231)
CopyNumber450k (127)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (135)
CoRegNet (120)
Cormotif (127)
CorMut (128)
coRNAi (124)
CORREP (134)
cosmiq (109)
cosmo (18)
cosmoGUI (17)
COSNet (110)
CountClust (34)
covEB (2)
CoverageView (111)
covRNA (3)
cpvSNP (100)
cqn (199)
CRImage (163)
CRISPRseek (161)
CrispRVariants (35)
crlmm (262)
crossmeta (3)
CSAR (208)
csaw (226)
CSSP (131)
ctc (363)
ctsGE (2)
cummeRbund (1495)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
customProDB (159)
CVE (2)
cycle (132)
cytofkit (143)
CytoML (2)

D

dada2 (64)
dagLogo (110)
daMA (126)
DAPAR (88)
DAPARdata (1)
DART (118)
DASiR (113)
DAVIDQuery (128)
davidquery (0)
DBChIP (153)
DBI (0)
dcGSA (31)
DChIPRep (85)
ddCt (191)
ddgraph (120)
DDiGGER (0)
debrowser (36)
DECIPHER (232)
DeconRNASeq (132)
DEDS (131)
DeepBlueR (2)
deepSNV (152)
DEFormats (37)
DEGraph (158)
DEGreport (111)
DEGseq (344)
deltaGseg (124)
DeMAND (87)
derfinder (158)
derfinderData (0)
derfinderHelper (147)
derfinderPlot (127)
deseq (0)
DESeq (3010)
DESeq2 (5102)
destiny (145)
DEsubs (1)
DEXSeq (889)
dexus (129)
DFP (128)
dichromat (0)
DiffBind (520)
diffGeneAnalysis (131)
diffHic (143)
DiffLogo (81)
diffloop (27)
diffloopdata (1)
digest (0)
diggit (103)
diggitdata (0)
Director (2)
DirichletMultinomial (239)
dks (118)
DMRcaller (109)
DMRcate (220)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (111)
DNABarcodes (85)
DNAcopy (1603)
DNaseR (15)
DNAshapeR (36)
domainsignatures (134)
doppelgangR (31)
DOQTL (136)
DOSE (1006)
DRIMSeq (29)
DriverNet (132)
DrugVsDisease (132)
dSimer (2)
DSS (240)
DTA (118)
dualKS (124)
DupChecker (104)
dupRadar (73)
DvDdata (0)
dyebias (131)
DynDoc (738)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (1)
EasyqpcR (156)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (337)
EBarrays (208)
EBcoexpress (131)
EBImage (1372)
EBSEA (30)
EBSeq (457)
EBSeqHMM (130)
ecolitk (131)
EDASeq (744)
edd (12)
EDDA (112)
edge (171)
edger (0)
edgeR (5417)
eegc (1)
EfficientR (0)
EGAD (29)
EGSEA (38)
EGSEAdata (1)
eiR (83)
eisa (153)
ELBOW (109)
ELMER (108)
ELMER.data (0)
EMDomics (104)
EmpiricalBrownsMethod (39)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (124)
ENmix (117)
EnrichedHeatmap (92)
EnrichmentBrowser (200)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (1185)
ensemblVEP (193)
ENVISIONQuery (119)
EpiCluster (7)
Epicopy (1)
EpicopyData (1)
epigenomix (122)
epivizr (162)
epivizrData (39)
epivizrServer (38)
epivizrStandalone (30)
eQTL (3)
erccdashboard (159)
erma (105)
esetVis (3)
eudysbiome (74)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (31)
ExiMiR (130)
exomeCopy (235)
exomePeak (138)
exonfindR (0)
exonmap (16)
ExperimentHub (38)
ExperimentHubData (35)
explorase (110)
ExpressionAtlas (31)
expressionview (0)
ExpressionView (127)
exprExternal (2)
externalVector (15)

F

fabia (198)
facopy (111)
facopy.annot (0)
factDesign (149)
fail (0)
FamAgg (30)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (138)
fastLiquidAssociation (100)
fastseg (176)
fbat (9)
fCI (76)
fdrame (131)
FEM (126)
ffpe (132)
FGNet (167)
fgsea (13)
FindMyFriends (93)
FISHalyseR (97)
flagme (126)
Fletcher2013a (0)
flipflop (131)
flowAI (38)
flowBeads (113)
flowBin (112)
flowcatchR (106)
flowCHIC (105)
flowCL (116)
flowClean (114)
flowClust (297)
flowCore (831)
flowCyBar (113)
flowDensity (145)
flowFit (113)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (28)
flowFP (141)
flowMap (116)
flowMatch (109)
flowMeans (180)
flowMerge (157)
flowPeaks (135)
flowPhyto (22)
flowPlots (128)
flowq (0)
flowQ (143)
flowQB (116)
FlowRepositoryR (99)
FlowSOM (125)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (295)
flowTrack (1)
flowTrans (138)
flowType (145)
flowUtils (266)
flowViz (531)
flowVS (105)
flowWorkspace (427)
fmcsR (205)
focalCall (106)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (127)
FRGEpistasis (106)
frma (291)
frmaTools (155)
fucci (1)
FunChIP (2)
FunciSNP (145)
furrowSeg (1)

G

gaga (141)
gage (681)
gaggle (132)
gaia (123)
GAprediction (1)
garfield (29)
gaucho (107)
gcatest (71)
gCMAP (145)
gCMAPWeb (115)
gCrisprTools (0)
gcrma (1734)
gdsfmt (594)
geecc (100)
GEM (3)
genArise (124)
genbankr (33)
GENE.E (153)
gene2pathway (14)
GeneAnswers (200)
geneAttribution (1)
GeneBreak (72)
GeneExpressionSignature (130)
genefilter (7525)
genefu (252)
GeneGA (89)
GeneGeneInteR (2)
GeneGroupAnalysis (8)
GeneMeta (178)
GeneNetworkBuilder (129)
GeneOverlap (150)
geneplast (2)
geneplotter (4857)
GeneR (14)
geneRecommender (133)
GeneRegionScan (122)
generegulation (5)
GeneRfold (5)
geneRxCluster (106)
GeneSelectMMD (122)
GeneSelector (178)
GENESIS (123)
GeneSpring (13)
geNetClassifier (156)
GeneticsBase (6)
GeneticsDesign (153)
GeneticsPed (167)
GeneTraffic (11)
GeneTS (6)
genetw12 (0)
genoCN (123)
GenoGAM (28)
genomation (185)
genomationData (0)
GenomeBase (3)
GenomeGraphs (314)
GenomeInfoDb (11557)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (854)
genomes (164)
GenomicAlignments (7527)
GenomicFeatures (7430)
GenomicFiles (466)
GenomicInteractions (130)
GenomicRanges (11027)
GenomicTuples (113)
Genominator (148)
genoset (234)
genotypeeval (77)
GenoView (75)
genphen (30)
GenRank (28)
GenVisR (64)
GEOmetadb (290)
geoquery (0)
GEOquery (2935)
GEOsearch (81)
GEOsubmission (124)
geosubmission (0)
gespeR (98)
GeuvadisTranscriptExpr (1)
GEWIST (111)
gff3Plotter (4)
GGBase (207)
ggbio (1540)
ggcyto (42)
GGtools (184)
ggtree (497)
girafe (197)
GLAD (259)
Glimma (48)
GlobalAncova (174)
globalSeq (30)
globaltest (465)
gmapR (103)
GMRP (28)
GOAL (1)
goCluster (2)
GOexpress (177)
GOFunction (149)
GoogleGenomics (106)
goProfiles (178)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (988)
goseq (627)
GOSim (160)
gostats (0)
GOstats (1762)
GOsummaries (151)
GOTHiC (133)
goTools (195)
gotools (0)
gpls (210)
gprege (117)
gQTLBase (191)
gQTLstats (181)
graph (6671)
GraphAlignment (127)
GraphAT (122)
graphite (448)
GraphPAC (128)
greengenes13.5MgDb (1)
GRENITS (126)
GreyListChIP (96)
GRmetrics (2)
grndata (0)
groHMM (119)
GSALightning (30)
GSAR (114)
GSBenchMark (0)
GSCA (108)
GSE64985 (1)
GSEABase (2246)
GSEAlm (215)
GSReg (101)
GSRI (127)
GSVA (311)
gtkWidgets (0)
gtrellis (104)
GUIDEseq (77)
Guitar (79)
Gviz (2640)
gwascat (216)
GWASTools (315)

H

h5vc (139)
hapFabia (116)
Harman (27)
HarmanData (1)
Harshlight (129)
harshlight (0)
HCsnip (113)
HDF5Array (32)
HDTD (101)
healthyFlowData (0)
Heatplus (694)
HelloRangesData (0)
HELP (131)
HEM (126)
hexbin (25)
hiAnnotator (108)
HIBAG (116)
hierGWAS (73)
highthroughputassays (6)
HilbertCurve (82)
hilbertvis (0)
HilbertVis (431)
HilbertVisGUI (105)
hiReadsProcessor (95)
HiTC (170)
Hmisc (0)
HMMcopy (156)
hopach (279)
hpar (202)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (250)
HTSanalyzeR (188)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (79)
htseqtools (0)
htSeqTools (200)
HTSFilter (170)
HybridMTest (109)
hyperdraw (152)
hypergraph (219)

I

iASeq (118)
iBBiG (135)
ibh (115)
iBMQ (109)
iCARE (34)
Icens (319)
iCheck (79)
iChip (115)
iClusterPlus (132)
iCOBRA (28)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (122)
IdMappingAnalysis (111)
IdMappingRetrieval (118)
iFlow (7)
iGC (75)
IHW (77)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (1)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (1)
illuminaio (1580)
imageHTS (132)
Imetagene (76)
ImmuneSpaceR (27)
immunoClust (97)
IMPCdata (96)
ImpulseDE (3)
impute (3161)
InPAS (105)
INPower (104)
inSilicoDb (235)
inSilicoMerging (176)
insilicomerging (0)
INSPEcT (75)
intansv (124)
InteractionSet (44)
interactiveDisplay (328)
interactiveDisplayBase (1580)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
inveRsion (120)
IONiseR (88)
iontree (118)
iPAC (133)
IPO (2)
IPPD (167)
iranges (0)
IRanges (18104)
iSeq (120)
iSNetwork (2)
isobar (196)
IsoGeneGUI (117)
ISoLDE (25)
isomiRs (28)
iSPlot (2)
ITALICS (123)
iterativeBMA (124)
iterativeBMAsurv (123)
iterators (0)
IVAS (96)
IWB2011 (0)

J

JASPAR2016 (1)
JctSeqExData2 (1)
jmosaics (106)
joda (118)
JunctionSeq (40)

K

KCsmart (120)
kebabs (152)
KEGGgraph (1152)
keggorth (6)
keggorthology (153)
KEGGprofile (204)
KEGGREST (1808)
KEGGSOAP (26)
KFAS (0)
kimod (30)

L

labeling (0)
lapmix (125)
latticeExtra (0)
LBE (164)
ldblock (73)
LEA (150)
LedPred (78)
les (130)
leukemiasEset (0)
lfa (216)
liftOver (10)
limma (10784)
limmaGUI (198)
LINC (0)
Linnorm (27)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (128)
lmdme (120)
LMGene (147)
LOBSTAHS (3)
logicFS (216)
logitt (0)
logitT (119)
lol (123)
LOLA (98)
LowMACA (105)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (157)
LPEadj (132)
LPEseq (1)
lpNet (114)
lpsymphony (77)
lumi (999)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (127)
lydata (1)
LymphoSeq (27)
LymphoSeqData (1)
LymphoSeqDB (1)

M

M3D (110)
M3DExampleData (1)
maanova (173)
macat (132)
maCorrPlot (122)
maDB (12)
made4 (367)
MADSEQ (1)
maftools (5)
MAGEML (0)
maigesPack (129)
MAIT (132)
makecdfenv (268)
makePlatformDesign (10)
MANOR (126)
manta (118)
MantelCorr (119)
mAPKL (97)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (110)
marray (1156)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (288)
maskBAD (113)
MassArray (130)
massiR (111)
MassSpecWavelet (296)
matchBox (110)
matchprobes (12)
Matrix (0)
MatrixRider (94)
MBAmethyl (96)
MBASED (110)
MBCB (123)
mBPCR (123)
MBttest (26)
mcaGUI (118)
MCRestimate (125)
mdgsa (96)
mdqc (135)
MEAL (85)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (121)
MEDIPS (229)
MEDME (123)
MEIGOR (101)
MergeMaid (192)
Mergeomics (28)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (166)
meshr (150)
MeSHSim (96)
messina (100)
metaArray (182)
Metab (115)
metabomxtr (104)
MetaboSignal (0)
metaCCA (29)
metagene (127)
metagenomeFeatures (75)
metagenomeSeq (537)
metahdep (121)
metaMS (124)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (113)
metaseqR (133)
metaX (91)
MetCirc (2)
MethPed (28)
MethTargetedNGS (98)
methVisual (132)
methyAnalysis (221)
MethylAid (123)
MethylAidData (1)
methylKit (7)
MethylMix (124)
methylMnM (109)
methylPipe (157)
MethylSeekR (129)
methylumi (990)
Mfuzz (456)
MGFM (96)
MGFR (1)
mgsa (138)
MiChip (120)
microrna (0)
microRNA (209)
MIMOSA (115)
MineICA (117)
minet (451)
minfi (1513)
MinimumDistance (117)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (126)
MiRaGE (116)
miRBaseVersions.db (1)
miRcomp (76)
miRcompData (1)
mirIntegrator (79)
miRLAB (87)
miRNAmeConverter (28)
miRNApath (154)
miRNAtap (136)
Mirsynergy (108)
missMethyl (167)
mitoODE (103)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (324)
MLP (128)
MLSeq (133)
MMDiff (124)
MMDiff2 (28)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (4)
mmnet (125)
MmPalateMiRNA (124)
MODA (2)
mogsa (108)
monocle (277)
MoPS (98)
mosaics (153)
motifbreakR (93)
MotifDb (291)
motifRG (139)
motifStack (295)
MotIV (293)
MPFE (97)
mQTL.NMR (103)
msa (342)
msbase (0)
mscalib (0)
MSGFgui (153)
MSGFplus (180)
MSIseqData (0)
msmsEDA (167)
msmsTests (168)
MSnbase (543)
MSnID (169)
msPurity (3)
msPurityData (1)
msQC (0)
MSstats (189)
mtbls2 (1)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (184)
MultiAssayExperiment (15)
multiClust (34)
MultiDataSet (30)
MultiMed (97)
multiscan (119)
multtest (3725)
munsell (0)
muscle (218)
MVCClass (126)
mvGST (98)
mygene (269)
myvariant (80)
mzID (461)
mzR (1128)

N

NanoStringDiff (79)
NanoStringQCPro (116)
NarrowPeaks (127)
ncdfFlow (340)
NCIgraph (161)
neaGUI (154)
nem (152)
netbenchmark (114)
netbiov (112)
NetCRG (2)
nethet (102)
NetPathMiner (122)
netprioR (2)
netresponse (130)
NetSAM (115)
networkBMA (130)
NGScopy (109)
NGScopyData (0)
nnNorm (121)
NOISeq (431)
nondetects (117)
normalize450K (27)
NormqPCR (206)
normr (2)
npGSEA (150)
NTW (112)
nucleoSim (28)
nucleR (134)
nudge (116)
NuPoP (120)

O

occugene (113)
OCplus (195)
odseq (27)
OGSA (73)
oligo (1417)
oligoClasses (1409)
OLIN (129)
OLINgui (124)
omicade4 (135)
OmicCircos (275)
OmicsMarkeR (104)
OncoScore (28)
OncoSimulR (103)
oneChannelGUI (165)
ontoCAT (140)
ontoTools (10)
openCyto (198)
OperaMate (74)
oposSOM (116)
oppar (25)
OrderedList (245)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
OrganismDbi (1559)
OSAT (115)
Oscope (90)
OTUbase (128)
OutlierD (136)

P

PAA (128)
PADOG (127)
paircompviz (115)
pairseqsim (4)
pamr (15)
PAN (0)
pandaR (103)
PAnnBuilder (146)
panp (147)
PANR (120)
PanVizGenerator (30)
PAPi (123)
parglms (92)
parody (183)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (80)
pathifier (160)
PathNet (166)
PathNetData (0)
pathRender (124)
pathVar (73)
pathview (964)
PatientGeneSets (5)
paxtoolsr (174)
Pbase (117)
pbcmc (27)
pcaExplorer (41)
pcaGoPromoter (118)
pcaMethods (1282)
PCAN (26)
pcot2 (165)
PCpheno (130)
pdInfoBuilder (230)
pdmclass (134)
PECA (114)
pepDat (0)
pepStat (97)
pepXMLTab (114)
PGA (78)
PGSEA (259)
pgUtils (9)
PharmacoGx (0)
phenoDist (110)
phenoTest (154)
PhenStat (105)
philr (0)
phyloseq (955)
piano (276)
pickgene (123)
PICS (206)
Pigengene (3)
PING (126)
pint (119)
pkgDepTools (148)
pkgdeptools (0)
plasFIA (0)
plateCore (120)
plethy (108)
plgem (143)
plier (310)
PLPE (133)
plrs (111)
plw (119)
plyr (0)
pmm (90)
podkat (102)
polyester (146)
Polyfit (99)
ppiStats (143)
pqsfinder (27)
prada (304)
prebs (115)
prebsdata (0)
PREDA (113)
predictionet (63)
preprocessCore (5748)
Prize (72)
proBAMr (117)
PROcess (211)
procoil (129)
ProCoNA (119)
profileScoreDist (29)
pRoloc (224)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (122)
PROMISE (117)
PROPER (115)
Prostar (83)
prostateCancerCamcap (1)
prostateCancerStockholm (1)
prot2D (127)
proteinProfiles (113)
proteomics (11)
ProteomicsAnnotationHubData (67)
proteoQC (113)
ProtGenerics (859)
PSEA (103)
PSICQUIC (141)
psygenet2r (27)
PtH2O2lipids (1)
puma (195)
PureCN (31)
pvac (124)
pvca (144)
Pviz (121)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (200)
pwOmics (95)
pxr (0)

Q

qcmetrics (117)
QDNAseq (168)
qpcrNorm (130)
qpgraph (234)
qrqc (228)
qsea (3)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (123)
quantro (117)
quantsmooth (383)
QuartPAC (102)
QuasR (369)
QuaternaryProd (27)
QUBIC (30)
QUBICdata (1)
qusage (174)
qvalue (2855)

R

R3CPET (98)
r3Cseq (176)
R453Plus1Toolbox (126)
R4RNA (31)
rain (133)
rama (130)
ramigo (0)
RamiGO (186)
randPack (116)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (427)
RareVariantVis (77)
Rariant (107)
RbcBook1 (125)
rbcbook1 (0)
RBGL (3918)
RBioinf (123)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (174)
RBM (93)
Rbowtie (322)
rbsurv (125)
Rcade (118)
RCAS (2)
RCASPAR (125)
rcellminer (120)
rcellminerData (0)
rCGH (85)
Rchemcpp (134)
RchyOptimyx (125)
RColorBrewer (0)
Rcpi (139)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (83)
RCyjs (85)
RCytoscape (377)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (389)
Rdbi (10)
RdbiPgSQL (4)
rDGIdb (2)
rdisop (0)
Rdisop (195)
RDRToolbox (208)
ReactomePA (394)
ReadqPCR (213)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (122)
recount (3)
recoup (26)
RedeR (248)
REDseq (168)
RefNet (111)
RefNet.db (0)
RefPlus (123)
regioneR (442)
regionReport (119)
Repitools (295)
ReportingTools (590)
reposTools (4)
ReQON (115)
Resourcerer (23)
rfcdmin (2)
rflowcyt (10)
rfPred (105)
rGADEM (379)
RGalaxy (125)
RGraph2js (28)
Rgraphviz (3941)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (104)
RGSEA (122)
rgsepd (93)
rhdf5 (2558)
Rhtslib (237)
rHVDM (116)
RiboProfiling (84)
riboSeq (0)
riboSeqR (119)
RImmPort (29)
Ringo (330)
Rintact (4)
rintact (0)
RIPSeeker (157)
Risa (120)
RLMM (122)
RMAGEML (4)
Rmagpie (119)
RMAPPER (19)
RMassBank (133)
rMAT (96)
rmat (0)
RmiR (145)
rmir (0)
RNAinteract (119)
RNAither (131)
RNAprobR (97)
rnaseqcomp (81)
rnaseqGene (131)
rnaSeqMap (127)
RNASeqPower (187)
RnaSeqSampleSize (115)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (274)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (103)
roar (104)
ROC (626)
Roleswitch (119)
RoleswitchData (0)
Rolexa (116)
rols (202)
ROntoTools (136)
ropls (167)
ROTS (33)
RPA (132)
RpsiXML (150)
rpx (226)
Rqc (138)
rqubic (134)
rRDP (101)
rRDPData (0)
Rredland (3)
RRHO (121)
Rsamtools (7514)
rsbml (163)
rSFFreader (62)
RSNPper (7)
RSQLite (0)
Rsubread (703)
RSVSim (127)
rTANDEM (188)
RTCA (130)
RTCGA (151)
RTCGAToolbox (148)
RTN (145)
RTools4TB (11)
RTopper (115)
rtracklayer (8011)
Rtreemix (121)
rTRM (118)
rTRMui (104)
Ruuid (14)
RUVcorr (101)
RUVnormalize (119)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (314)
RWebServices (40)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (16654)
safe (250)
SAGElyzer (5)
sagenhaft (116)
sagx (0)
SAGx (209)
samExploreR (1)
SamSPECTRAL (141)
sangerseqR (211)
SANTA (119)
sapFinder (114)
saps (97)
savR (130)
sbgr (75)
SBMLR (137)
SC3 (43)
scales (0)
SCAN.UPC (175)
scater (71)
scde (74)
ScISI (143)
SCLCBam (0)
scran (62)
scRNAseq (1)
scsR (95)
SeattleIntro2010 (1)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (178)
SELEX (94)
SemDist (91)
SemSim (8)
sendmailR (0)
SEPA (73)
seq2pathway (120)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (160)
seqbias (136)
seqCNA (115)
seqCNA.annot (0)
SeqGSEA (248)
seqLogo (794)
Seqnames (0)
seqPattern (160)
seqplots (161)
seqTools (126)
SequenceAnalysis (1)
SequenceAnalysisData (2)
sequencing (42)
SeqVarTools (141)
sevenbridges (31)
SGSeq (133)
shinyMethyl (146)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (122)
ShortRead (2221)
SICtools (40)
sidap (0)
sigaR (119)
SigCheck (108)
SigFuge (106)
siggenes (1506)
sights (2)
signeR (0)
sigPathway (213)
sigsquared (92)
SIM (128)
SIMAT (91)
SimBindProfiles (101)
similaRpeak (95)
simpleaffy (908)
simpleSingleCell (3)
simulatorAPMS (12)
simulatorZ (102)
sincell (121)
SISPA (73)
sizepower (161)
SJava (41)
skewr (91)
SLGI (126)
SLqPCR (138)
SMAP (114)
SMITE (30)
SNAData (3)
SNAGEE (110)
snapCGH (161)
snm (193)
snpAssoc (0)
SNPchip (301)
SNPediaR (2)
SNPhood (80)
SNPhoodData (1)
snpMatrix (24)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (468)
snpStats (770)
SNPtools (0)
soGGi (101)
SomatiCA (125)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (243)
SpacePAC (121)
spade (212)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (112)
SpeCond (163)
SPEM (104)
SPIA (379)
SpidermiR (33)
spikeLI (116)
spkTools (119)
splicegear (123)
spliceR (163)
spliceSites (122)
SplicingGraphs (164)
splineTCDiffExpr (22)
splineTimeR (27)
splots (252)
spotSegmentation (128)
SQUADD (114)
SRAdb (600)
sRAP (121)
sscore (122)
sscu (27)
sSeq (118)
ssize (170)
ssizeRNA (1)
SSPA (175)
ssviz (109)
stam (4)
STAN (113)
staRank (108)
Starr (125)
STATegRa (114)
stemHypoxia (0)
stepNorm (121)
stepwiseCM (115)
Streamer (117)
STRINGdb (236)
stringr (0)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (1)
subSeq (79)
SummarizedExperiment (6988)
supraHex (322)
survcomp (439)
Sushi (206)
sva (1492)
SVAPLSseq (1)
SVM2CRM (95)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (83)
SwathXtend (29)
SwimR (100)
switchBox (104)
switchde (2)
synapter (167)
synlet (73)
systemPipeR (542)
systemPipeRdata (1)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (112)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (131)
TarSeqQC (67)
TCC (236)
TCGAbiolinks (348)
TDARACNE (126)
TEQC (147)
ternarynet (105)
tetradR (1)
TFBSTools (225)
tiger (0)
tigre (127)
tilingArray (183)
timecourse (164)
TimerQuant (1)
TIN (91)
TitanCNA (121)
tkWidgets (671)
tofsims (31)
ToPASeq (128)
topGO (1584)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (121)
tracktables (105)
trackViewer (167)
transcriptR (30)
tRanslatome (116)
TransView (111)
traseR (77)
Travis (1)
triform (112)
trigger (115)
trio (163)
triplex (112)
TRONCO (105)
TSCAN (108)
tspair (132)
TSSi (124)
TurboNorm (115)
tweeDEseq (143)
twilight (247)
tximport (164)
tximportData (1)
TypeInfo (124)

U

UNDO (104)
unifiedWMWqPCR (101)
UniProt.ws (234)
Uniquorn (25)
useR2012 (0)

V

VanillaICE (186)
variancePartition (89)
VariantAnnotation (3917)
VariantFiltering (168)
variants (15)
VariantTools (121)
vbmp (161)
Vega (116)
VegaMC (109)
viper (131)
virtualArray (33)
vsn (1738)
vtpnet (100)

W

wateRmelon (406)
wavClusteR (110)
waveTiling (107)
weaver (145)
webbioc (128)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (3)
widgetTools (689)

X

XBSeq (81)
xcms (780)
XDE (119)
xmapbridge (109)
xmapcore (6)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (145)
xtable (0)
XVector (10781)

Y

y2hStat (2)
YAPSA (1)
yaqcaffy (161)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zlibbioc (12562)