easyDE.R
################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### library("Biobase") library("genefilter") library("ALL") data("ALL")
################################################### ### chunk number 2: subset1 ################################################### s1 <- grep("^B", as.character(ALL$BT)) s2 <- which(as.character(ALL$mol.biol) %in% c("BCR/ABL","NEG")) ALLs <- ALL[, intersect(s1,s2)] table(ALLs$mol.biol)
################################################### ### chunk number 3: rowSds ################################################### sds = rowSds(exprs(ALLs)) sh = shorth(sds) sh
################################################### ### chunk number 4: histsds ################################################### hist(sds, breaks=50, col="mistyrose") abline(v=sh, col="blue", lwd=2, lty=2)
################################################### ### chunk number 5: unspecific ################################################### ALLs <- ALLs[sds>=sh, ] dim(exprs(ALLs))
################################################### ### chunk number 6: ttest ################################################### tt <- rowttests(ALLs, "mol.biol") names(tt)
################################################### ### chunk number 7: histp ################################################### hist(tt$p.value, breaks=50, col="orange")
################################################### ### chunk number 8: list ################################################### g <- geneNames(ALLs[order(tt$p.value)])[1:20]
################################################### ### chunk number 9: anno ################################################### library("hgu95av2") unlist(mget(g, hgu95av2SYMBOL))
################################################### ### chunk number 10: ################################################### sessionInfo()