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bioconductor.org

Bioconductor is an open source and open development software project
for the analysis and comprehension of genomic data.

Sections

easyDE.R

################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### library("Biobase") library("genefilter") library("ALL") data("ALL")

################################################### ### chunk number 2: subset1 ################################################### s1 <- grep("^B", as.character(ALL$BT)) s2 <- which(as.character(ALL$mol.biol) %in% c("BCR/ABL","NEG")) ALLs <- ALL[, intersect(s1,s2)] table(ALLs$mol.biol)

################################################### ### chunk number 3: rowSds ################################################### sds = rowSds(exprs(ALLs)) sh = shorth(sds) sh

################################################### ### chunk number 4: histsds ################################################### hist(sds, breaks=50, col="mistyrose") abline(v=sh, col="blue", lwd=2, lty=2)

################################################### ### chunk number 5: unspecific ################################################### ALLs <- ALLs[sds>=sh, ] dim(exprs(ALLs))

################################################### ### chunk number 6: ttest ################################################### tt <- rowttests(ALLs, "mol.biol") names(tt)

################################################### ### chunk number 7: histp ################################################### hist(tt$p.value, breaks=50, col="orange")

################################################### ### chunk number 8: list ################################################### g <- geneNames(ALLs[order(tt$p.value)])[1:20]

################################################### ### chunk number 9: anno ################################################### library("hgu95av2") unlist(mget(g, hgu95av2SYMBOL))

################################################### ### chunk number 10: ################################################### sessionInfo()

News
2009-10-26

BioC 2.5, consisting of 352 packages and designed to work with R 2.10.z, was released today.

2009-01-07

R, the open source platform used by Bioconductor, featured in a series of articles in the New York Times.