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bioconductor.org

Bioconductor is an open source and open development software project
for the analysis and comprehension of genomic data.

Sections

lab1Basics.R

################################################### ### chunk number 1: wd ################################################### getwd()

################################################### ### chunk number 2: loadPacks ################################################### library(Biobase) library(tkWidgets) library(genefilter)

################################################### ### chunk number 3: exprSet ################################################### slotNames("exprSet")

################################################### ### chunk number 4: loadData ################################################### library(golubEsets) data(golubTrain) data(golubTest) data(golubMerge)

################################################### ### chunk number 5: golubTrain ################################################### class(golubTrain) slotNames(golubTrain) golubTrain

################################################### ### chunk number 6: phenoData1 ################################################### phenoTrain<-phenoData(golubTrain) class(phenoTrain) slotNames(phenoTrain) varLabels(phenoTrain) pData(phenoTrain)

################################################### ### chunk number 7: phenoData2 ################################################### table(phenoTrain$ALL.AML) table(golubTest$ALL.AML)

################################################### ### chunk number 8: subset ################################################### golubTrain[1:10,1:3]

################################################### ### chunk number 9: filter ################################################### fg <- kOverA(k=10, A=10000) flist <- filterfun(fg) ans <- genefilter(golubTrain, flist) sum(ans)

News
2009-10-26

BioC 2.5, consisting of 352 packages and designed to work with R 2.10.z, was released today.

2009-01-07

R, the open source platform used by Bioconductor, featured in a series of articles in the New York Times.