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bioconductor.org

Bioconductor is an open source and open development software project
for the analysis and comprehension of genomic data.

Sections

lab3Marray.R

################################################### ### chunk number 1: loadPacks ################################################### library(marrayNorm)

################################################### ### chunk number 2: loadData ################################################### data(swirl)

################################################### ### chunk number 3: swirl1 ################################################### class(swirl) slotNames(swirl) swirl

################################################### ### chunk number 4: swirl2 ################################################### maLayout(swirl) maGnames(swirl)

################################################### ### chunk number 5: subset ################################################### sw<-swirl[1:100,2] class(sw) sw

################################################### ### chunk number 6: RG ################################################### Gb<-maGb(swirl) dim(Gb) Gb[1:5,] Rf<-maRf(swirl) dim(Rf) Rf[1:5,] M<-maM(swirl) dim(M)

################################################### ### chunk number 7: image1 ################################################### tmp<-maImage(swirl[,3],x="maGb",bar=FALSE)

################################################### ### chunk number 8: image2 ################################################### tmp<-maImage(swirl[,1],col=maPalette(low="blue",high="yellow"),bar=FALSE)

################################################### ### chunk number 9: boxplot1 ################################################### maBoxplot(swirl[,1])

################################################### ### chunk number 10: boxplot2 ################################################### maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384) maBoxplot(swirl[,2],x="maPlate",names=NULL)

################################################### ### chunk number 11: boxplot3 ################################################### maBoxplot(swirl)

################################################### ### chunk number 12: norm ################################################### swirl.norm<-maNormMain(swirl)

################################################### ### chunk number 13: boxplot4 ################################################### maBoxplot(swirl.norm[,1])

################################################### ### chunk number 14: boxplot5 ################################################### maBoxplot(swirl.norm)

News
2009-10-26

BioC 2.5, consisting of 352 packages and designed to work with R 2.10.z, was released today.

2009-01-07

R, the open source platform used by Bioconductor, featured in a series of articles in the New York Times.