See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Fri. 07 Aug 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5670) 6 geneLenDataBase (2122) 11 pasilla (1215)
2 celldex (5372) 7 scRNAseq (2044) 12 affydata (1051)
3 ALL (3914) 8 bcellViper (1746) 13 sesameData (1044)
4 HSMMSingleCell (3572) 9 dorothea (1702) 14 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1034)
5 airway (2491) 10 tximportData (1219) 15 msdata (994)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (66)

adductData (118)

affycompData (160)

affydata (1051)

Affyhgu133A2Expr (165)

Affyhgu133aExpr (136)

Affyhgu133Plus2Expr (126)

AffymetrixDataTestFiles (245)

Affymoe4302Expr (138)

Affymoe430Expr (1)

airway (2491)

ALL (3914)

allenpvc (9)

ALLMLL (403)

alpineData (55)

AmpAffyExample (227)

AneuFinderData (132)

antiProfilesData (199)

aracne.networks (156)

ARRmData (152)

AshkenazimSonChr21 (129)

ASICSdata (133)

AssessORFData (116)

AWAggregatorData (77)

B

bcellViper (1746)

beadarrayExampleData (150)

BeadArrayUseCases (149)

BeadSorted.Saliva.EPIC (105)

benchmarkfdrData2019 (27)

beta7 (229)

BioImageDbs (127)

BioPlex (101)

biotmleData (136)

biscuiteerData (124)

bladderbatch (776)

blimaTestingData (138)

BloodCancerMultiOmics2017 (144)

bodymapRat (137)

brainImageRdata (14)

breakpointRdata (179)

breastCancerMAINZ (296)

breastCancerNKI (289)

breastCancerTRANSBIG (254)

breastCancerUNT (262)

breastCancerUPP (298)

breastCancerVDX (292)

brgedata (146)

bronchialIL13 (183)

bsseqData (234)

bugphyzz (91)

C

cancerdata (175)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (151)

CCl4 (308)

ccTutorial (139)

celarefData (102)

celldex (5372)

CellMapperData (115)

CENTREprecomputed (70)

ceu1kg (87)

ceu1kgv (60)

ceuhm3 (88)

cfToolsData (104)

cgdv17 (79)

ChAMPdata (751)

charmData (77)

cheung2010 (91)

ChIC.data (29)

ChimpHumanBrainData (127)

ChIPDBData (71)

chipenrich.data (256)

ChIPexoQualExample (118)

chipseqDBData (153)

ChIPXpressData (151)

chromstaRData (112)

CLAMPData (6)

CLL (342)

CLLmethylation (115)

CluMSIDdata (121)

clustifyrdatahub (110)

cMap2data (157)

cnvGSAdata (163)

COHCAPanno (165)

colonCA (234)

CONFESSdata (133)

ConnectivityMap (154)

COPDSexualDimorphism.data (125)

CopyhelpeR (154)

CopyNeutralIMA (128)

CopyNumber450kData (25)

CoSIAdata (98)

COSMIC.67 (165)

CRCL18 (136)

crisprScoreData (212)

curatedAdipoArray (99)

curatedAdipoChIP (109)

curatedAdipoRNA (135)

curatedBladderData (166)

curatedBreastData (150)

curatedCRCData (91)

curatedMetagenomicData (703)

curatedOvarianData (257)

curatedPCaData (104)

curatedTBData (109)

curatedTCGAData (467)

CytoMethIC (103)

D

DAPARdata (188)

davidTiling (210)

depmap (719)

derfinderData (191)

DeSousa2013 (157)

DExMAdata (135)

diffloopdata (110)

diggitdata (130)

DLBCL (315)

DmelSGI (66)

DMRcatedata (389)

DMRsegaldata (27)

DNAZooData (107)

dominatRData (54)

DonaPLLP2013 (130)

DoReMiTra (71)

dorothea (1702)

DREAM4 (98)

dressCheck (170)

DropletTestFiles (473)

DrugVsDiseasedata (150)

dsQTL (78)

DuoClustering2018 (215)

DvDdata (138)

dyebiasexamples (192)

E

easierData (271)

EatonEtAlChIPseq (159)

ecoliLeucine (238)

EGSEAdata (236)

ELMER.data (282)

emtdata (110)

EMTscoreData (38)

ENCODEFig4Band4D (5)

encoDnaseI (98)

eoPredData (85)

EpiMix.data (109)

epimutacionsData (104)

EpipwR.data (94)

estrogen (278)

etec16s (124)

ewceData (261)

F

faahKO (838)

fabiaData (181)

facopy.annot (34)

facsDorit (108)

FANTOM3and4CAGE (187)

ffpeExampleData (195)

fibroEset (469)

FieldEffectCrc (107)

FIs (150)

fission (261)

Fletcher2013a (164)

Fletcher2013b (153)

flowFitExampleData (52)

flowPloidyData (134)

flowQBData (13)

FlowSorted.Blood.450k (471)

FlowSorted.Blood.EPIC (400)

FlowSorted.CordBlood.450k (140)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (159)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (151)

FlowSorted.DLPFC.450k (142)

flowWorkspaceData (595)

fourDNData (111)

frmaExampleData (178)

FunciSNP.data (73)

furrowSeg (120)

G

gageData (530)

gaschYHS (260)

gatingMLData (114)

gcspikelite (190)

gDNAinRNAseqData (97)

gDRtestData (110)

geneLenDataBase (2122)

genomationData (239)

GenomicDistributionsData (150)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (7)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (9)

GeuvadisTranscriptExpr (173)

geuvPack (31)

geuvStore (13)

geuvStore2 (26)

GGdata (137)

ggtut (49)

GIGSEAdata (114)

golubEsets (893)

gpaExample (103)

grndata (142)

GSBenchMark (123)

GSE103322 (121)

GSE13015 (108)

GSE159526 (97)

GSE62944 (160)

gskb (36)

GSVAdata (798)

GWASdata (254)

H

h5vcData (447)

hapmap100khind (184)

hapmap100kxba (300)

hapmap500knsp (176)

hapmap500ksty (172)

hapmapsnp5 (268)

hapmapsnp6 (289)

harbChIP (260)

HarmanData (156)

HarmonizedTCGAData (116)

HCAData (188)

HCATonsilData (132)

HD2013SGI (174)

HDCytoData (323)

healthyControlsPresenceChecker (92)

healthyFlowData (129)

HEEBOdata (233)

HelloRangesData (263)

hgu133abarcodevecs (132)

hgu133plus2barcodevecs (127)

hgu133plus2CellScore (101)

hgu2beta7 (202)

HiBED (93)

HiCDataHumanIMR90 (139)

HiCDataLymphoblast (133)

HiContactsData (133)

HighlyReplicatedRNASeq (109)

Hiiragi2013 (214)

HIVcDNAvantWout03 (170)

HMP16SData (189)

HMP2Data (175)

hmyriB36 (100)

homosapienDEE2CellScore (40)

HSMMSingleCell (3572)

HumanAffyData (125)

humanHippocampus2024 (96)

HumanRetinaLRSData (20)

humanStemCell (650)

I

IHWpaper (155)

Illumina450ProbeVariants.db (611)

IlluminaDataTestFiles (346)

imcdatasets (190)

iModMixData (79)

ind1KG (68)

iontreeData (59)

ITALICSData (185)

Iyer517 (336)

J

JASPAR2014 (326)

JASPAR2016 (350)

JctSeqData (51)

JohnsonKinaseData (87)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (191)

KEGGdzPathwaysGEO (330)

kidpack (202)

KOdata (121)

L

leeBamViews (272)

LegATo (100)

leukemiasEset (244)

LiebermanAidenHiC2009 (127)

ListerEtAlBSseq (122)

LRcellTypeMarkers (103)

lumiBarnes (303)

LungCancerACvsSCCGEO (124)

LungCancerLines (185)

lungExpression (409)

lydata (115)

lymphoma (6)

M

M3DExampleData (202)

macrophage (451)

MACSdata (100)

mammaPrintData (143)

mAPKLData (64)

maqcExpression4plex (307)

MAQCsubset (229)

MAQCsubsetAFX (100)

MAQCsubsetILM (119)

marinerData (98)

mCSEAdata (161)

mcsurvdata (115)

MEALData (14)

MEDIPSData (173)

MEEBOdata (222)

MerfishData (119)

MetaGxBreast (133)

MetaGxOvarian (74)

MetaGxPancreas (126)

metaMSdata (149)

MetaScope (113)

MethylAidData (128)

methylclockData (316)

MethylSeqData (114)

methyvimData (22)

MicrobiomeBenchmarkData (101)

microbiomeDataSets (290)

microRNAome (128)

MIGSAdata (32)

minfiData (646)

minfiDataEPIC (298)

minionSummaryData (137)

miRcompData (134)

miRNATarget (177)

mitoODEdata (40)

MMAPPR2data (31)

MMDiffBamSubset (144)

MOFAdata (298)

mosaicsExample (167)

mouse4302barcodevecs (121)

MouseAgingData (90)

MouseGastrulationData (315)

MouseThymusAgeing (152)

MSBdata (30)

msd16s (167)

msdata (994)

msigdb (772)

MSMB (137)

msPurityData (130)

msqc1 (143)

MSstatsBioData (22)

mtbls2 (180)

MTseekerData (12)

MUGAExampleData (115)

Mulder2012 (68)

muleaData (85)

multiWGCNAdata (90)

muscData (542)

muSpaData (97)

MutSeqRData (43)

mvoutData (213)

N

NanoporeRNASeq (151)

nanotubes (116)

NCIgraphData (165)

NestLink (134)

NetActivityData (106)

netDx.examples (1)

Neve2006 (218)

NGScopyData (122)

nmrdata (62)

nullrangesData (125)

NxtIRFdata (160)

O

ObMiTi (97)

oct4 (101)

octad.db (105)

OMICsPCAdata (136)

OnassisJavaLibs (109)

optimalFlowData (105)

orthosData (106)

P

parathyroid (30)

parathyroidSE (375)

pasilla (1215)

pasillaBamSubset (873)

PasillaTranscriptExpr (160)

PathNetData (157)

pathprintGEOData (17)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (42)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (42)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (50)

PCHiCdata (130)

pcxnData (28)

pd.atdschip.tiling (180)

pepDat (174)

PepsNMRData (115)

PGPC (14)

PhyloProfileData (102)

plasFIA (22)

plotgardenerData (143)

ppiData (178)

prebsdata (149)

preciseTADhub (95)

PREDAsampledata (185)

ProData (219)

pRolocdata (609)

prostateCancerCamcap (109)

prostateCancerGrasso (109)

prostateCancerStockholm (102)

prostateCancerTaylor (108)

prostateCancerVarambally (113)

ProteinGymR (90)

ptairData (121)

PtH2O2lipids (121)

pumadata (226)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (149)

PWMEnrich.Hsapiens.background (155)

PWMEnrich.Mmusculus.background (135)

pwrEWAS.data (22)

Q

QDNAseq.hg19 (262)

QDNAseq.mm10 (182)

qPLEXdata (68)

QUBICdata (133)

R

raerdata (96)

rcellminerData (208)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (154)

ReactomeGSA.data (133)

RegParallel (155)

restfulSEData (34)

rfcdmin (49)

RforProteomics (290)

RGMQLlib (98)

rheumaticConditionWOLLBOLD (136)

RIPSeekerData (58)

RITANdata (133)

RLHub (53)

RMassBankData (164)

RNAinteractMAPK (106)

RNAmodR.Data (122)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (11)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1034)

RNASeqDataSubset (4)

RNASeqRData (16)

RnaSeqSampleSizeData (209)

RnaSeqTutorial (62)

RnBeads.hg19 (243)

RnBeads.hg38 (194)

RnBeads.mm10 (156)

RnBeads.mm9 (191)

RnBeads.rn5 (130)

RRBSdata (124)

rRDPData (98)

RTCGA.clinical (455)

RTCGA.CNV (315)

RTCGA.methylation (313)

RTCGA.miRNASeq (337)

RTCGA.mRNA (379)

RTCGA.mutations (312)

RTCGA.PANCAN12 (310)

RTCGA.rnaseq (376)

RTCGA.RPPA (319)

RUVnormalizeData (189)

S

sampleClassifierData (108)

SBGNview.data (188)

scaeData (91)

scanMiRData (117)

scATAC.Explorer (102)

SCATEData (22)

SCLCBam (146)

scMultiome (117)

scpdata (189)

scRNAseq (2044)

scTHI.data (97)

seq2pathway.data (127)

seqc (137)

seqCNA.annot (48)

serumStimulation (144)

sesameData (1044)

seventyGeneData (151)

SFEData (153)

shinyMethylData (125)

signatureSearchData (177)

SimBenchData (100)

simpIntLists (166)

Single.mTEC.Transcriptomes (131)

SingleCellMultiModal (195)

SingleMoleculeFootprintingData (89)

smokingMouse (95)

SNAData (197)

SNAGEEdata (169)

SNPhoodData (120)

SomatiCAData (127)

SomaticCancerAlterations (169)

SpatialDatasets (114)

spatialDmelxsim (96)

spatialLIBD (456)

SpikeIn (235)

SpikeInSubset (347)

spqnData (104)

stemHypoxia (159)

STexampleData (349)

stjudem (117)

SubcellularSpatialData (94)

SVM2CRMdata (110)

synapterdata (76)

systemPipeRdata (306)

T

TabulaMurisData (161)

TabulaMurisSenisData (178)

TargetScoreData (137)

TargetSearchData (160)

tartare (137)

TBX20BamSubset (157)

TCGAbiolinksGUI.data (5670)

TCGAcrcmiRNA (125)

TCGAcrcmRNA (126)

TCGAMethylation450k (154)

tcgaWGBSData.hg19 (14)

TCGAWorkflowData (135)

TENET.ExperimentHub (83)

TENxBrainData (504)

TENxBUSData (114)

TENxPBMCData (892)

TENxVisiumData (198)

TENxXeniumData (93)

timecoursedata (115)

TimerQuant (70)

tinesath1cdf (169)

tinesath1probe (193)

tissueTreg (173)

TMExplorer (111)

tofsimsData (106)

topdownrdata (111)

TransOmicsData (87)

tuberculosis (101)

TumourMethData (84)

tweeDEseqCountData (253)

tximportData (1219)

V

VariantToolsData (126)

VectraPolarisData (97)

vulcandata (111)

W

waveTilingData (46)

WeberDivechaLCdata (102)

WES.1KG.WUGSC (126)

WGSmapp (118)

X

xcoredata (104)

XhybCasneuf (213)

Y

yeastCC (268)

yeastExpData (275)

yeastGSData (189)

yeastNagalakshmi (485)

yeastRNASeq (272)

yri1kgv (59)

yriMulti (48)

Z

zebrafishRNASeq (578)