See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Thu. 01 May 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4433) 6 airway (1764) 11 ChAMPdata (778)
2 celldex (3891) 7 scRNAseq (1617) 12 GSVAdata (745)
3 ALL (3273) 8 pasilla (1003) 13 msigdb (704)
4 HSMMSingleCell (3058) 9 sesameData (902) 14 bcellViper (645)
5 geneLenDataBase (2065) 10 tximportData (788) 15 Illumina450ProbeVariants.db (639)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (22)

adductData (81)

affycompData (104)

affydata (446)

Affyhgu133A2Expr (94)

Affyhgu133aExpr (112)

Affyhgu133Plus2Expr (135)

AffymetrixDataTestFiles (154)

Affymoe4302Expr (100)

Affymoe430Expr (0)

airway (1764)

ALL (3273)

allenpvc (2)

ALLMLL (239)

alpineData (9)

AmpAffyExample (109)

AneuFinderData (119)

antiProfilesData (108)

aracne.networks (102)

ARRmData (99)

AshkenazimSonChr21 (74)

ASICSdata (83)

AssessORFData (132)

B

bcellViper (645)

beadarrayExampleData (228)

BeadArrayUseCases (103)

BeadSorted.Saliva.EPIC (131)

benchmarkfdrData2019 (60)

beta7 (104)

BioImageDbs (70)

BioPlex (62)

biotmleData (84)

biscuiteerData (81)

bladderbatch (449)

blimaTestingData (92)

BloodCancerMultiOmics2017 (111)

bodymapRat (125)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (120)

breastCancerMAINZ (150)

breastCancerNKI (137)

breastCancerTRANSBIG (142)

breastCancerUNT (123)

breastCancerUPP (155)

breastCancerVDX (192)

brgedata (130)

bronchialIL13 (101)

bsseqData (137)

bugphyzz (32)

C

cancerdata (120)

CardinalWorkflows (110)

ccdata (136)

CCl4 (121)

ccTutorial (45)

celarefData (58)

celldex (3891)

CellMapperData (73)

ceu1kg (36)

ceu1kgv (25)

ceuhm3 (35)

cfToolsData (70)

cgdv17 (30)

ChAMPdata (778)

charmData (33)

cheung2010 (32)

ChIC.data (13)

ChimpHumanBrainData (88)

chipenrich.data (143)

ChIPexoQualExample (77)

chipseqDBData (74)

ChIPXpressData (115)

chromstaRData (108)

CLL (255)

CLLmethylation (61)

CluMSIDdata (78)

clustifyrdatahub (66)

cMap2data (129)

cnvGSAdata (94)

COHCAPanno (83)

colonCA (111)

CONFESSdata (72)

ConnectivityMap (105)

COPDSexualDimorphism.data (103)

CopyhelpeR (99)

CopyNeutralIMA (64)

CopyNumber450kData (18)

CoSIAdata (43)

COSMIC.67 (110)

CRCL18 (73)

crisprScoreData (148)

curatedAdipoArray (57)

curatedAdipoChIP (59)

curatedAdipoRNA (61)

curatedBladderData (128)

curatedBreastData (113)

curatedCRCData (41)

curatedMetagenomicData (338)

curatedOvarianData (238)

curatedPCaData (53)

curatedTBData (60)

curatedTCGAData (387)

CytoMethIC (59)

D

DAPARdata (136)

davidTiling (98)

depmap (568)

derfinderData (119)

DeSousa2013 (95)

DExMAdata (79)

diffloopdata (70)

diggitdata (89)

DLBCL (152)

DmelSGI (58)

DMRcatedata (301)

DNAZooData (71)

DonaPLLP2013 (87)

dorothea (613)

DREAM4 (30)

dressCheck (110)

DropletTestFiles (176)

DrugVsDiseasedata (114)

dsQTL (30)

DuoClustering2018 (111)

DvDdata (85)

dyebiasexamples (105)

E

easierData (118)

EatonEtAlChIPseq (98)

ecoliLeucine (111)

EGSEAdata (240)

ELMER.data (217)

emtdata (61)

ENCODEFig4Band4D (2)

encoDnaseI (34)

eoPredData (32)

EpiMix.data (80)

epimutacionsData (79)

EpipwR.data (38)

estrogen (145)

etec16s (61)

ewceData (250)

F

faahKO (307)

fabiaData (86)

facopy.annot (18)

facsDorit (41)

FANTOM3and4CAGE (99)

ffpeExampleData (96)

fibroEset (145)

FieldEffectCrc (57)

FIs (90)

fission (239)

Fletcher2013a (117)

Fletcher2013b (118)

flowFitExampleData (24)

flowPloidyData (76)

flowQBData (5)

FlowSorted.Blood.450k (324)

FlowSorted.Blood.EPIC (239)

FlowSorted.CordBlood.450k (87)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (89)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (70)

FlowSorted.DLPFC.450k (97)

flowWorkspaceData (210)

fourDNData (72)

frmaExampleData (112)

FunciSNP.data (33)

furrowSeg (73)

G

gageData (298)

gaschYHS (95)

gatingMLData (41)

gcspikelite (134)

gDNAinRNAseqData (66)

gDRtestData (77)

geneLenDataBase (2065)

genomationData (131)

GenomicDistributionsData (89)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (4)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (4)

GeuvadisTranscriptExpr (86)

geuvPack (18)

geuvStore (11)

geuvStore2 (8)

GGdata (42)

ggtut (30)

GIGSEAdata (59)

golubEsets (287)

gpaExample (69)

grndata (103)

GSBenchMark (116)

GSE103322 (60)

GSE13015 (60)

GSE159526 (57)

GSE62944 (88)

gskb (17)

GSVAdata (745)

GWASdata (130)

H

h5vcData (157)

hapmap100khind (100)

hapmap100kxba (137)

hapmap500knsp (98)

hapmap500ksty (103)

hapmapsnp5 (208)

hapmapsnp6 (224)

harbChIP (103)

HarmanData (77)

HarmonizedTCGAData (60)

HCAData (109)

HCATonsilData (76)

HD2013SGI (107)

HDCytoData (262)

healthyControlsPresenceChecker (54)

healthyFlowData (90)

HEEBOdata (104)

HelloRangesData (100)

hgu133abarcodevecs (79)

hgu133plus2barcodevecs (80)

hgu133plus2CellScore (81)

hgu2beta7 (85)

HiBED (54)

HiCDataHumanIMR90 (106)

HiCDataLymphoblast (87)

HiContactsData (115)

HighlyReplicatedRNASeq (57)

Hiiragi2013 (139)

HIVcDNAvantWout03 (86)

HMP16SData (78)

HMP2Data (73)

hmyriB36 (37)

homosapienDEE2CellScore (49)

HSMMSingleCell (3058)

HumanAffyData (69)

humanHippocampus2024 (23)

humanStemCell (212)

I

IHWpaper (78)

Illumina450ProbeVariants.db (639)

IlluminaDataTestFiles (139)

imcdatasets (110)

ind1KG (32)

iontreeData (23)

ITALICSData (115)

Iyer517 (92)

J

JASPAR2014 (146)

JASPAR2016 (160)

JctSeqData (8)

JohnsonKinaseData (51)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (114)

KEGGdzPathwaysGEO (350)

kidpack (96)

KOdata (90)

L

leeBamViews (123)

LegATo (30)

leukemiasEset (171)

LiebermanAidenHiC2009 (87)

ListerEtAlBSseq (81)

LRcellTypeMarkers (64)

lumiBarnes (114)

LungCancerACvsSCCGEO (103)

LungCancerLines (106)

lungExpression (117)

lydata (134)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (177)

macrophage (293)

MACSdata (69)

mammaPrintData (102)

mAPKLData (25)

maqcExpression4plex (127)

MAQCsubset (112)

MAQCsubsetAFX (40)

MAQCsubsetILM (44)

marinerData (63)

mCSEAdata (120)

mcsurvdata (60)

MEALData (13)

MEDIPSData (117)

MEEBOdata (106)

MerfishData (94)

MetaGxBreast (69)

MetaGxOvarian (64)

MetaGxPancreas (62)

metaMSdata (186)

MetaScope (54)

MethylAidData (88)

methylclockData (179)

MethylSeqData (58)

methyvimData (5)

MicrobiomeBenchmarkData (78)

microbiomeDataSets (196)

microRNAome (65)

MIGSAdata (12)

minfiData (531)

minfiDataEPIC (148)

minionSummaryData (99)

miRcompData (89)

miRNATarget (119)

mitoODEdata (22)

MMAPPR2data (17)

MMDiffBamSubset (91)

MOFAdata (190)

mosaicsExample (144)

mouse4302barcodevecs (78)

MouseAgingData (52)

MouseGastrulationData (174)

MouseThymusAgeing (82)

MSBdata (18)

msd16s (91)

msdata (591)

msigdb (704)

MSMB (101)

msPurityData (88)

msqc1 (64)

MSstatsBioData (6)

mtbls2 (177)

MTseekerData (4)

MUGAExampleData (74)

Mulder2012 (29)

muleaData (53)

multiWGCNAdata (61)

muscData (165)

muSpaData (7)

mvoutData (102)

N

NanoporeRNASeq (90)

nanotubes (71)

NCIgraphData (87)

NestLink (64)

NetActivityData (71)

netDx.examples (0)

Neve2006 (106)

NGScopyData (88)

nullrangesData (162)

NxtIRFdata (123)

O

ObMiTi (55)

oct4 (65)

octad.db (72)

OMICsPCAdata (79)

OnassisJavaLibs (74)

optimalFlowData (81)

orthosData (86)

P

parathyroid (12)

parathyroidSE (306)

pasilla (1003)

pasillaBamSubset (382)

PasillaTranscriptExpr (92)

PathNetData (90)

pathprintGEOData (7)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (31)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (30)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (30)

PCHiCdata (96)

pcxnData (29)

pd.atdschip.tiling (92)

pepDat (90)

PepsNMRData (80)

PGPC (5)

PhyloProfileData (56)

plasFIA (11)

plotgardenerData (101)

ppiData (45)

prebsdata (100)

preciseTADhub (54)

PREDAsampledata (104)

ProData (100)

pRolocdata (242)

prostateCancerCamcap (75)

prostateCancerGrasso (82)

prostateCancerStockholm (65)

prostateCancerTaylor (70)

prostateCancerVarambally (66)

ProteinGymR (32)

ptairData (74)

PtH2O2lipids (120)

pumadata (110)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (103)

PWMEnrich.Hsapiens.background (100)

PWMEnrich.Mmusculus.background (93)

pwrEWAS.data (15)

Q

QDNAseq.hg19 (168)

QDNAseq.mm10 (99)

qPLEXdata (70)

QUBICdata (74)

R

raerdata (62)

rcellminerData (122)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (189)

ReactomeGSA.data (107)

RegParallel (95)

restfulSEData (110)

rfcdmin (15)

RforProteomics (170)

RGMQLlib (77)

rheumaticConditionWOLLBOLD (89)

RIPSeekerData (30)

RITANdata (84)

RLHub (17)

RMassBankData (105)

RNAinteractMAPK (65)

RNAmodR.Data (72)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (5)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (414)

RNASeqDataSubset (3)

RNASeqRData (8)

RnaSeqSampleSizeData (127)

RnaSeqTutorial (29)

RnBeads.hg19 (186)

RnBeads.hg38 (222)

RnBeads.mm10 (126)

RnBeads.mm9 (126)

RnBeads.rn5 (91)

RRBSdata (80)

rRDPData (97)

RTCGA.clinical (278)

RTCGA.CNV (91)

RTCGA.methylation (86)

RTCGA.miRNASeq (125)

RTCGA.mRNA (186)

RTCGA.mutations (123)

RTCGA.PANCAN12 (122)

RTCGA.rnaseq (177)

RTCGA.RPPA (83)

RUVnormalizeData (100)

S

sampleClassifierData (74)

SBGNview.data (174)

scaeData (61)

scanMiRData (73)

scATAC.Explorer (58)

SCATEData (8)

SCLCBam (80)

scMultiome (96)

scpdata (61)

scRNAseq (1617)

scTHI.data (72)

seq2pathway.data (184)

seqc (96)

seqCNA.annot (31)

serumStimulation (83)

sesameData (902)

seventyGeneData (114)

SFEData (166)

shinyMethylData (103)

signatureSearchData (136)

SimBenchData (60)

simpIntLists (115)

Single.mTEC.Transcriptomes (73)

SingleCellMultiModal (101)

SingleMoleculeFootprintingData (64)

smokingMouse (70)

SNAData (92)

SNAGEEdata (105)

SNPhoodData (84)

SomatiCAData (93)

SomaticCancerAlterations (111)

SpatialDatasets (78)

spatialDmelxsim (54)

spatialLIBD (281)

SpikeIn (145)

SpikeInSubset (193)

spqnData (68)

stemHypoxia (104)

STexampleData (298)

stjudem (48)

SubcellularSpatialData (68)

SVM2CRMdata (73)

synapterdata (145)

systemPipeRdata (252)

T

TabulaMurisData (91)

TabulaMurisSenisData (97)

TargetScoreData (95)

TargetSearchData (107)

tartare (87)

TBX20BamSubset (121)

TCGAbiolinksGUI.data (4433)

TCGAcrcmiRNA (72)

TCGAcrcmRNA (82)

TCGAMethylation450k (109)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (130)

TENET.ExperimentHub (7)

TENxBrainData (136)

TENxBUSData (69)

TENxPBMCData (611)

TENxVisiumData (98)

TENxXeniumData (57)

timecoursedata (193)

TimerQuant (72)

tinesath1cdf (90)

tinesath1probe (92)

tissueTreg (82)

TMExplorer (63)

tofsimsData (65)

topdownrdata (76)

TransOmicsData (50)

tuberculosis (54)

TumourMethData (62)

tweeDEseqCountData (189)

tximportData (788)

V

VariantToolsData (72)

VectraPolarisData (63)

vulcandata (87)

W

waveTilingData (31)

WeberDivechaLCdata (65)

WES.1KG.WUGSC (105)

WGSmapp (88)

X

xcoredata (66)

XhybCasneuf (95)

Y

yeastCC (133)

yeastExpData (233)

yeastGSData (85)

yeastNagalakshmi (128)

yeastRNASeq (144)

yri1kgv (30)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (208)