See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Mon. 17 Jun 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 ALL (3363) 6 scRNAseq (1648) 11 TENxPBMCData (669)
2 TCGAbiolinksGUI.data (3223) 7 geneLenDataBase (1507) 12 depmap (652)
3 celldex (3144) 8 pasilla (916) 13 GSVAdata (644)
4 HSMMSingleCell (2743) 9 tximportData (818) 14 ChAMPdata (617)
5 airway (1965) 10 sesameData (818) 15 bcellViper (579)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (7)

adductData (79)

affycompData (65)

affydata (419)

Affyhgu133A2Expr (43)

Affyhgu133aExpr (76)

Affyhgu133Plus2Expr (60)

AffymetrixDataTestFiles (78)

Affymoe4302Expr (49)

Affymoe430Expr (0)

airway (1965)

ALL (3363)

allenpvc (1)

ALLMLL (123)

alpineData (16)

AmpAffyExample (43)

AneuFinderData (103)

antiProfilesData (72)

aracne.networks (53)

ARRmData (92)

AshkenazimSonChr21 (22)

ASICSdata (45)

AssessORFData (41)

B

bcellViper (579)

beadarrayExampleData (140)

BeadArrayUseCases (36)

BeadSorted.Saliva.EPIC (34)

benchmarkfdrData2019 (23)

beta7 (28)

BioImageDbs (24)

BioPlex (27)

biotmleData (53)

biscuiteerData (90)

bladderbatch (574)

blimaTestingData (38)

BloodCancerMultiOmics2017 (52)

bodymapRat (99)

brainImageRdata (2)

breakpointRdata (154)

breastCancerMAINZ (100)

breastCancerNKI (94)

breastCancerTRANSBIG (91)

breastCancerUNT (74)

breastCancerUPP (101)

breastCancerVDX (176)

brgedata (64)

bronchialIL13 (32)

bsseqData (108)

C

cancerdata (89)

CardinalWorkflows (84)

ccdata (110)

CCl4 (72)

ccTutorial (38)

celarefData (29)

celldex (3144)

CellMapperData (36)

ceu1kg (8)

ceu1kgv (7)

ceuhm3 (8)

cfToolsData (60)

cgdv17 (9)

ChAMPdata (617)

charmData (7)

cheung2010 (7)

ChIC.data (23)

ChimpHumanBrainData (25)

chipenrich.data (170)

ChIPexoQualExample (54)

chipseqDBData (37)

ChIPXpressData (129)

chromstaRData (109)

CLL (213)

CLLmethylation (22)

CluMSIDdata (49)

clustifyrdatahub (34)

cMap2data (170)

cnvGSAdata (36)

COHCAPanno (76)

colonCA (48)

CONFESSdata (40)

ConnectivityMap (40)

COPDSexualDimorphism.data (47)

CopyhelpeR (56)

CopyNeutralIMA (24)

CopyNumber450kData (6)

CoSIAdata (27)

COSMIC.67 (139)

CRCL18 (19)

crisprScoreData (168)

curatedAdipoArray (19)

curatedAdipoChIP (20)

curatedAdipoRNA (22)

curatedBladderData (57)

curatedBreastData (90)

curatedCRCData (33)

curatedMetagenomicData (298)

curatedOvarianData (185)

curatedPCaData (6)

curatedTBData (25)

curatedTCGAData (423)

CytoMethIC (5)

D

DAPARdata (150)

davidTiling (27)

depmap (652)

derfinderData (84)

DeSousa2013 (32)

DExMAdata (76)

diffloopdata (25)

diggitdata (36)

DLBCL (100)

DmelSGI (52)

DMRcatedata (252)

DNAZooData (39)

DonaPLLP2013 (33)

dorothea (557)

DREAM4 (9)

dressCheck (33)

DropletTestFiles (164)

DrugVsDiseasedata (148)

dsQTL (9)

DuoClustering2018 (90)

DvDdata (38)

dyebiasexamples (41)

E

easierData (164)

EatonEtAlChIPseq (39)

ecoliLeucine (46)

EGSEAdata (141)

ELMER.data (215)

emtdata (25)

ENCODEFig4Band4D (0)

encoDnaseI (6)

EpiMix.data (72)

epimutacionsData (84)

estrogen (88)

etec16s (21)

ewceData (177)

F

faahKO (295)

fabiaData (26)

facopy.annot (2)

facsDorit (8)

FANTOM3and4CAGE (46)

ffpeExampleData (47)

fibroEset (84)

FieldEffectCrc (19)

FIs (65)

fission (233)

Fletcher2013a (76)

Fletcher2013b (62)

flowFitExampleData (7)

flowPloidyData (51)

flowQBData (2)

FlowSorted.Blood.450k (314)

FlowSorted.Blood.EPIC (189)

FlowSorted.CordBlood.450k (44)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (48)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (29)

FlowSorted.DLPFC.450k (135)

flowWorkspaceData (162)

fourDNData (39)

frmaExampleData (51)

FunciSNP.data (8)

furrowSeg (25)

G

gageData (299)

gaschYHS (23)

gatingMLData (10)

gcspikelite (103)

gDNAinRNAseqData (51)

gDRtestData (50)

geneLenDataBase (1507)

genomationData (83)

GenomicDistributionsData (73)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)

GeuvadisTranscriptExpr (43)

geuvPack (3)

geuvStore (1)

geuvStore2 (3)

GGdata (10)

ggtut (6)

GIGSEAdata (17)

golubEsets (237)

gpaExample (33)

grndata (39)

GSBenchMark (65)

GSE103322 (38)

GSE13015 (33)

GSE159526 (19)

GSE62944 (62)

gskb (3)

GSVAdata (644)

GWASdata (84)

H

h5vcData (134)

hapmap100khind (27)

hapmap100kxba (51)

hapmap500knsp (35)

hapmap500ksty (43)

hapmapsnp5 (112)

hapmapsnp6 (144)

harbChIP (28)

HarmanData (42)

HarmonizedTCGAData (28)

HCAData (77)

HCATonsilData (27)

HD2013SGI (46)

HDCytoData (175)

healthyControlsPresenceChecker (17)

healthyFlowData (45)

HEEBOdata (38)

HelloRangesData (72)

hgu133abarcodevecs (20)

hgu133plus2barcodevecs (19)

hgu133plus2CellScore (34)

hgu2beta7 (19)

HiBED (12)

HiCDataHumanIMR90 (51)

HiCDataLymphoblast (40)

HiContactsData (104)

HighlyReplicatedRNASeq (20)

Hiiragi2013 (108)

HIVcDNAvantWout03 (20)

HMP16SData (38)

HMP2Data (38)

hmyriB36 (8)

homosapienDEE2CellScore (2)

HSMMSingleCell (2743)

HumanAffyData (34)

humanStemCell (125)

I

IHWpaper (35)

Illumina450ProbeVariants.db (531)

IlluminaDataTestFiles (86)

imcdatasets (67)

ind1KG (6)

iontreeData (6)

ITALICSData (55)

Iyer517 (23)

J

JASPAR2014 (92)

JASPAR2016 (167)

JctSeqData (4)

JohnsonKinaseData (5)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (93)

KEGGdzPathwaysGEO (287)

kidpack (25)

KOdata (98)

L

leeBamViews (63)

leukemiasEset (140)

LiebermanAidenHiC2009 (25)

ListerEtAlBSseq (27)

LRcellTypeMarkers (41)

lumiBarnes (54)

LungCancerACvsSCCGEO (66)

LungCancerLines (72)

lungExpression (67)

lydata (141)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (71)

macrophage (249)

MACSdata (37)

mammaPrintData (32)

mAPKLData (17)

maqcExpression4plex (49)

MAQCsubset (45)

MAQCsubsetAFX (8)

MAQCsubsetILM (19)

marinerData (50)

mCSEAdata (123)

mcsurvdata (21)

MEALData (2)

MEDIPSData (65)

MEEBOdata (39)

MerfishData (32)

MetaGxBreast (30)

MetaGxOvarian (28)

MetaGxPancreas (26)

metaMSdata (80)

MetaScope (22)

MethylAidData (61)

methylclockData (164)

MethylSeqData (20)

methyvimData (3)

MicrobiomeBenchmarkData (32)

microbiomeDataSets (157)

microRNAome (25)

MIGSAdata (11)

minfiData (439)

minfiDataEPIC (104)

minionSummaryData (48)

miRcompData (64)

miRNATarget (53)

mitoODEdata (6)

MMAPPR2data (38)

MMDiffBamSubset (46)

MOFAdata (169)

mosaicsExample (83)

mouse4302barcodevecs (19)

MouseAgingData (5)

MouseGastrulationData (155)

MouseThymusAgeing (60)

MSBdata (3)

msd16s (40)

msdata (531)

msigdb (531)

MSMB (68)

msPurityData (48)

msqc1 (21)

MSstatsBioData (3)

mtbls2 (60)

MTseekerData (2)

MUGAExampleData (37)

Mulder2012 (8)

muleaData (4)

multiWGCNAdata (12)

muscData (155)

mvoutData (42)

N

NanoporeRNASeq (54)

nanotubes (29)

NCIgraphData (23)

NestLink (24)

NetActivityData (50)

netDx.examples (0)

Neve2006 (35)

NGScopyData (52)

nullrangesData (168)

NxtIRFdata (92)

O

ObMiTi (18)

oct4 (39)

octad.db (55)

OMICsPCAdata (81)

OnassisJavaLibs (34)

optimalFlowData (69)

orthosData (60)

P

parathyroid (4)

parathyroidSE (304)

pasilla (916)

pasillaBamSubset (322)

PasillaTranscriptExpr (48)

PathNetData (41)

pathprintGEOData (3)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (8)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (8)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (7)

PCHiCdata (49)

pcxnData (58)

pd.atdschip.tiling (32)

pepDat (41)

PepsNMRData (46)

PGPC (3)

PhyloProfileData (20)

plasFIA (5)

plotgardenerData (86)

ppiData (10)

prebsdata (55)

preciseTADhub (18)

PREDAsampledata (60)

ProData (26)

pRolocdata (233)

prostateCancerCamcap (25)

prostateCancerGrasso (22)

prostateCancerStockholm (18)

prostateCancerTaylor (21)

prostateCancerVarambally (19)

ptairData (56)

PtH2O2lipids (37)

pumadata (51)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (39)

PWMEnrich.Hsapiens.background (44)

PWMEnrich.Mmusculus.background (36)

pwrEWAS.data (24)

Q

QDNAseq.hg19 (141)

QDNAseq.mm10 (71)

qPLEXdata (42)

QUBICdata (40)

R

raerdata (31)

rcellminerData (77)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (71)

ReactomeGSA.data (73)

RegParallel (74)

restfulSEData (49)

rfcdmin (2)

RforProteomics (135)

RGMQLlib (50)

rheumaticConditionWOLLBOLD (27)

RIPSeekerData (11)

RITANdata (61)

RLHub (23)

RMassBankData (53)

RNAinteractMAPK (27)

RNAmodR.Data (71)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (311)

RNASeqDataSubset (1)

RNASeqRData (4)

RnaSeqSampleSizeData (102)

RnaSeqTutorial (9)

RnBeads.hg19 (187)

RnBeads.hg38 (104)

RnBeads.mm10 (75)

RnBeads.mm9 (86)

RnBeads.rn5 (27)

RRBSdata (31)

rRDPData (42)

RTCGA.clinical (288)

RTCGA.CNV (63)

RTCGA.methylation (60)

RTCGA.miRNASeq (115)

RTCGA.mRNA (178)

RTCGA.mutations (86)

RTCGA.PANCAN12 (106)

RTCGA.rnaseq (134)

RTCGA.RPPA (56)

RUVnormalizeData (67)

S

sampleClassifierData (37)

SBGNview.data (171)

scaeData (5)

scanMiRData (63)

scATAC.Explorer (22)

SCATEData (76)

SCLCBam (35)

scMultiome (53)

scpdata (62)

scRNAseq (1648)

scTHI.data (39)

seq2pathway.data (110)

seqc (29)

seqCNA.annot (52)

serumStimulation (20)

sesameData (818)

seventyGeneData (29)

SFEData (91)

shinyMethylData (56)

signatureSearchData (191)

SimBenchData (24)

simpIntLists (87)

Single.mTEC.Transcriptomes (24)

SingleCellMultiModal (91)

SingleMoleculeFootprintingData (42)

smokingMouse (16)

SNAData (25)

SNAGEEdata (59)

SNPhoodData (40)

SomatiCAData (22)

SomaticCancerAlterations (78)

SpatialDatasets (15)

spatialDmelxsim (17)

spatialLIBD (266)

SpikeIn (52)

SpikeInSubset (94)

spqnData (35)

stemHypoxia (68)

STexampleData (255)

stjudem (35)

SubcellularSpatialData (12)

SVM2CRMdata (27)

synapterdata (52)

systemPipeRdata (213)

T

TabulaMurisData (65)

TabulaMurisSenisData (76)

TargetScoreData (45)

TargetSearchData (52)

tartare (75)

TBX20BamSubset (88)

TCGAbiolinksGUI.data (3223)

TCGAcrcmiRNA (19)

TCGAcrcmRNA (27)

TCGAMethylation450k (66)

tcgaWGBSData.hg19 (3)

TCGAWorkflowData (93)

TENxBrainData (108)

TENxBUSData (48)

TENxPBMCData (669)

TENxVisiumData (81)

TENxXeniumData (5)

timecoursedata (134)

TimerQuant (20)

tinesath1cdf (27)

tinesath1probe (22)

tissueTreg (47)

TMExplorer (32)

tofsimsData (18)

topdownrdata (44)

TransOmicsData (4)

tuberculosis (19)

TumourMethData (22)

tweeDEseqCountData (194)

tximportData (818)

V

VariantToolsData (23)

VectraPolarisData (24)

vulcandata (54)

W

waveTilingData (7)

WeberDivechaLCdata (48)

WES.1KG.WUGSC (49)

WGSmapp (48)

X

xcoredata (35)

XhybCasneuf (22)

Y

yeastCC (98)

yeastExpData (124)

yeastGSData (20)

yeastNagalakshmi (78)

yeastRNASeq (76)

yri1kgv (8)

yriMulti (4)

Z

zebrafishRNASeq (205)