See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Fri. 02 Oct 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5679) 6 geneLenDataBase (2214) 11 tximportData (1271)
2 celldex (5505) 7 scRNAseq (2156) 12 sesameData (1172)
3 ALL (4018) 8 bcellViper (1999) 13 affydata (1167)
4 HSMMSingleCell (3522) 9 dorothea (1942) 14 msdata (1135)
5 airway (2656) 10 pasilla (1341) 15 golubEsets (1083)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (93)

adductData (185)

affycompData (237)

affydata (1167)

Affyhgu133A2Expr (291)

Affyhgu133aExpr (190)

Affyhgu133Plus2Expr (174)

AffymetrixDataTestFiles (297)

Affymoe4302Expr (197)

Affymoe430Expr (1)

airway (2656)

ALL (4018)

allenpvc (20)

ALLMLL (492)

alpineData (66)

AmpAffyExample (383)

AneuFinderData (128)

antiProfilesData (294)

aracne.networks (208)

ARRmData (210)

AshkenazimSonChr21 (241)

ASICSdata (200)

AssessORFData (183)

AWAggregatorData (139)

B

bcellViper (1999)

beadarrayExampleData (219)

BeadArrayUseCases (238)

BeadSorted.Saliva.EPIC (160)

benchmarkfdrData2019 (42)

beta7 (311)

BioImageDbs (190)

BioPlex (184)

biotmleData (208)

biscuiteerData (197)

bladderbatch (927)

blimaTestingData (202)

BloodCancerMultiOmics2017 (198)

bodymapRat (219)

brainImageRdata (30)

breakpointRdata (233)

breastCancerMAINZ (360)

breastCancerNKI (358)

breastCancerTRANSBIG (314)

breastCancerUNT (330)

breastCancerUPP (347)

breastCancerVDX (367)

brgedata (222)

bronchialIL13 (265)

bsseqData (295)

bugphyzz (159)

C

cancerdata (254)

CardinalWorkflows (216)

ccdata (197)

CCl4 (401)

ccTutorial (194)

celarefData (163)

celldex (5505)

CellMapperData (190)

CENTREprecomputed (97)

ceu1kg (129)

ceu1kgv (90)

ceuhm3 (134)

cfToolsData (170)

cgdv17 (121)

ChAMPdata (782)

charmData (114)

cheung2010 (128)

ChIC.data (51)

ChimpHumanBrainData (182)

ChIPDBData (138)

chipenrich.data (330)

ChIPexoQualExample (184)

chipseqDBData (218)

ChIPXpressData (206)

chromstaRData (120)

CLAMPData (33)

CLL (428)

CLLmethylation (199)

CluMSIDdata (174)

clustifyrdatahub (179)

cMap2data (231)

cnvGSAdata (271)

COHCAPanno (264)

colonCA (351)

CONFESSdata (243)

ConnectivityMap (226)

COPDSexualDimorphism.data (159)

CopyhelpeR (219)

CopyNeutralIMA (182)

CopyNumber450kData (42)

CoSIAdata (166)

COSMIC.67 (250)

CRCL18 (235)

crisprScoreData (313)

curatedAdipoArray (157)

curatedAdipoChIP (183)

curatedAdipoRNA (241)

curatedBladderData (236)

curatedBreastData (226)

curatedCRCData (195)

curatedMetagenomicData (816)

curatedOvarianData (353)

curatedPCaData (188)

curatedTBData (188)

curatedTCGAData (539)

CytoMethIC (198)

D

DAPARdata (250)

DaparToolshedData (2)

davidTiling (304)

depmap (900)

derfinderData (245)

DeSousa2013 (243)

DExMAdata (240)

diffloopdata (157)

diggitdata (199)

DLBCL (453)

DmelSGI (102)

DMRcatedata (467)

DMRsegaldata (97)

DNAZooData (176)

dominatRData (112)

DonaPLLP2013 (195)

DoReMiTra (157)

dorothea (1942)

DREAM4 (160)

dressCheck (250)

DropletTestFiles (551)

DrugVsDiseasedata (244)

dsQTL (116)

DuoClustering2018 (316)

DvDdata (189)

dyebiasexamples (281)

E

easierData (359)

EatonEtAlChIPseq (246)

ecoliLeucine (394)

EGSEAdata (288)

ELMER.data (341)

emtdata (182)

EMTscoreData (109)

ENCODEFig4Band4D (15)

encoDnaseI (163)

eoPredData (146)

EpiMix.data (196)

epimutacionsData (164)

EpipwR.data (138)

estrogen (371)

etec16s (205)

ewceData (315)

F

faahKO (967)

fabiaData (307)

facopy.annot (67)

facsDorit (154)

FANTOM3and4CAGE (249)

ffpeExampleData (333)

fibroEset (615)

FieldEffectCrc (186)

FIs (213)

fission (322)

Fletcher2013a (237)

Fletcher2013b (192)

flowFitExampleData (84)

flowPloidyData (241)

flowQBData (27)

FlowSorted.Blood.450k (518)

FlowSorted.Blood.EPIC (464)

FlowSorted.CordBlood.450k (189)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (229)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (210)

FlowSorted.DLPFC.450k (212)

flowWorkspaceData (724)

fourDNData (189)

frmaExampleData (257)

FunciSNP.data (129)

furrowSeg (160)

G

gageData (580)

gaschYHS (381)

gatingMLData (180)

gcspikelite (249)

gDNAinRNAseqData (168)

gDRtestData (185)

geneLenDataBase (2214)

genomationData (285)

GenomicDistributionsData (208)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (13)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (14)

GeuvadisTranscriptExpr (289)

geuvPack (57)

geuvStore (21)

geuvStore2 (46)

GGdata (195)

ggtut (79)

GIGSEAdata (185)

golubEsets (1083)

gpaExample (143)

grndata (213)

GSBenchMark (181)

GSE103322 (200)

GSE13015 (182)

GSE159526 (170)

GSE280465 (23)

GSE62944 (245)

gskb (67)

GSVAdata (890)

GWASdata (381)

H

h5vcData (537)

hapmap100khind (264)

hapmap100kxba (367)

hapmap500knsp (254)

hapmap500ksty (252)

hapmapsnp5 (357)

hapmapsnp6 (376)

harbChIP (429)

HarmanData (249)

HarmonizedTCGAData (202)

HCAData (275)

HCATonsilData (242)

HD2013SGI (260)

HDCytoData (410)

healthyControlsPresenceChecker (154)

healthyFlowData (194)

HEEBOdata (381)

HelloRangesData (312)

hgu133abarcodevecs (199)

hgu133plus2barcodevecs (177)

hgu133plus2CellScore (161)

hgu2beta7 (328)

HiBED (157)

HiCDataHumanIMR90 (204)

HiCDataLymphoblast (201)

HiContactsData (199)

HighlyReplicatedRNASeq (180)

Hiiragi2013 (280)

HIVcDNAvantWout03 (252)

HMP16SData (260)

HMP2Data (250)

hmyriB36 (150)

homosapienDEE2CellScore (38)

HSMMSingleCell (3522)

HumanAffyData (207)

humanHippocampus2024 (155)

HumanRetinaLRSData (84)

humanStemCell (723)

HuMMANet (2)

I

IHWpaper (234)

Illumina450ProbeVariants.db (653)

IlluminaDataTestFiles (411)

imcdatasets (265)

iModMixData (130)

ind1KG (102)

iontreeData (115)

ITALICSData (261)

Iyer517 (442)

J

JASPAR2014 (383)

JASPAR2016 (472)

JctSeqData (73)

JohnsonKinaseData (152)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (246)

KEGGdzPathwaysGEO (394)

kidpack (289)

KOdata (174)

L

leeBamViews (359)

LegATo (180)

leukemiasEset (382)

LiebermanAidenHiC2009 (188)

ListerEtAlBSseq (187)

LRcellTypeMarkers (174)

lumiBarnes (466)

LungCancerACvsSCCGEO (173)

LungCancerLines (283)

lungExpression (564)

lydata (159)

lymphoma (8)

M

M3DExampleData (294)

macrophage (527)

MACSdata (152)

mammaPrintData (215)

mAPKLData (119)

maqcExpression4plex (423)

MAQCsubset (332)

MAQCsubsetAFX (147)

MAQCsubsetILM (204)

marinerData (159)

mCSEAdata (226)

mcsurvdata (193)

MEALData (26)

MEDIPSData (244)

MEEBOdata (369)

MerfishData (188)

MetaGxBreast (215)

MetaGxOvarian (178)

MetaGxPancreas (208)

metaMSdata (214)

MetaScope (188)

MethylAidData (212)

methylclockData (392)

MethylSeqData (194)

methyvimData (49)

MicrobiomeBenchmarkData (174)

microbiomeDataSets (358)

microRNAome (228)

MIGSAdata (55)

minfiData (718)

minfiDataEPIC (352)

minionSummaryData (195)

miRcompData (238)

miRNATarget (297)

mitoODEdata (66)

MMAPPR2data (58)

MMDiffBamSubset (206)

MOFAdata (356)

mosaicsExample (232)

mouse4302barcodevecs (177)

MouseAgingData (163)

MouseGastrulationData (389)

MouseThymusAgeing (227)

MSBdata (58)

msd16s (268)

msdata (1135)

msigdb (806)

MSMB (231)

msPurityData (193)

msqc1 (264)

MSstatsBioData (46)

mtbls2 (245)

MTseekerData (28)

MUGAExampleData (160)

Mulder2012 (102)

muleaData (139)

multiWGCNAdata (154)

muscData (653)

muSpaData (163)

MutSeqRData (114)

mvoutData (310)

N

NanoporeRNASeq (221)

nanotubes (188)

NCIgraphData (293)

NestLink (247)

NetActivityData (193)

netDx.examples (2)

Neve2006 (319)

NGScopyData (166)

nmrdata (122)

nullrangesData (206)

NxtIRFdata (224)

O

ObMiTi (165)

oct4 (138)

octad.db (166)

OMICsPCAdata (171)

OnassisJavaLibs (172)

optimalFlowData (165)

orthosData (172)

P

parathyroid (45)

parathyroidSE (415)

pasilla (1341)

pasillaBamSubset (944)

PasillaTranscriptExpr (229)

PathNetData (242)

pathprintGEOData (35)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (64)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (65)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (75)

PCHiCdata (198)

pcxnData (49)

pd.atdschip.tiling (265)

pepDat (263)

PepsNMRData (180)

PGPC (27)

PhyloProfileData (172)

plasFIA (43)

plotgardenerData (202)

ppiData (260)

prebsdata (220)

preciseTADhub (162)

PREDAsampledata (273)

ProData (309)

pRolocdata (714)

prostateCancerCamcap (173)

prostateCancerGrasso (170)

prostateCancerStockholm (163)

prostateCancerTaylor (176)

prostateCancerVarambally (209)

ProteinGymR (163)

ptairData (176)

PtH2O2lipids (179)

pumadata (322)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (227)

PWMEnrich.Hsapiens.background (196)

PWMEnrich.Mmusculus.background (178)

pwrEWAS.data (46)

Q

QDNAseq.hg19 (354)

QDNAseq.mm10 (230)

qPLEXdata (130)

QUBICdata (234)

R

raerdata (164)

rcellminerData (277)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (196)

ReactomeGSA.data (207)

RegParallel (225)

restfulSEData (61)

rfcdmin (72)

RforProteomics (446)

RGMQLlib (115)

rheumaticConditionWOLLBOLD (204)

RIPSeekerData (86)

RITANdata (227)

RLHub (62)

RMassBankData (230)

RNAinteractMAPK (178)

RNAmodR.Data (196)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (18)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1063)

RNASeqDataSubset (8)

RNASeqRData (33)

RnaSeqSampleSizeData (312)

RnaSeqTutorial (92)

RnBeads.hg19 (314)

RnBeads.hg38 (264)

RnBeads.mm10 (229)

RnBeads.mm9 (260)

RnBeads.rn5 (202)

RRBSdata (185)

rRDPData (118)

RTCGA.clinical (498)

RTCGA.CNV (372)

RTCGA.methylation (368)

RTCGA.miRNASeq (390)

RTCGA.mRNA (435)

RTCGA.mutations (361)

RTCGA.PANCAN12 (385)

RTCGA.rnaseq (444)

RTCGA.RPPA (377)

RUVnormalizeData (303)

S

sampleClassifierData (174)

SBGNview.data (239)

scaeData (151)

scanMiRData (193)

scATAC.Explorer (174)

SCATEData (41)

SCLCBam (215)

scMultiome (195)

scpdata (240)

scRNAseq (2156)

scTHI.data (148)

seq2pathway.data (177)

seqc (207)

seqCNA.annot (77)

serumStimulation (232)

sesameData (1172)

seventyGeneData (229)

SFEData (226)

shinyMethylData (187)

signatureSearchData (268)

SimBenchData (168)

simpIntLists (268)

Single.mTEC.Transcriptomes (200)

SingleCellMultiModal (281)

SingleMoleculeFootprintingData (141)

smokingMouse (180)

SNAData (294)

SNAGEEdata (240)

SNPhoodData (181)

SomatiCAData (180)

SomaticCancerAlterations (275)

SpatialDatasets (177)

spatialDmelxsim (174)

spatialLIBD (539)

SpikeIn (323)

SpikeInSubset (419)

spqnData (168)

stemHypoxia (247)

STexampleData (425)

stjudem (175)

SubcellularSpatialData (163)

SVM2CRMdata (153)

synapterdata (111)

systemPipeRdata (376)

T

TabulaMurisData (242)

TabulaMurisSenisData (283)

TargetScoreData (208)

TargetSearchData (231)

tartare (215)

TBX20BamSubset (235)

TCGAbiolinksGUI.data (5679)

TCGAcrcmiRNA (209)

TCGAcrcmRNA (199)

TCGAMethylation450k (216)

tcgaWGBSData.hg19 (31)

TCGAWorkflowData (202)

TENET.ExperimentHub (148)

TENxBrainData (607)

TENxBUSData (188)

TENxPBMCData (998)

TENxVisiumData (284)

TENxXeniumData (161)

timecoursedata (177)

TimerQuant (97)

tinesath1cdf (265)

tinesath1probe (315)

tissueTreg (246)

TMExplorer (185)

tofsimsData (152)

topdownrdata (166)

TransOmicsData (149)

tuberculosis (180)

TumourMethData (116)

tweeDEseqCountData (320)

tximportData (1271)

V

VariantToolsData (197)

VectraPolarisData (169)

vulcandata (171)

W

waveTilingData (75)

WeberDivechaLCdata (173)

WES.1KG.WUGSC (188)

WGSmapp (173)

X

xcoredata (189)

XhybCasneuf (350)

Y

yeastCC (444)

yeastExpData (393)

yeastGSData (305)

yeastNagalakshmi (552)

yeastRNASeq (347)

yri1kgv (92)

yriMulti (71)

Z

zebrafishRNASeq (657)