See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sat. 7 Nov 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5757) 6 geneLenDataBase (2377) 11 tximportData (1330)
2 celldex (5716) 7 scRNAseq (2314) 12 msdata (1252)
3 ALL (4170) 8 bcellViper (2176) 13 sesameData (1249)
4 HSMMSingleCell (3552) 9 dorothea (2113) 14 affydata (1244)
5 airway (2854) 10 pasilla (1553) 15 golubEsets (1207)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (114)

adductData (219)

affycompData (304)

affydata (1244)

Affyhgu133A2Expr (317)

Affyhgu133aExpr (227)

Affyhgu133Plus2Expr (208)

AffymetrixDataTestFiles (344)

Affymoe4302Expr (238)

Affymoe430Expr (3)

airway (2854)

ALL (4170)

allenpvc (26)

ALLMLL (589)

alpineData (94)

AmpAffyExample (499)

AneuFinderData (136)

AnnotatedBCGEData (2)

antiProfilesData (361)

aracne.networks (231)

ARRmData (255)

AshkenazimSonChr21 (318)

ASICSdata (241)

AssessORFData (222)

AWAggregatorData (149)

B

bcellViper (2176)

beadarrayExampleData (268)

BeadArrayUseCases (301)

BeadSorted.Saliva.EPIC (183)

benchmarkfdrData2019 (67)

beta7 (384)

BioImageDbs (222)

BioPlex (215)

biotmleData (247)

biscuiteerData (229)

bladderbatch (1049)

blimaTestingData (250)

BloodCancerMultiOmics2017 (235)

bodymapRat (261)

brainImageRdata (44)

breakpointRdata (261)

breastCancerMAINZ (422)

breastCancerNKI (425)

breastCancerTRANSBIG (367)

breastCancerUNT (391)

breastCancerUPP (409)

breastCancerVDX (437)

brgedata (267)

bronchialIL13 (341)

bsseqData (349)

bugphyzz (179)

C

cancerdata (314)

CardinalWorkflows (262)

ccdata (233)

CCl4 (478)

ccTutorial (259)

celarefData (198)

celldex (5716)

CellMapperData (235)

CENTREprecomputed (98)

ceu1kg (170)

ceu1kgv (122)

ceuhm3 (178)

cfToolsData (195)

cgdv17 (162)

ChAMPdata (816)

charmData (148)

cheung2010 (159)

ChIC.data (74)

ChimpHumanBrainData (223)

ChIPDBData (152)

chipenrich.data (389)

ChIPexoQualExample (220)

chipseqDBData (256)

ChIPXpressData (251)

chromstaRData (143)

CLAMPData (43)

CLL (508)

CLLmethylation (244)

CluMSIDdata (207)

clustifyrdatahub (212)

cMap2data (287)

cnvGSAdata (352)

COHCAPanno (334)

colonCA (445)

CONFESSdata (311)

ConnectivityMap (280)

COPDSexualDimorphism.data (186)

CopyhelpeR (266)

CopyNeutralIMA (229)

CopyNumber450kData (52)

CoSIAdata (192)

COSMIC.67 (311)

CRCL18 (302)

crisprScoreData (377)

curatedAdipoArray (190)

curatedAdipoChIP (221)

curatedAdipoRNA (312)

curatedBladderData (288)

curatedBreastData (267)

curatedCRCData (250)

curatedMetagenomicData (912)

curatedOvarianData (421)

curatedPCaData (217)

curatedTBData (229)

curatedTCGAData (569)

CytoMethIC (232)

D

DAPARdata (285)

DaparToolshedData (10)

davidTiling (384)

depmap (1000)

derfinderData (293)

DeSousa2013 (303)

DExMAdata (296)

diffloopdata (189)

diggitdata (245)

DLBCL (568)

DmelSGI (142)

DMRcatedata (522)

DMRsegaldata (116)

DNAZooData (204)

dominatRData (129)

DonaPLLP2013 (243)

DoReMiTra (176)

dorothea (2113)

DREAM4 (216)

dressCheck (319)

DropletTestFiles (581)

DrugVsDiseasedata (303)

dsQTL (155)

DuoClustering2018 (372)

DvDdata (232)

dyebiasexamples (347)

E

easierData (403)

EatonEtAlChIPseq (309)

ecoliLeucine (509)

EGSEAdata (336)

ELMER.data (389)

emtdata (218)

EMTscoreData (127)

ENCODEFig4Band4D (21)

encoDnaseI (213)

eoPredData (167)

EpiMix.data (241)

epimutacionsData (189)

EpipwR.data (153)

estrogen (449)

etec16s (252)

ewceData (340)

F

faahKO (1061)

fabiaData (394)

facopy.annot (91)

facsDorit (204)

FANTOM3and4CAGE (298)

ffpeExampleData (437)

fibroEset (708)

FieldEffectCrc (221)

FIs (246)

fission (376)

Fletcher2013a (294)

Fletcher2013b (236)

flowFitExampleData (114)

flowPloidyData (310)

flowQBData (40)

FlowSorted.Blood.450k (557)

FlowSorted.Blood.EPIC (500)

FlowSorted.CordBlood.450k (220)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (261)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (242)

FlowSorted.DLPFC.450k (257)

flowWorkspaceData (784)

fourDNData (220)

frmaExampleData (320)

FunciSNP.data (166)

furrowSeg (195)

G

gageData (622)

gaschYHS (470)

gatingMLData (245)

gcspikelite (315)

gDNAinRNAseqData (190)

gDRtestData (222)

geneLenDataBase (2377)

genomationData (326)

GenomicDistributionsData (236)

GenomicFeatures (21)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (17)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (17)

GeuvadisTranscriptExpr (366)

geuvPack (79)

geuvStore (26)

geuvStore2 (65)

GGdata (255)

ggtut (103)

GIGSEAdata (229)

golubEsets (1207)

gpaExample (170)

grndata (262)

GSBenchMark (227)

GSE103322 (237)

GSE13015 (217)

GSE159526 (203)

GSE280465 (31)

GSE62944 (294)

gskb (95)

GSVAdata (954)

GWASdata (467)

H

h5vcData (586)

hapmap100khind (330)

hapmap100kxba (434)

hapmap500knsp (326)

hapmap500ksty (323)

hapmapsnp5 (433)

hapmapsnp6 (448)

harbChIP (581)

HarmanData (316)

HarmonizedTCGAData (236)

HCAData (316)

HCATonsilData (284)

HD2013SGI (318)

HDCytoData (466)

healthyControlsPresenceChecker (177)

healthyFlowData (242)

HEEBOdata (487)

HelloRangesData (345)

hgu133abarcodevecs (245)

hgu133afrmavecs (45)

hgu133plus2barcodevecs (210)

hgu133plus2CellScore (187)

hgu133plus2frmavecs (34)

hgu2beta7 (414)

HiBED (181)

HiCDataHumanIMR90 (244)

HiCDataLymphoblast (245)

HiContactsData (229)

HighlyReplicatedRNASeq (213)

Hiiragi2013 (338)

HIVcDNAvantWout03 (308)

HMP16SData (293)

HMP2Data (302)

hmyriB36 (204)

homosapienDEE2CellScore (42)

HSMMSingleCell (3552)

HumanAffyData (255)

humanHippocampus2024 (170)

HumanRetinaLRSData (98)

humanStemCell (782)

HuMMANet (9)

I

IHW (3)

IHWpaper (286)

Illumina450ProbeVariants.db (690)

IlluminaDataTestFiles (446)

IlluminaHumanMethylation450kmanifest (21)

imcdatasets (302)

iModMixData (140)

ind1KG (131)

iontreeData (150)

ITALICSData (327)

Iyer517 (529)

J

JASPAR2014 (430)

JASPAR2016 (557)

JctSeqData (93)

JohnsonKinaseData (170)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (275)

KEGGdzPathwaysGEO (443)

kidpack (372)

KOdata (215)

L

leeBamViews (427)

LegATo (203)

leukemiasEset (496)

LiebermanAidenHiC2009 (236)

ListerEtAlBSseq (229)

LRcellTypeMarkers (208)

lumiBarnes (576)

LungCancerACvsSCCGEO (208)

LungCancerLines (342)

lungExpression (682)

lydata (202)

lymphoma (10)

M

M3DExampleData (342)

macrophage (589)

MACSdata (177)

MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (18)

MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (15)

mammaPrintData (269)

mAPKLData (178)

maqcExpression4plex (506)

MAQCsubset (412)

MAQCsubsetAFX (201)

MAQCsubsetILM (281)

marinerData (181)

mCSEAdata (269)

mcsurvdata (236)

MEALData (36)

MEDIPSData (299)

MEEBOdata (473)

MerfishData (222)

MetaGxBreast (260)

MetaGxOvarian (225)

MetaGxPancreas (253)

metaMSdata (265)

MetaScope (219)

MethylAidData (261)

methylclockData (426)

MethylSeqData (235)

methyvimData (67)

MicrobiomeBenchmarkData (202)

microbiomeDataSets (398)

microRNAome (288)

MIGSAdata (80)

minfiData (787)

minfiDataEPIC (397)

minionSummaryData (238)

miRcompData (308)

miRNATarget (381)

mitoODEdata (90)

MMAPPR2data (84)

MMDiffBamSubset (250)

MOFAdata (388)

mosaicsExample (288)

mouse4302barcodevecs (217)

mouse4302frmavecs (32)

MouseAgingData (189)

MouseGastrulationData (426)

MouseThymusAgeing (267)

MSBdata (79)

msd16s (328)

msdata (1252)

msigdb (832)

MSMB (298)

msPurityData (244)

msqc1 (345)

MSstatsBioData (67)

mtbls2 (290)

MTseekerData (40)

MUGAExampleData (191)

Mulder2012 (130)

muleaData (161)

multiWGCNAdata (177)

muscData (708)

muSpaData (182)

MutSeqRData (132)

mvoutData (384)

N

NanoporeRNASeq (256)

nanotubes (230)

NCIgraphData (373)

NestLink (325)

NetActivityData (233)

netDx.examples (4)

Neve2006 (398)

NGScopyData (204)

nmrdata (137)

nullrangesData (243)

NxtIRFdata (265)

O

ObMiTi (196)

oct4 (163)

octad.db (190)

OMICsPCAdata (208)

OnassisJavaLibs (210)

optimalFlowData (196)

orthosData (195)

P

parathyroid (52)

parathyroidSE (463)

pasilla (1553)

pasillaBamSubset (996)

PasillaTranscriptExpr (268)

PathNetData (303)

pathprintGEOData (49)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (86)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (91)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (99)

PCHiCdata (241)

pcxnData (71)

pd.atdschip.tiling (318)

pepDat (330)

PepsNMRData (220)

PGPC (39)

phastCons100way.UCSC.hg19 (18)

PhyloProfileData (207)

plasFIA (67)

plotgardenerData (232)

ppiData (335)

prebsdata (271)

preciseTADhub (195)

PREDAsampledata (335)

ProData (389)

pRolocdata (824)

prostateCancerCamcap (209)

prostateCancerGrasso (208)

prostateCancerStockholm (196)

prostateCancerTaylor (214)

prostateCancerVarambally (267)

ProteinGymR (184)

ptairData (202)

PtH2O2lipids (222)

pumadata (406)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (285)

PWMEnrich.Hsapiens.background (223)

PWMEnrich.Mmusculus.background (214)

pwrEWAS.data (64)

Q

QDNAseq.hg19 (393)

QDNAseq.mm10 (271)

qPLEXdata (168)

QUBICdata (304)

R

raerdata (189)

rcellminerData (329)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (226)

ReactomeGSA.data (259)

RegParallel (270)

restfulSEData (90)

rfcdmin (90)

RforProteomics (566)

RGMQLlib (139)

rheumaticConditionWOLLBOLD (254)

RIPSeekerData (111)

RITANdata (282)

RLHub (67)

RMassBankData (289)

RNAinteractMAPK (263)

RNAmodR.Data (233)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (22)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1069)

RNASeqDataSubset (11)

RNASeqRData (49)

RnaSeqSampleSizeData (407)

RnaSeqTutorial (118)

RnBeads.hg19 (351)

RnBeads.hg38 (307)

RnBeads.mm10 (278)

RnBeads.mm9 (310)

RnBeads.rn5 (251)

RRBSdata (230)

rRDPData (146)

RTCGA.clinical (521)

RTCGA.CNV (414)

RTCGA.methylation (406)

RTCGA.miRNASeq (431)

RTCGA.mRNA (473)

RTCGA.mutations (393)

RTCGA.PANCAN12 (424)

RTCGA.rnaseq (475)

RTCGA.RPPA (421)

RUVnormalizeData (385)

S

sampleClassifierData (212)

SBGNview.data (279)

scaeData (171)

scanMiRData (234)

scATAC.Explorer (204)

SCATEData (60)

SCLCBam (264)

scMultiome (216)

scpdata (282)

scRNAseq (2314)

scTHI.data (176)

seq2pathway.data (212)

seqc (275)

seqCNA.annot (112)

serumStimulation (285)

sesameData (1249)

seventyGeneData (288)

SFEData (256)

shinyMethylData (225)

signatureSearchData (317)

SimBenchData (205)

simpIntLists (339)

Single.mTEC.Transcriptomes (238)

SingleCellMultiModal (330)

SingleMoleculeFootprintingData (163)

smokingMouse (217)

SNAData (372)

SNAGEEdata (295)

SNPhoodData (228)

SomatiCAData (223)

SomaticCancerAlterations (343)

SpaMTPData (7)

SpatialDatasets (203)

spatialDmelxsim (207)

spatialLIBD (589)

SpikeIn (396)

SpikeInSubset (516)

spqnData (200)

stemHypoxia (312)

STexampleData (455)

stjudem (234)

SubcellularSpatialData (183)

SVM2CRMdata (186)

synapterdata (155)

systemPipeRdata (411)

T

TabulaMurisData (288)

TabulaMurisSenisData (330)

TargetScoreData (261)

TargetSearchData (296)

tartare (249)

TBX20BamSubset (289)

TCGAbiolinksGUI.data (5757)

TCGAcrcmiRNA (265)

TCGAcrcmRNA (245)

TCGAMethylation450k (257)

tcgaWGBSData.hg19 (44)

TCGAWorkflowData (237)

TENET.ExperimentHub (161)

TENxBrainData (659)

TENxBUSData (228)

TENxPBMCData (1055)

TENxVisiumData (326)

TENxXeniumData (179)

timecoursedata (214)

TimerQuant (138)

tinesath1cdf (337)

tinesath1probe (403)

tissueTreg (290)

TMExplorer (223)

tofsimsData (188)

topdownrdata (204)

TransOmicsData (167)

tuberculosis (217)

TumourMethData (129)

tweeDEseqCountData (376)

tximportData (1330)

V

VariantToolsData (239)

VectraPolarisData (199)

vulcandata (209)

W

waveTilingData (104)

WeberDivechaLCdata (198)

WES.1KG.WUGSC (228)

WGSmapp (208)

X

xcoredata (222)

XhybCasneuf (449)

Y

yeastCC (591)

yeastExpData (484)

yeastGSData (387)

yeastNagalakshmi (586)

yeastRNASeq (421)

yri1kgv (124)

yriMulti (90)

Z

zebrafishRNASeq (701)