See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-09-18 15:50:22 -0400 (Tue, 18 Sep 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2275)
2geneLenDataBase (889)
3airway (849)
4HSMMSingleCell (793)
5pasilla (784)
6bladderbatch (436)
7tximportData (432)
8golubEsets (413)
9DMRcatedata (404)
10affydata (360)
11ChAMPdata (328)
12Illumina450ProbeVariants.db (301)
13minfiData (285)
14faahKO (279)
15fission (278)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (80)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (26)
affycoretools (0)
affydata (360)
Affyhgu133A2Expr (21)
Affyhgu133aExpr (22)
Affyhgu133Plus2Expr (25)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (42)
Affymoe4302Expr (23)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (849)
all (0)
ALL (2275)
allenpvc (0)
ALLMLL (89)
alpineData (21)
AmpAffyExample (28)
AneuFinderData (76)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (33)
aracne.networks (38)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (66)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (5)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (59)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (44)
BeadArrayUseCases (56)
BeadDataPackR (0)
beta7 (28)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (53)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (436)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (5)
breastCancerMAINZ (59)
breastCancerNKI (79)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (50)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (46)
breastCancerVDX (99)
brgedata (13)
bronchialIL13 (13)
BSgenome (0)
bsseqData (64)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (26)
CardinalWorkflows (26)
Category (0)
ccdata (75)
CCl4 (36)
ccTutorial (16)
celarefData (1)
CellMapperData (19)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (11)
ceuhm3 (13)
cgdv17 (46)
cghMCR (0)
ChAMPdata (328)
charmData (21)
cheung2010 (11)
ChIC.data (12)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (21)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (94)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (61)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (220)
CLLmethylation (3)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (64)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (79)
colonCA (36)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (18)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (51)
CopyhelpeR (90)
CopyNeutralIMA (1)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (12)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (23)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (30)
curatedBreastData (27)
curatedCRCData (18)
curatedMetagenomicData (122)
curatedOvarianData (77)
curatedTCGAData (73)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (92)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (13)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (28)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (60)
DmelSGI (14)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (404)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (11)
DOQTL (0)
DREAM4 (15)
dressCheck (11)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (64)
dsQTL (16)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (1)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (17)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (33)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (150)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (237)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (2)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (97)
etec16s (18)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (279)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (56)
facsDorit (21)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (80)
FindMyFriends (0)
FIs (54)
FISHalyseR (0)
fission (278)
flagme (0)
Fletcher2013a (26)
Fletcher2013b (25)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (167)
FlowSorted.Blood.EPIC (5)
FlowSorted.CordBlood.450k (24)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (17)
FlowSorted.DLPFC.450k (15)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (69)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (25)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (68)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (276)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (20)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (69)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (889)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (55)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (19)
geuvPack (30)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (41)
ggtut (2)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (413)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
grndata (68)
GSBenchMark (20)
GSE62944 (29)
GSEABase (0)
gskb (52)
gsvadata (0)
GSVAdata (170)
Gviz (0)
GWASdata (44)
GWASTools (0)

H

h5vcData (72)
hapmap100khind (10)
hapmap100kxba (32)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (27)
hapmapsnp6 (40)
harbChIP (18)
HarmanData (19)
HarmonizedTCGAData (12)
HD2013SGI (14)
HDCytoData (6)
healthyFlowData (21)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (25)
hgu133abarcodevecs (11)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (5)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (17)
HiCDataHumanIMR90 (33)
HiCDataLymphoblast (21)
Hiiragi2013 (52)
HIVcDNAvantWout03 (14)
HMP16SData (33)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (793)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (47)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (301)
IlluminaDataTestFiles (39)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (14)
IRanges (1)
ITALICSData (57)
Iyer517 (11)

J

JASPAR2014 (50)
JASPAR2016 (174)
JctSeqData (24)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (47)
KEGGdzPathwaysGEO (194)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (57)

L

leeBamViews (64)
leukemiasEset (78)
LiebermanAidenHiC2009 (15)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (13)
lumi (0)
lumiBarnes (26)
LungCancerACvsSCCGEO (57)
LungCancerLines (28)
lungExpression (104)
lydata (22)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (26)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (16)
mAPKLData (19)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (20)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
mCSEAdata (14)
MEALData (13)
MEDIPSData (37)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
MetaGxBreast (3)
MetaGxOvarian (8)
MetaGxPancreas (3)
metaMS (0)
metaMSdata (21)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (18)
Mfuzz (0)
microRNAome (10)
MIGSAdata (17)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (285)
minfiDataEPIC (54)
minionSummaryData (21)
miRcompData (52)
miRNATarget (18)
mitoODEdata (51)
MMDiffBamSubset (20)
mosaicsExample (33)
mouse4302barcodevecs (10)
mouse4302frmavecs (0)
MSBdata (21)
msd16s (25)
msdata (231)
MSnbase (0)
msPurityData (21)
msqc1 (15)
MSstatsBioData (17)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (27)
MUGAExampleData (23)
Mulder2012 (11)
multtest (1)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (19)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (35)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (4)
parathyroidSE (155)
pasilla (784)
pasillaBamSubset (154)
PasillaTranscriptExpr (19)
pathifier (0)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (14)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (25)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (18)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (37)
pd.atdschip.tiling (19)
pepDat (19)
PGPC (11)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (68)
prebsdata (17)
PREDAsampledata (23)
preprocessCore (1)
ProData (21)
pRolocdata (157)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (10)
prostateCancerTaylor (12)
prostateCancerVarambally (11)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (18)
pumadata (21)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)

Q

QDNAseq.hg19 (21)
QDNAseq.mm10 (15)
qPLEXdata (2)
quantsmooth (0)
QUBICdata (15)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (74)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (7)
RDAVIDWebService (0)
ReportingTools (0)
restfulSEData (24)
rfcdmin (1)
RforProteomics (165)
RGMQLlib (13)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (20)
RITANdata (47)
RMassBankData (21)
RNAinteractMAPK (13)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (209)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (83)
RnaSeqTutorial (47)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (111)
RnBeads.hg38 (41)
RnBeads.mm10 (33)
RnBeads.mm9 (22)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (12)
rRDPData (16)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (230)
RTCGA.CNV (27)
RTCGA.methylation (34)
RTCGA.miRNASeq (35)
RTCGA.mRNA (104)
RTCGA.mutations (44)
RTCGA.PANCAN12 (27)
RTCGA.rnaseq (78)
RTCGA.RPPA (26)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (70)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SCLCBam (22)
scRNAseq (185)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (60)
seqc (20)
seqCNA.annot (62)
seqLogo (0)
serumStimulation (18)
sesameData (3)
seventyGeneData (14)
shinyMethylData (34)
ShortRead (1)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (66)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (18)
snadata (0)
SNAGEEdata (56)
SNPhoodData (15)
SNPRelate (0)
snpStats (1)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (64)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (30)
SpikeInSubset (103)
spliceR (0)
stemHypoxia (61)
stjudem (16)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (50)
synapterdata (90)
systemPipeRdata (90)

T

TargetScoreData (17)
TargetSearchData (16)
TBX20BamSubset (12)
TCGAbiolinksGUI.data (49)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (42)
TCGAWorkflowData (86)
TENxBrainData (14)
TENxPBMCData (0)
TFBSTools (0)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (10)
tissueTreg (3)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (12)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (104)
twilight (0)
tximportData (432)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (13)
vsn (1)
vulcandata (12)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (16)
WES.1KG.WUGSC (47)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (0)

Y

yeastCC (95)
yeastExpData (150)
yeastGSData (9)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (63)
yri1kgv (19)
yriMulti (13)

Z

zebrafishRNASeq (195)
zlibbioc (1)