See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Mon. 04 May 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5458) 6 geneLenDataBase (2236) 11 pasilla (1191)
2 celldex (5076) 7 scRNAseq (1941) 12 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1003)
3 ALL (3771) 8 bcellViper (1425) 13 affydata (975)
4 HSMMSingleCell (3561) 9 dorothea (1361) 14 sesameData (968)
5 airway (2404) 10 tximportData (1203) 15 msdata (922)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (64)

adductData (112)

affycompData (160)

affydata (975)

Affyhgu133A2Expr (142)

Affyhgu133aExpr (140)

Affyhgu133Plus2Expr (149)

AffymetrixDataTestFiles (272)

Affymoe4302Expr (148)

Affymoe430Expr (1)

airway (2404)

ALL (3771)

allenpvc (6)

ALLMLL (419)

alpineData (48)

AmpAffyExample (214)

AneuFinderData (158)

antiProfilesData (195)

aracne.networks (154)

ARRmData (151)

AshkenazimSonChr21 (124)

ASICSdata (131)

AssessORFData (116)

AWAggregatorData (56)

B

bcellViper (1425)

beadarrayExampleData (165)

BeadArrayUseCases (154)

BeadSorted.Saliva.EPIC (110)

benchmarkfdrData2019 (36)

beta7 (223)

BioImageDbs (128)

BioPlex (95)

biotmleData (134)

biscuiteerData (119)

bladderbatch (717)

blimaTestingData (137)

BloodCancerMultiOmics2017 (157)

bodymapRat (125)

brainImageRdata (9)

breakpointRdata (172)

breastCancerMAINZ (294)

breastCancerNKI (283)

breastCancerTRANSBIG (271)

breastCancerUNT (262)

breastCancerUPP (291)

breastCancerVDX (287)

brgedata (152)

bronchialIL13 (184)

bsseqData (241)

bugphyzz (87)

C

cancerdata (172)

CardinalWorkflows (162)

ccdata (162)

CCl4 (302)

ccTutorial (138)

celarefData (96)

celldex (5076)

CellMapperData (108)

CENTREprecomputed (59)

ceu1kg (85)

ceu1kgv (59)

ceuhm3 (88)

cfToolsData (102)

cgdv17 (75)

ChAMPdata (788)

charmData (80)

cheung2010 (93)

ChIC.data (25)

ChimpHumanBrainData (140)

ChIPDBData (48)

chipenrich.data (248)

ChIPexoQualExample (118)

chipseqDBData (141)

ChIPXpressData (163)

chromstaRData (135)

CLL (343)

CLLmethylation (102)

CluMSIDdata (119)

clustifyrdatahub (105)

cMap2data (163)

cnvGSAdata (151)

COHCAPanno (151)

colonCA (198)

CONFESSdata (120)

ConnectivityMap (168)

COPDSexualDimorphism.data (142)

CopyhelpeR (151)

CopyNeutralIMA (118)

CopyNumber450kData (27)

CoSIAdata (93)

COSMIC.67 (162)

CRCL18 (125)

crisprScoreData (196)

curatedAdipoArray (96)

curatedAdipoChIP (103)

curatedAdipoRNA (117)

curatedBladderData (169)

curatedBreastData (160)

curatedCRCData (65)

curatedMetagenomicData (612)

curatedOvarianData (249)

curatedPCaData (97)

curatedTBData (99)

curatedTCGAData (426)

CytoMethIC (99)

D

DAPARdata (196)

davidTiling (211)

depmap (577)

derfinderData (192)

DeSousa2013 (153)

DExMAdata (122)

diffloopdata (108)

diggitdata (127)

DLBCL (297)

DmelSGI (62)

DMRcatedata (385)

DMRsegaldata (4)

DNAZooData (103)

dominatRData (33)

DonaPLLP2013 (130)

DoReMiTra (47)

dorothea (1361)

DREAM4 (84)

dressCheck (174)

DropletTestFiles (418)

DrugVsDiseasedata (149)

dsQTL (76)

DuoClustering2018 (210)

DvDdata (140)

dyebiasexamples (195)

E

easierData (230)

EatonEtAlChIPseq (158)

ecoliLeucine (226)

EGSEAdata (237)

ELMER.data (286)

emtdata (101)

EMTscoreData (16)

ENCODEFig4Band4D (6)

encoDnaseI (95)

eoPredData (82)

EpiMix.data (105)

epimutacionsData (107)

EpipwR.data (91)

estrogen (281)

etec16s (111)

ewceData (251)

F

faahKO (750)

fabiaData (172)

facopy.annot (29)

facsDorit (105)

FANTOM3and4CAGE (190)

ffpeExampleData (184)

fibroEset (402)

FieldEffectCrc (101)

FIs (138)

fission (253)

Fletcher2013a (158)

Fletcher2013b (169)

flowFitExampleData (50)

flowPloidyData (125)

flowQBData (13)

FlowSorted.Blood.450k (492)

FlowSorted.Blood.EPIC (401)

FlowSorted.CordBlood.450k (151)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (160)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (162)

FlowSorted.DLPFC.450k (156)

flowWorkspaceData (522)

fourDNData (106)

frmaExampleData (182)

FunciSNP.data (66)

furrowSeg (130)

G

gageData (530)

gaschYHS (244)

gatingMLData (110)

gcspikelite (194)

gDNAinRNAseqData (95)

gDRtestData (101)

geneLenDataBase (2236)

genomationData (233)

GenomicDistributionsData (147)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (9)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (11)

GeuvadisTranscriptExpr (180)

geuvPack (27)

geuvStore (11)

geuvStore2 (24)

GGdata (130)

ggtut (49)

GIGSEAdata (110)

golubEsets (774)

gpaExample (102)

grndata (146)

GSBenchMark (132)

GSE103322 (109)

GSE13015 (99)

GSE159526 (90)

GSE62944 (149)

gskb (31)

GSVAdata (787)

GWASdata (237)

H

h5vcData (383)

hapmap100khind (193)

hapmap100kxba (308)

hapmap500knsp (177)

hapmap500ksty (174)

hapmapsnp5 (259)

hapmapsnp6 (294)

harbChIP (239)

HarmanData (145)

HarmonizedTCGAData (105)

HCAData (185)

HCATonsilData (121)

HD2013SGI (172)

HDCytoData (280)

healthyControlsPresenceChecker (93)

healthyFlowData (132)

HEEBOdata (215)

HelloRangesData (260)

hgu133abarcodevecs (123)

hgu133plus2barcodevecs (143)

hgu133plus2CellScore (117)

hgu2beta7 (185)

HiBED (89)

HiCDataHumanIMR90 (146)

HiCDataLymphoblast (135)

HiContactsData (128)

HighlyReplicatedRNASeq (108)

Hiiragi2013 (218)

HIVcDNAvantWout03 (169)

HMP16SData (176)

HMP2Data (160)

hmyriB36 (96)

homosapienDEE2CellScore (60)

HSMMSingleCell (3561)

HumanAffyData (113)

humanHippocampus2024 (96)

HumanRetinaLRSData (1)

humanStemCell (586)

I

IHWpaper (148)

Illumina450ProbeVariants.db (658)

IlluminaDataTestFiles (317)

imcdatasets (182)

iModMixData (54)

ind1KG (68)

iontreeData (59)

ITALICSData (184)

Iyer517 (253)

J

JASPAR2014 (323)

JASPAR2016 (335)

JctSeqData (48)

JohnsonKinaseData (83)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (208)

KEGGdzPathwaysGEO (346)

kidpack (197)

KOdata (125)

L

leeBamViews (269)

LegATo (92)

leukemiasEset (228)

LiebermanAidenHiC2009 (143)

ListerEtAlBSseq (125)

LRcellTypeMarkers (98)

lumiBarnes (282)

LungCancerACvsSCCGEO (137)

LungCancerLines (178)

lungExpression (349)

lydata (124)

lymphoma (6)

M

M3DExampleData (188)

macrophage (398)

MACSdata (95)

mammaPrintData (155)

mAPKLData (53)

maqcExpression4plex (315)

MAQCsubset (220)

MAQCsubsetAFX (97)

MAQCsubsetILM (109)

marinerData (92)

mCSEAdata (158)

mcsurvdata (100)

MEALData (15)

MEDIPSData (181)

MEEBOdata (208)

MerfishData (118)

MetaGxBreast (122)

MetaGxOvarian (49)

MetaGxPancreas (103)

metaMSdata (163)

MetaScope (108)

MethylAidData (126)

methylclockData (290)

MethylSeqData (103)

methyvimData (19)

MicrobiomeBenchmarkData (103)

microbiomeDataSets (267)

microRNAome (116)

MIGSAdata (30)

minfiData (676)

minfiDataEPIC (290)

minionSummaryData (141)

miRcompData (122)

miRNATarget (170)

mitoODEdata (39)

MMAPPR2data (22)

MMDiffBamSubset (145)

MOFAdata (294)

mosaicsExample (175)

mouse4302barcodevecs (128)

MouseAgingData (88)

MouseGastrulationData (309)

MouseThymusAgeing (132)

MSBdata (27)

msd16s (151)

msdata (922)

msigdb (802)

MSMB (133)

msPurityData (127)

msqc1 (129)

MSstatsBioData (18)

mtbls2 (164)

MTseekerData (10)

MUGAExampleData (114)

Mulder2012 (67)

muleaData (82)

multiWGCNAdata (88)

muscData (438)

muSpaData (94)

MutSeqRData (21)

mvoutData (210)

N

NanoporeRNASeq (138)

nanotubes (112)

NCIgraphData (158)

NestLink (118)

NetActivityData (101)

netDx.examples (1)

Neve2006 (220)

NGScopyData (120)

nmrdata (41)

nullrangesData (119)

NxtIRFdata (154)

O

ObMiTi (91)

oct4 (102)

octad.db (101)

OMICsPCAdata (134)

OnassisJavaLibs (109)

optimalFlowData (106)

orthosData (108)

P

parathyroid (32)

parathyroidSE (342)

pasilla (1191)

pasillaBamSubset (808)

PasillaTranscriptExpr (163)

PathNetData (149)

pathprintGEOData (15)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (53)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (52)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (57)

PCHiCdata (129)

pcxnData (26)

pd.atdschip.tiling (170)

pepDat (167)

PepsNMRData (120)

PGPC (13)

PhyloProfileData (98)

plasFIA (21)

plotgardenerData (141)

ppiData (161)

prebsdata (153)

preciseTADhub (90)

PREDAsampledata (182)

ProData (215)

pRolocdata (560)

prostateCancerCamcap (126)

prostateCancerGrasso (124)

prostateCancerStockholm (112)

prostateCancerTaylor (116)

prostateCancerVarambally (124)

ProteinGymR (89)

ptairData (128)

PtH2O2lipids (109)

pumadata (221)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (169)

PWMEnrich.Hsapiens.background (171)

PWMEnrich.Mmusculus.background (149)

pwrEWAS.data (17)

Q

QDNAseq.hg19 (270)

QDNAseq.mm10 (178)

qPLEXdata (77)

QUBICdata (118)

R

raerdata (90)

rcellminerData (202)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (162)

ReactomeGSA.data (131)

RegParallel (143)

restfulSEData (26)

rfcdmin (49)

RforProteomics (273)

RGMQLlib (112)

rheumaticConditionWOLLBOLD (153)

RIPSeekerData (56)

RITANdata (129)

RLHub (47)

RMassBankData (173)

RNAinteractMAPK (99)

RNAmodR.Data (112)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (12)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1003)

RNASeqDataSubset (6)

RNASeqRData (15)

RnaSeqSampleSizeData (216)

RnaSeqTutorial (61)

RnBeads.hg19 (252)

RnBeads.hg38 (205)

RnBeads.mm10 (163)

RnBeads.mm9 (197)

RnBeads.rn5 (132)

RRBSdata (122)

rRDPData (123)

RTCGA.clinical (430)

RTCGA.CNV (268)

RTCGA.methylation (271)

RTCGA.miRNASeq (291)

RTCGA.mRNA (335)

RTCGA.mutations (287)

RTCGA.PANCAN12 (261)

RTCGA.rnaseq (341)

RTCGA.RPPA (271)

RUVnormalizeData (186)

S

sampleClassifierData (117)

SBGNview.data (179)

scaeData (86)

scanMiRData (113)

scATAC.Explorer (98)

SCATEData (19)

SCLCBam (147)

scMultiome (108)

scpdata (166)

scRNAseq (1941)

scTHI.data (103)

seq2pathway.data (127)

seqc (143)

seqCNA.annot (47)

serumStimulation (141)

sesameData (968)

seventyGeneData (151)

SFEData (152)

shinyMethylData (132)

signatureSearchData (162)

SimBenchData (92)

simpIntLists (163)

Single.mTEC.Transcriptomes (147)

SingleCellMultiModal (171)

SingleMoleculeFootprintingData (92)

smokingMouse (92)

SNAData (174)

SNAGEEdata (175)

SNPhoodData (118)

SomatiCAData (126)

SomaticCancerAlterations (182)

SpatialDatasets (111)

spatialDmelxsim (89)

spatialLIBD (436)

SpikeIn (224)

SpikeInSubset (364)

spqnData (103)

stemHypoxia (157)

STexampleData (328)

stjudem (110)

SubcellularSpatialData (100)

SVM2CRMdata (107)

synapterdata (88)

systemPipeRdata (326)

T

TabulaMurisData (154)

TabulaMurisSenisData (175)

TargetScoreData (136)

TargetSearchData (161)

tartare (126)

TBX20BamSubset (161)

TCGAbiolinksGUI.data (5458)

TCGAcrcmiRNA (111)

TCGAcrcmRNA (124)

TCGAMethylation450k (175)

tcgaWGBSData.hg19 (11)

TCGAWorkflowData (137)

TENET.ExperimentHub (84)

TENxBrainData (434)

TENxBUSData (106)

TENxPBMCData (780)

TENxVisiumData (167)

TENxXeniumData (92)

timecoursedata (126)

TimerQuant (83)

tinesath1cdf (168)

tinesath1probe (184)

tissueTreg (155)

TMExplorer (103)

tofsimsData (105)

topdownrdata (119)

TransOmicsData (83)

tuberculosis (94)

TumourMethData (91)

tweeDEseqCountData (257)

tximportData (1203)

V

VariantToolsData (122)

VectraPolarisData (93)

vulcandata (111)

W

waveTilingData (51)

WeberDivechaLCdata (98)

WES.1KG.WUGSC (127)

WGSmapp (121)

X

xcoredata (98)

XhybCasneuf (198)

Y

yeastCC (250)

yeastExpData (244)

yeastGSData (172)

yeastNagalakshmi (436)

yeastRNASeq (273)

yri1kgv (56)

yriMulti (43)

Z

zebrafishRNASeq (502)