See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sat. 17 Oct 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5816) 6 geneLenDataBase (2264) 11 tximportData (1295)
2 celldex (5648) 7 scRNAseq (2207) 12 sesameData (1197)
3 ALL (4103) 8 bcellViper (2054) 13 msdata (1162)
4 HSMMSingleCell (3587) 9 dorothea (1995) 14 affydata (1160)
5 airway (2714) 10 pasilla (1369) 15 golubEsets (1107)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (95)

adductData (190)

affycompData (246)

affydata (1160)

Affyhgu133A2Expr (261)

Affyhgu133aExpr (195)

Affyhgu133Plus2Expr (176)

AffymetrixDataTestFiles (299)

Affymoe4302Expr (202)

Affymoe430Expr (2)

airway (2714)

ALL (4103)

allenpvc (20)

ALLMLL (501)

alpineData (70)

AmpAffyExample (399)

AneuFinderData (131)

antiProfilesData (307)

aracne.networks (213)

ARRmData (216)

AshkenazimSonChr21 (249)

ASICSdata (206)

AssessORFData (190)

AWAggregatorData (140)

B

bcellViper (2054)

beadarrayExampleData (220)

BeadArrayUseCases (247)

BeadSorted.Saliva.EPIC (161)

benchmarkfdrData2019 (43)

beta7 (320)

BioImageDbs (194)

BioPlex (187)

biotmleData (212)

biscuiteerData (202)

bladderbatch (949)

blimaTestingData (210)

BloodCancerMultiOmics2017 (200)

bodymapRat (225)

brainImageRdata (32)

breakpointRdata (238)

breastCancerMAINZ (369)

breastCancerNKI (366)

breastCancerTRANSBIG (316)

breastCancerUNT (337)

breastCancerUPP (354)

breastCancerVDX (374)

brgedata (227)

bronchialIL13 (275)

bsseqData (302)

bugphyzz (161)

C

cancerdata (260)

CardinalWorkflows (223)

ccdata (200)

CCl4 (412)

ccTutorial (202)

celarefData (168)

celldex (5648)

CellMapperData (195)

CENTREprecomputed (95)

ceu1kg (133)

ceu1kgv (93)

ceuhm3 (139)

cfToolsData (173)

cgdv17 (127)

ChAMPdata (796)

charmData (119)

cheung2010 (130)

ChIC.data (53)

ChimpHumanBrainData (184)

ChIPDBData (140)

chipenrich.data (338)

ChIPexoQualExample (186)

chipseqDBData (224)

ChIPXpressData (210)

chromstaRData (122)

CLAMPData (34)

CLL (439)

CLLmethylation (206)

CluMSIDdata (179)

clustifyrdatahub (184)

cMap2data (235)

cnvGSAdata (285)

COHCAPanno (274)

colonCA (365)

CONFESSdata (251)

ConnectivityMap (232)

COPDSexualDimorphism.data (160)

CopyhelpeR (223)

CopyNeutralIMA (189)

CopyNumber450kData (42)

CoSIAdata (170)

COSMIC.67 (259)

CRCL18 (244)

crisprScoreData (322)

curatedAdipoArray (161)

curatedAdipoChIP (189)

curatedAdipoRNA (251)

curatedBladderData (243)

curatedBreastData (230)

curatedCRCData (201)

curatedMetagenomicData (834)

curatedOvarianData (357)

curatedPCaData (191)

curatedTBData (192)

curatedTCGAData (548)

CytoMethIC (201)

D

DAPARdata (257)

DaparToolshedData (3)

davidTiling (314)

depmap (917)

derfinderData (250)

DeSousa2013 (252)

DExMAdata (247)

diffloopdata (163)

diggitdata (205)

DLBCL (468)

DmelSGI (107)

DMRcatedata (480)

DMRsegaldata (100)

DNAZooData (180)

dominatRData (115)

DonaPLLP2013 (202)

DoReMiTra (159)

dorothea (1995)

DREAM4 (163)

dressCheck (259)

DropletTestFiles (561)

DrugVsDiseasedata (253)

dsQTL (120)

DuoClustering2018 (323)

DvDdata (195)

dyebiasexamples (290)

E

easierData (368)

EatonEtAlChIPseq (254)

ecoliLeucine (411)

EGSEAdata (294)

ELMER.data (349)

emtdata (186)

EMTscoreData (112)

ENCODEFig4Band4D (15)

encoDnaseI (170)

eoPredData (149)

EpiMix.data (201)

epimutacionsData (166)

EpipwR.data (141)

estrogen (382)

etec16s (211)

ewceData (322)

F

faahKO (991)

fabiaData (318)

facopy.annot (69)

facsDorit (161)

FANTOM3and4CAGE (256)

ffpeExampleData (347)

fibroEset (631)

FieldEffectCrc (192)

FIs (222)

fission (334)

Fletcher2013a (243)

Fletcher2013b (199)

flowFitExampleData (87)

flowPloidyData (251)

flowQBData (29)

FlowSorted.Blood.450k (521)

FlowSorted.Blood.EPIC (469)

FlowSorted.CordBlood.450k (190)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (230)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (210)

FlowSorted.DLPFC.450k (214)

flowWorkspaceData (737)

fourDNData (194)

frmaExampleData (266)

FunciSNP.data (135)

furrowSeg (164)

G

gageData (588)

gaschYHS (393)

gatingMLData (190)

gcspikelite (258)

gDNAinRNAseqData (171)

gDRtestData (189)

geneLenDataBase (2264)

genomationData (290)

GenomicDistributionsData (211)

GenomicFeatures (19)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (14)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (15)

GeuvadisTranscriptExpr (295)

geuvPack (59)

geuvStore (22)

geuvStore2 (48)

GGdata (202)

ggtut (82)

GIGSEAdata (194)

golubEsets (1107)

gpaExample (148)

grndata (220)

GSBenchMark (188)

GSE103322 (205)

GSE13015 (187)

GSE159526 (174)

GSE280465 (24)

GSE62944 (251)

gskb (70)

GSVAdata (906)

GWASdata (396)

H

h5vcData (548)

hapmap100khind (272)

hapmap100kxba (377)

hapmap500knsp (263)

hapmap500ksty (261)

hapmapsnp5 (368)

hapmapsnp6 (385)

harbChIP (448)

HarmanData (258)

HarmonizedTCGAData (204)

HCAData (284)

HCATonsilData (247)

HD2013SGI (268)

HDCytoData (418)

healthyControlsPresenceChecker (155)

healthyFlowData (201)

HEEBOdata (399)

HelloRangesData (318)

hgu133abarcodevecs (207)

hgu133afrmavecs (35)

hgu133plus2barcodevecs (179)

hgu133plus2CellScore (162)

hgu133plus2frmavecs (26)

hgu2beta7 (346)

HiBED (160)

HiCDataHumanIMR90 (210)

HiCDataLymphoblast (205)

HiContactsData (203)

HighlyReplicatedRNASeq (182)

Hiiragi2013 (287)

HIVcDNAvantWout03 (265)

HMP16SData (266)

HMP2Data (260)

hmyriB36 (158)

homosapienDEE2CellScore (37)

HSMMSingleCell (3587)

HumanAffyData (214)

humanHippocampus2024 (157)

HumanRetinaLRSData (86)

humanStemCell (736)

HuMMANet (3)

I

IHW (3)

IHWpaper (241)

Illumina450ProbeVariants.db (662)

IlluminaDataTestFiles (413)

IlluminaHumanMethylation450kmanifest (16)

imcdatasets (272)

iModMixData (131)

ind1KG (105)

iontreeData (121)

ITALICSData (268)

Iyer517 (457)

J

JASPAR2014 (392)

JASPAR2016 (482)

JctSeqData (75)

JohnsonKinaseData (155)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (248)

KEGGdzPathwaysGEO (402)

kidpack (300)

KOdata (180)

L

leeBamViews (369)

LegATo (184)

leukemiasEset (395)

LiebermanAidenHiC2009 (191)

ListerEtAlBSseq (192)

LRcellTypeMarkers (179)

lumiBarnes (483)

LungCancerACvsSCCGEO (175)

LungCancerLines (290)

lungExpression (582)

lydata (165)

lymphoma (8)

M

M3DExampleData (305)

macrophage (537)

MACSdata (155)

MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (14)

MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (13)

mammaPrintData (222)

mAPKLData (127)

maqcExpression4plex (428)

MAQCsubset (342)

MAQCsubsetAFX (153)

MAQCsubsetILM (218)

marinerData (163)

mCSEAdata (232)

mcsurvdata (201)

MEALData (27)

MEDIPSData (252)

MEEBOdata (388)

MerfishData (192)

MetaGxBreast (221)

MetaGxOvarian (183)

MetaGxPancreas (214)

metaMSdata (220)

MetaScope (192)

MethylAidData (218)

methylclockData (401)

MethylSeqData (200)

methyvimData (50)

MicrobiomeBenchmarkData (175)

microbiomeDataSets (364)

microRNAome (236)

MIGSAdata (57)

minfiData (730)

minfiDataEPIC (360)

minionSummaryData (199)

miRcompData (249)

miRNATarget (305)

mitoODEdata (69)

MMAPPR2data (62)

MMDiffBamSubset (211)

MOFAdata (365)

mosaicsExample (239)

mouse4302barcodevecs (178)

mouse4302frmavecs (26)

MouseAgingData (168)

MouseGastrulationData (391)

MouseThymusAgeing (235)

MSBdata (61)

msd16s (277)

msdata (1162)

msigdb (824)

MSMB (243)

msPurityData (199)

msqc1 (275)

MSstatsBioData (49)

mtbls2 (251)

MTseekerData (29)

MUGAExampleData (165)

Mulder2012 (106)

muleaData (141)

multiWGCNAdata (158)

muscData (668)

muSpaData (166)

MutSeqRData (116)

mvoutData (320)

N

NanoporeRNASeq (228)

nanotubes (193)

NCIgraphData (306)

NestLink (257)

NetActivityData (199)

netDx.examples (3)

Neve2006 (330)

NGScopyData (173)

nmrdata (124)

nullrangesData (212)

NxtIRFdata (229)

O

ObMiTi (168)

oct4 (143)

octad.db (170)

OMICsPCAdata (176)

OnassisJavaLibs (177)

optimalFlowData (169)

orthosData (176)

P

parathyroid (46)

parathyroidSE (422)

pasilla (1369)

pasillaBamSubset (959)

PasillaTranscriptExpr (233)

PathNetData (253)

pathprintGEOData (36)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (65)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (66)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (76)

PCHiCdata (203)

pcxnData (52)

pd.atdschip.tiling (272)

pepDat (276)

PepsNMRData (186)

PGPC (28)

phastCons100way.UCSC.hg19 (13)

PhyloProfileData (178)

plasFIA (46)

plotgardenerData (208)

ppiData (275)

prebsdata (227)

preciseTADhub (167)

PREDAsampledata (281)

ProData (321)

pRolocdata (728)

prostateCancerCamcap (174)

prostateCancerGrasso (172)

prostateCancerStockholm (164)

prostateCancerTaylor (178)

prostateCancerVarambally (212)

ProteinGymR (167)

ptairData (181)

PtH2O2lipids (186)

pumadata (335)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (228)

PWMEnrich.Hsapiens.background (198)

PWMEnrich.Mmusculus.background (180)

pwrEWAS.data (48)

Q

QDNAseq.hg19 (367)

QDNAseq.mm10 (236)

qPLEXdata (134)

QUBICdata (245)

R

raerdata (168)

rcellminerData (283)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (197)

ReactomeGSA.data (214)

RegParallel (234)

restfulSEData (65)

rfcdmin (73)

RforProteomics (462)

RGMQLlib (118)

rheumaticConditionWOLLBOLD (208)

RIPSeekerData (89)

RITANdata (236)

RLHub (64)

RMassBankData (237)

RNAinteractMAPK (191)

RNAmodR.Data (201)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (18)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1075)

RNASeqDataSubset (9)

RNASeqRData (35)

RnaSeqSampleSizeData (315)

RnaSeqTutorial (95)

RnBeads.hg19 (321)

RnBeads.hg38 (271)

RnBeads.mm10 (237)

RnBeads.mm9 (267)

RnBeads.rn5 (207)

RRBSdata (191)

rRDPData (122)

RTCGA.clinical (502)

RTCGA.CNV (379)

RTCGA.methylation (372)

RTCGA.miRNASeq (397)

RTCGA.mRNA (440)

RTCGA.mutations (363)

RTCGA.PANCAN12 (387)

RTCGA.rnaseq (446)

RTCGA.RPPA (386)

RUVnormalizeData (314)

S

sampleClassifierData (175)

SBGNview.data (247)

scaeData (154)

scanMiRData (196)

scATAC.Explorer (177)

SCATEData (43)

SCLCBam (223)

scMultiome (200)

scpdata (246)

scRNAseq (2207)

scTHI.data (152)

seq2pathway.data (182)

seqc (212)

seqCNA.annot (82)

serumStimulation (241)

sesameData (1197)

seventyGeneData (237)

SFEData (230)

shinyMethylData (191)

signatureSearchData (270)

SimBenchData (174)

simpIntLists (280)

Single.mTEC.Transcriptomes (203)

SingleCellMultiModal (287)

SingleMoleculeFootprintingData (142)

smokingMouse (184)

SNAData (306)

SNAGEEdata (248)

SNPhoodData (187)

SomatiCAData (185)

SomaticCancerAlterations (278)

SpaMTPData (0)

SpatialDatasets (180)

spatialDmelxsim (179)

spatialLIBD (554)

SpikeIn (333)

SpikeInSubset (429)

spqnData (173)

stemHypoxia (259)

STexampleData (435)

stjudem (182)

SubcellularSpatialData (164)

SVM2CRMdata (157)

synapterdata (116)

systemPipeRdata (383)

T

TabulaMurisData (251)

TabulaMurisSenisData (288)

TargetScoreData (214)

TargetSearchData (239)

tartare (223)

TBX20BamSubset (243)

TCGAbiolinksGUI.data (5816)

TCGAcrcmiRNA (217)

TCGAcrcmRNA (201)

TCGAMethylation450k (216)

tcgaWGBSData.hg19 (32)

TCGAWorkflowData (203)

TENET.ExperimentHub (150)

TENxBrainData (618)

TENxBUSData (195)

TENxPBMCData (1018)

TENxVisiumData (291)

TENxXeniumData (163)

timecoursedata (183)

TimerQuant (105)

tinesath1cdf (279)

tinesath1probe (328)

tissueTreg (252)

TMExplorer (190)

tofsimsData (156)

topdownrdata (170)

TransOmicsData (153)

tuberculosis (185)

TumourMethData (116)

tweeDEseqCountData (327)

tximportData (1295)

V

VariantToolsData (202)

VectraPolarisData (174)

vulcandata (175)

W

waveTilingData (78)

WeberDivechaLCdata (176)

WES.1KG.WUGSC (195)

WGSmapp (179)

X

xcoredata (194)

XhybCasneuf (367)

Y

yeastCC (465)

yeastExpData (408)

yeastGSData (319)

yeastNagalakshmi (560)

yeastRNASeq (358)

yri1kgv (95)

yriMulti (74)

Z

zebrafishRNASeq (668)