See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 16 Feb 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4015) 6 airway (1814) 11 ChAMPdata (745)
2 celldex (3685) 7 scRNAseq (1662) 12 GSVAdata (742)
3 ALL (3352) 8 pasilla (1017) 13 msigdb (650)
4 HSMMSingleCell (2952) 9 sesameData (932) 14 TENxPBMCData (645)
5 geneLenDataBase (1971) 10 tximportData (793) 15 Illumina450ProbeVariants.db (621)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (21)

adductData (70)

affycompData (95)

affydata (444)

Affyhgu133A2Expr (77)

Affyhgu133aExpr (108)

Affyhgu133Plus2Expr (114)

AffymetrixDataTestFiles (133)

Affymoe4302Expr (78)

Affymoe430Expr (0)

airway (1814)

ALL (3352)

allenpvc (2)

ALLMLL (213)

alpineData (10)

AmpAffyExample (91)

AneuFinderData (105)

antiProfilesData (95)

aracne.networks (79)

ARRmData (87)

AshkenazimSonChr21 (55)

ASICSdata (69)

AssessORFData (123)

B

bcellViper (601)

beadarrayExampleData (231)

BeadArrayUseCases (81)

BeadSorted.Saliva.EPIC (114)

benchmarkfdrData2019 (44)

beta7 (78)

BioImageDbs (48)

BioPlex (46)

biotmleData (72)

biscuiteerData (79)

bladderbatch (475)

blimaTestingData (77)

BloodCancerMultiOmics2017 (92)

bodymapRat (125)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (107)

breastCancerMAINZ (131)

breastCancerNKI (128)

breastCancerTRANSBIG (126)

breastCancerUNT (110)

breastCancerUPP (145)

breastCancerVDX (182)

brgedata (112)

bronchialIL13 (76)

bsseqData (132)

bugphyzz (13)

C

cancerdata (139)

CardinalWorkflows (93)

ccdata (108)

CCl4 (111)

ccTutorial (48)

celarefData (44)

celldex (3685)

CellMapperData (59)

ceu1kg (33)

ceu1kgv (24)

ceuhm3 (32)

cfToolsData (58)

cgdv17 (30)

ChAMPdata (745)

charmData (28)

cheung2010 (30)

ChIC.data (14)

ChimpHumanBrainData (71)

chipenrich.data (136)

ChIPexoQualExample (74)

chipseqDBData (59)

ChIPXpressData (105)

chromstaRData (101)

CLL (244)

CLLmethylation (46)

CluMSIDdata (70)

clustifyrdatahub (53)

cMap2data (176)

cnvGSAdata (77)

COHCAPanno (72)

colonCA (95)

CONFESSdata (64)

ConnectivityMap (88)

COPDSexualDimorphism.data (80)

CopyhelpeR (86)

CopyNeutralIMA (48)

CopyNumber450kData (19)

CoSIAdata (28)

COSMIC.67 (111)

CRCL18 (54)

crisprScoreData (164)

curatedAdipoArray (41)

curatedAdipoChIP (43)

curatedAdipoRNA (43)

curatedBladderData (111)

curatedBreastData (131)

curatedCRCData (45)

curatedMetagenomicData (314)

curatedOvarianData (270)

curatedPCaData (35)

curatedTBData (44)

curatedTCGAData (427)

CytoMethIC (39)

D

DAPARdata (136)

davidTiling (75)

depmap (615)

derfinderData (117)

DeSousa2013 (73)

DExMAdata (68)

diffloopdata (51)

diggitdata (72)

DLBCL (141)

DmelSGI (67)

DMRcatedata (308)

DNAZooData (55)

DonaPLLP2013 (67)

dorothea (592)

DREAM4 (29)

dressCheck (89)

DropletTestFiles (170)

DrugVsDiseasedata (152)

dsQTL (29)

DuoClustering2018 (103)

DvDdata (73)

dyebiasexamples (90)

E

easierData (113)

EatonEtAlChIPseq (77)

ecoliLeucine (91)

EGSEAdata (235)

ELMER.data (213)

emtdata (46)

ENCODEFig4Band4D (1)

encoDnaseI (27)

eoPredData (13)

EpiMix.data (66)

epimutacionsData (76)

EpipwR.data (15)

estrogen (130)

etec16s (44)

ewceData (242)

F

faahKO (313)

fabiaData (68)

facopy.annot (16)

facsDorit (33)

FANTOM3and4CAGE (83)

ffpeExampleData (84)

fibroEset (128)

FieldEffectCrc (41)

FIs (78)

fission (232)

Fletcher2013a (113)

Fletcher2013b (104)

flowFitExampleData (23)

flowPloidyData (70)

flowQBData (4)

FlowSorted.Blood.450k (315)

FlowSorted.Blood.EPIC (221)

FlowSorted.CordBlood.450k (68)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (71)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (53)

FlowSorted.DLPFC.450k (98)

flowWorkspaceData (193)

fourDNData (54)

frmaExampleData (95)

FunciSNP.data (30)

furrowSeg (54)

G

gageData (300)

gaschYHS (71)

gatingMLData (34)

gcspikelite (114)

gDNAinRNAseqData (73)

gDRtestData (83)

geneLenDataBase (1971)

genomationData (119)

GenomicDistributionsData (85)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (3)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (3)

GeuvadisTranscriptExpr (73)

geuvPack (16)

geuvStore (10)

geuvStore2 (8)

GGdata (37)

ggtut (28)

GIGSEAdata (41)

golubEsets (268)

gpaExample (54)

grndata (76)

GSBenchMark (106)

GSE103322 (48)

GSE13015 (46)

GSE159526 (40)

GSE62944 (85)

gskb (15)

GSVAdata (742)

GWASdata (118)

H

h5vcData (149)

hapmap100khind (74)

hapmap100kxba (104)

hapmap500knsp (80)

hapmap500ksty (85)

hapmapsnp5 (196)

hapmapsnp6 (216)

harbChIP (81)

HarmanData (63)

HarmonizedTCGAData (47)

HCAData (95)

HCATonsilData (64)

HD2013SGI (92)

HDCytoData (276)

healthyControlsPresenceChecker (37)

healthyFlowData (82)

HEEBOdata (83)

HelloRangesData (99)

hgu133abarcodevecs (60)

hgu133plus2barcodevecs (58)

hgu133plus2CellScore (62)

hgu2beta7 (62)

HiBED (38)

HiCDataHumanIMR90 (87)

HiCDataLymphoblast (77)

HiContactsData (102)

HighlyReplicatedRNASeq (41)

Hiiragi2013 (141)

HIVcDNAvantWout03 (63)

HMP16SData (62)

HMP2Data (54)

hmyriB36 (31)

homosapienDEE2CellScore (30)

HSMMSingleCell (2952)

HumanAffyData (56)

humanHippocampus2024 (6)

humanStemCell (189)

I

IHWpaper (65)

Illumina450ProbeVariants.db (621)

IlluminaDataTestFiles (121)

imcdatasets (93)

ind1KG (28)

iontreeData (21)

ITALICSData (92)

Iyer517 (71)

J

JASPAR2014 (136)

JASPAR2016 (153)

JctSeqData (7)

JohnsonKinaseData (33)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (108)

KEGGdzPathwaysGEO (375)

kidpack (72)

KOdata (87)

L

leeBamViews (109)

LegATo (12)

leukemiasEset (169)

LiebermanAidenHiC2009 (67)

ListerEtAlBSseq (62)

LRcellTypeMarkers (53)

lumiBarnes (96)

LungCancerACvsSCCGEO (88)

LungCancerLines (101)

lungExpression (102)

lydata (164)

lymphoma (1)

M

M3DExampleData (170)

macrophage (319)

MACSdata (57)

mammaPrintData (74)

mAPKLData (24)

maqcExpression4plex (98)

MAQCsubset (93)

MAQCsubsetAFX (34)

MAQCsubsetILM (40)

marinerData (63)

mCSEAdata (117)

mcsurvdata (44)

MEALData (12)

MEDIPSData (100)

MEEBOdata (85)

MerfishData (71)

MetaGxBreast (53)

MetaGxOvarian (49)

MetaGxPancreas (48)

metaMSdata (181)

MetaScope (38)

MethylAidData (91)

methylclockData (168)

MethylSeqData (42)

methyvimData (5)

MicrobiomeBenchmarkData (69)

microbiomeDataSets (184)

microRNAome (48)

MIGSAdata (10)

minfiData (517)

minfiDataEPIC (136)

minionSummaryData (87)

miRcompData (74)

miRNATarget (100)

mitoODEdata (21)

MMAPPR2data (23)

MMDiffBamSubset (77)

MOFAdata (179)

mosaicsExample (130)

mouse4302barcodevecs (58)

MouseAgingData (32)

MouseGastrulationData (165)

MouseThymusAgeing (76)

MSBdata (15)

msd16s (78)

msdata (614)

msigdb (650)

MSMB (88)

msPurityData (75)

msqc1 (47)

MSstatsBioData (6)

mtbls2 (162)

MTseekerData (5)

MUGAExampleData (59)

Mulder2012 (28)

muleaData (33)

multiWGCNAdata (44)

muscData (165)

mvoutData (85)

N

NanoporeRNASeq (78)

nanotubes (52)

NCIgraphData (66)

NestLink (47)

NetActivityData (58)

netDx.examples (0)

Neve2006 (81)

NGScopyData (72)

nullrangesData (172)

NxtIRFdata (111)

O

ObMiTi (40)

oct4 (55)

octad.db (68)

OMICsPCAdata (77)

OnassisJavaLibs (57)

optimalFlowData (84)

orthosData (71)

P

parathyroid (9)

parathyroidSE (313)

pasilla (1017)

pasillaBamSubset (364)

PasillaTranscriptExpr (79)

PathNetData (73)

pathprintGEOData (6)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (28)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (27)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (27)

PCHiCdata (85)

pcxnData (37)

pd.atdschip.tiling (74)

pepDat (74)

PepsNMRData (63)

PGPC (5)

PhyloProfileData (40)

plasFIA (10)

plotgardenerData (92)

ppiData (39)

prebsdata (97)

preciseTADhub (38)

PREDAsampledata (89)

ProData (77)

pRolocdata (232)

prostateCancerCamcap (56)

prostateCancerGrasso (60)

prostateCancerStockholm (46)

prostateCancerTaylor (51)

prostateCancerVarambally (46)

ProteinGymR (13)

ptairData (67)

PtH2O2lipids (105)

pumadata (97)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (86)

PWMEnrich.Hsapiens.background (84)

PWMEnrich.Mmusculus.background (77)

pwrEWAS.data (16)

Q

QDNAseq.hg19 (167)

QDNAseq.mm10 (94)

qPLEXdata (62)

QUBICdata (60)

R

raerdata (54)

rcellminerData (100)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (173)

ReactomeGSA.data (98)

RegParallel (93)

restfulSEData (121)

rfcdmin (8)

RforProteomics (160)

RGMQLlib (67)

rheumaticConditionWOLLBOLD (70)

RIPSeekerData (28)

RITANdata (75)

RLHub (20)

RMassBankData (93)

RNAinteractMAPK (63)

RNAmodR.Data (82)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (4)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (359)

RNASeqDataSubset (2)

RNASeqRData (8)

RnaSeqSampleSizeData (122)

RnaSeqTutorial (28)

RnBeads.hg19 (176)

RnBeads.hg38 (189)

RnBeads.mm10 (108)

RnBeads.mm9 (119)

RnBeads.rn5 (68)

RRBSdata (66)

rRDPData (77)

RTCGA.clinical (275)

RTCGA.CNV (79)

RTCGA.methylation (75)

RTCGA.miRNASeq (122)

RTCGA.mRNA (181)

RTCGA.mutations (116)

RTCGA.PANCAN12 (116)

RTCGA.rnaseq (161)

RTCGA.RPPA (72)

RUVnormalizeData (90)

S

sampleClassifierData (65)

SBGNview.data (176)

scaeData (40)

scanMiRData (62)

scATAC.Explorer (41)

SCATEData (18)

SCLCBam (66)

scMultiome (85)

scpdata (72)

scRNAseq (1662)

scTHI.data (59)

seq2pathway.data (174)

seqc (69)

seqCNA.annot (35)

serumStimulation (62)

sesameData (932)

seventyGeneData (93)

SFEData (135)

shinyMethylData (98)

signatureSearchData (146)

SimBenchData (44)

simpIntLists (96)

Single.mTEC.Transcriptomes (53)

SingleCellMultiModal (100)

SingleMoleculeFootprintingData (60)

smokingMouse (56)

SNAData (72)

SNAGEEdata (89)

SNPhoodData (74)

SomatiCAData (73)

SomaticCancerAlterations (110)

SpatialDatasets (55)

spatialDmelxsim (38)

spatialLIBD (260)

SpikeIn (117)

SpikeInSubset (168)

spqnData (54)

stemHypoxia (87)

STexampleData (293)

stjudem (47)

SubcellularSpatialData (46)

SVM2CRMdata (54)

synapterdata (133)

systemPipeRdata (244)

T

TabulaMurisData (76)

TabulaMurisSenisData (85)

TargetScoreData (79)

TargetSearchData (93)

tartare (93)

TBX20BamSubset (107)

TCGAbiolinksGUI.data (4015)

TCGAcrcmiRNA (54)

TCGAcrcmRNA (60)

TCGAMethylation450k (102)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (119)

TENxBrainData (125)

TENxBUSData (62)

TENxPBMCData (645)

TENxVisiumData (90)

TENxXeniumData (36)

timecoursedata (186)

TimerQuant (53)

tinesath1cdf (66)

tinesath1probe (70)

tissueTreg (73)

TMExplorer (49)

tofsimsData (44)

topdownrdata (66)

TransOmicsData (31)

tuberculosis (39)

TumourMethData (50)

tweeDEseqCountData (201)

tximportData (793)

V

VariantToolsData (53)

VectraPolarisData (46)

vulcandata (85)

W

waveTilingData (29)

WeberDivechaLCdata (62)

WES.1KG.WUGSC (84)

WGSmapp (74)

X

xcoredata (53)

XhybCasneuf (71)

Y

yeastCC (117)

yeastExpData (227)

yeastGSData (63)

yeastNagalakshmi (114)

yeastRNASeq (129)

yri1kgv (29)

yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (216)