Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-05-25 15:50:44 -0400 (Fri, 25 May 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2053)
2geneLenDataBase (845)
3airway (831)
4pasilla (716)
5HSMMSingleCell (647)
6bladderbatch (396)
7golubEsets (394)
8tximportData (370)
9DMRcatedata (367)
10affydata (353)
11ChAMPdata (307)
12fission (303)
13gageData (280)
14faahKO (277)
15Illumina450ProbeVariants.db (275)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (86)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (26)
affycoretools (0)
affydata (353)
Affyhgu133A2Expr (23)
Affyhgu133aExpr (24)
Affyhgu133Plus2Expr (26)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (41)
Affymoe4302Expr (24)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (831)
all (0)
ALL (2053)
ALLMLL (95)
alpineData (21)
AmpAffyExample (31)
AneuFinderData (77)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (31)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (70)
AshkenazimSonChr21 (15)
ASICSdata (2)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (50)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (43)
BeadArrayUseCases (49)
BeadDataPackR (0)
beta7 (31)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (58)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (396)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (1)
breastCancerMAINZ (58)
breastCancerNKI (73)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (47)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (102)
brgedata (8)
bronchialIL13 (17)
BSgenome (0)
bsseqData (63)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (26)
CardinalWorkflows (28)
Category (0)
ccdata (74)
CCl4 (36)
ccTutorial (17)
CellMapperData (19)
ceu1kg (15)
ceu1kgv (13)
ceuhm3 (13)
cgdv17 (49)
cghMCR (0)
ChAMPdata (307)
charmData (21)
cheung2010 (12)
ChIC.data (1)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (22)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (96)
ChIPexoQualExample (17)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (65)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (227)
CLLmethylation (1)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (71)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (83)
colonCA (39)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (16)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (46)
CopyhelpeR (100)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (20)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (25)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (12)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (28)
curatedBreastData (26)
curatedCRCData (19)
curatedMetagenomicData (83)
curatedOvarianData (73)
curatedTCGAData (21)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (91)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (16)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (29)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (19)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (23)
diggit (0)
diggitdata (20)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (52)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (367)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
DREAM4 (16)
dressCheck (13)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (69)
dsQTL (26)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (17)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (17)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (36)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (146)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (206)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (3)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (101)
etec16s (22)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (277)
fabia (0)
fabiaData (18)
facopy.annot (60)
facsDorit (24)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (17)
FGNet (0)
fibroEset (90)
FindMyFriends (0)
FIs (57)
FISHalyseR (0)
fission (303)
flagme (0)
Fletcher2013a (25)
Fletcher2013b (24)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (19)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (147)
FlowSorted.Blood.EPIC (0)
FlowSorted.CordBlood.450k (27)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (16)
FlowSorted.DLPFC.450k (17)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (65)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (27)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (75)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (280)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (19)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (77)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (845)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (64)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (18)
geuvPack (38)
geuvStore (1)
geuvStore2 (26)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (40)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (394)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
grndata (74)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (26)
GSEABase (0)
gskb (47)
gsvadata (0)
GSVAdata (145)
Gviz (0)
GWASdata (43)
GWASTools (0)

H

h5vcData (75)
hapmap100khind (15)
hapmap100kxba (33)
hapmap500knsp (15)
hapmap500ksty (15)
hapmapsnp5 (26)
hapmapsnp6 (41)
harbChIP (20)
HarmanData (17)
HarmonizedTCGAData (8)
HD2013SGI (17)
HDCytoData (1)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (22)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (16)
hgu133plus2CellScore (1)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (19)
HiCDataHumanIMR90 (31)
HiCDataLymphoblast (21)
Hiiragi2013 (46)
HIVcDNAvantWout03 (16)
HMP16SData (5)
hmyriB36 (14)
HSMMSingleCell (647)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (52)

I

IHW (0)
IHWpaper (13)
Illumina450ProbeVariants.db (275)
IlluminaDataTestFiles (36)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (1)
ind1KG (2)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (18)
IRanges (1)
ITALICSData (62)
Iyer517 (13)

J

JASPAR2014 (54)
JASPAR2016 (136)
JctSeqData (22)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (20)
KEGGdzPathwaysGEO (168)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (26)
KOdata (60)

L

leeBamViews (71)
leukemiasEset (78)
LiebermanAidenHiC2009 (16)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (15)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (63)
LungCancerLines (27)
lungExpression (67)
lydata (21)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (25)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (17)
mAPKLData (17)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (17)
MAQCsubsetAFX (21)
MAQCsubsetILM (13)
marray (0)
mCSEAdata (4)
MEALData (17)
MEDIPSData (37)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (1)
MetaGxOvarian (1)
MetaGxPancreas (1)
metaMS (0)
metaMSdata (24)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (11)
Mfuzz (0)
microRNAome (9)
MIGSAdata (16)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (264)
minfiDataEPIC (51)
minionSummaryData (21)
miRcompData (56)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (57)
MMDiffBamSubset (21)
mosaicsExample (25)
mouse4302barcodevecs (12)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (17)
msd16s (29)
msdata (220)
MSnbase (0)
msPurityData (23)
msqc1 (18)
MSstatsBioData (9)
mtbls2 (27)
MUGAExampleData (24)
Mulder2012 (13)
multtest (1)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (15)
Neve2006 (14)
neve2006 (0)
NGScopyData (19)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (23)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (4)
parathyroidSE (146)
pasilla (716)
pasillaBamSubset (152)
PasillaTranscriptExpr (20)
pathifier (0)
PathNetData (22)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (24)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (18)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (22)
pd.atdschip.tiling (20)
pepDat (19)
PGPC (12)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (19)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (75)
prebsdata (19)
PREDAsampledata (23)
preprocessCore (1)
ProData (25)
pRolocdata (135)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (12)
prostateCancerStockholm (11)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (12)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (20)
pumadata (22)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (27)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (22)

Q

QDNAseq.hg19 (20)
QDNAseq.mm10 (15)
quantsmooth (0)
QUBICdata (16)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (80)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (2)
RDAVIDWebService (0)
ReportingTools (0)
restfulSEData (12)
rfcdmin (1)
RforProteomics (157)
RGMQLlib (3)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (15)
RIPSeekerData (21)
RITANdata (45)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (14)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (212)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (88)
RnaSeqTutorial (60)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (109)
RnBeads.hg38 (41)
RnBeads.mm10 (27)
RnBeads.mm9 (24)
RnBeads.rn5 (14)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (16)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (204)
RTCGA.CNV (26)
RTCGA.methylation (28)
RTCGA.miRNASeq (28)
RTCGA.mRNA (88)
RTCGA.mutations (36)
RTCGA.PANCAN12 (25)
RTCGA.rnaseq (61)
RTCGA.RPPA (25)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (76)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (16)
SCLCBam (22)
scRNAseq (122)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (65)
seqc (28)
seqCNA.annot (67)
seqLogo (0)
serumStimulation (18)
seventyGeneData (14)
shinyMethylData (32)
ShortRead (1)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (72)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (13)
SNAData (23)
snadata (0)
SNAGEEdata (60)
SNPhoodData (16)
SNPRelate (0)
snpStats (1)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (65)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (33)
SpikeInSubset (97)
spliceR (0)
stemHypoxia (65)
stjudem (17)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (56)
synapterdata (91)
systemPipeRdata (89)

T

TargetScoreData (17)
TargetSearchData (17)
TBX20BamSubset (13)
TCGAbiolinksGUI.data (6)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (44)
TCGAWorkflowData (67)
TENxBrainData (6)
TFBSTools (0)
TimerQuant (12)
tinesath1cdf (14)
tinesath1probe (12)
tissueTreg (1)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (8)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (105)
twilight (0)
tximportData (370)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (14)
vsn (1)
vulcandata (9)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (16)
WES.1KG.WUGSC (40)
widgetTools (1)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (1)

Y

yeastCC (103)
yeastExpData (144)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (67)
yri1kgv (20)
yriMulti (21)

Z

zebrafishRNASeq (162)
zlibbioc (1)