See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2019-03-22 16:52:22 -0400 (Fri, 22 Mar 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2630)
2HSMMSingleCell (1041)
3airway (982)
4geneLenDataBase (947)
5pasilla (867)
6tximportData (529)
7bladderbatch (516)
8DMRcatedata (472)
9golubEsets (468)
10ChAMPdata (379)
11affydata (374)
12Illumina450ProbeVariants.db (336)
13fission (310)
14minfiData (302)
15gageData (294)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (80)
adductData (1)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (27)
affycoretools (0)
affydata (374)
Affyhgu133A2Expr (23)
Affyhgu133aExpr (25)
Affyhgu133Plus2Expr (27)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (44)
Affymoe4302Expr (24)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (982)
all (0)
ALL (2630)
allenpvc (4)
ALLMLL (98)
alpineData (22)
AmpAffyExample (26)
AneuFinderData (78)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (31)
aracne.networks (49)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (63)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASICSdata (15)
AssessORFData (6)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (67)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (42)
BeadArrayUseCases (52)
BeadDataPackR (0)
beta7 (28)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (1)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (41)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (516)
blimaTestingData (20)
BloodCancerMultiOmics2017 (16)
brainImageRdata (3)
breakpointRdata (8)
breastCancerMAINZ (64)
breastCancerNKI (90)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (60)
breastCancerUNT (49)
breastCancerUPP (53)
breastCancerVDX (99)
brgedata (20)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (65)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (25)
CardinalWorkflows (25)
Category (0)
ccdata (76)
CCl4 (41)
ccTutorial (17)
celarefData (6)
CellMapperData (19)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (11)
ceuhm3 (14)
cgdv17 (45)
cghMCR (0)
ChAMPdata (379)
charmData (22)
cheung2010 (9)
ChIC.data (32)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (86)
ChIPexoQualExample (18)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (1)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (56)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (75)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (235)
CLLmethylation (8)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (2)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (62)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (78)
colonCA (37)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (18)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (52)
CopyhelpeR (86)
CopyNeutralIMA (4)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (6)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (27)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (11)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (28)
curatedBreastData (25)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (140)
curatedOvarianData (72)
curatedTCGAData (125)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (96)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (14)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (31)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (14)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (30)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (63)
DmelSGI (13)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (472)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (11)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (61)
dsQTL (15)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (10)
DupChecker (0)
DvDdata (11)
dyebias (0)
dyebiasexamples (18)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (176)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (270)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (2)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (113)
etec16s (18)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (294)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (50)
facsDorit (19)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (20)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (16)
FGNet (0)
fibroEset (69)
FindMyFriends (0)
FIs (56)
FISHalyseR (0)
fission (310)
flagme (0)
Fletcher2013a (26)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (19)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (20)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (15)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (185)
FlowSorted.Blood.EPIC (25)
FlowSorted.CordBlood.450k (29)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (1)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (20)
FlowSorted.DLPFC.450k (16)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (74)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (66)
furrowSeg (12)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (294)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (13)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (70)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (947)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (42)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (22)
geuvPack (29)
geuvStore (1)
geuvStore2 (22)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (41)
ggtut (1)
GIGSEAdata (3)
globaltest (1)
GOFunction (0)
golubEsets (468)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
graphite (1)
grndata (66)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (32)
GSEABase (1)
gskb (58)
gsvadata (0)
GSVAdata (226)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (72)
hapmap100khind (10)
hapmap100kxba (35)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (27)
hapmapsnp6 (40)
harbChIP (18)
HarmanData (20)
HarmonizedTCGAData (13)
HCAData (1)
HD2013SGI (15)
HDCytoData (23)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (28)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (11)
hgu133plus2frmavecs (1)
hgu2beta7 (15)
HiCDataHumanIMR90 (33)
HiCDataLymphoblast (20)
Hiiragi2013 (55)
HIVcDNAvantWout03 (12)
HMP16SData (55)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (1041)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (52)

I

IHW (0)
IHWpaper (14)
Illumina450ProbeVariants.db (336)
IlluminaDataTestFiles (40)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (0)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (13)
IRanges (1)
ITALICSData (52)
Iyer517 (12)

J

JASPAR2014 (44)
JASPAR2016 (218)
JctSeqData (24)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (63)
KEGGdzPathwaysGEO (218)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (57)

L

leeBamViews (58)
leukemiasEset (98)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (12)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (55)
LungCancerLines (27)
lungExpression (150)
lydata (23)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (29)
macrophage (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (18)
maqcExpression4plex (36)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (19)
MAQCsubsetILM (10)
marray (0)
mCSEAdata (32)
mcsurvdata (3)
MEALData (7)
MEDIPSData (35)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
MetaGxBreast (11)
MetaGxOvarian (24)
MetaGxPancreas (9)
metaMS (0)
metaMSdata (23)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (18)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (20)
Mfuzz (0)
microRNAome (12)
MIGSAdata (17)
minet (1)
minfi (0)
minfiData (302)
minfiDataEPIC (56)
minionSummaryData (20)
miRcompData (51)
miRNATarget (18)
mitoODEdata (48)
MMDiffBamSubset (21)
mosaicsExample (34)
mouse4302barcodevecs (10)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (23)
msd16s (25)
msdata (249)
MSMB (3)
MSnbase (0)
msPurityData (28)
msqc1 (18)
MSstatsBioData (25)
MSstatsQC (1)
mtbls2 (28)
MTseekerData (4)
MUGAExampleData (21)
Mulder2012 (10)
multtest (0)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
NestLink (1)
Neve2006 (11)
neve2006 (0)
NGScopyData (19)
NOISeq (0)

O

oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (7)
OnassisJavaLibs (51)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (1)
parathyroidSE (186)
pasilla (867)
pasillaBamSubset (164)
PasillaTranscriptExpr (25)
pathifier (0)
PathNetData (19)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (25)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (17)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (44)
pd.atdschip.tiling (19)
pepDat (19)
PepsNMRData (4)
PGPC (9)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (66)
prebsdata (17)
PREDAsampledata (26)
preprocessCore (1)
ProData (21)
pRolocdata (185)
prostateCancerCamcap (19)
prostateCancerGrasso (10)
prostateCancerStockholm (12)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (10)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (19)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (32)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)

Q

QDNAseq.hg19 (25)
QDNAseq.mm10 (15)
qPLEXdata (7)
quantsmooth (0)
QUBICdata (16)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (73)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (18)
RDAVIDWebService (0)
RegParallel (6)
ReportingTools (1)
restfulSEData (27)
rfcdmin (1)
RforProteomics (179)
RGMQLlib (31)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (18)
RITANdata (50)
RMassBankData (23)
RNAinteractMAPK (12)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (210)
RNASeqDataSubset (1)
RNASeqRData (5)
RnaSeqSampleSizeData (81)
RnaSeqTutorial (28)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (122)
RnBeads.hg38 (40)
RnBeads.mm10 (46)
RnBeads.mm9 (24)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (16)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (281)
RTCGA.CNV (37)
RTCGA.methylation (43)
RTCGA.miRNASeq (53)
RTCGA.mRNA (141)
RTCGA.mutations (68)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (111)
RTCGA.RPPA (34)
RTCGAToolbox (1)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (65)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SCLCBam (21)
scRNAseq (254)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (60)
seqc (20)
seqCNA.annot (59)
seqLogo (0)
serumStimulation (17)
sesameData (84)
seventyGeneData (13)
shinyMethylData (35)
ShortRead (0)
siggenes (0)
sigPathway (0)
simpIntLists (63)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (17)
snadata (0)
SNAGEEdata (51)
SNPhoodData (17)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (11)
SomaticCancerAlterations (63)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (29)
SpikeInSubset (129)
spliceR (0)
stemHypoxia (61)
stjudem (16)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (47)
synapterdata (94)
systemPipeRdata (106)

T

TabulaMurisData (7)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (16)
TBX20BamSubset (16)
TCGAbiolinksGUI.data (117)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (35)
tcgaWGBSData.hg19 (4)
TCGAWorkflowData (104)
TENxBrainData (63)
TENxPBMCData (8)
TFBSTools (0)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (10)
tissueTreg (7)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (15)
topdownrdata (16)
topGO (0)
Trendy (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (112)
twilight (0)
tximportData (529)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (14)
vsn (1)
vulcandata (14)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (16)
weaver (1)
WES.1KG.WUGSC (55)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (0)

Y

yeastCC (84)
yeastExpData (150)
yeastGSData (9)
yeastNagalakshmi (40)
yeastRNASeq (61)
yri1kgv (20)
yriMulti (11)

Z

zebrafishRNASeq (240)
zlibbioc (1)