See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-06-16 09:42:20 -0400 (Wed, 16 Jun 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2738)
2HSMMSingleCell (1952)
3airway (1617)
4geneLenDataBase (1287)
5scRNAseq (1117)
6pasilla (1020)
7TCGAbiolinksGUI.data (925)
8tximportData (641)
9celldex (506)
10ChAMPdata (489)
11bladderbatch (473)
12Illumina450ProbeVariants.db (429)
13GSVAdata (397)
14TENxPBMCData (379)
15msdata (370)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (50)
adductData (30)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (23)
affycoretools (0)
affydata (253)
Affyhgu133A2Expr (25)
Affyhgu133aExpr (29)
Affyhgu133Plus2Expr (40)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1617)
ALL (2738)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (66)
alpineData (26)
AmpAffyExample (24)
AneuFinderData (59)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (50)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (36)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASICSdata (27)
AssessORFData (21)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (226)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (42)
BeadArrayUseCases (32)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (1)
benchmarkfdrData2019 (16)
beta7 (17)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (1)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (25)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (33)
bladderbatch (473)
blimaTestingData (23)
BloodCancerMultiOmics2017 (33)
bodymapRat (23)
brainImageRdata (14)
breakpointRdata (32)
breastCancerMAINZ (69)
breastCancerNKI (76)
breastCancerTRANSBIG (51)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (83)
brgedata (40)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (49)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (33)
CardinalWorkflows (36)
Category (0)
ccdata (62)
CCl4 (35)
ccTutorial (16)
celarefData (21)
celldex (506)
CellMapperData (23)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (13)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (38)
cghMCR (0)
ChAMPdata (489)
charmData (3)
cheung2010 (1)
ChIC.data (37)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (71)
ChIPexoQualExample (21)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (28)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (34)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (59)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (288)
CLLmethylation (17)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (24)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (12)
CMA (0)
cMap2data (40)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (44)
colonCA (28)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (20)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (105)
CopyhelpeR (60)
CopyNeutralIMA (17)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (41)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (13)
curatedAdipoChIP (14)
curatedAdipoRNA (16)
curatedBladderData (27)
curatedBreastData (38)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (170)
curatedOvarianData (65)
curatedTCGAData (227)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (56)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (19)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (67)
derfinderData (39)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
DExMAdata (2)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (55)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (273)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (213)
DREAM4 (18)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (48)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (41)
dsQTL (14)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (49)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (29)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (181)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (233)
EMDomics (0)
emtdata (1)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (77)
etec16s (21)
eudysbiome (0)
ewceData (4)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (290)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (4)
facsDorit (14)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (44)
FieldEffectCrc (9)
FindMyFriends (0)
FIs (59)
FISHalyseR (0)
fission (321)
flagme (0)
Fletcher2013a (30)
Fletcher2013b (29)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (23)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (233)
FlowSorted.Blood.EPIC (130)
FlowSorted.CordBlood.450k (42)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (49)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (34)
FlowSorted.DLPFC.450k (27)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (106)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (14)
furrowSeg (14)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (273)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (22)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (64)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1287)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (51)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (2)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (40)
geuvPack (19)
geuvStore (1)
geuvStore2 (20)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (33)
ggtut (1)
GIGSEAdata (13)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (258)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (17)
graph (1)
graphite (0)
grndata (36)
GSBenchMark (20)
GSE13015 (2)
GSE62944 (37)
GSEABase (0)
gskb (91)
GSVAdata (397)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (54)
GWASTools (0)

H

h5vcData (65)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (26)
hapmapsnp6 (36)
harbChIP (22)
HarmanData (25)
HarmonizedTCGAData (20)
HCAData (62)
HD2013SGI (17)
HDCytoData (127)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (19)
HelloRangesData (31)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (20)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (28)
HiCDataLymphoblast (21)
HighlyReplicatedRNASeq (13)
Hiiragi2013 (75)
HIVcDNAvantWout03 (14)
HMP16SData (55)
HMP2Data (24)
hmyriB36 (13)
HSMMSingleCell (1952)
HumanAffyData (20)
humanStemCell (71)

I

IHW (0)
IHWpaper (17)
Illumina450ProbeVariants.db (429)
IlluminaDataTestFiles (44)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (3)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (33)
Iyer517 (13)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (121)
JctSeqData (20)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (43)
KEGGdzPathwaysGEO (224)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (43)

L

leeBamViews (55)
leukemiasEset (142)
LiebermanAidenHiC2009 (19)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (13)
LRcellTypeMarkers (2)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (35)
LungCancerLines (25)
lungExpression (35)
lydata (25)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (31)
macrophage (107)
MACSdata (3)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (20)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (20)
MAQCsubsetAFX (19)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (42)
mcsurvdata (14)
MEALData (1)
MEDIPSData (37)
MEEBOdata (19)
Metab (0)
MetaGxBreast (28)
MetaGxOvarian (23)
MetaGxPancreas (19)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (22)
methylclockData (2)
MethylMix (0)
MethylSeqData (8)
methylumi (0)
methyvimData (14)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (11)
microRNAome (16)
MIGSAdata (21)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (330)
minfiDataEPIC (57)
minionSummaryData (23)
miRcompData (32)
miRNATarget (21)
mitoODEdata (17)
MMAPPR2data (17)
MMDiffBamSubset (20)
MOFAdata (65)
mosaicsExample (37)
mouse4302barcodevecs (12)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (93)
MouseThymusAgeing (1)
MSBdata (1)
msd16s (28)
msdata (370)
msigdb (3)
MSMB (42)
MSnbase (0)
msPurityData (35)
msqc1 (14)
MSstatsBioData (29)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (31)
MTseekerData (8)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (69)
mvoutData (18)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (15)
nanotubes (21)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (14)
NestLink (14)
netDx.examples (4)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (56)
NOISeq (0)

O

ObMiTi (1)
oct4 (13)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (34)
OnassisJavaLibs (51)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (26)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (277)
pasilla (1020)
pasillaBamSubset (217)
PasillaTranscriptExpr (44)
pathifier (0)
PathNetData (19)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (26)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (23)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (16)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (30)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (21)
PepsNMRData (24)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (13)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (38)
prebsdata (18)
preciseTADhub (2)
PREDAsampledata (42)
preprocessCore (0)
ProData (19)
pRolocdata (204)
prostateCancerCamcap (17)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (15)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (14)
ProtGenerics (0)
ptairData (3)
PtH2O2lipids (20)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (32)
PWMEnrich.Mmusculus.background (22)
pwrEWAS.data (44)

Q

QDNAseq.hg19 (83)
QDNAseq.mm10 (37)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (31)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (45)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (40)
RegParallel (55)
ReportingTools (0)
restfulSEData (21)
rfcdmin (0)
RforProteomics (169)
RGMQLlib (30)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (11)
RITANdata (43)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (11)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (29)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (192)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (22)
RnaSeqSampleSizeData (65)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (168)
RnBeads.hg38 (130)
RnBeads.mm10 (117)
RnBeads.mm9 (70)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (19)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (302)
RTCGA.CNV (39)
RTCGA.methylation (46)
RTCGA.miRNASeq (93)
RTCGA.mRNA (166)
RTCGA.mutations (90)
RTCGA.PANCAN12 (36)
RTCGA.rnaseq (162)
RTCGA.RPPA (38)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (45)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SBGNview.data (36)
SCATE (1)
SCATEData (19)
SCLCBam (22)
scpdata (4)
scRNAseq (1117)
scTHI.data (18)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (40)
seqc (24)
seqCNA.annot (49)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (316)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (25)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (39)
sigPathway (0)
SimBenchData (1)
simpIntLists (41)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (15)
SingleCellMultiModal (24)
SingleMoleculeFootprintingData (2)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (32)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (13)
SomaticCancerAlterations (55)
spade (0)
spatialLIBD (58)
SPIA (0)
SpikeIn (29)
SpikeInSubset (103)
spliceR (0)
spqnData (17)
stemHypoxia (39)
STexampleData (1)
stjudem (19)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (16)
synapterdata (83)
systemPipeRdata (205)

T

TabulaMurisData (22)
TargetScoreData (18)
TargetSearchData (19)
tartare (20)
TBX20BamSubset (38)
TCGAbiolinksGUI.data (925)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (26)
tcgaWGBSData.hg19 (13)
TCGAWorkflowData (114)
TENxBrainData (82)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (379)
TENxVisiumData (2)
TFBSTools (0)
timecoursedata (12)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (12)
tinesath1probe (11)
tissueTreg (19)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (11)
tofsimsData (20)
topdownrdata (18)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (127)
twilight (0)
tximportData (641)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (13)
vsn (0)
vulcandata (18)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (53)
WGSmapp (23)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (13)
XVector (1)

Y

yeastCC (64)
yeastExpData (88)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (35)
yeastRNASeq (53)
yri1kgv (22)
yriMulti (12)

Z

zebrafishRNASeq (141)
zlibbioc (1)