Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-02-20 16:09:18 -0500 (Tue, 20 Feb 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1949)
2airway (837)
3geneLenDataBase (809)
4pasilla (679)
5HSMMSingleCell (563)
6golubEsets (395)
7affydata (361)
8bladderbatch (359)
9DMRcatedata (337)
10fission (313)
11tximportData (312)
12ChAMPdata (296)
13gageData (283)
14faahKO (259)
15Illumina450ProbeVariants.db (257)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (90)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (25)
affycoretools (0)
affydata (361)
Affyhgu133A2Expr (20)
Affyhgu133aExpr (22)
Affyhgu133Plus2Expr (23)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (38)
Affymoe4302Expr (21)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (837)
all (0)
ALL (1949)
ALLMLL (94)
alpineData (19)
AmpAffyExample (30)
AneuFinderData (76)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (33)
aracne.networks (26)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (70)
AshkenazimSonChr21 (12)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (45)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (44)
BeadArrayUseCases (48)
BeadDataPackR (0)
beta7 (30)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (43)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (359)
blimaTestingData (17)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (56)
breastCancerNKI (70)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (45)
breastCancerUNT (41)
breastCancerUPP (45)
breastCancerVDX (102)
brgedata (1)
bronchialIL13 (14)
BSgenome (0)
bsseqData (56)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (23)
CardinalWorkflows (24)
Category (0)
ccdata (65)
CCl4 (35)
ccTutorial (15)
CellMapperData (16)
ceu1kg (12)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (11)
cgdv17 (50)
cghMCR (1)
ChAMPdata (296)
charmData (20)
cheung2010 (11)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (95)
ChIPexoQualExample (12)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (65)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (61)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (233)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (71)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (83)
colonCA (35)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (14)
ConnectivityMap (19)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (52)
CopyhelpeR (101)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (29)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (24)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (23)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (15)
curatedMetagenomicData (64)
curatedOvarianData (58)
curatedTCGAData (8)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (84)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (14)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (27)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (18)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (19)
diggit (0)
diggitdata (17)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (52)
DmelSGI (13)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (337)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (11)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (69)
dsQTL (24)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (15)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (35)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (142)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (169)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (4)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (111)
etec16s (19)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (259)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (60)
facsDorit (23)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (14)
FGNet (0)
fibroEset (94)
FindMyFriends (0)
FIs (55)
FISHalyseR (0)
fission (313)
flagme (0)
Fletcher2013a (20)
Fletcher2013b (22)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (17)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (12)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (130)
FlowSorted.CordBlood.450k (23)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (12)
FlowSorted.DLPFC.450k (14)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (59)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (25)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (79)
furrowSeg (10)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (283)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (12)
gatingMLData (16)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (79)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (809)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (61)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (16)
geuvPack (36)
geuvStore (1)
geuvStore2 (25)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (41)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (395)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
graph (1)
grndata (74)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (21)
GSEABase (0)
gskb (40)
GSVAdata (137)
Gviz (0)
GWASdata (44)
GWASTools (1)

H

h5vcData (77)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (12)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (39)
harbChIP (19)
HarmanData (16)
HarmonizedTCGAData (3)
HD2013SGI (14)
healthyFlowData (17)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (18)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (1)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2CellScore (0)
hgu133plus2frmavecs (2)
hgu2beta7 (18)
HiCDataHumanIMR90 (29)
HiCDataLymphoblast (19)
Hiiragi2013 (51)
HIVcDNAvantWout03 (14)
HMP16SData (1)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (563)
HumanAffyData (14)
humanStemCell (51)

I

IHW (0)
IHWpaper (11)
Illumina450ProbeVariants.db (257)
IlluminaDataTestFiles (35)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
impute (1)
ind1KG (4)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (16)
IRanges (2)
ITALICSData (65)
Iyer517 (11)

J

JASPAR2014 (55)
JASPAR2016 (111)
JctSeqData (21)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (14)
KEGGdzPathwaysGEO (161)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (57)

L

leeBamViews (75)
leukemiasEset (75)
LiebermanAidenHiC2009 (13)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (63)
LungCancerLines (25)
lungExpression (44)
lydata (17)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (20)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (15)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (19)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
mCSEAdata (1)
MEALData (16)
MEDIPSData (35)
MEEBOdata (16)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (23)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (17)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (5)
Mfuzz (0)
microRNAome (3)
MIGSAdata (11)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (252)
minfiDataEPIC (48)
minionSummaryData (20)
miRcompData (57)
miRNATarget (17)
mitoODEdata (58)
MMDiffBamSubset (19)
mosaicsExample (24)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (14)
msd16s (26)
msdata (201)
MSnbase (0)
msPurityData (21)
msqc1 (16)
MSstatsBioData (3)
mtbls2 (28)
MUGAExampleData (22)
Mulder2012 (11)
multtest (1)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (16)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (9)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (5)
parathyroidSE (139)
pasilla (679)
pasillaBamSubset (148)
PasillaTranscriptExpr (16)
pathifier (0)
PathNetData (21)
pathprintGEOData (12)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (21)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (20)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (16)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (24)
pcxnData (9)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (17)
PGPC (10)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (77)
prebsdata (16)
PREDAsampledata (19)
preprocessCore (1)
ProData (25)
pRolocdata (126)
prostateCancerCamcap (14)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (9)
prostateCancerTaylor (11)
prostateCancerVarambally (9)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (21)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (26)
PWMEnrich.Hsapiens.background (28)
PWMEnrich.Mmusculus.background (20)

Q

QDNAseq.hg19 (18)
QDNAseq.mm10 (13)
quantsmooth (0)
QUBICdata (14)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (79)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (1)
RDAVIDWebService (0)
ReportingTools (0)
restfulSEData (6)
rfcdmin (2)
RforProteomics (151)
RGMQLlib (1)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (17)
RITANdata (30)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (11)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (208)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (90)
RnaSeqTutorial (65)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (107)
RnBeads.hg38 (33)
RnBeads.mm10 (19)
RnBeads.mm9 (22)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (10)
rRDPData (15)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (209)
RTCGA.CNV (24)
RTCGA.methylation (26)
RTCGA.miRNASeq (25)
RTCGA.mRNA (82)
RTCGA.mutations (32)
RTCGA.PANCAN12 (24)
RTCGA.rnaseq (61)
RTCGA.RPPA (23)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (76)

S

S4Vectors (2)
sampleClassifierData (12)
SCLCBam (20)
scRNAseq (78)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (66)
seqc (25)
seqCNA.annot (70)
seqLogo (0)
serumStimulation (16)
seventyGeneData (12)
shinyMethylData (31)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (72)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (21)
SNAGEEdata (60)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (10)
SomaticCancerAlterations (66)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (32)
SpikeInSubset (97)
spliceR (0)
stemHypoxia (67)
stjudem (17)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (57)
synapterdata (78)
systemPipeRdata (86)

T

TargetScoreData (14)
TargetSearchData (17)
TBX20BamSubset (9)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (40)
TCGAWorkflowData (37)
TENxBrainData (1)
TFBSTools (0)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (10)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topdownrdata (3)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (102)
twilight (0)
tximportData (312)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (7)
vsn (1)
vulcandata (3)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
WES.1KG.WUGSC (36)
widgetTools (1)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (10)
XVector (1)

Y

yeastCC (105)
yeastExpData (130)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (32)
yeastRNASeq (70)
yri1kgv (17)
yriMulti (18)

Z

zebrafishRNASeq (130)
zlibbioc (1)