See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Fri. 05 Jun 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5592) 6 geneLenDataBase (2230) 11 tximportData (1211)
2 celldex (5243) 7 scRNAseq (2010) 12 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1021)
3 ALL (3857) 8 bcellViper (1531) 13 affydata (1018)
4 HSMMSingleCell (3602) 9 dorothea (1478) 14 sesameData (997)
5 airway (2454) 10 pasilla (1224) 15 msdata (955)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (63)

adductData (116)

affycompData (157)

affydata (1018)

Affyhgu133A2Expr (148)

Affyhgu133aExpr (138)

Affyhgu133Plus2Expr (137)

AffymetrixDataTestFiles (258)

Affymoe4302Expr (139)

Affymoe430Expr (1)

airway (2454)

ALL (3857)

allenpvc (7)

ALLMLL (413)

alpineData (50)

AmpAffyExample (220)

AneuFinderData (146)

antiProfilesData (198)

aracne.networks (155)

ARRmData (149)

AshkenazimSonChr21 (128)

ASICSdata (131)

AssessORFData (116)

AWAggregatorData (65)

B

bcellViper (1531)

beadarrayExampleData (159)

BeadArrayUseCases (151)

BeadSorted.Saliva.EPIC (110)

benchmarkfdrData2019 (32)

beta7 (222)

BioImageDbs (127)

BioPlex (99)

biotmleData (132)

biscuiteerData (123)

bladderbatch (738)

blimaTestingData (136)

BloodCancerMultiOmics2017 (150)

bodymapRat (130)

brainImageRdata (10)

breakpointRdata (175)

breastCancerMAINZ (290)

breastCancerNKI (286)

breastCancerTRANSBIG (263)

breastCancerUNT (259)

breastCancerUPP (292)

breastCancerVDX (285)

brgedata (144)

bronchialIL13 (182)

bsseqData (238)

bugphyzz (90)

C

cancerdata (171)

CardinalWorkflows (153)

ccdata (154)

CCl4 (304)

ccTutorial (136)

celarefData (100)

celldex (5243)

CellMapperData (111)

CENTREprecomputed (66)

ceu1kg (81)

ceu1kgv (57)

ceuhm3 (84)

cfToolsData (104)

cgdv17 (74)

ChAMPdata (776)

charmData (77)

cheung2010 (89)

ChIC.data (24)

ChimpHumanBrainData (134)

ChIPDBData (58)

chipenrich.data (250)

ChIPexoQualExample (120)

chipseqDBData (147)

ChIPXpressData (153)

chromstaRData (125)

CLL (340)

CLLmethylation (107)

CluMSIDdata (119)

clustifyrdatahub (108)

cMap2data (153)

cnvGSAdata (155)

COHCAPanno (157)

colonCA (209)

CONFESSdata (125)

ConnectivityMap (156)

COPDSexualDimorphism.data (133)

CopyhelpeR (150)

CopyNeutralIMA (122)

CopyNumber450kData (26)

CoSIAdata (96)

COSMIC.67 (159)

CRCL18 (128)

crisprScoreData (203)

curatedAdipoArray (98)

curatedAdipoChIP (107)

curatedAdipoRNA (124)

curatedBladderData (164)

curatedBreastData (156)

curatedCRCData (74)

curatedMetagenomicData (639)

curatedOvarianData (246)

curatedPCaData (102)

curatedTBData (105)

curatedTCGAData (444)

CytoMethIC (102)

D

DAPARdata (183)

davidTiling (209)

depmap (606)

derfinderData (186)

DeSousa2013 (148)

DExMAdata (128)

diffloopdata (109)

diggitdata (127)

DLBCL (302)

DmelSGI (62)

DMRcatedata (389)

DMRsegaldata (14)

DNAZooData (106)

dominatRData (42)

DonaPLLP2013 (128)

DoReMiTra (58)

dorothea (1478)

DREAM4 (86)

dressCheck (165)

DropletTestFiles (448)

DrugVsDiseasedata (150)

dsQTL (74)

DuoClustering2018 (211)

DvDdata (134)

dyebiasexamples (191)

E

easierData (245)

EatonEtAlChIPseq (156)

ecoliLeucine (229)

EGSEAdata (239)

ELMER.data (279)

emtdata (106)

EMTscoreData (26)

ENCODEFig4Band4D (6)

encoDnaseI (96)

eoPredData (84)

EpiMix.data (108)

epimutacionsData (108)

EpipwR.data (94)

estrogen (271)

etec16s (116)

ewceData (256)

F

faahKO (783)

fabiaData (174)

facopy.annot (29)

facsDorit (102)

FANTOM3and4CAGE (188)

ffpeExampleData (187)

fibroEset (430)

FieldEffectCrc (104)

FIs (144)

fission (261)

Fletcher2013a (159)

Fletcher2013b (160)

flowFitExampleData (49)

flowPloidyData (129)

flowQBData (12)

FlowSorted.Blood.450k (484)

FlowSorted.Blood.EPIC (411)

FlowSorted.CordBlood.450k (149)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (162)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (160)

FlowSorted.DLPFC.450k (150)

flowWorkspaceData (541)

fourDNData (109)

frmaExampleData (180)

FunciSNP.data (66)

furrowSeg (126)

G

gageData (536)

gaschYHS (251)

gatingMLData (109)

gcspikelite (191)

gDNAinRNAseqData (98)

gDRtestData (103)

geneLenDataBase (2230)

genomationData (226)

GenomicDistributionsData (151)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (8)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (10)

GeuvadisTranscriptExpr (179)

geuvPack (26)

geuvStore (11)

geuvStore2 (23)

GGdata (128)

ggtut (48)

GIGSEAdata (115)

golubEsets (816)

gpaExample (104)

grndata (139)

GSBenchMark (121)

GSE103322 (114)

GSE13015 (103)

GSE159526 (94)

GSE62944 (154)

gskb (31)

GSVAdata (797)

GWASdata (242)

H

h5vcData (406)

hapmap100khind (181)

hapmap100kxba (299)

hapmap500knsp (175)

hapmap500ksty (171)

hapmapsnp5 (260)

hapmapsnp6 (285)

harbChIP (246)

HarmanData (149)

HarmonizedTCGAData (111)

HCAData (192)

HCATonsilData (126)

HD2013SGI (170)

HDCytoData (285)

healthyControlsPresenceChecker (95)

healthyFlowData (131)

HEEBOdata (219)

HelloRangesData (261)

hgu133abarcodevecs (129)

hgu133plus2barcodevecs (139)

hgu133plus2CellScore (108)

hgu2beta7 (190)

HiBED (92)

HiCDataHumanIMR90 (138)

HiCDataLymphoblast (135)

HiContactsData (132)

HighlyReplicatedRNASeq (110)

Hiiragi2013 (224)

HIVcDNAvantWout03 (172)

HMP16SData (180)

HMP2Data (170)

hmyriB36 (93)

homosapienDEE2CellScore (53)

HSMMSingleCell (3602)

HumanAffyData (117)

humanHippocampus2024 (98)

HumanRetinaLRSData (10)

humanStemCell (608)

I

IHWpaper (148)

Illumina450ProbeVariants.db (651)

IlluminaDataTestFiles (325)

imcdatasets (186)

iModMixData (64)

ind1KG (66)

iontreeData (56)

ITALICSData (183)

Iyer517 (286)

J

JASPAR2014 (319)

JASPAR2016 (342)

JctSeqData (48)

JohnsonKinaseData (87)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (197)

KEGGdzPathwaysGEO (337)

kidpack (196)

KOdata (122)

L

leeBamViews (269)

LegATo (96)

leukemiasEset (231)

LiebermanAidenHiC2009 (141)

ListerEtAlBSseq (123)

LRcellTypeMarkers (102)

lumiBarnes (290)

LungCancerACvsSCCGEO (135)

LungCancerLines (181)

lungExpression (371)

lydata (115)

lymphoma (6)

M

M3DExampleData (194)

macrophage (423)

MACSdata (98)

mammaPrintData (144)

mAPKLData (56)

maqcExpression4plex (315)

MAQCsubset (218)

MAQCsubsetAFX (94)

MAQCsubsetILM (109)

marinerData (94)

mCSEAdata (160)

mcsurvdata (107)

MEALData (14)

MEDIPSData (173)

MEEBOdata (213)

MerfishData (115)

MetaGxBreast (127)

MetaGxOvarian (54)

MetaGxPancreas (110)

metaMSdata (150)

MetaScope (110)

MethylAidData (125)

methylclockData (305)

MethylSeqData (107)

methyvimData (19)

MicrobiomeBenchmarkData (105)

microbiomeDataSets (278)

microRNAome (121)

MIGSAdata (29)

minfiData (652)

minfiDataEPIC (290)

minionSummaryData (139)

miRcompData (126)

miRNATarget (163)

mitoODEdata (37)

MMAPPR2data (24)

MMDiffBamSubset (145)

MOFAdata (293)

mosaicsExample (171)

mouse4302barcodevecs (128)

MouseAgingData (91)

MouseGastrulationData (321)

MouseThymusAgeing (142)

MSBdata (26)

msd16s (157)

msdata (955)

msigdb (799)

MSMB (136)

msPurityData (129)

msqc1 (133)

MSstatsBioData (18)

mtbls2 (164)

MTseekerData (11)

MUGAExampleData (112)

Mulder2012 (65)

muleaData (85)

multiWGCNAdata (90)

muscData (485)

muSpaData (97)

MutSeqRData (30)

mvoutData (208)

N

NanoporeRNASeq (148)

nanotubes (114)

NCIgraphData (161)

NestLink (126)

NetActivityData (104)

netDx.examples (1)

Neve2006 (210)

NGScopyData (119)

nmrdata (50)

nullrangesData (124)

NxtIRFdata (158)

O

ObMiTi (95)

oct4 (108)

octad.db (104)

OMICsPCAdata (134)

OnassisJavaLibs (108)

optimalFlowData (105)

orthosData (105)

P

parathyroid (31)

parathyroidSE (346)

pasilla (1224)

pasillaBamSubset (841)

PasillaTranscriptExpr (164)

PathNetData (152)

pathprintGEOData (15)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (47)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (47)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (54)

PCHiCdata (129)

pcxnData (25)

pd.atdschip.tiling (177)

pepDat (170)

PepsNMRData (112)

PGPC (13)

PhyloProfileData (101)

plasFIA (20)

plotgardenerData (145)

ppiData (167)

prebsdata (145)

preciseTADhub (94)

PREDAsampledata (179)

ProData (214)

pRolocdata (573)

prostateCancerCamcap (114)

prostateCancerGrasso (114)

prostateCancerStockholm (110)

prostateCancerTaylor (114)

prostateCancerVarambally (122)

ProteinGymR (92)

ptairData (119)

PtH2O2lipids (110)

pumadata (219)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (164)

PWMEnrich.Hsapiens.background (166)

PWMEnrich.Mmusculus.background (146)

pwrEWAS.data (19)

Q

QDNAseq.hg19 (269)

QDNAseq.mm10 (180)

qPLEXdata (69)

QUBICdata (124)

R

raerdata (94)

rcellminerData (197)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (156)

ReactomeGSA.data (133)

RegParallel (148)

restfulSEData (28)

rfcdmin (46)

RforProteomics (278)

RGMQLlib (105)

rheumaticConditionWOLLBOLD (148)

RIPSeekerData (54)

RITANdata (132)

RLHub (49)

RMassBankData (168)

RNAinteractMAPK (98)

RNAmodR.Data (117)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (12)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1021)

RNASeqDataSubset (5)

RNASeqRData (14)

RnaSeqSampleSizeData (214)

RnaSeqTutorial (60)

RnBeads.hg19 (250)

RnBeads.hg38 (197)

RnBeads.mm10 (161)

RnBeads.mm9 (193)

RnBeads.rn5 (131)

RRBSdata (120)

rRDPData (107)

RTCGA.clinical (449)

RTCGA.CNV (287)

RTCGA.methylation (291)

RTCGA.miRNASeq (309)

RTCGA.mRNA (356)

RTCGA.mutations (297)

RTCGA.PANCAN12 (279)

RTCGA.rnaseq (350)

RTCGA.RPPA (292)

RUVnormalizeData (189)

S

sampleClassifierData (115)

SBGNview.data (183)

scaeData (90)

scanMiRData (113)

scATAC.Explorer (101)

SCATEData (19)

SCLCBam (138)

scMultiome (114)

scpdata (181)

scRNAseq (2010)

scTHI.data (97)

seq2pathway.data (125)

seqc (134)

seqCNA.annot (45)

serumStimulation (145)

sesameData (997)

seventyGeneData (151)

SFEData (158)

shinyMethylData (124)

signatureSearchData (168)

SimBenchData (96)

simpIntLists (166)

Single.mTEC.Transcriptomes (137)

SingleCellMultiModal (184)

SingleMoleculeFootprintingData (94)

smokingMouse (95)

SNAData (182)

SNAGEEdata (166)

SNPhoodData (117)

SomatiCAData (124)

SomaticCancerAlterations (179)

SpatialDatasets (112)

spatialDmelxsim (93)

spatialLIBD (442)

SpikeIn (224)

SpikeInSubset (363)

spqnData (103)

stemHypoxia (158)

STexampleData (339)

stjudem (108)

SubcellularSpatialData (98)

SVM2CRMdata (108)

synapterdata (79)

systemPipeRdata (317)

T

TabulaMurisData (159)

TabulaMurisSenisData (182)

TargetScoreData (136)

TargetSearchData (159)

tartare (130)

TBX20BamSubset (155)

TCGAbiolinksGUI.data (5592)

TCGAcrcmiRNA (117)

TCGAcrcmRNA (122)

TCGAMethylation450k (162)

tcgaWGBSData.hg19 (12)

TCGAWorkflowData (135)

TENET.ExperimentHub (85)

TENxBrainData (465)

TENxBUSData (111)

TENxPBMCData (835)

TENxVisiumData (182)

TENxXeniumData (94)

timecoursedata (113)

TimerQuant (77)

tinesath1cdf (170)

tinesath1probe (189)

tissueTreg (163)

TMExplorer (107)

tofsimsData (106)

topdownrdata (111)

TransOmicsData (86)

tuberculosis (99)

TumourMethData (91)

tweeDEseqCountData (251)

tximportData (1211)

V

VariantToolsData (123)

VectraPolarisData (96)

vulcandata (111)

W

waveTilingData (47)

WeberDivechaLCdata (101)

WES.1KG.WUGSC (125)

WGSmapp (119)

X

xcoredata (102)

XhybCasneuf (204)

Y

yeastCC (256)

yeastExpData (256)

yeastGSData (179)

yeastNagalakshmi (455)

yeastRNASeq (274)

yri1kgv (53)

yriMulti (43)

Z

zebrafishRNASeq (535)