See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Mon. 17 Feb 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1 BiocVersion (59601) 26 GenomicAlignments (23334) 51 preprocessCore (14067)
2 BiocGenerics (57070) 27 biomaRt (22266) 52 BiocSingular (12571)
3 GenomeInfoDb (55595) 28 DESeq2 (22012) 53 ScaledMatrix (12368)
4 S4Vectors (55246) 29 ggtree (21826) 54 multtest (12067)
5 zlibbioc (54162) 30 treeio (20909) 55 genefilter (11889)
6 IRanges (53800) 31 rtracklayer (20512) 56 VariantAnnotation (11678)
7 XVector (49241) 32 rhdf5 (20323) 57 ProtGenerics (11517)
8 Biostrings (48668) 33 clusterProfiler (19873) 58 AnnotationHub (11383)
9 Biobase (48639) 34 BiocIO (19587) 59 AnnotationFilter (10931)
10 GenomicRanges (44631) 35 rhdf5filters (19428) 60 BiocNeighbors (10871)
11 DelayedArray (41635) 36 GenomicFeatures (19112) 61 impute (10546)
12 BiocParallel (41211) 37 enrichplot (19089) 62 ensembldb (9755)
13 MatrixGenerics (40178) 38 graph (19003) 63 GEOquery (9518)
14 S4Arrays (39945) 39 DOSE (18952) 64 Rgraphviz (9373)
15 SparseArray (39628) 40 GOSemSim (18610) 65 scuttle (9232)
16 SummarizedExperiment (39373) 41 fgsea (18493) 66 RBGL (9226)
17 AnnotationDbi (35808) 42 qvalue (18233) 67 GSEABase (8913)
18 KEGGREST (35791) 43 annotate (17197) 68 affyio (8007)
19 limma (33781) 44 BSgenome (16123) 69 affy (7906)
20 UCSC.utils (27352) 45 beachmat (16001) 70 ExperimentHub (7668)
21 BiocFileCache (25686) 46 SingleCellExperiment (15810) 71 sva (7378)
22 Rhtslib (24403) 47 DelayedMatrixStats (15771) 72 GSVA (7062)
23 edgeR (23839) 48 ComplexHeatmap (15586) 73 scater (6982)
24 Rsamtools (23531) 49 sparseMatrixStats (15425) 74 BiocBaseUtils (6767)
25 Rhdf5lib (23430) 50 HDF5Array (14788) 75 MultiAssayExperiment (6317)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (150)

a4Base (178)

a4Classif (144)

a4Core (191)

a4Preproc (186)

a4Reporting (144)

ABAEnrichment (31)

ABarray (144)

abseqR (96)

ABSSeq (166)

acde (113)

ACE (126)

aCGH (239)

ACME (154)

ADaCGH2 (131)

ADAM (184)

ADAMgui (105)

ADAPT (4)

adaptest (11)

adductomicsR (92)

ADImpute (104)

adSplit (130)

adverSCarial (68)

AffiXcan (92)

affxparser (1560)

affy (7906)

affycomp (152)

AffyCompatible (63)

affyContam (149)

affycoretools (397)

AffyExpress (50)

affyILM (136)

affyio (8007)

affylmGUI (158)

affyPara (51)

affypdnn (47)

affyPLM (978)

affyQCReport (54)

AffyRNADegradation (118)

AffyTiling (35)

AGDEX (123)

aggregateBioVar (100)

Agi4x44PreProcess (17)

agilp (137)

AgiMicroRna (185)

AHMassBank (80)

AIMS (384)

airpart (97)

alabaster (81)

alabaster.base (2669)

alabaster.bumpy (92)

alabaster.files (69)

alabaster.mae (98)

alabaster.matrix (2644)

alabaster.ranges (2527)

alabaster.sce (874)

alabaster.schemas (2353)

alabaster.se (2454)

alabaster.spatial (95)

alabaster.string (107)

alabaster.vcf (97)

ALDEx2 (1182)

alevinQC (116)

AllelicImbalance (149)

AlphaBeta (85)

AlphaMissenseR (70)

alpine (39)

ALPS (9)

AlpsNMR (104)

alsace (35)

altcdfenvs (155)

AMARETTO (193)

AMOUNTAIN (105)

amplican (119)

ampliQueso (30)

AnalysisPageServer (25)

anamiR (12)

Anaquin (95)

ANCOMBC (1201)

AneuFinder (128)

ANF (100)

animalcules (243)

annaffy (293)

AnnBuilder (7)

annmap (116)

annotate (17197)

AnnotationDbi (35808)

AnnotationFilter (10931)

AnnotationForge (2108)

AnnotationFuncs (43)

AnnotationHub (11383)

AnnotationHubData (369)

annotationTools (147)

annotatr (476)

anota (129)

anota2seq (112)

antiProfiles (111)

AnVIL (537)

AnVILAz (35)

AnVILBase (84)

AnVILBilling (78)

AnVILGCP (37)

AnVILPublish (89)

AnVILWorkflow (72)

APAlyzer (107)

apComplex (127)

apeglm (3641)

APL (184)

applera (2)

appreci8R (97)

aroma.light (1922)

ArrayExpress (425)

ArrayExpressHTS (44)

arrayMagic (6)

arrayMvout (119)

arrayQCplot (2)

arrayQuality (210)

arrayQualityMetrics (457)

ArrayTools (48)

ArrayTV (36)

ARRmNormalization (115)

artMS (112)

ASAFE (86)

ASEB (110)

ASGSCA (108)

ASICS (126)

asmn (5)

ASpediaFI (16)

ASpli (139)

AssessORF (177)

ASSET (143)

ASSIGN (157)

assorthead (2909)

ASURAT (90)

ATACCoGAPS (55)

ATACseqQC (391)

ATACseqTFEA (89)

atena (96)

AtlasRDF (22)

atSNP (114)

attract (138)

AUCell (2495)

autonomics (81)

Autotuner (9)

AWFisher (93)

awst (82)

B

BaalChIP (104)

BAC (44)

bacon (158)

BADER (114)

BadRegionFinder (95)

BAGS (121)

ballgown (576)

bambu (287)

bamsignals (1018)

BANDITS (114)

bandle (86)

Banksy (161)

banocc (111)

barcodetrackR (85)

basecallQC (106)

BaseSpaceR (119)

Basic4Cseq (119)

BASiCS (159)

BASiCStan (114)

BasicSTARRseq (93)

basilisk (3454)

basilisk.utils (3249)

batchelor (3851)

BatchQC (141)

BayesKnockdown (90)

BayesPeak (43)

BayesSpace (267)

bayNorm (117)

baySeq (483)

BBCAnalyzer (108)

BCRANK (133)

bcSeq (92)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (16001)

beachmat.hdf5 (128)

beachmat.tiledb (6)

beadarray (672)

beadarraySNP (69)

BeadDataPackR (566)

BeadExplorer (4)

BEARscc (77)

BEAT (117)

BEclear (119)

beer (85)

benchdamic (96)

BERT (57)

betaHMM (55)

betr (40)

bettr (54)

BG2 (76)

bgafun (43)

BgeeCall (77)

BgeeDB (157)

BGmix (36)

bgx (115)

BHC (91)

BicARE (151)

BiFET (98)

BiGGR (114)

bigmelon (102)

bigmemoryExtras (36)

bigPint (25)

bim (3)

BindingSiteFinder (87)

bioassayR (122)

Biobase (48639)

biobroom (245)

biobtreeR (77)

bioCancer (111)

BioCartaImage (69)

BiocBaseUtils (6767)

BiocBook (81)

BiocCaseStudies (49)

BiocCheck (1721)

biocDatasets (8)

BiocDockerManager (13)

BiocFHIR (77)

BiocFileCache (25686)

BiocGenerics (57070)

biocGraph (257)

BiocHail (48)

BiocHubsShiny (105)

BiocInstaller (255)

BiocIO (19587)

BiocNeighbors (10871)

BiocOncoTK (76)

BioCor (112)

BiocParallel (41211)

BiocPkgTools (157)

biocroxytest (64)

BiocSet (329)

BiocSingular (12571)

BiocSklearn (122)

BiocStyle (5529)

biocthis (254)

BiocVersion (59601)

biocViews (4335)

BiocWorkflowTools (193)

biodb (169)

biodbChebi (96)

biodbExpasy (60)

biodbHmdb (91)

biodbKegg (75)

biodbLipidmaps (40)

biodbMirbase (22)

biodbNcbi (79)

biodbNci (86)

biodbUniprot (79)

bioDist (275)

BioGA (33)

biomaRt (22266)

BioMedR (4)

biomformat (5451)

BioMM (18)

BioMVCClass (127)

biomvRCNS (123)

BioNAR (97)

BioNERO (267)

BioNet (282)

BioNetStat (79)

BioQC (152)

BioSeqClass (46)

biosigner (124)

Biostrings (48668)

biosvd (38)

BioTIP (105)

biotmle (96)

biovizBase (5150)

BiRewire (185)

birta (41)

birte (22)

biscuiteer (103)

BiSeq (140)

BitSeq (52)

blacksheepr (99)

blima (110)

BLMA (109)

BloodGen3Module (135)

bluster (5596)

bnbc (198)

bnem (91)

BOBaFIT (89)

borealis (89)

BPRMeth (115)

BRAIN (164)

brainflowprobes (43)

brainImageR (4)

BrainSABER (12)

BrainStars (40)

branchpointer (115)

breakpointR (99)

brendaDb (87)

BREW3R.r (53)

BRGenomics (95)

bridge (48)

BridgeDbR (114)

broadSeq (35)

BrowserViz (173)

BrowserVizDemo (14)

BSgenome (16123)

BSgenomeForge (169)

bsseq (1472)

BubbleTree (124)

BufferedMatrix (124)

BufferedMatrixMethods (117)

bugsigdbr (197)

BulkSignalR (1)

BUMHMM (117)

bumphunter (2702)

BumpyMatrix (509)

BUS (120)

BUScorrect (89)

BUSpaRse (219)

BUSseq (88)

C

CaDrA (67)

CAEN (75)

CAFE (122)

CAGEfightR (251)

cageminer (91)

CAGEr (266)

CALIB (48)

calm (72)

CAMERA (468)

CAMTHC (8)

CaMutQC (57)

canceR (138)

cancerclass (306)

CancerInSilico (28)

CancerMutationAnalysis (43)

CancerSubtypes (76)

CAnD (31)

caOmicsV (23)

cardelino (91)

Cardinal (239)

CardinalIO (168)

CARNIVAL (164)

casper (112)

CATALYST (578)

Category (1682)

categoryCompare (126)

CatsCradle (27)

CausalR (110)

cbaf (101)

CBEA (94)

cBioPortalData (391)

CBNplot (134)

cbpManager (81)

ccfindR (112)

ccImpute (82)

ccmap (115)

CCPlotR (92)

CCPROMISE (101)

ccrepe (161)

CDI (72)

celaref (105)

celda (745)

CellaRepertorium (37)

CellBarcode (98)

cellbaseR (110)

CellBench (154)

cellGrowth (35)

cellHTS (39)

cellHTS2 (206)

CelliD (208)

cellity (102)

CellMapper (89)

cellmigRation (76)

CellMixS (111)

CellNOptR (210)

cellscape (81)

CellScore (90)

CellTrails (95)

cellTree (25)

cellxgenedp (110)

CEMiTool (176)

censcyt (88)

Cepo (164)

ceRNAnetsim (73)

CeTF (109)

CexoR (118)

CFAssay (92)

cfdnakit (82)

cfDNAPro (107)

cfTools (73)

CGEN (114)

CGHbase (421)

CGHcall (391)

cghMCR (138)

CGHnormaliter (127)

CGHregions (139)

ChAMP (699)

CHARGE (10)

charm (51)

ChemmineOB (321)

ChemmineR (816)

CHETAH (123)

ChIC (21)

Chicago (122)

chihaya (148)

chimera (44)

chimeraviz (138)

ChIPanalyser (97)

ChIPComp (106)

chipenrich (159)

ChIPexoQual (107)

ChIPpeakAnno (1079)

ChIPQC (374)

ChIPseeker (1882)

chipseq (641)

ChIPseqR (144)

ChIPSeqSpike (15)

ChIPsim (137)

ChIPXpress (104)

chopsticks (142)

chroGPS (44)

chromDraw (105)

ChromHeatMap (131)

ChromoViz (5)

chromPlot (220)

ChromSCape (92)

chromstaR (107)

chromswitch (28)

chromVAR (1169)

CHRONOS (97)

cicero (240)

CIMICE (81)

CINdex (99)

circRNAprofiler (106)

CircSeqAlignTk (81)

cisPath (99)

CiteFuse (109)

ClassifyR (346)

cleanUpdTSeq (126)

CleanUpRNAseq (34)

cleaver (234)

clevRvis (84)

clippda (126)

clipper (140)

cliProfiler (78)

cliqueMS (120)

Clomial (101)

Clonality (47)

clonotypeR (42)

clst (118)

clstutils (117)

CluMSID (90)

ClustAll (61)

clustComp (103)

clusterExperiment (314)

ClusterFoldSimilarity (58)

ClusterJudge (92)

clusterProfiler (19873)

clusterSeq (100)

ClusterSignificance (93)

clusterStab (137)

clustifyr (178)

ClustIRR (79)

CMA (177)

cmapR (425)

cn.farms (122)

cn.mops (262)

CNAnorm (116)

CNEr (3426)

CNORdt (120)

CNORfeeder (126)

CNORfuzzy (127)

CNORode (139)

CNPBayes (22)

CNTools (163)

CNVfilteR (89)

CNVgears (33)

cnvGSA (116)

CNViz (84)

CNVMetrics (83)

CNVPanelizer (108)

CNVRanger (118)

CNVrd2 (115)

CNVtools (39)

cobindR (42)

CoCiteStats (119)

COCOA (116)

codelink (141)

CODEX (139)

coexnet (20)

CoGAPS (323)

cogena (128)

cogeqc (95)

Cogito (82)

coGPS (114)

COHCAP (59)

cola (146)

comapr (88)

combi (114)

coMET (97)

coMethDMR (96)

compartmap (37)

COMPASS (131)

compcodeR (130)

compEpiTools (116)

CompGO (32)

ComplexHeatmap (15586)

CompoundDb (260)

ComPrAn (81)

compSPOT (63)

conclus (8)

concordexR (95)

condcomp (5)

condiments (129)

CONFESS (110)

consensus (84)

ConsensusClusterPlus (2975)

consensusDE (100)

consensusOV (129)

consensusSeekeR (119)

consICA (176)

CONSTANd (80)

contiBAIT (48)

conumee (197)

convert (173)

copa (118)

COPDSexualDimorphism (3)

copynumber (134)

CopyNumber450k (20)

CopyNumberPlots (156)

CopywriteR (44)

coRdon (191)

CoRegFlux (6)

CoRegNet (55)

CoreGx (332)

Cormotif (127)

CorMut (37)

coRNAi (37)

corral (101)

CORREP (57)

coseq (171)

CoSIA (64)

cosmiq (183)

cosmo (11)

cosmoGUI (10)

cosmosR (113)

COSNet (102)

COTAN (111)

CountClust (21)

countsimQC (283)

covEB (90)

CoverageView (113)

covRNA (94)

cpvSNP (108)

cqn (319)

CRImage (140)

CRISPRball (69)

crisprBase (153)

crisprBowtie (148)

crisprBwa (75)

crisprDesign (134)

crisprScore (162)

CRISPRseek (175)

crisprseekplus (35)

crisprShiny (57)

CrispRVariants (132)

crisprVerse (105)

crisprViz (114)

crlmm (297)

CrossICC (4)

crossmeta (176)

CSAR (133)

csaw (564)

csdR (74)

CSSP (37)

CSSQ (80)

ctc (286)

CTdata (73)

CTDquerier (93)

CTexploreR (57)

ctgGEM (9)

cTRAP (103)

ctsGE (95)

CTSV (86)

cummeRbund (262)

CuratedAtlasQueryR (90)

customCMPdb (95)

customProDB (140)

CVE (15)

cyanoFilter (85)

cycle (122)

cydar (123)

cypress (53)

CytoDx (114)

cytofast (10)

cytofkit (32)

CyTOFpower (62)

cytofQC (90)

CytoGLMM (96)

cytoKernel (94)

cytolib (2654)

cytomapper (333)

CytoMDS (55)

cytoMEM (124)

CytoML (446)

CytoPipeline (94)

CytoPipelineGUI (66)

CytoTree (14)

cytoviewer (122)

D

dada2 (2338)

dagLogo (131)

daMA (115)

DAMEfinder (91)

DaMiRseq (125)

Damsel (43)

DAPAR (155)

dar (50)

DART (118)

DASC (1)

DASiR (25)

dasper (13)

DAVIDQuery (27)

DBChIP (45)

dcanr (158)

DCATS (93)

dce (91)

dcGSA (87)

DChIPRep (26)

ddCt (145)

ddgraph (33)

ddPCRclust (112)

dearseq (231)

debCAM (95)

debrowser (156)

DECIPHER (2829)

deco (16)

DEComplexDisease (19)

decompTumor2Sig (142)

DeconRNASeq (283)

decontam (1642)

decontX (231)

deconvR (98)

decoupleR (1172)

DEDS (42)

DeepBlueR (36)

DeepPINCS (83)

deepSNV (185)

DeepTarget (35)

DEFormats (258)

DegCre (51)

DegNorm (88)

DEGraph (107)

DEGreport (608)

DEGseq (206)

DelayedArray (41635)

DelayedDataFrame (94)

DelayedMatrixStats (15771)

DelayedRandomArray (90)

DelayedTensor (84)

DELocal (99)

deltaCaptureC (83)

deltaGseg (106)

DeMAND (88)

DeMixT (126)

demuxmix (266)

demuxSNP (71)

densvis (1438)

DEP (562)

DepecheR (100)

DepInfeR (74)

DeProViR (39)

DEqMS (263)

derfinder (559)

derfinderHelper (559)

derfinderPlot (159)

DEScan2 (103)

DESeq (199)

DESeq2 (22012)

DEsingle (265)

DESpace (85)

destiny (646)

DEsubs (93)

DEWSeq (91)

DExMA (89)

DEXSeq (1451)

dexus (44)

DFP (125)

DFplyr (19)

DIAlignR (64)

DiffBind (1086)

diffcoexp (169)

diffcyt (462)

DifferentialRegulation (86)

diffGeneAnalysis (110)

diffHic (145)

DiffLogo (116)

diffloop (32)

diffuStats (104)

diffUTR (77)

diggit (100)

Dino (85)

dinoR (52)

dir.expiry (3326)

Director (70)

DirichletMultinomial (4778)

discordant (116)

DiscoRhythm (101)

distinct (255)

dittoSeq (1423)

divergence (78)

dks (96)

DMCFB (89)

DMCHMM (89)

DMRcaller (130)

DMRcate (1059)

DMRforPairs (47)

DMRScan (78)

dmrseq (213)

DNABarcodeCompatibility (73)

DNABarcodes (171)

DNAcopy (5116)

DNAfusion (80)

DNaseR (7)

DNAshapeR (117)

domainsignatures (36)

DominoEffect (92)

dominoSignal (30)

doppelgangR (199)

DOQTL (26)

Doscheda (100)

DOSE (18952)

doseR (88)

doubletrouble (95)

dpeak (24)

drawProteins (194)

dreamlet (105)

DRIMSeq (297)

DriverNet (100)

DropletUtils (2463)

drugTargetInteractions (87)

DrugVsDisease (184)

dSimer (11)

DSS (823)

dStruct (75)

DTA (112)

dualKS (47)

Dune (74)

DupChecker (21)

DuplexDiscovereR (20)

dupRadar (153)

dyebias (129)

DynDoc (1342)

E

easier (122)

EasyCellType (98)

easylift (75)

EasyqpcR (41)

easyreporting (86)

easyRNASeq (183)

EBarrays (228)

EBcoexpress (125)

EBImage (2764)

EBSEA (88)

EBSeq (390)

EBSeqHMM (54)

ecolitk (133)

EDASeq (1736)

edd (15)

EDDA (36)

edge (140)

edgeR (23839)

EDIRquery (67)

eds (380)

eegc (47)

EGAD (102)

EGSEA (261)

eiR (112)

eisa (49)

eisaR (136)

ELBOW (34)

ELMER (215)

EMDomics (124)

EmpiricalBrownsMethod (135)

ENCODExplorer (29)

EnhancedVolcano (4942)

enhancerHomologSearch (80)

EnMCB (87)

ENmix (278)

EnrichDO (25)

EnrichedHeatmap (586)

EnrichmentBrowser (562)

enrichplot (19089)

enrichTF (51)

enrichViewNet (83)

ensembldb (9755)

ensemblVEP (144)

ENVISIONQuery (39)

epialleleR (90)

EpiCompare (53)

epidecodeR (78)

EpiDISH (681)

epigenomix (117)

epigraHMM (90)

epihet (15)

EpiMix (81)

epimutacions (85)

epiNEM (151)

EpipwR (20)

epiregulon (56)

epiregulon.extra (56)

epistack (81)

epistasisGA (74)

EpiTxDb (100)

epivizr (155)

epivizrChart (96)

epivizrData (140)

epivizrServer (136)

epivizrStandalone (94)

erccdashboard (127)

erma (148)

ERSSA (92)

esATAC (120)

escape (423)

escheR (105)

esetVis (104)

eudysbiome (95)

evaluomeR (92)

EventPointer (107)

EWCE (260)

ExCluster (73)

ExiMiR (117)

exomeCopy (251)

exomePeak (44)

exomePeak2 (88)

exonmap (10)

ExperimentHub (7668)

ExperimentHubData (281)

ExperimentSubset (102)

explorase (39)

ExploreModelMatrix (195)

ExpressionAtlas (222)

ExpressionView (46)

exprExternal (2)

externalVector (10)

extraChIPs (113)

F

fabia (198)

facopy (21)

factDesign (123)

factR (83)

faers (75)

FamAgg (107)

famat (89)

farms (65)

fastLiquidAssociation (107)

FastqCleaner (113)

fastreeR (103)

fastseg (767)

fbat (7)

FCBF (43)

fCCAC (94)

fCI (100)

fcoex (24)

fcScan (96)

fdrame (117)

FEAST (146)

FeatSeekR (69)

fedup (80)

FELLA (156)

FEM (36)

fenr (72)

ffpe (121)

fgga (78)

FGNet (130)

fgsea (18493)

FilterFFPE (89)

findIPs (57)

FindIT2 (85)

FindMyFriends (29)

FISHalyseR (98)

fishpond (263)

FitHiC (108)

flagme (106)

FLAMES (107)

flipflop (33)

flowAI (558)

flowBeads (116)

flowBin (119)

flowcatchR (118)

flowCHIC (113)

flowCL (40)

flowClean (231)

flowClust (772)

flowCore (2813)

flowCut (142)

flowCyBar (100)

flowDensity (288)

flowFit (34)

flowFlowJo (20)

flowFP (194)

flowGate (107)

flowGraph (76)

flowMap (62)

flowMatch (122)

flowMeans (177)

flowMerge (161)

flowPeaks (197)

flowPhyto (13)

flowPloidy (99)

flowPlots (104)

flowQ (36)

flowQB (38)

FlowRepositoryR (29)

FlowSOM (1079)

flowSpecs (112)

flowSpy (6)

flowStats (484)

flowTime (102)

flowTrans (146)

flowType (38)

flowUtils (65)

flowViz (999)

flowVS (143)

flowWorkspace (1175)

fmcsR (254)

fmrs (124)

fobitools (88)

focalCall (25)

FoldGO (35)

FourCSeq (29)

FRASER (142)

frenchFISH (69)

FRGEpistasis (99)

frma (167)

frmaTools (123)

FScanR (18)

FunChIP (49)

FunciSNP (39)

funOmics (35)

funtooNorm (100)

FuseSOM (82)

G

G4SNVHunter (15)

GA4GHclient (117)

GA4GHshiny (103)

gaga (136)

gage (850)

gaggle (69)

gaia (46)

GAPGOM (15)

GAprediction (86)

garfield (86)

GARS (96)

GateFinder (96)

gatom (81)

gaucho (28)

GBScleanR (103)

gcapc (92)

gcatest (118)

gCMAP (41)

gCMAPWeb (34)

gCrisprTools (99)

gcrma (1188)

GCSConnection (8)

GCSFilesystem (8)

GCSscore (19)

GDCRNATools (237)

gDNAx (91)

gDR (68)

gDRcore (83)

gDRimport (89)

gDRstyle (95)

gDRutils (104)

GDSArray (230)

gdsfmt (2070)

GeDi (67)

geecc (31)

GEM (92)

gemini (75)

gemma.R (100)

genArise (108)

genbankr (66)

GENE.E (28)

gene2pathway (12)

GeneAccord (18)

GeneAnswers (53)

geneAttribution (96)

GeneBreak (108)

geneClassifiers (85)

GeneExpressionSignature (137)

genefilter (11889)

genefu (370)

GeneGA (94)

GeneGeneInteR (89)

GeneGroupAnalysis (8)

GeneMeta (151)

GeneNetworkBuilder (127)

GeneOverlap (563)

geneplast (125)

geneplotter (4942)

GeneR (12)

geneRecommender (116)

GeneRegionScan (129)

GeneRfold (5)

geneRxCluster (117)

GeneSelectMMD (131)

GeneSelector (40)

GENESIS (359)

GeneSpring (9)

GeneStructureTools (111)

geNetClassifier (163)

GeneticsBase (7)

GeneticsDesign (41)

GeneticsPed (139)

GeneTonic (340)

GeneTraffic (8)

GeneTS (5)

geneXtendeR (98)

GENIE3 (1255)

genoCN (105)

GenoGAM (21)

genomation (682)

GenomAutomorphism (70)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (51)

GenomeInfoDb (55595)

genomeIntervals (206)

genomes (127)

GenomicAlignments (23334)

GenomicDataCommons (1041)

GenomicDistributions (127)

GenomicFeatures (19112)

GenomicFiles (1278)

genomicInstability (92)

GenomicInteractionNodes (80)

GenomicInteractions (421)

GenomicOZone (109)

GenomicPlot (103)

GenomicRanges (44631)

GenomicScores (669)

GenomicSuperSignature (97)

GenomicTuples (103)

Genominator (46)

genoset (49)

genotypeeval (34)

GenoView (13)

genphen (18)

GenProSeq (70)

GenRank (12)

GenVisR (294)

GeoDiff (98)

GEOexplorer (87)

GEOfastq (103)

GEOmetadb (254)

geomeTriD (22)

GeomxTools (409)

GEOquery (9518)

GEOsearch (14)

GEOsubmission (121)

GeoTcgaData (184)

gep2pep (90)

gespeR (102)

getDEE2 (81)

geva (80)

GEWIST (96)

geyser (4)

gff3Plotter (2)

gg4way (71)

GGBase (51)

ggbio (1950)

ggcyto (841)

ggkegg (460)

ggmanh (258)

ggmsa (532)

GGPA (75)

ggsc (105)

ggseqalign (34)

ggspavis (219)

GGtools (56)

ggtree (21826)

ggtreeDendro (86)

ggtreeExtra (1080)

ggtreeSpace (55)

GIGSEA (79)

ginmappeR (57)

gINTomics (38)

girafe (150)

GISPA (42)

GLAD (226)

GladiaTOX (80)

Glimma (1060)

glmGamPoi (4870)

glmSparseNet (212)

GlobalAncova (1055)

globalSeq (91)

globaltest (1873)

GloScope (76)

gmapR (171)

GmicR (94)

gmoviz (84)

GMRP (92)

GNET2 (81)

GNOSIS (80)

goCluster (1)

GOexpress (131)

GOfuncR (342)

GOFunction (42)

GoogleGenomics (20)

GOpro (146)

goProfiles (156)

GOSemSim (18610)

goseq (1416)

GOSim (105)

goSorensen (92)

goSTAG (100)

GOstats (1526)

GOsummaries (56)

GOTHiC (121)

goTools (122)

GPA (84)

gpart (20)

gpls (251)

gprege (36)

gpuMagic (79)

gQTLBase (31)

gQTLstats (32)

GrafGen (51)

gramm4R (7)

GRaNIE (155)

granulator (138)

graper (82)

graph (19003)

GraphAlignment (104)

GraphAT (132)

graphite (3103)

GraphPAC (125)

GRENITS (103)

GreyListChIP (998)

GRmetrics (123)

groHMM (109)

GRridge (27)

GSALightning (82)

GSAR (143)

GSCA (107)

gscreend (86)

GSEABase (8913)

GSEABenchmarkeR (116)

GSEAlm (135)

GSEAmining (93)

gsean (95)

GSgalgoR (81)

GSReg (110)

GSRI (125)

GSVA (7062)

gtrellis (160)

GUIDEseq (126)

Guitar (171)

Gviz (3408)

GWAS.BAYES (87)

gwascat (632)

GWASTools (615)

gwasurvivr (119)

GWENA (249)

gypsum (2225)

H

h5mread (14)

h5vc (138)

hapFabia (116)

Harman (170)

HarmonizR (87)

Harshlight (134)

hca (85)

HCABrowser (7)

HCAExplorer (6)

HCAMatrixBrowser (3)

HCsnip (32)

HDF5Array (14788)

HDTD (88)

hdxmsqc (41)

heatmaps (289)

Heatplus (488)

HelloRanges (142)

HELP (116)

HEM (120)

hermes (239)

HERON (69)

Herper (143)

hexbin (45)

HGC (88)

hiAnnotator (126)

HIBAG (148)

HicAggR (52)

HiCBricks (165)

HiCcompare (259)

HiCDCPlus (118)

HiCDOC (101)

HiCExperiment (157)

HiContacts (139)

HiCool (87)

hicrep (11)

hicVennDiagram (73)

hierGWAS (106)

hierinf (73)

HilbertCurve (128)

HilbertVis (198)

HilbertVisGUI (82)

HiLDA (97)

hipathia (203)

HIPPO (82)

hiReadsProcessor (113)

HIREewas (87)

HiTC (181)

hmdbQuery (106)

HMMcopy (351)

HoloFoodR (34)

hoodscanR (97)

hopach (334)

HPAanalyze (163)

hpar (285)

HPAStainR (12)

HPiP (82)

HTqPCR (123)

HTSanalyzeR (45)

HTSeqGenie (75)

htSeqTools (41)

HTSFilter (226)

HuBMAPR (20)

HubPub (136)

HumanTranscriptomeCompendium (55)

hummingbird (75)

HybridExpress (70)

HybridMTest (152)

hypeR (130)

hyperdraw (142)

hypergraph (194)

I

iASeq (101)

iasva (97)

iBBiG (137)

ibh (107)

iBMQ (88)

iCARE (175)

Icens (429)

icetea (87)

iCheck (102)

iChip (118)

iClusterPlus (414)

iCNV (98)

iCOBRA (268)

ideal (126)

IdeoViz (117)

idiogram (122)

IdMappingAnalysis (37)

IdMappingRetrieval (41)

idpr (95)

idr2d (85)

IFAA (74)

iFlow (7)

iGC (102)

IgGeneUsage (80)

igvR (144)

igvShiny (68)

IHW (698)

illuminaio (2866)

ILoReg (85)

imageHTS (55)

IMAS (94)

imcRtools (245)

Imetagene (26)

IMMAN (84)

ImmuneSpaceR (51)

immunoClust (113)

immunogenViewer (32)

immunotation (82)

IMPCdata (87)

ImpulseDE (10)

ImpulseDE2 (19)

impute (10546)

INDEED (71)

iNETgrate (75)

infercnv (1124)

infinityFlow (111)

Informeasure (77)

InPAS (115)

INPower (112)

inSilicoDb (32)

inSilicoMerging (33)

INSPEcT (110)

INTACT (72)

InTAD (92)

intansv (133)

interacCircos (86)

InteractionSet (1955)

InteractiveComplexHeatmap (401)

interactiveDisplay (143)

interactiveDisplayBase (5894)

InterCellar (99)

IntEREst (101)

InterMineR (97)

IntOMICS (16)

IntramiRExploreR (85)

inveRsion (37)

IONiseR (119)

iontree (31)

iPAC (138)

iPath (69)

ipdDb (181)

IPO (204)

IPPD (36)

IRanges (53800)

IRISFGM (28)

IrisSpatialFeatures (5)

ISAnalytics (75)

iSEE (506)

iSEEde (89)

iSEEfier (61)

iSEEhex (154)

iSEEhub (181)

iSEEindex (80)

iSEEpathways (79)

iSEEtree (50)

iSEEu (154)

iSeq (99)

ISLET (81)

iSNetwork (3)

isobar (140)

IsoBayes (69)

IsoCorrectoR (117)

IsoCorrectoRGUI (87)

IsoformSwitchAnalyzeR (283)

IsoGeneGUI (46)

ISoLDE (73)

isomiRs (159)

iSPlot (4)

ITALICS (117)

iterativeBMA (122)

iterativeBMAsurv (104)

iterClust (40)

iteremoval (16)

IVAS (116)

ivygapSE (91)

IWTomics (107)

J

jmosaics (23)

joda (41)

JunctionSeq (20)

K

karyoploteR (802)

katdetectr (88)

KBoost (70)

KCsmart (124)

kebabs (158)

KEGGgraph (5385)

KEGGlincs (105)

keggorth (5)

keggorthology (236)

KEGGprofile (48)

KEGGREST (35791)

KEGGSOAP (17)

kimod (13)

KinSwingR (87)

kissDE (98)

kmcut (31)

KnowSeq (94)

knowYourCG (53)

koinar (24)

L

LACE (180)

lapmix (106)

LBE (214)

ldblock (133)

LEA (594)

LedPred (87)

lefser (518)

lemur (104)

les (125)

levi (73)

lfa (288)

limma (33781)

limmaGUI (135)

limpca (54)

LimROTS (2)

LINC (12)

LineagePulse (34)

lineagespot (77)

LinkHD (94)

Linnorm (221)

LinTInd (80)

lionessR (90)

lipidr (154)

LiquidAssociation (120)

lisaClust (160)

lmdme (113)

LMGene (44)

LOBSTAHS (127)

loci2path (97)

logicFS (140)

logitT (56)

Logolas (13)

lol (30)

LOLA (274)

LoomExperiment (604)

LowMACA (34)

LPE (131)

LPEadj (68)

lpNet (122)

lpsymphony (949)

LRBaseDbi (107)

LRcell (78)

lumi (1200)

lute (54)

LVSmiRNA (40)

LymphoSeq (107)

M

M3C (626)

M3D (25)

M3Drop (600)

m6Aboost (74)

maanova (63)

Maaslin2 (960)

maaslin3 (2)

Macarron (122)

macat (74)

maCorrPlot (107)

MACPET (16)

MACSQuantifyR (70)

MACSr (125)

maDB (18)

made4 (290)

MADSEQ (97)

maftools (2472)

MAGAR (147)

MAGeCKFlute (354)

magpie (74)

magrene (77)

MAI (88)

maigesPack (73)

MAIT (178)

makecdfenv (212)

makePlatformDesign (7)

MANOR (122)

manta (42)

MantelCorr (99)

MAPFX (56)

mAPKL (34)

maPredictDSC (109)

mapscape (77)

mariner (84)

marr (83)

marray (1924)

martini (92)

maser (155)

maSigPro (306)

maskBAD (116)

MassArray (97)

massiR (111)

MassSpecWavelet (1771)

MAST (2056)

mastR (177)

matchBox (97)

matchprobes (9)

MatrixGenerics (40178)

MatrixQCvis (188)

MatrixRider (104)

matter (233)

MaxContrastProjection (14)

MBAmethyl (83)

MBASED (104)

MBCB (112)

MBECS (98)

mbkmeans (379)

mbOmic (8)

mBPCR (118)

MBQN (89)

mbQTL (69)

MBttest (91)

mcaGUI (44)

MCbiclust (95)

MCRestimate (45)

mCSEA (131)

mdgsa (29)

mdp (87)

mdqc (126)

MDTS (81)

MEAL (130)

MeasurementError.cor (106)

MEAT (85)

MEB (81)

MEDIPS (167)

MEDME (111)

megadepth (159)

MEIGOR (118)

Melissa (87)

memes (233)

MergeMaid (49)

Mergeomics (104)

MeSHDbi (263)

meshes (182)

meshr (167)

MeSHSim (13)

MesKit (110)

messina (105)

metaArray (49)

Metab (124)

metabCombiner (125)

metabinR (68)

MetaboAnnotation (270)

MetaboCoreUtils (1867)

metabolomicsWorkbenchR (108)

metabomxtr (102)

MetaboSignal (147)

metaCCA (131)

MetaCyto (111)

metagene (45)

metagene2 (105)

metagenomeFeatures (27)

metagenomeSeq (1597)

metahdep (111)

metaMS (206)

MetaNeighbor (125)

MetaPhOR (95)

metapod (4757)

metapone (86)

metaSeq (117)

metaseqR (38)

metaseqR2 (109)

metavizr (21)

MetaVolcanoR (54)

metaX (11)

MetCirc (116)

MethCP (12)

methimpute (93)

methInheritSim (101)

methodical (43)

MethPed (93)

MethReg (81)

methrix (116)

MethTargetedNGS (99)

methVisual (41)

methyAnalysis (47)

MethylAid (133)

methylCC (101)

methylclock (185)

methylGSA (149)

methyLImp2 (61)

methylInheritance (98)

methylKit (639)

MethylMix (138)

methylMnM (115)

methylPipe (145)

methylscaper (112)

MethylSeekR (183)

methylSig (115)

methylumi (1510)

methyvim (14)

MetID (91)

MetMashR (16)

MetNet (90)

mfa (126)

Mfuzz (1331)

MGFM (106)

MGFR (97)

MGnifyR (83)

mgsa (155)

mia (1452)

miaSim (101)

miaViz (293)

MiChip (110)

microbiome (1728)

microbiomeDASim (82)

microbiomeExplorer (103)

microbiomeMarker (373)

MicrobiomeProfiler (150)

MicrobiotaProcess (505)

microRNA (203)

microSTASIS (76)

MICSQTL (69)

midasHLA (80)

MIGSA (21)

miloR (391)

mimager (101)

MIMOSA (45)

mina (70)

MineICA (123)

minet (776)

minfi (2358)

MinimumDistance (142)

MiPP (124)

miQC (137)

MIRA (119)

MiRaGE (117)

miRBaseConverter (138)

miRcomp (105)

mirIntegrator (115)

MIRit (67)

miRLAB (118)

miRmine (50)

miRNAmeConverter (97)

miRNApath (110)

miRNAtap (183)

miRSM (86)

miRsponge (9)

miRspongeR (75)

Mirsynergy (32)

mirTarRnaSeq (93)

missMethyl (1034)

missRows (90)

mist (0)

mistyR (125)

mitch (86)

mitoClone2 (104)

mitoODE (33)

mixOmics (2632)

MLInterfaces (433)

mlm4omics (4)

MLP (170)

MLSeq (173)

MMAPPR2 (24)

MMDiff (28)

MMDiff2 (94)

mmgmos (3)

mmnet (28)

MmPalateMiRNA (42)

MMUPHin (162)

mnem (151)

moanin (196)

mobileRNA (54)

MobilityTransformR (68)

MODA (93)

ModCon (70)

Modstrings (197)

MOFA (8)

MOFA2 (525)

MOGAMUN (82)

mogsa (244)

MoleculeExperiment (99)

MOMA (89)

monaLisa (187)

monocle (3286)

Moonlight2R (78)

MoonlightR (117)

MoPS (24)

mosaics (207)

mosbi (78)

MOSClip (21)

mosdef (131)

MOSim (93)

Motif2Site (78)

motifbreakR (229)

motifcounter (91)

MotifDb (602)

motifmatchr (1374)

MotifPeeker (6)

motifRG (40)

motifStack (710)

motifTestR (72)

MotIV (56)

MouseFM (180)

MPAC (34)

MPFE (88)

mpra (104)

MPRAnalyze (101)

MQmetrics (24)

mQTL.NMR (25)

msa (1775)

MSA2dist (122)

MsBackendMassbank (105)

MsBackendMetaboLights (19)

MsBackendMgf (420)

MsBackendMsp (332)

MsBackendRawFileReader (93)

MsBackendSql (102)

MsCoreUtils (3642)

MsDataHub (103)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1460)

MsFeatures (1500)

msgbsR (100)

MSGFgui (31)

MSGFplus (32)

msImpute (226)

mslp (65)

msmsEDA (287)

msmsTests (279)

MSnbase (3178)

MSnID (313)

mspms (6)

MSPrep (179)

msPurity (107)

msqrob2 (176)

MsQuality (88)

MSstats (533)

MSstatsBig (71)

MSstatsConvert (474)

MSstatsLiP (108)

MSstatsLOBD (82)

MSstatsPTM (212)

MSstatsQC (97)

MSstatsQCgui (79)

MSstatsSampleSize (21)

MSstatsShiny (128)

MSstatsTMT (282)

MSstatsTMTPTM (5)

MTseeker (5)

MuData (92)

Mulcom (126)

MultiAssayExperiment (6317)

MultiBaC (108)

multiClust (124)

multicrispr (89)

MultiDataSet (1182)

multiGSEA (159)

multiHiCcompare (159)

MultiMed (101)

multiMiR (273)

MultimodalExperiment (68)

multiOmicsViz (44)

MultiRNAflow (91)

multiscan (114)

multiSight (19)

multistateQTL (50)

multiWGCNA (106)

multtest (12067)

mumosa (99)

MungeSumstats (972)

muscat (530)

muscle (354)

musicatk (114)

MutationalPatterns (312)

MVCClass (137)

mvGST (23)

MWASTools (165)

mygene (341)

myvariant (122)

mzID (3073)

mzR (3302)

N

NADfinder (98)

NanoMethViz (121)

NanoStringDiff (127)

NanoStringNCTools (395)

NanoStringQCPro (45)

nanotatoR (46)

NanoTube (109)

NarrowPeaks (40)

NBAMSeq (180)

NBSplice (19)

ncdfFlow (1094)

ncGTW (158)

NCIgraph (118)

ncRNAtools (84)

ndexr (99)

neaGUI (21)

nearBynding (81)

Nebulosa (1222)

NeighborNet (29)

nem (54)

nempi (90)

NetActivity (75)

netbenchmark (24)

netbiov (57)

netboost (75)

netboxr (14)

netDx (56)

nethet (116)

netOmics (25)

NetPathMiner (98)

netprioR (82)

netReg (17)

netresponse (127)

NetSAM (140)

netSmooth (102)

networkBMA (45)

netZooR (88)

NeuCA (53)

NewWave (117)

NGScopy (24)

ngsReports (104)

nipalsMCIA (77)

nnNorm (123)

nnSVG (166)

NOISeq (609)

nondetects (70)

NoRCE (85)

normalize450K (85)

NormalyzerDE (200)

NormqPCR (200)

normr (163)

NPARC (101)

npGSEA (111)

NTW (106)

nucleoSim (94)

nucleR (143)

nuCpos (84)

nudge (36)

nullranges (182)

NuPoP (121)

NxtIRFcore (12)

O

occugene (106)

OCplus (140)

octad (86)

ODER (8)

odseq (96)

OGRE (86)

OGSA (23)

oligo (1632)

oligoClasses (1625)

OLIN (138)

OLINgui (120)

omada (73)

OmaDB (243)

omicade4 (192)

OmicCircos (227)

omicplotR (98)

omicRexposome (102)

OmicsLonDA (20)

OmicsMarkeR (25)

OmicsMLRepoR (19)

OMICsPCA (100)

omicsPrint (98)

omicsViewer (80)

Omixer (85)

OmnipathR (676)

ompBAM (126)

omXplore (23)

Onassis (19)

oncomix (89)

oncoscanR (84)

OncoScore (102)

OncoSimulR (110)

oneChannelGUI (47)

oneSENSE (28)

onlineFDR (71)

ontoCAT (33)

ontoProc (245)

ontoTools (15)

openCyto (633)

openPrimeR (166)

openPrimeRui (66)

OpenStats (73)

OperaMate (15)

oposSOM (139)

oppar (105)

oppti (77)

optimalFlow (95)

OPWeight (87)

OrderedList (126)

ORFhunteR (82)

ORFik (203)

Organism.dplyr (417)

OrganismDbi (2904)

orthogene (331)

orthos (79)

OSAT (135)

Oscope (117)

OTUbase (118)

OutlierD (46)

OUTRIDER (204)

OutSplice (74)

OVESEG (99)

P

PAA (117)

packFinder (90)

padma (88)

PADOG (333)

pageRank (82)

PAIRADISE (123)

paircompviz (109)

pairedGSEA (70)

pairkat (107)

pairseqsim (2)

pamr (16)

pandaR (147)

panelcn.mops (112)

PAnnBuilder (43)

PanomiR (90)

panp (142)

PANR (114)

PanViz (50)

PanVizGenerator (19)

PAPi (37)

pareg (64)

parglms (96)

parody (128)

partCNV (66)

PAST (84)

Path2PPI (105)

pathifier (130)

pathlinkR (81)

PathNet (116)

PathoStat (174)

pathprint (13)

pathRender (125)

pathVar (33)

pathview (4505)

pathwayPCA (103)

PathwaySplice (12)

PatientGeneSets (5)

paxtoolsr (118)

Pbase (28)

pbcmc (8)

pcaExplorer (412)

pcaGoPromoter (34)

pcaMethods (5187)

PCAN (98)

PCAtools (1211)

pcot2 (53)

PCpheno (44)

pcxn (57)

PDATK (177)

pdInfoBuilder (167)

pdmclass (41)

PeacoQC (248)

peakPantheR (88)

PECA (114)

peco (82)

Pedixplorer (53)

pengls (69)

PepSetTest (31)

PepsNMR (135)

pepStat (100)

pepXMLTab (104)

PERFect (32)

periodicDNA (78)

perturbatr (13)

pfamAnalyzeR (250)

PFP (11)

PGA (27)

pgca (76)

PGSEA (81)

pgUtils (10)

pgxRpi (58)

phantasus (213)

phantasusLite (86)

PharmacoGx (283)

phemd (27)

phenoDist (31)

PhenoGeneRanker (64)

phenomis (89)

phenopath (119)

phenoTest (157)

PhenStat (110)

philr (181)

PhIPData (101)

phosphonormalizer (79)

PhosR (145)

PhyloProfile (106)

phyloseq (5408)

Pi (57)

piano (464)

pickgene (104)

PICS (153)

Pigengene (128)

PING (132)

pint (34)

pipeComp (88)

pipeFrame (153)

PIPETS (56)

Pirat (30)

PIUMA (56)

pkgDepTools (61)

planet (203)

planttfhunter (95)

plasmut (64)

plateCore (41)

plethy (47)

plgem (144)

plier (165)

PloGO2 (48)

plotgardener (266)

plotGrouper (80)

PLPE (116)

plrs (34)

PLSDAbatch (74)

plw (48)

plyinteractions (79)

plyranges (1212)

plyxp (18)

pmm (98)

pmp (136)

PoDCall (69)

podkat (110)

pogos (132)

polyester (134)

Polyfit (31)

PolySTest (28)

Polytect (5)

POMA (193)

POST (14)

PoTRA (12)

PowerExplorer (12)

powerTCR (326)

POWSC (92)

ppcseq (83)

PPInfer (211)

ppiStats (55)

pqsfinder (138)

prada (55)

pram (90)

prebs (117)

preciseTAD (94)

PrecisionTrialDrawer (15)

PREDA (127)

predictionet (40)

preprocessCore (14067)

primirTSS (91)

PrInCE (89)

Prize (24)

proActiv (98)

proBAMr (99)

proBatch (26)

PROcess (144)

procoil (115)

ProCoNA (31)

proDA (254)

proFIA (24)

profileplyr (249)

profileScoreDist (87)

progeny (448)

projectR (111)

pRoloc (268)

pRolocGUI (139)

PROMISE (135)

PRONE (22)

PROPER (133)

PROPS (88)

Prostar (119)

prot2D (28)

proteasy (23)

proteinProfiles (94)

ProteoDisco (84)

ProteomicsAnnotationHubData (26)

ProteoMM (106)

proteoQC (28)

protGear (86)

ProtGenerics (11517)

PSEA (53)

psichomics (104)

PSICQUIC (48)

PSMatch (1731)

psygenet2r (105)

ptairMS (78)

PubScore (9)

pulsedSilac (10)

puma (150)

PureCN (186)

pvac (114)

pvca (268)

Pviz (120)

pwalign (4438)

PWMEnrich (202)

pwOmics (165)

pwrEWAS (23)

Q

qckitfastq (96)

qcmetrics (131)

QDNAseq (364)

QFeatures (2542)

qmtools (83)

qpcrNorm (129)

qpgraph (197)

qPLEXanalyzer (93)

qrqc (49)

qsea (104)

qsmooth (174)

QSutils (149)

qsvaR (181)

QTLExperiment (72)

Qtlizer (82)

QUALIFIER (41)

quantiseqr (501)

quantro (297)

quantsmooth (632)

QuartPAC (93)

QuasR (366)

QuaternaryProd (101)

QUBIC (148)

qusage (398)

qvalue (18233)

R

R3CPET (100)

r3Cseq (132)

R453Plus1Toolbox (135)

R4RNA (630)

RadioGx (97)

raer (66)

RaggedExperiment (851)

RAIDS (72)

rain (138)

rama (44)

RamiGO (30)

ramr (79)

ramwas (121)

RandomWalkRestartMH (58)

randPack (111)

randRotation (73)

RankProd (288)

RAREsim (70)

RareVariantVis (110)

Rariant (41)

Rarr (168)

rawDiag (59)

rawrr (204)

RbcBook1 (186)

Rbec (88)

RBGL (9226)

RBioFormats (213)

RBioinf (127)

rBiopaxParser (186)

rBLAST (129)

RBM (103)

Rbowtie (492)

Rbowtie2 (284)

rbsurv (133)

Rbwa (90)

Rcade (49)

RCAS (151)

RCASPAR (95)

rcellminer (125)

rCGH (139)

Rchemcpp (31)

RchyOptimyx (40)

RcisTarget (1030)

RCM (98)

Rcollectl (44)

Rcpi (162)

RCSL (81)

Rcwl (112)

RcwlPipelines (113)

RCX (93)

RCy3 (921)

RCyjs (109)

RCytoscape (32)

RDAVIDWebService (59)

Rdbi (13)

RdbiPgSQL (9)

rDGIdb (89)

Rdisop (428)

RDRToolbox (171)

ReactomeContentService4R (105)

ReactomeGraph4R (55)

ReactomeGSA (238)

ReactomePA (2652)

readat (14)

ReadqPCR (220)

reb (44)

REBET (86)

rebook (147)

receptLoss (75)

reconsi (79)

recount (398)

recount3 (290)

recountmethylation (107)

recoup (98)

RedeR (326)

RedisParam (72)

REDseq (146)

ReducedExperiment (4)

RefNet (32)

RefPlus (68)

RegEnrich (96)

regionalpcs (87)

RegionalST (72)

regioneR (1895)

regioneReloaded (84)

regionReport (173)

regsplice (91)

regutools (104)

REMP (103)

Repitools (305)

ReportingTools (597)

reposTools (2)

RepViz (93)

ReQON (63)

ResidualMatrix (3663)

RESOLVE (81)

Resourcerer (16)

restfulSE (148)

retrofit (68)

ReUseData (81)

rexposome (120)

rfaRm (78)

Rfastp (166)

rflowcyt (12)

rfPred (110)

rGADEM (361)

RGalaxy (43)

rGenomeTracks (79)

Rgin (15)

RGMQL (64)

RgnTX (77)

rgoslin (123)

RGraph2js (96)

Rgraphviz (9373)

rGREAT (648)

RGSEA (113)

rgsepd (98)

rhdf5 (20323)

rhdf5client (162)

rhdf5filters (19428)

Rhdf5lib (23430)

rhinotypeR (21)

Rhisat2 (220)

Rhtslib (24403)

rHVDM (42)

RiboCrypt (83)

RiboDiPA (84)

RiboProfiling (136)

ribor (86)

riboSeqR (112)

ribosomeProfilingQC (113)

rifi (76)

rifiComparative (71)

RImmPort (76)

Ringo (219)

Rintact (6)

RIPAT (27)

RIPSeeker (47)

Risa (197)

RITAN (106)

RIVER (93)

RJMCMCNucleosomes (100)

RLassoCox (82)

RLMM (110)

RLSeq (31)

RMAGEML (9)

Rmagpie (127)

RMAPPER (11)

RMassBank (154)

rMAT (40)

rmelting (88)

RmiR (44)

Rmmquant (91)

rmspc (78)

RNAAgeCalc (100)

RNAdecay (75)

rnaEditr (92)

RNAinteract (95)

RNAither (52)

RNAmodR (120)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (90)

RNAmodR.ML (89)

RNAmodR.RiboMethSeq (94)

RNAprobR (26)

RNAsense (77)

rnaseqcomp (109)

RNAseqCovarImpute (67)

rnaSeqMap (44)

RNASeqPower (203)

RNASeqR (13)

RnaSeqSampleSize (139)

RnBeads (302)

Rnits (103)

roar (114)

roastgsa (69)

ROC (1100)

ROCpAI (71)

RolDE (83)

Roleswitch (38)

Rolexa (28)

rols (449)

ROntoTools (210)

ropls (1149)

ROSeq (90)

ROTS (227)

RPA (136)

rprimer (97)

RProtoBufLib (2651)

RpsiXML (53)

rpx (319)

Rqc (299)

rqt (74)

rqubic (136)

rRDP (109)

Rredland (6)

RRHO (131)

rrvgo (530)

Rsamtools (23531)

rsbml (167)

rScudo (85)

rsemmed (71)

RSeqAn (112)

rSFFreader (31)

RSNPper (8)

Rsubread (2195)

RSVSim (115)

rSWeeP (85)

rTANDEM (39)

RTCA (117)

RTCGA (489)

RTCGAToolbox (526)

RTN (209)

RTNduals (106)

RTNsurvival (97)

RTools4TB (6)

RTopper (118)

Rtpca (94)

rtracklayer (20512)

Rtreemix (127)

rTRM (169)

rTRMui (111)

runibic (100)

Ruuid (12)

RUVcorr (103)

RUVnormalize (119)

RUVSeq (905)

Rvisdiff (69)

RVS (86)

RWebServices (21)

rWikiPathways (388)

S

S4Arrays (39945)

S4Vectors (55246)

safe (660)

SAGElyzer (6)

sagenhaft (115)

SAGx (54)

SAIGEgds (125)

samExploreR (14)

sampleClassifier (99)

SamSPECTRAL (176)

sangeranalyseR (210)

sangerseqR (841)

SANTA (98)

sapFinder (36)

saps (13)

SARC (70)

sarks (80)

saseR (53)

satuRn (276)

savR (39)

SBGNview (190)

sbgr (10)

SBMLR (123)

SC3 (351)

Scale4C (102)

ScaledMatrix (12368)

scAlign (20)

SCAN.UPC (191)

scanMiR (103)

scanMiRApp (80)

scAnnotatR (194)

SCANVIS (93)

SCArray (102)

SCArray.sat (82)

SCATE (27)

scater (6982)

scatterHatch (75)

scBFA (91)

SCBN (102)

scBubbletree (84)

scCB2 (89)

scClassifR (5)

scClassify (144)

sccomp (122)

scDataviz (107)

scDblFinder (1552)

scDD (160)

scDDboost (79)

scde (398)

scDesign3 (92)

scDiagnostics (27)

scDotPlot (42)

scds (482)

SCFA (75)

scFeatureFilter (86)

scFeatures (86)

scfind (11)

scGPS (112)

schex (187)

scHOT (88)

scider (76)

scifer (84)

ScISI (51)

scMAGeCK (10)

scmap (235)

scMerge (500)

scMET (75)

scmeth (101)

scMitoMut (53)

scMultiSim (55)

SCnorm (138)

scone (141)

Sconify (91)

SCOPE (95)

scoreInvHap (98)

scoup (18)

scp (232)

scPCA (114)

scPipe (125)

scQTLtools (0)

scran (4744)

scrapper (28)

scReClassify (90)

scRecover (86)

screenCounter (71)

ScreenR (72)

scRepertoire (573)

scRNAseqApp (87)

scruff (102)

scry (272)

scShapes (74)

scsR (34)

scTensor (107)

scTGIF (193)

scTHI (77)

scTreeViz (81)

scuttle (9232)

scviR (70)

SDAMS (95)

seahtrue (28)

sechm (179)

segmenter (95)

segmentSeq (132)

selectKSigs (81)

SELEX (112)

SemDist (98)

semisup (87)

SemSim (4)

SEPA (19)

SEPIRA (27)

seq.hotSPOT (65)

seq2pathway (203)

seqArchR (88)

seqArchRplus (75)

SeqArray (928)

seqbias (72)

seqCAT (101)

seqCNA (56)

seqcombo (87)

SeqGate (84)

SeqGSEA (229)

seqLogo (3817)

seqPattern (783)

seqplots (34)

seqsetvis (113)

SeqSQC (180)

seqTools (144)

SeqVarTools (442)

sesame (814)

SEtools (207)

sevenbridges (104)

sevenC (84)

SGCP (169)

SGSeq (330)

SharedObject (138)

shiny.gosling (66)

shinyepico (93)

shinyMethyl (155)

shinyTANDEM (33)

ShortRead (6214)

SIAMCAT (154)

SICtools (92)

sigaR (37)

SigCheck (98)

sigFeature (281)

SigFuge (114)

siggenes (3306)

sights (98)

signatureSearch (186)

signeR (110)

signet (10)

signifinder (68)

sigPathway (60)

SigsPack (82)

sigsquared (102)

SIM (122)

SIMAT (105)

SimBindProfiles (68)

SimBu (173)

SIMD (86)

SimFFPE (77)

similaRpeak (107)

SIMLR (214)

simona (193)

simPIC (54)

simpleaffy (110)

simpleSeg (93)

simplifyEnrichment (900)

simulatorAPMS (8)

simulatorZ (29)

sincell (106)

single (46)

SingleCellAlleleExperiment (69)

SingleCellExperiment (15810)

SingleCellSignalR (242)

singleCellTK (335)

SingleMoleculeFootprinting (90)

SingleR (4169)

singscore (1449)

SiPSiC (77)

SISPA (38)

sitadela (80)

sitePath (89)

sizepower (118)

SJava (19)

sketchR (68)

skewr (94)

slalom (136)

SLGI (53)

slingshot (1480)

slinky (15)

SLqPCR (121)

SMAD (80)

SMAP (67)

smartid (67)

SMITE (93)

smoothclust (60)

smoppix (2)

SNAGEE (108)

snapCGH (88)

snapcount (88)

snifter (152)

snm (166)

SNPchip (50)

SNPediaR (82)

SNPhood (108)

snpMatrix (11)

SNPRelate (1693)

snpStats (2104)

soGGi (381)

sojourner (17)

SomatiCA (25)

SomaticSignatures (204)

SOMNiBUS (79)

sosta (2)

SpaceMarkers (53)

SpacePAC (123)

spade (27)

Spaniel (106)

SpaNorm (25)

sparrow (325)

SparseArray (39628)

sparseDOSSA (35)

sparseMatrixStats (15425)

sparsenetgls (78)

SparseSignatures (94)

spaSim (84)

SpatialCPie (106)

spatialDE (128)

SpatialDecon (223)

SpatialExperiment (4159)

SpatialExperimentIO (0)

spatialFDA (0)

SpatialFeatureExperiment (190)

spatialHeatmap (236)

SpatialOmicsOverlay (94)

spatialSimGP (19)

spatzie (75)

speckle (235)

specL (109)

SpeCond (130)

Spectra (1944)

SpectralTAD (108)

SpectraQL (23)

SPEM (134)

SPIA (612)

SPIAT (146)

spicyR (191)

SpidermiR (53)

spikeLI (101)

spiky (75)

spillR (60)

spkTools (115)

splatter (441)

splicegear (43)

spliceR (33)

spliceSites (33)

SpliceWiz (144)

SplicingFactory (75)

SplicingGraphs (140)

SplineDV (8)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (109)

SPLINTER (91)

splots (225)

SPONGE (82)

spoon (57)

SpotClean (118)

SPOTlight (272)

spotSegmentation (39)

SpotSweeper (52)

spqn (79)

SPsimSeq (193)

SQLDataFrame (84)

SQUADD (58)

squallms (29)

sRACIPE (97)

SRAdb (443)

sRAP (41)

SRGnet (15)

srnadiff (88)

sscore (58)

sscu (87)

sSeq (195)

ssize (148)

sSNAPPY (176)

SSPA (103)

ssPATHS (81)

ssrch (85)

ssviz (111)

StabMap (21)

stageR (200)

stam (5)

STAN (36)

standR (158)

staRank (91)

StarBioTrek (46)

Starr (43)

STATegRa (114)

Statial (95)

statTarget (125)

STdeconvolve (150)

stepNorm (119)

stepwiseCM (33)

stJoincount (90)

strandCheckR (92)

Streamer (119)

STRINGdb (1293)

STROMA4 (32)

struct (169)

Structstrings (155)

structToolbox (137)

StructuralVariantAnnotation (239)

SubCellBarCode (92)

subSeq (114)

SUITOR (67)

SummarizedBenchmark (41)

SummarizedExperiment (39373)

Summix (76)

supersigs (165)

supraHex (394)

surfaltr (78)

SurfR (47)

survClust (34)

survcomp (1284)

survtype (85)

Sushi (71)

sva (7378)

svaNUMT (86)

SVAPLSseq (12)

svaRetro (88)

SVM2CRM (23)

SVMDO (94)

SWATH2stats (102)

SwathXtend (96)

swfdr (103)

SwimR (28)

switchBox (141)

switchde (94)

synapsis (71)

synapter (169)

synergyfinder (237)

SynExtend (89)

synlet (97)

SynMut (83)

syntenet (127)

systemPipeR (1202)

systemPipeShiny (92)

systemPipeTools (87)

T

tadar (81)

TADCompare (110)

tanggle (102)

TAPseq (92)

target (87)

TargetDecoy (90)

TargetScore (120)

TargetSearch (123)

TarSeqQC (34)

TBSignatureProfiler (92)

TCC (255)

TCGAbiolinks (4234)

TCGAbiolinksGUI (33)

TCGAutils (737)

TCseq (388)

TDARACNE (45)

TDbasedUFE (87)

TDbasedUFEadv (81)

TEKRABber (174)

TENxIO (82)

tenXplore (81)

TEQC (134)

ternarynet (105)

terraTCGAdata (91)

TFARM (87)

TFBSTools (3494)

TFEA.ChIP (115)

TFHAZ (89)

TFutils (105)

tidybulk (323)

tidyCoverage (56)

tidyFlowCore (35)

tidyomics (75)

tidysbml (23)

tidySingleCellExperiment (231)

tidySpatialExperiment (68)

tidySummarizedExperiment (355)

tidytof (32)

tigre (131)

TileDBArray (94)

tilingArray (171)

timecourse (137)

timeOmics (115)

timescape (102)

TimeSeriesExperiment (18)

TimiRGeN (38)

TIN (99)

TissueEnrich (246)

TitanCNA (131)

tkWidgets (1347)

tLOH (77)

TMixClust (114)

TMSig (23)

TNBC.CMS (42)

TnT (66)

TOAST (433)

tofsims (18)

tomoda (86)

tomoseqr (74)

TOP (71)

ToPASeq (29)

topconfects (179)

topdownr (103)

topGO (2869)

ToxicoGx (102)

TPP (145)

TPP2D (87)

tpSVG (53)

tracktables (200)

trackViewer (603)

tradeSeq (543)

TrajectoryGeometry (68)

TrajectoryUtils (1930)

transcriptogramer (97)

transcriptR (110)

transformGamPoi (105)

transite (95)

tRanslatome (211)

transmogR (52)

transomics2cytoscape (97)

TransView (96)

TraRe (9)

traseR (109)

Travel (4)

traviz (77)

TreeAndLeaf (147)

treeclimbR (58)

treeio (20909)

treekoR (96)

TreeSummarizedExperiment (2004)

TREG (78)

trena (29)

TReNA (2)

Trendy (93)

TRESS (95)

tricycle (230)

TrIdent (4)

triform (43)

trigger (125)

trio (155)

triplex (124)

tripr (77)

tRNA (141)

tRNAdbImport (121)

tRNAscanImport (100)

TRONCO (117)

TSAR (61)

TSCAN (638)

tscR (15)

tspair (48)

TSRchitect (20)

TSSi (37)

ttgsea (85)

TTMap (90)

TurboNorm (120)

TVTB (102)

tweeDEseq (169)

twilight (143)

twoddpcr (91)

txcutr (77)

txdbmaker (2985)

tximeta (1018)

tximport (3393)

TxRegInfra (13)

TypeInfo (95)

U

UCell (1480)

UCSC.utils (27352)

Ularcirc (98)

UMI4Cats (86)

uncoverappLib (90)

UNDO (107)

unifiedWMWqPCR (80)

UniProt.ws (438)

Uniquorn (98)

universalmotif (848)

updateObject (72)

UPDhmm (48)

uSORT (96)

V

VAExprs (74)

VanillaICE (253)

VarCon (76)

variancePartition (965)

VariantAnnotation (11678)

VariantExperiment (72)

VariantFiltering (134)

VariantTools (176)

vasp (5)

VaSP (91)

vbmp (144)

VCFArray (95)

VDJdive (82)

Vega (34)

VegaMC (112)

velociraptor (169)

veloviz (74)

VennDetail (287)

VERSO (77)

vidger (147)

viper (737)

virtualArray (11)

ViSEAGO (140)

VisiumIO (60)

visiumStitched (6)

vissE (133)

Voyager (189)

VplotR (91)

vsclust (79)

vsn (5054)

vtpnet (124)

vulcan (98)

W

waddR (74)

wateRmelon (833)

wavClusteR (108)

waveTiling (40)

weaver (120)

webbioc (126)

weitrix (87)

widgetInvoke (4)

widgetTools (1348)

wiggleplotr (171)

wpm (89)

wppi (62)

Wrench (1608)

X

XBSeq (28)

xCell2 (2)

XCIR (9)

xcms (1714)

xcore (75)

XDE (134)

xenLite (23)

Xeva (153)

XINA (82)

xmapbridge (105)

xmapcore (7)

XNAString (81)

xps (39)

XVector (49241)

Y

y2hStat (2)

yamss (101)

YAPSA (120)

yaqcaffy (44)

yarn (137)

Z

zellkonverter (1441)

zenith (131)

zFPKM (146)

zinbwave (884)

zitools (23)

zlibbioc (54162)

ZygosityPredictor (71)