See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Tue. 02 Jun 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (72352) 26 fgsea (28748) 51 preprocessCore (17131)
2 BiocGenerics (70475) 27 edgeR (28362) 52 assorthead (16911)
3 S4Vectors (67026) 28 enrichplot (27517) 53 BiocSingular (16149)
4 IRanges (64446) 29 Rhdf5lib (27313) 54 ScaledMatrix (15348)
5 BiocParallel (61100) 30 clusterProfiler (26621) 55 AnnotationHub (14227)
6 XVector (60199) 31 Rhtslib (26620) 56 genefilter (14219)
7 Biobase (60019) 32 rhdf5 (26465) 57 BSgenome (13973)
8 SparseArray (55824) 33 DOSE (26031) 58 BiocNeighbors (13865)
9 Biostrings (54452) 34 GenomicAlignments (25442) 59 GEOquery (13543)
10 GenomicRanges (53262) 35 qvalue (25281) 60 multtest (13302)
11 DelayedArray (52287) 36 rhdf5filters (24703) 61 impute (13120)
12 S4Arrays (50131) 37 GOSemSim (24582) 62 ProtGenerics (12854)
13 SummarizedExperiment (49687) 38 biomaRt (24309) 63 AnnotationFilter (12572)
14 MatrixGenerics (49381) 39 zlibbioc (24209) 64 h5mread (12376)
15 GenomeInfoDb (49119) 40 rtracklayer (24129) 65 BiocBaseUtils (11998)
16 AnnotationDbi (44157) 41 graph (23923) 66 GSEABase (11872)
17 KEGGREST (43542) 42 ComplexHeatmap (21920) 67 scuttle (11586)
18 limma (41154) 43 BiocIO (21722) 68 ensembldb (10647)
19 UCSC.utils (33533) 44 SingleCellExperiment (21363) 69 Rgraphviz (10584)
20 ggtree (32027) 45 annotate (20744) 70 GSVA (10471)
21 DESeq2 (29888) 46 beachmat (19790) 71 RBGL (10166)
22 Seqinfo (29675) 47 GenomicFeatures (18924) 72 sva (10029)
23 BiocFileCache (29461) 48 sparseMatrixStats (18833) 73 ExperimentHub (9896)
24 Rsamtools (29376) 49 DelayedMatrixStats (17909) 74 VariantAnnotation (9721)
25 treeio (29161) 50 HDF5Array (17800) 75 cigarillo (9594)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (355)

a4Base (418)

a4Classif (334)

a4Core (385)

a4Preproc (498)

a4Reporting (286)

ABAEnrichment (131)

ABarray (406)

abseqR (271)

ABSSeq (404)

acde (344)

ACE (299)

aCGH (597)

ACME (568)

ADaCGH2 (400)

ADAM (271)

ADAMgui (238)

ADAPT (104)

adaptest (39)

adductomicsR (241)

ADImpute (276)

adSplit (441)

adverSCarial (169)

Aerith (53)

AffiXcan (263)

affxparser (2466)

affy (9335)

affycomp (437)

AffyCompatible (190)

affyContam (357)

affycoretools (709)

AffyExpress (170)

affyILM (355)

affyio (9555)

affylmGUI (484)

affyPara (199)

affypdnn (198)

affyPLM (1532)

affyQCReport (157)

AffyRNADegradation (299)

AffyTiling (94)

AGDEX (345)

aggregateBioVar (287)

Agi4x44PreProcess (65)

agilp (263)

AgiMicroRna (447)

AHMassBank (170)

AIMS (713)

airpart (224)

alabaster (186)

alabaster.base (5165)

alabaster.bumpy (179)

alabaster.files (181)

alabaster.mae (190)

alabaster.matrix (4818)

alabaster.ranges (4758)

alabaster.sce (1451)

alabaster.schemas (4656)

alabaster.se (4728)

alabaster.sfe (102)

alabaster.spatial (201)

alabaster.string (194)

alabaster.vcf (184)

ALDEx2 (1761)

alevinQC (276)

AllelicImbalance (396)

AlphaBeta (272)

AlphaMissenseR (210)

alpine (199)

ALPS (36)

AlpsNMR (304)

alsace (107)

altcdfenvs (451)

AMARETTO (298)

AMOUNTAIN (276)

amplican (378)

ampliQueso (101)

AnalysisPageServer (65)

anamiR (54)

anansi (92)

Anaquin (270)

ANCOMBC (2113)

AneuFinder (306)

ANF (268)

anglemania (108)

animalcules (393)

annaffy (588)

AnnBuilder (44)

anndataR (678)

annmap (335)

annoLinker (43)

annotate (20744)

AnnotationDbi (44157)

AnnotationFilter (12572)

AnnotationForge (2348)

AnnotationFuncs (119)

AnnotationHub (14227)

AnnotationHubData (810)

annotationTools (387)

annotatr (927)

anota (343)

anota2seq (364)

antiProfiles (265)

AnVIL (858)

AnVILAz (156)

AnVILBase (644)

AnVILBilling (203)

AnVILGCP (170)

AnVILPublish (197)

AnVILVRS (5)

AnVILWorkflow (169)

APAlyzer (237)

apComplex (419)

apeglm (6054)

APL (221)

applera (24)

appreci8R (301)

aroma.light (2042)

ArrayExpress (678)

ArrayExpressHTS (129)

arrayMagic (105)

arrayMvout (409)

arrayQCplot (17)

arrayQuality (471)

arrayQualityMetrics (729)

ArrayTools (192)

ArrayTV (138)

ARRmNormalization (266)

artMS (329)

ASAFE (210)

ASEB (250)

ASGSCA (271)

ASICS (383)

asmn (18)

ASpediaFI (78)

ASpli (443)

AssessORF (301)

ASSET (339)

ASSIGN (407)

assorthead (16911)

ASURAT (266)

asuri (59)

ATACCoGAPS (51)

atacInferCnv (18)

ATACseqQC (685)

ATACseqTFEA (249)

atena (242)

AtlasRDF (41)

atSNP (313)

attract (431)

AUCell (3777)

augere.core (5)

augere.de (4)

augere.gsea (5)

augere.screen (5)

augere.solo (5)

autonomics (283)

Autotuner (43)

AWAggregator (95)

AWFisher (245)

awst (224)

B

BaalChIP (306)

BAC (164)

bacon (420)

BADER (280)

BadRegionFinder (293)

BAGS (286)

ballgown (1888)

bambu (537)

bamsignals (1499)

BANDITS (278)

bandle (250)

Banksy (545)

banocc (212)

barbieQ (148)

barcodetrackR (153)

basecallQC (285)

BaseSpaceR (296)

Basic4Cseq (347)

BASiCS (506)

BASiCStan (190)

BasicSTARRseq (266)

basilisk (4716)

basilisk.utils (3470)

batchCorr (119)

BatChef (16)

batchelor (4948)

BatchQC (370)

BatchSVG (161)

Battlefield (25)

BayesKnockdown (238)

BayesPeak (132)

BayesSpace (663)

bayNorm (301)

baySeq (799)

BBCAnalyzer (341)

BCRANK (496)

bcSeq (229)

BDMMAcorrect (96)

beachmat (19790)

beachmat.hdf5 (301)

beachmat.tiledb (124)

beadarray (932)

beadarraySNP (232)

BeadDataPackR (765)

BeadExplorer (23)

BEARscc (135)

BEAT (400)

BEclear (274)

bedbaser (173)

beer (226)

benchdamic (156)

BERT (157)

betaHMM (168)

betr (117)

betterChromVAR (24)

bettr (176)

BG2 (178)

bgafun (156)

BgeeCall (295)

BgeeDB (325)

BGmix (174)

bgx (289)

BHC (180)

BicARE (404)

BiFET (236)

BiGGR (205)

bigmelon (353)

bigmemoryExtras (89)

bigPint (115)

bim (22)

BindingSiteFinder (265)

bioassayR (347)

Biobase (60019)

biobroom (479)

biobtreeR (193)

Bioc.gff (96)

bioCancer (322)

BioCartaImage (160)

BiocAzul (7)

BiocBaseUtils (11998)

BiocBook (202)

BiocBuildReporter (23)

BiocCaseStudies (195)

BiocCheck (2288)

biocDatasets (11)

BiocDockerManager (60)

BiocFHIR (201)

BiocFileCache (29461)

BiocGenerics (70475)

biocGraph (455)

BiocHail (126)

BiocHubsShiny (196)

BiocInstaller (204)

BiocIO (21722)

BiocMaintainerApp (22)

biocmake (2398)

BiocNeighbors (13865)

BiocOncoTK (163)

BioCor (334)

BiocParallel (61100)

BiocPkgDash (25)

BiocPkgTools (469)

biocroxytest (147)

BiocSet (627)

BiocSingular (16149)

BiocSklearn (279)

BiocStyle (7525)

biocthis (727)

BiocVersion (72352)

biocViews (5309)

BiocWorkflowTools (316)

biodb (357)

biodbChebi (202)

biodbExpasy (49)

biodbHmdb (137)

biodbKegg (79)

biodbLipidmaps (56)

biodbMirbase (41)

biodbNcbi (129)

biodbNci (117)

biodbUniprot (121)

bioDist (505)

BioGA (143)

biomaRt (24309)

BioMedR (19)

biomformat (7224)

BioMM (92)

BioMVCClass (339)

biomvRCNS (343)

BioNAR (228)

BioNERO (405)

BioNet (637)

BioNetStat (111)

BioQC (398)

BioSeqClass (130)

biosigner (315)

Biostrings (54452)

biosvd (100)

BioTIP (250)

biotmle (290)

biovizBase (6286)

BiRewire (347)

birta (121)

birte (79)

biscuiteer (295)

BiSeq (458)

BitSeq (261)

blacksheepr (256)

blase (95)

blima (311)

BLMA (357)

BloodGen3Module (235)

bluster (8341)

bnbc (296)

bnem (239)

BOBaFIT (218)

borealis (217)

BPRMeth (327)

BRAIN (411)

brainflowprobes (94)

brainImageR (18)

BrainSABER (69)

BrainStars (117)

branchpointer (299)

breakpointR (296)

BreastSubtypeR (154)

brendaDb (252)

BREW3R.r (175)

BRGenomics (191)

bridge (189)

BridgeDbR (315)

broadSeq (129)

BrowserViz (343)

BrowserVizDemo (21)

BSgenome (13973)

BSgenomeForge (335)

bsseq (1926)

BubbleTree (265)

BufferedMatrix (281)

BufferedMatrixMethods (295)

bugsigdbr (685)

BulkSignalR (260)

BUMHMM (283)

bumphunter (3033)

BumpyMatrix (812)

BUS (334)

BUScorrect (271)

BUSpaRse (453)

BUSseq (274)

C

CaDrA (168)

CAEN (208)

CAFE (421)

CAGEfightR (450)

cageminer (243)

CAGEr (562)

CALIB (156)

CalibraCurve (91)

calm (184)

CAMERA (889)

CAMTHC (42)

CaMutQC (171)

canceR (323)

cancerclass (599)

CancerInSilico (105)

CancerMutationAnalysis (139)

CancerSubtypes (191)

CAnD (121)

caOmicsV (176)

cardelino (249)

Cardinal (615)

CardinalIO (311)

CARDspa (204)

carnation (30)

CARNIVAL (370)

casper (393)

CATALYST (761)

Category (1715)

categoryCompare (420)

CatsCradle (166)

CausalR (287)

cbaf (275)

CBEA (79)

cBioPortalData (745)

CBN2Path (83)

CBNplot (250)

cbpManager (238)

CCAFE (168)

ccfindR (253)

ccImpute (217)

ccmap (202)

CCPlotR (218)

CCPROMISE (263)

ccrepe (346)

CDI (197)

celaref (309)

celda (1259)

CellaRepertorium (98)

CellBarcode (262)

cellbaseR (325)

CellBench (356)

cellGrowth (118)

cellHTS (181)

cellHTS2 (348)

CelliD (399)

cellity (315)

CellMapper (268)

CellMentor (46)

cellmig (111)

cellmigRation (212)

CellMixS (414)

CellNOptR (452)

cellscape (204)

CellScore (148)

CellTrails (311)

cellTree (205)

cellxgenedp (236)

CEMiTool (390)

censcyt (218)

Cepo (363)

ceRNAnetsim (204)

CeTF (314)

CexoR (387)

CFAssay (217)

cfdnakit (231)

cfDNAPro (291)

cfTools (161)

CGEN (275)

CGHbase (739)

CGHcall (712)

cghMCR (410)

CGHnormaliter (335)

CGHregions (349)

ChAMP (1016)

CHARGE (34)

charm (156)

ChemmineOB (589)

ChemmineR (1219)

CHETAH (292)

chevreulPlot (146)

chevreulProcess (158)

chevreulShiny (140)

ChIC (74)

Chicago (339)

chihaya (254)

chimera (175)

chimeraviz (392)

ChIPanalyser (327)

ChIPComp (307)

chipenrich (415)

ChIPexoQual (323)

ChIPpeakAnno (1364)

ChIPQC (574)

ChIPseeker (2981)

chipseq (957)

ChIPseqR (433)

ChIPSeqSpike (57)

ChIPsim (391)

ChIPXpress (301)

chopsticks (307)

chroGPS (156)

Chromatograms (110)

chromDraw (266)

ChromHeatMap (360)

ChromoViz (52)

chromPlot (356)

ChromSCape (264)

chromstaR (281)

chromswitch (120)

chromVAR (1559)

CHRONOS (292)

cicero (570)

cigarillo (9594)

CIMICE (209)

CINdex (240)

circRNAprofiler (343)

CircSeqAlignTk (194)

cisPath (162)

CiteFuse (280)

ClassifyR (567)

cleanUpdTSeq (424)

CleanUpRNAseq (187)

cleaver (520)

clevRvis (175)

clippda (332)

clipper (488)

cliProfiler (211)

cliqueMS (277)

Clomial (259)

Clonality (161)

ClonalSim (15)

clonotypeR (111)

clst (311)

clstutils (301)

CluMSID (265)

ClustAll (169)

clustComp (264)

clusterExperiment (609)

ClusterFoldSimilarity (174)

ClusterGVis (67)

ClusterJudge (249)

clusterProfiler (26621)

clusterSeq (266)

ClusterSignificance (256)

clusterStab (346)

clustifyr (404)

ClustIRR (175)

clustSIGNAL (157)

CMA (430)

cmapR (716)

cn.farms (381)

cn.mops (582)

CNAnorm (300)

CNEr (2193)

CNORdt (272)

CNORfeeder (347)

CNORfuzzy (332)

CNORode (317)

CNPBayes (98)

CNTools (387)

CNVfilteR (254)

CNVgears (73)

cnvGSA (293)

CNViz (179)

CNVMetrics (220)

CNVPanelizer (329)

CNVRanger (312)

CNVrd2 (349)

CNVtools (88)

cobindR (127)

CoCiteStats (297)

COCOA (343)

codelink (501)

CODEX (423)

coexnet (96)

CoGAPS (483)

cogena (385)

cogeqc (249)

Cogito (222)

coGPS (293)

COHCAP (162)

cola (502)

comapr (181)

combi (234)

coMET (251)

coMethDMR (226)

compartmap (139)

COMPASS (382)

compcodeR (475)

CompensAID (44)

compEpiTools (353)

CompGO (120)

ComplexHeatmap (21920)

CompoundDb (592)

ComPrAn (182)

compSPOT (154)

conclus (54)

concordexR (203)

condcomp (12)

condiments (313)

CONFESS (338)

consensus (233)

ConsensusClusterPlus (3394)

consensusDE (258)

consensusOV (305)

consensusSeekeR (322)

consICA (224)

CONSTANd (214)

contiBAIT (226)

conumee (448)

convert (454)

copa (356)

COPDSexualDimorphism (19)

copynumber (331)

CopyNumber450k (57)

CopyNumberPlots (282)

CopywriteR (200)

Coralysis (155)

coRdon (472)

CoRegFlux (32)

CoRegNet (189)

CoreGx (614)

Cormotif (327)

CorMut (83)

coRNAi (97)

corral (272)

CORREP (164)

coseq (390)

CoSIA (186)

cosmiq (312)

cosmo (89)

cosmoGUI (41)

cosmosR (304)

COSNet (264)

COTAN (247)

CountClust (102)

countsimQC (467)

covEB (261)

CoverageView (353)

covRNA (272)

CPSM (155)

cpvSNP (336)

cqn (563)

CrcBiomeScreen (23)

CRImage (421)

CRISPRball (141)

crisprBase (301)

crisprBowtie (286)

crisprBwa (176)

crisprDesign (305)

crisprScore (320)

CRISPRseek (447)

crisprseekplus (122)

crisprShiny (144)

CrispRVariants (418)

crisprVerse (210)

crisprViz (299)

crlmm (638)

CrossICC (21)

crossmeta (216)

crumblr (152)

crupR (154)

CSAR (395)

csaw (825)

csdR (182)

CSOA (95)

CSSP (112)

CSSQ (257)

ctc (528)

CTdata (199)

CTDquerier (415)

CTexploreR (179)

ctgGEM (46)

cTRAP (297)

ctsGE (282)

CTSV (186)

cummeRbund (485)

CuratedAtlasQueryR (201)

customCMPdb (234)

customProDB (346)

CVE (54)

cyanoFilter (220)

cycle (352)

cydar (366)

cypress (186)

CytoDx (237)

cytofast (42)

cytofkit (79)

CyTOFpower (179)

cytofQC (159)

CytoGLMM (216)

cytoKernel (213)

cytolib (3085)

cytomapper (571)

CytoMDS (173)

cytoMEM (227)

CytoML (899)

CytoPipeline (217)

CytoPipelineGUI (167)

CytoTree (62)

cytoviewer (233)

D

dada2 (3301)

dagLogo (430)

daMA (359)

DAMEfinder (315)

damidBind (54)

DaMiRseq (369)

Damsel (178)

dandelionR (141)

DAPAR (401)

DaparToolshed (4)

dar (182)

DART (346)

DASC (4)

DASiR (64)

dasper (72)

DAVIDQuery (60)

DBChIP (146)

dcanr (400)

DCATS (186)

dce (159)

dcGSA (225)

DChIPRep (132)

ddCt (401)

ddgraph (88)

ddPCRclust (269)

dearseq (319)

debCAM (195)

debrowser (394)

decemedip (49)

DECIPHER (3787)

deco (107)

DEComplexDisease (106)

decompTumor2Sig (263)

DeconRNASeq (446)

decontam (2158)

decontX (576)

DeconvoBuddies (166)

deconvR (256)

decoupleR (2489)

DEDS (194)

DeeDeeExperiment (113)

DeepBlueR (153)

DeepPINCS (210)

deepSNV (529)

DeepTarget (164)

DEFormats (534)

DegCre (195)

DegNorm (265)

DEGraph (269)

DEGreport (834)

DEGseq (502)

DelayedArray (52287)

DelayedDataFrame (285)

DelayedMatrixStats (17909)

DelayedRandomArray (212)

DelayedTensor (215)

DELocal (173)

deltaCaptureC (210)

deltaGseg (263)

DeMAND (205)

DeMixT (299)

demuxmix (249)

demuxSNP (207)

DenoIST (38)

densvis (794)

DEP (978)

DepecheR (265)

DepInfeR (197)

DeProViR (24)

DEqMS (548)

derfinder (896)

derfinderHelper (756)

derfinderPlot (435)

DEScan2 (327)

DESeq (490)

DESeq2 (29888)

DEsingle (415)

DESpace (257)

destiny (1310)

DEsubs (342)

DEWSeq (296)

DExMA (248)

DEXSeq (2113)

dexus (127)

DFP (343)

DFplyr (160)

DIAlignR (100)

DiffBind (1629)

diffcoexp (273)

diffcyt (613)

DifferentialRegulation (210)

diffGeneAnalysis (262)

diffHic (462)

DiffLogo (291)

diffloop (236)

diffuStats (284)

diffUTR (250)

diggit (270)

Dino (239)

dinoR (177)

dir.expiry (7758)

Director (104)

DirichletMultinomial (5231)

discordant (302)

DiscoRhythm (299)

distinct (333)

dittoSeq (1484)

divergence (213)

dks (239)

DMCFB (253)

DMCHMM (267)

dmGsea (145)

DMRcaller (401)

DMRcate (1318)

DMRforPairs (167)

DMRScan (327)

dmrseq (504)

DNABarcodeCompatibility (188)

DNABarcodes (338)

DNAcopy (4484)

DNAcycP2 (153)

dnaEPICO (4)

DNAfusion (223)

DNaseR (29)

DNAshapeR (444)

DNEA (129)

domainsignatures (91)

dominatR (56)

DominoEffect (252)

dominoSignal (179)

doppelgangR (329)

DOQTL (126)

Doscheda (287)

DOSE (26031)

doseR (292)

DOtools (77)

DOTSeq (48)

doubletrouble (256)

dpeak (77)

drawProteins (332)

dreamlet (358)

DRIMSeq (647)

DriverNet (267)

DropletUtils (3041)

drugfindR (44)

drugTargetInteractions (225)

DrugVsDisease (327)

dSimer (74)

DspikeIn (105)

DSS (1069)

dStruct (205)

DTA (257)

dualKS (179)

Dune (220)

DupChecker (65)

DuplexDiscovereR (155)

dupRadar (342)

dyebias (390)

DynDoc (1915)

E

easier (346)

EasyCellType (235)

easylift (184)

EasyqpcR (119)

easyreporting (239)

easyRNASeq (435)

EBarrays (619)

EBcoexpress (322)

EBImage (3371)

EBSEA (236)

EBSeq (705)

EBSeqHMM (151)

ecolitk (422)

EDASeq (1993)

edd (86)

EDDA (111)

edge (363)

edgeR (28362)

EDIRquery (179)

eds (359)

eegc (145)

EGAD (344)

EGSEA (483)

eiR (317)

eisa (238)

eisaR (358)

ELBOW (117)

ELMER (489)

ELViS (156)

EMDomics (348)

EmpiricalBrownsMethod (289)

ENCODExplorer (91)

EnhancedVolcano (7265)

enhancerHomologSearch (235)

EnMCB (236)

ENmix (582)

EnrichDO (177)

EnrichedHeatmap (1320)

EnrichmentBrowser (787)

enrichplot (27517)

enrichTF (112)

enrichViewNet (197)

ensembldb (10647)

ensemblVEP (214)

ENVISIONQuery (82)

epialleleR (262)

EpiCompare (237)

epidecodeR (222)

EpiDISH (1080)

epigenomix (342)

epigraHMM (311)

epihet (65)

EpiMix (240)

epimutacions (257)

epiNEM (324)

EpipwR (145)

epiregulon (181)

epiregulon.extra (181)

epiRomics (18)

epiSeeker (31)

epistack (246)

epistasisGA (191)

EpiTxDb (300)

epivizr (465)

epivizrChart (309)

epivizrData (346)

epivizrServer (287)

epivizrStandalone (327)

erccdashboard (329)

erma (276)

ERSSA (266)

esATAC (297)

escape (635)

escheR (307)

esetVis (319)

eudysbiome (348)

evaluomeR (272)

EventPointer (354)

EWCE (392)

ExCluster (218)

ExiMiR (376)

exomeCopy (435)

exomePeak (171)

exomePeak2 (162)

exonmap (55)

ExperimentHub (9896)

ExperimentHubData (665)

ExperimentSubset (244)

explorase (82)

ExploreModelMatrix (415)

ExpoRiskR (21)

ExpressionAtlas (337)

ExpressionView (140)

exprExternal (20)

externalVector (34)

extraChIPs (287)

F

fabia (419)

facopy (148)

factDesign (376)

factR (173)

faers (256)

FamAgg (309)

famat (263)

farms (220)

fastLiquidAssociation (282)

FastqCleaner (312)

fastRanges (21)

fastreeR (211)

fastseg (1300)

fbat (55)

FCBF (128)

fCCAC (334)

fCI (273)

fcoex (116)

fcScan (297)

fdrame (296)

FEAST (383)

FeatSeekR (171)

fedup (222)

FELLA (397)

FEM (106)

fenr (189)

ffpe (358)

fgga (220)

FGNet (362)

fgsea (28748)

FilterFFPE (262)

findIPs (165)

FindIT2 (269)

FindMyFriends (106)

FinfoMDS (84)

FISHalyseR (240)

fishpond (756)

FitHiC (222)

flagme (303)

FLAMES (265)

flipflop (93)

flowAI (726)

flowBeads (342)

flowBin (300)

flowcatchR (363)

flowCHIC (293)

flowCL (117)

flowClean (419)

flowClust (1440)

flowCore (3481)

flowCut (318)

flowCyBar (225)

flowDensity (539)

flowFit (100)

flowFlowJo (66)

flowFP (510)

flowGate (225)

flowGraph (202)

flowMap (211)

flowMatch (345)

flowMeans (494)

flowMerge (375)

flowPeaks (379)

flowPhyto (64)

flowPloidy (250)

flowPlots (247)

flowQ (145)

flowQB (107)

FlowRepositoryR (101)

FlowSOM (1410)

flowSpecs (286)

flowSpy (40)

flowStats (1065)

flowTime (298)

flowTrans (352)

flowType (156)

flowUtils (248)

flowViz (1599)

flowVS (375)

flowWorkspace (1873)

fmcsR (549)

fmrs (211)

fobitools (232)

focalCall (80)

FoldGO (155)

FourCSeq (162)

fourSynergy (30)

fRagmentomics (33)

fraq (27)

FRASER (376)

frenchFISH (163)

FRGEpistasis (213)

frma (475)

frmaTools (370)

FScanR (51)

FunChIP (157)

FunciSNP (161)

funOmics (144)

funtooNorm (284)

FuseSOM (228)

G

G4SNVHunter (167)

GA4GHclient (270)

GA4GHshiny (260)

gaga (411)

gage (1212)

gaggle (217)

gaia (132)

GAPGOM (67)

GAprediction (211)

garfield (207)

GARS (253)

GateFinder (234)

gatom (226)

gaucho (70)

GBScleanR (199)

gcapc (368)

gcatest (249)

gCMAP (142)

gCMAPWeb (140)

GCPtools (261)

gCrisprTools (357)

gcrma (1621)

GCSConnection (33)

GCSFilesystem (28)

GCSscore (102)

GDCRNATools (433)

gDNAx (203)

gDR (160)

gDRcore (189)

gDRimport (199)

gDRstyle (183)

gDRutils (180)

GDSArray (284)

gdsfmt (2761)

GeDi (197)

geecc (86)

GEM (240)

gemini (209)

gemma.R (257)

genArise (320)

genbankr (282)

GENE.E (46)

gene2pathway (28)

GeneAccord (76)

GeneAnswers (200)

geneAttribution (290)

GeneBreak (316)

geneClassifiers (262)

GeneExpressionSignature (375)

genefilter (14219)

genefu (776)

GeneGA (209)

GeneGeneInteR (174)

GeneGroupAnalysis (20)

GeneMeta (528)

GeneNetworkBuilder (391)

GeneOverlap (1117)

geneplast (339)

geneplotter (4139)

GeneR (69)

geneRecommender (306)

GeneRegionScan (398)

GeneRfold (20)

geneRxCluster (290)

GeneSelectMMD (352)

GeneSelector (129)

GENESIS (725)

GeneSpring (56)

GeneStructureTools (312)

geNetClassifier (374)

GeneticsBase (48)

GeneticsDesign (90)

GeneticsPed (305)

GeneTonic (373)

GeneTraffic (46)

GeneTS (42)

geneXtendeR (325)

GENIE3 (1834)

genoCN (166)

GenoGAM (126)

genomation (1135)

GenomAutomorphism (220)

GenomeBase (15)

GenomeGraphs (157)

GenomeInfoDb (49119)

genomeIntervals (430)

genomes (290)

GenomicAlignments (25442)

GenomicCoordinates (23)

GenomicDataCommons (1260)

GenomicDistributions (295)

GenomicFeatures (18924)

GenomicFiles (1238)

genomicInstability (219)

GenomicInteractionNodes (198)

GenomicInteractions (699)

GenomicOZone (241)

GenomicPlot (230)

GenomicRanges (53262)

GenomicScores (933)

GenomicSuperSignature (274)

GenomicTuples (323)

Genominator (145)

genoset (165)

genotypeeval (129)

GenoView (29)

genphen (138)

GenProSeq (178)

GenRank (45)

GenVisR (520)

GeoDiff (227)

GEOexplorer (150)

GEOfastq (192)

GEOmetadb (541)

geomeTriD (191)

GeomxTools (617)

GEOquery (13543)

GEOsearch (48)

GEOsubmission (298)

GeoTcgaData (239)

gep2pep (231)

gespeR (194)

getDEE2 (217)

geva (218)

GEWIST (237)

geyser (144)

gff3Plotter (21)

gg4way (194)

GGBase (221)

ggbio (3045)

ggcyto (1395)

ggkegg (564)

ggmanh (264)

ggmsa (836)

GGPA (216)

ggsc (235)

ggseqalign (133)

ggspavis (514)

GGtools (286)

ggtree (32027)

ggtreeDendro (187)

ggtreeExtra (2125)

ggtreeSpace (152)

GIGSEA (228)

ginmappeR (142)

gINTomics (146)

girafe (388)

GISPA (152)

GLAD (547)

GladiaTOX (239)

Glimma (1178)

glmGamPoi (6620)

glmSparseNet (331)

GlobalAncova (1497)

globalSeq (256)

globaltest (2296)

GloScope (187)

glycoTraitR (35)

gmapR (343)

GmicR (242)

gmoviz (288)

GMRP (313)

GNET2 (231)

GNOSIS (185)

GOaGO (18)

goatea (62)

goCluster (18)

GOexpress (433)

GOfan (31)

GOfuncR (430)

GOFunction (161)

GoogleGenomics (75)

GOpro (348)

goProfiles (485)

GOSemSim (24582)

goseq (1770)

GOSim (226)

goSorensen (194)

goSTAG (338)

GOstats (1748)

GOsummaries (174)

GOTHiC (502)

goTools (358)

GPA (194)

gpart (119)

gpls (512)

gprege (122)

gpuMagic (176)

gQTLBase (119)

gQTLstats (134)

GrafGen (172)

gramm4R (26)

GRaNIE (276)

granulator (176)

graper (230)

graph (23923)

GraphAlignment (261)

GraphAT (397)

GraphExperiment (18)

graphite (5502)

GraphPAC (193)

GRENITS (261)

GreyListChIP (1415)

GRmetrics (322)

groHMM (393)

GRridge (133)

GSABenchmark (25)

GSALightning (226)

GSAR (376)

GSCA (299)

gscreend (239)

GSEABase (11872)

GSEABenchmarkeR (323)

GSEAlm (431)

GSEAmining (241)

gsean (271)

GSgalgoR (233)

GSReg (296)

GSRI (352)

GSVA (10471)

gtrellis (410)

GUIDEseq (430)

Guitar (425)

gVenn (112)

Gviz (3814)

GWAS.BAYES (238)

gwascat (899)

GWASTools (940)

gwasurvivr (265)

GWENA (273)

gypsum (4580)

H

h5mread (12376)

h5vc (542)

hammers (23)

hapFabia (328)

Harman (436)

HarmonizR (215)

Harshlight (291)

hca (147)

HCABrowser (49)

HCAExplorer (23)

HCAMatrixBrowser (14)

HCsnip (97)

HDF5Array (17800)

HDTD (218)

hdxmsqc (173)

heatmaps (501)

Heatplus (578)

HelloRanges (464)

HELP (348)

HEM (358)

hermes (313)

HERON (194)

Herper (209)

hexbin (100)

HGC (200)

hiAnnotator (297)

HIBAG (383)

HicAggR (179)

HiCaptuRe (99)

HiCBricks (349)

HiCcompare (571)

HiCDCPlus (264)

HiCDOC (247)

HiCExperiment (283)

HiContacts (290)

HiCool (132)

HiCParser (136)

HiCPotts (104)

hicrep (36)

hicVennDiagram (185)

hierGWAS (284)

hierinf (189)

HilbertCurve (380)

HilbertVis (433)

HilbertVisGUI (165)

HiLDA (286)

hipathia (314)

HIPPO (213)

hiReadsProcessor (234)

HIREewas (261)

HiSpaR (25)

HistoImagePlot (23)

HiTC (501)

hmdbQuery (266)

HMMcopy (593)

HoloFoodR (161)

hoodscanR (234)

hopach (720)

HPAanalyze (388)

hpar (687)

HPAStainR (41)

HPiP (201)

HTqPCR (476)

HTSanalyzeR (149)

HTSeqGenie (90)

htSeqTools (150)

HTSFilter (577)

HuBMAPR (148)

HubPub (644)

HumanTranscriptomeCompendium (125)

hummingbird (219)

HVP (120)

HybridExpress (172)

HybridMTest (320)

hypeR (264)

hyperdraw (373)

hypergraph (430)

I

iASeq (224)

iasva (276)

iBBiG (301)

Ibex (80)

ibh (285)

iBMQ (217)

iCARE (262)

Icens (689)

icetea (283)

iCheck (298)

iChip (343)

iClusterPlus (560)

iCNV (225)

iCOBRA (621)

ideal (420)

IdeoViz (339)

idiogram (439)

IdMappingAnalysis (113)

IdMappingRetrieval (94)

idpr (250)

idr2d (296)

IFAA (185)

iFlow (32)

igblastr (174)

iGC (267)

IgGeneUsage (236)

igvR (336)

igvShiny (238)

IHW (1297)

illuminaio (3349)

ILoReg (257)

ImageArray (23)

imageFeatureTCGA (18)

imageHTS (208)

imageTCGA (136)

imageTCGAutils (23)

IMAS (230)

imcRtools (400)

Imetagene (95)

IMMAN (224)

immApex (438)

immLynx (16)

immReferent (77)

ImmuneSpaceR (159)

immunoClust (292)

immunogenViewer (125)

immunotation (236)

iModMix (91)

IMPCdata (206)

ImpulseDE (35)

ImpulseDE2 (60)

impute (13120)

INDEED (192)

iNETgrate (172)

infercnv (1999)

infinityFlow (230)

Informeasure (179)

InPAS (427)

INPower (279)

inSilicoDb (105)

inSilicoMerging (59)

INSPEcT (433)

INTACT (174)

InTAD (282)

intansv (357)

interacCircos (179)

InteractionSet (2016)

InteractiveComplexHeatmap (689)

interactiveDisplay (499)

interactiveDisplayBase (2919)

InterCellar (269)

IntEREst (327)

InterMineR (186)

IntOMICS (36)

IntramiRExploreR (249)

inveRsion (101)

IONiseR (469)

iontree (67)

iPAC (227)

iPath (179)

ipdDb (246)

IPO (352)

IPPD (110)

IRanges (64446)

IRISFGM (67)

IrisSpatialFeatures (16)

ISAnalytics (236)

iscream (97)

iSEE (731)

iSEEde (215)

iSEEfier (177)

iSEEhex (236)

iSEEhub (228)

iSEEindex (192)

iSEEpathways (202)

iSEEtree (169)

iSEEu (340)

iSeq (258)

ISLET (204)

islify (147)

iSNetwork (27)

isobar (432)

IsoBayes (183)

IsoCorrectoR (254)

IsoCorrectoRGUI (193)

IsoformSwitchAnalyzeR (680)

IsoGeneGUI (205)

ISoLDE (211)

isomiRs (346)

iSPlot (28)

ITALICS (356)

iterativeBMA (302)

iterativeBMAsurv (238)

iterClust (94)

iteremoval (69)

IVAS (332)

ivygapSE (254)

IWTomics (311)

J

jazzPanda (170)

jmosaics (58)

joda (122)

JunctionSeq (93)

jvecfor (22)

K

karyoploteR (1385)

katdetectr (226)

KBoost (170)

KCsmart (376)

kebabs (439)

KEGGgraph (6662)

KEGGlincs (305)

keggorth (27)

keggorthology (490)

KEGGprofile (127)

KEGGREST (43542)

KEGGSOAP (68)

kimod (52)

KinSwingR (249)

kissDE (267)

kmcut (144)

KnowSeq (289)

knowYourCG (173)

koinar (163)

L

LACE (303)

LACHESIS (59)

lapmix (209)

LBE (428)

lcmsPlot (39)

ldblock (316)

LEA (948)

leapR (35)

LedPred (222)

lefser (740)

lemur (213)

les (344)

levi (215)

lfa (407)

Lheuristic (128)

limma (41154)

limmaGUI (387)

limpa (225)

limpca (166)

LimROTS (162)

LINC (62)

LineagePulse (100)

lineagespot (210)

LinkHD (244)

linkSet (90)

Linnorm (460)

LinTInd (209)

lionessR (282)

lipidr (351)

LipidTrend (114)

LiquidAssociation (299)

lisaClust (338)

lmdme (310)

LMGene (198)

lncRna (18)

LOBSTAHS (263)

loci2path (248)

logicFS (362)

logitT (170)

Logolas (60)

lol (76)

LOLA (513)

looking4clusters (91)

LoomExperiment (731)

LowMACA (141)

LPE (370)

LPEadj (164)

lpNet (264)

lpsymphony (1460)

LRBaseDbi (243)

LRcell (228)

LRDE (17)

lumi (1549)

lute (92)

LVSmiRNA (131)

LymphoSeq (308)

M

M3C (761)

M3D (122)

M3Drop (624)

m6Aboost (210)

maanova (233)

Maaslin2 (1183)

maaslin3 (416)

Macarron (152)

macat (273)

maCorrPlot (318)

MACPET (103)

MACSQuantifyR (200)

MACSr (243)

maDB (100)

made4 (618)

MADSEQ (228)

maftools (3126)

MAGAR (230)

MAGeCKFlute (278)

magpie (235)

magrene (195)

MAI (239)

maigesPack (281)

MAIT (294)

makecdfenv (541)

makePlatformDesign (27)

MANOR (355)

manta (158)

MantelCorr (284)

MAPFX (178)

mAPKL (154)

maPredictDSC (282)

mapscape (228)

mariner (202)

markeR (94)

marr (252)

marray (2386)

martini (277)

maser (354)

maSigPro (690)

maskBAD (327)

MassArray (248)

massiR (354)

MassSpecWavelet (2361)

MAST (2816)

mastR (242)

matchBox (254)

matchprobes (57)

MatrixGenerics (49381)

MatrixQCvis (240)

MatrixRider (319)

matter (535)

MaxContrastProjection (49)

MBAmethyl (212)

MBASED (380)

MBCB (278)

MBECS (221)

mbkmeans (813)

mbOmic (29)

mBPCR (360)

MBQN (267)

mbQTL (142)

MBttest (296)

mcaGUI (115)

MCbiclust (329)

MCRestimate (127)

mCSEA (338)

mdgsa (128)

mdp (292)

mdqc (349)

MDSvis (22)

MDTS (236)

MEAL (383)

MeasurementError.cor (252)

MEAT (295)

MEB (264)

MEDIPS (489)

MEDME (347)

megadepth (282)

MEIGOR (305)

Melissa (184)

MeLSI (20)

memes (395)

MergeMaid (201)

Mergeomics (282)

MeSHDbi (477)

meshes (396)

meshr (408)

MeSHSim (29)

MesKit (327)

messina (335)

metaArray (169)

Metab (149)

metabCombiner (259)

metabinR (197)

MetaboAnnotation (370)

MetaboAnnotatoR (21)

MetaboCoreUtils (3405)

MetaboDynamics (156)

metabolomicsWorkbenchR (290)

metabom8 (21)

metabomxtr (283)

MetaboSignal (381)

metaCCA (226)

MetaCyto (264)

MetaDICT (92)

metagene (267)

metagene2 (341)

metagenomeFeatures (92)

metagenomeSeq (2228)

metahdep (283)

metaMS (377)

MetaNeighbor (303)

MetaPhOR (210)

metapod (6925)

metapone (225)

MetaProViz (31)

metaSeq (317)

metaseqR (165)

metaseqR2 (318)

metavizr (121)

MetaVolcanoR (109)

metaX (26)

MetCirc (297)

MethCP (86)

methimpute (294)

methInheritSim (268)

methodical (167)

MethPed (308)

MethReg (287)

methrix (388)

MethTargetedNGS (247)

methVisual (140)

methyAnalysis (173)

MethylAid (377)

methylCC (309)

methylclock (422)

methylGSA (360)

methyLImp2 (176)

methylInheritance (310)

methylKit (1213)

MethylMix (374)

methylMnM (332)

methylPipe (399)

methylscaper (235)

MethylSeekR (494)

methylSig (331)

methylumi (1863)

methyvim (57)

MetID (236)

MetMashR (138)

MetNet (331)

mfa (279)

Mfuzz (1650)

MGFM (318)

MGFR (263)

MGnifyR (187)

mgsa (344)

mia (2032)

miaDash (142)

miaSim (233)

miaTime (127)

miaViz (544)

MiChip (318)

microbiome (2586)

microbiomeDASim (197)

microbiomeExplorer (231)

microbiomeMarker (449)

MicrobiomeProfiler (247)

MicrobiotaProcess (654)

microRNA (853)

microSTASIS (101)

MICSQTL (188)

midasHLA (203)

MIGSA (141)

miloR (1180)

mimager (289)

MIMOSA (169)

mina (192)

MineICA (430)

minet (1019)

minfi (2850)

MinimumDistance (405)

MiPP (360)

miQC (363)

MIRA (318)

MiRaGE (450)

miRBaseConverter (433)

miRcomp (315)

mirIntegrator (311)

MIRit (199)

miRLAB (332)

miRmine (173)

miRNAmeConverter (241)

miRNApath (261)

miRNAtap (370)

miRSM (299)

miRsponge (29)

miRspongeR (277)

Mirsynergy (82)

mirTarRnaSeq (243)

missMethyl (1374)

missRows (244)

mist (134)

mistyR (321)

mitch (317)

mitoClone2 (216)

mitology (174)

mitoODE (81)

mixOmics (4587)

MLInterfaces (871)

mlm4omics (17)

MLP (503)

MLSeq (396)

MMAPPR2 (59)

MMDiff (100)

MMDiff2 (353)

mmgmos (24)

mmnet (64)

MmPalateMiRNA (137)

MMUPHin (341)

mnem (325)

moanin (236)

mobileRNA (182)

MobilityTransformR (50)

MODA (250)

ModCon (181)

Modstrings (338)

MOFA (42)

MOFA2 (1341)

MOGAMUN (222)

mogsa (478)

MoleculeExperiment (197)

MOMA (261)

monaLisa (385)

monocle (3990)

Moonlight2R (197)

MoonlightR (323)

MoPS (83)

mosaics (498)

mosbi (227)

MOSClip (166)

mosdef (407)

MOSim (288)

Motif2Site (218)

motifbreakR (491)

motifcounter (254)

MotifDb (1131)

motifmatchr (1890)

MotifPeeker (146)

motifRG (136)

motifStack (1161)

motifTestR (199)

MotIV (171)

MouseFM (207)

MPAC (143)

MPFE (207)

mpra (344)

MPRAnalyze (265)

MQmetrics (63)

mQTL.NMR (90)

msa (2571)

MSA2dist (240)

MsBackendMassbank (246)

MsBackendMetaboLights (188)

MsBackendMgf (831)

MsBackendMsp (443)

MsBackendRawFileReader (259)

MsBackendSql (240)

MsCoreUtils (4516)

MsDataHub (302)

MSEADbi (14)

MsExperiment (1750)

MsFeatures (2001)

msgbsR (295)

MSGFgui (131)

MSGFplus (106)

msImpute (262)

mslp (144)

msmsEDA (457)

msmsTests (485)

MSnbase (4411)

MSnID (572)

mspms (192)

MSPrep (202)

msPurity (352)

msqrob2 (362)

MsQuality (207)

MSstats (967)

MSstatsBig (190)

MSstatsBioNet (175)

MSstatsConvert (786)

MSstatsLiP (293)

MSstatsLOBD (179)

MSstatsPTM (428)

MSstatsQC (272)

MSstatsQCgui (187)

MSstatsResponse (105)

MSstatsSampleSize (89)

MSstatsShiny (250)

MSstatsTMT (550)

MSstatsTMTPTM (22)

MSTree (2)

MTseeker (32)

MuData (241)

Mulcom (339)

MultiAssayExperiment (8213)

MultiBaC (249)

multiClust (316)

multicrispr (263)

MultiDataSet (2082)

multiGSEA (334)

multiHiCcompare (375)

MultiMed (279)

multiMiR (868)

MultimodalExperiment (206)

multiOmicsViz (135)

MultiRNAflow (195)

multiscan (322)

multiSight (64)

multistateQTL (160)

multiWGCNA (207)

multtest (13302)

mumosa (264)

MungeSumstats (829)

muscat (1042)

muscle (616)

musicatk (283)

MutationalPatterns (652)

mutscan (104)

MutSeqR (50)

MVCClass (333)

mvGST (69)

MWASTools (357)

mygene (618)

myvariant (379)

mzID (4025)

mzR (4638)

N

NADfinder (331)

NanoMethViz (299)

NanoStringDiff (295)

NanoStringNCTools (643)

NanoStringQCPro (153)

nanotatoR (98)

NanoTube (276)

NarrowPeaks (126)

NBAMSeq (238)

NBSplice (92)

ncdfFlow (1738)

ncGTW (225)

NCIgraph (235)

ncRNAtools (236)

ndexr (243)

neaGUI (63)

nearBynding (258)

Nebulosa (1572)

NeighborNet (85)

nem (271)

nempi (227)

NetActivity (203)

netbenchmark (63)

netbiov (164)

netboost (216)

netboxr (63)

netDx (91)

nethet (302)

netOmics (88)

NetPathMiner (296)

netprioR (220)

netReg (42)

netresponse (339)

NetSAM (313)

netSmooth (299)

networkBMA (130)

netZooR (143)

NeuCA (96)

NewWave (257)

NGScopy (77)

ngsReports (298)

nipalsMCIA (206)

nnNorm (349)

nnSVG (282)

NOISeq (805)

nondetects (321)

NoRCE (275)

normalize450K (267)

NormalyzerDE (442)

NormqPCR (408)

normr (381)

notame (114)

notameStats (84)

notameViz (101)

NPARC (261)

npGSEA (357)

NTW (250)

nucleoSim (286)

nucleR (460)

nuCpos (233)

nudge (117)

nullranges (378)

NuPoP (324)

NxtIRFcore (81)

O

OAtools (26)

occugene (253)

OCplus (363)

octad (242)

ODER (56)

odseq (254)

OGRE (217)

OGSA (83)

oligo (3402)

oligoClasses (2506)

OLIN (437)

OLINgui (360)

omada (145)

OmaDB (363)

omicade4 (450)

OmicCircos (410)

omicplotR (226)

omicRexposome (291)

omicsGMF (91)

OmicsLonDA (90)

OmicsMarkeR (85)

OmicsMLRepoR (111)

OMICsPCA (322)

omicsPrint (311)

omicsViewer (242)

Omixer (218)

OmnipathR (1641)

ompBAM (234)

omXplore (202)

Onassis (82)

oncomix (252)

oncoscanR (208)

OncoScore (279)

OncoSimulR (333)

oneChannelGUI (155)

oneSENSE (86)

onlineFDR (189)

ontoCAT (86)

ontoProc (429)

ontoTools (87)

openCyto (1250)

openPrimeR (330)

openPrimeRui (103)

OpenStats (182)

OperaMate (40)

oposSOM (359)

oppar (324)

oppti (110)

optimalFlow (210)

OPWeight (270)

OrderedList (356)

ORFhunteR (236)

ORFik (519)

Organism.dplyr (432)

OrganismDbi (3439)

orthogene (842)

orthos (191)

OSAT (309)

Oscope (361)

OSTA.data (221)

OTUbase (391)

OutlierD (160)

OUTRIDER (470)

OutSplice (203)

OVESEG (251)

P

PAA (374)

packFinder (265)

padma (256)

PADOG (504)

pageRank (210)

PAIRADISE (280)

paircompviz (282)

pairedGSEA (186)

pairkat (217)

pairseqsim (13)

pamr (87)

pandaR (357)

panelcn.mops (338)

PAnnBuilder (99)

PanomiR (220)

panoramic (4)

panp (461)

PANR (313)

PanViz (98)

PanVizGenerator (93)

PAPi (129)

parati (22)

pareg (55)

parglms (316)

parody (370)

partCNV (167)

PAST (295)

Path2PPI (292)

pathifier (293)

pathlinkR (194)

pathMED (106)

PathNet (292)

PathoStat (292)

pathprint (52)

pathRender (365)

pathVar (154)

pathview (5539)

pathwayPCA (300)

PathwaySplice (101)

PatientGeneSets (26)

paxtoolsr (182)

Pbase (119)

pbcmc (58)

pcaExplorer (550)

pcaGoPromoter (102)

pcaMethods (6628)

PCAN (331)

PCAtools (1389)

pcot2 (216)

PCpheno (236)

pcxn (90)

PDATK (254)

pdInfoBuilder (502)

pdmclass (179)

PeacoQC (501)

peakCombiner (89)

peakPantheR (247)

PECA (338)

peco (255)

Pedixplorer (194)

pengls (177)

PepSetTest (149)

PepsNMR (309)

pepStat (357)

pepXMLTab (270)

PERFect (95)

periodicDNA (307)

perturbatr (51)

pfamAnalyzeR (400)

PFP (53)

PGA (183)

pgca (183)

PGSEA (294)

pgUtils (50)

pgxRpi (154)

phantasus (302)

phantasusLite (175)

PharmacoGx (641)

phemd (131)

phenoDist (96)

PhenoGeneRanker (160)

phenomis (207)

phenopath (435)

phenoTest (460)

PhenStat (240)

philr (492)

PhIPData (250)

phosphonormalizer (217)

PhosR (414)

phylobar (5)

PhyloProfile (321)

phyloseq (7406)

Pi (165)

piano (818)

PICB (157)

pickgene (289)

PICS (330)

Pigengene (316)

PING (291)

pint (87)

pipeComp (288)

pipeFrame (298)

PIPETS (164)

Pirat (147)

PIUMA (156)

pkgDepTools (221)

plaid (44)

planet (386)

planttfhunter (187)

plasmut (156)

plateCore (179)

plethy (184)

plgem (471)

plier (452)

PlinkMatrix (19)

PloGO2 (93)

plotgardener (432)

plotGrouper (226)

PLPE (311)

plrs (160)

PLSDAbatch (174)

plw (158)

plyinteractions (204)

plyranges (1488)

plyxp (249)

pmm (203)

pmp (342)

PMScanR (95)

PoDCall (190)

podkat (436)

poem (161)

pogos (266)

polyester (289)

Polyfit (95)

PolySTest (151)

Polytect (142)

POMA (351)

posDemux (27)

POST (55)

postNet (29)

PoTRA (58)

PowerExplorer (42)

powerTCR (473)

POWSC (224)

ppcseq (226)

PPInfer (313)

ppiStats (272)

pqsfinder (470)

prada (204)

pram (274)

prebs (361)

preciseTAD (331)

PrecisionTrialDrawer (59)

PREDA (421)

predictionet (110)

preprocessCore (17131)

primirTSS (285)

PrInCE (247)

Prize (46)

proActiv (342)

proBAMr (314)

proBatch (164)

PROcess (370)

procoil (410)

ProCoNA (97)

proDA (444)

proFIA (120)

profileplyr (377)

profileScoreDist (249)

progeny (1066)

projectR (295)

pRoloc (838)

pRolocGUI (384)

PROMISE (317)

PRONE (178)

PROPER (362)

PROPS (266)

Prostar (304)

prot2D (118)

proteasy (55)

proteinProfiles (215)

ProteoDisco (280)

ProteomicsAnnotationHubData (94)

ProteoMM (289)

proteoQC (91)

protGear (234)

ProtGenerics (12854)

PSEA (176)

psichomics (334)

PSICQUIC (147)

PSMatch (3316)

psygenet2r (179)

ptairMS (283)

PTMods (241)

PubScore (58)

pulsedSilac (54)

puma (465)

PureCN (514)

pvac (321)

pvca (571)

Pviz (332)

pwalign (8625)

PWMEnrich (590)

pwOmics (275)

pwrEWAS (69)

Q

qckitfastq (126)

qcmetrics (423)

QDNAseq (732)

QFeatures (3846)

qmtools (222)

qpcrNorm (330)

qpgraph (631)

qPLEXanalyzer (286)

qrqc (203)

QRscore (146)

qsea (352)

qsmooth (315)

QSutils (304)

qsvaR (213)

QTLExperiment (184)

Qtlizer (239)

QUALIFIER (144)

quantiseqr (1090)

quantro (555)

quantsmooth (845)

QuartPAC (162)

QuasR (799)

QuaternaryProd (224)

QUBIC (312)

queeems (14)

qusage (644)

qvalue (25281)

R

R3CPET (345)

r3Cseq (419)

R453Plus1Toolbox (359)

R4RNA (947)

RadioGx (273)

raer (230)

RaggedExperiment (1215)

RAIDS (170)

rain (378)

rama (197)

RamiGO (77)

ramr (240)

ramwas (361)

RandomWalkRestartMH (119)

randPack (300)

randRotation (190)

RankMap (20)

RankProd (605)

RAREsim (172)

RareVariantVis (354)

Rariant (176)

Rarr (512)

rawDiag (164)

rawrr (336)

RbcBook1 (570)

Rbec (157)

RBedMethyl (30)

RBGL (10166)

RBioFormats (435)

RBioinf (268)

rBiopaxParser (740)

rBLAST (278)

RBM (276)

Rbowtie (668)

Rbowtie2 (506)

RbowtieCuda (86)

rbsurv (324)

Rbwa (165)

Rcade (268)

RCAS (393)

RCASPAR (220)

rcellminer (378)

rCGH (531)

Rchemcpp (139)

RchyOptimyx (110)

RcisTarget (1668)

RCM (294)

Rcollectl (93)

Rcpi (396)

RCSL (212)

Rcwl (272)

RcwlPipelines (215)

RCX (213)

RCy3 (1200)

RCyjs (337)

RCytoscape (82)

RDAVIDWebService (145)

Rdbi (66)

RdbiPgSQL (26)

rDGIdb (128)

Rdisop (964)

RDRToolbox (361)

ReactomeContentService4R (75)

ReactomeGraph4R (49)

ReactomeGSA (395)

ReactomePA (5305)

readat (66)

ReadqPCR (405)

reb (218)

REBET (219)

rebook (285)

receptLoss (123)

reconsi (190)

recount (703)

recount3 (942)

recountmethylation (288)

recoup (430)

RedeR (558)

RedisParam (174)

REDseq (356)

ReducedExperiment (163)

RefNet (119)

RefPlus (304)

Rega (21)

RegEnrich (349)

regionalpcs (138)

RegionalST (184)

regioneR (2459)

regioneReloaded (205)

regionReport (469)

regsplice (275)

regutools (280)

REMP (320)

Repitools (481)

ReportingTools (986)

reposTools (25)

RepViz (212)

ReQON (201)

ResidualMatrix (4903)

RESOLVE (190)

Resourcerer (70)

restfulSE (176)

retrofit (184)

ReUseData (161)

rexposome (374)

rfaRm (246)

Rfastp (281)

RFGeneRank (15)

RFLOMICS (153)

rflowcyt (99)

rfPred (348)

rGADEM (466)

RGalaxy (145)

rGenomeTracks (188)

Rgin (53)

RGMQL (75)

RgnTX (158)

rgoslin (283)

RGraph2js (298)

Rgraphviz (10584)

rGREAT (1045)

RGSEA (317)

rgsepd (338)

rhdf5 (26465)

rhdf5client (322)

rhdf5filters (24703)

Rhdf5lib (27313)

rhinotypeR (153)

Rhisat2 (329)

Rhtslib (26620)

rHVDM (195)

RiboCrypt (259)

RiboDiPA (257)

RiboProfiling (342)

ribor (239)

riboSeqR (374)

ribosomeProfilingQC (297)

rifi (179)

rifiComparative (173)

Rigraphlib (1394)

rigvf (141)

RImmPort (229)

Ringo (416)

Rintact (40)

RIPAT (85)

RIPSeeker (156)

Risa (268)

RITAN (235)

RIVER (293)

RJMCMCNucleosomes (288)

RLassoCox (186)

RLMM (281)

RLSeq (65)

RMAGEML (26)

Rmagpie (311)

RMAPPER (51)

RMassBank (493)

rMAT (124)

rmelting (231)

RmiR (137)

Rmmquant (257)

rmspc (222)

RNAAgeCalc (307)

RNAdecay (185)

rnaEditr (234)

RNAinteract (181)

RNAither (182)

RNAmodR (289)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (253)

RNAmodR.ML (284)

RNAmodR.RiboMethSeq (236)

RNAprobR (99)

RNAsense (240)

rnaseqcomp (305)

RNAseqCovarImpute (171)

rnaSeqMap (217)

RNASeqPower (389)

RNASeqR (70)

RnaSeqSampleSize (346)

RNAshapeQC (26)

RnBeads (664)

Rnits (318)

roar (370)

roastgsa (186)

ROC (1632)

ROCpAI (216)

RolDE (199)

Roleswitch (115)

Rolexa (95)

rols (848)

ROntoTools (484)

ropls (2130)

ROSeq (268)

ROTS (501)

RPA (395)

rprimer (238)

RProtoBufLib (3022)

RpsiXML (283)

rpx (810)

Rqc (564)

rqt (244)

rqubic (306)

rRDP (288)

Rredland (32)

RRHO (318)

rrvgo (908)

Rsamtools (29376)

rsbml (364)

rScudo (277)

rsemmed (201)

RSeqAn (226)

rSFFreader (115)

RSNPper (42)

Rsubread (2416)

RSVSim (376)

rSWeeP (243)

rTANDEM (131)

RTCA (294)

RTCGA (781)

RTCGAToolbox (839)

RTN (492)

RTNduals (264)

RTNsurvival (281)

RTools4TB (13)

RTopper (393)

Rtpca (255)

rtracklayer (24129)

Rtreemix (254)

rTRM (445)

rTRMui (302)

RUCova (175)

runibic (200)

Ruuid (65)

RUVcorr (276)

RUVnormalize (326)

RUVSeq (1251)

Rvisdiff (188)

RVS (244)

RWebServices (32)

rWikiPathways (609)

S

S4Arrays (50131)

S4Vectors (67026)

safe (915)

SAGElyzer (32)

sagenhaft (323)

SAGx (204)

SAIGEgds (253)

samExploreR (50)

sampleClassifier (228)

SamSPECTRAL (362)

sangeranalyseR (395)

sangerseqR (826)

SanityR (100)

SANTA (309)

sapFinder (115)

saps (26)

SARC (111)

sarks (227)

saseR (172)

satuRn (566)

savR (88)

SBGNview (318)

sbgr (9)

SBMLR (339)

SC3 (713)

scafari (124)

Scale4C (284)

ScaledMatrix (15348)

scAlign (92)

SCAN.UPC (453)

scanMiR (251)

scanMiRApp (231)

scAnnotatR (241)

SCANVIS (239)

SCArray (258)

SCArray.sat (178)

SCATE (65)

scater (9541)

scatterHatch (172)

scBFA (251)

SCBN (216)

scBubbletree (214)

scCB2 (245)

scClassifR (32)

scClassify (330)

sccomp (298)

scConform (22)

scDataviz (259)

scDblFinder (3456)

scDD (465)

scDDboost (207)

scde (687)

scDesign3 (220)

scDiagnostics (177)

scDotPlot (198)

scds (845)

scECODA (21)

SCFA (228)

scFeatureFilter (257)

scFeatures (222)

scfind (38)

scGPS (281)

scGraphVerse (88)

schex (326)

scHiCcompare (146)

scHOT (283)

scider (209)

scifer (210)

ScISI (260)

scLANE (95)

scLang (27)

scMAGeCK (46)

scmap (615)

scMerge (596)

scMET (217)

scmeth (303)

scMitoMut (157)

scMultiSim (201)

SCnorm (364)

scone (423)

Sconify (237)

SCOPE (288)

scoreInvHap (276)

scoup (149)

scp (397)

scPassport (21)

scPCA (307)

scPipe (379)

scQTLtools (119)

scran (7331)

scrapper (1512)

scReClassify (263)

scRecover (272)

screenCounter (186)

ScreenR (168)

scRepertoire (945)

scRNAseqApp (234)

scruff (312)

scry (550)

scShapes (167)

scsR (109)

scTensor (271)

scTGIF (295)

scTHI (225)

scToppR (24)

scTreeViz (223)

scTypeEval (21)

scuttle (11586)

scviR (156)

SDAMS (235)

seahtrue (181)

sechm (293)

segmenter (229)

segmentSeq (445)

selectKSigs (196)

SELEX (306)

SemDist (329)

semisup (215)

SEMPLR (31)

SemSim (38)

SEPA (52)

SEPIRA (134)

seq.hotSPOT (160)

seq2pathway (269)

seqArchR (167)

seqArchRplus (140)

SeqArray (1236)

seqbias (219)

seqCAT (292)

seqCNA (143)

seqcombo (206)

SeqGate (218)

SeqGSEA (395)

Seqinfo (29675)

seqLogo (3898)

seqPattern (1133)

seqplots (154)

seqsetvis (358)

SeqSQC (335)

Seqtometry (24)

seqTools (253)

SeqVarTools (773)

SEraster (154)

sesame (1113)

SETA (94)

SEtools (254)

sevenbridges (322)

sevenC (330)

sfi (29)

SGCP (199)

SGSeq (605)

SharedObject (326)

shiny.gosling (117)

shinybiocloader (91)

shinyDSP (157)

shinyepico (251)

shinyMethyl (387)

shinyTANDEM (88)

ShortRead (7139)

SIAMCAT (343)

SICtools (296)

sigaR (130)

SigCheck (318)

sigFeature (449)

SigFuge (286)

siggenes (3799)

sights (255)

signatureSearch (374)

signeR (356)

signet (32)

signifinder (221)

sigPathway (211)

SigsPack (254)

sigsquared (266)

SIM (342)

SIMAT (273)

SimBindProfiles (174)

SimBu (213)

SIMD (212)

SimFFPE (224)

similaRpeak (317)

SIMLR (436)

simona (960)

simPIC (164)

simpleaffy (246)

simpleSeg (324)

simplifyEnrichment (1408)

simulatorAPMS (36)

simulatorZ (135)

sincell (331)

singIST (26)

single (110)

SingleCellAlleleExperiment (188)

SingleCellExperiment (21363)

SingleCellSignalR (440)

singleCellTK (547)

SingleMoleculeFootprinting (218)

SingleR (5879)

singscore (2126)

SiPSiC (163)

SISPA (112)

sitadela (235)

Site2Target (137)

sitePath (265)

sizepower (303)

SJava (26)

sketchR (179)

skewr (301)

slalom (209)

SLGI (227)

slingshot (3127)

slinky (80)

SLqPCR (275)

SMAD (200)

SMAP (197)

smartid (166)

SmartPhos (54)

SMITE (333)

smoothclust (150)

smoppix (151)

SMTrackR (30)

SNAGEE (292)

snapCGH (301)

snapcount (239)

snifter (615)

snm (358)

SNPchip (236)

SNPediaR (227)

SNPhood (400)

snpMatrix (40)

SNPRelate (2323)

snpStats (2697)

soGGi (536)

sojourner (66)

SomatiCA (75)

SomaticSignatures (416)

SOMNiBUS (209)

sosta (196)

SpaceMarkers (167)

SpacePAC (231)

SpaceTrooper (146)

spacexr (467)

spade (63)

Spaniel (277)

SpaNorm (207)

spARI (99)

sparrow (513)

SparseArray (55824)

sparseDOSSA (106)

sparseMatrixStats (18833)

sparsenetgls (202)

SparseSignatures (307)

spaSim (206)

SpatialArtifacts (27)

SpatialCPie (248)

spatialDE (279)

SpatialDecon (363)

SpatialExperiment (8416)

SpatialExperimentIO (217)

spatialFDA (183)

SpatialFeatureExperiment (375)

spatialHeatmap (250)

SpatialOmicsOverlay (203)

spatialSimGP (141)

spatzie (150)

speckle (523)

specL (332)

SpeCond (329)

Spectra (3803)

SpectralTAD (299)

SpectraQL (146)

SpectriPy (92)

SPEM (291)

SPIA (1096)

SPIAT (273)

SPICEY (95)

spicyR (417)

SpidermiR (140)

SpiecEasi (54)

spikeLI (307)

spiky (227)

spillR (155)

spkTools (317)

splatter (774)

splicegear (163)

SpliceImpactR (24)

splicelogic (19)

spliceR (138)

spliceSites (95)

SpliceWiz (314)

SplicingFactory (201)

SplicingGraphs (409)

SplineDV (162)

splineTCDiffExpr (6)

splineTimeR (303)

SPLINTER (299)

splots (385)

SpNeigh (30)

SPONGE (301)

spoon (152)

SpotClean (246)

SPOTlight (522)

spotSegmentation (93)

SpotSweeper (285)

spqn (250)

SPsimSeq (275)

SQLDataFrame (174)

SQUADD (129)

squallms (149)

sRACIPE (289)

SRAdb (729)

sRAP (88)

SRGnet (57)

srnadiff (278)

sscore (246)

sscu (285)

sSeq (356)

ssize (325)

sSNAPPY (236)

SSPA (267)

ssPATHS (232)

ssrch (215)

ssviz (299)

StabMap (170)

STADyUM (101)

stageR (518)

stam (46)

STAN (170)

standR (344)

staRank (156)

StarBioTrek (137)

staRgate (48)

Starr (186)

STATegRa (417)

StatescopeR (27)

Statial (268)

statTarget (424)

STdeconvolve (99)

stepNorm (321)

stepwiseCM (75)

stJoincount (200)

stPipe (109)

strandCheckR (268)

Streamer (307)

STRINGdb (3425)

STROMA4 (176)

struct (378)

Structstrings (301)

structToolbox (289)

StructuralVariantAnnotation (420)

SubCellBarCode (245)

subSeq (361)

SUITOR (178)

SummarizedBenchmark (178)

SummarizedExperiment (49687)

Summix (171)

SuperCellCyto (99)

supersigs (270)

supraHex (361)

surfaltr (255)

SurfR (172)

survClust (142)

survcomp (1964)

survtype (234)

Sushi (224)

sva (10029)

svaNUMT (221)

SVAPLSseq (82)

svaRetro (218)

SVM2CRM (89)

SVMDO (190)

SVP (174)

SWATH2stats (279)

SwathXtend (208)

swfdr (314)

SwimR (94)

switchBox (280)

switchde (278)

synapsis (211)

synapter (316)

synergyfinder (420)

SynExtend (274)

synlet (242)

SynMut (223)

syntenet (307)

systemPipeR (1785)

systemPipeShiny (245)

systemPipeTools (226)

T

tadar (188)

TADCompare (270)

tanggle (257)

TAPseq (269)

target (276)

TargetDecoy (227)

TargetScore (290)

TargetSearch (305)

TarSeqQC (152)

TaxSEA (155)

TBSignatureProfiler (297)

TCC (580)

TCGAbiolinks (6095)

TCGAbiolinksGUI (85)

TCGAutils (1027)

TCseq (718)

TDARACNE (149)

TDbasedUFE (190)

TDbasedUFEadv (223)

TEKRABber (213)

TENET (155)

TENxIO (353)

tenXplore (293)

TEQC (399)

terapadog (153)

ternarynet (257)

terraTCGAdata (187)

TFARM (239)

TFBSTools (3879)

TFEA.ChIP (372)

TFHAZ (324)

TFutils (335)

tidybulk (516)

tidyCoverage (192)

tidyexposomics (49)

tidyFlowCore (142)

tidyomics (175)

tidyprint (32)

tidysbml (145)

tidySingleCellExperiment (522)

tidySpatialExperiment (233)

tidySummarizedExperiment (433)

tidytof (76)

tigre (392)

TileDBArray (235)

tilingArray (484)

timecourse (493)

timeOmics (279)

timescape (215)

TimeSeriesExperiment (91)

TimiRGeN (89)

TIN (341)

TissueEnrich (416)

TitanCNA (260)

tkWidgets (2024)

tLOH (208)

TMixClust (268)

TMSig (155)

TNBC.CMS (89)

TnT (296)

TOAST (788)

tofsims (93)

tomoda (213)

tomoseqr (204)

TOP (193)

ToPASeq (96)

topconfects (355)

topdownr (318)

topGO (2756)

toppgene (16)

ToxicoGx (288)

TPP (423)

TPP2D (248)

tpSVG (163)

tracktables (465)

trackViewer (989)

tradeSeq (1309)

TrajectoryGeometry (171)

TrajectoryUtils (3231)

transcriptogramer (325)

transcriptR (350)

transformGamPoi (242)

transite (260)

tRanslatome (366)

transmogR (169)

transomics2cytoscape (221)

TransView (359)

TraRe (47)

traseR (365)

Travel (11)

traviz (103)

TreeAndLeaf (285)

treeclimbR (169)

treeio (29161)

treekoR (271)

TreeSummarizedExperiment (2731)

TREG (224)

trena (175)

TReNA (6)

Trendy (293)

TRESS (247)

tricycle (532)

TrIdent (135)

triform (100)

trigger (214)

trio (367)

triplex (433)

tripr (236)

tRNA (330)

tRNAdbImport (278)

tRNAscanImport (287)

TRONCO (441)

TSAR (152)

TSCAN (772)

tscR (65)

tspair (158)

TSRchitect (155)

TSSi (114)

ttgsea (190)

TTMap (298)

TurboNorm (374)

TVTB (371)

tweeDEseq (366)

twilight (446)

twoddpcr (284)

txcutr (213)

txdbmaker (6024)

tximeta (1861)

tximport (4986)

TxRegInfra (43)

TypeInfo (191)

U

UCell (2287)

UCSC.utils (33533)

Ularcirc (306)

UMI4Cats (291)

uncoverappLib (237)

UNDO (320)

unifiedWMWqPCR (270)

UniProt.ws (1086)

Uniquorn (320)

universalmotif (1539)

updateObject (211)

UPDhmm (165)

uSORT (334)

V

VAExprs (203)

VanillaICE (566)

VarCon (249)

variancePartition (2017)

VariantAnnotation (9721)

VariantExperiment (161)

VariantFiltering (421)

VariantTools (407)

vasp (21)

VaSP (289)

vbmp (383)

VCFArray (301)

VDJdive (201)

Vega (95)

VegaMC (368)

velociraptor (342)

veloviz (185)

VennDetail (408)

VERSO (203)

vidger (302)

viper (1411)

virtualArray (27)

ViSEAGO (356)

VisiumIO (302)

visiumStitched (168)

vissE (286)

VISTA (21)

vmrseq (152)

Voyager (339)

VplotR (280)

vsclust (207)

vsn (6660)

vtpnet (328)

vulcan (228)

W

waddR (161)

wateRmelon (1116)

wavClusteR (339)

waveTiling (148)

wavFeatExt (18)

weaver (295)

webbioc (418)

weitrix (314)

widgetInvoke (21)

widgetTools (1952)

wiggleplotr (361)

wpm (240)

wppi (169)

Wrench (2164)

X

XAItest (143)

XBSeq (177)

xCell2 (262)

XCIR (27)

xcms (2544)

xcore (226)

XDE (465)

XeniumIO (145)

xenLite (156)

Xeva (263)

XINA (248)

xmapbridge (281)

xmapcore (25)

XNAString (145)

xps (151)

XVector (60199)

Y

y2hStat (26)

yamss (370)

YAPSA (383)

yaqcaffy (251)

yarn (371)

Z

ZarrArray (78)

zellkonverter (3434)

zenith (317)

zFPKM (270)

zinbwave (1059)

zitools (149)

zlibbioc (24209)

ZygosityPredictor (190)