See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sat. 26 Oct 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (59758) 26 biomaRt (23524) 51 preprocessCore (14135)
2 GenomeInfoDb (57415) 27 DESeq2 (21802) 52 BiocSingular (12563)
3 BiocGenerics (56893) 28 rtracklayer (21284) 53 multtest (12498)
4 S4Vectors (56611) 29 ggtree (21087) 54 genefilter (12464)
5 zlibbioc (53125) 30 treeio (20163) 55 ScaledMatrix (12376)
6 IRanges (52446) 31 rhdf5 (20113) 56 VariantAnnotation (12264)
7 XVector (48851) 32 BiocIO (19990) 57 ProtGenerics (11844)
8 Biobase (48467) 33 GenomicFeatures (19919) 58 AnnotationHub (11793)
9 Biostrings (47415) 34 rhdf5filters (19482) 59 AnnotationFilter (11051)
10 GenomicRanges (44105) 35 DOSE (19047) 60 BiocNeighbors (10866)
11 DelayedArray (41989) 36 clusterProfiler (18933) 61 impute (10536)
12 BiocParallel (41529) 37 graph (18807) 62 ensembldb (10261)
13 MatrixGenerics (39697) 38 enrichplot (18094) 63 Rgraphviz (9769)
14 SummarizedExperiment (38955) 39 GOSemSim (17867) 64 scuttle (9732)
15 S4Arrays (38501) 40 annotate (17810) 65 GEOquery (9586)
16 KEGGREST (37062) 41 qvalue (17734) 66 RBGL (9462)
17 AnnotationDbi (36241) 42 fgsea (17399) 67 GSEABase (8928)
18 SparseArray (35855) 43 BSgenome (16682) 68 interactiveDisplayBase (8559)
19 limma (32444) 44 DelayedMatrixStats (16093) 69 affyio (8216)
20 BiocFileCache (26420) 45 beachmat (15915) 70 affy (8134)
21 Rhtslib (24997) 46 sparseMatrixStats (15637) 71 ExperimentHub (7694)
22 GenomicAlignments (24258) 47 SingleCellExperiment (15480) 72 sva (7376)
23 Rhdf5lib (24041) 48 ComplexHeatmap (15010) 73 scater (7298)
24 Rsamtools (23887) 49 UCSC.utils (14348) 74 GSVA (6618)
25 edgeR (23548) 50 HDF5Array (14251) 75 BiocBaseUtils (6408)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (115)

a4Base (178)

a4Classif (141)

a4Core (191)

a4Preproc (197)

a4Reporting (142)

ABAEnrichment (19)

ABarray (108)

abseqR (74)

ABSSeq (138)

acde (85)

ACE (110)

aCGH (243)

ACME (115)

ADaCGH2 (100)

ADAM (200)

ADAMgui (111)

adaptest (10)

adductomicsR (73)

ADImpute (86)

adSplit (98)

adverSCarial (49)

AffiXcan (73)

affxparser (1653)

affy (8134)

affycomp (122)

AffyCompatible (44)

affyContam (145)

affycoretools (414)

AffyExpress (31)

affyILM (103)

affyio (8216)

affylmGUI (120)

affyPara (33)

affypdnn (31)

affyPLM (1124)

affyQCReport (37)

AffyRNADegradation (85)

AffyTiling (19)

AGDEX (88)

aggregateBioVar (85)

Agi4x44PreProcess (9)

agilp (111)

AgiMicroRna (157)

AHMassBank (64)

AIMS (424)

airpart (81)

alabaster (60)

alabaster.base (1573)

alabaster.bumpy (99)

alabaster.files (53)

alabaster.mae (104)

alabaster.matrix (1546)

alabaster.ranges (1492)

alabaster.sce (553)

alabaster.schemas (1364)

alabaster.se (1424)

alabaster.spatial (100)

alabaster.string (116)

alabaster.vcf (107)

ALDEx2 (1205)

alevinQC (99)

AllelicImbalance (122)

AlphaBeta (67)

AlphaMissenseR (40)

alpine (38)

ALPS (9)

AlpsNMR (81)

alsace (22)

altcdfenvs (145)

AMARETTO (202)

AMOUNTAIN (110)

amplican (102)

ampliQueso (19)

AnalysisPageServer (14)

anamiR (12)

Anaquin (75)

ANCOMBC (1242)

AneuFinder (105)

ANF (69)

animalcules (203)

annaffy (293)

AnnBuilder (5)

annmap (132)

annotate (17810)

AnnotationDbi (36241)

AnnotationFilter (11051)

AnnotationForge (2304)

AnnotationFuncs (29)

AnnotationHub (11793)

AnnotationHubData (389)

annotationTools (149)

annotatr (491)

anota (108)

anota2seq (95)

antiProfiles (84)

AnVIL (577)

AnVILAz (10)

AnVILBase (17)

AnVILBilling (61)

AnVILGCP (9)

AnVILPublish (72)

AnVILWorkflow (54)

APAlyzer (87)

apComplex (95)

apeglm (3583)

APL (198)

applera (1)

appreci8R (107)

aroma.light (2026)

ArrayExpress (457)

ArrayExpressHTS (30)

arrayMagic (5)

arrayMvout (87)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (154)

arrayQualityMetrics (492)

ArrayTools (30)

ArrayTV (26)

ARRmNormalization (85)

artMS (95)

ASAFE (67)

ASEB (80)

ASGSCA (78)

ASICS (106)

asmn (5)

ASpediaFI (13)

ASpli (120)

AssessORF (146)

ASSET (127)

ASSIGN (137)

assorthead (174)

ASURAT (74)

ATACCoGAPS (56)

ATACseqQC (388)

ATACseqTFEA (74)

atena (122)

AtlasRDF (11)

atSNP (96)

attract (104)

AUCell (2394)

autonomics (65)

Autotuner (9)

AWFisher (74)

awst (63)

B

BaalChIP (83)

BAC (26)

bacon (127)

BADER (85)

BadRegionFinder (75)

BAGS (90)

ballgown (671)

bambu (296)

bamsignals (1077)

BANDITS (130)

bandle (70)

Banksy (79)

banocc (92)

barcodetrackR (67)

basecallQC (85)

BaseSpaceR (87)

Basic4Cseq (90)

BASiCS (177)

BASiCStan (95)

BasicSTARRseq (74)

basilisk (4081)

basilisk.utils (3767)

batchelor (3981)

BatchQC (123)

BayesKnockdown (71)

BayesPeak (27)

BayesSpace (253)

bayNorm (98)

baySeq (480)

BBCAnalyzer (79)

BCRANK (98)

bcSeq (76)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (15915)

beachmat.hdf5 (91)

beadarray (761)

beadarraySNP (61)

BeadDataPackR (645)

BeadExplorer (3)

BEARscc (73)

BEAT (84)

BEclear (88)

beer (69)

benchdamic (93)

BERT (30)

betaHMM (30)

betr (25)

bettr (28)

BG2 (59)

bgafun (25)

BgeeCall (61)

BgeeDB (150)

BGmix (22)

bgx (96)

BHC (91)

BicARE (156)

BiFET (75)

BiGGR (90)

bigmelon (85)

bigmemoryExtras (25)

bigPint (27)

bim (2)

BindingSiteFinder (72)

bioassayR (96)

Biobase (48467)

biobroom (231)

biobtreeR (61)

bioCancer (93)

BioCartaImage (51)

BiocBaseUtils (6408)

BiocBook (63)

BiocCaseStudies (27)

BiocCheck (1676)

biocDatasets (7)

BiocDockerManager (13)

BiocFHIR (60)

BiocFileCache (26420)

BiocGenerics (56893)

biocGraph (252)

BiocHail (45)

BiocHubsShiny (92)

BiocInstaller (353)

BiocIO (19990)

BiocNeighbors (10866)

BiocOncoTK (85)

BioCor (100)

BiocParallel (41529)

BiocPkgTools (157)

biocroxytest (39)

BiocSet (315)

BiocSingular (12563)

BiocSklearn (94)

BiocStyle (6028)

biocthis (258)

BiocVersion (59758)

biocViews (4312)

BiocWorkflowTools (183)

biodb (195)

biodbChebi (96)

biodbExpasy (60)

biodbHmdb (74)

biodbKegg (77)

biodbLipidmaps (46)

biodbMirbase (27)

biodbNcbi (61)

biodbNci (68)

biodbUniprot (60)

bioDist (277)

BioGA (8)

biomaRt (23524)

BioMedR (3)

biomformat (5565)

BioMM (18)

BioMVCClass (88)

biomvRCNS (87)

BioNAR (79)

BioNERO (318)

BioNet (297)

BioNetStat (88)

BioQC (137)

BioSeqClass (29)

biosigner (113)

Biostrings (47415)

biosvd (26)

BioTIP (87)

biotmle (78)

biovizBase (5448)

BiRewire (142)

birta (26)

birte (11)

biscuiteer (87)

BiSeq (164)

BitSeq (36)

blacksheepr (82)

blima (80)

BLMA (90)

BloodGen3Module (165)

bluster (5483)

bnbc (206)

bnem (75)

BOBaFIT (72)

borealis (66)

BPRMeth (118)

BRAIN (138)

brainflowprobes (52)

brainImageR (3)

BrainSABER (11)

BrainStars (24)

branchpointer (99)

breakpointR (77)

brendaDb (67)

BREW3R.r (27)

BRGenomics (130)

bridge (29)

BridgeDbR (91)

broadSeq (11)

BrowserViz (183)

BrowserVizDemo (4)

BSgenome (16682)

BSgenomeForge (137)

bsseq (1498)

BubbleTree (96)

BufferedMatrix (115)

BufferedMatrixMethods (85)

bugsigdbr (168)

BUMHMM (98)

bumphunter (2851)

BumpyMatrix (563)

BUS (83)

BUScorrect (67)

BUSpaRse (216)

BUSseq (67)

C

CaDrA (49)

CAEN (58)

CAFE (95)

CAGEfightR (247)

cageminer (74)

CAGEr (219)

CALIB (30)

calm (54)

CAMERA (513)

CAMTHC (7)

CaMutQC (31)

canceR (116)

cancerclass (195)

CancerInSilico (24)

CancerMutationAnalysis (29)

CancerSubtypes (92)

CAnD (17)

caOmicsV (11)

cardelino (75)

Cardinal (206)

CardinalIO (165)

CARNIVAL (156)

casper (86)

CATALYST (586)

Category (1863)

categoryCompare (98)

CausalR (79)

cbaf (79)

CBEA (130)

cBioPortalData (441)

CBNplot (152)

cbpManager (66)

ccfindR (107)

ccImpute (64)

ccmap (99)

CCPlotR (67)

CCPROMISE (81)

ccrepe (117)

CDI (50)

celaref (90)

celda (752)

CellaRepertorium (47)

CellBarcode (80)

cellbaseR (95)

CellBench (142)

cellGrowth (22)

cellHTS (20)

cellHTS2 (237)

CelliD (251)

cellity (80)

CellMapper (78)

cellmigRation (59)

CellMixS (92)

CellNOptR (214)

cellscape (60)

CellScore (71)

CellTrails (74)

cellTree (23)

cellxgenedp (102)

CEMiTool (154)

censcyt (70)

Cepo (209)

ceRNAnetsim (57)

CeTF (97)

CexoR (89)

CFAssay (64)

cfdnakit (62)

cfDNAPro (87)

cfTools (59)

CGEN (80)

CGHbase (451)

CGHcall (416)

cghMCR (98)

CGHnormaliter (93)

CGHregions (108)

ChAMP (648)

CHARGE (10)

charm (32)

ChemmineOB (329)

ChemmineR (831)

CHETAH (106)

ChIC (21)

Chicago (111)

chihaya (83)

chimera (32)

chimeraviz (125)

ChIPanalyser (80)

ChIPComp (80)

chipenrich (178)

ChIPexoQual (87)

ChIPpeakAnno (1062)

ChIPQC (363)

ChIPseeker (1858)

chipseq (654)

ChIPseqR (113)

ChIPSeqSpike (14)

ChIPsim (106)

ChIPXpress (107)

chopsticks (110)

chroGPS (29)

chromDraw (76)

ChromHeatMap (145)

ChromoViz (4)

chromPlot (225)

ChromSCape (75)

chromstaR (106)

chromswitch (26)

chromVAR (1165)

CHRONOS (78)

cicero (229)

CIMICE (64)

CINdex (86)

circRNAprofiler (92)

CircSeqAlignTk (66)

cisPath (70)

CiteFuse (98)

ClassifyR (372)

cleanUpdTSeq (126)

CleanUpRNAseq (9)

cleaver (225)

clevRvis (67)

clippda (91)

clipper (117)

cliProfiler (61)

cliqueMS (132)

Clomial (72)

Clonality (35)

clonotypeR (28)

clst (116)

clstutils (82)

CluMSID (79)

ClustAll (35)

clustComp (81)

clusterExperiment (349)

ClusterFoldSimilarity (31)

ClusterJudge (74)

clusterProfiler (18933)

clusterSeq (77)

ClusterSignificance (74)

clusterStab (102)

clustifyr (163)

ClustIRR (60)

CMA (145)

cmapR (417)

cn.farms (89)

cn.mops (275)

CNAnorm (86)

CNEr (3479)

CNORdt (88)

CNORfeeder (97)

CNORfuzzy (93)

CNORode (110)

CNPBayes (11)

CNTools (158)

CNVfilteR (74)

CNVgears (33)

cnvGSA (91)

CNViz (69)

CNVMetrics (65)

CNVPanelizer (79)

CNVRanger (132)

CNVrd2 (88)

CNVtools (23)

cobindR (27)

CoCiteStats (81)

COCOA (95)

codelink (105)

CODEX (128)

coexnet (19)

CoGAPS (353)

cogena (102)

cogeqc (82)

Cogito (63)

coGPS (80)

COHCAP (56)

cola (139)

comapr (71)

combi (102)

coMET (95)

coMethDMR (77)

compartmap (37)

COMPASS (101)

compcodeR (103)

compEpiTools (90)

CompGO (21)

ComplexHeatmap (15010)

CompoundDb (269)

ComPrAn (63)

compSPOT (44)

conclus (8)

concordexR (79)

condcomp (4)

condiments (109)

CONFESS (92)

consensus (65)

ConsensusClusterPlus (3085)

consensusDE (82)

consensusOV (137)

consensusSeekeR (115)

consICA (185)

CONSTANd (62)

contiBAIT (55)

conumee (177)

convert (162)

copa (80)

COPDSexualDimorphism (3)

copynumber (136)

CopyNumber450k (10)

CopyNumberPlots (171)

CopywriteR (35)

coRdon (196)

CoRegFlux (5)

CoRegNet (44)

CoreGx (382)

Cormotif (89)

CorMut (21)

coRNAi (22)

corral (89)

CORREP (48)

coseq (154)

CoSIA (54)

cosmiq (143)

cosmo (5)

cosmoGUI (7)

cosmosR (88)

COSNet (71)

COTAN (95)

CountClust (19)

countsimQC (284)

covEB (70)

CoverageView (87)

covRNA (76)

cpvSNP (79)

cqn (321)

CRImage (106)

CRISPRball (45)

crisprBase (171)

crisprBowtie (166)

crisprBwa (67)

crisprDesign (148)

crisprScore (177)

CRISPRseek (182)

crisprseekplus (34)

crisprShiny (31)

CrispRVariants (158)

crisprVerse (92)

crisprViz (131)

crlmm (324)

CrossICC (4)

crossmeta (191)

CSAR (99)

csaw (603)

csdR (56)

CSSP (25)

CSSQ (64)

ctc (294)

CTdata (55)

CTDquerier (72)

CTexploreR (32)

ctgGEM (8)

cTRAP (85)

ctsGE (77)

CTSV (69)

cummeRbund (248)

CuratedAtlasQueryR (71)

customCMPdb (79)

customProDB (110)

CVE (14)

cyanoFilter (66)

cycle (86)

cydar (107)

cypress (28)

CytoDx (92)

cytofast (9)

cytofkit (25)

CyTOFpower (63)

cytofQC (73)

CytoGLMM (107)

cytoKernel (75)

cytolib (2769)

cytomapper (341)

CytoMDS (28)

cytoMEM (105)

CytoML (464)

CytoPipeline (106)

CytoPipelineGUI (47)

CytoTree (16)

cytoviewer (109)

D

dada2 (2280)

dagLogo (105)

daMA (81)

DAMEfinder (75)

DaMiRseq (140)

Damsel (19)

DAPAR (156)

dar (31)

DART (87)

DASC (1)

DASiR (13)

dasper (15)

DAVIDQuery (11)

DBChIP (30)

dcanr (160)

DCATS (72)

dce (80)

dcGSA (68)

DChIPRep (16)

ddCt (111)

ddgraph (20)

ddPCRclust (92)

dearseq (237)

debCAM (75)

debrowser (190)

DECIPHER (2901)

deco (15)

DEComplexDisease (17)

decompTumor2Sig (151)

DeconRNASeq (261)

decontam (1721)

decontX (164)

deconvR (80)

decoupleR (1093)

DEDS (24)

DeepBlueR (42)

DeepPINCS (94)

deepSNV (185)

DeepTarget (10)

DEFormats (269)

DegCre (28)

DegNorm (69)

DEGraph (83)

DEGreport (626)

DEGseq (179)

DelayedArray (41989)

DelayedDataFrame (78)

DelayedMatrixStats (16093)

DelayedRandomArray (102)

DelayedTensor (64)

DELocal (84)

deltaCaptureC (66)

deltaGseg (74)

DeMAND (61)

DeMixT (110)

demuxmix (257)

demuxSNP (56)

densvis (2214)

DEP (531)

DepecheR (84)

DepInfeR (56)

DeProViR (31)

DEqMS (243)

derfinder (586)

derfinderHelper (582)

derfinderPlot (166)

DEScan2 (84)

DESeq (202)

DESeq2 (21802)

DEsingle (260)

DESpace (71)

destiny (688)

DEsubs (78)

DEWSeq (77)

DExMA (74)

DEXSeq (1508)

dexus (30)

DFP (87)

DIAlignR (65)

DiffBind (1081)

diffcoexp (223)

diffcyt (453)

DifferentialRegulation (69)

diffGeneAnalysis (76)

diffHic (130)

DiffLogo (88)

diffloop (33)

diffuStats (86)

diffUTR (67)

diggit (72)

Dino (68)

dinoR (27)

dir.expiry (3781)

Director (55)

DirichletMultinomial (4855)

discordant (98)

DiscoRhythm (82)

distinct (295)

dittoSeq (1473)

divergence (58)

dks (66)

DMCFB (67)

DMCHMM (70)

DMRcaller (102)

DMRcate (982)

DMRforPairs (33)

DMRScan (65)

dmrseq (224)

DNABarcodeCompatibility (53)

DNABarcodes (174)

DNAcopy (5300)

DNAfusion (61)

DNaseR (6)

DNAshapeR (96)

domainsignatures (21)

DominoEffect (75)

dominoSignal (5)

doppelgangR (210)

DOQTL (15)

Doscheda (81)

DOSE (19047)

doseR (68)

doubletrouble (77)

dpeak (23)

drawProteins (220)

dreamlet (77)

DRIMSeq (318)

DriverNet (72)

DropletUtils (2618)

drugTargetInteractions (71)

DrugVsDisease (157)

dSimer (11)

DSS (878)

dStruct (59)

DTA (101)

dualKS (29)

Dune (58)

DupChecker (9)

dupRadar (131)

dyebias (90)

DynDoc (1320)

E

easier (151)

EasyCellType (72)

easylift (56)

EasyqpcR (26)

easyreporting (66)

easyRNASeq (213)

EBarrays (241)

EBcoexpress (100)

EBImage (2730)

EBSEA (69)

EBSeq (403)

EBSeqHMM (50)

ecolitk (95)

EDASeq (1823)

edd (11)

EDDA (25)

edge (118)

edgeR (23548)

EDIRquery (51)

eds (403)

eegc (90)

EGAD (86)

EGSEA (220)

eiR (83)

eisa (31)

eisaR (128)

ELBOW (23)

ELMER (191)

EMDomics (91)

EmpiricalBrownsMethod (148)

ENCODExplorer (16)

EnhancedVolcano (4579)

enhancerHomologSearch (66)

EnMCB (72)

ENmix (252)

EnrichedHeatmap (582)

EnrichmentBrowser (617)

enrichplot (18094)

enrichTF (65)

enrichViewNet (62)

ensembldb (10261)

ensemblVEP (170)

ENVISIONQuery (22)

epialleleR (72)

EpiCompare (38)

epidecodeR (60)

EpiDISH (656)

epigenomix (84)

epigraHMM (75)

epihet (15)

EpiMix (62)

epimutacions (72)

epiNEM (167)

epiregulon (32)

epiregulon.extra (30)

epistack (63)

epistasisGA (54)

EpiTxDb (95)

epivizr (154)

epivizrChart (80)

epivizrData (150)

epivizrServer (157)

epivizrStandalone (78)

erccdashboard (98)

erma (118)

ERSSA (73)

esATAC (106)

escape (435)

escheR (130)

esetVis (90)

eudysbiome (68)

evaluomeR (73)

EventPointer (86)

EWCE (224)

ExCluster (58)

ExiMiR (84)

exomeCopy (291)

exomePeak (32)

exomePeak2 (98)

exonmap (7)

ExperimentHub (7694)

ExperimentHubData (308)

ExperimentSubset (83)

explorase (25)

ExploreModelMatrix (177)

ExpressionAtlas (239)

ExpressionView (30)

exprExternal (1)

externalVector (8)

extraChIPs (95)

F

fabia (203)

facopy (9)

factDesign (87)

factR (66)

faers (41)

FamAgg (90)

famat (72)

farms (51)

fastLiquidAssociation (79)

FastqCleaner (99)

fastreeR (83)

fastseg (779)

fbat (5)

FCBF (48)

fCCAC (76)

fCI (70)

fcoex (70)

fcScan (78)

fdrame (82)

FEAST (128)

FeatSeekR (52)

fedup (63)

FELLA (143)

FEM (28)

fenr (55)

ffpe (92)

fgga (62)

FGNet (135)

fgsea (17399)

FilterFFPE (73)

findIPs (31)

FindIT2 (67)

FindMyFriends (19)

FISHalyseR (70)

fishpond (264)

FitHiC (84)

flagme (79)

FLAMES (89)

flipflop (21)

flowAI (573)

flowBeads (85)

flowBin (88)

flowcatchR (91)

flowCHIC (84)

flowCL (28)

flowClean (215)

flowClust (828)

flowCore (2900)

flowCut (120)

flowCyBar (71)

flowDensity (285)

flowFit (23)

flowFlowJo (14)

flowFP (186)

flowGate (87)

flowGraph (59)

flowMap (50)

flowMatch (91)

flowMeans (178)

flowMerge (161)

flowPeaks (196)

flowPhyto (10)

flowPloidy (81)

flowPlots (74)

flowQ (19)

flowQB (25)

FlowRepositoryR (16)

FlowSOM (1112)

flowSpecs (92)

flowSpy (6)

flowStats (526)

flowTime (81)

flowTrans (112)

flowType (24)

flowUtils (52)

flowViz (1060)

flowVS (119)

flowWorkspace (1264)

fmcsR (280)

fmrs (133)

fobitools (70)

focalCall (13)

FoldGO (36)

FourCSeq (18)

FRASER (129)

frenchFISH (51)

FRGEpistasis (70)

frma (167)

frmaTools (100)

FScanR (19)

FunChIP (58)

FunciSNP (24)

funOmics (10)

funtooNorm (82)

FuseSOM (64)

G

GA4GHclient (128)

GA4GHshiny (83)

gaga (130)

gage (850)

gaggle (55)

gaia (32)

GAPGOM (14)

GAprediction (69)

garfield (67)

GARS (76)

GateFinder (76)

gatom (56)

gaucho (17)

GBScleanR (85)

gcapc (73)

gcatest (86)

gCMAP (27)

gCMAPWeb (22)

gCrisprTools (79)

gcrma (1334)

GCSConnection (7)

GCSFilesystem (7)

GCSscore (21)

GDCRNATools (310)

gDNAx (70)

gDR (52)

gDRcore (95)

gDRimport (99)

gDRstyle (86)

gDRutils (117)

GDSArray (222)

gdsfmt (2090)

GeDi (39)

geecc (20)

GEM (71)

gemini (60)

gemma.R (79)

genArise (76)

genbankr (92)

GENE.E (16)

gene2pathway (10)

GeneAccord (16)

GeneAnswers (35)

geneAttribution (79)

GeneBreak (83)

geneClassifiers (66)

GeneExpressionSignature (107)

genefilter (12464)

genefu (428)

GeneGA (68)

GeneGeneInteR (72)

GeneGroupAnalysis (5)

GeneMeta (128)

GeneNetworkBuilder (99)

GeneOverlap (500)

geneplast (119)

geneplotter (5979)

GeneR (8)

geneRecommender (81)

GeneRegionScan (93)

GeneRfold (3)

geneRxCluster (87)

GeneSelectMMD (128)

GeneSelector (25)

GENESIS (369)

GeneSpring (6)

GeneStructureTools (98)

geNetClassifier (170)

GeneticsBase (6)

GeneticsDesign (25)

GeneticsPed (114)

GeneTonic (347)

GeneTraffic (6)

GeneTS (4)

geneXtendeR (126)

GENIE3 (1219)

genoCN (71)

GenoGAM (20)

genomation (679)

GenomAutomorphism (51)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (34)

GenomeInfoDb (57415)

genomeIntervals (202)

genomes (94)

GenomicAlignments (24258)

GenomicDataCommons (1147)

GenomicDistributions (111)

GenomicFeatures (19919)

GenomicFiles (1353)

genomicInstability (70)

GenomicInteractionNodes (59)

GenomicInteractions (418)

GenomicOZone (89)

GenomicPlot (82)

GenomicRanges (44105)

GenomicScores (738)

GenomicSuperSignature (77)

GenomicTuples (72)

Genominator (30)

genoset (34)

genotypeeval (25)

GenoView (2)

genphen (15)

GenProSeq (53)

GenRank (11)

GenVisR (288)

GeoDiff (84)

GEOexplorer (73)

GEOfastq (90)

GEOmetadb (272)

GeomxTools (422)

GEOquery (9586)

GEOsearch (5)

GEOsubmission (86)

GeoTcgaData (147)

gep2pep (71)

gespeR (100)

getDEE2 (61)

geva (59)

GEWIST (65)

gff3Plotter (2)

gg4way (54)

GGBase (36)

ggbio (2144)

ggcyto (896)

ggkegg (368)

ggmanh (225)

ggmsa (544)

GGPA (57)

ggsc (76)

ggseqalign (10)

ggspavis (189)

GGtools (35)

ggtree (21087)

ggtreeDendro (69)

ggtreeExtra (1059)

ggtreeSpace (29)

GIGSEA (62)

ginmappeR (30)

gINTomics (15)

girafe (117)

GISPA (45)

GLAD (239)

GladiaTOX (61)

Glimma (1170)

glmGamPoi (4545)

glmSparseNet (221)

GlobalAncova (1036)

globalSeq (70)

globaltest (1855)

GloScope (56)

gmapR (197)

GmicR (78)

gmoviz (69)

GMRP (72)

GNET2 (63)

GNOSIS (64)

goCluster (1)

GOexpress (104)

GOfuncR (360)

GOFunction (27)

GoogleGenomics (9)

GOpro (172)

goProfiles (149)

GOSemSim (17867)

goseq (1347)

GOSim (111)

goSorensen (72)

goSTAG (79)

GOstats (1693)

GOsummaries (53)

GOTHiC (99)

goTools (87)

GPA (63)

gpart (21)

gpls (257)

gprege (20)

gpuMagic (64)

gQTLBase (19)

gQTLstats (21)

GrafGen (27)

gramm4R (6)

GRaNIE (143)

granulator (128)

graper (63)

graph (18807)

GraphAlignment (73)

GraphAT (93)

graphite (3099)

GraphPAC (124)

GRENITS (72)

GreyListChIP (1000)

GRmetrics (103)

groHMM (96)

GRridge (24)

GSALightning (62)

GSAR (118)

GSCA (77)

gscreend (59)

GSEABase (8928)

GSEABenchmarkeR (100)

GSEAlm (102)

GSEAmining (78)

gsean (78)

GSgalgoR (64)

GSReg (82)

GSRI (88)

GSVA (6618)

gtrellis (146)

GUIDEseq (100)

Guitar (148)

Gviz (3807)

GWAS.BAYES (69)

gwascat (680)

GWASTools (624)

gwasurvivr (106)

GWENA (265)

gypsum (1207)

H

h5vc (111)

hapFabia (80)

Harman (188)

HarmonizR (67)

Harshlight (97)

hca (71)

HCABrowser (7)

HCAExplorer (5)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (19)

HDF5Array (14251)

HDTD (58)

hdxmsqc (15)

heatmaps (292)

Heatplus (482)

HelloRanges (150)

HELP (78)

HEM (79)

hermes (181)

HERON (48)

Herper (152)

hexbin (35)

HGC (74)

hiAnnotator (126)

HIBAG (142)

HicAggR (27)

HiCBricks (158)

HiCcompare (285)

HiCDCPlus (101)

HiCDOC (113)

HiCExperiment (164)

HiContacts (117)

HiCool (76)

hicrep (11)

hicVennDiagram (55)

hierGWAS (76)

hierinf (54)

HilbertCurve (106)

HilbertVis (204)

HilbertVisGUI (55)

HiLDA (88)

hipathia (210)

HIPPO (63)

hiReadsProcessor (86)

HIREewas (65)

HiTC (158)

hmdbQuery (89)

HMMcopy (313)

HoloFoodR (10)

hoodscanR (69)

hopach (356)

HPAanalyze (142)

hpar (290)

HPAStainR (12)

HPiP (65)

HTqPCR (154)

HTSanalyzeR (30)

HTSeqGenie (68)

htSeqTools (26)

HTSFilter (230)

HubPub (123)

HumanTranscriptomeCompendium (59)

hummingbird (57)

HybridExpress (43)

HybridMTest (149)

hypeR (107)

hyperdraw (140)

hypergraph (190)

I

iASeq (68)

iasva (80)

iBBiG (140)

ibh (75)

iBMQ (63)

iCARE (158)

Icens (487)

icetea (72)

iCheck (73)

iChip (81)

iClusterPlus (401)

iCNV (78)

iCOBRA (242)

ideal (116)

IdeoViz (88)

idiogram (89)

IdMappingAnalysis (21)

IdMappingRetrieval (26)

idpr (79)

idr2d (67)

IFAA (58)

iFlow (4)

iGC (73)

IgGeneUsage (63)

igvR (129)

igvShiny (35)

IHW (716)

illuminaio (3040)

ILoReg (59)

imageHTS (38)

IMAS (76)

imcRtools (234)

Imetagene (16)

IMMAN (67)

ImmuneSpaceR (59)

immunoClust (85)

immunogenViewer (10)

immunotation (64)

IMPCdata (59)

ImpulseDE (8)

ImpulseDE2 (18)

impute (10536)

INDEED (55)

iNETgrate (58)

infercnv (1109)

infinityFlow (90)

Informeasure (53)

InPAS (86)

INPower (82)

inSilicoDb (19)

inSilicoMerging (19)

INSPEcT (90)

INTACT (56)

InTAD (73)

intansv (102)

interacCircos (69)

InteractionSet (1989)

InteractiveComplexHeatmap (420)

interactiveDisplay (122)

interactiveDisplayBase (8559)

InterCellar (86)

IntEREst (91)

InterMineR (102)

IntOMICS (27)

IntramiRExploreR (68)

inveRsion (22)

IONiseR (93)

iontree (20)

iPAC (151)

iPath (53)

ipdDb (188)

IPO (188)

IPPD (22)

IRanges (52446)

IRISFGM (73)

IrisSpatialFeatures (4)

ISAnalytics (69)

iSEE (496)

iSEEde (71)

iSEEfier (30)

iSEEhex (156)

iSEEhub (190)

iSEEindex (62)

iSEEpathways (59)

iSEEtree (16)

iSEEu (129)

iSeq (67)

ISLET (63)

iSNetwork (2)

isobar (106)

IsoBayes (50)

IsoCorrectoR (123)

IsoCorrectoRGUI (68)

IsoformSwitchAnalyzeR (278)

IsoGeneGUI (30)

ISoLDE (54)

isomiRs (188)

iSPlot (3)

ITALICS (85)

iterativeBMA (84)

iterativeBMAsurv (69)

iterClust (46)

iteremoval (14)

IVAS (98)

ivygapSE (70)

IWTomics (86)

J

jmosaics (12)

joda (25)

JunctionSeq (19)

K

karyoploteR (860)

katdetectr (73)

KBoost (52)

KCsmart (90)

kebabs (164)

KEGGgraph (5508)

KEGGlincs (89)

keggorth (4)

keggorthology (231)

KEGGprofile (34)

KEGGREST (37062)

KEGGSOAP (13)

kimod (11)

KinSwingR (68)

kissDE (80)

kmcut (7)

KnowSeq (75)

knowYourCG (26)

L

LACE (191)

lapmix (76)

LBE (235)

ldblock (110)

LEA (531)

LedPred (58)

lefser (565)

lemur (77)

les (117)

levi (56)

lfa (299)

limma (32444)

limmaGUI (101)

limpca (29)

LINC (12)

LineagePulse (40)

lineagespot (61)

LinkHD (73)

Linnorm (245)

LinTInd (63)

lionessR (69)

lipidr (197)

LiquidAssociation (107)

lisaClust (148)

lmdme (77)

LMGene (28)

LOBSTAHS (116)

loci2path (76)

logicFS (109)

logitT (39)

Logolas (13)

lol (16)

LOLA (304)

LoomExperiment (624)

LowMACA (23)

LPE (110)

LPEadj (55)

lpNet (90)

lpsymphony (1027)

LRBaseDbi (137)

LRcell (60)

lumi (1246)

lute (30)

LVSmiRNA (24)

LymphoSeq (86)

M

M3C (703)

M3D (14)

M3Drop (685)

m6Aboost (56)

maanova (41)

Maaslin2 (1036)

Macarron (111)

macat (59)

maCorrPlot (72)

MACPET (15)

MACSQuantifyR (52)

MACSr (119)

maDB (11)

made4 (290)

MADSEQ (77)

maftools (2571)

MAGAR (176)

MAGeCKFlute (386)

magpie (60)

magrene (60)

MAI (70)

maigesPack (57)

MAIT (140)

makecdfenv (208)

makePlatformDesign (4)

MANOR (87)

manta (25)

MantelCorr (67)

MAPFX (31)

mAPKL (23)

maPredictDSC (80)

mapscape (61)

mariner (68)

marr (65)

marray (1953)

martini (73)

maser (144)

maSigPro (279)

maskBAD (85)

MassArray (67)

massiR (79)

MassSpecWavelet (1844)

MAST (2141)

mastR (188)

matchBox (68)

matchprobes (7)

MatrixGenerics (39697)

MatrixQCvis (200)

MatrixRider (78)

matter (238)

MaxContrastProjection (14)

MBAmethyl (54)

MBASED (74)

MBCB (75)

MBECS (84)

mbkmeans (428)

mbOmic (8)

mBPCR (83)

MBQN (69)

mbQTL (60)

MBttest (70)

mcaGUI (28)

MCbiclust (74)

MCRestimate (27)

mCSEA (125)

mdgsa (18)

mdp (69)

mdqc (125)

MDTS (64)

MEAL (101)

MeasurementError.cor (72)

MEAT (65)

MEB (63)

MEDIPS (133)

MEDME (78)

megadepth (138)

MEIGOR (79)

Melissa (66)

memes (215)

MergeMaid (30)

Mergeomics (82)

MeSHDbi (276)

meshes (167)

meshr (161)

MeSHSim (4)

MesKit (91)

messina (76)

metaArray (28)

Metab (93)

metabCombiner (84)

metabinR (51)

MetaboAnnotation (275)

MetaboCoreUtils (1841)

metabolomicsWorkbenchR (95)

metabomxtr (74)

MetaboSignal (138)

metaCCA (156)

MetaCyto (93)

metagene (35)

metagene2 (85)

metagenomeFeatures (16)

metagenomeSeq (1703)

metahdep (78)

metaMS (173)

MetaNeighbor (106)

MetaPhOR (75)

metapod (4899)

metapone (71)

metaSeq (88)

metaseqR (27)

metaseqR2 (84)

metavizr (20)

MetaVolcanoR (54)

metaX (2)

MetCirc (95)

MethCP (12)

methimpute (76)

methInheritSim (87)

methodical (27)

MethPed (73)

MethReg (76)

methrix (101)

MethTargetedNGS (69)

methVisual (25)

methyAnalysis (32)

MethylAid (116)

methylCC (85)

methylclock (162)

methylGSA (134)

methyLImp2 (30)

methylInheritance (84)

methylKit (657)

MethylMix (112)

methylMnM (96)

methylPipe (147)

methylscaper (94)

MethylSeekR (155)

methylSig (89)

methylumi (1564)

methyvim (14)

MetID (71)

MetNet (71)

mfa (106)

Mfuzz (1307)

MGFM (82)

MGFR (85)

MGnifyR (36)

mgsa (126)

mia (1537)

miaSim (95)

miaViz (262)

MiChip (76)

microbiome (1718)

microbiomeDASim (74)

microbiomeExplorer (95)

microbiomeMarker (408)

MicrobiomeProfiler (133)

MicrobiotaProcess (531)

microRNA (176)

microSTASIS (59)

MICSQTL (53)

midasHLA (65)

MIGSA (21)

miloR (312)

mimager (84)

MIMOSA (34)

mina (53)

MineICA (97)

minet (849)

minfi (2475)

MinimumDistance (111)

MiPP (85)

miQC (121)

MIRA (131)

MiRaGE (89)

miRBaseConverter (114)

miRcomp (75)

mirIntegrator (86)

MIRit (42)

miRLAB (91)

miRmine (48)

miRNAmeConverter (78)

miRNApath (81)

miRNAtap (174)

miRSM (61)

miRsponge (9)

miRspongeR (54)

Mirsynergy (19)

mirTarRnaSeq (76)

missMethyl (1028)

missRows (70)

mistyR (101)

mitch (72)

mitoClone2 (87)

mitoODE (20)

mixOmics (2668)

MLInterfaces (473)

mlm4omics (3)

MLP (177)

MLSeq (178)

MMAPPR2 (24)

MMDiff (16)

MMDiff2 (72)

mmgmos (2)

mmnet (17)

MmPalateMiRNA (27)

MMUPHin (148)

mnem (168)

moanin (203)

mobileRNA (30)

MobilityTransformR (76)

MODA (73)

ModCon (52)

Modstrings (221)

MOFA (8)

MOFA2 (504)

MOGAMUN (63)

mogsa (226)

MoleculeExperiment (84)

MOMA (71)

monaLisa (163)

monocle (3226)

Moonlight2R (63)

MoonlightR (100)

MoPS (13)

mosaics (182)

mosbi (60)

mosdef (38)

MOSim (74)

Motif2Site (61)

motifbreakR (229)

motifcounter (74)

MotifDb (674)

motifmatchr (1368)

motifRG (25)

motifStack (744)

motifTestR (42)

MotIV (42)

MouseFM (187)

MPAC (10)

MPFE (59)

mpra (81)

MPRAnalyze (82)

MQmetrics (33)

mQTL.NMR (13)

msa (1657)

MSA2dist (136)

MsBackendMassbank (90)

MsBackendMgf (426)

MsBackendMsp (334)

MsBackendRawFileReader (74)

MsBackendSql (80)

MsCoreUtils (3663)

MsDataHub (76)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1452)

MsFeatures (1597)

msgbsR (82)

MSGFgui (19)

MSGFplus (21)

msImpute (180)

mslp (49)

msmsEDA (298)

msmsTests (287)

MSnbase (3259)

MSnID (325)

MSPrep (190)

msPurity (94)

msqrob2 (160)

MsQuality (72)

MSstats (515)

MSstatsBig (50)

MSstatsConvert (473)

MSstatsLiP (95)

MSstatsLOBD (65)

MSstatsPTM (213)

MSstatsQC (98)

MSstatsQCgui (61)

MSstatsSampleSize (21)

MSstatsShiny (117)

MSstatsTMT (303)

MSstatsTMTPTM (5)

MTseeker (4)

MuData (73)

Mulcom (94)

MultiAssayExperiment (6095)

MultiBaC (88)

multiClust (105)

multicrispr (75)

MultiDataSet (1309)

multiGSEA (152)

multiHiCcompare (182)

MultiMed (72)

multiMiR (248)

MultimodalExperiment (50)

multiOmicsViz (46)

MultiRNAflow (72)

multiscan (80)

multiSight (65)

multistateQTL (26)

multiWGCNA (82)

multtest (12498)

mumosa (83)

MungeSumstats (1088)

muscat (522)

muscle (347)

musicatk (99)

MutationalPatterns (334)

MVCClass (127)

mvGST (12)

MWASTools (178)

mygene (353)

myvariant (99)

mzID (3123)

mzR (3359)

N

NADfinder (80)

NanoMethViz (97)

NanoStringDiff (103)

NanoStringNCTools (414)

NanoStringQCPro (39)

nanotatoR (98)

NanoTube (94)

NarrowPeaks (24)

NBAMSeq (172)

NBSplice (17)

ncdfFlow (1140)

ncGTW (124)

NCIgraph (128)

ncRNAtools (63)

ndexr (83)

neaGUI (11)

nearBynding (65)

Nebulosa (1146)

NeighborNet (27)

nem (33)

nempi (73)

NetActivity (58)

netbenchmark (13)

netbiov (41)

netboost (59)

netboxr (12)

netDx (58)

nethet (86)

netOmics (36)

NetPathMiner (73)

netprioR (62)

netReg (15)

netresponse (97)

NetSAM (111)

netSmooth (83)

networkBMA (28)

netZooR (75)

NeuCA (49)

NewWave (126)

NGScopy (12)

ngsReports (88)

nipalsMCIA (57)

nnNorm (85)

nnSVG (133)

NOISeq (627)

nondetects (66)

NoRCE (67)

normalize450K (68)

NormalyzerDE (186)

NormqPCR (179)

normr (149)

NPARC (81)

npGSEA (84)

NTW (72)

nucleoSim (75)

nucleR (105)

nuCpos (66)

nudge (18)

nullranges (196)

NuPoP (88)

NxtIRFcore (11)

O

occugene (73)

OCplus (108)

octad (70)

ODER (8)

odseq (80)

OGRE (68)

OGSA (12)

oligo (1720)

oligoClasses (1743)

OLIN (122)

OLINgui (84)

omada (54)

OmaDB (271)

omicade4 (188)

OmicCircos (201)

omicplotR (77)

omicRexposome (82)

OmicsLonDA (20)

OmicsMarkeR (13)

OMICsPCA (83)

omicsPrint (80)

omicsViewer (62)

Omixer (66)

OmnipathR (584)

ompBAM (124)

Onassis (17)

oncomix (69)

oncoscanR (67)

OncoScore (82)

OncoSimulR (77)

oneChannelGUI (30)

oneSENSE (27)

onlineFDR (55)

ontoCAT (18)

ontoProc (293)

ontoTools (11)

openCyto (673)

openPrimeR (172)

openPrimeRui (72)

OpenStats (56)

OperaMate (5)

oposSOM (108)

oppar (81)

oppti (57)

optimalFlow (74)

OPWeight (69)

OrderedList (97)

ORFhunteR (66)

ORFik (205)

Organism.dplyr (441)

OrganismDbi (3205)

orthogene (341)

orthos (55)

OSAT (99)

Oscope (104)

OTUbase (87)

OutlierD (29)

OUTRIDER (225)

OutSplice (57)

OVESEG (79)

P

PAA (87)

packFinder (73)

padma (67)

PADOG (319)

pageRank (67)

PAIRADISE (101)

paircompviz (80)

pairedGSEA (58)

pairkat (88)

pairseqsim (2)

pamr (11)

pandaR (142)

panelcn.mops (98)

PAnnBuilder (26)

PanomiR (79)

panp (105)

PANR (79)

PanViz (51)

PanVizGenerator (17)

PAPi (24)

pareg (66)

parglms (67)

parody (126)

partCNV (47)

PAST (65)

Path2PPI (75)

pathifier (117)

pathlinkR (38)

PathNet (85)

PathoStat (153)

pathprint (12)

pathRender (91)

pathVar (22)

pathview (4544)

pathwayPCA (89)

PathwaySplice (11)

PatientGeneSets (3)

paxtoolsr (115)

Pbase (17)

pbcmc (7)

pcaExplorer (483)

pcaGoPromoter (22)

pcaMethods (5278)

PCAN (78)

PCAtools (1246)

pcot2 (33)

PCpheno (29)

pcxn (60)

PDATK (165)

pdInfoBuilder (139)

pdmclass (24)

PeacoQC (249)

peakPantheR (74)

PECA (84)

peco (63)

Pedixplorer (28)

pengls (52)

PepSetTest (9)

PepsNMR (151)

pepStat (71)

pepXMLTab (75)

PERFect (35)

periodicDNA (62)

perturbatr (11)

pfamAnalyzeR (264)

PFP (11)

PGA (17)

pgca (59)

PGSEA (65)

pgUtils (6)

pgxRpi (35)

phantasus (232)

phantasusLite (62)

PharmacoGx (290)

phemd (34)

phenoDist (18)

PhenoGeneRanker (50)

phenomis (69)

phenopath (102)

phenoTest (159)

PhenStat (80)

philr (190)

PhIPData (113)

phosphonormalizer (60)

PhosR (129)

PhyloProfile (87)

phyloseq (5526)

Pi (69)

piano (490)

pickgene (69)

PICS (139)

Pigengene (138)

PING (101)

pint (20)

pipeComp (69)

pipeFrame (175)

PIPETS (30)

Pirat (9)

PIUMA (29)

pkgDepTools (36)

planet (210)

planttfhunter (79)

plasmut (45)

plateCore (26)

plethy (33)

plgem (136)

plier (136)

PloGO2 (60)

plotgardener (333)

plotGrouper (63)

PLPE (80)

plrs (21)

PLSDAbatch (45)

plw (29)

plyinteractions (64)

plyranges (1286)

pmm (69)

pmp (126)

PoDCall (57)

podkat (80)

pogos (96)

polyester (133)

Polyfit (19)

PolySTest (9)

POMA (159)

POST (12)

PoTRA (12)

PowerExplorer (11)

powerTCR (352)

POWSC (75)

ppcseq (66)

PPInfer (206)

ppiStats (35)

pqsfinder (118)

prada (39)

pram (73)

prebs (92)

preciseTAD (76)

PrecisionTrialDrawer (13)

PREDA (107)

predictionet (27)

preprocessCore (14135)

primirTSS (74)

PrInCE (73)

Prize (13)

proActiv (82)

proBAMr (74)

proBatch (29)

PROcess (110)

procoil (82)

ProCoNA (20)

proDA (258)

proFIA (22)

profileplyr (236)

profileScoreDist (68)

progeny (453)

projectR (122)

pRoloc (283)

pRolocGUI (109)

PROMISE (126)

PROPER (107)

PROPS (73)

Prostar (102)

prot2D (18)

proteasy (26)

proteinProfiles (66)

ProteoDisco (66)

ProteomicsAnnotationHubData (16)

ProteoMM (92)

proteoQC (16)

protGear (68)

ProtGenerics (11844)

PSEA (49)

psichomics (92)

PSICQUIC (33)

PSMatch (1131)

psygenet2r (102)

ptairMS (62)

PubScore (8)

pulsedSilac (9)

puma (125)

PureCN (179)

pvac (80)

pvca (267)

Pviz (97)

pwalign (2255)

PWMEnrich (216)

pwOmics (187)

pwrEWAS (23)

Q

qckitfastq (81)

qcmetrics (122)

QDNAseq (392)

QFeatures (2186)

qmtools (65)

qpcrNorm (93)

qpgraph (204)

qPLEXanalyzer (86)

qrqc (34)

qsea (83)

qsmooth (199)

QSutils (114)

qsvaR (198)

QTLExperiment (51)

Qtlizer (67)

QUALIFIER (27)

quantiseqr (477)

quantro (367)

quantsmooth (640)

QuartPAC (80)

QuasR (371)

QuaternaryProd (84)

QUBIC (157)

qusage (415)

qvalue (17734)

R

R3CPET (75)

r3Cseq (109)

R453Plus1Toolbox (100)

R4RNA (659)

RadioGx (78)

raer (51)

RaggedExperiment (910)

RAIDS (55)

rain (107)

rama (25)

RamiGO (17)

ramr (61)

ramwas (145)

RandomWalkRestartMH (100)

randPack (77)

randRotation (58)

RankProd (310)

RAREsim (52)

RareVariantVis (82)

Rariant (29)

Rarr (142)

rawDiag (31)

rawrr (225)

RbcBook1 (128)

Rbec (71)

RBGL (9462)

RBioFormats (146)

RBioinf (89)

rBiopaxParser (184)

rBLAST (64)

RBM (76)

Rbowtie (522)

Rbowtie2 (310)

rbsurv (95)

Rbwa (111)

Rcade (34)

RCAS (163)

RCASPAR (66)

rcellminer (91)

rCGH (132)

Rchemcpp (20)

RchyOptimyx (26)

RcisTarget (897)

RCM (82)

Rcollectl (35)

Rcpi (137)

RCSL (55)

Rcwl (117)

RcwlPipelines (117)

RCX (101)

RCy3 (962)

RCyjs (92)

RCytoscape (17)

RDAVIDWebService (45)

Rdbi (10)

RdbiPgSQL (6)

rDGIdb (89)

Rdisop (452)

RDRToolbox (150)

ReactomeContentService4R (124)

ReactomeGraph4R (55)

ReactomeGSA (237)

ReactomePA (2534)

readat (13)

ReadqPCR (222)

reb (26)

REBET (64)

rebook (144)

receptLoss (57)

reconsi (66)

recount (415)

recount3 (306)

recountmethylation (88)

recoup (78)

RedeR (348)

RedisParam (55)

REDseq (113)

RefNet (21)

RefPlus (55)

RegEnrich (118)

regionalpcs (67)

RegionalST (60)

regioneR (2006)

regioneReloaded (67)

regionReport (150)

regsplice (70)

regutools (88)

REMP (86)

Repitools (311)

ReportingTools (686)

reposTools (1)

RepViz (118)

ReQON (54)

ResidualMatrix (3683)

RESOLVE (64)

Resourcerer (10)

restfulSE (166)

retrofit (51)

ReUseData (63)

rexposome (120)

rfaRm (61)

Rfastp (152)

rflowcyt (9)

rfPred (79)

rGADEM (319)

RGalaxy (27)

rGenomeTracks (60)

Rgin (12)

RGMQL (64)

RgnTX (58)

rgoslin (95)

RGraph2js (75)

Rgraphviz (9769)

rGREAT (676)

RGSEA (87)

rgsepd (71)

rhdf5 (20113)

rhdf5client (170)

rhdf5filters (19482)

Rhdf5lib (24041)

Rhisat2 (238)

Rhtslib (24997)

rHVDM (24)

RiboCrypt (66)

RiboDiPA (64)

RiboProfiling (110)

ribor (67)

riboSeqR (81)

ribosomeProfilingQC (97)

rifi (61)

rifiComparative (54)

RImmPort (58)

Ringo (283)

Rintact (4)

RIPAT (28)

RIPSeeker (34)

Risa (176)

RITAN (89)

RIVER (72)

RJMCMCNucleosomes (79)

RLassoCox (67)

RLMM (73)

RLSeq (34)

RMAGEML (7)

Rmagpie (90)

RMAPPER (8)

RMassBank (124)

rMAT (24)

rmelting (73)

RmiR (24)

Rmmquant (73)

rmspc (74)

RNAAgeCalc (86)

RNAdecay (51)

rnaEditr (73)

RNAinteract (93)

RNAither (34)

RNAmodR (125)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (77)

RNAmodR.ML (70)

RNAmodR.RiboMethSeq (78)

RNAprobR (14)

RNAsense (59)

rnaseqcomp (82)

RNAseqCovarImpute (48)

rnaSeqMap (28)

RNASeqPower (167)

RNASeqR (12)

RnaSeqSampleSize (111)

RnBeads (304)

Rnits (74)

roar (84)

roastgsa (49)

ROC (1106)

ROCpAI (57)

RolDE (66)

Roleswitch (26)

Rolexa (14)

rols (497)

ROntoTools (230)

ropls (1264)

ROSeq (70)

ROTS (228)

RPA (127)

rprimer (82)

RProtoBufLib (2742)

RpsiXML (36)

rpx (314)

Rqc (278)

rqt (60)

rqubic (109)

rRDP (86)

Rredland (4)

RRHO (104)

rrvgo (555)

Rsamtools (23887)

rsbml (173)

rScudo (68)

rsemmed (55)

RSeqAn (109)

rSFFreader (18)

RSNPper (7)

Rsubread (2279)

RSVSim (87)

rSWeeP (66)

rTANDEM (25)

RTCA (82)

RTCGA (563)

RTCGAToolbox (560)

RTN (199)

RTNduals (103)

RTNsurvival (80)

RTools4TB (3)

RTopper (82)

Rtpca (77)

rtracklayer (21284)

Rtreemix (90)

rTRM (194)

rTRMui (82)

runibic (89)

Ruuid (9)

RUVcorr (75)

RUVnormalize (86)

RUVSeq (940)

Rvisdiff (52)

RVS (68)

RWebServices (9)

rWikiPathways (408)

S

S4Arrays (38501)

S4Vectors (56611)

safe (675)

SAGElyzer (5)

sagenhaft (79)

SAGx (35)

SAIGEgds (104)

samExploreR (12)

sampleClassifier (83)

SamSPECTRAL (172)

sangeranalyseR (194)

sangerseqR (931)

SANTA (68)

sapFinder (24)

saps (3)

SARC (51)

sarks (60)

saseR (37)

satuRn (288)

savR (28)

SBGNview (219)

sbgr (2)

SBMLR (89)

SC3 (382)

Scale4C (80)

ScaledMatrix (12376)

scAlign (20)

SCAN.UPC (169)

scanMiR (100)

scanMiRApp (63)

scAnnotatR (205)

SCANVIS (76)

SCArray (96)

SCArray.sat (63)

SCATE (70)

scater (7298)

scatterHatch (57)

scBFA (74)

SCBN (99)

scBubbletree (66)

scCB2 (72)

scClassifR (4)

scClassify (110)

sccomp (113)

scDataviz (93)

scDblFinder (1545)

scDD (146)

scDDboost (62)

scde (381)

scDesign3 (70)

scDotPlot (11)

scds (527)

SCFA (58)

scFeatureFilter (67)

scFeatures (75)

scfind (11)

scGPS (98)

schex (240)

scHOT (76)

scider (56)

scifer (64)

ScISI (36)

scMAGeCK (7)

scmap (249)

scMerge (581)

scMET (59)

scmeth (85)

scMitoMut (28)

scMultiSim (28)

SCnorm (124)

scone (128)

Sconify (72)

SCOPE (78)

scoreInvHap (78)

scp (203)

scPCA (102)

scPipe (153)

scran (4858)

scReClassify (72)

scRecover (69)

screenCounter (54)

ScreenR (54)

scRepertoire (464)

scRNAseqApp (74)

scruff (85)

scry (251)

scShapes (55)

scsR (22)

scTensor (139)

scTGIF (229)

scTHI (58)

scTreeViz (65)

scuttle (9732)

scviR (58)

SDAMS (75)

seahtrue (7)

sechm (170)

segmenter (78)

segmentSeq (100)

selectKSigs (63)

SELEX (82)

SemDist (70)

semisup (67)

SemSim (3)

SEPA (10)

SEPIRA (28)

seq.hotSPOT (48)

seq2pathway (200)

seqArchR (91)

seqArchRplus (63)

SeqArray (951)

seqbias (81)

seqCAT (83)

seqCNA (50)

seqcombo (71)

SeqGate (66)

SeqGSEA (226)

seqLogo (3848)

seqPattern (761)

seqplots (23)

seqsetvis (96)

SeqSQC (171)

seqTools (135)

SeqVarTools (456)

sesame (849)

SEtools (218)

sevenbridges (85)

sevenC (68)

SGCP (179)

SGSeq (341)

SharedObject (162)

shiny.gosling (37)

shinyepico (83)

shinyMethyl (132)

shinyTANDEM (20)

ShortRead (6320)

SIAMCAT (140)

SICtools (64)

sigaR (23)

SigCheck (77)

sigFeature (242)

SigFuge (83)

siggenes (3418)

sights (77)

signatureSearch (247)

signeR (94)

signet (10)

signifinder (62)

sigPathway (45)

SigsPack (65)

sigsquared (72)

SIM (85)

SIMAT (75)

SimBindProfiles (61)

SimBu (143)

SIMD (67)

SimFFPE (61)

similaRpeak (80)

SIMLR (259)

simona (77)

simPIC (28)

simpleaffy (107)

simpleSeg (78)

simplifyEnrichment (875)

simulatorAPMS (4)

simulatorZ (17)

sincell (76)

single (48)

SingleCellAlleleExperiment (45)

SingleCellExperiment (15480)

SingleCellSignalR (270)

singleCellTK (323)

SingleMoleculeFootprinting (72)

SingleR (4169)

singscore (1477)

SiPSiC (58)

SISPA (26)

sitadela (63)

sitePath (71)

sizepower (85)

SJava (7)

sketchR (43)

skewr (67)

slalom (166)

SLGI (35)

slingshot (1496)

slinky (14)

SLqPCR (84)

SMAD (61)

SMAP (55)

smartid (41)

SMITE (75)

smoothclust (35)

SNAGEE (78)

snapCGH (112)

snapcount (72)

snifter (144)

snm (184)

SNPchip (33)

SNPediaR (64)

SNPhood (80)

snpMatrix (11)

SNPRelate (1644)

snpStats (2255)

soGGi (363)

sojourner (16)

SomatiCA (14)

SomaticSignatures (198)

SOMNiBUS (68)

SpaceMarkers (27)

SpacePAC (122)

spade (15)

Spaniel (93)

sparrow (251)

SparseArray (35855)

sparseDOSSA (35)

sparseMatrixStats (15637)

sparsenetgls (61)

SparseSignatures (75)

spaSim (72)

SpatialCPie (88)

spatialDE (114)

SpatialDecon (209)

SpatialExperiment (2928)

SpatialFeatureExperiment (162)

spatialHeatmap (244)

SpatialOmicsOverlay (80)

spatzie (60)

speckle (196)

specL (79)

SpeCond (94)

Spectra (1971)

SpectralTAD (95)

SPEM (102)

SPIA (655)

SPIAT (130)

spicyR (199)

SpidermiR (75)

spikeLI (66)

spiky (57)

spillR (34)

spkTools (77)

splatter (492)

splicegear (24)

spliceR (21)

spliceSites (21)

SpliceWiz (121)

SplicingFactory (56)

SplicingGraphs (114)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (87)

SPLINTER (77)

splots (230)

SPONGE (62)

spoon (31)

SpotClean (103)

SPOTlight (261)

spotSegmentation (21)

SpotSweeper (28)

spqn (61)

SPsimSeq (211)

SQLDataFrame (65)

SQUADD (48)

squallms (9)

sRACIPE (82)

SRAdb (462)

sRAP (28)

SRGnet (12)

srnadiff (79)

sscore (42)

sscu (69)

sSeq (194)

ssize (115)

sSNAPPY (185)

SSPA (84)

ssPATHS (60)

ssrch (94)

ssviz (79)

stageR (191)

stam (4)

STAN (23)

standR (136)

staRank (80)

StarBioTrek (53)

Starr (28)

STATegRa (82)

Statial (78)

statTarget (112)

STdeconvolve (149)

stepNorm (80)

stepwiseCM (19)

stJoincount (74)

strandCheckR (71)

Streamer (85)

STRINGdb (1222)

STROMA4 (32)

struct (167)

Structstrings (173)

structToolbox (123)

StructuralVariantAnnotation (241)

SubCellBarCode (72)

subSeq (89)

SUITOR (53)

SummarizedBenchmark (49)

SummarizedExperiment (38955)

Summix (58)

supersigs (128)

supraHex (502)

surfaltr (59)

SurfR (29)

survClust (12)

survcomp (1229)

survtype (67)

Sushi (67)

sva (7376)

svaNUMT (70)

SVAPLSseq (11)

svaRetro (73)

SVM2CRM (12)

SVMDO (122)

SWATH2stats (76)

SwathXtend (80)

swfdr (83)

SwimR (15)

switchBox (134)

switchde (74)

synapsis (53)

synapter (156)

synergyfinder (213)

SynExtend (70)

synlet (68)

SynMut (63)

syntenet (137)

systemPipeR (1200)

systemPipeShiny (78)

systemPipeTools (72)

T

tadar (64)

TADCompare (97)

tanggle (77)

TAPseq (76)

target (71)

TargetDecoy (70)

TargetScore (89)

TargetSearch (91)

TarSeqQC (22)

TBSignatureProfiler (85)

TCC (229)

TCGAbiolinks (4038)

TCGAbiolinksGUI (33)

TCGAutils (856)

TCseq (201)

TDARACNE (29)

TDbasedUFE (85)

TDbasedUFEadv (66)

TEKRABber (182)

TENxIO (65)

tenXplore (63)

TEQC (99)

ternarynet (73)

terraTCGAdata (76)

TFARM (67)

TFBSTools (3508)

TFEA.ChIP (90)

TFHAZ (72)

TFutils (99)

tidybulk (302)

tidyCoverage (31)

tidyFlowCore (11)

tidyomics (43)

tidySingleCellExperiment (232)

tidySpatialExperiment (40)

tidySummarizedExperiment (393)

tidytof (6)

tigre (98)

TileDBArray (69)

tilingArray (171)

timecourse (101)

timeOmics (97)

timescape (88)

TimeSeriesExperiment (17)

TimiRGeN (51)

TIN (71)

TissueEnrich (247)

TitanCNA (103)

tkWidgets (1326)

tLOH (61)

TMixClust (90)

TNBC.CMS (48)

TnT (42)

TOAST (415)

tofsims (16)

tomoda (66)

tomoseqr (56)

TOP (57)

ToPASeq (18)

topconfects (189)

topdownr (96)

topGO (3048)

ToxicoGx (81)

TPP (119)

TPP2D (67)

tpSVG (29)

tracktables (157)

trackViewer (559)

tradeSeq (529)

TrajectoryGeometry (51)

TrajectoryUtils (1977)

transcriptogramer (81)

transcriptR (92)

transformGamPoi (87)

transite (77)

tRanslatome (210)

transmogR (29)

transomics2cytoscape (75)

TransView (80)

TraRe (8)

traseR (77)

Travel (4)

traviz (73)

TreeAndLeaf (143)

treeclimbR (30)

treeio (20163)

treekoR (71)

TreeSummarizedExperiment (1865)

TREG (59)

trena (32)

TReNA (2)

Trendy (75)

TRESS (105)

tricycle (255)

triform (29)

trigger (91)

trio (125)

triplex (87)

tripr (61)

tRNA (159)

tRNAdbImport (134)

tRNAscanImport (86)

TRONCO (90)

TSAR (45)

TSCAN (685)

tscR (16)

tspair (30)

TSRchitect (18)

TSSi (22)

ttgsea (97)

TTMap (74)

TurboNorm (88)

TVTB (84)

tweeDEseq (167)

twilight (132)

twoddpcr (73)

txcutr (61)

txdbmaker (1518)

tximeta (1104)

tximport (3431)

TxRegInfra (12)

TypeInfo (73)

U

UCell (1446)

UCSC.utils (14348)

Ularcirc (82)

UMI4Cats (72)

uncoverappLib (72)

UNDO (83)

unifiedWMWqPCR (55)

UniProt.ws (433)

Uniquorn (80)

universalmotif (673)

updateObject (55)

UPDhmm (26)

uSORT (78)

V

VAExprs (58)

VanillaICE (272)

VarCon (60)

variancePartition (967)

VariantAnnotation (12264)

VariantExperiment (59)

VariantFiltering (108)

VariantTools (189)

vasp (5)

VaSP (73)

vbmp (111)

VCFArray (76)

VDJdive (63)

Vega (21)

VegaMC (77)

velociraptor (148)

veloviz (57)

VennDetail (262)

VERSO (60)

vidger (131)

viper (734)

virtualArray (8)

ViSEAGO (144)

VisiumIO (31)

vissE (111)

Voyager (165)

VplotR (72)

vsclust (65)

vsn (5177)

vtpnet (101)

vulcan (83)

W

waddR (63)

wateRmelon (828)

wavClusteR (80)

waveTiling (26)

weaver (85)

webbioc (91)

weitrix (70)

widgetInvoke (4)

widgetTools (1324)

wiggleplotr (188)

wpm (72)

wppi (47)

Wrench (1690)

X

XBSeq (18)

XCIR (8)

xcms (1808)

xcore (60)

XDE (98)

Xeva (136)

XINA (64)

xmapbridge (73)

xmapcore (5)

XNAString (63)

xps (23)

XVector (48851)

Y

y2hStat (1)

yamss (81)

YAPSA (105)

yaqcaffy (28)

yarn (145)

Z

zellkonverter (1294)

zenith (146)

zFPKM (128)

zinbwave (978)

zitools (5)

zlibbioc (53125)

ZygosityPredictor (57)