See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Wed. 4 Nov 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (78553) 26 clusterProfiler (29661) 51 GenomicFeatures (19217)
2 S4Vectors (74754) 27 BiocFileCache (29415) 52 preprocessCore (19019)
3 BiocGenerics (74573) 28 DOSE (28872) 53 BiocSingular (18880)
4 IRanges (68817) 29 fgsea (28660) 54 ScaledMatrix (17724)
5 Biobase (64555) 30 Rhdf5lib (28653) 55 cigarillo (17589)
6 XVector (63836) 31 Rhtslib (28082) 56 BiocNeighbors (16619)
7 BiocParallel (59780) 32 qvalue (27744) 57 GEOquery (15960)
8 SparseArray (59628) 33 rhdf5 (27619) 58 AnnotationHub (15671)
9 Biostrings (58962) 34 GOSemSim (27495) 59 BiocBaseUtils (15511)
10 DelayedArray (57500) 35 GenomicAlignments (27006) 60 genefilter (15339)
11 GenomicRanges (56973) 36 rhdf5filters (26199) 61 h5mread (15167)
12 S4Arrays (53674) 37 rtracklayer (26119) 62 impute (14554)
13 SummarizedExperiment (53483) 38 graph (25654) 63 multtest (14457)
14 MatrixGenerics (52710) 39 biomaRt (24570) 64 BSgenome (14375)
15 Seqinfo (48593) 40 SingleCellExperiment (24483) 65 scuttle (14235)
16 AnnotationDbi (47940) 41 UCSC.utils (24043) 66 dir.expiry (13776)
17 limma (45965) 42 ComplexHeatmap (23951) 67 GSEABase (13343)
18 KEGGREST (45885) 43 BiocIO (22898) 68 ProtGenerics (13018)
19 GenomeInfoDb (37356) 44 annotate (22557) 69 GSVA (12757)
20 ggtree (34372) 45 beachmat (22120) 70 AnnotationFilter (12707)
21 edgeR (32392) 46 sparseMatrixStats (21499) 71 scater (12634)
22 DESeq2 (32071) 47 zlibbioc (21012) 72 Rgraphviz (11263)
23 treeio (31965) 48 HDF5Array (20536) 73 ExperimentHub (11146)
24 enrichplot (30369) 49 DelayedMatrixStats (19969) 74 ensembldb (10999)
25 Rsamtools (30336) 50 assorthead (19436) 75 bluster (10903)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (934)

a4Base (988)

a4Classif (846)

a4Core (860)

a4Preproc (1004)

a4Reporting (709)

ABAEnrichment (318)

ABarray (991)

abseqR (787)

ABSSeq (935)

acde (1032)

ACE (818)

aCGH (1322)

ACME (1278)

ADaCGH2 (993)

ADAM (706)

ADAMgui (668)

ADAPT (250)

adaptest (108)

adductomicsR (508)

ADImpute (752)

adSplit (1072)

adverSCarial (494)

Aerith (400)

AffiXcan (802)

affxparser (3326)

affy (10556)

affycomp (1338)

AffyCompatible (466)

affyContam (891)

affycoretools (1458)

affydata (33)

AffyExpress (412)

affyILM (889)

affyio (10615)

affylmGUI (1194)

affyPara (435)

affypdnn (375)

affyPLM (2430)

affyQCReport (400)

AffyRNADegradation (785)

AffyTiling (221)

AGDEX (860)

aggregateBioVar (787)

Agi4x44PreProcess (153)

agilp (663)

AgiMicroRna (1105)

AHMassBank (490)

AIMS (1211)

airpart (695)

alabaster (505)

alabaster.base (5782)

alabaster.bumpy (496)

alabaster.files (500)

alabaster.mae (517)

alabaster.matrix (5526)

alabaster.ranges (5441)

alabaster.sce (1830)

alabaster.schemas (5297)

alabaster.se (5423)

alabaster.sfe (269)

alabaster.spatial (564)

alabaster.string (516)

alabaster.vcf (515)

ALDEx2 (2533)

alevinQC (932)

AllelicImbalance (1081)

AlphaBeta (731)

AlphaMissenseR (573)

alpine (405)

ALPS (118)

AlpsNMR (874)

alsace (248)

altcdfenvs (1112)

AMARETTO (860)

AMOUNTAIN (739)

amplican (1199)

ampliQueso (249)

AnalysisPageServer (171)

anamiR (152)

anansi (509)

Anaquin (714)

ANCOMBC (2999)

AneuFinder (584)

ANF (687)

anglemania (582)

animalcules (957)

annaffy (1173)

AnnBuilder (93)

anndataR (1720)

annmap (826)

annoLinker (387)

annotate (22557)

AnnotationDbi (47940)

AnnotationFilter (12707)

AnnotationForge (3131)

AnnotationFuncs (309)

AnnotationHub (15671)

AnnotationHubData (1503)

annotationTools (944)

annotatr (1482)

anota (861)

anota2seq (834)

antiProfiles (663)

AnVIL (1284)

AnVILAz (442)

AnVILBase (903)

AnVILBilling (571)

AnVILGCP (480)

AnVILPublish (559)

AnVILVRS (111)

AnVILWorkflow (350)

APAlyzer (692)

apComplex (1008)

apeglm (7715)

APL (698)

applera (56)

appreci8R (856)

aroma.light (2480)

ArrayExpress (1175)

ArrayExpressHTS (301)

arrayMagic (159)

arrayMvout (1019)

arrayQCplot (42)

arrayQuality (941)

arrayQualityMetrics (1312)

ArrayTools (421)

ArrayTV (338)

ARRmNormalization (713)

artMS (767)

ASAFE (547)

ASEB (686)

ASGSCA (733)

ASICS (942)

asmn (57)

ASpediaFI (223)

ASpli (1116)

AssessORF (883)

ASSET (793)

ASSIGN (941)

assorthead (19436)

ASURAT (775)

asuri (409)

ATACCoGAPS (154)

atacInferCnv (328)

ATACseqQC (1149)

ATACseqTFEA (761)

atena (716)

AtlasRDF (115)

atSNP (796)

attract (1236)

AUCell (4609)

augere.core (131)

augere.de (133)

augere.gsea (140)

augere.screen (112)

augere.solo (147)

autonomics (836)

Autotuner (114)

AWAggregator (366)

AWFisher (680)

awst (619)

B

BaalChIP (769)

BAC (403)

bacon (939)

BADER (682)

BadRegionFinder (815)

BAGS (647)

ballgown (1843)

bambu (1066)

BamScale (140)

bamsignals (2201)

BANDITS (778)

bandle (774)

Banksy (1165)

banocc (564)

barbieQ (541)

barcodetrackR (318)

barmixR (94)

basecallQC (583)

BaseSpaceR (811)

Basic4Cseq (895)

BASiCS (1206)

BASiCStan (574)

BasicSTARRseq (712)

basilisk (5629)

basilisk.utils (3386)

batchCorr (426)

BatChef (297)

batchelor (5719)

BatchQC (817)

BatchSVG (457)

BatchVaria (8)

Battlefield (415)

BayesKnockdown (646)

BayesPeak (339)

BayesSpace (1303)

bayNorm (773)

baySeq (1364)

BBCAnalyzer (954)

BCRANK (1137)

bcSeq (585)

BDMMAcorrect (254)

beachmat (22120)

beachmat.hdf5 (656)

beachmat.tiledb (316)

beadarray (1740)

beadarraySNP (583)

BeadDataPackR (1182)

BeadExplorer (44)

BEARscc (316)

BEAT (1068)

BEclear (746)

bedbaser (445)

beer (509)

benchdamic (865)

BenchHub (153)

BERT (464)

betaHMM (583)

betr (256)

betterChromVAR (332)

bettr (542)

BG2 (498)

bgafun (343)

BgeeCall (961)

BgeeDB (819)

BGmix (357)

bgx (739)

BHC (376)

BicARE (964)

BiFET (653)

BiGGR (433)

bigmelon (897)

bigmemoryExtras (201)

bigPint (281)

bim (49)

BindingSiteFinder (799)

bioassayR (844)

Biobase (64555)

biobroom (890)

biobtreeR (535)

Bioc.gff (404)

bioCancer (1112)

BioCartaImage (526)

BiocAzul (308)

BiocBaseUtils (15511)

BiocBook (522)

BiocBuildReporter (319)

BiocCaseStudies (418)

BiocCheck (3359)

biocDatasets (41)

BiocDockerManager (160)

BiocDuckDB (19)

BiocFHIR (648)

BiocFileCache (29415)

BiocGenerics (74573)

biocGraph (1035)

BiocHail (336)

BiocHubsShiny (561)

BiocInstaller (355)

BiocIO (22898)

BiocMaintainerApp (307)

biocmake (7907)

BiocNeighbors (16619)

BiocOncoTK (484)

BioCor (831)

BiocParallel (59780)

BiocPkgDash (339)

BiocPkgTools (952)

biocroxytest (424)

BiocSet (880)

BiocSingular (18880)

BiocSklearn (649)

BiocStyle (8690)

biocthis (1171)

BiocVersion (78553)

biocViews (5926)

BiocWorkflowTools (763)

biodb (785)

biodbChebi (333)

biodbExpasy (151)

biodbHmdb (240)

biodbKegg (199)

biodbLipidmaps (161)

biodbMirbase (129)

biodbNcbi (228)

biodbNci (219)

biodbUniprot (234)

bioDist (999)

BioGA (435)

biomaRt (24570)

BioMedR (61)

biomformat (7837)

BioMM (256)

BioMVCClass (878)

biomvRCNS (913)

BioNAR (690)

BioNERO (911)

BioNet (1261)

BioNetStat (307)

BioPlex (61)

BioQC (1018)

BioSeqClass (406)

biosigner (867)

Biostrings (58962)

biosvd (255)

BioTIP (882)

biotmle (793)

biovizBase (6486)

BiRewire (659)

birta (293)

birte (194)

biscuiteer (989)

BiSeq (1050)

BitSeq (525)

blacksheepr (827)

blase (579)

blima (867)

BLMA (884)

BloodGen3Module (626)

bluster (10903)

bnbc (978)

bnem (736)

BOBaFIT (654)

borealis (620)

BPRMeth (606)

BRAIN (1013)

brainflowprobes (279)

brainImageR (53)

BrainSABER (164)

BrainStars (301)

branchpointer (987)

breakpointR (785)

BreastSubtypeR (555)

brendaDb (687)

BREW3R.r (537)

BRGenomics (471)

bridge (422)

BridgeDbR (904)

broadSeq (553)

BrowserViz (777)

BrowserVizDemo (61)

BSgenome (14375)

BSgenomeForge (636)

bsseq (2717)

BubbleTree (516)

BufferedMatrix (779)

BufferedMatrixMethods (740)

bugsigdbr (744)

BulkSignalR (679)

BUMHMM (791)

bumphunter (4267)

BumpyMatrix (1277)

BUS (882)

BUScorrect (825)

BUSpaRse (916)

BUSseq (706)

C

CaDrA (521)

CAEN (542)

CAFE (1227)

CAGEfightR (1053)

cageminer (682)

CAGEr (1109)

CALIB (388)

CalibraCurve (425)

calm (495)

CAMERA (1548)

CAMTHC (127)

CaMutQC (603)

canceR (764)

cancerclass (1113)

CancerInSilico (289)

CancerMutationAnalysis (424)

CancerSubtypes (395)

CAnD (274)

caOmicsV (340)

cardelino (743)

Cardinal (1405)

CardinalIO (720)

CARDspa (633)

carnation (330)

CARNIVAL (753)

casper (909)

CATALYST (1264)

Category (2355)

categoryCompare (1123)

CatsCradle (578)

CausalR (721)

cbaf (747)

CBEA (231)

cBioPortalData (1242)

CBN2Path (357)

CBNplot (649)

cbpManager (685)

CCAFE (566)

ccfindR (616)

ccImpute (621)

ccmap (389)

CCPlotR (570)

CCPROMISE (736)

ccrepe (656)

CDI (621)

celaref (896)

celda (2337)

CellaRepertorium (278)

CellBarcode (777)

cellbaseR (805)

CellBench (924)

cellGrowth (252)

cellHTS (392)

cellHTS2 (777)

CelliD (690)

cellity (861)

CellMapper (751)

CellMentor (358)

cellmig (495)

cellmigRation (588)

CellMixS (989)

cellNexus (98)

CellNOptR (1043)

cellscape (553)

CellScore (407)

CellTrails (867)

cellTree (373)

cellxgenedp (592)

CEMiTool (949)

censcyt (646)

Cepo (828)

ceRNAnetsim (586)

CeTF (894)

CexoR (1026)

CFAssay (581)

cfdnakit (654)

cfDNAPro (759)

cfTools (322)

CGEN (713)

CGHbase (1290)

CGHcall (1230)

cghMCR (947)

CGHnormaliter (912)

CGHregions (868)

CGRphylo2 (118)

ChAMP (1643)

CHARGE (111)

charm (355)

ChemmineOB (1046)

ChemmineR (1853)

CHETAH (800)

chevreulPlot (405)

chevreulProcess (552)

chevreulShiny (592)

ChIC (181)

Chicago (869)

chihaya (712)

chimera (408)

chimeraviz (1056)

ChIPanalyser (871)

ChIPComp (677)

chipenrich (997)

ChIPexoQual (936)

ChIPpeakAnno (1898)

ChIPQC (1220)

ChIPseeker (3961)

chipseq (1625)

ChIPseqR (1062)

ChIPSeqSpike (174)

ChIPsim (986)

ChIPXpress (700)

chopsticks (895)

chroGPS (354)

Chromatograms (463)

chromDraw (700)

ChromHeatMap (971)

ChromoViz (94)

chromPlot (879)

ChromSCape (955)

chromstaR (670)

chromswitch (324)

chromVAR (2255)

CHRONOS (710)

cicero (1076)

cigarillo (17589)

CIMICE (621)

CINdex (466)

circRNAprofiler (949)

CircSeqAlignTk (540)

cisPath (366)

CiteFuse (845)

CLAMP (136)

ClassifyR (1188)

cleanUpdTSeq (1233)

CleanUpRNAseq (596)

cleaver (1037)

clevRvis (553)

clippda (932)

clipper (1100)

cliProfiler (662)

cliqueMS (689)

Clomial (680)

Clonality (391)

ClonalSim (348)

clonotypeR (283)

clst (790)

clstutils (833)

CluMSID (723)

ClustAll (539)

clustComp (702)

clusterExperiment (1149)

ClusterFoldSimilarity (527)

ClusterGVis (479)

ClusterJudge (752)

clusterProfiler (29661)

clusterSeq (773)

ClusterSignificance (723)

clusterStab (893)

clustifyr (947)

ClustIRR (568)

clustSIGNAL (489)

CMA (1039)

cmapR (1230)

CMEnt (8)

cn.farms (1088)

cn.mops (1255)

CNAnorm (807)

CNEr (2692)

CNORdt (691)

CNORfeeder (945)

CNORfuzzy (858)

CNORode (776)

CNPBayes (223)

CNTools (909)

CNVfilteR (767)

CNVgears (201)

cnvGSA (802)

CNViz (558)

CNVMetrics (699)

CNVPanelizer (847)

CNVRanger (845)

CNVrd2 (1001)

CNVtools (254)

cobindR (299)

CoCiteStats (803)

COCOA (965)

codelink (1295)

CODEX (964)

coexnet (245)

CoGAPS (959)

cogena (1090)

cogeqc (720)

Cogito (605)

coGPS (820)

COHCAP (342)

cola (1079)

comapr (613)

combi (708)

coMET (475)

coMethDMR (741)

compartmap (372)

COMPASS (770)

compcodeR (1103)

CompensAID (371)

compEpiTools (1049)

CompGO (284)

ComplexHeatmap (23951)

CompoundDb (1107)

ComPrAn (518)

compSPOT (441)

CONCERTDR (22)

conclus (131)

concordexR (620)

condcomp (43)

condiments (795)

CONFESS (916)

consensus (658)

ConsensusClusterPlus (3964)

consensusDE (473)

consensusOV (930)

consensusSeekeR (868)

consICA (682)

CONSTANd (628)

contiBAIT (553)

conumee (933)

convert (981)

copa (871)

COPDSexualDimorphism (58)

copynumber (567)

CopyNumber450k (127)

CopyNumberPlots (829)

CopywriteR (392)

Coralysis (467)

coRdon (993)

CoRegFlux (104)

CoRegNet (469)

CoreGx (1155)

Cormotif (823)

CorMut (212)

coRNAi (230)

CorNetto (21)

corral (727)

CORREP (398)

coseq (912)

CoSIA (584)

cosmiq (792)

cosmo (162)

cosmoGUI (110)

cosmosR (683)

COSNet (715)

COTAN (708)

CountClust (273)

countsimQC (989)

covEB (682)

CoverageView (848)

covRNA (757)

CPSM (515)

cpvSNP (932)

cqn (1086)

CrcBiomeScreen (348)

CRImage (1202)

CRISPRball (516)

crisprBase (785)

crisprBowtie (686)

crisprBwa (473)

crisprDesign (814)

crisprScore (828)

CRISPRseek (952)

crisprseekplus (337)

crisprShiny (516)

CrispRVariants (1081)

crisprVerse (557)

crisprViz (747)

crlmm (1504)

CrossICC (78)

crossmeta (472)

crumblr (493)

crupR (557)

CSAR (906)

csaw (1535)

csdR (522)

CSOA (413)

CSSP (301)

CSSQ (753)

ctc (979)

CTdata (707)

CTDquerier (981)

ctdR (13)

CTexploreR (675)

ctgGEM (146)

cTRAP (975)

ctsGE (786)

CTSV (549)

cummeRbund (815)

CuratedAtlasQueryR (423)

customCMPdb (641)

customProDB (818)

CVE (174)

cyanoFilter (690)

cycle (860)

cydar (901)

CyFj11 (11)

cypress (575)

CySA (31)

CytoDx (612)

cytofast (114)

cytofkit (198)

CyTOFpower (597)

cytofQC (565)

CytoGLMM (602)

cytoKernel (641)

cytolib (3819)

cytomapper (1183)

CytoMDS (586)

cytoMEM (610)

CytoML (1603)

CytoPipeline (661)

CytoPipelineGUI (521)

CytoTree (131)

cytoviewer (704)

D

dada2 (4205)

dagLogo (1127)

daMA (938)

DAMEfinder (935)

damidBind (461)

DaMiRseq (1054)

Damsel (582)

dandelionR (430)

DAPAR (985)

DaparToolshed (121)

dar (582)

DART (921)

DASC (25)

DASiR (140)

dasper (177)

DAssemble (93)

DAVIDQuery (164)

daVis (144)

DBChIP (350)

dbSequence (101)

dcanr (906)

DCATS (542)

dce (344)

dcGSA (599)

DChIPRep (272)

ddCt (969)

ddgraph (200)

ddPCRclust (726)

dearseq (771)

debCAM (430)

debrowser (928)

decemedip (385)

DECIPHER (4882)

deco (279)

DEComplexDisease (260)

decompTumor2Sig (756)

DeconRNASeq (877)

decontam (3008)

decontX (1212)

DeconvoBuddies (599)

deconvR (824)

decoupleR (3633)

DEDS (443)

DeeDeeExperiment (548)

DeepBlueR (371)

DeepPINCS (582)

deepSNV (1286)

DeepTarget (526)

DEFormats (999)

DegCre (547)

DegNorm (804)

DEGraph (616)

DEGreport (1461)

DEGseq (1033)

DelayedArray (57500)

DelayedDataFrame (748)

DelayedMatrixStats (19969)

DelayedRandomArray (590)

DelayedTensor (674)

DELocal (614)

deltaCaptureC (652)

deltaGseg (712)

DeMAND (546)

DeMixT (869)

demuxmix (629)

demuxSNP (629)

DenoIST (393)

densvis (1149)

DEP (1163)

DepecheR (733)

DepInfeR (619)

DeProViR (54)

DEqMS (1053)

derfinder (1535)

derfinderHelper (1195)

derfinderPlot (1082)

DEScan2 (977)

DESeq (817)

DESeq2 (32071)

DEsingle (778)

DESpace (851)

destiny (2015)

DEsubs (970)

DEWSeq (855)

DExMA (671)

DEXSeq (2836)

dexus (338)

DFP (898)

DFplyr (501)

DIAlignR (260)

DiffBind (2490)

diffcoexp (678)

diffcyt (1151)

DifferentialRegulation (677)

diffGeneAnalysis (672)

diffHic (1158)

DiffLogo (723)

diffloop (387)

diffuStats (729)

diffUTR (748)

diggit (725)

Dino (696)

dinoR (554)

DiPPER (9)

dir.expiry (13776)

Director (262)

DirichletMultinomial (6490)

discordant (736)

DiscoRhythm (825)

distinct (843)

dittoSeq (1831)

divergence (679)

dks (648)

DMCFB (751)

DMCHMM (779)

dmGsea (483)

DMRcaller (1065)

DMRcate (1838)

DMRforPairs (426)

DMRScan (963)

dmrseq (1200)

DNABarcodeCompatibility (558)

DNABarcodes (759)

DNAcopy (5054)

DNAcycP2 (475)

dnaEPICO (207)

DNAfusion (795)

DNaseR (81)

DNAshapeR (976)

DNEA (467)

domainsignatures (238)

dominatR (399)

DominoEffect (764)

dominoSignal (555)

doppelgangR (863)

DOQTL (293)

Doscheda (920)

DOSE (28872)

doseR (796)

DOtools (424)

DOTSeq (417)

doubletrouble (739)

dpeak (201)

drawProteins (756)

dreamlet (911)

DRIMSeq (1198)

DriverNet (692)

DropletUtils (4106)

drugfindR (390)

drugTargetInteractions (609)

DrugVsDisease (908)

dSimer (194)

DspikeIn (545)

DSS (1702)

dStruct (604)

DTA (727)

dualKS (398)

DuckDBArray (48)

DuckDBDataFrame (45)

DuckDBGRanges (49)

DuckDBSpatial (37)

Dune (581)

DupChecker (171)

DuplexDiscovereR (497)

dupRadar (814)

dyebias (1035)

DynDoc (2513)

E

easier (813)

EasyCellType (658)

easylift (547)

EasyqpcR (306)

easyreporting (734)

easyRNASeq (1017)

EBarrays (1284)

EBcoexpress (909)

EBImage (4237)

EBSEA (638)

EBSeq (1143)

EBSeqHMM (326)

ecolitk (1087)

EDASeq (2602)

edd (170)

EDDA (284)

edge (893)

edgeR (32392)

EDIRquery (536)

eds (729)

eegc (405)

EGAD (743)

EGSEA (1091)

eiR (796)

eisa (489)

eisaR (854)

ELBOW (289)

ELMER (853)

ELViS (517)

EMDomics (781)

EMMA (138)

EmpiricalBrownsMethod (680)

EMTscore (135)

ENCODExplorer (228)

EnhancedVolcano (7620)

enhancerHomologSearch (722)

EnMCB (783)

ENmix (1085)

EnrichDO (548)

EnrichedHeatmap (2001)

EnrichmentBrowser (1432)

enrichplot (30369)

enrichTF (288)

enrichViewNet (595)

ensembldb (10999)

ensemblVEP (382)

ENVISIONQuery (258)

epialleleR (770)

EpiCompare (703)

epidecodeR (668)

EpiDISH (1793)

epigenomix (963)

epigraHMM (869)

epihet (193)

EpiMix (734)

epimutacions (731)

epiNEM (853)

EpipwR (377)

epiregulon (543)

epiregulon.extra (586)

epiRomics (301)

epiSeeker (417)

epistack (769)

epistasisGA (600)

EpiTxDb (794)

epivizr (1117)

epivizrChart (981)

epivizrData (902)

epivizrServer (725)

epivizrStandalone (803)

erccdashboard (1031)

erma (537)

ERSSA (816)

esATAC (1164)

escape (1108)

escheR (794)

esetVis (909)

eudysbiome (964)

evaluomeR (729)

EventPointer (868)

EWCE (971)

ExCluster (559)

ExiMiR (992)

exomeCopy (692)

exomePeak (344)

exomePeak2 (342)

exonmap (104)

ExperimentHub (11146)

ExperimentHubData (1243)

ExperimentSubset (689)

explorase (253)

ExploreModelMatrix (859)

exploreSE (45)

ExpoRiskR (314)

ExpressionAtlas (826)

ExpressionView (371)

exprExternal (41)

externalVector (105)

extraChIPs (804)

F

fabia (970)

facopy (252)

factDesign (935)

factR (586)

faers (657)

FamAgg (839)

famat (800)

Fancy (32)

farms (483)

fastLiquidAssociation (772)

FastqCleaner (910)

fastRanges (404)

fastreeR (641)

fastseg (1884)

fbat (112)

FCBF (308)

fCCAC (985)

fCI (740)

fcoex (245)

fcScan (658)

fdrame (774)

FEAST (899)

FeatSeekR (495)

fedup (659)

FELLA (1006)

FEM (248)

fenr (566)

ffpe (899)

fgga (661)

FGNet (991)

fgsea (28660)

FilterFFPE (739)

findIPs (537)

FindIT2 (755)

FindMyFriends (296)

FinfoMDS (361)

FISHalyseR (643)

fishash (70)

fishpond (1363)

FitHiC (511)

flagme (814)

FLAMES (786)

flipflop (242)

flowAI (1301)

flowBeads (891)

flowBin (848)

flowcatchR (1148)

flowCHIC (862)

flowCL (309)

flowClean (1008)

flowClust (2265)

flowCore (4650)

flowCut (922)

flowCyBar (610)

flowDensity (1125)

flowFit (245)

flowFlowJo (175)

flowFP (1309)

flowGate (594)

flowGraph (642)

flowMap (447)

flowMatch (1021)

flowMeans (1147)

flowMerge (930)

flowPeaks (913)

flowPhyto (147)

flowPloidy (728)

flowPlots (661)

flowQ (326)

flowQB (250)

FlowRepositoryR (238)

FlowSOM (2139)

flowSpecs (870)

flowSpy (108)

flowStats (1763)

flowTime (820)

flowTrans (858)

flowType (349)

flowUtils (470)

flowViz (2371)

flowVS (971)

flowWorkspace (2804)

fmcsR (1086)

fmrs (529)

fobitools (753)

focalCall (214)

FoldGO (306)

FourCSeq (375)

fourSynergy (412)

fRagmentomics (409)

fraq (319)

FRASER (967)

frenchFISH (423)

FRGEpistasis (582)

frma (1066)

frmaTools (879)

FScanR (154)

FunChIP (340)

FunciSNP (390)

funOmics (406)

funtooNorm (805)

FuseSOM (670)

G

G4SNVHunter (503)

GA4GHclient (756)

GA4GHshiny (708)

gaga (959)

gage (1929)

gaggle (488)

gaia (305)

GAPGOM (183)

GAprediction (583)

garfield (556)

GARS (708)

GateFinder (686)

gatom (623)

gaucho (169)

GBScleanR (613)

gcapc (1048)

gcatest (696)

gCMAP (299)

gCMAPWeb (331)

GCPtools (659)

gCrisprTools (1174)

gcrma (2285)

GCSConnection (95)

GCSFilesystem (80)

GCSscore (281)

GDCRNATools (1096)

gDNAx (612)

gDR (469)

gDRcore (535)

gDRimport (626)

gDRstyle (564)

gDRutils (508)

GDSAnnotator (4)

GDSArray (750)

gdscloud (19)

gdsfmt (3350)

GeDi (471)

geecc (234)

GEM (685)

gemini (622)

gemma.R (685)

genArise (799)

genbankr (468)

GENE.E (133)

gene2pathway (107)

GeneAccord (230)

GeneAnswers (393)

geneAttribution (750)

GeneBreak (971)

geneClassifiers (758)

geneClusterPattern (20)

GeneExpressionSignature (1012)

genefilter (15339)

genefu (1619)

GeneGA (449)

GeneGeneInteR (423)

GeneGroupAnalysis (58)

GeneMeta (1238)

GeneNetworkBuilder (1215)

GeneOverlap (1701)

geneplast (899)

geneplotter (4911)

GeneR (135)

geneRecommender (820)

GeneRegionScan (1389)

GeneRfold (45)

geneRxCluster (763)

GeneSelectMMD (905)

GeneSelector (315)

GENESIS (1444)

GeneSpring (121)

GeneStructureTools (822)

geNetClassifier (1043)

GeneticsBase (106)

GeneticsDesign (256)

GeneticsPed (683)

GeneTonic (1022)

GeneTraffic (108)

GeneTS (83)

geneXtendeR (854)

GENIE3 (2253)

genoCN (429)

GenoGAM (327)

genomation (1815)

GenomAutomorphism (671)

GenomeBase (37)

GenomeGraphs (374)

GenomeInfoDb (37356)

genomeIntervals (1004)

genomes (679)

GenomicAlignments (27006)

GenomicCoordinates (307)

GenomicDataCommons (1836)

GenomicDistributions (891)

GenomicFeatures (19217)

GenomicFiles (1762)

genomicInstability (627)

GenomicInteractionNodes (590)

GenomicInteractions (1436)

GenomicOZone (733)

GenomicPlot (656)

GenomicRanges (56973)

GenomicScores (1484)

GenomicSuperSignature (921)

GenomicTuples (925)

Genominator (377)

genoset (378)

genotypeeval (323)

GenoView (89)

genphen (270)

GenProSeq (461)

GenRank (147)

GenVisR (1199)

GeoDiff (745)

GEOexplorer (310)

GEOfastq (416)

GEOmetadb (1029)

geomeTriD (554)

GeomxTools (1009)

GEOquery (15960)

GEOsearch (106)

GEOsubmission (794)

GeoTcgaData (692)

gep2pep (618)

gesel (107)

gespeR (455)

getDEE2 (541)

geva (649)

GEWIST (621)

GExPipe (147)

geyser (462)

gff3Plotter (48)

gg4way (597)

GGBase (462)

ggbio (3264)

ggcyto (2084)

ggkegg (943)

ggmanh (753)

ggmsa (1230)

GGPA (667)

ggsc (571)

ggseqalign (436)

ggspavis (1145)

GGtools (536)

ggtree (34372)

ggtreeDendro (503)

ggtreeExtra (2681)

ggtreeSpace (443)

GIGSEA (579)

ginmappeR (446)

gINTomics (550)

girafe (809)

GISPA (325)

GLAD (1085)

GladiaTOX (714)

Glimma (1870)

glmGamPoi (7000)

glmSparseNet (869)

GlobalAncova (2062)

globalSeq (705)

globaltest (2841)

GloScope (596)

glycoTraitR (342)

gmapR (712)

GmicR (776)

gmoviz (918)

GMRP (827)

GNET2 (484)

GNOSIS (576)

GOaGO (391)

goatea (479)

goCluster (40)

GOexpress (1045)

GOfan (331)

GOfuncR (885)

GOFunction (355)

GoogleGenomics (180)

GOpro (894)

goProfiles (1065)

GOSemSim (27495)

goseq (2404)

GOSim (471)

goSorensen (580)

goSTAG (913)

GOstats (2436)

GOsummaries (422)

GOTHiC (1161)

goTools (881)

GPA (504)

gpart (241)

GPlinksR (87)

gpls (1045)

gprege (305)

gpuMagic (334)

gQTLBase (274)

gQTLstats (277)

GrafGen (583)

gramm4R (79)

GRaNIE (1024)

granulator (279)

graper (646)

graph (25654)

GraphAlignment (683)

GraphAT (1023)

GraphExperiment (386)

graphite (7011)

GraphPAC (446)

grayleafspotr (13)

GRENITS (667)

GreyListChIP (1941)

GRmetrics (866)

groHMM (1148)

growkar (27)

GRridge (335)

GSABenchmark (319)

GSALightning (703)

GSAR (1033)

GSCA (819)

gscreend (758)

GSEABase (13343)

GSEABenchmarkeR (815)

GSEAlens (74)

GSEAlm (1052)

GSEAmining (625)

gsean (718)

GSgalgoR (680)

GSReg (805)

GSRI (936)

GSVA (12757)

gtrellis (966)

GUIDEseq (1255)

Guitar (1019)

gVenn (429)

Gviz (4686)

GWAS.BAYES (669)

gwascat (1475)

GWASTools (1634)

gwasurvivr (717)

GWENA (815)

gypsum (5226)

H

h5mread (15167)

h5vc (1295)

hammers (351)

hapFabia (886)

Harman (975)

HarmonizR (495)

Harshlight (620)

hca (310)

HCABrowser (117)

HCAExplorer (73)

HCAMatrixBrowser (42)

HCsnip (222)

HDF5Array (20536)

HDTD (581)

hdxmsqc (623)

heatmaps (1245)

Heatplus (1146)

HelloRanges (923)

HELP (932)

HEM (931)

hermes (826)

HERON (570)

Herper (456)

hexbin (171)

HGC (549)

hiAnnotator (527)

HIBAG (901)

HicAggR (596)

HiCaptuRe (445)

HiCBricks (1026)

HiCcompare (1150)

HiCDCPlus (722)

HiCDOC (719)

HiCExperiment (705)

HiContacts (858)

HiCool (345)

HiCParser (431)

HiCPotts (397)

hicrep (103)

hicVennDiagram (538)

hierGWAS (717)

hierinf (457)

HilbertCurve (1004)

HilbertVis (1004)

HilbertVisGUI (393)

HiLDA (846)

hipathia (1081)

HIPPO (592)

hiReadsProcessor (485)

HIREewas (669)

HiSpaR (271)

HistoImagePlot (375)

HiTC (1212)

hmdbQuery (584)

HMMcopy (1098)

HoloFoodR (536)

hoodscanR (642)

hopach (1336)

HPAanalyze (888)

hpar (1382)

HPAStainR (115)

HPiP (693)

HTqPCR (1121)

HTSanalyzeR (386)

HTSeqGenie (235)

htSeqTools (345)

HTSFilter (1127)

HuBMAPR (477)

HubPub (1102)

HumanTranscriptomeCompendium (322)

hummingbird (658)

HVP (419)

HybridExpress (562)

HybridMTest (788)

hypeR (611)

hyperdraw (848)

hypergraph (933)

I

iASeq (600)

iasva (722)

iBBiG (593)

Ibex (417)

ibh (703)

iBMQ (563)

iCARE (722)

Icens (1190)

icetea (838)

iCheck (801)

iChip (935)

iClusterPlus (918)

iCNV (678)

iCOBRA (1181)

ideal (1134)

IdeoViz (871)

idiogram (1216)

IdMappingAnalysis (308)

IdMappingRetrieval (254)

idpr (753)

idr2d (762)

IFAA (455)

iFlow (68)

igblastr (869)

iGC (789)

IgGeneUsage (698)

igvR (1039)

igvShiny (628)

IHW (1931)

illuminaio (4419)

ILoReg (749)

ImageArray (401)

imageFeatureTCGA (302)

imageHTS (508)

imageTCGA (435)

imageTCGAutils (377)

IMAS (583)

imcRtools (1064)

Imetagene (229)

IMMAN (585)

immApex (932)

immGLIPH (120)

immLynx (339)

immReferent (455)

ImmuneSpaceR (352)

immunoClust (917)

immunogenViewer (416)

immunotation (577)

iModMix (353)

IMPCdata (542)

ImpulseDE (115)

ImpulseDE2 (153)

impute (14554)

INDEED (526)

iNETgrate (645)

infercnv (2708)

infinityFlow (674)

Informeasure (537)

InPAS (1145)

INPower (702)

inSilicoDb (200)

inSilicoMerging (149)

INSPEcT (1212)

INTACT (524)

InTAD (814)

intansv (957)

interacCircos (488)

InteractionSet (2504)

InteractiveComplexHeatmap (1087)

interactiveDisplay (895)

interactiveDisplayBase (2987)

InterCellar (730)

IntEREst (949)

InterMineR (430)

IntOMICS (97)

IntramiRExploreR (706)

IntrinsicScan (8)

inveRsion (275)

IONiseR (998)

iontree (178)

iPAC (497)

iPath (561)

ipdDb (701)

IPO (792)

IPPD (285)

IRanges (68817)

IRISFGM (211)

IrisSpatialFeatures (53)

ISAnalytics (838)

iscream (496)

iSEE (1237)

iSEEde (615)

iSEEfier (503)

iSEEhex (622)

iSEEhub (733)

iSEEid (128)

iSEEindex (565)

iSEEpathways (592)

iSEEtree (607)

iSEEu (828)

iSeq (715)

ISLET (636)

islify (444)

iSNetwork (60)

isobar (1143)

IsoBayes (572)

IsoCorrectoR (674)

IsoCorrectoRGUI (577)

IsoformSwitchAnalyzeR (1421)

IsoGeneGUI (487)

ISoLDE (589)

isomiRs (1029)

iSPlot (59)

ITALICS (910)

iterativeBMA (781)

iterativeBMAsurv (656)

iterClust (262)

iteremoval (179)

IVAS (898)

ivygapSE (669)

IWTomics (775)

J

JASPAR2018 (29)

jazzPanda (607)

jmosaics (145)

joda (289)

JunctionSeq (224)

jvecfor (275)

K

karioCaS (8)

karyoploteR (1962)

katdetectr (681)

KBoost (457)

KCsmart (1027)

kebabs (1079)

KEGGemUP (68)

KEGGgraph (6806)

KEGGlincs (851)

keggorth (62)

keggorthology (1109)

KEGGprofile (295)

KEGGREST (45885)

KEGGSOAP (150)

kimod (154)

KinSwingR (648)

kissDE (743)

kmcut (470)

KnowSeq (742)

knowYourCG (389)

koinar (467)

L

LACE (840)

LACHESIS (447)

lapmix (521)

LBE (944)

lcmsPlot (382)

ldblock (765)

LEA (1407)

leapR (314)

LedPred (618)

lefser (1301)

lemur (670)

les (881)

levi (647)

lfa (724)

Lheuristic (383)

limma (45965)

limmaGUI (1164)

limpa (545)

limpca (579)

LimROTS (497)

LINC (206)

LineagePulse (280)

lineagespot (542)

LinkHD (706)

linkSet (208)

Linnorm (1087)

LinTInd (325)

lionessR (831)

LIPIDIFy (15)

lipidr (838)

LipidTrend (376)

LiquidAssociation (812)

lisaClust (779)

lmdme (827)

LMGene (422)

lncRna (341)

LOBSTAHS (740)

loci2path (736)

logicFS (877)

logitT (429)

Logolas (155)

lol (211)

LOLA (1039)

looking4clusters (416)

LoomExperiment (1110)

LowMACA (344)

LPE (855)

LPEadj (431)

lpNet (689)

lpsymphony (2009)

LRBaseDbi (698)

LRcell (677)

LRDE (268)

lumi (2453)

lute (147)

LVSmiRNA (322)

LymphoSeq (854)

M

M3C (1043)

M3D (277)

M3Drop (1016)

m6Aboost (662)

maanova (541)

Maaslin2 (1690)

maaslin3 (792)

Macarron (550)

macat (628)

maCorrPlot (821)

MACPET (231)

MACSQuantifyR (628)

MACSr (646)

maDB (185)

made4 (1279)

MADSEQ (554)

maftools (3522)

MAGAR (667)

MAGeCKFlute (416)

magpie (661)

magrene (606)

MAI (658)

maigesPack (617)

MAIT (756)

makecdfenv (1320)

makePlatformDesign (75)

MANOR (855)

manta (336)

MantelCorr (759)

MAPFX (560)

mAPKL (410)

maPredictDSC (716)

mapscape (674)

mariner (557)

markeR (496)

marr (696)

marray (3310)

martini (708)

maser (961)

maSigPro (1272)

maskBAD (870)

MassArray (684)

massiR (901)

MassSpecWavelet (3096)

MAST (3740)

mastR (754)

matchBox (642)

matchprobes (136)

MatrixGenerics (52710)

MatrixQCvis (786)

MatrixRider (834)

matter (1168)

MaxContrastProjection (133)

MBAmethyl (556)

MBASED (887)

MBCB (713)

MBECS (626)

mbkmeans (1401)

mbOmic (84)

mBPCR (948)

MBQN (669)

mbQTL (502)

MBttest (831)

mcaGUI (300)

MCbiclust (1077)

MCRestimate (317)

mCSEA (950)

mdgsa (310)

mdp (739)

mdqc (794)

MDSvis (316)

MDTS (637)

MEAL (1002)

MeasurementError.cor (654)

MEAT (937)

MEB (728)

MEDIPS (1093)

MEDME (889)

megadepth (688)

MEIGOR (787)

Melissa (499)

MeLSI (318)

memes (799)

MergeMaid (422)

Mergeomics (816)

MeSHDbi (975)

meshes (861)

meshr (1047)

MeSHSim (97)

MesKit (873)

messina (826)

metaArray (413)

Metab (402)

metabCombiner (733)

metabinR (664)

MetaboAnnotation (849)

MetaboAnnotatoR (327)

MetaboCoreUtils (3939)

MetaboDynamics (500)

metabolomicsWorkbenchR (767)

metabom8 (387)

metabomxtr (770)

MetaboSignal (984)

metaCCA (602)

MetaCyto (687)

MetaDICT (421)

metagene (613)

metagene2 (947)

metagenomeFeatures (283)

metagenomeSeq (2924)

MetaGxOvarian (20)

metahdep (658)

metaMS (1015)

MetaNeighbor (565)

MetaPathNet (88)

MetaPhOR (630)

metapod (9270)

metapone (698)

MetaProViz (392)

metaSeq (937)

metaseqR (380)

metaseqR2 (925)

metavizr (293)

MetaVolcanoR (224)

metaX (59)

MetCirc (807)

MethCP (215)

methimpute (837)

methInheritSim (794)

methodical (526)

MethPed (1159)

MethReg (690)

methrix (945)

MethTargetedNGS (698)

methVisual (317)

methyAnalysis (410)

MethylAid (1099)

methylCC (973)

methylclock (844)

methylGSA (954)

methyLImp2 (513)

methylInheritance (886)

methylKit (1833)

MethylMix (995)

methylMnM (1135)

methylPipe (1006)

methylscaper (771)

MethylSeekR (1093)

methylSig (747)

methylumi (2825)

methyvim (165)

MetID (625)

MetMashR (563)

MetNet (964)

mfa (482)

Mfuzz (2352)

MGFM (936)

MGFR (782)

MGnifyR (634)

mgsa (806)

mia (2985)

miaDash (472)

miaSim (642)

miaTime (583)

miaViz (1128)

MiChip (857)

microbiome (3109)

microbiomeDASim (627)

microbiomeExplorer (741)

microbiomeMarker (563)

MicrobiomeProfiler (604)

MicrobiotaProcess (1199)

microRNA (1707)

microSTASIS (161)

MICSQTL (587)

midasHLA (579)

MIGSA (334)

miloR (2130)

mimager (816)

MIMOSA (356)

mina (625)

MineICA (770)

minet (1542)

minfi (4041)

MinimumDistance (1160)

MiPP (895)

miQC (863)

MIRA (894)

MiRaGE (1140)

miRBaseConverter (922)

miRcomp (977)

mirIntegrator (941)

MIRit (589)

miRLAB (876)

miRmine (406)

miRNAmeConverter (700)

miRNApath (734)

miRNAtap (923)

miRSM (860)

miRsponge (95)

miRspongeR (740)

Mirsynergy (225)

mirTarRnaSeq (784)

missMethyl (1987)

missRows (709)

mist (446)

mistyR (703)

mitch (651)

mitoClone2 (674)

mitology (542)

mitoODE (208)

mixOmics (5370)

MLInterfaces (1628)

mlm4omics (58)

MLP (1190)

MLSeq (940)

MMAPPR2 (161)

MMDiff (193)

MMDiff2 (981)

mmgmos (58)

mmnet (155)

MmPalateMiRNA (333)

MMUPHin (838)

mnem (933)

moanin (574)

mobileRNA (546)

MobilityTransformR (145)

MODA (669)

ModCon (504)

Modstrings (829)

MOFA (118)

MOFA2 (1966)

MOGAMUN (562)

mogsa (1031)

MoleculeExperiment (542)

MOMA (865)

monaLisa (1031)

monocle (4485)

Moonlight2R (691)

MoonlightR (1047)

MoPS (222)

mosaics (1146)

mosbi (490)

MOSClip (544)

mosdef (835)

MOSim (996)

Motif2Site (704)

motifbreakR (875)

motifcounter (529)

MotifDb (1944)

motifmatchr (2667)

MotifPeeker (409)

motifRG (318)

motifStack (1782)

motifTestR (578)

MotIV (396)

MouseFM (647)

MPAC (441)

MPFE (559)

mpra (946)

MPRAnalyze (682)

MQmetrics (192)

mQTL.NMR (192)

msa (2972)

MSA2dist (678)

MsBackendMassbank (643)

MsBackendMassIVE (83)

MsBackendMetaboLights (444)

MsBackendMetabolomicsWorkbench (79)

MsBackendMgf (1339)

MsBackendMsp (887)

MsBackendParquet (9)

MsBackendRawFileReader (628)

MsBackendSql (622)

MsCoreUtils (5024)

MsDataHub (694)

MSEADbi (50)

MsExperiment (2287)

MsFeatures (2505)

msgbsR (745)

MSGFgui (295)

MSGFplus (236)

msImpute (729)

mslp (422)

msmsEDA (888)

msmsTests (930)

MSnbase (5521)

MSnID (1236)

mspms (574)

MSPrep (525)

msPurity (802)

msqrob2 (992)

MsQuality (675)

MsStash (91)

MSstats (1585)

MSstatsBig (449)

MSstatsBioNet (463)

MSstatsConvert (1194)

MSstatsLiP (740)

MSstatsLOBD (530)

MSstatsPTM (921)

MSstatsQC (758)

MSstatsQCgui (516)

MSstatsResponse (485)

MSstatsSampleSize (249)

MSstatsShiny (611)

MSstatsTMT (1043)

MSstatsTMTPTM (63)

MSTree (91)

MTseeker (88)

MuData (689)

Mulcom (899)

MultiAssayExperiment (9522)

MultiAssaySpatialExperiment (28)

MultiBaC (628)

multiClust (873)

multicrispr (786)

MultiDataSet (2832)

multiGSEA (758)

multiHiCcompare (1026)

MultiMed (727)

multiMiR (1569)

MultimodalExperiment (667)

MultiOmicsBridge (145)

multiOmicsViz (338)

MultipleAlignment (155)

multipletR (13)

multipointR (84)

MultiRNAflow (633)

multiscan (869)

multiSight (176)

multistateQTL (498)

multiWGCNA (619)

multtest (14457)

mumosa (719)

MungeSumstats (1219)

muscat (1936)

muscle (1065)

musicatk (872)

MutationalPatterns (1302)

mutscan (487)

MutSeqR (430)

MVCClass (860)

mvGST (190)

MWASTools (939)

mygene (1064)

myvariant (830)

mzID (4532)

mzR (5638)

N

NADfinder (1121)

NanoMethViz (818)

NanoStringDiff (764)

NanoStringNCTools (1136)

NanoStringQCPro (348)

nanotatoR (261)

NanoTube (712)

NarrowPeaks (306)

NBAMSeq (675)

NBSplice (223)

ncdfFlow (2524)

ncGTW (712)

NCIgraph (536)

ncRNAtools (685)

ndexr (621)

neaGUI (143)

nearBynding (513)

Nebulosa (1999)

NeighborNet (264)

nem (582)

nempi (607)

NetActivity (600)

netbenchmark (178)

netbiov (460)

netboost (560)

netboxr (174)

netDx (209)

nethet (844)

netOmics (187)

NetPathMiner (754)

netprioR (551)

netReg (133)

netresponse (938)

NetSAM (835)

netSmooth (896)

networkBMA (315)

netZooR (318)

NeuCA (225)

NewWave (646)

NGScopy (209)

ngsReports (846)

nipalsMCIA (679)

nnNorm (852)

nnSVG (815)

NOISeq (1326)

nondetects (842)

NoRCE (767)

normalize450K (822)

NormalyzerDE (950)

NormqPCR (903)

normr (1064)

normScore (20)

notame (461)

notameStats (377)

notameViz (419)

NPARC (728)

npGSEA (923)

NTW (682)

nucleoSim (777)

nucleR (1145)

nuCpos (657)

nudge (280)

nullranges (858)

NuPoP (832)

NxtIRFcore (198)

O

OAtools (328)

occugene (670)

OCplus (1128)

octad (639)

ODER (150)

odseq (640)

OGRE (661)

OGSA (231)

oligo (4086)

oligoClasses (3521)

OLIN (1122)

OLINgui (864)

omada (394)

OmaDB (773)

omicade4 (965)

OmicCircos (936)

omicplotR (621)

omicRexposome (899)

omicsGMF (443)

OmicsLonDA (278)

OmicsMarkeR (194)

OmicsMLRepoR (356)

OMICsPCA (883)

omicsPrint (1060)

omicsViewer (704)

Omixer (599)

OmnipathR (2684)

ompBAM (620)

omXplore (520)

Onassis (209)

oncomix (725)

oncoscanR (584)

OncoScore (765)

OncoSimulR (867)

oneChannelGUI (358)

oneSENSE (223)

onlineFDR (536)

ontoCAT (242)

ontoProc (917)

ontoProc2 (95)

ontoTools (181)

openCyto (2027)

openPrimeR (954)

openPrimeRui (290)

OpenStats (506)

OperaMate (107)

oposSOM (845)

oppar (1015)

oppti (268)

optimalFlow (619)

OPWeight (706)

OrderedList (907)

ORFhunteR (674)

ORFik (1106)

Organism.dplyr (608)

OrganismDbi (3444)

orthogene (1309)

orthos (611)

OSAT (810)

Oscope (863)

OSTA.data (505)

OTUbase (983)

OutlierD (363)

OUTRIDER (1076)

OutSplice (681)

OVESEG (741)

P

PAA (1083)

PACE (8)

packFinder (736)

padma (714)

PADOG (1025)

pageRank (581)

PAIRADISE (722)

paircompviz (721)

pairedGSEA (579)

pairkat (637)

pairseqsim (27)

pamr (173)

pandaR (1093)

panelcn.mops (837)

PAnnBuilder (253)

PanomiR (705)

panoramic (118)

panp (1066)

PANR (837)

PanViz (186)

PanVizGenerator (231)

PAPi (266)

parati (356)

pareg (172)

parglms (801)

parody (873)

partCNV (331)

PAST (759)

path2path (4)

Path2PPI (779)

pathifier (758)

pathlinkR (638)

pathMED (283)

PathNet (743)

PathoStat (837)

pathprint (143)

pathRender (898)

pathVar (350)

pathview (5706)

pathwayPCA (768)

PathwaySplice (205)

PatientGeneSets (64)

paxtoolsr (341)

Pbase (310)

pbcmc (131)

pcaExplorer (1191)

pcaGoPromoter (259)

pcaMethods (7384)

PCAN (903)

PCAtools (1889)

pcot2 (486)

PCpheno (484)

pcxn (245)

PDATK (773)

pdInfoBuilder (1175)

pdmclass (347)

PeacoQC (964)

peakCombiner (402)

peakPantheR (731)

PECA (795)

peco (695)

Pedixplorer (580)

pengls (483)

PepSetTest (449)

PepsNMR (723)

pepStat (895)

pepVet (29)

pepXMLTab (683)

PERFect (223)

periodicDNA (867)

perturbatr (156)

pfamAnalyzeR (707)

PFP (149)

PGA (387)

pgca (503)

pgen2gds (89)

PGSEA (540)

pgUtils (109)

pgxRpi (397)

phantasus (991)

phantasusLite (493)

PharmacoGx (1324)

phemd (312)

phenoDist (232)

PhenoGeneRanker (413)

phenomis (541)

phenopath (916)

phenoTest (1104)

PhenStat (501)

philr (938)

PhIPData (706)

phosphonormalizer (621)

PhosR (1094)

phylobar (145)

PhyloProfile (743)

phyloseq (8379)

Pi (459)

piano (1508)

PICB (562)

pickgene (711)

PICS (699)

Pigengene (938)

PING (741)

PinPath (144)

pint (247)

pipeComp (852)

pipeFrame (745)

PIPETS (435)

Pirat (525)

PIUMA (650)

pkgDepTools (486)

plaid (377)

planet (830)

planttfhunter (558)

plasmut (441)

plateCore (382)

plethy (440)

plgem (1047)

plier (959)

PlinkMatrix (369)

PloGO2 (219)

plotgardener (906)

plotGrouper (615)

PLPE (822)

plrs (328)

PLSDAbatch (552)

plw (375)

plyinteractions (681)

plyranges (1929)

plyxp (658)

pmm (587)

pmp (839)

PMScanR (416)

PoDCall (594)

podkat (1143)

poem (542)

pogos (760)

polyester (565)

Polyfit (232)

polyICSFlow (24)

PolySTest (508)

Polytect (413)

POMA (841)

posDemux (413)

POST (142)

PostChicago (91)

postNet (518)

PoTRA (168)

PowerExplorer (116)

powerTCR (801)

POWSC (695)

ppcseq (686)

PPInfer (731)

ppiStats (540)

pqsfinder (1028)

prada (445)

pram (866)

prebs (896)

preciseTAD (901)

PrecisionTrialDrawer (166)

PREDA (1078)

predictionet (265)

preprocessCore (19019)

primirTSS (895)

PrInCE (733)

Prize (155)

proActiv (860)

proBAMr (883)

proBatch (745)

PROcess (893)

procoil (1005)

ProCoNA (244)

proDA (1034)

proFIA (275)

profileplyr (919)

profileScoreDist (701)

progeny (2011)

projectR (922)

prolfqua (6)

pRoloc (1689)

pRolocGUI (975)

PROMISE (814)

PRONE (668)

PROPER (878)

PROPS (830)

Prostar (879)

prot2D (253)

proteasy (153)

ProteinBatcher (24)

proteinProfiles (596)

ProteoDisco (774)

ProteomicsAnnotationHubData (242)

ProteoMM (713)

proteoQC (260)

protGear (724)

ProtGenerics (13018)

PSEA (497)

psichomics (1069)

PSICQUIC (315)

PSMatch (3830)

psygenet2r (552)

ptairMS (747)

PTMods (1213)

PubScore (149)

pulsedSilac (167)

puma (1296)

punKEGGer (13)

PureCN (1355)

pvac (837)

pvca (994)

Pviz (855)

pwalign (9391)

PWMEnrich (1218)

pwOmics (547)

pwrEWAS (189)

Q

qckitfastq (267)

qcmetrics (1189)

QDNAseq (1288)

QFeatures (4539)

QFeaturesGUI (21)

qmtools (657)

qpcrNorm (911)

qpgraph (1495)

qPLEXanalyzer (892)

qrqc (437)

QRscore (464)

qsea (949)

qsmooth (792)

QSutils (815)

qsvaR (703)

QTLExperiment (555)

Qtlizer (627)

QUALIFIER (300)

quantiseqr (1726)

quantMSImageR (38)

quantro (1244)

quantsmooth (1329)

QuartPAC (389)

QuasR (1550)

QuaternaryProd (552)

QUBIC (736)

queeems (312)

qusage (1476)

qvalue (27744)

R

R3CPET (920)

r3Cseq (1158)

R453Plus1Toolbox (1070)

R4RNA (1352)

RadioGx (848)

raer (712)

RaggedExperiment (1828)

RAIDS (601)

rain (878)

rama (449)

RAMEN (7)

RamiGO (178)

ramr (718)

ramwas (955)

RandomWalkRestartMH (269)

randPack (791)

randRotation (435)

RankMap (339)

RankProd (1142)

RAREsim (485)

RareVariantVis (988)

Rariant (426)

Rarr (917)

rawDiag (453)

rawrr (670)

RbcBook1 (1419)

Rbec (442)

RBedMethyl (351)

RBGL (10698)

RBioFormats (776)

RBioinf (662)

rBiopaxParser (1353)

rBLAST (535)

RBM (735)

Rbowtie (1211)

Rbowtie2 (912)

RbowtieCuda (172)

RBPEqBind (18)

RBPSpecificity (119)

rbsurv (831)

Rbwa (435)

Rcade (532)

RCAS (1010)

RCASPAR (618)

rcellminer (1020)

rCGH (1250)

Rchemcpp (282)

RchyOptimyx (288)

RcisTarget (1724)

RCM (828)

Rcollectl (185)

Rcpi (989)

RCSL (661)

Rcwl (608)

RcwlPipelines (593)

RCX (669)

RCy3 (1822)

RCyjs (840)

RCytoscape (191)

RDAVIDWebService (285)

Rdbi (130)

RdbiPgSQL (58)

rDGIdb (290)

Rdisop (1507)

RDRToolbox (781)

ReactomeContentService4R (166)

ReactomeGraph4R (154)

ReactomeGSA (837)

ReactomePA (6720)

readat (186)

ReadqPCR (911)

reb (461)

REBET (576)

rebook (628)

receptLoss (248)

reconsi (507)

recount (1441)

recount3 (1492)

recountmethylation (880)

recoup (1098)

RedeR (1316)

RedisParam (555)

REDseq (933)

ReducedExperiment (521)

RefNet (276)

RefPlus (645)

Rega (311)

RegEnrich (721)

regionalpcs (478)

RegionalST (664)

regioneR (2952)

regioneReloaded (641)

regionReport (1010)

reglScatterplotR (5)

regsplice (792)

regutools (757)

REMP (841)

Repitools (817)

ReportingTools (1636)

reposTools (52)

RepViz (643)

ReQON (449)

ResidualMatrix (5558)

RESOLVE (613)

Resourcerer (173)

restfulSE (358)

retrofit (604)

ReUseData (447)

rexposome (1196)

rfaRm (689)

Rfastp (763)

rfcdmin (44)

RFGeneRank (198)

RFLOMICS (683)

rflowcyt (181)

rfPred (920)

rGADEM (721)

RGalaxy (353)

rGenomeTracks (550)

Rgin (155)

RGMQL (306)

RgnTX (310)

rgoslin (677)

RGraph2js (824)

Rgraphviz (11263)

rGREAT (1662)

RGSEA (892)

rgsepd (952)

rhdf5 (27619)

rhdf5client (776)

rhdf5filters (26199)

Rhdf5lib (28653)

rhinotypeR (499)

Rhisat2 (864)

Rhtslib (28082)

rHVDM (478)

RiboCrypt (718)

RiboDiPA (722)

RiboProfiling (762)

ribor (734)

riboSeqR (1072)

ribosomeProfilingQC (898)

rifi (604)

rifiComparative (501)

Rigraphlib (2850)

rigvf (339)

RImmPort (646)

Ringo (764)

Rintact (79)

RIPAT (256)

RIPSeeker (334)

Risa (561)

RITAN (724)

RIVER (782)

RJMCMCNucleosomes (843)

RLassoCox (511)

RLMM (711)

RLSeq (183)

RMAGEML (78)

Rmagpie (855)

RMAPPER (129)

RMassBank (1116)

rMAT (280)

rmelting (597)

RmiR (317)

Rmmquant (729)

rmspc (621)

RmzTabM (70)

RNAAgeCalc (827)

RNAdecay (627)

rnaEditr (702)

RNAinteract (475)

RNAither (420)

RNAmodR (879)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (779)

RNAmodR.ML (814)

RNAmodR.RiboMethSeq (721)

RNAprobR (266)

RNAsense (660)

rnaSentry (13)

rnaseqcomp (799)

RNAseqCovarImpute (531)

RnaSeqGeneEdgeRQL (38)

rnaSeqMap (413)

RNASeqPower (739)

RNASeqR (203)

RnaSeqSampleSize (820)

RNAshapeQC (352)

RnBeads (1301)

Rnits (874)

roar (986)

roastgsa (589)

ROC (2158)

ROCpAI (620)

RolDE (576)

Roleswitch (277)

Rolexa (206)

rols (1304)

ROntoTools (1032)

ropls (2968)

ROSeq (864)

ROTS (930)

RPA (950)

rprimer (730)

RProtoBufLib (3694)

RpsiXML (620)

rpx (1328)

Rqc (1158)

rqt (671)

rqubic (675)

rRDP (554)

Rredland (73)

RRHO (711)

rrvgo (1469)

Rsamtools (30336)

rsbml (710)

rScudo (743)

rsemmed (615)

RSeqAn (602)

rSFFreader (246)

RSNPper (86)

Rsubread (2950)

RSVSim (929)

rSWeeP (650)

rTANDEM (319)

RTCA (793)

RTCGA (1144)

RTCGAToolbox (1472)

RTN (1022)

RTNduals (724)

RTNsurvival (751)

RTools4TB (56)

RTopper (1002)

Rtpca (680)

rtracklayer (26119)

Rtreemix (608)

rTRM (1117)

rTRMui (812)

RUCova (572)

runibic (388)

Ruuid (141)

RUVcorr (769)

RUVnormalize (747)

RUVSeq (1752)

Rvisdiff (570)

RVS (689)

RWebServices (91)

rWikiPathways (1012)

S

S4Arrays (53674)

S4Cartographer (109)

S4Vectors (74754)

safe (1595)

SAGElyzer (67)

sagenhaft (868)

SAGx (446)

SAIGEgds (701)

samExploreR (128)

sampleClassifier (677)

SamSPECTRAL (789)

sangeranalyseR (942)

sangerseqR (1451)

SanityR (412)

SANTA (944)

sapFinder (333)

saps (60)

SARC (172)

sarks (665)

saseR (540)

satuRn (1116)

savR (251)

SBGNview (791)

sbgr (28)

SBMLR (833)

SC3 (1367)

scafari (594)

Scale4C (829)

ScaledMatrix (17724)

scAlign (154)

SCAN.UPC (1025)

scanMiR (700)

scanMiRApp (723)

scAnnotatR (697)

SCANVIS (582)

SCArray (762)

SCArray.sat (550)

SCATE (182)

scater (12634)

scatterHatch (535)

scBatchQC (116)

scBFA (728)

SCBN (569)

scBubbletree (666)

scCB2 (689)

scCertify (24)

scClassifR (78)

scClassify (858)

sccomp (871)

scCompoundDE (103)

scConform (345)

scDataviz (852)

scDblFinder (6115)

scDD (978)

scDDboost (615)

scde (1178)

scDesign3 (595)

scDiagnostics (582)

scDotPlot (552)

scds (1497)

scECODA (491)

SCFA (632)

scFastDE (106)

scFeatureFilter (872)

scFeatures (682)

scfind (124)

scGPS (819)

scGraphVerse (413)

schex (810)

scHiCcompare (432)

scHOT (798)

scider (572)

scifer (620)

ScISI (572)

scLANE (537)

scLang (385)

scMAGeCK (120)

scmap (1270)

scMerge (1142)

scMET (686)

scmeth (832)

scMitoMut (505)

scMultiSim (672)

SCnorm (970)

scone (962)

Sconify (725)

SCOPE (736)

scoreInvHap (811)

scoup (444)

scOverlay (4)

scp (868)

scPassport (289)

scPCA (785)

scPipe (860)

scQTLtools (504)

scran (10138)

scrapper (3118)

scReClassify (709)

scRecover (663)

screenCounter (578)

ScreenR (572)

scRepertoire (1570)

scRNAseqApp (645)

scruff (930)

scry (1144)

scShapes (481)

scsR (290)

scTensor (868)

scTGIF (828)

scTHI (633)

scToppR (431)

scTreeViz (731)

scTypeEval (353)

scuttle (14235)

scviR (380)

SDAMS (689)

seahtrue (499)

sechm (748)

segmenter (791)

segmentSeq (1169)

selectKSigs (583)

SELEX (862)

SemDist (897)

semisup (611)

SEMPLR (419)

SemSim (76)

SEPA (148)

SEPIRA (337)

seq.hotSPOT (469)

seq2pathway (769)

seqArchR (303)

seqArchRplus (264)

SeqArray (1955)

seqbias (484)

seqCAT (838)

seqCNA (374)

seqcombo (577)

SeqGate (623)

SeqGSEA (1007)

Seqinfo (48593)

seqLogo (4602)

seqPattern (1807)

seqplots (400)

seqsetvis (870)

SeqSQC (1001)

Seqtometry (361)

seqTools (474)

SeqVarTools (1420)

SEraster (474)

sesame (1658)

SETA (479)

SEtools (705)

sevenbridges (882)

sevenC (901)

sfi (364)

SGCP (387)

SGSeq (1227)

SharedObject (771)

shiny.gosling (449)

shinybiocloader (330)

shinyDSP (503)

shinyepico (727)

shinyMethyl (1110)

shinyTANDEM (231)

ShortRead (8125)

SIAMCAT (828)

SICtools (715)

sigaR (305)

SigCheck (871)

sigFeature (865)

SigFuge (594)

siggenes (4901)

sights (754)

signatureSearch (956)

signeR (965)

signet (93)

signifinder (617)

sigPathway (499)

SigsPack (747)

sigsquared (733)

sigvar (26)

SIM (865)

SIMAT (780)

SimBindProfiles (445)

SimBu (587)

SIMD (612)

SimFFPE (685)

SimiCviz (96)

similaRpeak (895)

SIMLR (1010)

simona (1387)

simPIC (620)

simpleaffy (516)

simpleSeg (846)

simplifyEnrichment (1854)

simulatorAPMS (106)

simulatorZ (292)

sincell (853)

singIST (315)

single (258)

SingleCellAlleleExperiment (553)

SingleCellExperiment (24483)

SingleCellSignalR (900)

singleCellTK (1217)

SingleMoleculeFootprinting (440)

SingleR (6760)

singscore (2915)

SiPSiC (480)

SISPA (292)

sitadela (645)

Site2Target (432)

sitePath (680)

sizepower (739)

SJava (83)

sketchR (568)

skewr (829)

slalom (476)

SLGI (626)

slingshot (4684)

slinky (177)

SLqPCR (711)

SMAD (593)

SMAP (499)

smartid (509)

SmartPhos (300)

SMITE (976)

smoothclust (497)

smoppix (517)

SMTrackR (368)

SNAData (65)

SNAGEE (701)

snapCGH (642)

snapcount (674)

snifter (1032)

snm (781)

SNPchip (459)

SNPediaR (592)

SNPhood (1253)

snpMatrix (109)

SNPRelate (2810)

snpStats (3487)

soGGi (799)

sojourner (192)

SomatiCA (165)

SomaticSignatures (1009)

SOMNiBUS (639)

sosta (604)

SpaceMarkers (561)

SpacePAC (505)

SpaceTrooper (562)

spacexr (889)

spade (161)

spammR (15)

Spaniel (890)

SpaNorm (681)

spARI (385)

sparrow (986)

SparseArray (59628)

sparseDOSSA (300)

sparseMatrixStats (21499)

sparsenetgls (590)

SparseSignatures (849)

spaSim (662)

SpatialArtifacts (473)

SpatialCPie (710)

SpatialData.data (8)

SpatialData.plot (6)

spatialdataR (36)

spatialDE (771)

SpatialDecon (902)

SpatialExperiment (10717)

SpatialExperimentIO (534)

spatialFDA (510)

SpatialFeatureExperiment (869)

spatialHeatmap (617)

SpatialOmicsOverlay (704)

spatialSimGP (442)

spatzie (296)

speckle (1308)

specL (897)

SpeCond (900)

Spectra (4464)

SpectralTAD (754)

SpectraQL (458)

SpectraStash (19)

SpectriPy (507)

SPEM (774)

SPIA (1839)

SPIAT (813)

SPICEY (428)

spicyR (915)

SpidermiR (367)

SpiecEasi (525)

spikeLI (750)

spiky (616)

spillR (487)

spkTools (859)

splatter (1552)

splicegear (372)

SpliceImpactR (368)

splicelogic (311)

spliceR (263)

spliceSites (282)

SpliceWiz (913)

SplicingFactory (566)

SplicingGraphs (1162)

SplineDV (495)

splineTCDiffExpr (9)

splineTimeR (816)

SPLINTER (856)

splots (875)

SpNeigh (364)

SPONGE (1143)

spoon (470)

SpotClean (722)

SPOTlight (1109)

spotSegmentation (268)

SpotSweeper (703)

spqn (748)

SPsimSeq (714)

SQLDataFrame (337)

SQUADD (360)

squallms (472)

sRACIPE (758)

SRAdb (1236)

sRAP (237)

SRGnet (164)

srnadiff (826)

sscore (541)

sscu (797)

sSeq (865)

ssize (784)

sSNAPPY (734)

SSPA (460)

ssPATHS (725)

ssrch (618)

ssviz (821)

StabMap (537)

STADyUM (423)

stageR (978)

stam (102)

STAN (398)

standR (827)

staRank (390)

StarBioTrek (420)

staRgate (437)

Starr (402)

STATegRa (1186)

StatescopeR (419)

Statial (733)

statTarget (905)

STdeconvolve (219)

stepNorm (802)

stepwiseCM (195)

stJoincount (453)

stPipe (546)

strainspy (3)

strandCheckR (787)

Streamer (588)

STRINGdb (4458)

STROMA4 (352)

STRprofilerR (5)

struct (846)

Structstrings (779)

structToolbox (848)

StructuralVariantAnnotation (885)

SubCellBarCode (757)

subSeq (978)

SUITOR (517)

SummarizedBenchmark (398)

SummarizedExperiment (53483)

SummarizedHeatmap (8)

Summix (467)

SuperCellCyto (487)

supersigs (662)

supraHex (643)

surfaltr (692)

SurfR (506)

survClust (429)

survcomp (2382)

survtype (624)

Sushi (415)

sva (10804)

svaNUMT (690)

SVAPLSseq (174)

svaRetro (732)

SVM2CRM (192)

SVMDO (478)

SVP (534)

SwarnSeq (28)

SWATH2stats (794)

SwathXtend (488)

swfdr (745)

SwimR (261)

switchBox (710)

switchde (779)

synapsis (663)

synapter (717)

synergyfinder (873)

SynExtend (712)

synlet (710)

SynMut (614)

syntenet (779)

systemPipeR (2505)

systemPipeShiny (749)

systemPipeTools (660)

T

tadar (584)

TADCompare (702)

tanggle (666)

TAPseq (854)

target (821)

TargetDecoy (694)

TargetScore (811)

TargetSearch (838)

TarSeqQC (366)

TaxSEA (445)

TBSignatureProfiler (867)

TCC (1158)

TCGAbiolinks (6750)

TCGAbiolinksGUI (210)

TCGAutils (1615)

TCseq (1180)

TDARACNE (370)

TDbasedUFE (538)

TDbasedUFEadv (585)

TEKRABber (701)

TENET (507)

TENxIO (775)

tenXplore (860)

TEQC (999)

terapadog (418)

ternarynet (731)

terraTCGAdata (550)

TFARM (695)

TFBSTools (4720)

TFEA.ChIP (1104)

TFHAZ (942)

TFutils (1080)

thyroidBRS (8)

TiDEomics (167)

tidybulk (1084)

tidyCoverage (599)

tidyexposomics (476)

tidyFlowCore (454)

tidyomics (446)

tidyprint (328)

tidysbml (398)

tidySingleCellExperiment (979)

tidySpatialExperiment (643)

tidySummarizedExperiment (828)

tidytof (112)

tigre (1012)

TileDBArray (677)

tilingArray (1248)

timecourse (1111)

timeOmics (733)

timescape (540)

TimeSeriesExperiment (202)

TimiRGeN (252)

TIN (973)

TissueEnrich (980)

TitanCNA (639)

tkWidgets (2762)

tLOH (533)

TMixClust (754)

TMSig (534)

TNBC.CMS (275)

TnT (754)

TOAST (1454)

tofsims (224)

tomoda (686)

tomoseqr (585)

TOP (529)

ToPASeq (232)

topconfects (861)

topdownr (856)

topGO (3227)

toppgene (213)

ToxicoGx (895)

TPP (1221)

TPP2D (754)

tpSVG (524)

tracktables (969)

trackViewer (1713)

tradeSeq (2460)

TraianProt (101)

TrajectoryGeometry (491)

TrajectoryUtils (4610)

transcriptogramer (992)

transcriptR (1018)

transformGamPoi (664)

transite (609)

tRanslatome (955)

transmogR (540)

transomics2cytoscape (605)

TransView (731)

TraRe (153)

traseR (1147)

Travel (62)

traviz (270)

TreeAndLeaf (876)

treeclimbR (514)

treeio (31965)

treekoR (774)

TreeSummarizedExperiment (3537)

TREG (666)

TReNA (23)

trena (397)

Trendy (797)

TRESS (682)

tricycle (1163)

TrIdent (392)

triform (255)

trigger (516)

trio (887)

triplex (1021)

tripr (740)

tRNA (864)

tRNAdbImport (736)

tRNAscanImport (822)

TRONCO (1025)

TSAR (483)

TSCAN (1370)

tscR (186)

TSENAT (126)

tspair (395)

TSRchitect (284)

TSSi (274)

TSSr (16)

ttgsea (505)

TTMap (811)

TurboNorm (1006)

TVTB (899)

tweeDEseq (859)

twilight (1017)

twoddpcr (902)

txcutr (629)

txdbmaker (5546)

tximeta (2485)

tximport (5803)

TxRegInfra (130)

TypeInfo (459)

U

UCell (3923)

UCSC.utils (24043)

Ularcirc (852)

UMI4Cats (865)

uncoverappLib (772)

UNDO (906)

unifiedWMWqPCR (770)

UniProt.ws (1611)

Uniquorn (904)

universalmotif (2133)

updateObject (659)

UPDhmm (507)

uSORT (882)

V

VAExprs (588)

VanillaICE (1321)

VarCon (732)

variancePartition (3211)

VariantAnnotation (9664)

VariantExperiment (402)

VariantFiltering (1222)

VariantTools (1117)

VaSP (861)

vasp (69)

vbmp (984)

VCFArray (789)

VDJdive (547)

Vega (239)

VegaMC (956)

velociraptor (791)

veloviz (536)

VennDetail (803)

VERSO (565)

vidger (1049)

viper (2059)

virtualArray (77)

ViSEAGO (1059)

VisiumIO (695)

visiumStitched (522)

vissE (727)

VISTA (304)

vmrseq (497)

Voyager (861)

VplotR (876)

vsclust (683)

vsn (7536)

vtpnet (794)

vulcan (709)

W

waddR (374)

wateRmelon (1720)

wavClusteR (966)

waveTiling (317)

wavFeatExt (290)

weaver (726)

webbioc (991)

weitrix (1089)

widgetInvoke (40)

widgetTools (2635)

wiggleplotr (852)

WithinHostExperiment (0)

wpm (714)

wppi (428)

Wrench (2618)

wSIR (108)

X

XAItest (429)

XBSeq (316)

xCell2 (642)

XCIR (92)

xcms (3537)

xcore (688)

XDE (1138)

XeniumIO (432)

xenLite (542)

Xeva (747)

XINA (672)

xmapbridge (776)

xmapcore (56)

XNAString (328)

xps (403)

XVector (63836)

Y

y2hStat (59)

yamss (922)

YAPSA (1058)

yaqcaffy (463)

yarn (1001)

Z

ZarrArray (309)

zellkonverter (4278)

zenith (791)

zFPKM (694)

zinbwave (1569)

zitools (484)

zlibbioc (21012)

ZygosityPredictor (552)