See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sun. 11 Jan 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (67066) 26 edgeR (26242) 51 assorthead (13918)
2 BiocGenerics (65414) 27 treeio (26041) 52 BiocSingular (13792)
3 S4Vectors (60326) 28 Rhtslib (25322) 53 ScaledMatrix (13406)
4 IRanges (60121) 29 Rhdf5lib (25298) 54 BSgenome (13161)
5 GenomeInfoDb (57840) 30 rhdf5 (24691) 55 genefilter (12989)
6 BiocParallel (57252) 31 GenomicAlignments (24113) 56 AnnotationHub (12450)
7 XVector (55870) 32 enrichplot (23895) 57 multtest (12280)
8 Biobase (55776) 33 clusterProfiler (23789) 58 ProtGenerics (12113)
9 Biostrings (51439) 34 rhdf5filters (23609) 59 BiocNeighbors (11930)
10 SparseArray (50438) 35 DOSE (23566) 60 impute (11834)
11 GenomicRanges (49227) 36 biomaRt (22636) 61 AnnotationFilter (11815)
12 DelayedArray (47007) 37 qvalue (22388) 62 GEOquery (11556)
13 MatrixGenerics (46922) 38 graph (22002) 63 GSEABase (10105)
14 SummarizedExperiment (46135) 39 rtracklayer (21784) 64 ensembldb (10064)
15 S4Arrays (46048) 40 GOSemSim (21773) 65 Seqinfo (10004)
16 UCSC.utils (41815) 41 BiocIO (20522) 66 scuttle (9893)
17 AnnotationDbi (40621) 42 annotate (18934) 67 Rgraphviz (9888)
18 KEGGREST (40583) 43 ComplexHeatmap (18838) 68 RBGL (9482)
19 limma (38454) 44 SingleCellExperiment (18803) 69 VariantAnnotation (9197)
20 zlibbioc (34440) 45 GenomicFeatures (18190) 70 affyio (8915)
21 BiocFileCache (27837) 46 beachmat (17238) 71 ExperimentHub (8784)
22 DESeq2 (27098) 47 DelayedMatrixStats (16965) 72 affy (8745)
23 Rsamtools (27017) 48 sparseMatrixStats (16586) 73 sva (8581)
24 ggtree (26986) 49 HDF5Array (15838) 74 BiocBaseUtils (8570)
25 fgsea (26592) 50 preprocessCore (15761) 75 GSVA (8480)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (244)

a4Base (289)

a4Classif (245)

a4Core (285)

a4Preproc (327)

a4Reporting (213)

ABAEnrichment (68)

ABarray (260)

abseqR (198)

ABSSeq (320)

acde (266)

ACE (218)

aCGH (400)

ACME (383)

ADaCGH2 (281)

ADAM (199)

ADAMgui (188)

ADAPT (94)

adaptest (25)

adductomicsR (187)

ADImpute (205)

adSplit (289)

adverSCarial (135)

Aerith (6)

AffiXcan (200)

affxparser (2085)

affy (8745)

affycomp (286)

AffyCompatible (123)

affyContam (263)

affycoretools (561)

AffyExpress (88)

affyILM (244)

affyio (8915)

affylmGUI (314)

affyPara (115)

affypdnn (130)

affyPLM (1228)

affyQCReport (87)

AffyRNADegradation (216)

AffyTiling (51)

AGDEX (240)

aggregateBioVar (209)

Agi4x44PreProcess (42)

agilp (198)

AgiMicroRna (344)

AHMassBank (145)

AIMS (553)

airpart (173)

alabaster (148)

alabaster.base (4425)

alabaster.bumpy (147)

alabaster.files (141)

alabaster.mae (158)

alabaster.matrix (4139)

alabaster.ranges (4071)

alabaster.sce (1307)

alabaster.schemas (3996)

alabaster.se (4037)

alabaster.sfe (75)

alabaster.spatial (152)

alabaster.string (161)

alabaster.vcf (147)

ALDEx2 (1573)

alevinQC (202)

AllelicImbalance (251)

AlphaBeta (211)

AlphaMissenseR (156)

alpine (118)

ALPS (21)

AlpsNMR (234)

alsace (67)

altcdfenvs (293)

AMARETTO (219)

AMOUNTAIN (225)

amplican (252)

ampliQueso (54)

AnalysisPageServer (45)

anamiR (34)

anansi (22)

Anaquin (203)

ANCOMBC (1716)

AneuFinder (245)

ANF (185)

anglemania (25)

animalcules (308)

annaffy (449)

AnnBuilder (16)

anndataR (111)

annmap (242)

annotate (18934)

AnnotationDbi (40621)

AnnotationFilter (11815)

AnnotationForge (2029)

AnnotationFuncs (55)

AnnotationHub (12450)

AnnotationHubData (492)

annotationTools (289)

annotatr (762)

anota (235)

anota2seq (278)

antiProfiles (190)

AnVIL (701)

AnVILAz (136)

AnVILBase (521)

AnVILBilling (163)

AnVILGCP (153)

AnVILPublish (159)

AnVILWorkflow (143)

APAlyzer (197)

apComplex (270)

apeglm (5111)

APL (162)

applera (6)

appreci8R (204)

aroma.light (1901)

ArrayExpress (547)

ArrayExpressHTS (67)

arrayMagic (46)

arrayMvout (269)

arrayQCplot (8)

arrayQuality (414)

arrayQualityMetrics (647)

ArrayTools (115)

ArrayTV (83)

ARRmNormalization (191)

artMS (237)

ASAFE (162)

ASEB (179)

ASGSCA (205)

ASICS (291)

asmn (6)

ASpediaFI (46)

ASpli (312)

AssessORF (217)

ASSET (263)

ASSIGN (315)

assorthead (13918)

ASURAT (184)

asuri (7)

ATACCoGAPS (25)

ATACseqQC (617)

ATACseqTFEA (170)

atena (179)

AtlasRDF (19)

atSNP (245)

attract (291)

AUCell (3293)

autonomics (201)

Autotuner (26)

AWAggregator (33)

AWFisher (192)

awst (177)

B

BaalChIP (251)

BAC (76)

bacon (339)

BADER (216)

BadRegionFinder (199)

BAGS (199)

ballgown (1349)

bambu (432)

bamsignals (1202)

BANDITS (213)

bandle (179)

Banksy (424)

banocc (181)

barbieQ (100)

barcodetrackR (167)

basecallQC (227)

BaseSpaceR (220)

Basic4Cseq (245)

BASiCS (360)

BASiCStan (155)

BasicSTARRseq (195)

basilisk (3846)

basilisk.utils (3470)

batchCorr (46)

batchelor (4337)

BatchQC (294)

BatchSVG (122)

BayesKnockdown (189)

BayesPeak (86)

BayesSpace (519)

bayNorm (231)

baySeq (724)

BBCAnalyzer (237)

BCRANK (359)

bcSeq (179)

BDMMAcorrect (53)

beachmat (17238)

beachmat.hdf5 (256)

beachmat.tiledb (104)

beadarray (777)

beadarraySNP (110)

BeadDataPackR (719)

BeadExplorer (10)

BEARscc (80)

BEAT (270)

BEclear (214)

bedbaser (128)

beer (174)

benchdamic (127)

BERT (127)

betaHMM (136)

betr (63)

bettr (144)

BG2 (144)

bgafun (69)

BgeeCall (220)

BgeeDB (235)

BGmix (97)

bgx (155)

BHC (117)

BicARE (278)

BiFET (190)

BiGGR (181)

bigmelon (252)

bigmemoryExtras (44)

bigPint (77)

bim (8)

BindingSiteFinder (186)

bioassayR (241)

Biobase (55776)

biobroom (373)

biobtreeR (145)

Bioc.gff (31)

bioCancer (219)

BioCartaImage (136)

BiocBaseUtils (8570)

BiocBook (168)

BiocCaseStudies (112)

BiocCheck (1750)

biocDatasets (6)

BiocDockerManager (32)

BiocFHIR (160)

BiocFileCache (27837)

BiocGenerics (65414)

biocGraph (307)

BiocHail (88)

BiocHubsShiny (177)

BiocInstaller (147)

BiocIO (20522)

biocmake (711)

BiocNeighbors (11930)

BiocOncoTK (91)

BioCor (252)

BiocParallel (57252)

BiocPkgTools (337)

biocroxytest (124)

BiocSet (537)

BiocSingular (13792)

BiocSklearn (241)

BiocStyle (6521)

biocthis (462)

BiocVersion (67066)

biocViews (4525)

BiocWorkflowTools (256)

biodb (253)

biodbChebi (168)

biodbExpasy (26)

biodbHmdb (143)

biodbKegg (51)

biodbLipidmaps (30)

biodbMirbase (22)

biodbNcbi (142)

biodbNci (127)

biodbUniprot (129)

bioDist (393)

BioGA (120)

biomaRt (22636)

BioMedR (9)

biomformat (6448)

BioMM (52)

BioMVCClass (231)

biomvRCNS (235)

BioNAR (181)

BioNERO (323)

BioNet (494)

BioNetStat (65)

BioQC (292)

BioSeqClass (72)

biosigner (224)

Biostrings (51439)

biosvd (60)

BioTIP (196)

biotmle (211)

biovizBase (5761)

BiRewire (303)

birta (71)

birte (49)

biscuiteer (191)

BiSeq (335)

BitSeq (173)

blacksheepr (196)

blase (25)

blima (231)

BLMA (254)

BloodGen3Module (192)

bluster (6941)

bnbc (205)

bnem (164)

BOBaFIT (175)

borealis (147)

BPRMeth (286)

BRAIN (297)

brainflowprobes (55)

brainImageR (11)

BrainSABER (45)

BrainStars (57)

branchpointer (212)

breakpointR (220)

BreastSubtypeR (115)

brendaDb (191)

BREW3R.r (135)

BRGenomics (128)

bridge (77)

BridgeDbR (231)

broadSeq (112)

BrowserViz (259)

BrowserVizDemo (11)

BSgenome (13161)

BSgenomeForge (281)

bsseq (1595)

BubbleTree (241)

BufferedMatrix (191)

BufferedMatrixMethods (217)

bugsigdbr (631)

BulkSignalR (160)

BUMHMM (209)

bumphunter (2629)

BumpyMatrix (632)

BUS (231)

BUScorrect (200)

BUSpaRse (351)

BUSseq (219)

C

CaDrA (139)

CAEN (157)

CAFE (269)

CAGEfightR (309)

cageminer (180)

CAGEr (397)

CALIB (84)

CalibraCurve (24)

calm (144)

CAMERA (696)

CAMTHC (19)

CaMutQC (131)

canceR (243)

cancerclass (490)

CancerInSilico (61)

CancerMutationAnalysis (77)

CancerSubtypes (137)

CAnD (75)

caOmicsV (116)

cardelino (179)

Cardinal (478)

CardinalIO (268)

CARDspa (137)

CARNIVAL (308)

casper (272)

CATALYST (636)

Category (1439)

categoryCompare (265)

CatsCradle (133)

CausalR (212)

cbaf (198)

CBEA (51)

cBioPortalData (578)

CBN2Path (21)

CBNplot (192)

cbpManager (182)

CCAFE (123)

ccfindR (198)

ccImpute (170)

ccmap (191)

CCPlotR (166)

CCPROMISE (200)

ccrepe (260)

CDI (141)

celaref (215)

celda (1010)

CellaRepertorium (54)

CellBarcode (191)

cellbaseR (246)

CellBench (262)

cellGrowth (70)

cellHTS (86)

cellHTS2 (200)

CelliD (336)

cellity (231)

CellMapper (193)

cellmig (30)

cellmigRation (171)

CellMixS (307)

CellNOptR (336)

cellscape (158)

CellScore (140)

CellTrails (222)

cellTree (145)

cellxgenedp (184)

CEMiTool (307)

censcyt (157)

Cepo (283)

ceRNAnetsim (156)

CeTF (219)

CexoR (257)

CFAssay (165)

cfdnakit (161)

cfDNAPro (213)

cfTools (142)

CGEN (198)

CGHbase (604)

CGHcall (582)

cghMCR (305)

CGHnormaliter (234)

CGHregions (253)

ChAMP (877)

CHARGE (20)

charm (91)

ChemmineOB (466)

ChemmineR (1017)

CHETAH (232)

chevreulPlot (110)

chevreulProcess (118)

chevreulShiny (86)

ChIC (45)

Chicago (259)

chihaya (213)

chimera (91)

chimeraviz (279)

ChIPanalyser (232)

ChIPComp (210)

chipenrich (295)

ChIPexoQual (217)

ChIPpeakAnno (1216)

ChIPQC (530)

ChIPseeker (2614)

chipseq (858)

ChIPseqR (298)

ChIPSeqSpike (37)

ChIPsim (278)

ChIPXpress (208)

chopsticks (222)

chroGPS (95)

Chromatograms (39)

chromDraw (202)

ChromHeatMap (241)

ChromoViz (13)

chromPlot (281)

ChromSCape (175)

chromstaR (197)

chromswitch (71)

chromVAR (1420)

CHRONOS (219)

cicero (479)

cigarillo (2520)

CIMICE (160)

CINdex (218)

circRNAprofiler (225)

CircSeqAlignTk (142)

cisPath (138)

CiteFuse (203)

ClassifyR (461)

cleanUpdTSeq (288)

CleanUpRNAseq (133)

cleaver (404)

clevRvis (152)

clippda (219)

clipper (273)

cliProfiler (160)

cliqueMS (205)

Clomial (196)

Clonality (92)

clonotypeR (60)

clst (227)

clstutils (211)

CluMSID (195)

ClustAll (137)

clustComp (198)

clusterExperiment (495)

ClusterFoldSimilarity (140)

ClusterGVis (7)

ClusterJudge (189)

clusterProfiler (23789)

clusterSeq (197)

ClusterSignificance (207)

clusterStab (234)

clustifyr (322)

ClustIRR (145)

clustSIGNAL (115)

CMA (311)

cmapR (632)

cn.farms (248)

cn.mops (431)

CNAnorm (214)

CNEr (2597)

CNORdt (194)

CNORfeeder (238)

CNORfuzzy (242)

CNORode (239)

CNPBayes (69)

CNTools (302)

CNVfilteR (161)

CNVgears (45)

cnvGSA (205)

CNViz (133)

CNVMetrics (163)

CNVPanelizer (228)

CNVRanger (224)

CNVrd2 (242)

CNVtools (42)

cobindR (75)

CoCiteStats (203)

COCOA (249)

codelink (329)

CODEX (328)

coexnet (62)

CoGAPS (379)

cogena (291)

cogeqc (187)

Cogito (172)

coGPS (217)

COHCAP (104)

cola (379)

comapr (139)

combi (174)

coMET (183)

coMethDMR (173)

compartmap (68)

COMPASS (288)

compcodeR (343)

compEpiTools (216)

CompGO (72)

ComplexHeatmap (18838)

CompoundDb (408)

ComPrAn (145)

compSPOT (127)

conclus (35)

concordexR (149)

condcomp (7)

condiments (250)

CONFESS (244)

consensus (188)

ConsensusClusterPlus (3092)

consensusDE (196)

consensusOV (226)

consensusSeekeR (220)

consICA (158)

CONSTANd (165)

contiBAIT (125)

conumee (359)

convert (313)

copa (238)

COPDSexualDimorphism (8)

copynumber (252)

CopyNumber450k (36)

CopyNumberPlots (204)

CopywriteR (134)

Coralysis (73)

coRdon (382)

CoRegFlux (17)

CoRegNet (120)

CoreGx (483)

Cormotif (239)

CorMut (42)

coRNAi (55)

corral (210)

CORREP (64)

coseq (298)

CoSIA (141)

cosmiq (221)

cosmo (30)

cosmoGUI (19)

cosmosR (238)

COSNet (196)

COTAN (204)

CountClust (66)

countsimQC (255)

covEB (196)

CoverageView (249)

covRNA (187)

CPSM (105)

cpvSNP (241)

cqn (460)

CRImage (298)

CRISPRball (110)

crisprBase (240)

crisprBowtie (217)

crisprBwa (137)

crisprDesign (232)

crisprScore (245)

CRISPRseek (339)

crisprseekplus (57)

crisprShiny (122)

CrispRVariants (295)

crisprVerse (172)

crisprViz (201)

crlmm (394)

CrossICC (8)

crossmeta (143)

crumblr (105)

crupR (101)

CSAR (290)

csaw (673)

csdR (155)

CSOA (29)

CSSP (50)

CSSQ (157)

ctc (404)

CTdata (147)

CTDquerier (299)

CTexploreR (134)

ctgGEM (24)

cTRAP (220)

ctsGE (199)

CTSV (150)

cummeRbund (437)

CuratedAtlasQueryR (160)

customCMPdb (175)

customProDB (227)

CVE (32)

cyanoFilter (168)

cycle (239)

cydar (269)

cypress (149)

CytoDx (180)

cytofast (27)

cytofkit (53)

CyTOFpower (95)

cytofQC (128)

CytoGLMM (168)

cytoKernel (168)

cytolib (2745)

cytomapper (491)

CytoMDS (134)

cytoMEM (189)

CytoML (648)

CytoPipeline (168)

CytoPipelineGUI (132)

CytoTree (40)

cytoviewer (181)

D

dada2 (2980)

dagLogo (307)

daMA (226)

DAMEfinder (225)

damidBind (3)

DaMiRseq (239)

Damsel (140)

dandelionR (118)

DAPAR (288)

dar (127)

DART (241)

DASC (3)

DASiR (33)

dasper (43)

DAVIDQuery (29)

DBChIP (88)

dcanr (329)

DCATS (151)

dce (116)

dcGSA (177)

DChIPRep (88)

ddCt (288)

ddgraph (52)

ddPCRclust (214)

dearseq (239)

debCAM (184)

debrowser (295)

DECIPHER (3262)

deco (55)

DEComplexDisease (62)

decompTumor2Sig (205)

DeconRNASeq (398)

decontam (1803)

decontX (476)

DeconvoBuddies (107)

deconvR (193)

decoupleR (1862)

DEDS (103)

DeeDeeExperiment (35)

DeepBlueR (94)

DeepPINCS (166)

deepSNV (350)

DeepTarget (128)

DEFormats (415)

DegCre (154)

DegNorm (195)

DEGraph (183)

DEGreport (736)

DEGseq (373)

DelayedArray (47007)

DelayedDataFrame (193)

DelayedMatrixStats (16965)

DelayedRandomArray (166)

DelayedTensor (167)

DELocal (146)

deltaCaptureC (160)

deltaGseg (192)

DeMAND (161)

DeMixT (226)

demuxmix (245)

demuxSNP (155)

densvis (769)

DEP (908)

DepecheR (212)

DepInfeR (162)

DeProViR (19)

DEqMS (440)

derfinder (731)

derfinderHelper (661)

derfinderPlot (273)

DEScan2 (227)

DESeq (239)

DESeq2 (27098)

DEsingle (375)

DESpace (184)

destiny (991)

DEsubs (234)

DEWSeq (204)

DExMA (179)

DEXSeq (1834)

dexus (73)

DFP (222)

DFplyr (130)

DIAlignR (64)

DiffBind (1439)

diffcoexp (226)

diffcyt (502)

DifferentialRegulation (165)

diffGeneAnalysis (190)

diffHic (322)

DiffLogo (225)

diffloop (183)

diffuStats (232)

diffUTR (166)

diggit (195)

Dino (181)

dinoR (139)

dir.expiry (4624)

Director (91)

DirichletMultinomial (4698)

discordant (238)

DiscoRhythm (221)

distinct (264)

dittoSeq (1452)

divergence (172)

dks (171)

DMCFB (184)

DMCHMM (189)

dmGsea (69)

DMRcaller (302)

DMRcate (1197)

DMRforPairs (87)

DMRScan (229)

dmrseq (352)

DNABarcodeCompatibility (148)

DNABarcodes (284)

DNAcopy (4293)

DNAcycP2 (109)

DNAfusion (166)

DNaseR (12)

DNAshapeR (345)

DNEA (63)

domainsignatures (45)

dominatR (8)

DominoEffect (171)

dominoSignal (137)

doppelgangR (224)

DOQTL (84)

Doscheda (209)

DOSE (23566)

doseR (215)

DOtools (14)

doubletrouble (191)

dpeak (48)

drawProteins (297)

dreamlet (246)

DRIMSeq (514)

DriverNet (210)

DropletUtils (2647)

drugTargetInteractions (175)

DrugVsDisease (221)

dSimer (51)

DspikeIn (23)

DSS (835)

dStruct (145)

DTA (200)

dualKS (101)

Dune (179)

DupChecker (31)

DuplexDiscovereR (130)

dupRadar (256)

dyebias (263)

DynDoc (1648)

E

easier (225)

EasyCellType (179)

easylift (144)

EasyqpcR (74)

easyreporting (173)

easyRNASeq (300)

EBarrays (333)

EBcoexpress (220)

EBImage (3231)

EBSEA (184)

EBSeq (599)

EBSeqHMM (107)

ecolitk (270)

EDASeq (1798)

edd (23)

EDDA (67)

edge (283)

edgeR (26242)

EDIRquery (148)

eds (329)

eegc (84)

EGAD (279)

EGSEA (332)

eiR (212)

eisa (142)

eisaR (255)

ELBOW (74)

ELMER (434)

ELViS (111)

EMDomics (260)

EmpiricalBrownsMethod (227)

ENCODExplorer (58)

EnhancedVolcano (6745)

enhancerHomologSearch (169)

EnMCB (167)

ENmix (482)

EnrichDO (142)

EnrichedHeatmap (1026)

EnrichmentBrowser (625)

enrichplot (23895)

enrichTF (62)

enrichViewNet (155)

ensembldb (10064)

ensemblVEP (144)

ENVISIONQuery (40)

epialleleR (197)

EpiCompare (173)

epidecodeR (167)

EpiDISH (864)

epigenomix (234)

epigraHMM (237)

epihet (33)

EpiMix (164)

epimutacions (168)

epiNEM (227)

EpipwR (135)

epiregulon (133)

epiregulon.extra (142)

epistack (179)

epistasisGA (153)

EpiTxDb (225)

epivizr (314)

epivizrChart (202)

epivizrData (221)

epivizrServer (207)

epivizrStandalone (235)

erccdashboard (239)

erma (218)

ERSSA (196)

esATAC (203)

escape (536)

escheR (216)

esetVis (231)

eudysbiome (254)

evaluomeR (188)

EventPointer (254)

EWCE (305)

ExCluster (164)

ExiMiR (256)

exomeCopy (320)

exomePeak (89)

exomePeak2 (117)

exonmap (19)

ExperimentHub (8784)

ExperimentHubData (392)

ExperimentSubset (174)

explorase (51)

ExploreModelMatrix (373)

ExpressionAtlas (236)

ExpressionView (80)

exprExternal (11)

externalVector (16)

extraChIPs (201)

F

fabia (312)

facopy (99)

factDesign (245)

factR (136)

faers (182)

FamAgg (244)

famat (196)

farms (129)

fastLiquidAssociation (195)

FastqCleaner (229)

fastreeR (185)

fastseg (1068)

fbat (21)

FCBF (82)

fCCAC (235)

fCI (211)

fcoex (80)

fcScan (227)

fdrame (186)

FEAST (287)

FeatSeekR (136)

fedup (170)

FELLA (296)

FEM (72)

fenr (153)

ffpe (240)

fgga (168)

FGNet (252)

fgsea (26592)

FilterFFPE (200)

findIPs (132)

FindIT2 (198)

FindMyFriends (58)

FinfoMDS (28)

FISHalyseR (169)

fishpond (502)

FitHiC (199)

flagme (193)

FLAMES (185)

flipflop (56)

flowAI (634)

flowBeads (237)

flowBin (199)

flowcatchR (258)

flowCHIC (215)

flowCL (61)

flowClean (343)

flowClust (1026)

flowCore (2852)

flowCut (238)

flowCyBar (159)

flowDensity (448)

flowFit (50)

flowFlowJo (40)

flowFP (365)

flowGate (170)

flowGraph (170)

flowMap (137)

flowMatch (234)

flowMeans (370)

flowMerge (268)

flowPeaks (304)

flowPhyto (35)

flowPloidy (194)

flowPlots (173)

flowQ (74)

flowQB (71)

FlowRepositoryR (58)

FlowSOM (1207)

flowSpecs (208)

flowSpy (21)

flowStats (747)

flowTime (232)

flowTrans (260)

flowType (97)

flowUtils (138)

flowViz (1175)

flowVS (278)

flowWorkspace (1446)

fmcsR (422)

fmrs (189)

fobitools (173)

focalCall (46)

FoldGO (113)

FourCSeq (104)

FRASER (274)

frenchFISH (134)

FRGEpistasis (159)

frma (330)

frmaTools (262)

FScanR (25)

FunChIP (116)

FunciSNP (95)

funOmics (129)

funtooNorm (214)

FuseSOM (165)

G

G4SNVHunter (138)

GA4GHclient (190)

GA4GHshiny (179)

gaga (274)

gage (971)

gaggle (104)

gaia (72)

GAPGOM (38)

GAprediction (154)

garfield (165)

GARS (178)

GateFinder (175)

gatom (180)

gaucho (41)

GBScleanR (161)

gcapc (263)

gcatest (185)

gCMAP (78)

gCMAPWeb (80)

GCPtools (84)

gCrisprTools (250)

gcrma (1359)

GCSConnection (21)

GCSFilesystem (17)

GCSscore (58)

GDCRNATools (337)

gDNAx (141)

gDR (127)

gDRcore (145)

gDRimport (147)

gDRstyle (140)

gDRutils (142)

GDSArray (219)

gdsfmt (2495)

GeDi (135)

geecc (57)

GEM (185)

gemini (160)

gemma.R (198)

genArise (203)

genbankr (207)

GENE.E (24)

gene2pathway (16)

GeneAccord (50)

GeneAnswers (128)

geneAttribution (224)

GeneBreak (231)

geneClassifiers (202)

GeneExpressionSignature (255)

genefilter (12989)

genefu (548)

GeneGA (160)

GeneGeneInteR (143)

GeneGroupAnalysis (13)

GeneMeta (354)

GeneNetworkBuilder (266)

GeneOverlap (966)

geneplast (254)

geneplotter (4108)

GeneR (27)

geneRecommender (209)

GeneRegionScan (251)

GeneRfold (8)

geneRxCluster (215)

GeneSelectMMD (250)

GeneSelector (64)

GENESIS (632)

GeneSpring (26)

GeneStructureTools (226)

geNetClassifier (257)

GeneticsBase (22)

GeneticsDesign (46)

GeneticsPed (239)

GeneTonic (302)

GeneTraffic (15)

GeneTS (11)

geneXtendeR (231)

GENIE3 (1692)

genoCN (130)

GenoGAM (79)

genomation (989)

GenomAutomorphism (170)

GenomeBase (4)

GenomeGraphs (85)

GenomeInfoDb (57840)

genomeIntervals (315)

genomes (221)

GenomicAlignments (24113)

GenomicDataCommons (1056)

GenomicDistributions (231)

GenomicFeatures (18190)

GenomicFiles (1109)

genomicInstability (182)

GenomicInteractionNodes (157)

GenomicInteractions (541)

GenomicOZone (172)

GenomicPlot (171)

GenomicRanges (49227)

GenomicScores (849)

GenomicSuperSignature (205)

GenomicTuples (223)

Genominator (82)

genoset (101)

genotypeeval (66)

GenoView (18)

genphen (97)

GenProSeq (152)

GenRank (23)

GenVisR (429)

GeoDiff (161)

GEOexplorer (167)

GEOfastq (170)

GEOmetadb (444)

geomeTriD (149)

GeomxTools (525)

GEOquery (11556)

GEOsearch (23)

GEOsubmission (219)

GeoTcgaData (185)

gep2pep (186)

gespeR (124)

getDEE2 (181)

geva (168)

GEWIST (168)

geyser (122)

gff3Plotter (6)

gg4way (151)

GGBase (121)

ggbio (2555)

ggcyto (1073)

ggkegg (557)

ggmanh (227)

ggmsa (721)

GGPA (171)

ggsc (195)

ggseqalign (110)

ggspavis (383)

GGtools (190)

ggtree (26986)

ggtreeDendro (161)

ggtreeExtra (1704)

ggtreeSpace (127)

GIGSEA (185)

ginmappeR (124)

gINTomics (135)

girafe (274)

GISPA (88)

GLAD (407)

GladiaTOX (184)

Glimma (1123)

glmGamPoi (6114)

glmSparseNet (247)

GlobalAncova (1240)

globalSeq (197)

globaltest (1870)

GloScope (144)

gmapR (263)

GmicR (182)

gmoviz (187)

GMRP (227)

GNET2 (178)

GNOSIS (128)

goatea (5)

goCluster (8)

GOexpress (315)

GOfuncR (351)

GOFunction (90)

GoogleGenomics (47)

GOpro (248)

goProfiles (340)

GOSemSim (21773)

goseq (1645)

GOSim (130)

goSorensen (155)

goSTAG (264)

GOstats (1422)

GOsummaries (110)

GOTHiC (353)

goTools (245)

GPA (156)

gpart (83)

gpls (243)

gprege (71)

gpuMagic (150)

gQTLBase (58)

gQTLstats (90)

GrafGen (136)

gramm4R (17)

GRaNIE (176)

granulator (203)

graper (176)

graph (22002)

GraphAlignment (185)

GraphAT (254)

graphite (4347)

GraphPAC (114)

GRENITS (185)

GreyListChIP (1292)

GRmetrics (253)

groHMM (243)

GRridge (91)

GSALightning (162)

GSAR (267)

GSCA (218)

gscreend (187)

GSEABase (10105)

GSEABenchmarkeR (230)

GSEAlm (301)

GSEAmining (202)

gsean (209)

GSgalgoR (182)

GSReg (207)

GSRI (237)

GSVA (8480)

gtrellis (310)

GUIDEseq (279)

Guitar (338)

gVenn (32)

Gviz (3453)

GWAS.BAYES (171)

gwascat (650)

GWASTools (847)

gwasurvivr (201)

GWENA (227)

gypsum (3911)

H

h5mread (7655)

h5vc (269)

hapFabia (241)

Harman (338)

HarmonizR (183)

Harshlight (198)

hca (148)

HCABrowser (24)

HCAExplorer (14)

HCAMatrixBrowser (7)

HCsnip (58)

HDF5Array (15838)

HDTD (168)

hdxmsqc (126)

heatmaps (451)

Heatplus (449)

HelloRanges (316)

HELP (234)

HEM (228)

hermes (256)

HERON (142)

Herper (195)

hexbin (62)

HGC (169)

hiAnnotator (249)

HIBAG (292)

HicAggR (134)

HiCaptuRe (33)

HiCBricks (268)

HiCcompare (455)

HiCDCPlus (198)

HiCDOC (173)

HiCExperiment (226)

HiContacts (222)

HiCool (118)

HiCParser (98)

HiCPotts (38)

hicrep (18)

hicVennDiagram (154)

hierGWAS (205)

hierinf (143)

HilbertCurve (254)

HilbertVis (303)

HilbertVisGUI (123)

HiLDA (201)

hipathia (254)

HIPPO (168)

hiReadsProcessor (197)

HIREewas (206)

HiTC (362)

hmdbQuery (203)

HMMcopy (501)

HoloFoodR (127)

hoodscanR (201)

hopach (525)

HPAanalyze (301)

hpar (415)

HPAStainR (22)

HPiP (160)

HTqPCR (341)

HTSanalyzeR (90)

HTSeqGenie (46)

htSeqTools (99)

HTSFilter (422)

HuBMAPR (125)

HubPub (377)

HumanTranscriptomeCompendium (70)

hummingbird (160)

HVP (55)

HybridExpress (138)

HybridMTest (241)

hypeR (227)

hyperdraw (280)

hypergraph (316)

I

iASeq (166)

iasva (216)

iBBiG (238)

Ibex (13)

ibh (213)

iBMQ (155)

iCARE (210)

Icens (431)

icetea (192)

iCheck (221)

iChip (238)

iClusterPlus (499)

iCNV (173)

iCOBRA (413)

ideal (277)

IdeoViz (251)

idiogram (267)

IdMappingAnalysis (66)

IdMappingRetrieval (45)

idpr (185)

idr2d (236)

IFAA (146)

iFlow (17)

igblastr (61)

iGC (205)

IgGeneUsage (184)

igvR (242)

igvShiny (170)

IHW (1028)

illuminaio (2916)

ILoReg (198)

imageHTS (123)

imageTCGA (93)

IMAS (167)

imcRtools (348)

Imetagene (63)

IMMAN (179)

immApex (222)

immReferent (6)

ImmuneSpaceR (105)

immunoClust (200)

immunogenViewer (101)

immunotation (192)

iModMix (25)

IMPCdata (159)

ImpulseDE (18)

ImpulseDE2 (41)

impute (11834)

INDEED (150)

iNETgrate (125)

infercnv (1697)

infinityFlow (172)

Informeasure (147)

InPAS (274)

INPower (226)

inSilicoDb (61)

inSilicoMerging (30)

INSPEcT (294)

INTACT (142)

InTAD (199)

intansv (246)

interacCircos (146)

InteractionSet (1839)

InteractiveComplexHeatmap (596)

interactiveDisplay (348)

interactiveDisplayBase (3129)

InterCellar (204)

IntEREst (219)

InterMineR (113)

IntOMICS (19)

IntramiRExploreR (194)

inveRsion (48)

IONiseR (346)

iontree (32)

iPAC (138)

iPath (136)

ipdDb (185)

IPO (268)

IPPD (61)

IRanges (60121)

IRISFGM (39)

IrisSpatialFeatures (9)

ISAnalytics (178)

iscream (24)

iSEE (641)

iSEEde (159)

iSEEfier (141)

iSEEhex (171)

iSEEhub (169)

iSEEindex (147)

iSEEpathways (154)

iSEEtree (142)

iSEEu (238)

iSeq (190)

ISLET (159)

islify (97)

iSNetwork (7)

isobar (304)

IsoBayes (149)

IsoCorrectoR (213)

IsoCorrectoRGUI (144)

IsoformSwitchAnalyzeR (502)

IsoGeneGUI (127)

ISoLDE (164)

isomiRs (235)

iSPlot (12)

ITALICS (246)

iterativeBMA (221)

iterativeBMAsurv (182)

iterClust (47)

iteremoval (40)

IVAS (226)

ivygapSE (204)

IWTomics (236)

J

jazzPanda (107)

jmosaics (33)

joda (68)

JunctionSeq (53)

K

karyoploteR (1058)

katdetectr (160)

KBoost (139)

KCsmart (256)

kebabs (310)

KEGGgraph (6139)

KEGGlincs (219)

keggorth (11)

keggorthology (242)

KEGGprofile (74)

KEGGREST (40583)

KEGGSOAP (30)

kimod (29)

KinSwingR (198)

kissDE (176)

kmcut (125)

KnowSeq (224)

knowYourCG (147)

koinar (132)

L

LACE (208)

LACHESIS (10)

lapmix (123)

LBE (274)

ldblock (230)

LEA (867)

LedPred (171)

lefser (630)

lemur (173)

les (239)

levi (163)

lfa (370)

Lheuristic (86)

limma (38454)

limmaGUI (253)

limpa (130)

limpca (137)

LimROTS (107)

LINC (37)

LineagePulse (55)

lineagespot (156)

LinkHD (190)

linkSet (40)

Linnorm (349)

LinTInd (193)

lionessR (217)

lipidr (282)

LipidTrend (58)

LiquidAssociation (212)

lisaClust (266)

lmdme (223)

LMGene (103)

LOBSTAHS (195)

loci2path (175)

logicFS (258)

logitT (92)

Logolas (39)

lol (37)

LOLA (407)

looking4clusters (25)

LoomExperiment (678)

LowMACA (88)

LPE (244)

LPEadj (89)

lpNet (191)

lpsymphony (1202)

LRBaseDbi (171)

LRcell (170)

lumi (1324)

lute (116)

LVSmiRNA (74)

LymphoSeq (228)

M

M3C (621)

M3D (75)

M3Drop (582)

m6Aboost (149)

maanova (127)

Maaslin2 (1117)

maaslin3 (258)

Macarron (132)

macat (144)

maCorrPlot (206)

MACPET (68)

MACSQuantifyR (151)

MACSr (186)

maDB (33)

made4 (432)

MADSEQ (167)

maftools (2839)

MAGAR (167)

MAGeCKFlute (295)

magpie (162)

magrene (161)

MAI (158)

maigesPack (167)

MAIT (209)

makecdfenv (381)

makePlatformDesign (13)

MANOR (233)

manta (106)

MantelCorr (185)

MAPFX (132)

mAPKL (82)

maPredictDSC (198)

mapscape (168)

mariner (153)

markeR (25)

marr (196)

marray (2031)

martini (194)

maser (250)

maSigPro (553)

maskBAD (229)

MassArray (182)

massiR (266)

MassSpecWavelet (2016)

MAST (2327)

mastR (180)

matchBox (183)

matchprobes (21)

MatrixGenerics (46922)

MatrixQCvis (185)

MatrixRider (224)

matter (429)

MaxContrastProjection (33)

MBAmethyl (165)

MBASED (276)

MBCB (202)

MBECS (165)

mbkmeans (555)

mbOmic (18)

mBPCR (235)

MBQN (204)

mbQTL (132)

MBttest (214)

mcaGUI (65)

MCbiclust (234)

MCRestimate (62)

mCSEA (243)

mdgsa (70)

mdp (235)

mdqc (242)

MDTS (183)

MEAL (267)

MeasurementError.cor (182)

MEAT (199)

MEB (191)

MEDIPS (355)

MEDME (217)

megadepth (237)

MEIGOR (231)

Melissa (174)

memes (347)

MergeMaid (96)

Mergeomics (222)

MeSHDbi (342)

meshes (309)

meshr (294)

MeSHSim (18)

MesKit (232)

messina (234)

metaArray (83)

Metab (85)

metabCombiner (229)

metabinR (150)

MetaboAnnotation (299)

MetaboCoreUtils (2693)

MetaboDynamics (124)

metabolomicsWorkbenchR (225)

metabomxtr (205)

MetaboSignal (274)

metaCCA (178)

MetaCyto (201)

MetaDICT (25)

metagene (162)

metagene2 (232)

metagenomeFeatures (54)

metagenomeSeq (1990)

metahdep (200)

metaMS (273)

MetaNeighbor (278)

MetaPhOR (161)

metapod (5706)

metapone (171)

metaSeq (217)

metaseqR (102)

metaseqR2 (219)

metavizr (75)

MetaVolcanoR (81)

metaX (16)

MetCirc (225)

MethCP (55)

methimpute (221)

methInheritSim (187)

methodical (119)

MethPed (213)

MethReg (194)

methrix (266)

MethTargetedNGS (184)

methVisual (86)

methyAnalysis (89)

MethylAid (251)

methylCC (217)

methylclock (330)

methylGSA (255)

methyLImp2 (146)

methylInheritance (218)

methylKit (1021)

MethylMix (268)

methylMnM (232)

methylPipe (281)

methylscaper (174)

MethylSeekR (382)

methylSig (248)

methylumi (1644)

methyvim (28)

MetID (191)

MetMashR (96)

MetNet (223)

mfa (240)

Mfuzz (1492)

MGFM (219)

MGFR (205)

MGnifyR (144)

mgsa (251)

mia (1598)

miaDash (101)

miaSim (188)

miaTime (38)

miaViz (414)

MiChip (228)

microbiome (2274)

microbiomeDASim (167)

microbiomeExplorer (177)

microbiomeMarker (450)

MicrobiomeProfiler (208)

MicrobiotaProcess (579)

microRNA (571)

microSTASIS (129)

MICSQTL (144)

midasHLA (170)

MIGSA (91)

miloR (858)

mimager (198)

MIMOSA (104)

mina (141)

MineICA (330)

minet (827)

minfi (2439)

MinimumDistance (252)

MiPP (215)

miQC (262)

MIRA (234)

MiRaGE (282)

miRBaseConverter (356)

miRcomp (224)

mirIntegrator (228)

MIRit (142)

miRLAB (239)

miRmine (121)

miRNAmeConverter (183)

miRNApath (185)

miRNAtap (284)

miRSM (199)

miRsponge (11)

miRspongeR (192)

Mirsynergy (39)

mirTarRnaSeq (186)

missMethyl (1267)

missRows (178)

mist (91)

mistyR (272)

mitch (264)

mitoClone2 (169)

mitology (123)

mitoODE (37)

mixOmics (3714)

MLInterfaces (571)

mlm4omics (9)

MLP (353)

MLSeq (300)

MMAPPR2 (28)

MMDiff (64)

MMDiff2 (240)

mmgmos (6)

mmnet (36)

MmPalateMiRNA (86)

MMUPHin (297)

mnem (234)

moanin (172)

mobileRNA (136)

MobilityTransformR (19)

MODA (191)

ModCon (152)

Modstrings (249)

MOFA (26)

MOFA2 (964)

MOGAMUN (183)

mogsa (385)

MoleculeExperiment (170)

MOMA (190)

monaLisa (277)

monocle (3632)

Moonlight2R (153)

MoonlightR (237)

MoPS (49)

mosaics (375)

mosbi (178)

MOSClip (129)

mosdef (367)

MOSim (192)

Motif2Site (163)

motifbreakR (404)

motifcounter (194)

MotifDb (967)

motifmatchr (1617)

MotifPeeker (120)

motifRG (95)

motifStack (1026)

motifTestR (150)

MotIV (102)

MouseFM (161)

MPAC (118)

MPFE (157)

mpra (248)

MPRAnalyze (197)

MQmetrics (31)

mQTL.NMR (57)

msa (2474)

MSA2dist (198)

MsBackendMassbank (188)

MsBackendMetaboLights (153)

MsBackendMgf (638)

MsBackendMsp (404)

MsBackendRawFileReader (201)

MsBackendSql (171)

MsCoreUtils (3967)

MsDataHub (213)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1493)

MsFeatures (1648)

msgbsR (208)

MSGFgui (81)

MSGFplus (61)

msImpute (211)

mslp (120)

msmsEDA (369)

msmsTests (389)

MSnbase (3790)

MSnID (409)

mspms (129)

MSPrep (142)

msPurity (286)

msqrob2 (283)

MsQuality (163)

MSstats (776)

MSstatsBig (154)

MSstatsBioNet (119)

MSstatsConvert (674)

MSstatsLiP (230)

MSstatsLOBD (144)

MSstatsPTM (358)

MSstatsQC (208)

MSstatsQCgui (150)

MSstatsResponse (22)

MSstatsSampleSize (55)

MSstatsShiny (206)

MSstatsTMT (455)

MSstatsTMTPTM (10)

MTseeker (12)

MuData (182)

Mulcom (241)

MultiAssayExperiment (6867)

MultiBaC (191)

multiClust (238)

multicrispr (184)

MultiDataSet (1589)

multiGSEA (265)

multiHiCcompare (262)

MultiMed (205)

multiMiR (631)

MultimodalExperiment (152)

multiOmicsViz (83)

MultiRNAflow (152)

multiscan (222)

multiSight (34)

multistateQTL (129)

multiWGCNA (175)

multtest (12280)

mumosa (191)

MungeSumstats (779)

muscat (737)

muscle (534)

musicatk (191)

MutationalPatterns (512)

mutscan (29)

MVCClass (233)

mvGST (43)

MWASTools (274)

mygene (534)

myvariant (280)

mzID (3508)

mzR (3941)

N

NADfinder (225)

NanoMethViz (217)

NanoStringDiff (235)

NanoStringNCTools (517)

NanoStringQCPro (89)

nanotatoR (45)

NanoTube (222)

NarrowPeaks (66)

NBAMSeq (170)

NBSplice (48)

ncdfFlow (1368)

ncGTW (165)

NCIgraph (165)

ncRNAtools (171)

ndexr (188)

neaGUI (27)

nearBynding (192)

Nebulosa (1362)

NeighborNet (49)

nem (138)

nempi (171)

NetActivity (143)

netbenchmark (34)

netbiov (103)

netboost (172)

netboxr (38)

netDx (55)

nethet (205)

netOmics (58)

NetPathMiner (223)

netprioR (162)

netReg (27)

netresponse (234)

NetSAM (215)

netSmooth (220)

networkBMA (75)

netZooR (95)

NeuCA (69)

NewWave (205)

NGScopy (48)

ngsReports (231)

nipalsMCIA (162)

nnNorm (242)

nnSVG (239)

NOISeq (695)

nondetects (196)

NoRCE (191)

normalize450K (190)

NormalyzerDE (367)

NormqPCR (316)

normr (294)

notame (37)

notameStats (20)

notameViz (33)

NPARC (198)

npGSEA (230)

NTW (173)

nucleoSim (207)

nucleR (306)

nuCpos (187)

nudge (60)

nullranges (302)

NuPoP (239)

NxtIRFcore (47)

O

occugene (178)

OCplus (233)

octad (176)

ODER (26)

odseq (196)

OGRE (156)

OGSA (51)

oligo (3027)

oligoClasses (2026)

OLIN (283)

OLINgui (243)

omada (131)

OmaDB (267)

omicade4 (313)

OmicCircos (336)

omicplotR (183)

omicRexposome (206)

omicsGMF (23)

OmicsLonDA (54)

OmicsMarkeR (51)

OmicsMLRepoR (97)

OMICsPCA (232)

omicsPrint (212)

omicsViewer (181)

Omixer (179)

OmnipathR (1156)

ompBAM (193)

omXplore (170)

Onassis (48)

oncomix (192)

oncoscanR (169)

OncoScore (196)

OncoSimulR (249)

oneChannelGUI (89)

oneSENSE (53)

onlineFDR (144)

ontoCAT (50)

ontoProc (302)

ontoTools (36)

openCyto (886)

openPrimeR (236)

openPrimeRui (65)

OpenStats (140)

OperaMate (24)

oposSOM (277)

oppar (225)

oppti (102)

optimalFlow (171)

OPWeight (200)

OrderedList (239)

ORFhunteR (184)

ORFik (395)

Organism.dplyr (434)

OrganismDbi (3048)

orthogene (648)

orthos (155)

OSAT (217)

Oscope (272)

OSTA.data (148)

OTUbase (256)

OutlierD (82)

OUTRIDER (355)

OutSplice (154)

OVESEG (173)

P

PAA (248)

packFinder (198)

padma (193)

PADOG (369)

pageRank (165)

PAIRADISE (216)

paircompviz (207)

pairedGSEA (131)

pairkat (164)

pairseqsim (3)

pamr (35)

pandaR (261)

panelcn.mops (255)

PAnnBuilder (54)

PanomiR (164)

panp (289)

PANR (212)

PanViz (78)

PanVizGenerator (60)

PAPi (87)

pareg (35)

parglms (221)

parody (252)

partCNV (143)

PAST (214)

Path2PPI (222)

pathifier (224)

pathlinkR (164)

pathMED (74)

PathNet (223)

PathoStat (212)

pathprint (33)

pathRender (239)

pathVar (95)

pathview (5189)

pathwayPCA (235)

PathwaySplice (65)

PatientGeneSets (18)

paxtoolsr (135)

Pbase (64)

pbcmc (36)

pcaExplorer (457)

pcaGoPromoter (52)

pcaMethods (5791)

PCAN (237)

PCAtools (1302)

pcot2 (115)

PCpheno (127)

pcxn (54)

PDATK (168)

pdInfoBuilder (297)

pdmclass (84)

PeacoQC (380)

peakCombiner (25)

peakPantheR (183)

PECA (265)

peco (188)

Pedixplorer (153)

pengls (150)

PepSetTest (121)

PepsNMR (254)

pepStat (253)

pepXMLTab (212)

PERFect (58)

periodicDNA (216)

perturbatr (31)

pfamAnalyzeR (340)

PFP (36)

PGA (126)

pgca (149)

PGSEA (177)

pgUtils (18)

pgxRpi (133)

phantasus (219)

phantasusLite (147)

PharmacoGx (510)

phemd (81)

phenoDist (56)

PhenoGeneRanker (145)

phenomis (157)

phenopath (309)

phenoTest (320)

PhenStat (208)

philr (395)

PhIPData (187)

phosphonormalizer (160)

PhosR (299)

PhyloProfile (233)

phyloseq (6506)

Pi (94)

piano (629)

PICB (113)

pickgene (186)

PICS (224)

Pigengene (228)

PING (210)

pint (41)

pipeComp (217)

pipeFrame (237)

PIPETS (132)

Pirat (107)

PIUMA (116)

pkgDepTools (121)

planet (307)

planttfhunter (146)

plasmut (135)

plateCore (107)

plethy (107)

plgem (326)

plier (303)

PloGO2 (62)

plotgardener (348)

plotGrouper (174)

PLPE (216)

plrs (101)

PLSDAbatch (142)

plw (76)

plyinteractions (147)

plyranges (1399)

plyxp (148)

pmm (144)

pmp (266)

PMScanR (30)

PoDCall (139)

podkat (284)

poem (106)

pogos (187)

polyester (205)

Polyfit (50)

PolySTest (124)

Polytect (129)

POMA (264)

POST (31)

PoTRA (27)

PowerExplorer (23)

powerTCR (420)

POWSC (167)

ppcseq (171)

PPInfer (251)

ppiStats (139)

pqsfinder (352)

prada (79)

pram (184)

prebs (249)

preciseTAD (241)

PrecisionTrialDrawer (34)

PREDA (273)

predictionet (61)

preprocessCore (15761)

primirTSS (182)

PrInCE (195)

Prize (24)

proActiv (227)

proBAMr (211)

proBatch (85)

PROcess (238)

procoil (292)

ProCoNA (53)

proDA (345)

proFIA (80)

profileplyr (378)

profileScoreDist (177)

progeny (786)

projectR (215)

pRoloc (558)

pRolocGUI (271)

PROMISE (239)

PRONE (150)

PROPER (281)

PROPS (195)

Prostar (229)

prot2D (60)

proteasy (36)

proteinProfiles (156)

ProteoDisco (187)

ProteomicsAnnotationHubData (52)

ProteoMM (221)

proteoQC (54)

protGear (170)

ProtGenerics (12113)

PSEA (106)

psichomics (238)

PSICQUIC (86)

PSMatch (2887)

psygenet2r (111)

ptairMS (216)

PubScore (34)

pulsedSilac (30)

puma (292)

PureCN (374)

pvac (230)

pvca (487)

Pviz (238)

pwalign (8033)

PWMEnrich (461)

pwOmics (181)

pwrEWAS (42)

Q

qckitfastq (133)

qcmetrics (274)

QDNAseq (595)

QFeatures (3330)

qmtools (173)

qpcrNorm (230)

qpgraph (394)

qPLEXanalyzer (199)

qrqc (126)

QRscore (114)

qsea (226)

qsmooth (242)

QSutils (242)

qsvaR (157)

QTLExperiment (150)

Qtlizer (194)

QUALIFIER (89)

quantiseqr (835)

quantro (383)

quantsmooth (787)

QuartPAC (98)

QuasR (605)

QuaternaryProd (189)

QUBIC (257)

qusage (521)

qvalue (22388)

R

R3CPET (220)

r3Cseq (283)

R453Plus1Toolbox (248)

R4RNA (834)

RadioGx (194)

raer (146)

RaggedExperiment (927)

RAIDS (140)

rain (278)

rama (93)

RamiGO (37)

ramr (173)

ramwas (284)

RandomWalkRestartMH (84)

randPack (217)

randRotation (152)

RankProd (469)

RAREsim (147)

RareVariantVis (239)

Rariant (113)

Rarr (308)

rawDiag (132)

rawrr (286)

RbcBook1 (424)

Rbec (135)

RBGL (9482)

RBioFormats (375)

RBioinf (203)

rBiopaxParser (421)

rBLAST (284)

RBM (204)

Rbowtie (580)

Rbowtie2 (468)

RbowtieCuda (62)

rbsurv (219)

Rbwa (139)

Rcade (185)

RCAS (265)

RCASPAR (162)

rcellminer (267)

rCGH (387)

Rchemcpp (83)

RchyOptimyx (57)

RcisTarget (1536)

RCM (223)

Rcollectl (85)

Rcpi (307)

RCSL (163)

Rcwl (222)

RcwlPipelines (159)

RCX (169)

RCy3 (1017)

RCyjs (252)

RCytoscape (45)

RDAVIDWebService (107)

Rdbi (22)

RdbiPgSQL (11)

rDGIdb (88)

Rdisop (705)

RDRToolbox (281)

ReactomeContentService4R (58)

ReactomeGraph4R (28)

ReactomeGSA (340)

ReactomePA (4132)

readat (45)

ReadqPCR (317)

reb (116)

REBET (176)

rebook (231)

receptLoss (130)

reconsi (152)

recount (561)

recount3 (582)

recountmethylation (195)

recoup (307)

RedeR (423)

RedisParam (144)

REDseq (239)

ReducedExperiment (137)

RefNet (62)

RefPlus (178)

RegEnrich (275)

regionalpcs (116)

RegionalST (128)

regioneR (2136)

regioneReloaded (160)

regionReport (336)

regsplice (199)

regutools (185)

REMP (220)

Repitools (432)

ReportingTools (765)

reposTools (3)

RepViz (159)

ReQON (135)

ResidualMatrix (4232)

RESOLVE (143)

Resourcerer (38)

restfulSE (106)

retrofit (146)

ReUseData (131)

rexposome (260)

rfaRm (171)

Rfastp (231)

RFLOMICS (101)

rflowcyt (47)

rfPred (259)

rGADEM (442)

RGalaxy (69)

rGenomeTracks (156)

Rgin (30)

RGMQL (50)

RgnTX (152)

rgoslin (238)

RGraph2js (221)

Rgraphviz (9888)

rGREAT (893)

RGSEA (236)

rgsepd (232)

rhdf5 (24691)

rhdf5client (256)

rhdf5filters (23609)

Rhdf5lib (25298)

rhinotypeR (123)

Rhisat2 (274)

Rhtslib (25322)

rHVDM (96)

RiboCrypt (175)

RiboDiPA (192)

RiboProfiling (235)

ribor (187)

riboSeqR (258)

ribosomeProfilingQC (208)

rifi (139)

rifiComparative (137)

Rigraphlib (741)

rigvf (101)

RImmPort (165)

Ringo (301)

Rintact (19)

RIPAT (48)

RIPSeeker (96)

Risa (161)

RITAN (163)

RIVER (231)

RJMCMCNucleosomes (196)

RLassoCox (154)

RLMM (185)

RLSeq (42)

RMAGEML (14)

Rmagpie (207)

RMAPPER (20)

RMassBank (344)

rMAT (61)

rmelting (184)

RmiR (64)

Rmmquant (191)

rmspc (170)

RNAAgeCalc (232)

RNAdecay (142)

rnaEditr (175)

RNAinteract (90)

RNAither (105)

RNAmodR (188)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (170)

RNAmodR.ML (200)

RNAmodR.RiboMethSeq (167)

RNAprobR (53)

RNAsense (181)

rnaseqcomp (236)

RNAseqCovarImpute (133)

rnaSeqMap (136)

RNASeqPower (339)

RNASeqR (36)

RnaSeqSampleSize (269)

RnBeads (527)

Rnits (214)

roar (252)

roastgsa (145)

ROC (1270)

ROCpAI (157)

RolDE (166)

Roleswitch (57)

Rolexa (53)

rols (560)

ROntoTools (358)

ropls (1629)

ROSeq (203)

ROTS (426)

RPA (254)

rprimer (176)

RProtoBufLib (2600)

RpsiXML (167)

rpx (555)

Rqc (464)

rqt (163)

rqubic (220)

rRDP (248)

Rredland (17)

RRHO (241)

rrvgo (711)

Rsamtools (27017)

rsbml (269)

rScudo (194)

rsemmed (155)

RSeqAn (193)

rSFFreader (61)

RSNPper (13)

Rsubread (2317)

RSVSim (262)

rSWeeP (189)

rTANDEM (78)

RTCA (202)

RTCGA (573)

RTCGAToolbox (632)

RTN (357)

RTNduals (198)

RTNsurvival (194)

RTools4TB (5)

RTopper (279)

Rtpca (191)

rtracklayer (21784)

Rtreemix (184)

rTRM (305)

rTRMui (217)

RUCova (113)

runibic (164)

Ruuid (21)

RUVcorr (200)

RUVnormalize (258)

RUVSeq (1112)

Rvisdiff (139)

RVS (181)

RWebServices (18)

rWikiPathways (535)

S

S4Arrays (46048)

S4Vectors (60326)

safe (685)

SAGElyzer (10)

sagenhaft (214)

SAGx (89)

SAIGEgds (207)

samExploreR (23)

sampleClassifier (166)

SamSPECTRAL (289)

sangeranalyseR (341)

sangerseqR (763)

SanityR (37)

SANTA (217)

sapFinder (60)

saps (15)

SARC (136)

sarks (165)

saseR (124)

satuRn (435)

savR (44)

SBGNview (251)

sbgr (5)

SBMLR (215)

SC3 (567)

scafari (42)

Scale4C (211)

ScaledMatrix (13406)

scAlign (76)

SCAN.UPC (315)

scanMiR (191)

scanMiRApp (158)

scAnnotatR (195)

SCANVIS (202)

SCArray (193)

SCArray.sat (136)

SCATE (33)

scater (7901)

scatterHatch (142)

scBFA (185)

SCBN (167)

scBubbletree (167)

scCB2 (168)

scClassifR (20)

scClassify (253)

sccomp (220)

scDataviz (195)

scDblFinder (2541)

scDD (361)

scDDboost (149)

scde (581)

scDesign3 (175)

scDiagnostics (137)

scDotPlot (172)

scds (573)

SCFA (175)

scFeatureFilter (188)

scFeatures (167)

scfind (22)

scGPS (202)

scGraphVerse (21)

schex (253)

scHiCcompare (115)

scHOT (211)

scider (161)

scifer (168)

ScISI (150)

scLANE (20)

scMAGeCK (27)

scmap (499)

scMerge (510)

scMET (170)

scmeth (201)

scMitoMut (135)

scMultiSim (166)

SCnorm (279)

scone (342)

Sconify (181)

SCOPE (206)

scoreInvHap (201)

scoup (119)

scp (328)

scPCA (234)

scPipe (275)

scQTLtools (91)

scran (5664)

scrapper (825)

scReClassify (216)

scRecover (223)

screenCounter (142)

ScreenR (133)

scRepertoire (815)

scRNAseqApp (163)

scruff (206)

scry (482)

scShapes (147)

scsR (73)

scTensor (189)

scTGIF (213)

scTHI (176)

scTreeViz (159)

scuttle (9893)

scviR (123)

SDAMS (180)

seahtrue (147)

sechm (273)

segmenter (159)

segmentSeq (303)

selectKSigs (150)

SELEX (235)

SemDist (230)

semisup (168)

SemSim (9)

SEPA (29)

SEPIRA (92)

seq.hotSPOT (133)

seq2pathway (204)

seqArchR (164)

seqArchRplus (139)

SeqArray (1141)

seqbias (133)

seqCAT (203)

seqCNA (87)

seqcombo (154)

SeqGate (169)

SeqGSEA (269)

Seqinfo (10004)

seqLogo (3754)

seqPattern (1013)

seqplots (92)

seqsetvis (247)

SeqSQC (231)

seqTools (234)

SeqVarTools (685)

SEraster (109)

sesame (883)

SETA (23)

SEtools (197)

sevenbridges (236)

sevenC (219)

SGCP (191)

SGSeq (500)

SharedObject (270)

shiny.gosling (126)

shinybiocloader (30)

shinyDSP (117)

shinyepico (184)

shinyMethyl (264)

shinyTANDEM (39)

ShortRead (6692)

SIAMCAT (288)

SICtools (230)

sigaR (73)

SigCheck (212)

sigFeature (426)

SigFuge (236)

siggenes (3321)

sights (195)

signatureSearch (291)

signeR (242)

signet (17)

signifinder (156)

sigPathway (96)

SigsPack (177)

sigsquared (191)

SIM (229)

SIMAT (209)

SimBindProfiles (104)

SimBu (181)

SIMD (166)

SimFFPE (156)

similaRpeak (230)

SIMLR (334)

simona (800)

simPIC (130)

simpleaffy (150)

simpleSeg (251)

simplifyEnrichment (1332)

simulatorAPMS (18)

simulatorZ (79)

sincell (256)

single (79)

SingleCellAlleleExperiment (132)

SingleCellExperiment (18803)

SingleCellSignalR (360)

singleCellTK (421)

SingleMoleculeFootprinting (170)

SingleR (5142)

singscore (1797)

SiPSiC (133)

SISPA (68)

sitadela (157)

Site2Target (95)

sitePath (218)

sizepower (202)

SJava (13)

sketchR (130)

skewr (204)

slalom (177)

SLGI (112)

slingshot (2383)

slinky (54)

SLqPCR (198)

SMAD (156)

SMAP (98)

smartid (129)

SmartPhos (14)

SMITE (222)

smoothclust (132)

smoppix (104)

SNAGEE (212)

snapCGH (179)

snapcount (176)

snifter (394)

snm (278)

SNPchip (138)

SNPediaR (166)

SNPhood (259)

snpMatrix (22)

SNPRelate (2192)

snpStats (2442)

soGGi (545)

sojourner (40)

SomatiCA (41)

SomaticSignatures (311)

SOMNiBUS (144)

sosta (140)

SpaceMarkers (136)

SpacePAC (144)

SpaceTrooper (49)

spacexr (294)

spade (39)

Spaniel (200)

SpaNorm (166)

spARI (29)

sparrow (425)

SparseArray (50438)

sparseDOSSA (57)

sparseMatrixStats (16586)

sparsenetgls (155)

SparseSignatures (219)

spaSim (170)

SpatialCPie (196)

spatialDE (213)

SpatialDecon (282)

SpatialExperiment (6785)

SpatialExperimentIO (153)

spatialFDA (157)

SpatialFeatureExperiment (346)

spatialHeatmap (189)

SpatialOmicsOverlay (143)

spatialSimGP (113)

spatzie (147)

speckle (378)

specL (237)

SpeCond (249)

Spectra (2902)

SpectralTAD (220)

SpectraQL (125)

SpectriPy (37)

SPEM (207)

SPIA (804)

SPIAT (225)

SPICEY (27)

spicyR (349)

SpidermiR (78)

spikeLI (176)

spiky (167)

spillR (128)

spkTools (213)

splatter (621)

splicegear (86)

spliceR (78)

spliceSites (50)

SpliceWiz (219)

SplicingFactory (158)

SplicingGraphs (287)

SplineDV (130)

splineTCDiffExpr (3)

splineTimeR (229)

SPLINTER (202)

splots (273)

SPONGE (216)

spoon (126)

SpotClean (198)

SPOTlight (436)

spotSegmentation (45)

SpotSweeper (200)

spqn (195)

SPsimSeq (205)

SQLDataFrame (171)

SQUADD (63)

squallms (124)

sRACIPE (224)

SRAdb (506)

sRAP (52)

SRGnet (27)

srnadiff (184)

sscore (123)

sscu (214)

sSeq (289)

ssize (230)

sSNAPPY (170)

SSPA (187)

ssPATHS (176)

ssrch (174)

ssviz (229)

StabMap (124)

STADyUM (21)

stageR (415)

stam (20)

STAN (97)

standR (280)

staRank (85)

StarBioTrek (76)

Starr (121)

STATegRa (293)

StatescopeR (2)

Statial (209)

statTarget (281)

STdeconvolve (92)

stepNorm (210)

stepwiseCM (43)

stJoincount (164)

stPipe (31)

strandCheckR (191)

Streamer (234)

STRINGdb (2435)

STROMA4 (115)

struct (304)

Structstrings (201)

structToolbox (234)

StructuralVariantAnnotation (336)

SubCellBarCode (185)

subSeq (260)

SUITOR (146)

SummarizedBenchmark (114)

SummarizedExperiment (46135)

Summix (143)

SuperCellCyto (28)

supersigs (206)

supraHex (271)

surfaltr (192)

SurfR (132)

survClust (126)

survcomp (1743)

survtype (171)

Sushi (169)

sva (8581)

svaNUMT (147)

SVAPLSseq (55)

svaRetro (149)

SVM2CRM (61)

SVMDO (155)

SVP (122)

SWATH2stats (207)

SwathXtend (167)

swfdr (238)

SwimR (50)

switchBox (210)

switchde (204)

synapsis (172)

synapter (220)

synergyfinder (364)

SynExtend (211)

synlet (185)

SynMut (169)

syntenet (253)

systemPipeR (1542)

systemPipeShiny (191)

systemPipeTools (157)

T

tadar (148)

TADCompare (210)

tanggle (200)

TAPseq (189)

target (208)

TargetDecoy (182)

TargetScore (215)

TargetSearch (218)

TarSeqQC (97)

TaxSEA (104)

TBSignatureProfiler (220)

TCC (463)

TCGAbiolinks (5612)

TCGAbiolinksGUI (61)

TCGAutils (742)

TCseq (814)

TDARACNE (79)

TDbasedUFE (151)

TDbasedUFEadv (179)

TEKRABber (161)

TENET (97)

TENxIO (224)

tenXplore (204)

TEQC (280)

terapadog (123)

ternarynet (189)

terraTCGAdata (145)

TFARM (180)

TFBSTools (3571)

TFEA.ChIP (265)

TFHAZ (216)

TFutils (214)

tidybulk (395)

tidyCoverage (148)

tidyFlowCore (119)

tidyomics (157)

tidysbml (128)

tidySingleCellExperiment (411)

tidySpatialExperiment (163)

tidySummarizedExperiment (339)

tidytof (107)

tigre (251)

TileDBArray (183)

tilingArray (324)

timecourse (350)

timeOmics (221)

timescape (174)

TimeSeriesExperiment (64)

TimiRGeN (46)

TIN (240)

TissueEnrich (346)

TitanCNA (207)

tkWidgets (1703)

tLOH (163)

TMixClust (194)

TMSig (126)

TNBC.CMS (53)

TnT (213)

TOAST (633)

tofsims (53)

tomoda (163)

tomoseqr (164)

TOP (138)

ToPASeq (59)

topconfects (282)

topdownr (222)

topGO (2674)

ToxicoGx (204)

TPP (292)

TPP2D (189)

tpSVG (127)

tracktables (399)

trackViewer (806)

tradeSeq (971)

TrajectoryGeometry (140)

TrajectoryUtils (2529)

transcriptogramer (220)

transcriptR (236)

transformGamPoi (191)

transite (206)

tRanslatome (250)

transmogR (126)

transomics2cytoscape (175)

TransView (242)

TraRe (28)

traseR (247)

Travel (5)

traviz (72)

TreeAndLeaf (229)

treeclimbR (136)

treeio (26041)

treekoR (203)

TreeSummarizedExperiment (2395)

TREG (171)

trena (109)

TReNA (4)

Trendy (213)

TRESS (190)

tricycle (414)

TrIdent (110)

triform (58)

trigger (170)

trio (274)

triplex (290)

tripr (177)

tRNA (238)

tRNAdbImport (198)

tRNAscanImport (191)

TRONCO (332)

TSAR (122)

TSCAN (665)

tscR (37)

tspair (89)

TSRchitect (112)

TSSi (67)

ttgsea (148)

TTMap (220)

TurboNorm (250)

TVTB (243)

tweeDEseq (282)

twilight (311)

twoddpcr (216)

txcutr (153)

txdbmaker (5781)

tximeta (1436)

tximport (4335)

TxRegInfra (21)

TypeInfo (95)

U

UCell (1816)

UCSC.utils (41815)

Ularcirc (223)

UMI4Cats (186)

uncoverappLib (177)

UNDO (230)

unifiedWMWqPCR (193)

UniProt.ws (812)

Uniquorn (228)

universalmotif (1346)

updateObject (157)

UPDhmm (125)

uSORT (239)

V

VAExprs (153)

VanillaICE (348)

VarCon (191)

variancePartition (1466)

VariantAnnotation (9197)

VariantExperiment (129)

VariantFiltering (254)

VariantTools (287)

vasp (14)

VaSP (210)

vbmp (259)

VCFArray (218)

VDJdive (158)

Vega (55)

VegaMC (269)

velociraptor (257)

veloviz (148)

VennDetail (346)

VERSO (156)

vidger (229)

viper (1096)

virtualArray (16)

ViSEAGO (279)

VisiumIO (223)

visiumStitched (123)

vissE (228)

vmrseq (90)

Voyager (279)

VplotR (205)

vsclust (155)

vsn (5858)

vtpnet (237)

vulcan (166)

W

waddR (138)

wateRmelon (981)

wavClusteR (236)

waveTiling (88)

weaver (198)

webbioc (255)

weitrix (204)

widgetInvoke (7)

widgetTools (1672)

wiggleplotr (282)

wpm (191)

wppi (139)

Wrench (1922)

X

XAItest (96)

XBSeq (126)

xCell2 (164)

XCIR (14)

xcms (1974)

xcore (161)

XDE (310)

XeniumIO (111)

xenLite (120)

Xeva (197)

XINA (183)

xmapbridge (202)

xmapcore (13)

XNAString (128)

xps (69)

XVector (55870)

Y

y2hStat (15)

yamss (250)

YAPSA (272)

yaqcaffy (160)

yarn (278)

Z

zellkonverter (2566)

zenith (224)

zFPKM (218)

zinbwave (850)

zitools (119)

zlibbioc (34440)

ZygosityPredictor (151)