See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sun. 01 Feb 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (68582) 26 edgeR (26933) 51 assorthead (14517)
2 BiocGenerics (67027) 27 treeio (26731) 52 BiocSingular (14218)
3 S4Vectors (61865) 28 Rhdf5lib (25795) 53 ScaledMatrix (13738)
4 IRanges (61385) 29 Rhtslib (25619) 54 Seqinfo (13474)
5 BiocParallel (58767) 30 rhdf5 (25083) 55 BSgenome (13380)
6 XVector (57270) 31 clusterProfiler (24555) 56 genefilter (13249)
7 GenomeInfoDb (57203) 32 GenomicAlignments (24405) 57 AnnotationHub (12793)
8 Biobase (56760) 33 enrichplot (24370) 58 multtest (12508)
9 Biostrings (51961) 34 DOSE (24222) 59 ProtGenerics (12286)
10 SparseArray (51550) 35 rhdf5filters (24134) 60 BiocNeighbors (12246)
11 GenomicRanges (50582) 36 qvalue (22988) 61 impute (12068)
12 DelayedArray (47769) 37 biomaRt (22908) 62 GEOquery (12040)
13 MatrixGenerics (47269) 38 rtracklayer (22398) 63 AnnotationFilter (12005)
14 S4Arrays (47086) 39 GOSemSim (22359) 64 GSEABase (10463)
15 SummarizedExperiment (46937) 40 graph (22317) 65 ensembldb (10214)
16 AnnotationDbi (41402) 41 BiocIO (20818) 66 scuttle (10164)
17 KEGGREST (41320) 42 annotate (19343) 67 Rgraphviz (10124)
18 UCSC.utils (40753) 43 ComplexHeatmap (19342) 68 RBGL (9601)
19 limma (38879) 44 SingleCellExperiment (19272) 69 VariantAnnotation (9359)
20 zlibbioc (32769) 45 GenomicFeatures (18389) 70 BiocBaseUtils (9109)
21 BiocFileCache (28271) 46 beachmat (17772) 71 affyio (9064)
22 ggtree (28148) 47 DelayedMatrixStats (17033) 72 ExperimentHub (8989)
23 DESeq2 (27793) 48 sparseMatrixStats (16972) 73 affy (8876)
24 Rsamtools (27564) 49 HDF5Array (16191) 74 sva (8858)
25 fgsea (27400) 50 preprocessCore (16023) 75 GSVA (8842)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (246)

a4Base (294)

a4Classif (251)

a4Core (302)

a4Preproc (367)

a4Reporting (216)

ABAEnrichment (84)

ABarray (286)

abseqR (199)

ABSSeq (321)

acde (273)

ACE (218)

aCGH (427)

ACME (418)

ADaCGH2 (296)

ADAM (207)

ADAMgui (187)

ADAPT (96)

adaptest (26)

adductomicsR (185)

ADImpute (205)

adSplit (305)

adverSCarial (133)

Aerith (13)

AffiXcan (196)

affxparser (2173)

affy (8876)

affycomp (303)

AffyCompatible (124)

affyContam (270)

affycoretools (584)

AffyExpress (99)

affyILM (249)

affyio (9064)

affylmGUI (335)

affyPara (129)

affypdnn (151)

affyPLM (1280)

affyQCReport (96)

AffyRNADegradation (220)

AffyTiling (58)

AGDEX (245)

aggregateBioVar (215)

Agi4x44PreProcess (43)

agilp (195)

AgiMicroRna (343)

AHMassBank (146)

AIMS (590)

airpart (172)

alabaster (149)

alabaster.base (4580)

alabaster.bumpy (145)

alabaster.files (141)

alabaster.mae (157)

alabaster.matrix (4276)

alabaster.ranges (4216)

alabaster.sce (1336)

alabaster.schemas (4139)

alabaster.se (4190)

alabaster.sfe (81)

alabaster.spatial (153)

alabaster.string (160)

alabaster.vcf (148)

ALDEx2 (1610)

alevinQC (202)

AllelicImbalance (250)

AlphaBeta (211)

AlphaMissenseR (156)

alpine (133)

ALPS (23)

AlpsNMR (235)

alsace (71)

altcdfenvs (313)

AMARETTO (220)

AMOUNTAIN (223)

amplican (254)

ampliQueso (65)

AnalysisPageServer (46)

anamiR (33)

anansi (30)

Anaquin (208)

ANCOMBC (1781)

AneuFinder (238)

ANF (184)

anglemania (34)

animalcules (315)

annaffy (465)

AnnBuilder (22)

anndataR (169)

annmap (238)

annoLinker (0)

annotate (19343)

AnnotationDbi (41402)

AnnotationFilter (12005)

AnnotationForge (2075)

AnnotationFuncs (60)

AnnotationHub (12793)

AnnotationHubData (533)

annotationTools (291)

annotatr (793)

anota (242)

anota2seq (284)

antiProfiles (196)

AnVIL (735)

AnVILAz (135)

AnVILBase (539)

AnVILBilling (163)

AnVILGCP (152)

AnVILPublish (158)

AnVILWorkflow (144)

APAlyzer (191)

apComplex (295)

apeglm (5266)

APL (160)

applera (9)

appreci8R (213)

aroma.light (1925)

ArrayExpress (555)

ArrayExpressHTS (69)

arrayMagic (74)

arrayMvout (284)

arrayQCplot (11)

arrayQuality (398)

arrayQualityMetrics (647)

ArrayTools (122)

ArrayTV (88)

ARRmNormalization (192)

artMS (247)

ASAFE (159)

ASEB (178)

ASGSCA (200)

ASICS (296)

asmn (6)

ASpediaFI (48)

ASpli (315)

AssessORF (218)

ASSET (264)

ASSIGN (321)

assorthead (14517)

ASURAT (190)

asuri (14)

ATACCoGAPS (25)

ATACseqQC (598)

ATACseqTFEA (173)

atena (187)

AtlasRDF (21)

atSNP (254)

attract (298)

AUCell (3417)

autonomics (201)

Autotuner (27)

AWAggregator (42)

AWFisher (189)

awst (176)

B

BaalChIP (250)

BAC (91)

bacon (335)

BADER (218)

BadRegionFinder (202)

BAGS (204)

ballgown (1444)

bambu (444)

bamsignals (1246)

BANDITS (215)

bandle (184)

Banksy (442)

banocc (176)

barbieQ (110)

barcodetrackR (161)

basecallQC (228)

BaseSpaceR (221)

Basic4Cseq (252)

BASiCS (374)

BASiCStan (153)

BasicSTARRseq (190)

basilisk (3993)

basilisk.utils (3505)

batchCorr (56)

batchelor (4450)

BatchQC (293)

BatchSVG (133)

BayesKnockdown (185)

BayesPeak (87)

BayesSpace (537)

bayNorm (229)

baySeq (714)

BBCAnalyzer (244)

BCRANK (380)

bcSeq (175)

BDMMAcorrect (52)

beachmat (17772)

beachmat.hdf5 (258)

beachmat.tiledb (106)

beadarray (783)

beadarraySNP (121)

BeadDataPackR (719)

BeadExplorer (16)

BEARscc (86)

BEAT (281)

BEclear (212)

bedbaser (140)

beer (175)

benchdamic (122)

BERT (129)

betaHMM (134)

betr (73)

bettr (143)

BG2 (145)

bgafun (98)

BgeeCall (220)

BgeeDB (236)

BGmix (108)

bgx (172)

BHC (124)

BicARE (294)

BiFET (185)

BiGGR (181)

bigmelon (262)

bigmemoryExtras (51)

bigPint (78)

bim (10)

BindingSiteFinder (189)

bioassayR (253)

Biobase (56760)

biobroom (381)

biobtreeR (144)

Bioc.gff (41)

bioCancer (224)

BioCartaImage (134)

BiocBaseUtils (9109)

BiocBook (166)

BiocCaseStudies (125)

BiocCheck (1814)

biocDatasets (6)

BiocDockerManager (32)

BiocFHIR (159)

BiocFileCache (28271)

BiocGenerics (67027)

biocGraph (334)

BiocHail (90)

BiocHubsShiny (174)

BiocInstaller (144)

BiocIO (20818)

biocmake (834)

BiocNeighbors (12246)

BiocOncoTK (94)

BioCor (255)

BiocParallel (58767)

BiocPkgTools (348)

biocroxytest (121)

BiocSet (555)

BiocSingular (14218)

BiocSklearn (244)

BiocStyle (6713)

biocthis (509)

BiocVersion (68582)

biocViews (4624)

BiocWorkflowTools (253)

biodb (255)

biodbChebi (161)

biodbExpasy (26)

biodbHmdb (136)

biodbKegg (52)

biodbLipidmaps (32)

biodbMirbase (21)

biodbNcbi (132)

biodbNci (120)

biodbUniprot (118)

bioDist (413)

BioGA (119)

biomaRt (22908)

BioMedR (10)

biomformat (6565)

BioMM (55)

BioMVCClass (235)

biomvRCNS (238)

BioNAR (182)

BioNERO (347)

BioNet (512)

BioNetStat (67)

BioQC (307)

BioSeqClass (71)

biosigner (230)

Biostrings (51961)

biosvd (65)

BioTIP (191)

biotmle (212)

biovizBase (5888)

BiRewire (298)

birta (74)

birte (55)

biscuiteer (193)

BiSeq (347)

BitSeq (198)

blacksheepr (194)

blase (33)

blima (232)

BLMA (265)

BloodGen3Module (190)

bluster (7177)

bnbc (206)

bnem (163)

BOBaFIT (173)

borealis (146)

BPRMeth (285)

BRAIN (312)

brainflowprobes (58)

brainImageR (12)

BrainSABER (47)

BrainStars (68)

branchpointer (209)

breakpointR (219)

BreastSubtypeR (125)

brendaDb (191)

BREW3R.r (146)

BRGenomics (142)

bridge (95)

BridgeDbR (231)

broadSeq (105)

BrowserViz (259)

BrowserVizDemo (12)

BSgenome (13380)

BSgenomeForge (287)

bsseq (1671)

BubbleTree (239)

BufferedMatrix (189)

BufferedMatrixMethods (218)

bugsigdbr (693)

BulkSignalR (178)

BUMHMM (209)

bumphunter (2702)

BumpyMatrix (657)

BUS (242)

BUScorrect (204)

BUSpaRse (369)

BUSseq (228)

C

CaDrA (137)

CAEN (163)

CAFE (281)

CAGEfightR (328)

cageminer (181)

CAGEr (422)

CALIB (90)

CalibraCurve (32)

calm (143)

CAMERA (739)

CAMTHC (18)

CaMutQC (131)

canceR (253)

cancerclass (517)

CancerInSilico (61)

CancerMutationAnalysis (79)

CancerSubtypes (142)

CAnD (80)

caOmicsV (130)

cardelino (181)

Cardinal (491)

CardinalIO (271)

CARDspa (151)

CARNIVAL (317)

casper (295)

CATALYST (664)

Category (1485)

categoryCompare (275)

CatsCradle (137)

CausalR (218)

cbaf (197)

CBEA (51)

cBioPortalData (589)

CBN2Path (31)

CBNplot (191)

cbpManager (188)

CCAFE (135)

ccfindR (201)

ccImpute (170)

ccmap (184)

CCPlotR (168)

CCPROMISE (197)

ccrepe (265)

CDI (143)

celaref (218)

celda (1036)

CellaRepertorium (56)

CellBarcode (190)

cellbaseR (248)

CellBench (264)

cellGrowth (82)

cellHTS (121)

cellHTS2 (227)

CelliD (345)

cellity (230)

CellMapper (194)

CellMentor (3)

cellmig (40)

cellmigRation (168)

CellMixS (331)

CellNOptR (348)

cellscape (155)

CellScore (128)

CellTrails (219)

cellTree (160)

cellxgenedp (185)

CEMiTool (311)

censcyt (157)

Cepo (287)

ceRNAnetsim (155)

CeTF (224)

CexoR (269)

CFAssay (164)

cfdnakit (169)

cfDNAPro (223)

cfTools (143)

CGEN (193)

CGHbase (630)

CGHcall (599)

cghMCR (317)

CGHnormaliter (238)

CGHregions (261)

ChAMP (893)

CHARGE (21)

charm (93)

ChemmineOB (492)

ChemmineR (1044)

CHETAH (231)

chevreulPlot (121)

chevreulProcess (128)

chevreulShiny (96)

ChIC (46)

Chicago (263)

chihaya (204)

chimera (102)

chimeraviz (293)

ChIPanalyser (234)

ChIPComp (209)

chipenrich (296)

ChIPexoQual (220)

ChIPpeakAnno (1224)

ChIPQC (510)

ChIPseeker (2668)

chipseq (848)

ChIPseqR (326)

ChIPSeqSpike (36)

ChIPsim (284)

ChIPXpress (218)

chopsticks (219)

chroGPS (107)

Chromatograms (48)

chromDraw (202)

ChromHeatMap (247)

ChromoViz (22)

chromPlot (281)

ChromSCape (180)

chromstaR (211)

chromswitch (70)

chromVAR (1427)

CHRONOS (220)

cicero (484)

cigarillo (3722)

CIMICE (156)

CINdex (214)

circRNAprofiler (228)

CircSeqAlignTk (141)

cisPath (132)

CiteFuse (202)

ClassifyR (470)

cleanUpdTSeq (295)

CleanUpRNAseq (134)

cleaver (410)

clevRvis (150)

clippda (229)

clipper (321)

cliProfiler (158)

cliqueMS (210)

Clomial (193)

Clonality (96)

clonotypeR (64)

clst (232)

clstutils (224)

CluMSID (199)

ClustAll (137)

clustComp (199)

clusterExperiment (509)

ClusterFoldSimilarity (139)

ClusterGVis (13)

ClusterJudge (189)

clusterProfiler (24555)

clusterSeq (197)

ClusterSignificance (205)

clusterStab (237)

clustifyr (331)

ClustIRR (144)

clustSIGNAL (126)

CMA (313)

cmapR (645)

cn.farms (257)

cn.mops (457)

CNAnorm (219)

CNEr (2498)

CNORdt (200)

CNORfeeder (241)

CNORfuzzy (245)

CNORode (239)

CNPBayes (76)

CNTools (303)

CNVfilteR (163)

CNVgears (46)

cnvGSA (204)

CNViz (131)

CNVMetrics (160)

CNVPanelizer (232)

CNVRanger (230)

CNVrd2 (247)

CNVtools (46)

cobindR (86)

CoCiteStats (204)

COCOA (255)

codelink (347)

CODEX (334)

coexnet (64)

CoGAPS (386)

cogena (299)

cogeqc (187)

Cogito (172)

coGPS (213)

COHCAP (106)

cola (396)

comapr (135)

combi (175)

coMET (192)

coMethDMR (171)

compartmap (70)

COMPASS (294)

compcodeR (354)

CompensAID (1)

compEpiTools (216)

CompGO (76)

ComplexHeatmap (19342)

CompoundDb (435)

ComPrAn (142)

compSPOT (126)

conclus (35)

concordexR (149)

condcomp (7)

condiments (253)

CONFESS (252)

consensus (185)

ConsensusClusterPlus (3158)

consensusDE (191)

consensusOV (230)

consensusSeekeR (223)

consICA (159)

CONSTANd (161)

contiBAIT (145)

conumee (371)

convert (336)

copa (250)

COPDSexualDimorphism (8)

copynumber (267)

CopyNumber450k (38)

CopyNumberPlots (204)

CopywriteR (146)

Coralysis (81)

coRdon (390)

CoRegFlux (17)

CoRegNet (118)

CoreGx (505)

Cormotif (240)

CorMut (47)

coRNAi (64)

corral (212)

CORREP (77)

coseq (307)

CoSIA (141)

cosmiq (225)

cosmo (63)

cosmoGUI (25)

cosmosR (236)

COSNet (197)

COTAN (203)

CountClust (65)

countsimQC (284)

covEB (202)

CoverageView (250)

covRNA (190)

CPSM (114)

cpvSNP (239)

cqn (461)

CRImage (305)

CRISPRball (105)

crisprBase (242)

crisprBowtie (221)

crisprBwa (137)

crisprDesign (235)

crisprScore (248)

CRISPRseek (348)

crisprseekplus (60)

crisprShiny (116)

CrispRVariants (299)

crisprVerse (172)

crisprViz (211)

crlmm (436)

CrossICC (10)

crossmeta (146)

crumblr (116)

crupR (113)

CSAR (294)

csaw (684)

csdR (151)

CSOA (38)

CSSP (50)

CSSQ (167)

ctc (430)

CTdata (147)

CTDquerier (333)

CTexploreR (134)

ctgGEM (25)

cTRAP (219)

ctsGE (203)

CTSV (149)

cummeRbund (431)

CuratedAtlasQueryR (159)

customCMPdb (181)

customProDB (223)

CVE (31)

cyanoFilter (168)

cycle (257)

cydar (277)

cypress (148)

CytoDx (176)

cytofast (28)

cytofkit (58)

CyTOFpower (102)

cytofQC (123)

CytoGLMM (167)

cytoKernel (166)

cytolib (2782)

cytomapper (501)

CytoMDS (133)

cytoMEM (189)

CytoML (675)

CytoPipeline (166)

CytoPipelineGUI (131)

CytoTree (42)

cytoviewer (182)

D

dada2 (2999)

dagLogo (318)

daMA (237)

DAMEfinder (234)

damidBind (9)

DaMiRseq (247)

Damsel (140)

dandelionR (129)

DAPAR (296)

dar (132)

DART (251)

DASC (3)

DASiR (39)

dasper (45)

DAVIDQuery (32)

DBChIP (97)

dcanr (343)

DCATS (152)

dce (125)

dcGSA (173)

DChIPRep (98)

ddCt (296)

ddgraph (59)

ddPCRclust (212)

dearseq (242)

debCAM (175)

debrowser (302)

decemedip (3)

DECIPHER (3354)

deco (58)

DEComplexDisease (63)

decompTumor2Sig (205)

DeconRNASeq (395)

decontam (1841)

decontX (489)

DeconvoBuddies (117)

deconvR (195)

decoupleR (1941)

DEDS (117)

DeeDeeExperiment (42)

DeepBlueR (96)

DeepPINCS (164)

deepSNV (370)

DeepTarget (126)

DEFormats (430)

DegCre (162)

DegNorm (198)

DEGraph (196)

DEGreport (746)

DEGseq (378)

DelayedArray (47769)

DelayedDataFrame (196)

DelayedMatrixStats (17033)

DelayedRandomArray (163)

DelayedTensor (163)

DELocal (140)

deltaCaptureC (158)

deltaGseg (188)

DeMAND (159)

DeMixT (226)

demuxmix (228)

demuxSNP (158)

densvis (778)

DEP (931)

DepecheR (209)

DepInfeR (160)

DeProViR (17)

DEqMS (444)

derfinder (751)

derfinderHelper (669)

derfinderPlot (282)

DEScan2 (234)

DESeq (246)

DESeq2 (27793)

DEsingle (373)

DESpace (195)

destiny (1045)

DEsubs (234)

DEWSeq (207)

DExMA (184)

DEXSeq (1854)

dexus (78)

DFP (233)

DFplyr (130)

DIAlignR (65)

DiffBind (1438)

diffcoexp (224)

diffcyt (514)

DifferentialRegulation (165)

diffGeneAnalysis (194)

diffHic (326)

DiffLogo (226)

diffloop (191)

diffuStats (233)

diffUTR (174)

diggit (193)

Dino (181)

dinoR (140)

dir.expiry (5025)

Director (82)

DirichletMultinomial (4751)

discordant (236)

DiscoRhythm (220)

distinct (263)

dittoSeq (1462)

divergence (167)

dks (172)

DMCFB (189)

DMCHMM (185)

dmGsea (79)

DMRcaller (298)

DMRcate (1203)

DMRforPairs (90)

DMRScan (250)

dmrseq (377)

DNABarcodeCompatibility (144)

DNABarcodes (288)

DNAcopy (4294)

DNAcycP2 (117)

DNAfusion (165)

DNaseR (16)

DNAshapeR (354)

DNEA (71)

domainsignatures (52)

dominatR (15)

DominoEffect (168)

dominoSignal (136)

doppelgangR (225)

DOQTL (86)

Doscheda (208)

DOSE (24222)

doseR (229)

DOtools (21)

DOTSeq (3)

doubletrouble (196)

dpeak (49)

drawProteins (284)

dreamlet (270)

DRIMSeq (528)

DriverNet (208)

DropletUtils (2698)

drugfindR (3)

drugTargetInteractions (174)

DrugVsDisease (226)

dSimer (55)

DspikeIn (31)

DSS (879)

dStruct (147)

DTA (196)

dualKS (109)

Dune (175)

DupChecker (34)

DuplexDiscovereR (129)

dupRadar (257)

dyebias (275)

DynDoc (1703)

E

easier (234)

EasyCellType (177)

easylift (144)

EasyqpcR (79)

easyreporting (171)

easyRNASeq (314)

EBarrays (383)

EBcoexpress (222)

EBImage (3250)

EBSEA (182)

EBSeq (609)

EBSeqHMM (110)

ecolitk (293)

EDASeq (1821)

edd (48)

EDDA (73)

edge (284)

edgeR (26933)

EDIRquery (146)

eds (330)

eegc (83)

EGAD (282)

EGSEA (347)

eiR (222)

eisa (160)

eisaR (263)

ELBOW (79)

ELMER (435)

ELViS (121)

EMDomics (268)

EmpiricalBrownsMethod (232)

ENCODExplorer (58)

EnhancedVolcano (6926)

enhancerHomologSearch (174)

EnMCB (167)

ENmix (490)

EnrichDO (142)

EnrichedHeatmap (1049)

EnrichmentBrowser (643)

enrichplot (24370)

enrichTF (64)

enrichViewNet (160)

ensembldb (10214)

ensemblVEP (149)

ENVISIONQuery (39)

epialleleR (201)

EpiCompare (177)

epidecodeR (163)

EpiDISH (895)

epigenomix (233)

epigraHMM (240)

epihet (35)

EpiMix (170)

epimutacions (172)

epiNEM (236)

EpipwR (134)

epiregulon (136)

epiregulon.extra (141)

epiSeeker (1)

epistack (179)

epistasisGA (152)

EpiTxDb (226)

epivizr (341)

epivizrChart (207)

epivizrData (227)

epivizrServer (211)

epivizrStandalone (237)

erccdashboard (237)

erma (222)

ERSSA (195)

esATAC (202)

escape (550)

escheR (225)

esetVis (231)

eudysbiome (255)

evaluomeR (203)

EventPointer (258)

EWCE (315)

ExCluster (164)

ExiMiR (263)

exomeCopy (346)

exomePeak (103)

exomePeak2 (117)

exonmap (30)

ExperimentHub (8989)

ExperimentHubData (429)

ExperimentSubset (174)

explorase (51)

ExploreModelMatrix (371)

ExpressionAtlas (237)

ExpressionView (82)

exprExternal (13)

externalVector (17)

extraChIPs (205)

F

fabia (330)

facopy (121)

factDesign (254)

factR (128)

faers (186)

FamAgg (244)

famat (203)

farms (140)

fastLiquidAssociation (199)

FastqCleaner (226)

fastreeR (182)

fastseg (1102)

fbat (29)

FCBF (82)

fCCAC (239)

fCI (209)

fcoex (86)

fcScan (244)

fdrame (200)

FEAST (297)

FeatSeekR (135)

fedup (170)

FELLA (297)

FEM (74)

fenr (153)

ffpe (259)

fgga (166)

FGNet (255)

fgsea (27400)

FilterFFPE (199)

findIPs (132)

FindIT2 (202)

FindMyFriends (59)

FinfoMDS (36)

FISHalyseR (169)

fishpond (537)

FitHiC (195)

flagme (206)

FLAMES (189)

flipflop (60)

flowAI (643)

flowBeads (240)

flowBin (202)

flowcatchR (263)

flowCHIC (216)

flowCL (61)

flowClean (344)

flowClust (1083)

flowCore (2989)

flowCut (246)

flowCyBar (156)

flowDensity (458)

flowFit (61)

flowFlowJo (46)

flowFP (381)

flowGate (170)

flowGraph (170)

flowMap (147)

flowMatch (243)

flowMeans (389)

flowMerge (273)

flowPeaks (303)

flowPhyto (41)

flowPloidy (189)

flowPlots (173)

flowQ (87)

flowQB (76)

FlowRepositoryR (67)

FlowSOM (1232)

flowSpecs (210)

flowSpy (23)

flowStats (799)

flowTime (232)

flowTrans (270)

flowType (114)

flowUtils (172)

flowViz (1257)

flowVS (279)

flowWorkspace (1516)

fmcsR (433)

fmrs (182)

fobitools (177)

focalCall (49)

FoldGO (123)

FourCSeq (107)

FRASER (281)

frenchFISH (133)

FRGEpistasis (154)

frma (342)

frmaTools (284)

FScanR (25)

FunChIP (122)

FunciSNP (102)

funOmics (131)

funtooNorm (216)

FuseSOM (171)

G

G4SNVHunter (140)

GA4GHclient (192)

GA4GHshiny (179)

gaga (293)

gage (999)

gaggle (120)

gaia (79)

GAPGOM (41)

GAprediction (152)

garfield (161)

GARS (179)

GateFinder (172)

gatom (180)

gaucho (42)

GBScleanR (160)

gcapc (270)

gcatest (183)

gCMAP (88)

gCMAPWeb (83)

GCPtools (108)

gCrisprTools (254)

gcrma (1407)

GCSConnection (21)

GCSFilesystem (17)

GCSscore (59)

GDCRNATools (336)

gDNAx (143)

gDR (128)

gDRcore (151)

gDRimport (151)

gDRstyle (144)

gDRutils (146)

GDSArray (220)

gdsfmt (2549)

GeDi (144)

geecc (60)

GEM (180)

gemini (157)

gemma.R (203)

genArise (221)

genbankr (226)

GENE.E (27)

gene2pathway (18)

GeneAccord (50)

GeneAnswers (140)

geneAttribution (227)

GeneBreak (230)

geneClassifiers (201)

GeneExpressionSignature (255)

genefilter (13249)

genefu (595)

GeneGA (161)

GeneGeneInteR (140)

GeneGroupAnalysis (14)

GeneMeta (379)

GeneNetworkBuilder (272)

GeneOverlap (978)

geneplast (254)

geneplotter (4091)

GeneR (37)

geneRecommender (224)

GeneRegionScan (255)

GeneRfold (11)

geneRxCluster (214)

GeneSelectMMD (256)

GeneSelector (70)

GENESIS (646)

GeneSpring (34)

GeneStructureTools (232)

geNetClassifier (266)

GeneticsBase (33)

GeneticsDesign (48)

GeneticsPed (235)

GeneTonic (309)

GeneTraffic (21)

GeneTS (19)

geneXtendeR (232)

GENIE3 (1737)

genoCN (122)

GenoGAM (83)

genomation (974)

GenomAutomorphism (169)

GenomeBase (7)

GenomeGraphs (93)

GenomeInfoDb (57203)

genomeIntervals (312)

genomes (222)

GenomicAlignments (24405)

GenomicDataCommons (1087)

GenomicDistributions (233)

GenomicFeatures (18389)

GenomicFiles (1121)

genomicInstability (179)

GenomicInteractionNodes (156)

GenomicInteractions (548)

GenomicOZone (171)

GenomicPlot (187)

GenomicRanges (50582)

GenomicScores (844)

GenomicSuperSignature (207)

GenomicTuples (220)

Genominator (91)

genoset (108)

genotypeeval (71)

GenoView (19)

genphen (105)

GenProSeq (151)

GenRank (26)

GenVisR (433)

GeoDiff (160)

GEOexplorer (157)

GEOfastq (169)

GEOmetadb (452)

geomeTriD (156)

GeomxTools (530)

GEOquery (12040)

GEOsearch (25)

GEOsubmission (221)

GeoTcgaData (190)

gep2pep (183)

gespeR (134)

getDEE2 (178)

geva (166)

GEWIST (165)

geyser (128)

gff3Plotter (8)

gg4way (152)

GGBase (139)

ggbio (2653)

ggcyto (1122)

ggkegg (553)

ggmanh (224)

ggmsa (751)

GGPA (169)

ggsc (197)

ggseqalign (108)

ggspavis (393)

GGtools (210)

ggtree (28148)

ggtreeDendro (158)

ggtreeExtra (1809)

ggtreeSpace (124)

GIGSEA (182)

ginmappeR (123)

gINTomics (132)

girafe (283)

GISPA (104)

GLAD (431)

GladiaTOX (190)

Glimma (1138)

glmGamPoi (6250)

glmSparseNet (246)

GlobalAncova (1261)

globalSeq (194)

globaltest (1941)

GloScope (147)

gmapR (264)

GmicR (180)

gmoviz (198)

GMRP (234)

GNET2 (173)

GNOSIS (132)

goatea (5)

goCluster (10)

GOexpress (326)

GOfuncR (364)

GOFunction (102)

GoogleGenomics (49)

GOpro (255)

goProfiles (370)

GOSemSim (22359)

goseq (1646)

GOSim (140)

goSorensen (153)

goSTAG (268)

GOstats (1479)

GOsummaries (108)

GOTHiC (374)

goTools (257)

GPA (153)

gpart (92)

gpls (284)

gprege (74)

gpuMagic (162)

gQTLBase (63)

gQTLstats (94)

GrafGen (138)

gramm4R (17)

GRaNIE (182)

granulator (194)

graper (176)

graph (22317)

GraphAlignment (189)

GraphAT (267)

graphite (4570)

GraphPAC (117)

GRENITS (194)

GreyListChIP (1288)

GRmetrics (258)

groHMM (247)

GRridge (91)

GSALightning (158)

GSAR (267)

GSCA (216)

gscreend (186)

GSEABase (10463)

GSEABenchmarkeR (229)

GSEAlm (309)

GSEAmining (202)

gsean (209)

GSgalgoR (184)

GSReg (210)

GSRI (240)

GSVA (8842)

gtrellis (311)

GUIDEseq (290)

Guitar (338)

gVenn (45)

Gviz (3527)

GWAS.BAYES (179)

gwascat (694)

GWASTools (866)

gwasurvivr (201)

GWENA (226)

gypsum (4059)

H

h5mread (8708)

h5vc (299)

hapFabia (244)

Harman (343)

HarmonizR (186)

Harshlight (215)

hca (140)

HCABrowser (29)

HCAExplorer (15)

HCAMatrixBrowser (9)

HCsnip (64)

HDF5Array (16191)

HDTD (162)

hdxmsqc (124)

heatmaps (432)

Heatplus (462)

HelloRanges (338)

HELP (245)

HEM (235)

hermes (250)

HERON (143)

Herper (195)

hexbin (85)

HGC (166)

hiAnnotator (242)

HIBAG (300)

HicAggR (135)

HiCaptuRe (40)

HiCBricks (265)

HiCcompare (459)

HiCDCPlus (195)

HiCDOC (175)

HiCExperiment (228)

HiContacts (224)

HiCool (115)

HiCParser (105)

HiCPotts (46)

hicrep (23)

hicVennDiagram (153)

hierGWAS (214)

hierinf (142)

HilbertCurve (266)

HilbertVis (321)

HilbertVisGUI (122)

HiLDA (200)

hipathia (247)

HIPPO (165)

hiReadsProcessor (189)

HIREewas (217)

HiTC (373)

hmdbQuery (201)

HMMcopy (503)

HoloFoodR (127)

hoodscanR (198)

hopach (570)

HPAanalyze (308)

hpar (453)

HPAStainR (23)

HPiP (155)

HTqPCR (356)

HTSanalyzeR (94)

HTSeqGenie (48)

htSeqTools (103)

HTSFilter (445)

HuBMAPR (125)

HubPub (419)

HumanTranscriptomeCompendium (71)

hummingbird (162)

HVP (61)

HybridExpress (138)

HybridMTest (241)

hypeR (222)

hyperdraw (286)

hypergraph (326)

I

iASeq (166)

iasva (215)

iBBiG (240)

Ibex (22)

ibh (220)

iBMQ (158)

iCARE (208)

Icens (471)

icetea (197)

iCheck (220)

iChip (244)

iClusterPlus (512)

iCNV (169)

iCOBRA (438)

ideal (282)

IdeoViz (246)

idiogram (284)

IdMappingAnalysis (73)

IdMappingRetrieval (48)

idpr (184)

idr2d (238)

IFAA (149)

iFlow (21)

igblastr (73)

iGC (206)

IgGeneUsage (184)

igvR (239)

igvShiny (176)

IHW (1068)

illuminaio (2989)

ILoReg (204)

imageHTS (134)

imageTCGA (101)

IMAS (158)

imcRtools (346)

Imetagene (65)

IMMAN (180)

immApex (264)

immReferent (13)

ImmuneSpaceR (105)

immunoClust (196)

immunogenViewer (100)

immunotation (192)

iModMix (36)

IMPCdata (158)

ImpulseDE (17)

ImpulseDE2 (44)

impute (12068)

INDEED (147)

iNETgrate (121)

infercnv (1762)

infinityFlow (169)

Informeasure (144)

InPAS (295)

INPower (227)

inSilicoDb (76)

inSilicoMerging (30)

INSPEcT (303)

INTACT (142)

InTAD (204)

intansv (261)

interacCircos (143)

InteractionSet (1859)

InteractiveComplexHeatmap (605)

interactiveDisplay (368)

interactiveDisplayBase (3105)

InterCellar (208)

IntEREst (225)

InterMineR (114)

IntOMICS (23)

IntramiRExploreR (193)

inveRsion (49)

IONiseR (371)

iontree (37)

iPAC (148)

iPath (133)

ipdDb (182)

IPO (276)

IPPD (64)

IRanges (61385)

IRISFGM (37)

IrisSpatialFeatures (9)

ISAnalytics (182)

iscream (33)

iSEE (661)

iSEEde (160)

iSEEfier (143)

iSEEhex (181)

iSEEhub (170)

iSEEindex (155)

iSEEpathways (156)

iSEEtree (140)

iSEEu (249)

iSeq (185)

ISLET (161)

islify (107)

iSNetwork (9)

isobar (316)

IsoBayes (148)

IsoCorrectoR (211)

IsoCorrectoRGUI (147)

IsoformSwitchAnalyzeR (526)

IsoGeneGUI (136)

ISoLDE (162)

isomiRs (242)

iSPlot (16)

ITALICS (250)

iterativeBMA (218)

iterativeBMAsurv (176)

iterClust (50)

iteremoval (44)

IVAS (227)

ivygapSE (204)

IWTomics (243)

J

jazzPanda (117)

jmosaics (37)

joda (73)

JunctionSeq (55)

K

karyoploteR (1106)

katdetectr (162)

KBoost (136)

KCsmart (263)

kebabs (322)

KEGGgraph (6311)

KEGGlincs (219)

keggorth (14)

keggorthology (272)

KEGGprofile (78)

KEGGREST (41320)

KEGGSOAP (39)

kimod (29)

KinSwingR (197)

kissDE (184)

kmcut (123)

KnowSeq (226)

knowYourCG (148)

koinar (143)

L

LACE (220)

LACHESIS (16)

lapmix (123)

LBE (306)

ldblock (234)

LEA (871)

LedPred (169)

lefser (636)

lemur (171)

les (253)

levi (160)

lfa (365)

Lheuristic (94)

limma (38879)

limmaGUI (255)

limpa (144)

limpca (136)

LimROTS (119)

LINC (39)

LineagePulse (55)

lineagespot (157)

LinkHD (195)

linkSet (50)

Linnorm (359)

LinTInd (207)

lionessR (215)

lipidr (284)

LipidTrend (67)

LiquidAssociation (213)

lisaClust (272)

lmdme (223)

LMGene (118)

LOBSTAHS (199)

loci2path (177)

logicFS (262)

logitT (96)

Logolas (40)

lol (42)

LOLA (416)

looking4clusters (32)

LoomExperiment (686)

LowMACA (90)

LPE (257)

LPEadj (90)

lpNet (190)

lpsymphony (1250)

LRBaseDbi (173)

LRcell (170)

lumi (1356)

lute (111)

LVSmiRNA (79)

LymphoSeq (232)

M

M3C (629)

M3D (79)

M3Drop (587)

m6Aboost (151)

maanova (147)

Maaslin2 (1111)

maaslin3 (290)

Macarron (127)

macat (161)

maCorrPlot (222)

MACPET (70)

MACSQuantifyR (148)

MACSr (186)

maDB (47)

made4 (455)

MADSEQ (162)

maftools (2895)

MAGAR (173)

MAGeCKFlute (284)

magpie (165)

magrene (160)

MAI (158)

maigesPack (180)

MAIT (220)

makecdfenv (398)

makePlatformDesign (14)

MANOR (242)

manta (115)

MantelCorr (195)

MAPFX (131)

mAPKL (88)

maPredictDSC (199)

mapscape (165)

mariner (154)

markeR (35)

marr (200)

marray (2067)

martini (205)

maser (253)

maSigPro (564)

maskBAD (235)

MassArray (183)

massiR (266)

MassSpecWavelet (2036)

MAST (2416)

mastR (187)

matchBox (186)

matchprobes (25)

MatrixGenerics (47269)

MatrixQCvis (182)

MatrixRider (229)

matter (436)

MaxContrastProjection (33)

MBAmethyl (163)

MBASED (280)

MBCB (198)

MBECS (169)

mbkmeans (593)

mbOmic (19)

mBPCR (245)

MBQN (204)

mbQTL (124)

MBttest (220)

mcaGUI (69)

MCbiclust (234)

MCRestimate (66)

mCSEA (244)

mdgsa (74)

mdp (231)

mdqc (253)

MDSvis (0)

MDTS (181)

MEAL (279)

MeasurementError.cor (189)

MEAT (204)

MEB (200)

MEDIPS (358)

MEDME (232)

megadepth (236)

MEIGOR (233)

Melissa (164)

memes (347)

MergeMaid (122)

Mergeomics (221)

MeSHDbi (354)

meshes (313)

meshr (300)

MeSHSim (19)

MesKit (243)

messina (247)

metaArray (96)

Metab (87)

metabCombiner (225)

metabinR (152)

MetaboAnnotation (305)

MetaboCoreUtils (2826)

MetaboDynamics (134)

metabolomicsWorkbenchR (225)

metabomxtr (205)

MetaboSignal (277)

metaCCA (175)

MetaCyto (198)

MetaDICT (33)

metagene (168)

metagene2 (246)

metagenomeFeatures (56)

metagenomeSeq (2033)

metahdep (208)

metaMS (283)

MetaNeighbor (272)

MetaPhOR (162)

metapod (5922)

metapone (171)

metaSeq (233)

metaseqR (109)

metaseqR2 (227)

metavizr (80)

MetaVolcanoR (80)

metaX (20)

MetCirc (225)

MethCP (59)

methimpute (222)

methInheritSim (189)

methodical (121)

MethPed (217)

MethReg (200)

methrix (287)

MethTargetedNGS (183)

methVisual (90)

methyAnalysis (93)

MethylAid (255)

methylCC (221)

methylclock (333)

methylGSA (257)

methyLImp2 (145)

methylInheritance (221)

methylKit (1040)

MethylMix (272)

methylMnM (236)

methylPipe (293)

methylscaper (175)

MethylSeekR (387)

methylSig (249)

methylumi (1687)

methyvim (29)

MetID (189)

MetMashR (98)

MetNet (229)

mfa (241)

Mfuzz (1523)

MGFM (218)

MGFR (202)

MGnifyR (143)

mgsa (258)

mia (1649)

miaDash (109)

miaSim (195)

miaTime (51)

miaViz (428)

MiChip (230)

microbiome (2355)

microbiomeDASim (163)

microbiomeExplorer (171)

microbiomeMarker (463)

MicrobiomeProfiler (210)

MicrobiotaProcess (583)

microRNA (606)

microSTASIS (121)

MICSQTL (144)

midasHLA (169)

MIGSA (92)

miloR (942)

mimager (200)

MIMOSA (115)

mina (140)

MineICA (345)

minet (863)

minfi (2518)

MinimumDistance (262)

MiPP (241)

miQC (264)

MIRA (235)

MiRaGE (300)

miRBaseConverter (358)

miRcomp (227)

mirIntegrator (226)

MIRit (145)

miRLAB (246)

miRmine (127)

miRNAmeConverter (180)

miRNApath (182)

miRNAtap (283)

miRSM (201)

miRsponge (12)

miRspongeR (197)

Mirsynergy (41)

mirTarRnaSeq (189)

missMethyl (1287)

missRows (177)

mist (98)

mistyR (273)

mitch (262)

mitoClone2 (168)

mitology (133)

mitoODE (39)

mixOmics (3846)

MLInterfaces (613)

mlm4omics (9)

MLP (380)

MLSeq (306)

MMAPPR2 (30)

MMDiff (72)

MMDiff2 (246)

mmgmos (9)

mmnet (40)

MmPalateMiRNA (90)

MMUPHin (290)

mnem (237)

moanin (171)

mobileRNA (138)

MobilityTransformR (23)

MODA (187)

ModCon (148)

Modstrings (255)

MOFA (26)

MOFA2 (1043)

MOGAMUN (181)

mogsa (396)

MoleculeExperiment (170)

MOMA (190)

monaLisa (281)

monocle (3726)

Moonlight2R (154)

MoonlightR (241)

MoPS (50)

mosaics (380)

mosbi (180)

MOSClip (128)

mosdef (362)

MOSim (201)

Motif2Site (164)

motifbreakR (405)

motifcounter (191)

MotifDb (967)

motifmatchr (1630)

MotifPeeker (124)

motifRG (98)

motifStack (1039)

motifTestR (155)

MotIV (110)

MouseFM (157)

MPAC (116)

MPFE (155)

mpra (245)

MPRAnalyze (198)

MQmetrics (30)

mQTL.NMR (64)

msa (2512)

MSA2dist (199)

MsBackendMassbank (188)

MsBackendMetaboLights (155)

MsBackendMgf (663)

MsBackendMsp (400)

MsBackendRawFileReader (207)

MsBackendSql (176)

MsCoreUtils (4067)

MsDataHub (217)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1502)

MsFeatures (1680)

msgbsR (212)

MSGFgui (87)

MSGFplus (62)

msImpute (204)

mslp (119)

msmsEDA (379)

msmsTests (400)

MSnbase (3882)

MSnID (429)

mspms (139)

MSPrep (137)

msPurity (292)

msqrob2 (287)

MsQuality (162)

MSstats (803)

MSstatsBig (154)

MSstatsBioNet (130)

MSstatsConvert (696)

MSstatsLiP (240)

MSstatsLOBD (143)

MSstatsPTM (360)

MSstatsQC (209)

MSstatsQCgui (146)

MSstatsResponse (31)

MSstatsSampleSize (54)

MSstatsShiny (208)

MSstatsTMT (465)

MSstatsTMTPTM (11)

MTseeker (13)

MuData (183)

Mulcom (250)

MultiAssayExperiment (6990)

MultiBaC (192)

multiClust (240)

multicrispr (187)

MultiDataSet (1675)

multiGSEA (270)

multiHiCcompare (267)

MultiMed (212)

multiMiR (661)

MultimodalExperiment (153)

multiOmicsViz (82)

MultiRNAflow (152)

multiscan (232)

multiSight (35)

multistateQTL (131)

multiWGCNA (171)

multtest (12508)

mumosa (197)

MungeSumstats (776)

muscat (782)

muscle (545)

musicatk (193)

MutationalPatterns (513)

mutscan (39)

MutSeqR (3)

MVCClass (238)

mvGST (43)

MWASTools (275)

mygene (546)

myvariant (288)

mzID (3586)

mzR (4027)

N

NADfinder (228)

NanoMethViz (222)

NanoStringDiff (231)

NanoStringNCTools (525)

NanoStringQCPro (90)

nanotatoR (47)

NanoTube (223)

NarrowPeaks (76)

NBAMSeq (167)

NBSplice (49)

ncdfFlow (1419)

ncGTW (167)

NCIgraph (169)

ncRNAtools (174)

ndexr (186)

neaGUI (41)

nearBynding (195)

Nebulosa (1396)

NeighborNet (46)

nem (162)

nempi (174)

NetActivity (146)

netbenchmark (36)

netbiov (105)

netboost (173)

netboxr (40)

netDx (58)

nethet (206)

netOmics (60)

NetPathMiner (223)

netprioR (159)

netReg (26)

netresponse (236)

NetSAM (218)

netSmooth (225)

networkBMA (80)

netZooR (92)

NeuCA (74)

NewWave (205)

NGScopy (51)

ngsReports (234)

nipalsMCIA (163)

nnNorm (248)

nnSVG (230)

NOISeq (714)

nondetects (215)

NoRCE (194)

normalize450K (192)

NormalyzerDE (373)

NormqPCR (315)

normr (296)

notame (51)

notameStats (28)

notameViz (45)

NPARC (201)

npGSEA (242)

NTW (172)

nucleoSim (208)

nucleR (326)

nuCpos (184)

nudge (67)

nullranges (306)

NuPoP (241)

NxtIRFcore (49)

O

occugene (184)

OCplus (239)

octad (188)

ODER (33)

odseq (194)

OGRE (156)

OGSA (51)

oligo (3172)

oligoClasses (2132)

OLIN (297)

OLINgui (261)

omada (130)

OmaDB (283)

omicade4 (322)

OmicCircos (330)

omicplotR (180)

omicRexposome (204)

omicsGMF (31)

OmicsLonDA (54)

OmicsMarkeR (57)

OmicsMLRepoR (89)

OMICsPCA (236)

omicsPrint (216)

omicsViewer (183)

Omixer (180)

OmnipathR (1220)

ompBAM (191)

omXplore (178)

Onassis (49)

oncomix (189)

oncoscanR (167)

OncoScore (194)

OncoSimulR (249)

oneChannelGUI (95)

oneSENSE (53)

onlineFDR (140)

ontoCAT (56)

ontoProc (316)

ontoTools (52)

openCyto (934)

openPrimeR (240)

openPrimeRui (63)

OpenStats (138)

OperaMate (25)

oposSOM (281)

oppar (225)

oppti (93)

optimalFlow (168)

OPWeight (204)

OrderedList (242)

ORFhunteR (186)

ORFik (403)

Organism.dplyr (425)

OrganismDbi (3127)

orthogene (690)

orthos (152)

OSAT (228)

Oscope (286)

OSTA.data (163)

OTUbase (271)

OutlierD (93)

OUTRIDER (360)

OutSplice (153)

OVESEG (177)

P

PAA (251)

packFinder (199)

padma (197)

PADOG (379)

pageRank (165)

PAIRADISE (217)

paircompviz (202)

pairedGSEA (136)

pairkat (166)

pairseqsim (4)

pamr (52)

pandaR (262)

panelcn.mops (261)

PAnnBuilder (57)

PanomiR (165)

panp (319)

PANR (216)

PanViz (87)

PanVizGenerator (61)

PAPi (93)

pareg (35)

parglms (231)

parody (274)

partCNV (141)

PAST (222)

Path2PPI (221)

pathifier (226)

pathlinkR (163)

pathMED (81)

PathNet (223)

PathoStat (220)

pathprint (33)

pathRender (258)

pathVar (103)

pathview (5350)

pathwayPCA (239)

PathwaySplice (71)

PatientGeneSets (20)

paxtoolsr (147)

Pbase (69)

pbcmc (43)

pcaExplorer (464)

pcaGoPromoter (55)

pcaMethods (5922)

PCAN (245)

PCAtools (1298)

pcot2 (134)

PCpheno (152)

pcxn (52)

PDATK (172)

pdInfoBuilder (330)

pdmclass (124)

PeacoQC (387)

peakCombiner (35)

peakPantheR (182)

PECA (266)

peco (190)

Pedixplorer (156)

pengls (148)

PepSetTest (121)

PepsNMR (251)

pepStat (258)

pepXMLTab (210)

PERFect (58)

periodicDNA (223)

perturbatr (30)

pfamAnalyzeR (342)

PFP (35)

PGA (130)

pgca (146)

PGSEA (198)

pgUtils (29)

pgxRpi (131)

phantasus (220)

phantasusLite (146)

PharmacoGx (524)

phemd (88)

phenoDist (64)

PhenoGeneRanker (144)

phenomis (155)

phenopath (339)

phenoTest (335)

PhenStat (201)

philr (406)

PhIPData (187)

phosphonormalizer (159)

PhosR (304)

PhyloProfile (242)

phyloseq (6640)

Pi (96)

piano (655)

PICB (125)

pickgene (195)

PICS (245)

Pigengene (223)

PING (210)

pint (45)

pipeComp (219)

pipeFrame (238)

PIPETS (131)

Pirat (107)

PIUMA (116)

pkgDepTools (138)

plaid (2)

planet (310)

planttfhunter (146)

plasmut (135)

plateCore (124)

plethy (110)

plgem (358)

plier (346)

PloGO2 (65)

plotgardener (358)

plotGrouper (178)

PLPE (218)

plrs (112)

PLSDAbatch (141)

plw (83)

plyinteractions (150)

plyranges (1419)

plyxp (152)

pmm (140)

pmp (274)

PMScanR (39)

PoDCall (141)

podkat (298)

poem (116)

pogos (189)

polyester (211)

Polyfit (53)

PolySTest (123)

Polytect (133)

POMA (276)

posDemux (0)

POST (33)

PoTRA (34)

PowerExplorer (23)

powerTCR (420)

POWSC (168)

ppcseq (170)

PPInfer (253)

ppiStats (186)

pqsfinder (361)

prada (120)

pram (183)

prebs (264)

preciseTAD (242)

PrecisionTrialDrawer (36)

PREDA (283)

predictionet (63)

preprocessCore (16023)

primirTSS (183)

PrInCE (192)

Prize (22)

proActiv (240)

proBAMr (210)

proBatch (92)

PROcess (258)

procoil (312)

ProCoNA (58)

proDA (357)

proFIA (82)

profileplyr (367)

profileScoreDist (180)

progeny (836)

projectR (216)

pRoloc (598)

pRolocGUI (275)

PROMISE (244)

PRONE (150)

PROPER (278)

PROPS (189)

Prostar (226)

prot2D (73)

proteasy (37)

proteinProfiles (156)

ProteoDisco (190)

ProteomicsAnnotationHubData (55)

ProteoMM (220)

proteoQC (54)

protGear (169)

ProtGenerics (12286)

PSEA (106)

psichomics (240)

PSICQUIC (93)

PSMatch (2964)

psygenet2r (110)

ptairMS (223)

PubScore (35)

pulsedSilac (31)

puma (301)

PureCN (397)

pvac (234)

pvca (495)

Pviz (236)

pwalign (8123)

PWMEnrich (472)

pwOmics (194)

pwrEWAS (40)

Q

qckitfastq (125)

qcmetrics (291)

QDNAseq (616)

QFeatures (3411)

qmtools (175)

qpcrNorm (224)

qpgraph (431)

qPLEXanalyzer (196)

qrqc (129)

QRscore (122)

qsea (226)

qsmooth (243)

QSutils (252)

qsvaR (159)

QTLExperiment (152)

Qtlizer (194)

QUALIFIER (99)

quantiseqr (870)

quantro (411)

quantsmooth (801)

QuartPAC (104)

QuasR (634)

QuaternaryProd (186)

QUBIC (255)

qusage (532)

qvalue (22988)

R

R3CPET (226)

r3Cseq (287)

R453Plus1Toolbox (247)

R4RNA (860)

RadioGx (201)

raer (158)

RaggedExperiment (969)

RAIDS (135)

rain (277)

rama (106)

RamiGO (46)

ramr (172)

ramwas (285)

RandomWalkRestartMH (82)

randPack (223)

randRotation (151)

RankProd (490)

RAREsim (146)

RareVariantVis (240)

Rariant (119)

Rarr (328)

rawDiag (132)

rawrr (290)

RbcBook1 (431)

Rbec (131)

RBGL (9601)

RBioFormats (375)

RBioinf (200)

rBiopaxParser (465)

rBLAST (283)

RBM (204)

Rbowtie (586)

Rbowtie2 (462)

RbowtieCuda (68)

rbsurv (230)

Rbwa (138)

Rcade (196)

RCAS (277)

RCASPAR (159)

rcellminer (266)

rCGH (411)

Rchemcpp (105)

RchyOptimyx (59)

RcisTarget (1580)

RCM (227)

Rcollectl (85)

Rcpi (303)

RCSL (161)

Rcwl (220)

RcwlPipelines (157)

RCX (167)

RCy3 (1049)

RCyjs (250)

RCytoscape (51)

RDAVIDWebService (110)

Rdbi (30)

RdbiPgSQL (14)

rDGIdb (85)

Rdisop (742)

RDRToolbox (290)

ReactomeContentService4R (56)

ReactomeGraph4R (26)

ReactomeGSA (339)

ReactomePA (4359)

readat (45)

ReadqPCR (321)

reb (135)

REBET (172)

rebook (230)

receptLoss (120)

reconsi (153)

recount (571)

recount3 (616)

recountmethylation (197)

recoup (326)

RedeR (433)

RedisParam (141)

REDseq (246)

ReducedExperiment (141)

RefNet (69)

RefPlus (194)

RegEnrich (286)

regionalpcs (111)

RegionalST (129)

regioneR (2181)

regioneReloaded (161)

regionReport (345)

regsplice (199)

regutools (185)

REMP (226)

Repitools (424)

ReportingTools (798)

reposTools (7)

RepViz (153)

ReQON (141)

ResidualMatrix (4352)

RESOLVE (141)

Resourcerer (40)

restfulSE (116)

retrofit (146)

ReUseData (133)

rexposome (272)

rfaRm (168)

Rfastp (219)

RFLOMICS (110)

rflowcyt (71)

rfPred (259)

rGADEM (427)

RGalaxy (82)

rGenomeTracks (153)

Rgin (29)

RGMQL (50)

RgnTX (147)

rgoslin (239)

RGraph2js (222)

Rgraphviz (10124)

rGREAT (886)

RGSEA (231)

rgsepd (232)

rhdf5 (25083)

rhdf5client (259)

rhdf5filters (24134)

Rhdf5lib (25795)

rhinotypeR (122)

Rhisat2 (270)

Rhtslib (25619)

rHVDM (113)

RiboCrypt (176)

RiboDiPA (191)

RiboProfiling (237)

ribor (185)

riboSeqR (263)

ribosomeProfilingQC (209)

rifi (137)

rifiComparative (137)

Rigraphlib (870)

rigvf (111)

RImmPort (162)

Ringo (315)

Rintact (28)

RIPAT (49)

RIPSeeker (99)

Risa (190)

RITAN (162)

RIVER (235)

RJMCMCNucleosomes (194)

RLassoCox (152)

RLMM (195)

RLSeq (43)

RMAGEML (14)

Rmagpie (217)

RMAPPER (26)

RMassBank (371)

rMAT (63)

rmelting (184)

RmiR (74)

Rmmquant (192)

rmspc (174)

RNAAgeCalc (233)

RNAdecay (139)

rnaEditr (180)

RNAinteract (95)

RNAither (123)

RNAmodR (189)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (168)

RNAmodR.ML (202)

RNAmodR.RiboMethSeq (167)

RNAprobR (54)

RNAsense (179)

rnaseqcomp (238)

RNAseqCovarImpute (131)

rnaSeqMap (153)

RNASeqPower (339)

RNASeqR (39)

RnaSeqSampleSize (267)

RnBeads (536)

Rnits (213)

roar (264)

roastgsa (144)

ROC (1331)

ROCpAI (156)

RolDE (163)

Roleswitch (64)

Rolexa (66)

rols (610)

ROntoTools (373)

ropls (1711)

ROSeq (205)

ROTS (435)

RPA (278)

rprimer (173)

RProtoBufLib (2666)

RpsiXML (197)

rpx (596)

Rqc (466)

rqt (167)

rqubic (219)

rRDP (238)

Rredland (20)

RRHO (239)

rrvgo (736)

Rsamtools (27564)

rsbml (278)

rScudo (197)

rsemmed (157)

RSeqAn (190)

rSFFreader (68)

RSNPper (20)

Rsubread (2310)

RSVSim (273)

rSWeeP (190)

rTANDEM (86)

RTCA (205)

RTCGA (604)

RTCGAToolbox (652)

RTN (382)

RTNduals (197)

RTNsurvival (202)

RTools4TB (6)

RTopper (299)

Rtpca (195)

rtracklayer (22398)

Rtreemix (183)

rTRM (321)

rTRMui (224)

RUCova (124)

runibic (162)

Ruuid (35)

RUVcorr (202)

RUVnormalize (259)

RUVSeq (1114)

Rvisdiff (151)

RVS (186)

RWebServices (16)

rWikiPathways (540)

S

S4Arrays (47086)

S4Vectors (61865)

safe (717)

SAGElyzer (13)

sagenhaft (226)

SAGx (114)

SAIGEgds (202)

samExploreR (26)

sampleClassifier (168)

SamSPECTRAL (289)

sangeranalyseR (344)

sangerseqR (759)

SanityR (45)

SANTA (221)

sapFinder (67)

saps (17)

SARC (128)

sarks (170)

saseR (131)

satuRn (449)

savR (42)

SBGNview (250)

sbgr (5)

SBMLR (237)

SC3 (592)

scafari (55)

Scale4C (209)

ScaledMatrix (13738)

scAlign (75)

SCAN.UPC (323)

scanMiR (194)

scanMiRApp (160)

scAnnotatR (191)

SCANVIS (199)

SCArray (193)

SCArray.sat (133)

SCATE (32)

scater (8206)

scatterHatch (140)

scBFA (184)

SCBN (163)

scBubbletree (166)

scCB2 (173)

scClassifR (21)

scClassify (251)

sccomp (226)

scDataviz (191)

scDblFinder (2667)

scDD (368)

scDDboost (152)

scde (597)

scDesign3 (177)

scDiagnostics (136)

scDotPlot (170)

scds (605)

SCFA (175)

scFeatureFilter (189)

scFeatures (174)

scfind (22)

scGPS (203)

scGraphVerse (28)

schex (251)

scHiCcompare (123)

scHOT (213)

scider (167)

scifer (167)

ScISI (165)

scLANE (28)

scMAGeCK (27)

scmap (510)

scMerge (519)

scMET (169)

scmeth (204)

scMitoMut (135)

scMultiSim (170)

SCnorm (277)

scone (343)

Sconify (176)

SCOPE (214)

scoreInvHap (198)

scoup (120)

scp (328)

scPCA (238)

scPipe (280)

scQTLtools (94)

scran (5896)

scrapper (947)

scReClassify (216)

scRecover (220)

screenCounter (147)

ScreenR (126)

scRepertoire (828)

scRNAseqApp (163)

scruff (209)

scry (490)

scShapes (143)

scsR (74)

scTensor (190)

scTGIF (217)

scTHI (180)

scTreeViz (161)

scuttle (10164)

scviR (122)

SDAMS (176)

seahtrue (159)

sechm (268)

segmenter (158)

segmentSeq (314)

selectKSigs (150)

SELEX (235)

SemDist (232)

semisup (165)

SemSim (14)

SEPA (27)

SEPIRA (98)

seq.hotSPOT (132)

seq2pathway (196)

seqArchR (160)

seqArchRplus (131)

SeqArray (1159)

seqbias (141)

seqCAT (199)

seqCNA (87)

seqcombo (150)

SeqGate (167)

SeqGSEA (287)

Seqinfo (13474)

seqLogo (3762)

seqPattern (1013)

seqplots (95)

seqsetvis (261)

SeqSQC (238)

seqTools (224)

SeqVarTools (693)

SEraster (119)

sesame (925)

SETA (35)

SEtools (197)

sevenbridges (239)

sevenC (221)

SGCP (191)

SGSeq (498)

SharedObject (274)

shiny.gosling (118)

shinybiocloader (42)

shinyDSP (128)

shinyepico (185)

shinyMethyl (270)

shinyTANDEM (47)

ShortRead (6740)

SIAMCAT (296)

SICtools (229)

sigaR (85)

SigCheck (224)

sigFeature (426)

SigFuge (242)

siggenes (3414)

sights (192)

signatureSearch (291)

signeR (247)

signet (17)

signifinder (162)

sigPathway (119)

SigsPack (189)

sigsquared (193)

SIM (237)

SIMAT (206)

SimBindProfiles (107)

SimBu (184)

SIMD (162)

SimFFPE (153)

similaRpeak (232)

SIMLR (351)

simona (830)

simPIC (130)

simpleaffy (167)

simpleSeg (263)

simplifyEnrichment (1346)

simulatorAPMS (22)

simulatorZ (90)

sincell (258)

singIST (0)

single (82)

SingleCellAlleleExperiment (135)

SingleCellExperiment (19272)

SingleCellSignalR (371)

singleCellTK (436)

SingleMoleculeFootprinting (167)

SingleR (5302)

singscore (1842)

SiPSiC (133)

SISPA (67)

sitadela (159)

Site2Target (103)

sitePath (219)

sizepower (214)

SJava (13)

sketchR (132)

skewr (208)

slalom (174)

SLGI (124)

slingshot (2487)

slinky (55)

SLqPCR (203)

SMAD (156)

SMAP (110)

smartid (127)

SmartPhos (17)

SMITE (222)

smoothclust (131)

smoppix (111)

SNAGEE (223)

snapCGH (191)

snapcount (175)

snifter (427)

snm (279)

SNPchip (156)

SNPediaR (175)

SNPhood (265)

snpMatrix (26)

SNPRelate (2242)

snpStats (2465)

soGGi (508)

sojourner (42)

SomatiCA (51)

SomaticSignatures (314)

SOMNiBUS (144)

sosta (151)

SpaceMarkers (135)

SpacePAC (155)

SpaceTrooper (65)

spacexr (324)

spade (42)

Spaniel (197)

SpaNorm (166)

spARI (38)

sparrow (441)

SparseArray (51550)

sparseDOSSA (59)

sparseMatrixStats (16972)

sparsenetgls (154)

SparseSignatures (223)

spaSim (167)

SpatialCPie (198)

spatialDE (213)

SpatialDecon (282)

SpatialExperiment (7072)

SpatialExperimentIO (173)

spatialFDA (167)

SpatialFeatureExperiment (341)

spatialHeatmap (187)

SpatialOmicsOverlay (143)

spatialSimGP (114)

spatzie (141)

speckle (385)

specL (236)

SpeCond (252)

Spectra (3102)

SpectralTAD (224)

SpectraQL (125)

SpectriPy (45)

SPEM (212)

SPIA (843)

SPIAT (225)

SPICEY (39)

spicyR (359)

SpidermiR (84)

spikeLI (219)

spiky (171)

spillR (127)

spkTools (219)

splatter (637)

splicegear (96)

spliceR (96)

spliceSites (53)

SpliceWiz (224)

SplicingFactory (156)

SplicingGraphs (297)

SplineDV (131)

splineTCDiffExpr (3)

splineTimeR (227)

SPLINTER (212)

splots (284)

SPONGE (217)

spoon (125)

SpotClean (198)

SPOTlight (441)

spotSegmentation (45)

SpotSweeper (208)

spqn (191)

SPsimSeq (208)

SQLDataFrame (162)

SQUADD (66)

squallms (123)

sRACIPE (225)

SRAdb (534)

sRAP (54)

SRGnet (28)

srnadiff (190)

sscore (145)

sscu (209)

sSeq (289)

ssize (233)

sSNAPPY (175)

SSPA (194)

ssPATHS (175)

ssrch (176)

ssviz (222)

StabMap (125)

STADyUM (31)

stageR (419)

stam (25)

STAN (100)

standR (282)

staRank (90)

StarBioTrek (80)

staRgate (3)

Starr (127)

STATegRa (294)

StatescopeR (3)

Statial (221)

statTarget (284)

STdeconvolve (87)

stepNorm (219)

stepwiseCM (46)

stJoincount (165)

stPipe (41)

strandCheckR (191)

Streamer (241)

STRINGdb (2591)

STROMA4 (129)

struct (311)

Structstrings (210)

structToolbox (235)

StructuralVariantAnnotation (338)

SubCellBarCode (183)

subSeq (260)

SUITOR (145)

SummarizedBenchmark (119)

SummarizedExperiment (46937)

Summix (140)

SuperCellCyto (38)

supersigs (211)

supraHex (287)

surfaltr (200)

SurfR (134)

survClust (124)

survcomp (1815)

survtype (170)

Sushi (172)

sva (8858)

svaNUMT (153)

SVAPLSseq (60)

svaRetro (149)

SVM2CRM (62)

SVMDO (154)

SVP (133)

SWATH2stats (207)

SwathXtend (166)

swfdr (242)

SwimR (53)

switchBox (207)

switchde (206)

synapsis (170)

synapter (230)

synergyfinder (362)

SynExtend (211)

synlet (186)

SynMut (170)

syntenet (261)

systemPipeR (1555)

systemPipeShiny (190)

systemPipeTools (159)

T

tadar (150)

TADCompare (212)

tanggle (200)

TAPseq (188)

target (205)

TargetDecoy (180)

TargetScore (213)

TargetSearch (218)

TarSeqQC (98)

TaxSEA (114)

TBSignatureProfiler (223)

TCC (470)

TCGAbiolinks (5768)

TCGAbiolinksGUI (62)

TCGAutils (784)

TCseq (787)

TDARACNE (84)

TDbasedUFE (152)

TDbasedUFEadv (187)

TEKRABber (160)

TENET (105)

TENxIO (248)

tenXplore (204)

TEQC (289)

terapadog (133)

ternarynet (187)

terraTCGAdata (146)

TFARM (177)

TFBSTools (3616)

TFEA.ChIP (266)

TFHAZ (222)

TFutils (220)

tidybulk (407)

tidyCoverage (149)

tidyexposomics (2)

tidyFlowCore (118)

tidyomics (157)

tidysbml (130)

tidySingleCellExperiment (418)

tidySpatialExperiment (166)

tidySummarizedExperiment (342)

tidytof (99)

tigre (263)

TileDBArray (181)

tilingArray (340)

timecourse (364)

timeOmics (219)

timescape (169)

TimeSeriesExperiment (63)

TimiRGeN (49)

TIN (243)

TissueEnrich (343)

TitanCNA (201)

tkWidgets (1763)

tLOH (163)

TMixClust (191)

TMSig (122)

TNBC.CMS (52)

TnT (226)

TOAST (655)

tofsims (57)

tomoda (162)

tomoseqr (162)

TOP (141)

ToPASeq (61)

topconfects (284)

topdownr (227)

topGO (2688)

ToxicoGx (205)

TPP (295)

TPP2D (188)

tpSVG (127)

tracktables (382)

trackViewer (842)

tradeSeq (1028)

TrajectoryGeometry (138)

TrajectoryUtils (2639)

transcriptogramer (222)

transcriptR (241)

transformGamPoi (190)

transite (203)

tRanslatome (255)

transmogR (128)

transomics2cytoscape (174)

TransView (258)

TraRe (29)

traseR (249)

Travel (4)

traviz (70)

TreeAndLeaf (229)

treeclimbR (135)

treeio (26731)

treekoR (203)

TreeSummarizedExperiment (2450)

TREG (181)

trena (112)

TReNA (4)

Trendy (226)

TRESS (193)

tricycle (424)

TrIdent (113)

triform (61)

trigger (164)

trio (275)

triplex (322)

tripr (179)

tRNA (256)

tRNAdbImport (202)

tRNAscanImport (192)

TRONCO (347)

TSAR (120)

TSCAN (677)

tscR (38)

tspair (97)

TSRchitect (111)

TSSi (70)

ttgsea (146)

TTMap (229)

TurboNorm (259)

TVTB (263)

tweeDEseq (286)

twilight (332)

twoddpcr (214)

txcutr (154)

txdbmaker (5868)

tximeta (1499)

tximport (4482)

TxRegInfra (23)

TypeInfo (102)

U

UCell (1872)

UCSC.utils (40753)

Ularcirc (236)

UMI4Cats (194)

uncoverappLib (174)

UNDO (229)

unifiedWMWqPCR (189)

UniProt.ws (872)

Uniquorn (228)

universalmotif (1351)

updateObject (157)

UPDhmm (125)

uSORT (245)

V

VAExprs (151)

VanillaICE (391)

VarCon (189)

variancePartition (1521)

VariantAnnotation (9359)

VariantExperiment (123)

VariantFiltering (262)

VariantTools (287)

vasp (15)

VaSP (218)

vbmp (272)

VCFArray (226)

VDJdive (157)

Vega (57)

VegaMC (274)

velociraptor (267)

veloviz (144)

VennDetail (344)

VERSO (154)

vidger (224)

viper (1151)

virtualArray (17)

ViSEAGO (283)

VisiumIO (230)

visiumStitched (127)

vissE (229)

vmrseq (99)

Voyager (282)

VplotR (213)

vsclust (159)

vsn (6054)

vtpnet (247)

vulcan (161)

W

waddR (134)

wateRmelon (996)

wavClusteR (237)

waveTiling (97)

weaver (207)

webbioc (277)

weitrix (216)

widgetInvoke (10)

widgetTools (1721)

wiggleplotr (283)

wpm (189)

wppi (139)

Wrench (1979)

X

XAItest (105)

XBSeq (144)

xCell2 (187)

XCIR (12)

xcms (2045)

xcore (163)

XDE (329)

XeniumIO (121)

xenLite (119)

Xeva (198)

XINA (188)

xmapbridge (202)

xmapcore (13)

XNAString (122)

xps (77)

XVector (57270)

Y

y2hStat (18)

yamss (266)

YAPSA (279)

yaqcaffy (187)

yarn (279)

Z

zellkonverter (2750)

zenith (232)

zFPKM (212)

zinbwave (870)

zitools (122)

zlibbioc (32769)

ZygosityPredictor (153)